东林学派的另一位重要人物是高攀龙。高攀龙（1562—1626）初字云从，后字存之，号景逸，无锡人，万历十七年（1589）举进士，不久遭嗣父丧，服阙授行人司行人。时四川佥事张世则以所著《大学初义》献，欲施行天下，且上疏自谓读《大学》古本有悟，知朱熹之学专务尚博而不能诚意，议论多而成功少，甚至将宋亡归咎于朱学造成的萎靡不振之风习。高攀龙上《崇正学辟异说疏》为朱子辨冤，谓程朱之学，大要不出涵养须用敬、进学在致知二语。此乃孔子之教。穷理即博文，居敬即约礼，二者合一并进，即圣学之允执其中。并且在此疏中剖白自己所以表彰程朱之学的苦心：
臣有深忧焉。自世庙以前，虽有训诂词章之习，而天下多实学。自穆庙以来，率多玲珑虚幻之谈，而弊不知所终。笑宋儒之拙，而规矩绳墨脱落无存。以顿悟为工，而巧变圆融不可方物。故今日对病之药，正在扶持程朱之学，深严二氏之防，而后孔孟之学明。【56】
建议朝廷明诏中外，非四书五经不读，非濂洛关闽之学不讲，从而一人心，同教化。此疏为高攀龙表彰程朱之学，用以遏制王学末流之泛滥，救时之弊的最初宣言。疏上，《大学初义》遂不得进。
次年，王锡爵入阁辅政，排除异己，吏部尚书孙及吏部右侍郎赵用贤被讦去位，高攀龙疏劾王锡爵泄私愤，斥逐正人，并谓攻讦赵用贤之郑材、杨应宿谗谄宜黜，因此获罪，谪揭阳添注典史。在揭阳，官暇则课士改文，编《朱子语要》。到官七月即因事归家。归途中见止修学派的李材，与辩修身格物之学。抵家后作水居，读书静坐其中。有诗多首吟咏此时闲适心境，下引之一首可见一斑：“少敦诗书好，长嗜山水娱。一朝谢簪组，而来居菰芦。青山当我户，流水绕我庐。窗中达四野，喜无垣壁拘。桃柳植长堤，菱荷被广渠。徒侣有渔父，比邻唯田夫。虚堂白日静，恍若游黄虞。兀兀日趺坐，欣欣时读书。会兹动静理，常得性情舒。恬然以卒岁，去此将焉如。”【57】又广取释老之书读之，寻绎儒家与释老异同，谓：“释氏与圣人所争毫发。其精微处吾儒具有之，总不出无极二字；弊病处先儒具言之，总不出无理二字。”【58】认为“无”之静定，儒家与释老皆讲，而穷理尽心，为儒家独有，因为释老之宗旨，为求心之空虚，而儒家则穷万物之理，尽本心之性。故静坐功夫为三教所共，儒家并不讳言，而穷理为儒家所独。
万历三十二年（1604），协助罢官家居的顾宪成修葺宋杨时讲学旧址东林书院，讲学其中。并至周边常熟虞山书院、毗陵经正堂、金沙志矩堂、嘉禾天心书院、荆溪明道书院等处讲学。所讲内容多为“穷理”、“居敬”，与顾宪成之“性善”、“小心”宗旨相配合，人称“顾高”。万历四十年（1612），顾宪成逝世，高攀龙为作《行状》，其中说：
自孟子以来得文公，千四百年间一大折衷也。自文公以来得先生（指顾宪成），又四百年间一大折衷也。先生自甲午以来，见理愈密，见事愈卓，充养愈粹，应物愈密，从善如流，徙义如鸷，殆几于无我矣。【59】
认为顾宪成在儒学史上为不世出之人，对其地位给予高度评价。其间刘宗周来访学，返家后高攀龙曾作答刘念台三书，谓：
格物者，穷理之谓也。穷理者，知本之谓也。仁丈云：一穷理焉尽之矣，诚然哉。理者心也，穷之者亦心也。但未穷之心不可谓理，未穷之理不可谓心。此处非穷参妙悟不可。悟则物物有天然之则，日用之间，物还其则，而己无与焉。如是而已。【60】
学问之道无他，复其性而已矣。弟观千古圣贤心法只一敬字无弊。何谓敬？絶无之尽也。有毫厘丝忽在，便不是；有敬字在，亦不是。易曰：直其正也。直心，正念而已。【61】
