如上所言，丘濬的《大学衍义补》用意在补真德秀之缺，其主体在治国平天下。其治平之术之总纲，共含括十一门：正朝廷，正百官，固邦本，制国用，明礼乐，秩祭祀，崇教化，备规制，慎刑宪，严武备，驭夷狄，最后以成功化作结。可以说，这个范围包括从天子到百官，从兵食到礼乐，从刑狱到教化，从国家制度到政府行政，几乎囊括了古代政治的一切方面。而丘濬所用的材料，首先是儒家经书，然后是理学家对经书的注释与发挥，特别是程颐、朱熹的著作。参以史书、政书、奏议、方志等，撷取十分广泛。故此书可当作政治类百科全书看。当然大宗归于程朱，这是很清楚的。如果同真德秀的《大学衍义》相比，《衍义补》篇幅要大得多，涉及的方面也要细得多，可资施行的方面也要切实得多。所以丘濬曾说，真氏之书是体，己书为用；真氏之书主要为知，己书主要是行；真氏之书可视为理，己书可视为事。理与事，知与行可以互相补足，互相资借。
其中“正朝廷”一门，下设正纲纪之常，定名分之等，公赏罚之施，谨号令之颁，广陈言之路五目，其前置“总论朝廷之政”一目。丘濬认为，正朝廷的实质是正人君，欲正人君，先明人君之意义。他根据《周易》“天地之大德曰生，圣人之大宝曰位”及“守位曰仁，聚人曰财”等意思，认为人君的意义就在于体天之义而代天牧民。他说：
圣人体天地生生之仁，尽教养斯民之义，孰有加于此哉？先儒谓《易》之事业，尽于此三言者，臣愚以为人君受天地之命，居君师之位，所以体天地而施仁立义，以守其位者，诚不外乎此三者而已。【9】
丘濬这里说得很明白，正朝廷首先在于明人君的职责和性质，大宝之位非供帝王享乐之工具，神器也不是一姓之私产，而是将天的意志贯彻于百姓的中介。人君之所以“极崇高而至贵重，天下臣民莫不尊戴”，是因为他是天选择出来替自己管理人民的代理人，即张载所谓“大君者，吾父母之宗子”。【10】天的意志是好生之仁，所以帝王须行仁政。这就在天的名义下规定了帝王执政的性质，这是儒家特别是宋明理学的特出之处。张横渠所谓“为天地立心”，即通过创造性阐释，为天地确立其基本原则。从《易传》的“天地之大德曰生”，董仲舒的“天，仁也。人之受命于天也，取仁于天而仁也”，到周敦颐的“窗前草不除，与自家生意一般”，二程的“鸡雏可以观仁”，朱熹的“天地以生物为心”，再到丘濬的“圣人体天地生生之仁”，都贯彻了这一点。天地之仁是人君行仁政的形上学根据，仁政体现天的意志，丘濬这里的基本思想沿袭了儒家的这个相续不绝的传统。
另外，丘濬这里还有帝王之位应由圣人来坐，而圣人又不世出，故由人来代替的意思。三代圣人之治，是儒家的理想，圣人居牧民之位，行仁政而天下大治，这是后世虽不能至而期然向往的局面。但儒家所许的圣人，大多是传说中的人物，实际上是儒家用以匡正、规范后世有国者所树立的假想的典范。丘濬这里提到此，除了要呼应“圣人之大宝曰位”这句经典中的语句外，还有人君应效法圣人体天地之意以牧民的意思。就是说，只有行仁政，才是履圣人大宝之位的最佳方式。
丘濬强调的另一点是“理财正辞”，即发展经济，合理安排人民生活，并据完善的法律合理地保有私有财产之意。丘濬所谓理财，虽不失孟子保民而王之遗意，但已不是孟子所说的行井田、正经界、五亩之宅树之以桑、鸡豚狗彘之畜无失其时之类较原始的措施，而是具有现实意味的经济观念。丘濬说：
所谓理财者，制其田里，教其树畜，各有其有，而不相侵夺，各用其用而无有亏欠，则财得其理而聚矣。所谓正辞者，辨其名实，明其等级，是是非非，而有所分别；上上下下，而无有混淆，则辞得其顺而正矣。既理财正辞，而民有趋于义而背于利者，又必宪法令、致刑罚以禁之，使其于财也，彼此、有无之间，不得以非义相侵夺。【11】
这里丘濬非常重视等级制度，重视上下有别，重视用法律手段维持这种分别。这是儒家礼法结合在明代社会背景下的具体应用。丘濬把理财正辞作为仁政的经济、法律内容，它和仁政的根据——天地生生之德，仁政的履行者——圣人之位一起，构成了人君完整的职责体系。丘濬对朝廷之政这种总括式的解释，可以看做他的政治纲领，具有为执政制定宪法的意义。
