在丘濬的治平方略中，固邦本、制国用之后，即是礼乐教化。内中明礼乐下有总论礼乐之道，礼仪之节，乐律之制，王朝之礼，郡国之礼，家乡之礼；秩祭祀下有总论祭祀之礼，郊祀天地之礼，宗庙飨祀之礼，国家常祀之礼，内外群祀之礼，祭告祈祷之礼，释奠先师之礼；崇教化下有总论教化之道，下及学校，道学，经术，道德风俗，仁爱孝弟，尊师重道，旌别赠谥，移风易俗等，所占篇幅最大，涉及古学最多，所包方面最广。几乎包摄《三礼》的一切方面。《四库总目提要》说丘濬“学本淹通，又习知旧典，尤熟于国家掌故”，于礼乐教化诸目之选材、议论中最能见出。
丘濬论礼乐，首先注重的是制礼作乐的根据。他继承了《礼记》以来的儒家解释传统，认为礼乐是对天地的和谐、自然的节律的模拟与配合，故礼乐可以调节社会各阶层间的关系，可以调节人的情感欲望使之达于和谐之地。礼乐的作用主要是正面的疏导而非负面的纠治。这一点是他的全部礼乐思想的基础。丘濬在总论礼乐之道时大量地采辑了《礼记》中的相关论述并施以解释性按语以突出这一点。如《乐记》有“大乐与天地同和，大礼与天地同节。明则有礼乐，幽则有鬼神”一语，朱熹的解释是，鬼神是二气之屈伸，礼乐是表现在社会人事方面的屈伸。故礼乐鬼神一理在圣人制作处便是礼乐，在道化功用处便是鬼神。丘濬的发挥与此一致：
礼乐，形而下者也；鬼神，形而上者也。上下无异形，幽明无二理。是以自古圣人之制礼作乐于昭昭之表，所以妙契鬼神于冥冥之中。【28】
礼乐就是以有形的物质形态与浩渺的天道之运化玄契。礼乐既是天地根本精神的体现，又是对于万物运化的模拟。人以其文化创造成为天道的一部分。
《礼记》非常重视礼乐作为人文化成的自然结果所具有的调节人的本能欲望，宣泄人的自然意志的作用。《礼记·礼器》说：“礼也者，反其所自生；乐也者，乐其所自成。是故先王之制礼也以节事，修乐以道志。故观其礼乐，而治乱可知也。”丘濬于此点特别加以提揭，他对此句的评案是：
自昔人君为治之大本，唯在于礼乐。礼之大者，在郊天享庙。乐之大者，在章德象成。故其制为一代之礼，以节天下之事，使其所行者，咸有节而无大过不及之差。修为一代之乐，以道万民之志，使其所存者得以通，而无郁结不平之患。是故自古善观人国者，唯于其礼乐观之，而于其政刑，则略焉。【29】
将礼乐作为为治之本，这是最能表现丘濬儒家思想之处。朱元璋建立明朝之后，虽也提倡儒学，礼敬儒生，在礼乐的大的方面，也有一些建设性作为。但朱元璋要纠正元朝政制不够严整，行事过于宽纵之失，加上他个性雄鸷刚猛，所以治国以严为主。又处于建国之初，及蒙元不尚文治之后，故礼乐多有废缺而不暇修治。成祖朝虽渐有所创设，但因要修复建文朝所造成的积怨，加之连年用兵北方，于礼乐多未顾及。故“仁宣之治”之前，几代帝王虽小有建树，但比之儒家所要求的礼乐休明，还有相当距离。丘濬所处之成化、弘治间，承平日久，礼乐之政治作用此时大显明，丘濬居礼部尚书、祭酒之职，极重视礼乐建设。而在礼中，尤重视祭礼；在乐中，尤重视乐的彰显圣王功德，记录与表现圣王勋绩的作用。
丘濬在对礼乐的阐发中也注意到，要使礼乐真正起到《孝经》所谓“安上治民”、“移风易俗”的作用，必须使礼乐成为人心中仁德的自然表现，才能成为人自觉自愿奉行的轨则。丘濬引孔子“人而不仁如礼何”的教训对此加以说明：“先儒谓此章重在仁字上。仁者心之全德。人能全心德，自然敬而和。以敬行礼，则礼皆得其宜。以和用乐，则乐皆合其度。是礼乐皆为我用。苟心不仁，则无敬与和。”【30】是否心中有了敬与和，礼乐就一定得其宜合其度，这里且不深论。我们所要注意的是，除了重申礼乐所要求的内心自律及文质相称外，丘濬往下的引申是，礼乐不能妄作，最具有制礼作乐资格的是既有德又有位的圣人，如周公之类。所以他在申述此意时，引《中庸》“虽有其位，苟无其德，不敢作礼乐焉。虽有其德，苟无其位，亦不敢作礼乐焉”和郑玄、朱熹对此句的注释加以说明。但这是制礼作乐的理想状态，只是美好的愿望。实际的情况常常是，有位者无德，有德者无位。丘濬认为，以上原则一般只用于开国之君，继位之君则主要是萧规曹随，承前代礼乐之创设而有所损益。
丘濬并且认为，六经是治道之本原，而礼乐又是六经之要道，治国之措施，首在礼乐。而礼乐之创设，须以三代为法，不杂以秦汉以来功利习气。后世国家制度、名号爵位等，皆袭用秦制，以财计、兵食、讼狱为急务，以礼乐为迂远之务。汉以来史官所记名物、度数、登降、揖让、拜俯之仪节，皆礼之末节。而此末节用之于郊庙、朝廷，自缙绅大夫至细民，皆莫能知、莫能习。能知礼乐之意蕴、被礼乐之教化者，少之又少。迨至后世，礼乐仅成文饰之具。丘濬有感于欧阳修“三代而上，治出于一，而礼乐达于天下。三代而下，治出于二，而礼乐为虚名”之语，痛感礼乐崩坏之现实，欲以儒家礼乐蔚兴之理想状态相号召，兴复旧制，革新后代“苟简之政”。凡政制之施，皆应寓礼乐之意于其中，不仅仅付诸政令刑罚。尤向往明太祖开国之初以礼乐为首务，开礼乐二局，征天下耆儒宿学分局讲究礼乐的盛举，以为合三代礼乐之治之善法。
