刘宗周（1578—1645），字起东，号念台，学者称蕺山先生。浙江绍兴府山阴县人。蕺山为遗腹子，娠5月而父卒。幼时家道中落，随母居外祖父家，由外祖父及舅氏授书。20岁举乡试，24岁成进士。师许孚远，从事儒家圣贤之学。万历三十二年（1604），蕺山27岁，赴京谒选，授行人司行人。不一年，疏请终养，回籍。居祖父丧之暇，教授宗人戚属。35岁，起复原官，赴任途中过无锡，谒高攀龙。37岁，因群小在位，告归，读书课徒。天启元年（1621），蕺山44岁，起礼部仪制司主事。疏劾魏忠贤及客氏贵宠用事、干预外政，被罚俸半年。次年，疏劾熊廷弼、王化贞弃城溃逃，直声震中外。天启四年（1624），升通政司右通政。杨涟因劾魏忠贤二十四大罪被罢官，蕺山上疏，一为杨涟申辨，二劾魏忠贤误国，被革职为民，追夺诰命，归原籍，读书讲学于乡。崇祯元年（1628），起顺天府尹。上任伊始，即上疏陈尧舜政治之本，上视之为迂阔，但亦奖其忠荩。在顺天府尹任仅年余，甚得民心。终因秉正嫉邪，好言君上重臣政事之非，所建白亦多不行，于是上疏求去。《年谱》谓其“守京兆一载，甫受事，拜疏请久任，意欲从容整齐，以几古化理。旋遭兵革，惓惓安人心，明国是，凡所以为宗社计者，靡不殚虑从之。京师安堵者，先生之力也。为政洁己率物，务宏大纲而略苛小。重学校以作人才，讲乡约以兴行谊，严保甲以戢奸宄，锄豪右以安善良，类皆振风饬纪之事。其他簿书、钱谷，委僚佐任之，不以为屑屑也。尤加意民间疾苦，请蠲请贷若唯恐后。军兴旁午，力主节财。恤流、掩骼诸大役，费各千百计，仅取给撙节之余，及捐助而足。”【105】崇祯三年（1630）末归家，次年立证人学社，亲撰社约，宗旨在如何证立为人。蕺山晚年许多重要著作，如《圣学宗要》、《人谱》、《读易图说》、《证学杂解》、《五子连珠》等，皆成于此时及以后的数年中。崇祯八年（1635），上命吏部推在籍堪大任者赴朝，蕺山在被举之列。疏辞不允，明年至京，召对文华殿，升工部左侍郎。但数次上疏言事皆不获用，于是上疏求休致，获准回籍。于路复上书言时事，切责宦官干政及首辅温体仁驱除异己，被革职为民。崇祯十五年（1642），起吏部左侍郎，寻升都察院左都御史。上疏申饬宪纲，指摘崇祯旧政；又因救姜埰、熊开元，论及国体，语侵崇祯帝，再次被革职回籍。次年，清兵入关，崇祯皇帝自缢煤山。福王监国南京，起复原官，即上疏申讨贼之义、并请诛临难脱逃诸臣。又上疏纠马士英、阮大铖，请肃朝中风纪等。俱不得行，于是告归。在南明政权中实仅不足一月。“在台二十四日，于凡治平大经、修省至计无有不尽言，而尤于讨贼、复仇之义、摧邪辅正之道为惓惓。”【106】归家后门人有请教论学者，蕺山曰：“今乾坤何等时，犹堪我辈从容拥皋比而讲道论学乎？此所谓不识人间羞耻者也。仆是以入山唯恐不深，求死唯恐不速也。知交中幸遍致此意。”【107】清军南下，闻杭州失守，潞王出降，绝食二十日而死。一生大半在林下，“先生通籍四十五年，在仕版六年有半，实立朝者四年，革职为民者三。”【108】著作丰多，今人整理为《刘宗周全集》。
刘蕺山是明代最后一位大儒。他的思想以对天人性命、已发未发、本体功夫的深刻体认为根据，以气为一切观念、范畴的基础，以诚意慎独为学术宗旨，以纠正明代乃至整个儒学之偏弊为职志，代表了当时第一流思想家对朱子学与阳明学的融会与调和。蕺山继东林之后，对善恶问题给与极大关注，但他的解决方法不同于儒学前辈，他着意彰显的路数是，从物质性的气入手，将心性问题安放在实证基础之上；从气引出心性，从心性中导出“意”，从意上说善恶，整个思想脉络以“意”为中心。蕺山用这一独特的理路，批评朱子与阳明，将这两位大思想家所代表的精神方向——价值理想和知识传统统合起来，使儒学思想既保持价值至上的品格，又立于坚实的物质基础之上。而他对阳明后学的批评，是他纠正当时学风、士风，恢复以上儒家理想的实际表现。他的思想形态，开启了清代的学术方向，奠定了此后各派学术以气为本原的格局。他是明代理学的殿军，也是中国古代哲学的最后几位代表之一。
蕺山之学，以气为基础；世间一切事物，无论是物理的还是心理的，皆须从气说起，皆须以气为构成基础，皆是气的生发。蕺山说：
盈天地间一气而已矣。有气斯有数，有数斯有象，有象斯有名，有名斯有物，有物斯有性，有性斯有道。故道其后起也。而求道者辄求之未始有气之先，以为道生气，则道亦何物也，而能遂生气乎？【109】
盈天地间一气也。气即理也，天得之以为天，地得之以为地，人物得之以为人物，一也。【110】
