明代《尚书》类著作数量与《诗经》类著作大体相当，《明史·艺文志》著录88部，497卷。《四库全书》收录9部，存目40余部。宋以来的《尚书》学论争主要在四个问题上：今古文之争、错简之争、《禹贡》山水之争、《洪范》畴数之争。这些问题在明代主要表现为对蔡沈《书经集传》的拥护还是反对。朱子于《易经》、《诗经》都有专门的解经著作，《尚书》则只粗注二《典》，至《大禹谟》而中止。【82】在逝世前一年，朱子将注释《尚书》的任务交给了他的学生蔡沈。蔡沈集十余年之功，完成《书经集传》六卷。此书集宋学之大成，是以理学解经的典型。书成后影响很大，被视为朱子学派的代表作。但因与古注不同处甚多，因而亦引致不少反对之声。如宋末张葆舒的《尚书蔡传订误》、黄景昌的《尚书蔡氏传正误》、元初程直方的《蔡传辨疑》、余芑舒的《读蔡传疑》等，皆直指蔡传之失。而拥护者似乎更多。自元明两代此书被定为科举功令后，虽反对者仍不绝如缕，但拥蔡的著作占了绝对统治地位。
万历时期的著名文士李维桢在为王樵《尚书日记》所写的序中说：“《书》有古文、今文，今之解《书》者又有古义、时义。《书传会选》以下数十家，是为古义，而经生科举之文不尽用。《书经大全》以下主蔡氏而为之说者，坊肆所盛行，亦数十家，是为时义。”《四库提要》谓此序中所说“足括明一代之经术”。因经学发展至明代，受科举影响极大。笃实治经必循古义，趋附科举必用时义。古义、时义在解经体例与立意上均大有不同，拥蔡传者多遵时义，反蔡传者多遵古义。
时义最早且最重要的当为胡广等奉勅所撰之《书传大全》十卷。此书因功令所关，其重要性自不待言，《四库全书总目》说：“《书》以蔡沈《集传》为主，自延祐贡举，条格已然。然元制犹兼用古注疏，……其专主蔡传定为功令者，则始自此书。”此书亦纂辑撮抄之体，论者以为取自二陈氏者为多。二陈氏者，一为元代陈栎，有《尚书集传纂疏》；一为元代陈师凯，有《书蔡传旁通》。陈栎之书以疏通蔡传之意为主，故名“疏”；以纂辑诸家之说，故名“纂”。又以为蔡传出于朱子指授，为表示尊朱，《尚书》每条下必置朱子的解说于诸家之前。如有申说己意处，则标“愚谓”以示区别。此书认为，朱子解说《尚书》，只疏释其可通者，遇有不可通者，则阙疑。而蔡传则全书通之，遇有不可通者则强解之。陈栎对此等处，皆依朱子与诸家意为之折衷。故此书虽属拥蔡之作，但不株守蔡传。陈师凯之书则不主训释义理，而以名物度数的考订为多。《四库总目》提要谓：“此书成于至治辛酉，以鄱阳董鼎《尚书辑录纂注》本以翼羽蔡传，然多采先儒问答，断于己意。大抵辩论义理，而于天文、地理、律历、礼乐、兵刑、龟策、河图、洛书、道德、性命、官职、封建之属，皆在所略，遇传文片言之赜，只字之隐，读者不免嗫嚅龃龉，因作是编。于名物度数蔡传所称引而未详者，一一博引繁称，析其端委；其蔡传歧误之处，则不复纠正。”【83】可见此书对蔡传只是疏通、补充，目的在于更好地理解蔡传。因为此二书学有根柢，故主要撮抄此二书的《书传大全》比之《五经大全》中其他书为差胜。