治国平天下，首先要做的是明君主之职分，下来重要的就是明设官分职之道。《大学衍义补》在正朝廷之后，即设正百官一目。此目下分定职官之品，颁爵禄之制，敬大臣之礼，简侍从之臣，重台谏之任，清入仕之路，公诠选之法，严考课之法，崇推荐之道，戒滥用之失十个子目，涉及官吏的诠选、任用、考核、监督及养廉、礼敬各个方面。丘濬之谙于朝廷掌故，精于吏治之道，在此目中得到了充分展示。就像在正朝廷中首先要明白帝王的职责及性质一样，在正百官中，丘濬首先阐明的是为官的职责和性质，及人君任用和考察官吏的一般原则。他说：
为治之道，在于用人。用人之道，在于任官。人君之任官，唯其贤而有德、才而有能者，则用之。……人臣之职，在乎致君泽民。其为乎上也，必陈善闲邪，以为乎君之德。其为乎下也，必发政施仁，以为乎民之生。如此之人，然后任之于左右，俾其上辅君德，下济民生。既得如是之人，非用之之难，察之之谨，则其进也易而杂，而侥幸之小人，得以间之矣。非待之以协和，信之于专一，则其用也乖而贰。而正大之君子，不得以久安矣。吁，方用之之初，则其难其慎，既用之之后，则唯和唯一。【12】
这里，丘濬是在君臣这个统一体中考察君与臣两个方面的。人君方面，择贤德有能者授之官。授官的目的在上辅君德，下济民生。这两个方面有一没有尽到责任，则于任官之义有缺欠。而官吏的任用非易事，其德其能若何？如何发挥官吏个人才能，如何使劳绩与爵俸一致，如何保证官吏的进退升降在合理的制度内运行，杜绝倖进之路，如何使对官吏的考察是公正的、符合实际没有冒滥的，这都是人君要考虑的重要事项。历史上因任官不当特别是对左右辅弼大臣用之不当而导致灭国的，不在少数。丘濬在各个子目中对这些方面有具体论述。而臣子方面，上辅君德，下济民生两项都极难做得周全。实际上多数下级官吏和外任者毕其一生也无缘“得睹天颜”，更不要说“上辅君德”了。丘濬此处不过强调君德就体现在臣之治民中，官吏须负对人君尽忠之责，须有自处于君民之间充当调人的自觉意识，须有泽民即所以致君的情怀与识见罢了。
官职之区设，品秩爵禄的制定，丘濬多引《尚书》、《周礼》之制，注释多从蔡沈、吕祖谦之说，实际上要表达的是后世设官分职须祖述儒家经典，特别是“六卿分职，万事之纲”之意，旨在说明朱元璋以皇帝总揽六部，不设宰相，及明成祖置阁臣是正确的。这一点可由丘濬对六部沿革所做的说明中见出。丘濬在职官的设置上特别引述《皇明祖训》中朱元璋关于不设宰相的训诫：“自古三公论道，六卿分职，并不曾设立宰相。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者，多有小人专权乱政。今我朝罢丞相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后子孙做皇帝时，并不许立丞相。臣下敢有奏请设立者，文武群臣劾奏，将犯人凌迟，全家处死。”【13】朱元璋倡始的不设宰相，是明代政制中最大的事件，对此后政治影响深远。因为祖训十分清楚且严厉异常，历代无有敢披龙鳞而倡言置相者。丘濬在关于职官之设的议论中，发挥《周礼》“六卿分职，各率其属，以倡九牧，阜成兆民”之语，对明代职官制度的合理性作了肯定。他说：
六部统各司，各司分掌天下之务。如网之有纲，如丝之有纪，上下相承，巨细毕举。其官属虽无三百六十之多，其间脉络相通，体统不紊，深得《周礼》六典之遗意。自有《周礼》以来，二千余年，仅见行于今日者也。……此我圣祖高见远虑，超出百王之上。是诚有合于成周设官分职，以为民极之意。是以百年以来，朝廷无纷更之弊，臣宰无专擅之祸。上安其政，下保其位，如一日也。【14】
至于其他重要官职如五军都督府、都察院、通政司、大理寺等的设置，亦都肯定它合乎古制。可以看出，丘濬的治国平天下之论，首先是以肯定现存的政治制度为前提的；对诸弊政的纠正，只能在不触动、不改变现有职官系统的基础上施行。后来黄宗羲则谓有明无善治自朱元璋罢宰相始，并从多个侧面论证不设宰相之弊，着眼点与丘濬大为不同。