这是说，气是天地间唯一的实体性存在，气在运动中有了结聚，数是气的结聚的数量差别，有此差别就有了事物的不同象状，名是此象状的指称符号，因象状、符号不同而有不同的物体，性是此物的特有性质，此性质即此事物之理，道即理的别名。在此序列中，气是最基本的，道是后起的。气是一切事物的本原，是一切事物之所从出，道是事物之理。求道于未始有物之先，是错了方向。为此，蕺山反对一切将气与存在物割裂为二的学说，认为“太虚”、“太极”、“道”等代表宇宙本体、代表宇宙最初存在阶段的概念其本质无非是气。他说：
或曰：“虚生气”，夫虚即气也，何生之有？吾溯之未始有气之先，亦无往而非气也。当其屈也，自无而之有，有而未始有；及其伸也，自有而之无，无而未始无也。非有非无之间而即有即无，是谓太虚，是谓太极。【111】
虚生气为道家学说，宋代张载即辟此说，以为割裂太虚与气之统一性，并以气之屈伸往来定义鬼神。蕺山承此，认为太虚即气之非有非无，而非有非无同时即有即无。此有无是从隐显说，气只有隐显而无有无。周敦颐的著名命题“无极而太极”，刘宗周也用气去解释：
“一阴一阳之谓道”，即太极也。天地之间，一气而已，非有理而后有气，乃气立而理因之寓也。就形下之中而指其形而上者，不得不推高一层以立至尊之位，故谓之太极。而实本无太极之可言，所谓“无极而太极”也。使实有太极之理，为此气从出之母，则亦一物而已，又何以生生不息，妙万物而无穷乎？【112】
此句意在破朱子以理释太极，以无形而有理释无极而太极，明言气乃本原，理乃气之条理，形而上者须从形而下中见。气为一切事物的本原，是一切思想观念的基础，这是蕺山牢不可破之见。以为气有二种，或有从气上说，有不从气上说者，皆错会蕺山之言所致。
蕺山将气作为他的理论的出发点，其他一切概念皆从气中生出。在他的诸哲学范畴中，心与气的关系最为直接。他对各种心理活动有清楚的界说，而统一于气：
盈天地间皆物也，人其生而最灵者也。生气宅于虚，故灵，而心其统，生生之主也。其常醒而不昧者，思也，心之官也。致思而得者，虑也。虑之尽，觉也。思而有见焉，识也。注识而流，想也。因感而动，念也。动之微而有主者，意也，心之官之真宅也。主而不迁，志也。生机之自然而不容已者，欲也。欲而纵，过也；甚焉，恶也。而其无过不及者，理也。其理则谓之性，谓之命，谓之天也。其著于欲者，谓之情，变而不可穷也。其负情而出，充周而不穷者，才也。或相什佰，气与质也。而其为虚而灵者，万古一日也。【113】
此段话对人的心理活动分类很细致，界定很明确，逻辑次序也合理。
《原旨》一书作于崇祯十六年（1642），距他绝食而死只有三年，可视为他的最后定见。此中说，世间一切皆可谓物，人为万物之灵。人之灵是因为宇宙间生生之气聚合而为心这一虚空之体。心因其灵，故能为人的身体的统领和主宰。思是心这一最重要器官的功能，它的运行是自然而然的。虑是心致思的内容，觉是思虑至尽处而悟得一个结果。识是思而得一见解，想即想象，是识的自然延伸。念头是心对外感而作出的一个具体指向，意是决定具体念头方句的深微的主宰。意在蕺山诸心理范畴中是最重要的，它是心一切活动真正的、最后的主宰，故曰“真宅”。这一点后面还要详说，此处且按蕺山的逻辑顺序简述。志是由意决定的不变的心念方向。欲是人这一生机活体自然呈现的倾向，它是不能遏止的，它本身说不得善恶，放纵这种自然倾向不加节制，是过失，放纵之甚，是恶。理是欲的无过无不及之中道。理即性，即命。从理是行为的价值理想来说，叫做性；从理的不可抗拒之必然性说，叫做命；从理的精微高严必须遵守说，叫做天；气之自然起伏而通过欲表现出来的，叫做情，情处在不断的变化中，无有止息；气乘情周行而表现出的恒常能力叫做才；才之有高有下或相悬殊之原因或根据，叫做气质。以上中国典籍中关于心的范畴，蕺山皆为之定义。有的范畴间差别甚微，细入毫芒，蕺山的界说皆清晰明确。心虽有如许之具体活动和构成要件，但皆是心；虽只一心，其中分际不容混滥，稍有不明，便走入邪辟。蕺山指出，后世学术不明，皆因对心的诸方面及其关系识认不清。他指出：
善求心者，莫先于识官，官在则理明气治，而神乃尊。自心学不明，学者往往以想为思，因以念为意。及其变也，以欲拒理，以情偶性，以性偶心，以气质之性分义理之性，而方寸为之四裂。审如是，则心亦出入诸缘之幻物而已，乌乎神！物以相物，乌乎人！乌乎人！【114】
蕺山重视心的内含，心对学术的决定意义，所以称一切学问为心学。学之首务，在明心官之内含。明心之内含，分际不乱，则理因此而明，气因此而治，心自然处于独尊之地。