在礼乐的诸功能中，丘濬最重视的是礼的别尊卑贵贱，定人之伦序，从而使整个社会和谐有序这一点。并且认为，人类社会的和谐有序是天秩天序的体现。他说：
天之伦序，有不易之典，而正之在我者，必使君臣、父子、兄弟、夫妇、朋友之伦，而各有义有亲，与夫有序有别有信，咸惇厚而不薄焉。天之品秩，有自然之理，而出之自我者，必使吉、凶、军、宾、嘉五者之礼，而各有尊卑贵贱，等级降杀，咸有常而不变焉。【31】
这是说，经礼三百，曲礼三千，其功能皆在于规定人的不同位分，有位分就有伦理原则。有了伦理原则，就有了决嫌疑、明是非的标准。从天的角度看，这些原则是自然而然的。因其自然而然，所以常而不变。丘濬对礼的调节各阶层利益的功能十分重视，认为是人道之最大者，如果没有礼，“强将恃其力以陵弱，众将恃其势以暴寡，富将恃其财以吞贫，智将恃其能以欺愚。则是天下之人，皆将唯其势力财能之是恃，而不复知有尊卑上下之分矣。人何由而安哉？”【32】丘濬这些思想是对《尚书》中“天叙有典，敕我五典五惇哉。天秩有礼，自我五礼有庸哉。同寅协恭和衷哉”和历代儒者崇尚礼治的继承。
丘濬又认为，在诸礼中，祭礼最为重要。作为五礼之首，祭礼承担着交通神明，协调天地人三才之关系的重任，故诸礼中祭礼为大。他说：
礼之大者，莫大于祭祀。祭祀之礼，凡有三焉：所谓祀天神，享人鬼，祭地祇是也。……后世人主，往往重治人之职，而轻事神之官，甚者，乃以畀小人非类，失古意矣。【33】
上古时代，掌邦国之礼，协调人神关系，和谐上天与下民的，是大宗伯。大宗伯以此职掌协助人君管理国家。交通神明，实为人间之重大事务。后世人格神的观念逐渐淡化，天神地祇由真实存在的可司人事之大柄的有人格的神灵，慢慢变成了承接人表达虔敬心态的假想对象。而人鬼不过是先祖之灵，是人感恩之情的接受对象。丘濬强调祭祀，意在强调古来相传之礼，使人不轻慢古礼，加强人文化成意识，尊古好古，敬畏天地，扭转专意于财赋刑罚的治国之法。
丘濬同时强调，礼必须以义为它的根本，因为礼只是一套外在的仪节，如果没有伦理内容蕴涵于其中，则礼无有灵魂，失去其作为伦理观念载体的功用。丘濬说：
礼必有义，礼而不合于义，则为非礼之礼。故古人言礼，必兼义言之。……礼之为礼，皆义之所当为者也。义不当为，则礼不可行。则是礼之用，皆是义之实也。【34】
丘濬也强调，礼要发挥其政治功能，必须随时损益。礼不损益，则成尘羹土饭；礼不损益，则必陷于一偏。但损益者礼之仪文，不可损益者，礼所表达的伦理原则。前者遵循的原则是“礼时为大”，后者则强调须识制礼之理，即礼之大本大原。前辈理学家，对此二者都有阐发。相较而言，张载强调较多的是礼所表现的理的永恒性，程颐、朱熹强调较多的是礼应随时因革。丘濬对这二者加以综合，认为两者不可偏废，他说：
古礼之不能行于今世，亦犹今礼之不可行于古也。虽然，万古此天地，万古此人心，礼出于人心，圣人缘人情而制为礼，何有古今之异哉？……于此推原人心固有之理，考求先王制作之意，因其风气，顺其时势，称其情文，斟酌损益，以渐行之，立为一代之制云。【35】
丘濬此说，亦意在为洪武朝所定之《大明集礼》、《洪武定制》、《礼仪定式》、《稽古定制》等官修礼书之合理性、权威性作论证，因为这几部礼书，都是明朝开国之初，诏中书省会同翰林院、太常寺拟定，又遍征民间耆儒知礼者相与考订，斟酌损益历代之礼典，而成为一代之制的。
丘濬在总论礼乐之道后，又摘引了大量材料，对王朝之礼（朝仪制度）、郡国之礼（行于州县族闾之礼）、家乡之乐（家礼指家庭之冠婚丧祭之礼，乡礼指乡饮酒礼、士相见礼等）等详加说明，这些礼制都很繁细，这里不一一论列。所要说的是，丘濬曾采掇朱熹《朱子家礼》的主要内容，撰成《家礼仪节》一书，足见他对朱子的推崇和以朱子手订家礼刊正民间所行之礼及在冠婚丧祭上移风易俗之意。
丘濬《大学衍义补》的另一个重点是教化。此书在崇教化之目下，设学校、道学、经术、风俗、师儒、旌别、赠谥等子目，所论十分繁重。与上述几目一样，丘濬之崇教化也以天道为根据，教化的原理，在体天道之理，设为政教。他引程颐对“神道设教”的解释来说明教化的原理。程颐曾说：“圣人见天道之神，体神道之设教，故天下莫不服也。夫天道至神，故运行四时，化育万物，无有差忒。至神之道，莫可名言，唯圣人默契，体其妙用，设为政教。故天下之人，涵泳其德，而不知其功；鼓舞其化，而莫测其用。自然仰观而戴服。故曰以神道设教，而天下服矣。”【36】丘濬承此义而加以引申，认为教化活动本身及教化之内容，皆效法天道。他说：