丘濬所陈其他正百官之措施中，论及明朝政事的尚多，不及缕述。其中“简侍从之臣”一目中论翰林学士之选必重其德，非仅文章之士所能充任；馆阁之臣不必多，必得通经学古，明体达用之儒为之职掌；“清入仕之路”中论科举考试中专以偏题怪题难举子，且四书比重过大，对策论不够重视，致使举子对古今制度，前代治迹，当世要务不暇致力，故所取人才名不副实等，所论皆剀切，深中时弊。
正朝廷，正百官之后，是固邦本，制国用。固邦本下列蕃民之生，制民之产，重民之事，宽民之力，愍民之穷，恤民之要，除民之害，择民之长，分民之牧，询民之瘼十目。制国用亦列十目，涉及贡赋、市籴、制币、徭役、税收、专卖、濬运、屯田、山泽之利，纳粟拜爵等。此二门皆有总论，用以表明他选辑材料及对这些材料加以说明的指导思想，表现丘濬的经济之才。丘濬的固本之道，以《易经》的“天地交泰，后以财成天地之道，辅相天地之宜，以左右民”一句为纲领。他对此句的解释特重上下相通之意：
天地交而阴阳和，万物遂其茂育者，天地所以为泰也。上下交而心志通，万民遂其生育者，世道所以为泰也。世道之所以泰者何也？盖由上之人，于凡下之人心志之所欲，身命之所关，日用饮食之资，养生送死之具，所恃以为生生者，无一而不得以通于上。上之人一一皆有以知其所以然。【15】
就是说，一个政权的巩固，最根本的在于上下情之通达无壅塞，譬犹天地之气上下相贯通。而所谓上下相通，亦在于负治国之责的人知民之所欲，最大限度地满足他们的基本生活需要。这方面儒家经典中所论极多，子史中可资说明的材料可以说摭拾不尽。丘濬对此采择甚多，而最注目的在“民唯邦本，本固邦宁”一语，丘濬对此句的一段发挥最可说明他对此问题的根本见解：
国之所以为国者，民而已。无民，则无以为国矣。明圣之君，知兴国之福在爱民，则必省刑罚，薄税敛，宽力役，以为民造福。民之享福，则是国之享福也。彼昏暴之君，视民如土芥，凡所以祸之者，无所不至。民既受祸也，国亦从之。【16】
亦即所谓“爱民者必有天报，害民者必有天殃”。而爱民之大端，在于在上者不以兴作疲其筋力，不以刑法残其体肤，不以征役散其父母妻子，不以诛求耗其田庐资产。以下“蕃民之生”等子目，详细陈说了他将“固邦本”之总纲具体化的主要措施。其中“制民之产”一目中关于井田制之议论，说明丘濬最向往的，仍是儒家所理想的井田制。但井田制后世不可复行，限田、均田、口分世业之田等法亦有议论而无果行，此种形势下不如行“配丁田法”，【17】庶可避免富者田连阡陌，贫者无立锥之地的情况，渐渐消除兼并之患。此法针对明中期以后土地兼并日趋激烈，皇帝大建皇庄，与民争利，失去土地的流民日益增多的现实而发，有很强的针对性。其他各子目无论在取材还是说明上亦无不如此。
《大学衍义补》的最后部分是“严武备”。此部分所占篇幅最巨，共二十九卷，约占全书四分之一。下设子目亦最多，计有总论、军伍、禁军、屯守、军器、马政、阅兵、任将、出师、阵法、赏罚等子目，有的子目又分上中下论之，内容十分详尽。本章就其有关军事思想者择要评述，太琐细者则不暇及。《四库提要》说丘濬“学本渊通，又习知旧典，贯串古今，具有根柢”，于此部最能见出。此部采辑之原典，较其他部为杂，除广采儒家经典与理学家言之外，又大量采择兵书、史书、政书等，即使是他在其他部分明斥的道家言，在这一部分中也加以采辑。
丘濬论兵事，以儒家思想为最高原则，这首先表现在他对兵事性质的看法上。在他看来，最好的政治是德治，兵事是不得已。即便兴兵，也以不战为高。他说：
古之圣王制乱于未乱，保邦于未危。为国一以德礼，而不专恃于兵。未尝无兵也，而不用之于师旅。虽用师旅之众，而不布于行阵。虽有行阵之法，而不施于战斗。【18】
出师必有名，合乎原则之出师为有武德。而所谓武德，即《左传》宣公十二年晋楚邲之战中楚子所说之禁暴等“七德”。从丘濬对七德的评论中，可以看出他的军事观：
使凡天下之兴兵动众者，皆必本于禁暴、戢兵、保大、定功、安民、和众、丰财焉，非此七者不举。则天下之人，唯恐上之不用武，师旅所至，民望之真如大旱之得云霓矣。【19】
此七者主要是从兴兵的动机判断战争的性质。这一点在丘濬十分重要，可以说是他的儒家思想在军事上的体现。他在对《周易》豫卦“利建侯行师”一语的解释中也表示了以民心之向背为标准来判断战争性质的意思：