蕺山于与心相关之各关系中，最重视心性关系与心意关系，故在讲学与著书中处处辩说。关于性的论说最清晰者为《原性》一文与逝世前二年所作之《证学杂解》，其中说：
子思子从喜怒哀乐之中和指点天命之性，而率性之道即在其中。分明一元流行气象。所谓“不识不知，顺帝之则”，全不涉人分上。此言性第一义也。至孟子因当时言性纷纷，不得不以“善”字标宗旨，单向心地觉处指点出粹然至善之理，曰恻隐、羞恶、辞让、是非，全是人道边事，最有功于学者。虽四者之心未始非喜怒哀乐所化，然已落面目一斑，直指之为仁义礼智名色，去“人生而静”之体远矣。学者从孟子之教，尽其心以知性而知天，庶于未发时气象少有承当。今乃谓喜怒哀乐为粗机，而必求之义理之性，岂知性者乎？【115】
此一段涉及蕺山气上说性、未发已发、静存动察、言性之二层诸义，实为其“心髓入微”语。蕺山认为，论性有二层，一是指性之本体，此天道边事。性之本体为超乎具体善恶对待之至善。一是指人之喜怒哀乐之气之中和，此为人道边事，有善恶之可分。天地之间，一气流行，自然分为春夏秋冬；人心之中，一气流行，自然分为喜怒哀乐。而天道人心，一气流通。蕺山说：
一心耳，而气机流行之际，自其盎然而起也谓之喜，于所性为仁，于心为恻隐之心，于天道则“元者善之长”也，而于时为春。自其油然而畅也谓之乐，于所性为礼，于心为辞让之心，于天道则“亨者嘉之会”也，而于时为夏。自其肃然而敛也谓之怒，于所性为义，于心为羞恶之心，于天道则“利者义之和”也，而于时为秋。自其寂然而止也谓之哀，于所性为智，于心为是非之心，于天道则“贞者事之干”也，而于时为冬。乃四时之气所以循环而不穷者，独赖有中气存乎其间，而发之即谓之太和元气，是以谓之中，谓之和，于所性为信，于心为真实无妄之心，于天道为“乾，元亨利贞”，而于时为四季。自喜怒哀乐之存诸中而言，谓之中，不必其未发前别有气象也。即天道之元亨利贞运于於穆者是也。自喜怒哀乐之发于外而言，谓之和，不必其已发之时又有气象也。即天道之元亨利贞之呈于化育者是也。唯存发总是一机，故中和浑是一性。【116】
气之流行乃一动态过程，此一过程表现为元亨利贞四者。就此四者之总体着眼曰中，此乃存；就此四者之分别着眼曰和，此乃发。曰中曰和，只是视点之不同，四者固如故。故说“存发只是一机，中和只是一性”。这样，中和就不是就时间上的前后言，而是就视点之或存或发言。此即黄宗羲所概括的蕺山发先儒所未发之四大端之一：已发未发以表里对待言，不以前后际言。蕺山此意对朱子以来就心之前后际言已发未发实是一根本性变革。同时蕺山以气之条理说性，亦根本上颠覆了朱子以来以天之赋予人者为性这一理学中占统治地位的说法。亦根本改变了朱子“涵养须用敬，进学在致知”、“静时涵养，动时省察”等分而为二的用功方法，而以心直接体验本体中和为根本用功方法。此功夫直击“人生而静”以上，无分心之动静。直击人生而静以上，故“全不涉人分上”之后天为善去恶。此即黄宗羲所概括的蕺山发先儒所未发之四大端之二：静存以外无动察。体中和而顺遂之，中和之体上不能用一毫功夫，故“从中和指点天命之性，而率性之道即在其中”。此所谓“不识不知，顺帝之则”。此是天道边事，是言性之第一义。而孟子从人之四端处见仁义礼智，从已发处标性善之旨，虽亦甚有功于儒者之修养，但已是人道边事，相对于未发之中上体认之最上乘已属第二义了。故认为性善之说，是为纠治时人之病不得已之法。这就是为什么蕺山既有“性无性也”之说，又特别提醒“然则性果无性乎”【117】的原因。前者指以上第一义说，后者指以上第二义说。
以上意旨，在《原旨·原性》中也有清楚的说明，蕺山说：
夫性因心而名者也。盈天地间一性也，而在人则专以心言。性者，心之性也。心之所同然者，理也；生而有此理谓之性，非性为心之理也。如谓心但一物而已，得性之理以贮之而后灵，则心之与性断然不能为一矣。……盈天地间一气而已矣，气聚而有形，形载而有质，质具而有体，体列而有官，官呈而性著焉，于是有仁义礼智之名。……孟子明以心言性也。而后之人必曰心自心，性自性，一之不可，二之不得，又展转和会不得，无乃遁已乎！至《中庸》则以喜怒哀乐逗出中和之名，言天命之性即此而在也，此非有异指也。恻隐之心，喜之变也；羞恶之心，怒之变也；辞让之心，乐之变也；是非之心，哀之变也。是子思子又明以心言性也。子曰：“性相近也。”此其所本也。而后之人必曰理自理，气自气，一之不可，二之不得，又展转和会之不得，无乃遁已乎！呜呼！此性学之所以晦也。【118】