《书传大全》以道学为指导思想，目的在为科举提供权威教本，这一意图贯彻于全书编纂之始终。卷首有《书说纲领》一篇，选二程、张载、朱子及滕和叔、程去华等人有关读《尚书》方法的语录。其中朱子的语录最多。所言主要在，读《尚书》与读他书不同，他书可以循序渐进，《尚书》则当下即大，故一开始就须有一个大心胸。其次，书中的名物度数等不可草草放过。如读《尧典》、《舜典》，其中的日月星辰之名，度量衡、律历之制；读《禹贡》、《洪范》，其中的山川、畴数等，须一一理会透彻。再次，遇有难通处，不妨先阙疑，不可强为之通。古今解《尚书》，强通者为多。须读古注疏，不可抛弃古注，处处以己意刻意标新。《书说纲领》对前人注《尚书》之佳作也有点评，如《东坡书传》固佳，但失之太简；林之奇之《尚书全解》固然详尽，但失于烦琐；王安石之《书经新义》失之穿凿，吕祖谦之《书说》失之纤巧之类，皆为之点出。最后特别告诫，文义贯通尚是第二义，更重要的是须体会二帝三王之心，并引滕和叔的话说，《尚书》之大意不过一个“中”字而已。“允执厥中”为始，“咸中有庆”为终。以此一字读《尚书》，疑义迎刃而解。从《书说纲领》以上的强调即可看出《书传大全》之编纂倾向。
又从《书传大全》全文载孔安国《尚书序》和孔颖达对此序的疏来看，它确有兼容并包的意思。《尚书序》下，系以唐陆德明之经典释文，释文之后，引朱子语，对尚书今古文之来由、《尚书序》的真伪问题等都有论说。如在所引书序之后，《大全》说：“今按安国此序不类西京文字，抑或后人所托，然无据，未敢必也。以其本末颇详，故备载之，读者宜考焉。”并未如蔡传一样，全删孔序。表明它虽拥蔡而不全废古注疏。但又选择朱子、吴澄、董鼎等人断孔序为伪之语数段作为小注，以为此声明之援据。此亦兼容并包而希望学者以尊朱之态度知所去取之意。
在拥蔡的诸著作中，王樵的《尚书日记》十六卷，以其论经旨不失大体，名物训诂援据详明，为学界所称。《四库总目》谓：“兹编不载经文，唯按诸篇原第以次诠释。大旨仍以蔡传为宗，制度名物，蔡传所未详者，则采旧说补之。又取金履祥《通鉴前编》所载有关当时事迹者，悉为采入。如微子抱器、箕子受封、周公居东复辟诸条，皆引据详明。”【84】王樵此书以治史之实证方法治经，以治经之价值阐发方法治史，欲两取经史之长而去其短。故他首先以《尚书》为史籍，说：“能以今事通古事，斯为明经；能以古文叙今事，斯为良史。《尚书》，经中之史也。”【85】意为，不能处今而料想古事，不能将经视为史，就不能真正地理解经。反之，不能将古史视为经，就不是好的史家。如汉武帝不能处今而料想古事，以《尚书》为专讲制度名物之朴学而不喜，故失之凿。司马迁叙战国秦汉事十分精彩，而叙五帝三代事则大有逊色，因为他有史才而无经学。叙五帝三代事则摭拾诸经入史，辞多笨拙，而以经外之见闻故事入史，又多陋劣。故于处今通古之道有所未逮。王樵的意思是，以处今通古之术治《尚书》，使《书》中事迹、名物一一疏通，不为空言，使人读经如读史般明白，事事如在目前。故蔡传是经体，不得不简明；己书是经之羽翼，务在详尽。职此之故，《尚书》中的事迹、名物、制度，皆采古注疏及他家之书以补蔡传之未备。其中事迹方面采录吕祖谦之《通鉴前编》最多。目的在于使读此书者“读其书如身在其时，论其世如事在于己。则虽制度、事迹有不可以久远难稽而略之者”。【86】另外此书中对朱子已有论说而蔡传未有涉及者，皆择其重要者一一摘出，足见尊朱之意。因此书诸多优异之处，故明代著名文士李维桢在谈到明代《尚书》学时对之褒扬有加，谓：