天有天之文，人有人之文。人君上察天文，以审察天时之变，下观人文，以化成天下之俗。……此无他，察于天而省于己也。人有三纲也，有六纪也，有礼节也，有法度也，其彝伦之秩然，其典则之灿然，皆有文而可观也。三纲在所当正，六纪在所当修，礼节不可失，法度不可斁。吾于是乎化导之，因其自然者加以品节，顺其自然者加以导达。【37】
这是说，所谓教化，不外观天文而立教，顺民情而化导。与《周易》之“观乎天文，以察时变；观乎人文，以化成天下”同意。
关于教化的内容，丘濬承《尚书》之“契作司徒，敬敷五教”与朱熹之“此五者，当然之理，而为教令”之意，以五伦为首。五伦即君臣、父子、夫妇、兄弟、朋友“五典之教”。丘濬认为立人极，厚风俗，全在此五伦之教化，甚至将五伦提到国祚能否长久，王命能否延续的高度来看待：
大抵人君为治，教道之废兴，系天命之去留。教道兴，则天理明，而民彝叙。民知尊君亲上，而不生背叛之心。不然，则智者欲欺愚，强者欲陵弱，令之而不从，治之而不服，而至于用刑罚，动干戈，而国祚不能以长久矣。【38】
教者以五伦为教，学者以五伦为学。而教与学，亦唯在变化气质：“人之所以为人者，理与气而已。气以成形，无以治之，则不能安其生理以成性。无以教之，则不能明其道。”【39】而所谓治之教之，端在于就人秉赋于天之性而保全之，修治之。此亦继承朱子“人之有道，言其皆有秉彝之性也。然无教则亦放逸怠惰而失之。故圣人设官而教以人伦，亦因其固有者而导之耳”之意。
丘濬因特重教化，又曾任国子祭酒之职，故对施行教化的机构——学校之功能与作用，有甚深体会。他曾说：
学校之设，所以明伦兼育养也。盖伦理之在人，人人有之，而不能人人尽其道。圣人于是选其少俊者，聚之学宫而教之，俾讲明其道，而真知其所以然与其所当然，而决然不疑焉。则异日用之，以理天下之务，治天下之人。为臣则忠，为子则孝，临事则不苟避，见义则必勇为。平居则犯颜敢谏，临难则仗义死节，而思以其身当天下之重，任世道之责。其基本于是乎积累，其机括于是乎转移也。【40】
丘濬言学校，以《周易·颐》之“天地养万物，圣人养贤及万民”及《尚书·舜典》之“舜命夔典乐，教胄子”之意，作为后世学校的根据。学校之设，首先教以人伦，奠定立身行道之基础，其次教以治理天下之具体本领，以为经世治民之资具。前者为体，后者为用。而教以人伦，不过就人本具之善性感发兴起。即朱熹所谓“荡涤邪秽，斟酌饱满，动荡血脉，流通精神，养其中和之德，而救其气质之偏”。德行之外，首重艺业。艺业有三，读书、作文、写字。读书作文之内容本四书、五经、史鉴、策论。师儒每日立程督责，完不成者受责罚。丘濬指出，明代自朱元璋开国以来，即十分重视学校，视作养人材为当务之急。未登极之时，就下令建国子学。登极伊始，就下诏立府州县学，给生员廪饩，延名师教之，学成后优先登用。正统间因国家多故，学校废弛，乃每道添设督学官一员，专督学政。丘濬针对当时学校之实际情况建言：将洪武初年所定之规条交省台部官会议，拟定新章程，立碑于天下学校，作为学校教养之法式。并命礼部颁行天下，俾“为师儒者，必依此式为教；为生徒者，必依此式为学；为守令者，必依此式提调，而提学宪臣所至，一以此式考验其所以教、学、提调者。必合此式，否则有罚”。【41】
在“设学校以立教”之下，丘濬论说的重点是“明道学以成教”。在此子目中，采辑最多的是程颐、朱熹之书，间亦有周敦颐、吕大临、杨时、尹焞、张栻、蔡沈、黄榦、胡宏、真德秀、魏了翁、金履祥、饶鲁、许谦等宋元大儒的言论，其中尤以朱熹的为多。在道学之中，以诚字为先。丘濬在所选《易传》之“君子学以聚之，问以辩之，宽以居之，仁以行之”条下加按语说：
大人之所以为大者，以其德业之盛也。学者未至于大人之地，欲希之者，当如何？亦唯进德修业而已矣。忠信所以进德，修辞立其诚所以居业也。学以聚之，问以辩之，则德之进者日以崇；宽以居之，仁以行之，则业之修者日以广。夫然，则九二大人之地，亦可以企而及之矣。然则用功之要何先？曰：诚而已。忠信，诚也。修辞以立其诚，诚即忠信也。诚乎，诚乎，其进德修业之本乎！【42】