这里也是说，性不是天之所命的抽象的预设，而是实然的心的条理。性须以心为基础，非心盛具外在的理，而是心的条理即理，即性。心是气，是气在流行中的起伏节度。故四端之心即性，非因人内在的性理而表现为四端之心。《中庸》所谓中和，正从喜怒哀乐上见，故不可离气言心，离心言性。因此，蕺山对理学的许多流行观念，如“未发为性，已发为情”、“理生气”、“心统性情”都本以上根本义旨提出批评，尤对义理之性与气质之性、道心与人心之截然二分提出批评，认为是一切割裂的根源所在；明乎此，则一切误解、一切混滥、一切支离可消。他说：
须知性只是气质之性，而义理者气质之本然，乃所以为性也。心只是人心，而道者人之所当然，乃所以为心也。人心、道心只是一心，气质、义理，只是一性。识得心一性一，则功夫亦一。静存之外，更无动察；主敬之外，更无穷理。其究也，功夫与本体亦一。此慎独之说，而后之解者往往失之。【119】
这仍是说，天地间实然存在的只是气，理是气的条理。此条理本身即性，性不是气之外、之上的主宰者和支配者。道心人心之理同此。识得此理，朱子的静存与动察、主敬与穷理之两处用功皆打并为一：只须静存，不必动察，静存即所以动察；只须主敬，不必穷理，主敬即所以穷理。本体即独体，即气的自然条理，慎独即保任此独体流行不有隔碍之功夫。故功夫与本体亦一。
与此相关的是他关于“意”的学说。“意”的学说是蕺山纠正阳明后学之偏弊，“归显于密”的重要理论根据。此说亦以他关于气的学说为基础。蕺山说
形而下者谓之气，形而上者谓之性，故曰：“性即气，气即性。”人性上不可添一物，学者姑就形下处讨个主宰，则形上之理即此而在。……今之为暴气者，种种蹶趋之状，还中于心，为妄念，为朋思，为任情，为多欲，皆缘神明无主。如御马者，失其衔辔，驰骤四出，非马之罪也，御马者之罪也。天道积气耳，而枢纽之地，乃在北辰。故其运为一元之妙，五行顺布，无愆阳伏阴以干之，向微天枢不动者以为之主，则满虚空只是一团游气，顷刻而散，岂不人消物尽？今学者动为暴气所中，苦无法以治之，几欲仇视其心，一切归之断灭，殊不知暴气亦浩然之气所化，只争有主无主间。今若提起主人翁，一一还他条理，条理处便是意，凡过处是“助”，不及处是“忘”。忘助两捐，一操一纵，适当其宜，义出于我，万理无不归根，生气满腔流露，何不浩然去？浩然仍只是澄然湛然，此中元不动些子，是以谓之“气即性”。只此是尽性功夫，更无余事。【120】
此出蕺山逝世前二年，亦可视为论定之说。此中除以性气统一为基础之外，更以心有主宰为立说中心。而心有主宰，即天地间气有主宰之表现。蕺山认为，天之五气顺布，有天枢为之主宰。当然此天枢亦非在天之外。人心亦有主宰，人心的主宰即“意”。儒学之修养功夫不像佛道二教那样在空其心，而在此主宰常精常明。此主宰常精常明，则暴气皆为所化，心中流出者皆浩然之气。而此浩然之气即本心之澄然湛然之气。孟子所谓尽性，即由此主宰常常惺觉而心中之气以澄然湛然之状态流行。此即“诚意”，此即“慎独”，此即“本觉”。本体如是，功夫亦如是。故蕺山说：“甚矣，事心之难也！……必也求之本觉乎？本觉之觉，无所缘而觉，无所起而自觉，要之不离独位者近是。故曰‘暗然而日章’。暗则通微，通微则达性，达性则诚，诚则真，真则常。故君子慎独。”【121】“本觉”者，本体之自觉，独体之显露，诚意之达成，真常之无蔽。统只一个功夫。
蕺山从天道是人心之放大，人心是天道之具体而微出发，论证天人皆有枢纽，此枢纽是万物万事的主宰。并从天人一理的角度，认为“意”是人心之枢纽。他说：
天枢转于於穆，地轴亘于中央，人心藏于独觉。【122】
天枢万古不动，而一气运旋，时通时复，皆从此出。主静立极之学本此。【123】
又说：
天一也，自其主宰而言谓之帝。心一也，自其主宰而言谓之意。【124】
天穆然无为，而乾道所谓刚健中正，纯粹以精，尽在帝中见；心浑然无体，而心体所谓四端万善，参天地而赞化育，尽在意中见。离帝无所谓天者，离意无所谓心者。【125】
意既为人心之枢纽与主宰，则它必是人的一切正面价值的凝聚，它本身必是超出具体善恶判断的至善。所以蕺山又以意为道心、诚、几、性体、独体，未发之中等。他着力辩白的是，意为心之所存而非心之所发，意决不同于念，亦不同于志。他对于朱子、阳明以心所发之念头训意皆不赞同，他批评朱子说：
意者，心之所存，非所发也。朱子以所发训意，非是。传曰：“如恶恶臭，如好好色”，言自中之好恶一于善而不二于恶。一于善而不二于恶，正见此心之存主有善而无恶也。恶得以所发言乎？【126】