金坛王中丞公《日记》，裒辑百家之训诂，于经旨多所发明，而亦可用于科举之文。其中若精一协一，建中建极，禹箕演畴之法，汤尹谈理之宗，《召诰》、《周官》之义，微、箕抱器受封，周公居东、致辟之辨，本原学术，穷究性命，昭揭伦常，破除诬罔，有功于经不小。【87】
朱彝尊《经义考》也引张云章之语说：“《日记》字比句栉，讨论折衷，或并存众说，或定从一家，必求至当之归，而于历象、玑衡、地理，皆详稽而得其依据。”这些评论绝非谀辞，具见此书乃明代《尚书》学之翘楚。
继承王樵之方向而做专门之考订者，有陈第之《尚书疏衍》四卷。陈第之新见，大多得自心悟，然后以古注疏证之，不沿古注疏而为先入之见。他在此书自序中说：
余少受《书》家庭，读经不读传注。家大人责之曰：传注，适经门户也；不由门户，安入堂室？余时俯首对曰：窃闻经者，径也。门户堂室自具。儿不肖，欲思而得之，不敢以先入之说锢灵府耳。读《礼》之暇，亦尝稍窥传注，大都明显易知者，先儒交发之；稍涉盘错，则置而弗讲。甚至句读之间，多有错误。是读与不读等耳。……口诵心维，得其义于深思者为多。
可见他好学深思，不迷信他人成说，喜自悟自得之风格，固少年时即已确立。由于喜自悟，他的新见往往从他人不经眼处所得。如《四库提要》所举：“论《舜典》五瑞、五玉、五器，谓不得以《周礼》释《虞书》。斥注疏家牵合之非，其理确不可移。论《武成》无错简，《洪范》非龟文，亦足破诸儒穿凿附会之说。”【88】为其荦荦大者，其余百余条，多有发前人未发者。
陈第的《尚书疏衍》大受后人诟病者在他力辨古文《尚书》之不可尽废。如《四库提要》说此书：“唯笃信梅赜古文，以朱子疑之为非，于梅《尚书考异》、《尚书谱》二编排诋尤力。盖今文古文之辨，至阎若璩《疏证》始明，自第以前，如吴棫之《书裨传》、陈振孙之《书说》、吴澄之《书纂言》、归有光之《尚书叙录》，均不过推究于文字难易之间，未能援引诸书，得其确证。梅《尚书考异》虽多所厘定，颇胜前人，而其《尚书谱》则蔓语枝辞，徒为谩骂，亦不足以关辨者之口。第之坚持旧说，盖由于此。”【89】陈第此书卷一有文四篇，曰《尚书考》、《古文辨》、《引书证》、《尚书评》，专论古文尚书之不可废之意。其《尚书考》信孔颖达疏，谓梅赜所献为孔安国传本，张霸之书伪而梅赜之书不伪。且历数晋郑冲至梅赜之传授系统。其《古文辨》则驳吴棫、朱子、吴澄以古文尚书皆文从字顺，不似今文多诘曲聱牙，及吴澄以古文文字无一字无所本而平缓卑弱，不类秦汉以前文字，以证古文为伪。陈第对此一一加以驳斥，认为今文何尝不诘曲聱牙。更以大禹治水勒碑南岳，至宋末嘉定始出，至明嘉靖而始传，以证不能以中间数百年未见而判为伪作。谓孔颖达判古文经“虽然早出，晚始得行。其辞富而备，其义弘而雅。故复而不厌，久而愈亮”为知言。並斥梅以古文经为伪是拾吴棫、朱子、吴澄之绪余而诪张立论，其《尚书谱》之谩骂亦“非君子之言，实达人所摒弃”。