就是说，理学之全部内涵在德业二字，而进德修业之大端，在立诚。学至于大人之地的基础，即诚字。诚身为本，然后实之以学。学之内容与步骤，丘濬以为最重要的是孔子的“君子博学于文，约之以礼”和“志于道，据于德，依于仁，游于艺”，及《中庸》的“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之”。对于博约，丘濬以知行二字释之，并且认为，周、程、张、朱之学，无非知行，此乃孔曾思孟乃至宋元以来诸大儒一脉相承之法，舍此无他法。丘濬不喜陆九渊心学，在表彰诸大儒的同时，不忘批评陆学，认为陆九渊背离以上道学正途，将心导入茫昧。他最喜读，奉为道学大法者为《大学》，他说：
儒者之学，不出乎《大学》一书。所谓三纲领、八条目也。外有以极其规模之大，内有以尽其节目之详。凡夫所谓三纲五常，六纪三统，五礼六乐，尽天下之义理，皆不出乎此道。凡夫所谓六经，十九史，诸子百家，尽天下经典，皆不出乎此书。儒者之道，至于是而止，无俟他求也。圣贤之所以教，士子之所以学，帝王之所以治，撮凡举要，皆在此矣。【43】
可谓推崇备至。而《大学》诸注解中，朱熹的《大学章句》，他认为最平正无偏。
此外，与注重内圣之学的儒者不同，丘濬特别重视《大学》中治国平天下之义，这是他之所以不满意真德秀，并为之补作的最大动机。他尝说：
学至于平天下而天下平，学问之功于是乎极，圣贤之能事于是乎毕。此儒者之道所以大而实，而异乎异端之小而虚欤？或者乃求圣道于渺茫之外，而高谈性命，与异端较其是非，乌知所谓《大学》之道哉！【44】
以治国平天下为儒者德业之完成，为儒者人格的最高形态，这是丘濬的特出之处。他不屑于做一个只讲正心诚意的学者，他的理想是儒家全副人格。他也不屑于琐琐与佛道在理论上争高下，辨是非，他做的主要工作是把儒家治平之道的精蕴揭示出来。他虽也不废内圣之学，如他有《朱子学的》之作，但他最大的志愿是揭示治平之学的精蕴，认为这是最大的实学。
这种内圣外王兼重表现在治学方向上，就是尊德性与道问学并重。丘濬服膺《中庸》的“君子尊德性而道问学，致广大而尽精微，极高明而道中庸，温故而知新，敦厚以崇礼”一语，以之为儒者学问正鹄。他又将此语中之各项加以归并，总析为尊德性与道问学二门，认为二者不可偏废，他说：
尊德性、道问学二者，儒者为学之大端也。二者不可偏废。致广大、极高明、温故、敦厚四者，尊德性之目也。尽精微、道中庸、知新、崇礼四者，道问学之目也。二者可相有而不能相无。偏其一，则非圣人之道、儒者之学也。【45】
对陆九渊偏于尊德性的功夫进路，他屡屡加以批评，认为朱子格物穷理不废诚意正心，尊德性不废道问学的路向，才是“大小相资，首尾相应，圣贤所以入德之方”。
在具体教育途径上，丘濬推崇孟子之“五教”说，孟子说：“君子之所以教者五：有如时雨化之者，有成德者，有达财者，有答问者，有私淑艾者。此五者，君子之所以教也。”【46】朱熹、张栻加以发挥，认为孟子之五教是就来学者之才力高下，资禀厚薄因材施教。丘濬更认为，五教表现的是圣人之善教：天地生物，各因其性；天地无弃物，圣贤无弃人。在教育内容上，丘濬不同意程颐将儒者正心诚意之学与词章、训诂对立起来的看法。程颐曾说：“古之学者一，今之学者三，异端不与焉。一曰词章之学，二曰训诂之学，三曰儒者之学。欲趋道，舍儒者之学不可。”【47】丘濬则认为：
词章、训诂，皆儒者之事也。词章以达意，训诂以解经，儒者固不能外此以为学。但肆意乎枝叶之文，而不根乎义理；局志于言语之末，而不求夫道理，则不可也。【48】
理学家为了强调笃志于身心性命、为己之学，往往贬抑其他学问，宋元以来贬抑最甚者为辞章、训诂，认为词章乃艺能之末事，易流为无病呻吟；训诂则专注于名物度数的考证，字句的从违，亦与心性之研求无关。二程、朱熹、及以后的王阳明都明确反对词章训诂之学，尽管二程、朱熹解经的著作中也有名物的考证，文字的订正，且讲究文章的华美。丘濬意在恢复儒者之学之全，破除宋元以来流行的语录之学过于朴愿，不讲究文字之美的偏弊。他更大的意图在通过训诂之学的提倡，恢复儒家学问以经学为基础的原貌，以经学带动制度改革，带动礼乐兴作，带动经世致用，改变元明以来经学极敝的现状。此处虽只一语，却寓有深意焉。当然“肆意于枝叶之文，局志于言语之末”的文字，是历代儒者都反对的，不仅丘濬。
在崇教化之目中，“本经术以为教”是丘濬着力的另一个重点。他分《周易》、《尚书》、《诗经》、《春秋》、三礼、四书，对经学中的许多基本问题发表了自己的见解。在整个《大学衍义补》中，经学部分所占篇幅甚大，充分表现了他在经学上的造诣与对当时各方面问题的特识。
丘濬于五经中特重《周易》，认为是五经之源头，义理之渊薮，他说：
《易》者，五经之本源，万世文字之所从出，义理之所由生者也。散见于五经者，皆学者人伦日用所当为之事，而其所以当为与不当为者，其理则具于《易》。可行与止之几，于是乎决焉。是读经而不读《易》，如木之无本，水之无源也。【49】