他又批评阳明说：
意为心之所存，则至静者莫如意。乃阳明子曰：“有善有恶者意之动”，何也？意无所为善恶，但好善恶恶而已。好恶者，此心最初之机，唯微之体也。【127】
在蕺山这里，意是决定后天念虑之善恶的本初意向。它是心本有的，不是随所感而生的，是“所存”而非“所发”。意的内容是好善恶恶。此内容恒常如此，无有改变。他以罗盘为喻：罗盘喻心，盘针之不同指向喻念，盘针之必指向南的性质喻意。不管念之发生与否，意作为心之主宰，时时存在：
问：“一念不起时，意在何处？”先生曰：“一念不起时，意恰在正当处也。念有起灭，意无起灭也。”问：“事过应寂后，意归何处？”先生曰：“意渊然在中，动而未尝动，所以静而未尝静也。本无来处，亦无归处。”【128】
此仍着重言意无动无静，是心之本有而非后天生起，它是不随具体善恶起灭的至善。
蕺山为什么要标榜这样一个“意”？这与他作为旷世大儒的自我担当有关。蕺山以孔孟之人格与功业自期许，思以先觉觉后觉，以学术纠正当时之弊。他认为当时最大的弊害在于求取功利而不出于正道，此人心之晦。他要以孔子之道照亮此晦暗。而孔子之道，他认为最鲜明、最集中地体现在《中庸》中。孟子针对战国的时代问题，力倡仁义之说，而仁义的根据在内心。此“性善”之旨所以为孟子学术中心之故。而后之言性者，人置一喙，性之本义遂晦。至宋周敦颐始，诸理学大家重张圣人之学，而辩说日繁，支离转甚，圣人之学反为功利、辞章、释老之学所掩蔽，王阳明因倡良知之说，起而救治，儒学为之一大明。但王门后学又以私见孱入良知，遂使阳明之旨又湮晦。当时王学流弊之两大端为泰州、龙溪，皆承阳明良知之旨而走入邪妄者。蕺山尝言：“今天下争言良知矣，及其弊也，猖狂者参之以情识，而一是皆良；超洁者荡之以玄虚，而夷良于贼。亦用知者之过也。”【129】“参之以情识”者，指泰州派下之人喜言现成良知，所恃任者为心当下之所发，以此为良知之最真者，轻视归寂、主静等后天功夫。蕺山认为此种为学路径容易流入猖狂自恣，私见之情识混杂于心体流行之中而不自知，犹以为良知本体。“荡之于玄虚”者指龙溪之学。蕺山认为龙溪之四无说将心、意、知、物视为无，夷灭心中本有之良知，贼害孟子以来儒家性论之正宗——性善说，走入释老之学。泰州龙溪之学之真实义旨，及蕺山对他们的批评果否是当，学界讨论已复不少。此处要指出的是，批评泰州龙溪以纠正当时学弊，是蕺山提倡“诚意”之说的根本目的。此点蕺山自己言之甚多，如：
司世教者又起而言诚意之学，直以《大学》还《大学》耳。争之者曰：“意，稗种也。”予曰：“嘉谷。”又曰：“意，枝族也。”予曰：“根荄。”是故知本所以知至也，知至所以知止也。知止之谓致良知，则阳明之本旨也。今之贼道者，非不知之患，而不致之患。不失之情识，则失之玄虚，皆坐不诚之病，而求之于意根者疏矣。故学以诚意为极则，而不虑之良于此起照。后觉之任，其在斯乎？孟子云：“我亦欲正人心，息邪说，距诐行，放淫辞，以承三圣。”又曰：“能言距杨墨者，圣人之徒也。”予盖有志焉，而未之逮也。【130】
此中对诚意的重要性与己之所以提倡诚意之学的苦心表露甚为恺切。在蕺山这里，诚意是《大学》一书的概括：知本者知诚意为本，知至者知诚意为功夫之极至，知止者以诚意为最后的止息归宿之地。诚意则泰州所信从之现成良知方是良知本体，诚意则心中有良知本体而不至落入一切皆无之境地。故诚意是纠正当时学弊的良方，亦是纠正万世学弊的良方。蕺山之子刘汋也因此以诚意为蕺山之学的归结：
先君子学圣人之诚者也。始致力于主敬，中操功于慎独，而晚归本于诚意。诚由敬入，“诚之者，人之道”也。意也者，至善栖真之地，物在此，知亦在此。意诚则止于至善，“物格而知至”也。意诚而后心完其心焉，而后人完其人焉。是故可以扶皇纲，植人纪，参天地而为三才也。【131】
并认为，就宋明道学言，濂溪、明道所开创的合内外动静为一的浑一学说，由朱子、象山分为理学、心学；此种分而为二复由阳明合而为一。但阳明毕竟偏于内，导致此种分而为二愈甚。至蕺山倡诚意之说，而立基于气之上，此种分而为二始又融合为一。故判蕺山之学“即内而即外、即动而即静，体用一原，显微无间。盖自濂溪、明道之后一人而已，其余诸子不能及也。”【132】又以蕺山诚意之学复心之本体，辟佛之功不在禹下；蕺山批评各种错误学说，特别是泰州龙溪之学，是“扫蓁芜而开正路”，功亦与孟子辟杨墨同。【133】此等处虽不无推高乃亲之情愫，但蕺山确实是阳明之后思辨最为深刻，论说最为精严，体系最为庞大圆融，救世苦心最为切至的思想家。