兵师之兴，所以为民也。兴师而民心不悦，则其所行必非王者之师、仁义之举也。是以人君举事，既揆之己，复询之众，众心和悦，然后从而顺之。苟有不悦，必中止焉。宁失势于他人，不失心于己众。【20】
这样的出师，是王者之师；这样的兵事，是圣武之兵。而圣武之兵是天下人所向往的。“先儒谓不徒武而谓之圣武，以见其出于德义之勇，故能除暴救民以安天下，此圣武之实也。至于天下之民莫不信而怀之，此圣武之效也。”【21】圣武之师不只征伐无道，亦将拯救罪人使其复业安居。这方面文王之所为是最好的榜样。丘濬就《诗·文王有声》之“文王受命，有此武功。既伐于崇，作邑于丰”一句的发挥很好地表达了他这方面的思想：
文王之所以大有声者，本由于征伐。而其所以征伐者，不过求天下安宁，而观其功底于成耳。盖以既为人君，则当奉天道以安民；民有不安，必有逆天道以致之者。于是奉天命以讨其罪，使之不敢厉吾民焉。罪人既得，而其所以为安集生聚之者，不可无所居，故又为之邑以居之焉。凡若是者，非贪功以立威也，非广地以附众也，尽吾为君之道，以无负于上天付托之意焉耳。【22】
丘濬以上所论，是非常理想化的。他所选的材料，亦多是《诗》、《书》、《春秋》中歌颂儒家圣王之文治武功的，此只可进上皇帝，以为观览之助，和诏书诰勅中的门面话，它毕竟离现实的战争太远，有点“迂远而阔于事情”。丘濬并非不知道这一点，但他作为一个儒家学者兼官吏，不能不以儒家经典中的训诲箴规警醒有国者，冀望以其中的道理事例匡正其君于万一。这就是他之所以连篇累牍地采辑此类材料，并大量采用理学家的注释加以评论的用心。
丘濬论兵事的另一个重点是提挈出孔子“天下有道，则礼乐征伐自天子出；天下无道，则礼乐征伐自诸侯出”一语，暗寓对明英宗被宦官王振所骗仓猝出兵，既出兵而又不审形势、不谙兵事而导致覆师失地，己身遭擒之奇祸烈毒的抨击态度。丘濬于此采择材料甚多，屡屡施以按语，多有以古书所言之事影射当世者。如：
征伐天子之大权，非王命而自行，是乱也。兴师以讨人之罪者，必先审其大小、远近、强弱、虚实以定其名，然后随其势、因其机而决其谋，则收其万全之效矣。【23】
又如：
先儒谓先王之时，五礼六乐，掌之宗伯，九伐之法，掌之司马，礼乐征伐之权在上，而下莫敢干也。周室之衰，其礼乐之权以失，是以列国纷争，干戈日以相寻，讫无宁岁，天下无道至是极矣。圣人言此以示训于万世，使居人上者恒以道自居，谨身正法，必使权纲在己，而威福不至于下移，则礼乐征伐咸自己出，而为有道之世矣。【24】
又如，《左传》昭公十一年“楚子虔诱蔡侯般杀之于申”一事，丘濬评论道：
《春秋》书此，以见人君欲兴师以除奸乱，必审机宜时势，以伺间待时，仗大义正言以声罪致讨，而不用诡谋诈力以侥幸取胜。胡安国所谓“后世诛讨乱臣者，不以大义兴师，至用诡谋诈力侥幸胜之。若事之捷，反侧皆惧；苟其不捷，适足长乱。”此数言者，可以为世之人君诛乱臣、安反侧者之鉴戒。【25】
而所举韩琦上宋仁宗之言，影射明朝之事尤为明显。韩琦言国有外忧内患，欲去外忧，先治内患。丘濬之按语中对此极表赞同之意，且以此作结。他说：
臣故历考经史所载威武之事，备载之，而举韩琦先治内患之说终焉。昔所谓上策，莫如自治者也。琦谓自治之策，立纪纲，分忠佞，明赏罚，慎号令，节浮费，罢横赐，省逸游，禁奢糜，绝干请，抑侥幸，能行此数者，则无内患矣。内既无患，则威武之本立矣。虽有外患，庸何忧哉！【26】
宋仁宗时外患在西夏，明英宗时外患在也先。虽丘濬上《大学衍义补》时外患已平，但土木之变造成的影响却是长久的。丘濬要总结此次事变的教训，不能不对因内忧造成外患的事实进行充分反省。但因此次事变牵涉面广，过程复杂，且因政制未变，因而宦官擅权的局面未有根本变化，丘濬的总结或曰建白未敢十分尖锐。其所论消除内患之诸措施，皆沿用韩琦，因而十分浮泛无力。尤其值得提出的是，全书一百六十卷中曾无一语及于对明代政治影响尤为深远的宦官干政，论者谓其有所顾忌因此避而不书，【27】可谓一针见血。