在学《易》的路数上，他基本遵从程颐，以义理为主而黜象数，尤其反对汉易中纳甲、飞伏、卦气诸说。在对义理与象数二家的比较中，丘濬处处倾向义理，比如他说：
数者，康节之所独。今得其图，若何而可推验？明理者，虽不知数，自能避凶而从吉。学数者，尚不明理，则必至舍人而言天。穷理而精，则可修己治人。言数不精，且将流于技术。……今邵学无传，不若以理言《易》，则日用常行，无往非《易》矣。【50】
在《易》所谓“圣人之道四”之中，象与辞尤为重要。平居无事，应观象玩辞，而理、意、数与变、占则寓于其中。
对于《书》，丘濬认为，其大义在奉天治民，而事君是其中的关键。学者学《书》，除其中帝王为治之道外，尚有存养以敬，进学在致知之义。对于“十六字心传”，丘濬尤其注重：
《书》之大要，在于“允执厥中”之一语。而其所以信执其中者，在知人心、道心之所以分。既知其所以分，又能精察而一以守之，则信能执之矣。是知唐虞圣君，为治之要，不出乎一心而已。【51】
对于《易》与《书》的关系，认为《易》为体，《书》为用。《易》者义理之宗，《书》者治体之要。学者备义理以修己，明治体以治人。通此二经，学之能事毕焉。
对于《诗》，丘濬的解释一本朱熹。如《诗》之六义：一曰风，二曰赋，三曰比，四曰兴，五曰雅，六曰颂。朱熹谓此义本于《周礼》太师之官，乃三百篇之纲领管辖。丘濬亦认为学《诗》可以兴、观、群、怨，用之可以正得失，厚人伦，美教化。又如朱熹认为《诗》之言，善者可以感发人之善心，恶者可以惩创人之逸志，其用在于使人性情得其正。丘濬也认为，“思无邪”一语，虽可以概括三百篇之旨，但于各篇，须一一考究其旨。如专说思无邪一义，则对《诗》之趣者，不免笼统颟顸。尤其重要的是，丘濬反对《诗序》之所谓“义例”，亦反对对《诗》加以训诂，主张《诗》应随文寻义，“断章取义”。他说：
诗之作也，原于天理之固有，出于天趣之自然。作之者，应口而出声，赋之者，随宜而应用。或因之以申吾不容已之情，或由之以发吾不可言之意，或假之以明吾难显白之事。章不必有定句也，句不必有定字也。言从而理顺，声和而韵协，斯得之也。固未有所谓义例也，又恶用训诂为哉？【52】
在丘濬这里，《诗》既多里巷田野悲欢怨怒甚至淫佚悖乱之言，则它的作成当是相当随意的，没有儒者常有的神秘性、神圣性，更没有《诗》纬加诸它的种种奇谈怪论与宏大不经。所谓义例，是后人故作神秘。而后世据义例所施之训诂，往往离题万里，背离了自然天成、随意讴歌的本来面目。孔子删诗以为经，而又以之教授弟子，其用也是相当随意的。《大学》、《中庸》、《孟子》、《礼记》等书，引《诗》主要是言谈之助，或表达政治见解。所以应去掉《诗》的神圣性，拨开义例、训诂加给它的种种迷雾，以实用的、率意的态度去应用它。丘濬说：
读《诗》之法，在随文以寻义；用《诗》之妙，又在断章而取义也。学者诚以是而求诸三百五篇，则《雅》无大小，《风》无正变，《颂》无商、周、鲁。苟意会于心，言契乎理，事适其机，或施之政事，或发于语言，或用之出使，与凡日用施为之间，无往而非《诗》之用矣。固不拘拘于义例、训诂之末也。【53】
丘濬虽反对《诗》之义例、训诂，却相信《春秋》之“书法”，这是因为他相信何休之《春秋公羊传序》中“孔子曰：吾志在《春秋》”一语和《孟子》中“世道衰微，邪说暴行有作。臣弑其君者有之，子弑其父者有之。孔子惧，作《春秋》。《春秋》，天子之事也”的话。这两段话都是说，孔子虽有其德而无其位，于是假鲁史作《春秋》，将尊王之志寄寓于《春秋》书法中，用以表达他对《春秋》所记事件的褒贬。后世为《春秋》作注的人，不明白孔子的全部意旨在尊王，就事说事，完全背离了孔子之意。丘濬选以上何休、孟子的话置之篇首，论说皆本此义，可见丘濬是信《公羊》、《穀梁》而黜《左传》，信今文而弃古文的。并相信《春秋》经孔子亲手笔削。他所采辑的理学家言，如周、程、张、邵、杨时、朱熹、胡宏、胡安国等，皆信《春秋》“书法”者。丘濬尤信孟子“王者之迹熄而诗亡。诗亡，然后《春秋》作”一语，以为理解《春秋》之旨的关键，他对此句的解释是：
《诗》以言志，《春秋》以纪事，理虽同，而体制则异也。……先王盛时，诸侯岁朝于天子，考礼正刑，以一其德。天子于是考之、正之，而加赏罚焉。诸侯既朝之后，天子五年一巡守，又命太师陈诗，以观民风。其君德之善否，其国政之得失，其民风之美恶，见于民俗歌谣之间者，皆得以上闻。或刺或美，天子因之而施黜陟刑赏之典焉。至于周衰，诸侯不复朝觐，天子不复巡守，太师不复采诗，而民间之美刺，不复上闻；天子之刑赏，不复施于列国矣。所谓“诗亡”也。孔子乃假鲁史以作《春秋》，因诸侯之行事加以笔削之，公而寓天子刑赏之意焉。【54】