蕺山之所以提倡诚意慎独之学，目的在为儒家传统的性善论奠立基础，批评各种对性善说的偏离。他针对的首先是王龙溪的四无说，并且认为，龙溪的四无说本于乃师王阳明“四句教”之“无善无恶心之体”，与“无善无恶者理之静，有善有恶者意之动”等话语，故又溯源至阳明而批评之。对阳明的态度亦由始疑之、中信之，而变为“终而辨难不遗余力”。【134】至其临终，仍郑重告诫弟子：“若良知之说，鲜有不流于禅者。”【135】他对于阳明、龙溪的最大转向，就在于“归显于密”，即由阳明、龙溪的良知学之显教，转到自己以诚意为中心、“意蕴于心，非心之所发也”的密教。蕺山说：
意根最微，诚体本天；本天者，至善者也。以其至善，还之至微，乃见真止。……而端倪在好恶之地，性光呈露，善必好，恶必恶，彼此两关，乃呈至善。故谓之“如好好色，如恶恶臭”。此时浑然天体用事，不着人力丝毫。于此寻个下手功夫，唯有慎之一法，乃得还他本位，曰独。仍不许乱动手脚一毫，所谓“诚之者”也。此是尧舜以来相传心法，学者勿得草草放过。【136】
蕺山的意思是，天这一诚体与意这一诚体作为至善是相同的。意是天的具体而微，功夫只有结在意上，才能真正止于至善之地。而意是人的性光呈露，其内容是好善恶恶。好善恶恶乃所以为至善。此至善对于具体心念上的善恶念头，皆有“如好好色，如恶恶臭”之严正与无欺。故亦可曰浑然天体用事。此意根即独体。慎独即以诚敬之心将此独体保任完好，独体上着不得丝毫功夫。他还说：“诚意之好恶，其所存也；正心之好乐、忿懥、恐惧、忧患，指其所发者言也。”【137】意思是，意是从性上说，好乐等是从心上说；前者形而上者，后者形而下者。意根的好善恶恶是心念上的知善知恶的根据。
同样的意思还见于他对《大学》的解释，他说：
《大学》之言心也，曰忿懥、恐惧、好乐、忧患而已。此四者，心之体也。其言意也，则曰“好好色，恶恶臭”。好恶者，此心最初之机，即四者之所自来，所谓意也。故意蕴于心，非心之所发也。又就意中指出最初之机，则仅有知好知恶之知而已。此即意之不可欺者。故知藏于意，非意之所起也。又就知中指出最初之机，则仅有体物不遗之物而已，此所谓独也。故物即是知，非知之所照也。《大学》之教，一层切一层，真是山穷水尽学问，原不以诚意为主，以致良知为用神也。【138】
一般认为《大学》之八条目说的是修养功夫之层层递进，而蕺山则认为，《大学》是言本体，心、意、知、物是由心的层面渐进而为性的层面，由好乐等心的念头进至心的主宰——意，由意的好善恶恶的倾向进到更深微的不可欺之诫意，此诚意之内含即良知。故“知藏于意”。此良知不是阳明、龙溪之本心，而是意的本质、意密藏之核心。由不可欺之良知进到物——天道诚体的具体而微：独体。此独体是天道之凝聚为一物，不是独体的功能：朗现为万殊。故“物即是知，非知之所照也”。对照阳明，阳明致良知之“致”重在向外推，将良知散开为《大学》之三纲八目，如其《大学问》对《大学》之诠解。而蕺山是将《大学》层层内收，将《大学》一切功夫归于诚意，意根愈益精微、高严。一显一密，泾渭分明。蕺山对阳明之学的诸多批评之言，归到一处，即重良知与重意、显教与密教之不同。如蕺山说：
予尝谓学术不明，只是《大学》之教不明。《大学》之教不明，不争格致之辨，而实在诚正之辨。……诚正之辨，所关学术甚大，辨意不清，则以起灭为情缘；辨心不清，则以虚无落幻相。两者相为表里，言有言无，不可方物。即区区一点良知，亦终日受其颠倒播弄而不自知，适以为济恶之具而已。视闻见支离之病，何啻宵壤！【139】
意思是，格物致知与诚意正心相比，其重要性要小得多。前者不明，最多陷入支离之病；后者不明，则学问方向全错；意字不明，则心中念头之起灭皆无关性理，只是情识之生灭；心字不明，则以空为心体，心之摄物，皆是虚幻之相。心意两者是体用关系，如心中无意根，则心失去德性本体，只是气机流行，亦只成就得本能之恶而已。此害远大于学问上之支离。此论虽对阳明之学合格物诚正为一的品格缺少宽容，但对诚意之学之缺失所带来的后患却指出甚为明白。他认为阳明的良知，中无意字为枢纽，只是本能情感，非善行所以发生之精微根据，与高严之善恶判断标准。他说：
阳明子言良知，最有功于后学，然只是传孟子教法，与《大学》之说，终有分合。《古本序》宛转说来，颇伤气脉。至龙溪所传之天泉问答，益增益割裂矣。即所云良知，亦非究竟义也。……只因阳明将意字认坏，故不得不进而求良于知。仍将知字认粗，又不得不退而求精于心。种种矛盾，固亦不待龙溪驳正，而知其非《大学》之本旨矣。【140】