其《引书证》专采掇《左传》、《国语》、《礼记》及《论语》、《孟子》、《吕氏春秋》诸书中所引古文《尚书》，以证古文经不伪。他的结论是，被判为伪古文的二十五篇，只有《微子之命》、《周官》、《毕命》、《冏命》四篇未被诸书征引。而此四篇皆文从字顺者。他以为，善读《尚书》者，须善观其奇正。《尚书》之文，“或时而正，或时而奇。正而愚夫愚妇知之，奇则文人学士不能以句。而作者无心也。读《书》者遇奇而不求其正，值正而不求其奇。始也诵言以索意，既也得意而忘言”。如此方为深于《书》者。
其《尚书评》，一谓始皇烧书，《尚书》并未烧绝，民间多有藏者。故古文经今文经皆有诵习者。二谓《尚书》之文章乃千古之至文。自汉至今，文士必以太史公为大匠。太史公之文以奇胜，但叙写尧舜禹汤之事，则面对《尚书》，怵然而手拙，只好取典谟誓诰之文，稍变字句而照录之。盖其意未能包贯《尚书》之内涵，故文字亦不能畅快驰骋。他认为，《尚书》之妙，不唯在其为政事之府，亦在于其为道德之宗。至于文字之妙，体裁之雅，更足为后世之祖。如推为文章巨匠的韩愈，其名文皆法《尚书》：其《淮西碑》法《舜典》，《佛骨疏》法《无逸》，《画记》法《顾命》，皆词、意并佳之作。
陈第此书完成后，因与朱子相抵，窃不自安，尝致书当世名儒焦竑。焦竑复书，称此书“段段惬心，言言破的，真学者之指南，越世之卓见”。【90】于是放心付梓。观陈第之力辨古文尚书不伪，除其求真精神有以鼓舞外，更重要者在他对六经整体之人文价值的肯定，不欲其中的篇籍被排除在外。他尝说：
夫文本于事，事致于理，要以达上下之情，齐众寡之论，宣祇惧之旨，畅堙郁之衷，导之善所以禁其恶，约之正所以绝其邪。典、谟、训、诰、誓、命、贡、征、歌、范皆是物也。【91】
这表明，他的《尚书》之学是合价值性与实证性为一的，非仅为考证之学。这和一些专着眼于考证而攻驳朱子者不同。
明代明确打出纠蔡传之偏、订蔡传之误旗号的有数十家，其中最有影响且最有学术价值的当属刘三吾《书传会选》六卷，梅《尚书考异》五卷，马明衡《尚书疑义》六卷，袁明仁《尚书砭蔡编》一卷，陈泰交《尚书注考》一卷。
《书传会选》由明初翰林学士刘三吾等奉勅撰。【92】洪武二十七年，朱元璋因早年考验天象，发现蔡沈《书经集传》所说之象纬运行，与朱子《诗集传》中所说相悖。其他如音注、字义等也有与邹季友之《书集传音释》不合者，于是征天下者儒相与订正。“凡蔡传之合者存之，不预立意见以曲肆排诋；其不合者则改之，亦不坚持门户，以巧为回护。计所纠正凡六十六条。”【93】具体改正内容，顾炎武《日知录》之“书传会选”条述之甚悉，并认为此书之体例，尚有古人注疏之意：
其传中用古人姓字、古书名目，必具出处，兼亦考证典故。盖宋元以来诸儒之规模犹在，而其为此书者，皆自幼为务本之学，非由八股发身之人，故所著之书虽不及先儒，而尚有功于后学。至永乐中修《尚书大全》，不唯删去异说，并音释亦不存矣。愚尝谓自宋之末造以至有明之初年，经术人材，于斯为盛。【94】