这是说，《诗》有各国之风，《春秋》记列国之事；《诗》有美刺，《春秋》有褒贬，皆可从中窥治乱兴亡。《诗》亡，表示政治日坏；《春秋》作，表示孔子以此为治理乱局之措施。这一着眼点是政治的，完全不是“诗亡，谓《黍离》降为《国风》，而《雅》亡也”之全从文体着眼。所以，丘濬读《春秋》之法即是：“圣人之心不可求矣，因其迹而求其心，因其用而求其体。《春秋》之经，圣人之迹，而所以权衡二百四十二年之事者，其用也。即是以求圣人，而圣人全体大用于是乎在矣。”【55】这一点与周、程等理学家完全一致，尤与胡安国之《春秋传》途辙最为接近。而在这一部分，因碍于形势，于明代时事几乎没有涉及。
对于礼书，丘濬最重视者为《周礼》，以之为经国之大典，从政者之持循。但《周礼》所言之制度，必不能一一照搬，须随时代之变迁而损益，以《周礼》为设官分职之总纲可也，其细目则待变通。他说：
《周礼》一书，经制大备，后之为政，有所持循。自有此书以来，未有能用之者。假而用之者，王莽也。轻而用之者，苏绰也。误而用之者，王安石也。至于善用之者，则未见其人焉。王通谓‘执此以往’，专欲用之，窃恐时异势殊，官政事体，民情土俗，不能皆如古。唯精择其切要者而审行之，以此为持循之则，则可矣。必执其书而一按其制，其流极之弊，安知其不与三子同归乎？【56】
所以丘濬既不同意唐太宗复井田、封建、肉刑方能行周公之道的见解，【57】以为太急；也不同意程颐、朱熹所言必积累熏化到大同之世方能行《周礼》之法度的见解，以为太缓。《周礼》确如张载所谓“的当之书”，能助成善治，但须因时随事损益。此是周公作此书之本意，也是后世用此书之活法。他的结论是：“后世有志复古以至太平者，师周公之意，而不泥其故迹可也。”【58】对于明代之事，也仅说到六部之设合于《周礼》六典之文，前代虽设六部而不废宰相。对明代不设宰相之制，因干碍甚大，并无更多评论。
对《仪礼》，丘濬同意朱熹《仪礼》是经，《礼记》是传；《仪礼》乃礼之根本，《礼记》乃其枝叶的说法，并认为后世欲复古礼，采择最多的当是《仪礼》，因《仪礼》主要是士大夫礼。但正因为如此，《仪礼》所缺者多，唯有与《礼记》合观，然后能见士礼之全。故最实用的，当是朱熹与门人合撰之《仪礼经传通解》。
对于《礼记》，除以上所说者外，丘濬同意程颐的说法，认为此书虽杂出于汉儒，但其中圣门之绪余及格言甚多，并认为此书“无所不载，大而三才五典，细而庶类万事，与夫治道之常，礼节之变，无不曲备而旁通焉”。【59】丘濬的《大学衍义补》治国平天下各目，于《礼记》采辑最多。之所以如此，是因为丘濬认为，礼之一名，所包甚广；天下之事，何者非礼？他将《礼记》所涉及者，分为四科：礼，仪，乐，制度。礼主要是五礼：吉、凶、军、宾、嘉。仪主要是应对、进退、坐立、趋行等仪节方面。而乐则主要是声律、歌舞、音容等，制度则封建、井田、宗法、学校、宫室、器服等方面。以此四科读《礼记》四十七篇，则易入易识。丘濬又有总论经学一段，可以视为他对于设“本经术以为教”之目的的总说明，其中说：
今所谓五经者，《易》、《书》、《诗》、《春秋》、《礼记》也。学者各专一经，能于本经之外，旁及他经，方见天地之纯全，古人之大体，然后得为全体大用之学。苟拘拘于章句训义之末，以取一第，以为进身之阶，即束之高阁，而所用非所学，是固非圣贤教学之道，亦岂祖宗所以造士之意哉？【60】
从这里也可以见出他在经学上的意趣所在。
五经之后是四书。因明代以八股文取士，最重四书，士人家弦户诵，如布帛菽粟，无甚新奇。又因朱熹对四书说之甚多，精义发挥已尽，故丘濬对四书所选甚少，评论也较简略。但从这不多的评论中，仍可看出他对四书的某些独到视点。
四书中首先说到的是《论语》，所采资料以《朱子语类》中论《论语》特点的条目为主，义理发挥也遵从朱熹。如关于《论语》义旨，朱熹以为以论仁为最紧要，朱熹并吸收二程的观点，以仁为全德，仁包四德。丘濬承袭了这一观点，他说：
仁之一字，先儒以心之德、爱之理为训。臣窃以为，仁之为仁，乃人心之全德，道理之总名。仁义礼智之仁，如元亨利贞之元也。专以元言，则元属乎春；统以元言，则亨利贞何者而非一元之气乎？仁之于义礼智，亦犹是也。【61】
其次，关于《论语》的特点，丘濬仍遵从朱熹的观点：《论语》之书，其辞近，其指远。孔子之言，明白正大，皆就人伦日用上说。诸圣人，一人是一圣人，孔子则合众圣人以为大圣人。诸书一书是一书，《论语》则合众书为一书。