这是说，孟子从四端处说，是显教；《大学》从诚意处说，是密教。虽阳明也讲诚意，但他以意为心之所发之意念，故须言诚意在格物，格物即致良知，已于大学本旨不合。以意为意念，则良知因有善念恶念从而知之改之，如此则良知是意念之奴仆，非意念之主人。以意为念，就是将良知认坏，故不得不转而求良知；以为良知只知善知恶，故不像意字那样首先好善恶恶，这是将良知认粗，故不得不退而求浅层次之正心。此皆不识意字真义旨所带来的弊病。他的“归显于密”，就是从阳明以孟子的致知为主归到自己以《大学》的诚意为主。故蕺山以诚意贯《大学》之全部功夫，实亦贯儒学之全部修养功夫。
蕺山因泰州、龙溪之弊而溯源至阳明，他反复批评的是阳明“四句教”之首句“无善无恶心之体”。这一点明显地是继承了东林。在《阳明传信录》对四句教的评论中，蕺山明确指出，阳明一生处处言至善是心之本体，至善是尽乎天理而无一毫人欲之私，虽亦曾说“无善无恶理之静”，但指的是理的形上性质之无声无臭，未曾说到心之体无善无恶。他认为，如果心体无善无恶，则四句教之次三句皆无法立足，他质疑道：
若心体果是无善无恶，则有善有恶之意又从何处来？知善知恶之知又从何处来？为善去恶之功又从何处来？无乃语语绝流断港？……人若只在念起念灭上用功夫，一世合不上本体了。正所谓南辕而北辙也。先生解《大学》，于“意”字原看不清楚，所以于“四条目”（按指王阳明“身之主宰便是心，心之所发便是意，意之本体便是知，意之所在便是物”四句）处未免架屋叠床至此。及门之士一再摹之，益失本色矣。先生他日有言曰：“心、意、知、物只是一事。”此是定论。既是一事，决不是一事皆无。蒙因为龙溪易一字，曰：“心是有善无恶之心，则意亦是有善无恶之意，知亦是有善无恶之知，物亦是有善无恶之物”，不知先生首肯否？【141】
此处蕺山的意思在上文对《大学》的解释中已有清楚的剖白。蕺山认为，心之体，是意根，意根是至善，是一切德行的基础。没有意根，与道德有关的一切问题，如善念的生起，善恶判断的发生，为善去恶的功夫等，都无从谈起。意根一失，步步皆错。蕺山并且指出，当时学弊就出在在念头起灭上用功，未能直指心之本体——意。阳明本人以心之所发解释意字，泰州、龙溪更是沿波而下，此皆走显教一路。他主张归显于密，功夫必落在意根而后止，此谓“知止”。落在意根，则“四无”变为“四有”。以意为所发因而无止，是他批评阳明、龙溪的主要之点，如他批评阳明：
良知之说本不足讳，即闻见遮迷之说，亦是因病发药。但其解《大学》处，不但失之牵强，而于知止一关全未勘入，只教人在念起念灭时用个为善去恶之力，终非究竟一着。与所谓“只于根本求生死，莫向支流辨浊清”之句，不免自相矛盾。故其答门人，有“即用求体”之说，又有“致和乃所以致中”之说，又何其与龟山门下相传一派显相矛盾乎？然则阳明之学，谓其失之粗且浅、不见道则有之，未可病其为禅也。阳明而禅，何以处豫章、延平乎？只为后人将“无善无恶”四字播弄得天花乱坠，一顿扯入禅乘，于其平日所谓“良知即天理”、“良知即至善”等处全然抹杀，安得不起后世之惑乎？阳明不幸而有龙溪，犹之象山不幸而有慈湖，皆斯文之厄也。【142】
此中仍然认为，阳明对“意”字的本体地位未能参透，故为善去恶是在后天念起念灭上用功，与阳明自己提倡的在根本之地用功相矛盾。其即用求体、致和乃所以致中诸说，皆在后天用功。而意为心之所发，非心之所存，则导致龙溪之四无说，将儒家根本义旨性善论全然抹杀。就此点而言，龙溪对晚明狂禅之风的煽起，负有不可推卸的责任。故蕺山对龙溪的批评，其严厉又甚于阳明。对阳明，蕺山表彰其“心即理”、“心外无理”、“良知”诸说，认为可以纠正朱子偏重“道问学”之失。【143】所批评者，主要在上述对意字的解说。而对龙溪，则直斥之为异学，如他说：
龙溪四无之说，心是无善无恶之心，是为无心；意是无善无恶之意，是谓无意；知是无善无恶之知，是谓无知；物是无善无恶之物，是谓无物。並无格致诚正，无修齐治平，无先后，无本末，无终始，毕竟如何是《大学》的义？曰“不思善不思恶时，见本来面目”，不更泄露天机在？此龙溪意中事也，几何而不为异学？【144】