以顾炎武对著书之矜慎及不轻许可，可知此书确有价值。【95】另《四库提要》考定此书非刘三吾集众儒臣之见解成书，而是刘三吾自己先有定见，不过与众臣参稽相编订而已。因为据《太祖实录》，与群臣论蔡传之失在洪武十年三月，而诏修此书在洪武二十七年四月，五个月后书成。此书新见颇多，不能如此之速。另刘三吾序言称：“臣三吾备员翰林，屡尝以其说上闻。皇上允请，乃召天下儒士，仿石渠、虎观故事，与臣等共校订之。”观此，可知《四库提要》所说不无道理。另《四库提要》还认为，《书传会选》所署参与纂修者之姓名与《太祖实录》所记不同，是因为成祖后来下诏重修《太祖实录》，建文死难诸人及反对靖难之臣之名姓，重修时皆已删去。此点朱彝尊《经义考》已经指出。
攻蔡传最为激烈的，当属正德时梅的《尚书考异》五卷。此书专论古文尚书之伪，认为东晋梅赜所献之书，其二十五篇古文为晋皇甫谧所作。又谓孔安国序并增多之二十五篇，皆杂取传记中语以成文。梅专门攻击伪古文尚书，故对朱子、蔡沈之不删古文而仍为之作传深表不满。他说：
蔡沈游于文公之门，所当虚心平气，发潜经之幽光，然后为有功于文公。今晋人曰：伏生失其本经，口以传授，则诺；古文出之壁藏，定为五十九篇，则诺。如此等处，直削经文，蒙蔽后学，皆其大者，茫之不觉。是其胸中懵懵亦已久矣。【96】
此处晋人指梅赜所献之《古文尚书》。梅批评蔡沈不加批判地沿袭梅赜伏生未传全经、孔壁所出之五十九篇古文经为尚书原本的说法，是不懂尚书之学。不仅不加批判，而且其《集传》直以古文经为底本，这更是不能容忍。他并且以蔡沈对古文经中与《论语》不同处未加甄别、批评，斥蔡沈叛孔子、蔑《论语》；以蔡沈注文中某些处与朱子不同，斥蔡沈悖逆师门。并认为蔡沈之误皆由朱子之疑古文不痛决、又反书序所致。他说：
朱子之见诚为超迈，朱子之言诚为精当，但犹颇有放失者。愚请得而补之。小序在二十九篇之数，又《史记》斑斑可考，孟坚以为孔子所作，则因其流传之久故也。是则虽非孔子亲笔，然先秦战国时讲师所作无疑。晋人假孔安国书，东晋方出，不唯前此诸儒皆未曾见，虽前此真孔安国亦不曾见。……朱子于先汉小序尽力排之，不肯少恕；于东晋后出伪书，虽云可疑之甚，不免表彰尊显，疑信相半。遂使蔡沈之徒，从厥攸好，违己所疑，岂非过于放失，而同染污俗之见也欤！【97】
其攻《古文尚书》不可谓不决绝，对朱、蔡师弟的批评不可谓不尖刻。对《古文尚书》的怀疑与攻驳，自两宋之际的吴棫始。后朱子稍稍疑之。吴澄等人相继抉摘，对古文《尚书》之真伪问题研之渐深。至梅此书分析加细，证据加广，乃有清初阎若璩《古文尚书疏证》之作，古文之伪似乎定谳。故梅此书在《尚书》学史上居甚重要之地位。
另外马明衡的《尚书疑义》六卷也甚有名。马明衡乃王阳明弟子，《明史》称闽中学者率以蔡清为宗，至马明衡始独受业于王阳明。闽之有王学，自明衡始。《明儒学案·粤闽王门学案》也说闽中王门除马明衡外无著名者。《四库提要》对马明衡在“大礼议”中以御史谏世宗不应尊所生而薄所后，被下狱削籍，终身废弃而不稍退却的精神表示赞赏，认为不愧于明经之儒。至于其书之醇疵可不必论，足见其人品之重。
马明衡之《尚书疑义》对蔡传不轻立异，也不苟同。此书自序说：
孔安国、颖达用意虽勤，其于大道概未有闻。蔡氏仲默承文公之训，义理大有发明。然愚从而求之，谓其悉可以得圣人之心而达圣人之道，则不敢以自诡也。故凡于所明而无疑者，从蔡氏；其有所疑于心而不敢苟从者，辄录为篇。