对于《中庸》、《孟子》，丘濬亦未选原文一字，只选程颐、朱熹评论二书的语录。然所选亦仅数条。真德秀于《中庸》，阐发的重点在天命之谓性，戒慎恐惧、谨独笃恭等践行，及诚者天之道等义。而丘濬一依程朱，着重阐发的是中者不偏不倚，庸者平常，只有中才能庸之义。他说：
圣门之学必中，而中又必庸。乃人伦日用之常，非诡异难行之事也。是理也，乃上天之所命，人物之所率，圣人之所以教，学者之所以学，帝王之所以治，百姓之所以行，壹皆以是中庸为准则，不可偏于此，亦不可倚于彼。子思所以立万世圣学之标准者，此也。【62】
而于《孟子》，丘濬强调其为价值选择上的尺度权衡，以此为本去度量事物，才不会在道义上有差忒之义：
圣贤千言万语，不出乎孔孟之所言。经籍积案盈箱，不出乎《语》《孟》之所载。……故学尧舜禹汤文武周公之道者，必自孔子入。而入孔子之门者，必自孟子始。【63】
在四书中丘濬特别重视《大学》，这一点也可说继承了朱熹。真德秀本亦极重《大学》，且以朱熹下列说法为纲领：“《大学》是为学纲领，先读《大学》，立定纲领，他书皆杂说在里许。通得《大学》了，去看他经，方见得此是格物致知事，此是诚意正心事，此是修身事，此是齐家治国平天下事。”【64】但真德秀之《大学衍义》未及治国平天下，故《大学》只成格物、致知、诚意、正心之个人修养之书。丘濬的特识在于，他不只把《大学》视为个人修养之书，更重要的是，视为治国平天下之利器。《大学》是四书的终始，六经的关键。六经四书都不过填实《大学》所立的框架。他在总论四书时说：
学者必先读四书，而后及于六经。而读四书者，又必自《大学》始。程子谓其为初学入德之门，朱子谓其为古者大学教人之法，真氏谓其为圣学之渊源，为治之根柢，君天下之律令、格例，是知儒者之书，莫切要如《大学》一书。小学由是而入德，大学本是以为教。圣人之道，帝王之治，皆不出乎是矣。是则《易》也，《书》也，《诗》也，《春秋》之与《礼》也，《论》《孟》之与《中庸》也，皆所以填实乎《大学》一书。【65】
此段话可以代表他对《大学》重要性的看法，也道出了他所以撰写《大学衍义补》一书的动机，这就是以《大学》总括一切。真德秀所遗漏的恰是《大学》最重要的方面。他的补足绝非无关紧要，而是画龙点睛。不如此不能见儒学之全，不如此不能见《大学》之大。
总的说，丘濬对于四书的阐发，篇幅不如对五经的阐发那样大，所论之深度也较五经逊色。
在本经术以为教之下，是“一道德以同俗”。丘濬之“一道德”，就是统一于理学所崇扬的价值观念与思想学说之下。丘濬认为治国之道最重要的是两个方面：政与教。政有纪纲，教有枢要，教之枢要就是思想学说。丘濬追溯中国历史上各种思想学说，包括老庄、申韩、杨墨、苏秦张仪、佛教，各有各的道德观。自汉武帝罢黜百家，独尊儒术，始确立孔子为主的儒家学说为国家政教之基础。中经千余年之盛衰兴替，儒学至宋代而大放异彩。丘濬认为明代是儒学昌明的时代，全社会从帝王到百姓都以理学为趋赴，可以说是道德一、风俗同的时代，并以生在此世为幸。他说：
五经自汉以来，专门名家，各自开户牖而殊轨辙。或泥于训诂，或流于谶纬。至于有宋，濂洛关闽诸儒者出，然后经旨大明于世。而我列圣又表彰之，遂为千古不刊之大典、不易之定论。是以道德一而无歧辙之差，风俗同而无疆界之别。斯世斯民得以见天地之纯全，识圣贤之至理，享帝王之盛治，一何幸欤！【66】
在此儒学昌明时代，首要之务是兴教化，厚风俗。而教化之兴首在于崇师儒。因丘濬尝任太学祭酒之职，位居师儒之长，职掌最高儒学机关，故留情教育，深谙养士之道，所论皆中其肯綮。他以尊敬师儒、褒崇孔子、褒祀先儒、天子视学四者为崇师儒之具体措施。他信从《礼记·学记》之言：“凡学之道，严师为难。师严然后道尊，道尊然后民知敬学。”认为尊师非尊其人，而是尊其人所奉之道。不尊师则不足以敬其道，不敬其道则无以为治。而师儒个人，也应如朱熹所言：“唯德得于心，充于身，行于家，推于乡党，达于朝庭。”及曾子所言：“彼以其富，我以吾仁；彼以其爵，我以吾义。”这样上下相敬，由此奠立教化之基。
在褒崇孔子一项中，丘濬历数各代对孔子的封赠，认为孔子之圣，固不因朝代之变迁、时间之流逝而改变。然褒崇孔子，与其崇圣人之虚名，不若遵圣人之实理。而圣人之实理，就是理学所崇奉的精神价值。所以丘濬在论到配享一节时，除唐贞观以前所定之左丘明等二十二人外，特别表彰宋之理学家。他特别赞成宋理宗淳祐元年之从祀诏中对理学家从祀的意见：“我朝周敦颐、张载、程颢、程颐，真见力践，深探圣域，千载绝学，始有指归。中兴以来，又得朱熹精思明辨，表里混融，使《中庸》、《大学》、《语》、《孟》之书，本末洞彻，孔子之道益以大明于世。诏令学宫列诸从祀，以示崇奖之意。”【67】又极力拥护司马光、邵雍、张栻、吕祖谦等从祀，连同周程张朱，合称九儒，认为：“以此九儒者，重明圣道，俾大明于世。”对唐人列为从祀之荀况、扬雄、王弼、贾逵、戴圣、马融、杜预诸人，则认为得罪圣门，应罢祀。又为董仲舒争祀。至于王安石，丘濬的态度似甚矛盾。既认为其从祀为奸党之私意，又认为其作《三经新义》亦有功于儒门。对明代正统间增吴澄、胡安国、蔡沈、真德秀诸人从祀，又极为赞成。从对从祀诸人的态度中，可以看出丘濬心目中的真儒。他最为服膺的，还是二程朱熹。