此中穷理即知本，即物还其则，敬为复性之关钥诸旨，对刘宗周“诚意”“慎独”学说之形成有一定影响。
天启改元（1621），起光禄寺丞，至此已家居二十八年。翌年升少卿，疏劾郑贵妃之侄郑养性与进红丸之崔文升。又上《恭陈圣明务学之要疏》，谓：
如《大学》一书，既讲于经筵，入于圣虑，臣以为即此书反复玩味，明明德于天下裕如矣。推而广之，宋臣真德秀《大学衍义》不可不读也，再推而广之，先臣丘濬《大学衍义补》不可不读也。陛下尽心于三书，而帝王心法治法无不具备。夫然后知若何行政，若何用人，若何理财，若何治兵；人臣若何为正，若何为邪；臣下之言若何为是，若何为非，若何为似正而实邪，若何为似是而实非，皆了然于圣心，而后为明明德。【62】
倡导以《大学》之心性义理为行政之基础，严辨是非邪正。不久转官大理寺右少卿、太仆卿，擢刑部右侍郎。此时东林名目已成，朝中党争渐趋激烈，高攀龙谓：“今日之事，未能用倒仓之法，唯有上下和衷，少杀其毒耳。”【63】主张默然融化，不可相持太急，以免激起更大争端。天启四年（1624），高攀龙升左都御士，上疏劾劾魏忠贤党与御士崔呈秀贪赃枉法。魏党借会推晋抚事倾害正人，东林派下之人斥逐殆尽。次年，毁东林书院，高攀龙被削职为民，家居以学自娱。曾有与友人书表明此时之心迹：
世事甚危，党人之危不足言也。年来履虎尾，反觉有用力处。现前於穆之真，绝无声臭，安得有富贵、贫贱、夷狄、患难？是刀锯鼎镬之所不能及，安得有死生？但在日用练习纯是此件，即真无死生耳。【64】
已置生死于度外。天启六年（1626）崔呈秀将高攀龙之名窜入诬陷周起元吞没赃款的疏中，遣缇骑逮治。高攀龙得信，自沉于池中，留疏曰：“臣虽削夺，旧系大臣。大臣受辱则辱国，故北向叩头，从屈平之遗则。君恩未报，结愿来生。”【65】又留书给他的弟子华凤超说：“仆得从李元礼、范孟博游矣。一生学力，到此亦得少力。心如太虚，本无生死，何幻质之足恋乎？”【66】崇祯初年，魏忠贤及阉党多人伏诛。赠高攀龙太子少保，兵部尚书，谥忠宪，学者修复东林书院。高攀龙所遗留的读书札记、讲学语录、书信、奏疏、及少量的诗歌，由弟子陈龙正编为《高子遗书》十二卷。所编《朱子节要》、《正蒙注》今佚。
高攀龙为东林派下最大的学者，他的学术较顾宪成深入。顾宪成大节凛然，爽朗高明，但政治方面关怀甚切，哲学理论上所造不深。他一生汲汲竞辩者，为无善无恶一语，虽心仪周敦顾、程朱之学，但少有畅达之发挥。而高攀龙因在林下时间甚久，得以从容读书，故对朱子学有深入体究。加之资性沉郁善悟，学问有不断之进境。其所造开大深刻，在明末学者中为翘楚，与刘宗周并称大儒。高攀龙之学悟与修并重，心与理共尊，有明显的调和朱子学与阳明学的倾向。他身处明末阳明学之流弊已充分显露，学者争言批评王门后学，思欲以朱子学救治之时，而阳明学此时已成滔天之势，其影响之深广遍一切处，故此时较为深刻、有独特思想理论的学者，不能不受王学影响，高攀龙之儒学，可以说是朱子学与阳明学两相调和的产物。
高攀龙之学重悟，随处之感触皆为解悟之资。特别在他中年时期思想未成形，广为参学以求不断趋进之时，重悟之特点尤为明显。对他一生特别重要的几次解悟发生在他贬官赴揭阳的途中。高攀龙青年时期所学多为科举之业，年二十五，闻李复阳、顾宪成讲学，始有志于学，但未知其方。看《大学或问》，见朱子言“入道之要莫若敬”，遂专用力于收敛。觉气郁身拘，不得自在。而放下敬字，又觉散漫无归。后读二程“心要在腔子里”，忽悟心不专在方寸，而浑身皆心。此旨得李见罗修身为本之学之印证，更自信不疑。