可见此书取理学立场，主于明义理，认为汉唐注疏于儒家之道无所发明，只在文字训诂、名物制度上着眼。蔡传虽于义理有发明，但其中多有不惬于心者。所以他之献疑，主要目的在明义理。但他讲义理，不脱离古注疏而凿空立论，故新解往往在名物、典制上。如对“六宗”的解释，本于《礼记·祭法》；“辑五瑞”，认为是朝觐之常，非更新立异；《洪范》“五纪”之日月运行，不从孔疏而从沈括之说，皆言之有据。但于经注中往往加入时事，不合解经通例。总的说此书大醇小疵，故《四库提要》谓其“能参酌众说，不主一家，非有心与蔡立异者。……然明人解经，冗滥居多，明衡是编，尚能研究于古义，固不以瑕掩瑜也”。【98】可谓有得之言。
袁仁之《尚书砭蔡编》一卷，篇幅虽小，但新义丰多。《四库提要》举出其纠蔡传之失而确有据依者数十条。有人物、制度、名物、地理、史实、引书、训诂等方面。可见袁仁之《尚书》学实有根柢，非浅见者流。他自述此书撰作之由说：
襄儿就塾师习《尚书》，专求通蔡氏传为案据。余考国朝典令，《书》主古疏兼蔡传，初未尝专主蔡也。学者以注疏繁而难阅，遂弃不观，然而非制矣。余弱冠时曾诵壁经正文，至是始取蔡氏阅之。则悖理者种种也。因博考先儒旧说，参以己意，正其谬误，揭之家塾。【99】
可见此书初只为纠家塾幼童专读蔡传，不通古注之偏而作。他的砭蔡，是以古注疏为主，参酌他家，以订蔡传之误。他之所以刻此书流通于世，亦为纠正世间只读蔡传，废弃古注之弊，返功令之原貌。亦救正经术之一法。另外，此书曹溶收入《学海类编》时，更名为《尚书蔡注考误》，绎其意，似“砭”字太尖刻，改为“考误”较平正。但袁仁之甥沈道原为此书作的序中则以砭字发挥，序中说：“蔡何砭也？非蔡浅，《书》固真尔。世有蔡，即有砭蔡者，道无涯也。”以为解经之著作固无完书。义理无穷，注书者即无穷。后人批评前人，正显道之无涯之意。砭者批评攻诘之义，名砭蔡固无妨。
另有陈泰交《尚书注考》一卷，也擅名当时。此书之特出与不足之处，《四库提要》道之甚详：“其书皆考订蔡沈《书传》之讹，谓有引经注经，不照应者三条，又有同字异解者三百二十三条，皆录注语，不加论断。其同字异解者，一字或有数义，抉摘未免过严。其不照应者三条，……则前后显相矛盾，诚蔡氏之疏略矣。马明衡《尚书疑义》、袁仁《砭蔡编》颇以典制、名物补正蔡传之缺误，泰交此书则惟较量于训诂之间，而所谓训诂异辞者，又皆以矛攻盾，未及博援古义，证以旧文，故为少逊于二家。然释事、释义二者相资，均谓之有功蔡传可也。”【100】
明人之《尚书》解，能入四库法眼者少，著录仅十余家，不及宋人之半。存目者亦仅四十余家，且大多以为不足观。未录者数倍于此，其中不无遗珠之憾。万历间郝敬之《尚书辨解》十卷，就是一部极有特色的书。其书首在严今古文之别。蔡沈之《书经集传》篇目沿袭孔颖达《尚书正义》之旧，不复删订，只在篇题下注明今古文。郝敬对此大为不满，他的《辨解》只解伏生所传之二十八篇，即《泰誓》亦不载。郝敬认为伏生所传，虽不能说已尽孔子删订之数，但大抵相近，遗漏不多，非人老记诵不全，止存其三分之一。即此二十八篇，四代规模已大体可窥，多亦无益。他说：