至于天子视学，丘濬视为尊崇师儒的善举，但认为应如《礼记·文王世子》所言：“天子视学，大昕鼓征，所以警众也。”应设为常事，不为特恩。天子亦不宜常赐金帛以示恩宠。当常勉励师生，勤谨为学。这些议论，亦平正公允，显出丘濬在这些具体问题上的器识。以下“严旌别以示劝”，“举赠谥以劝忠”，虽是教化中较小的项目，但丘濬也广为采辑儒家经典和史书中的相关资料，并加按语加以显扬，从中可见其对教化问题思考之广远与细密。
《大学衍义补》的另一可注意之处是它的末章“成功化”。此章只有一目“圣神功化之极”，内容有：一、体天道而设教；二、新民；三、实行《大学》之道。这几个方面是历代儒者着力描绘并倡导实行的，是儒家政治的理想状态，。丘濬认为，功化之极首先必是依天立治，天人相协的。他主要的根据是《易传》中“乾道变化，各正性命。保合太和，乃利贞”一语。丘濬说：“乾之所以为乾者，以有元亨利贞之四德也。是故人君居天之位，必备乾之德，然后足以体天而立极焉。”【68】对此义的发挥，丘濬主要采取程颐、朱熹之说，突出下面的意思：“天道至神，故运行四时，化育万物，无有差忒。至神之道，莫可名言，唯圣人默契，体其妙用，设为政教。故天下之人，涵泳其德，而不知其功；鼓舞其化，而莫测其用，自然仰观而戴服。”【69】在政治上是《尚书》中洪范九畴之树立，因为九畴是万世之蓍龟，治国之大经大法。在国家形态上是大一统：“天下咸统一于一王，而奉其正朔，朝觐会同之毕赴，讴歌狱讼之皆归。国不敢异政，家不敢异俗。”【70】在民风上是《礼记·礼运》所描绘的大同之世：“普天之下，亿兆之众，人人各止其所，而无一人之或失其所。由一人积而至于亿兆人，人人皆然，而在在无不然，岂非大同之世乎？”【71】在理想境界上是《中庸》的“致中和，天地位焉，万物育焉”。最后以《大学》的三纲八目之完成为圣神功化之极，并以对《大学》宗旨的概括作为《大学衍义补》全书的总结：
《大学》之道，其纲领在明德、新民、止至善。其条目在格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下。外有以极其规模之大，内有以尽其节目之详。要必析之极其精而不乱，然后合之尽其大而无余。所谓全体之学也，所谓圣神功化之极也。是以《大学》一经十传，行其道于当时，则有以为一世立太平；传其书于来世，则有以为万世开太平。……大哉书乎！学校施之以为教，则足以成乎天下之才；经筵用之进讲，则足以辅一人之盛治；国家本之以持世，则足以延万年之国祚。所谓为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平，诚有在乎《大学》之一书也。三才之道，四德之用，五伦之教，六经之文，万世之治道事功，皆备载乎是书之中。一世用之，则一世之人蒙其泽，而开一世之太平。千万世用之，则千万世之人蒙其泽，而开千万世之太平。噫！百圣千贤，皆莫能外乎孔子之教；千经万典，皆不能出乎《大学》之书。好治之明君，辅治之良佐，政不必尽读天下之书，泛举古人之事，即此一书推而行之，尧舜禹汤文武之王道，不假外求；皋夔伊傅周召之相业，即此而在；唐虞夏商有周之盛治，居然可致矣。【72】
此一长段话，是丘濬对于《大学》修己治人经世明道全部功用的见解。虽然其中充满了夸张、理想的成分，但丘濬个人对此是深信不疑的。他的深信不疑建基于一个信念之上，即《大学》一书有着巨大的解释空间，经过诠释，可以把六经、四子的全部包容、概括、浓缩于《大学》一书。《大学衍义》之“衍”，就是一种诠释。所衍之义，是儒家全部内容。所以仅真德秀所遗落之治国、平天下二目，就引申、发挥出一百六十卷之内容。而此一百六十卷，又将真德秀所论之内容，全部贯串兼综。故《大学衍义补》可以当做六经四子之缩略、简编看，也可以当做政书、兵书、史书之纲目看。纵观有明一代之政典，未有如此采辑富赡、评案深至因而真切于习学与应用者。如果套用丘濬的说法，以正心诚意等为体，以治国平天下为用，丘濬所衍之“用”则掩其体而笼括之，所谓“即用而言体在用”。丘濬自己在上明孝宗的《进大学衍义补表》中对他这部书的特点及撰作意图也作了明确说明：