又静坐中觉当下无邪、浑身是诚，一时心中快然，如脱缠缚。但谪官之后，胸中百念交战，无有宁贴，方知前此自觉之诚，只气定而已。赴揭阳途中遇陆粹明、吴志远论学，问本体何如，茫然不知如何作答，方悟于儒学之道全未有见，于是发愤要了彻儒学之道。此后严立规程，循二程朱子之法，半日静坐，半日读书。不宁贴处，只以朱子“主静存诚”、“观于未发”、“默坐澄心，体认天理”诸义参求。一日，在汀州旅舍中，悟二程“万变俱在人，其实无一事”之旨，心中念念不舍之意斩然断绝，觉得身与大化融合无际，见六合皆心，腔子是其区宇，方寸是其本位，神而明之，实无方所可言。此一悟甚为关键，因为它确立了儒学之道的本质与其表现两个方面，且两个方面融为一体。本质的方面，儒学之仁、之德表现在一切处，心是其本位。心即性，性即理，性理之表现无处不在。但其形式是融化的，非有拘执，故无方所。儒家之道，体用咸备，本末圆成。此后之功夫，只在更加融释而已。由此与释老之疆界自然划明。后遭本生父母丧，家中多事，故态复萌，更悟不可无端居静定之力，故重又强调主静，认为：“学者神短气浮，须数十年静力，方得厚聚深培。而最受病处，在自幼无小学之教，浸染世俗，故俗根难拔。必埋头读书，使义理浃洽，变易其俗肠俗骨，澄神默坐，使尘妄消散，坚凝其正心正气，乃可尔。”【67】此一悟，奠定了他终生强调静定功夫之基础。汀州旅舍之悟，是一种万物一体的胸怀；而此一悟，更多的是一种功夫上的实修。前者多境界意，后者多践行意。循此继续精进，孟子性善之旨愈加显明。此性字非恻隐之情，而是宇宙间根本之理。但只有最上根心与理一，其次全靠后天功夫习学而得。故高攀龙十分强调格物，以格物为儒者得道之不二法门。理高严精微，稍有漏泄便不是。此后再精进，实信二程“鸢飞鱼跃”与“必有事焉”之旨。鸢飞鱼跃是心之本体本自活泼自然，必有事焉是后天功夫提撕不忘。而二者是统一的：自然上必有功夫，功夫是助自然之发运；功夫必循自然，自然是功夫所施用之本体。二者相辅而行，其间之关系“如植谷然，根苗花实虽其自然变化，而载培灌溉全非勉强学问。苟漫说自然，都无一事，即不成变化，亦无自然矣”。【68】最后将《大学》之三纲八目融于《中庸》之中。高攀龙所理解的《中庸》，“中”者理之体，代表本质，“庸”者心之用，代表形式。中庸即体即用。故“中者停停当当，庸者平平常常。有一毫走作便不停当，有一毫造作便非平常。本体如是，功夫如是。天地圣人不能究竟，况于吾人，岂有涯际”。【69】此种最高境界的达到，只能是不懈地修养，至死而已。此高攀龙54岁之前之进境。此后多在本质上更加弘深，形式上更加融释。最后是心如太虚，忘怀生死。他临终前自谓“一生学力，到此亦得少力”，即此境界之证明。
黄宗羲曾说：“东林学术，泾阳导其源，景逸始入细。”【70】考察二人学问特点，可知此说深有见地。明代中期以后，阳明学最称显学，阳明学注重的是心性之论，对气的讨论较少。但晚明思想家多有重张朱子学以纠王学末流的意向，对气的论讨逐渐加强，一部分思想家且欲统合朱子学与阳明学，多倾向于以气为基础讨论心性。其中最典型的是刘宗周、黄宗羲师徒。高攀龙虽亦有纠正王学之愿望，故特别表彰程颐、朱子的格物致知。但他一生精进不已，悟修并重，对精神境界之高明阔大不断追求，故他所谓心、所谓物皆合朱子阳明二义而言，皆以气为基础。高攀龙对理气心性诸论都有深入论述。比如他说：