这是说龙溪之四无说的本质是一切皆无，导致《大学》所定之儒者为学节目尽失，必至归于禅学。蕺山多处批评龙溪为禅，认为他的学说有无不立，善恶双泯，所任者唯虚灵知觉之气，是堕于禅学。龙溪言无善无恶，而结果是“济恶之津梁”。【145】蕺山指出，龙溪之四无说是承象山弟子杨慈湖而起，其“无心之心则藏密，无意之意则应圆”，与慈湖之“无意”相似，皆背离孔门诚意之根本宗旨。蕺山甚至主张龙溪之四无句应改为“有善有恶者心之动，好善恶恶者意之静，知善知恶者是良知，有善无恶者是物则”。【146】此为蕺山根本见解，头一句言后天之心念有善有恶，第二句言心中本有之意根好善恶恶。第三句与阳明意思相同，言良知知善知恶，第四句说意本身即物则，不须在意之外另寻物则。其中第二句为蕺山强调的重点：意为心之所存而非心之所发，意根是德性的基础，是心体的主宰，是良知知善知恶的深微保证。意根一立，步步皆实。蕺山立说之根本意思尽在此四句中。
蕺山的功夫论，集中体现于其所作之《人谱》中。其中“人谱正篇”有仿周敦颐《太极图说》而作之《人极图说》。“人谱续篇”有《证人要旨》六事，是关于修养功夫的集中说明。后之《人谱杂记》分“体独”、“知几”、“定命”、“凝道”、“考旋”、“作圣”六个方面，杂引前辈儒者关于修养的嘉言善行，分类系于此六目之下，以为修养者的效法和印证。《证人要旨》六事之一曰“凛闲居以体独”，此条与《人极图说》之“无极太极”对应，是对“慎独”之法的具体说明。蕺山说：
自昔孔门相传心法，一则曰慎独，再则曰慎独。夫人心有独体焉，即天命之性，而率性之道所从出也。慎独而中和位育，天下之能事毕焉。……君子所为必慎其独也。夫一闲居耳，小人得之为万恶渊薮，而君子善反之，即是证性之路。盖敬肆之分也。敬肆之分，人禽之辨也。此证人第一义也。【147】
此处之慎独，可谓合朱子之慎独义与己之慎独义为一，既讲体证独体，又讲于闲居独知之时严敬肆之分。
六事之二曰“卜动念以知几”，此条与《人极图说》的“动而无动”相应，强调在念头初动时辨其善恶。他解释此法说：
独体本无动静，而动念其端倪也。动而生阳，七情著焉。念如其初，则情返乎性。……惩窒之功，正就动念时一加提醒，不使复流于过而为不善。才有不善，未尝不知之而止之，止之而复其初也。【148】
此中可注意的是，蕺山提醒学者，此法与专在“几善恶”上作功夫不同，因为它强调几虽动而仍不失先在之“意根”。知几是看念头是否与意根相应。如有不相应，即时以意根醒觉，不使流为过恶。故知恶之时即是惩窒之时，即保任意根流行之时。
六事之三曰“谨威仪以定命”，此条与《人极图说》的“静而无静”相应，是在容貌辞气上用功。蕺山说：
慎独之学，既于动念上卜贞邪，已足端本澄源。而诚于中者形于外，容貌辞气之间，有为之符者矣。所谓“静而生阴”也。于焉官虽止而神自行，仍一一以独体闲之，静而妙合于动矣。……天命之性不可见，而见于容貌辞气之间，莫不各有当然之则。是即所谓性也。故曰：“威仪可以定命。”昔横渠教人，专以知礼成性、变化气质为先，殆谓是欤？【149】
威仪是儒者修养的重要方面，理学前辈如二程、朱熹等皆极重视威仪。蕺山之学重视在本原上用功，认为容貌辞气是精神境界的外在反映，由慎独功夫而意诚，表现于外，自然合于威仪之准则，如目容端，口容止，足容重，手容恭之类。而对外在威仪的修养，又可有助于诚意慎独之养成。故蕺山对张载关学派的特点知礼成性、变化气质表示赞同，认为与“威仪所以定命”之训若合符节。
六事之四曰“敦大伦以凝道”。周敦颐之《太极图说》，自无极、太极而为阴阳、五行，蕺山之《人极图说》，自无善而至善之心体，到继善成性之性体，再到五伦之达道，层层开展，渐渐落实。蕺山说：
人生七尺堕地后，便为五大伦关切之身。而所性之理，与之一齐俱到。分寄五行，天然定位。……故学者功夫，自慎独以来，根心生色，畅于四肢，自当发于事业。而其大者，先授之五伦。于此尤加致力，外之何以极其规模之大，内之何以究其节目之详，总期践履敦笃。慥慥君子，以无忝此率性之道而已。【150】
这是说，人天然是一伦理性存在，人一出生，性便与之俱来，性即理，它首先表现为五伦。五伦是天下之达道，是修养功夫之最大端。君子首先要思“五伦间有多少不尽分处”，黾勉从事于斯。而尽五伦之分就是无忝于率性之道。
六事之五曰“备百行以考旋”。此条与《人极图说》之“物物太极”相应。“考旋”语本《易·履》九五爻辞：“视履考祥，其旋元吉。”意思是考察自己的行为，使之圆满无亏缺。蕺山此句谓须做好自己当尽的一切伦理责任，一一考察之而无憾。他解释此条说：
孟子曰：“万物皆备于我矣”，此非意之也。只由五大伦推之，盈天地间皆吾父子、兄弟、夫妇、君臣、朋友也。其间知之明、处之当，无不一一责备于君子之身，大是一体关切痛痒。然而其间有一处缺陷，便如一体中伤残了一肢一节，不成其为我。【151】