天地间浑然一气而已，张子所谓“虚空即气”是也。此是至虚至灵，有条有理的。以其至虚至灵，在人即为心；以其有条有理，在人即为性。澄之则清，便为理；淆之则浊，便为欲。理便是存主于中的，欲便是梏亡于外的。如何能澄之使清？一是天道自然之养，夜气是也；一是人道当然之养，操存是也。【71】
这段话有本体，有功夫，是高攀龙思想的集中表述。高攀龙认为，构成万物的始基是气，气既是虚灵的，又是有条理的。气之虚灵在人为心，气之条理在人为性。心、性皆以气为基础。这一思想对刘宗周、黄宗羲心是气之灵处，性者气之条理的思想影响很大。他还说：“气之精灵为心，心之充塞为气，非有二也。”【72】这是说灵明与质体，是气的两个方面，这两个方面统一于气。这一点对后来黄宗羲既讲“盈天地皆心”又讲“盈天地间皆气”有一定影响。前述高攀龙悟“心不专在方寸”、“六合皆心”这种境界性的体悟与此心气为一之论相为表里。也就是说，在高攀龙这里，宇宙中的万物皆是即心即气即理的，万物是人的境界和觉解的产物。故人之性体，从本质上、内容上说即价值性的原则，从表现上说即运转不息、流行不止的总体。此性体可以说是理与流行之合一。这是高攀龙以大易之流转性融释程朱的理之绝对性而有的观念。他在解释孔子的“子在川上曰：逝者如斯夫”一语时说：
“生生之谓易”，无刻不生，则无刻不易；无刻不易，则无刻不逝。但不可得而见，可见者无如川流。此是人的性体。自有生以来，此个真体变做憧憧妄念一般，流行运用，不舍昼夜，遂沉迷不反。学者但猛自反观，此憧憧者在何处，了不可得。妄不可得，即是真也。缘真变妄，故转妄即真，如掌反复。【73】
此段话里说，对此总体之局部发生执著，即为妄；不发主执著，心与性体为一则为真，“缘真变妄，转妄即真”，真与妄只在一念之指向。这里表现的思想明显地受了佛教的影响。但对性体的描述则与大易一致，即宇宙间事物皆即心即物。他在对《论语》“学如不及，犹恐失之”一语的解释中也表述了相同的意思：
孔门心法极难看，不是悬空守这一个心，只随时随处随事随物各当其则。盖心不是别物，就是大化流行与万物为体的。若事物上磋失，就是这个磋失。学者不知本领的，只去事物上求，却离了本。知得本领的，要守住这个心，又碍了物。皆谓之不仁。【74】
这里更明确说，心与物为体，物与在其上之心一而不二。离心求物与守心碍物，皆背离了孔门心法。这里显示的思想都说明，高攀龙合朱子阳明为一，其对心、性、理、物诸概念的解释，都是境界性、观照性的，而非知解性、实用性的。在此境界性的观照下，人心即是宇宙的具体而微：
天地之心，充塞于人身者，为恻隐之心；人心充塞天地者，即天地之心。人身一小腔子，天地即大腔子也。【75】
心与万物，交融为一。在物上可以见出心，在心中可以见出万物之总原则。万物之总原则与一物之原则亦理一分殊。对于心物的这种见解是他格物论的基础。
高攀龙欲以朱子学纠正阳明后学。朱子学的灵魂格物论是高攀龙必然要汲取的。但他以上述心物一体为基础，则对格物的解释就与朱子有很大不同。黄宗羲于此点曾明白指出：
先生（按指高攀龙）之学，一本程朱，故以格物为要。但程朱之格物，以心主乎一身，理散在万物，存心穷理，相须并进。先生谓：“才知反求诸身，是真能格物者也。”颇与杨中立（杨时）所说“反身而诚，则天下之物无不在我”为相近。是与程朱之旨异矣。【76】
此处所见极是。高攀龙之格物，本与朱子不同，因为他援阳明学入朱子，特别重视境界。因此高攀龙之格物，非仅格在外之物之理，而是注重解悟理上之至善，他说：“有物必有则，则者至善也。穷至事物之理，穷至于至善处也。”【77】又说：“吾辈格物，格至善也。以善为宗，不以知为宗也。”【78】认为此可避免只穷事物之理而与身心无交涉之弊病。他自觉地把穷理与知本二事打并为一：“穷理者格物也，知本者物格也。穷理，一本而万殊；知本，万殊而一本。”【79】穷理非目的，知本才是目的。知本即知修身为本，即知止至善。就孔门之一贯说，格物是一，知本是贯。一是精察于个别，贯是统合于一般。个别是物理，一般是性理。故说：“格物是随事精察，物格是一以贯之。”【80】对随事精察与一以贯之的关系，则曰：“格物愈博，则归本愈约。明则诚也。”【81】明是格物事，诚是知本事。明为闻见之获得，诚是德性之达到。高攀龙以此对朱子之格物致知有一改造，这就是将致知之知由闻见之知变为德性之知。他说：
朱子曰：“致知、格物，只是一事。格物以理言也，致知以心言也。”由此观之，可见物之格即知之至，而心与理一矣。今人说着物，便以为外物，不知不穷其理，物是外物；物穷其理，理即是心。【82】
朱子之意，致知是“推极吾之知识，欲其所知无不尽也。”重在知识之获得，而高攀龙之致知是德性之达到。故物格知至是觉悟心中本有之性理与事物之理为一。他之特别强调格物为知本，就是要避免朱子格物说“支离外求”之不足。因为阳明学者对此批评甚多，而学朱子者亦常不能免此弊病。高攀龙于朱子学之此种不足有明确之自觉，故倡“格物知本”之说。他之在格物后补“知本”，就是要使格物牵扯到人心上来，避免如上阳明学者之指摘。他尝有书信与顾宪成论格物，其中说：
格物之功非一，其要归于知本。知修身为本而本之，天下无余事矣。盖格来格去，知得世间总无身外之理，总无修外之功。正其本，万事理更不向外着一念。如此，自然纯乎天理而无一毫人欲之私，岂不是“止至善”也。当初程朱二先生错认“此谓知本”是缺文，而谓格致别有传，遂令“修身为本”二节无归着。后世知得“此谓知本”是原文，而谓格物只格本末，又令格物致知之功无下手。【83】
此处“后世只格本末”的学者，指倡“淮南格物”说的王艮。文中对程朱、王艮之学皆持反对态度，认为前者离本体，后者离功夫，都于儒学之全有偏离。而两相比较，他认为阳明学带来的偏弊危害更大，故说程朱格物之说大段可留，不过需明了止至善为目标，格物为手段方可。无止至善，格物得到的只是闻见之知：
只如阳明单提致良知而扫朱子穷理之说，弊败亦已见矣。故程朱格物之说更不可动，只提挈得《大学》主意在“止至善”，而知止工夫先于格物知本，自然如木有根，如水有源，而格物穷理皆所以致其良知，而非徒夸多斗靡为闻见之知矣。【84】
他的理想是程朱的格物、阳明的致知、李见罗的修身三者会通。故说：
窃谓古今说《大学》者，格致之义，程朱为最精；致知之义，阳明为最醒；止修之义，见罗为最完。三家相会通而不以一说排斥，斯可耳。【85】
此意在他与友人的书信往来中多有表露。如上引他与刘宗周书说：
格物者，穷理之谓也。穷理者，知本之谓也。仁丈云：一穷理焉尽之矣，诚然哉。理者，心也；穷之者亦心也。但未穷之心，不可为理；未穷之理，不可为心，此处非穷参妙悟不可。【86】
他所谓“理者心也”，指所穷之理是心觉解、心投射心中之理于其上的理，“穷之者亦心也”，指穷理之心是道德与知识二相合一的心体，非仅主见闻知觉的灵明之心。理与心皆功夫过后之理与心，非未用功夫之理与心。未用功夫，人的觉解与投射未施，心只是知觉灵明，理只是物之在其自己。功夫之后，理者心也，心者理也。理不离心，心不离理，前此单面的存在，此时融释为一。但此所谓功夫，重在觉解，重在襟怀之获得，故皆参究妙悟事，非仅“行不着，习不察”，无与于身心性命之盲目实践。
此义高攀龙也用以解释“心外无物”。他说：
胡庐山辈以为心即理也。舍心而求诸物，遗内而徇外，舍本而逐末也。呜呼！天下岂有心外之物哉？当其寂也，心为在物之理，义之藏于无肤也；当其感也，心为处物之义，理之呈于各当也。心为在物之理，故万象森罗，心皆与物为体；心为处物之义，故一灵变化，物皆与心为用。体用一源，不可得而二也。物显乎心，心妙乎物。妙物之心无物于心，无物于心而后能物物。……彼徒知昭昭灵灵者为心，而外天下之物，是心为无矩之心，以应天下之物，师心自用而已。与圣贤作处，天地悬隔。【87】
此以心之寂感解释程伊川之“在物为理，处物为义”。“处物为义”之解释同于伊川，“在物为理”之解释则大不同。盖伊川之意，“在物为理”意谓理在事物上，故一草一木亦皆有理。而高攀龙则意谓，心皆与物为体，心为在物之理。未与事物相接，道德判断未发生之时，此时心是本体论的，心表现为在物之理。即物上之理与心中本有之理同一。故“万象森罗，心皆与物为体”。既与事物相接，则道德判断自然发生，此时心为判断之主体，义或不义必不能隐匿。与物相接与否乃一心之转，而接与不接，心皆非不发生意义上的作用的绝对虚无。此即“一灵变化，物皆与心为用”。未与物接者，与物为体之心，乃心之体；与物接后，发生义与不义之道德判断之心，乃心之用。心体用一源，不可得而二。心之用，物显乎心；心之体，心妙乎物。心之体用皆非空，所以杜绝了以“昭昭灵灵者”之灵觉为心的弊病。心非仅灵觉，中有矩矱，有价值性引导，避免了师心自用，故不脱离儒家之道。这就是高攀龙对心物关系的解释。这个解释与他上述强调心理、心物一体的意图一致。他所汲汲反对者，为虚灵知觉之心，为中无德性之心，为脱离价值规范之心。
高攀龙对于二氏的批评，也主要在此点上。他说：
老氏气也，佛氏心也，圣人之学，乃所谓性学。老氏之所谓心、所谓性，则气而已。佛氏之所谓性，则心而已。性者天理也，外此以为气，故气为老氏之气；外此以为心，故心为佛氏之心。圣人气则养其道德之气，心则存其仁义之心，气亦性，心亦性也。【88】
这里认为儒学与佛道之别，全在所谓性之内容上。性为天理，则其气其心，皆有了道德属性。他又说：
圣人之学所以异于释氏者，只一性字。圣人言性所以异于释氏言性者，只一理字。理者，天理也。天理者，天然自有之条理也。故曰天叙、天秩、天命、天讨，此处差不得针芒。先圣后圣，其揆一也。【89】
以释氏之性为“作用见性”，以儒家所谓性为理，此是宋明儒之老生长谈。高攀龙这里强调的是，不仅性是理，即道德性内容，而且此道德性内容同时有不可改易之自然条理。这与王阳明所谓“良知上自然的条理”非常相近，不过一言理，一言心，而在高攀龙这里，理与心在内容和形式上都是相通的。
高攀龙之重妙悟的特性，牵出对理学根本观念的一系列独特解释，这些解释的关键在心物合一。这一点高攀龙的弟子陈龙正有明确精到的概括：
高子之学，不率心而率性，不宗知而宗善。无声无臭之善，践之以有形有色之身。格物之日，所谓知性，所谓复性，胥于此乎在。……本朝大儒，无过文清、文成，高子微妙踰于薛，而纯实无弊胜于王。至乎修持之洁，践履之方，则一而已矣。然道脉自朱陆以来，终莫能合。薛非不悟也，而修居多；王非无力也，而巧偏重。一修悟，一巧力，一朱陆，唯吾先生其人。【90】
这里明言高攀龙学术之特点，在合朱陆，一悟修，统功夫与本体，不重心之知性而重心之德性，格物而知性、复性一时并了。其中悟与修之关系，高攀龙最喜言且有特识，他所谓悟，指对宇宙万象所蕴涵之价值意义的觉解，是精神境界、胸襟怀抱事。所谓修，指将此觉解落实于明善诚身之具体行为。悟是形而上事，修是形而下事；悟是天人性命事，修是人伦日用事。他说：
默而识之曰悟，循而体之曰修。修之则彝伦日用也，悟之则神化性命也。圣人所以下学而上达，与天地同流，如此而已矣。【91】
他主张二者并重，偏离了其中任何一面，皆导致弊害之发生。他尝说：
修而不悟者，徇末而迷本。悟而不彻者，认物以为则。不知欲修者正须求之本体，欲悟者正须求之功夫。无本体无功夫，无功夫无本体也。【92】
悟本体必须靠功夫，做功夫必须在对本体的觉解指导之下。无本体之功夫必认物为理，无功夫之本体必蹈虚弃实。须二者互为扶持，相资为用。故不悟之修，只是装饰；不修之悟，只是见解。在这二者中，他针对当时王门后学出现的流弊，尤反对悟而不修。他尝怒斥重悟而不重修所造成的后果说：
今之悟者何如耶？或摄心而乍见心境之开明，或专气而乍得气机之宣畅，以是为悟，遂欲举吾圣人明善诚身之教一扫而无之，决堤防以自恣，灭是非而安心，谓可以了生死。呜呼！其不至于率兽食人而人相食不止矣。【93】
此中着力批评的是泰州派下抛却修养功夫而任气自为者。与顾宪成及后之刘宗周取径一致。
由反对重悟不重修，高攀龙特别提掇“敬”字为功夫首务。他尝说：“学者无穷功夫，心之一字乃大总括；心有无穷功夫，敬之一字乃大总括。”【94】以敬为所有修养功夫的基础。高攀龙之敬字，首先是身容整肃，心不放逸，故说：“敬字只是一个正字，伊川先生言敬，每以‘整齐严肃’言之。整齐严肃四字，恰好形容得一个正字。”【95】敬不是硬把持、强制使身心不动之谓，敬须义理浸灌，变化气质，身心交养互摄，渐进而成。如《易》所谓“敬义立而德不孤”，他解释说：“敬义原非二物，假如外面正衣冠、尊瞻视，而心里不敬，久则便倾倚了。假如内面主敬，而威仪不整，久则便放倒了。圣人所以说‘敬义立而德不孤’。难久者，只是德孤。德孤者，内外不相养，身心不相摄也。”【96】他认为朱子综合伊川之整齐严肃、谢上蔡之常惺惺、尹和靖之其心收敛不容一物三义而成之主敬之法，最是无弊，而三者其实一物，即身心、内外有主不放肆之谓。而此有主，亦须自然，不能常为心中之一物而不化。故敬又是心无一物。高攀龙说：“心无一事之谓敬。”【97】又说：“不知敬之即心，而欲以敬存心，不识心，亦不识敬。”【98】还特别提醒：“今人错认敬字，谓才说敬便着在敬上了，此正不是敬。凡人心下胶胶扰扰，只缘不敬；若敬，便豁然无事了。岂有敬而着个敬在胸中为障碍之理。”【99】高攀龙谓敬字也不能把持，主张心无一事，此点受禅学影响，目的在破除因药发病之弊。顾宪成论功夫，专提“小心”二字。此小心即敬之另一种说法。但强调敬易导致以敬为一物而常提不放，有敬畏而无洒落之病。高攀龙有见于此，故以敬为必有事焉而又心无一物之状态。必有事焉是精神趋向，心无一物是具体状态。二者并不矛盾。此亦明代儒者经常论及之义，非有奇特。因为论修养功夫易入伊川所谓如扶醉人，扶得一边又倒向另一边之病，故不得不常有一边立义，一边又提醒勿为此义所执缚而倒向另一偏之警戒语。高攀龙论敬须心无一事正此类警戒语。此亦他因悟修并重所获致之精神不断浑化，境界不断高迈，功夫不断透彻而心无所偏倚之必然结果。
高攀龙身处明末，有明一代儒者之思想，其特点，其功绩与流弊皆显露无遗，高攀龙对刘基、曹端、薛瑄、吴与弼、胡居仁、陈献章、王阳明、王龙溪、李见罗、许孚远等皆有所评说，乃至由对此数人的评说而上溯至整个儒学，并从中理出理学之学脉。他的讲学语录中载：
彦文问：“康斋与白沙透悟处孰愈？”曰：“不如白沙透彻。”“胡敬斋如何？”曰：“敬斋以敬成性者也。”“阳明、白沙学问如何？”曰：“不同。阳明、象山是孟子一脉。阳明才大于象山，象山心粗于孟子。自古以来，圣贤成就，俱有一个脉络。濂溪、明道与颜子一脉，阳明、象山与孟子一脉，横渠、伊川、朱子与曾子一脉，白沙、康节与曾点一脉，敬斋、康斋与尹和靖、子夏一脉。”又问：“子贡何如？”曰：“阳明稍相似。”【100】
这里将理学家分为五种类型：明道、濂溪明理与尽心统一，象山、阳明重内在之尽心，横渠、伊川、朱子重向外穷理，白沙、康节为顿悟本体之无而重去除粘执，敬斋、康斋、和靖为收敛身心渐消渣滓而重后天功夫。观其先后各处所说，高攀龙最为欣赏者当是濂溪、明道。因为此一脉内外合一，境界高明、自然，心体如光风霁月。以此标准衡量其余各派，象山、阳明偏于内，伊川、朱子偏于外，白沙、康节无格物实功而偏于悬，敬斋、康斋、和靖境界欠高明而偏于拘。他对以上明代学者的评论，大致与此趋向相吻合。高攀龙性格气质近于恭谨峭整，但其心实向往濂溪、明道之冲和、自然。或可说自觉以濂溪、明道之冲和、自然对治自己之恭谨峭整。这里值得特别注意的是，高攀龙以穷理尽心统一、向内功夫和向外功夫中和不偏为理学嫡派，且分明道、伊川兄弟为不同之学脉，这已开现代学者理学分派之先河。
又，高攀龙对理学家，批评较多的是陆象山、王阳明，尤其是王阳明及其泰州派下弟子。此当然与明末以东林蕺山为代表的学者起而纠正王学末流造成的弊病有关，但也是高攀龙以濂溪、明道为标准的学术宗趣决定的。如对陆王一派，他尝说：“一向不知象山、阳明学问来历，前在舟中，似窥见其一斑。二先生学问，俱是从致知入，圣学须从格物入。致知不在格物，虚灵知觉虽妙，不察于天理之精微矣。”【101】此处统谓象山、阳明“致知不在格物”为其差失，是为了强调格物实功，强调“学问不贵空谈而贵实行”，并以致知是否有格物之功来实现为判别儒佛之标准，自有其立言之苦心。但以此说阳明却不正确，因阳明处处强调“致知在格物”，《传习录》中屡屡提及此语。以象山、阳明为一脉虽无大差，但说二人之差别仅在“阳明才大于象山”，亦说得不够。至谓阳明“无善无恶心之体”一句为阳明主张性体、明德、至善等为无善恶，更是错解阳明之旨。他虽对阳明甚表尊敬之情，但把后学之流弊，归咎于阳明之不善教，对阳明此点多有批评，如：
孔子之教四，曰文、行、忠、信，唯朱子之学得其宗，传之万世无弊。即有泥文窒悟者，其敦行忠信自若也，不谓弊也。姚江天挺豪杰，妙悟良知，一破泥文之蔽，其功甚伟，岂可不谓孔子之学？然而非孔子之教也。今其弊略见矣，始也扫闻见以明心耳，究且任心而废学，于是乎诗、书、礼、乐轻而士鲜实悟；始也扫善恶以空念耳，究且任空而废行，于是乎名、节、忠、义轻而士鲜实修。【102】
又如：
自致良知之宗揭，学者遂认知为性，一切随知流转，张皇恍惚，其以恣情任欲，亦附于作用变化之妙，而迷复久矣。【103】
甚至认为阳明后学本筑基于佛道二氏，但不甘自处于二氏，而篡位于儒学之中，“据其所得，拍合致知，又装上格物，极费工力。所以左笼右罩，颠倒重复。定眼一觑，破绽百出也。后人不得文成之金针，而欲强绣其鸳鸯，其亦误矣”。【104】此等处皆承袭顾宪成而来，目的在于予阳明后学中之抛却功夫者以重创，为朱子学之重张奠立基础。这一点对刘宗周影响甚大。蕺山实为承东林而起而有更深广之拓展者。