夫子删订之季，周室东迁已久，典籍散亡，计当日所定四代书，亦应不多。伏生所授二十八篇，四代规模已具，恐未止三之一耳。诗比训诰易于存记，有乐官典守，故多至三百余篇。《书》辞深奥，故伏生所记止此。【101】
郝敬之辨今古文，多从文辞之清浅与沉郁上着眼，认为《尚书》原文沉郁，后世伪造者清浅。此点他反复说起。如：
《盘庚》、《大诰》、《康诰》等篇文辞，如流云杂雾，蒸涌腾沓，不可抟埴而自然烟润。孔书二十五篇，丰姿济楚，如砻石疑玉，刻木肖花，渐染妩媚之气。古言盘郁，今言清浅；古言优雅，今言高华；一览而尽者，今人之辞，三复而愈远者，古人之辞也。【102】
对前人认为今文诘曲聱牙，他亦有解释：
二十八篇与古人传神。其辞简朴无枝叶，是古时风气之醇浓也。其诘曲不畅快，是古人胸次之盘郁也。其更端层叠，是古人真意委婉周至也。含辉敛彩，晶光自尔艳发。气若断续，而悠然条畅。此古人生气也。至于二十五篇，清浅松泛，边幅整齐，无复昧爽氤氲气象。【103】
他又以文字风格是否统一来判今文古文，认为今文《尚书》乃虞、夏、商、周四代原文，故文字不统一。古文《尚书》属一手伪造，故文字统一。他说：
孔书四代文字一律，必无此理。《诗》如商颂缜栗而渊瑟，周颂清越而驯雅。二代文质之分也。《诗》既尔，《书》亦宜然。若以《伊训》、《太甲》与《康诰》、《大诰》诸篇并列，先后、文质倒置也。【104】
又以《孟子》中引《书》与今文文字风格相近来证今文是真：“诸传独《孟子》近古。七篇中所引！《书》如《太甲》、《伊训》、《汤誓》等语质直而少逸响，正与二十八篇文字一律，足征伏书是真，孔书是假。”【105】
郝敬由反对古文尚书进而反对朱子读《书》之法，更进而反对朱子整个思想方法。朱子因《尚书》乃上古之书，流传既远，其中多有不可晓者，主张此等处不可强解，置之阙疑可也。郝敬认为，朱子以为不可解者，多在今文内，朱子又不甚区别今古文。朱子认为易解者，皆不必解之伪书；朱子认为难解而暂阙者，正是《尚书》原籍。朱子此种倡导，是弃嘉谷而收稂莠。另外他认为，某些篇章朱子之所以不可晓，是因为朱子读《尚书》之法有误。他主张的方法是：
《书》不难读，首当观世代升降与先后治乱，次第分明，逐篇文字可迎刃而解。予读《书》次第通融，所以有得。读《易》亦然。【106】
读《易》先读《序卦》，读《书》先读古序，《书序》（按指孔安国之《尚书序》）无足观。先考其世代、篇目，详其命篇本意，乃读其文辞，条理血脉自然贯串。”【107】
他反对朱子读《书》之法，甚至连带反对朱子整个治学方法，他说：
朱子谓《书》难晓，决无尽解之理。缘朱子凡事自末寻本，读书先看文字，以为易简指诀，不先质其世代，审其篇目。得则为偶合，不得则强世代从篇目，强篇目从文字。毕竟不解，解亦多误。如说《金縢》、《大诰》，直隔千山万水。解《诗》亦然，先解文字，后安排题目，焉得不尽改古序。解《易》亦然，但执爻象，都不理会序卦，焉得不疑《序卦》为假。讲学亦然，先穷尽天下事物，然后致知，焉得不割经补传。【108】
此处对朱子的批评，确实抓住了朱子笃信文字，喜好精微，先从细处入手的思想特点。但朱子因为有了此种方法，所以于古典之诠解创获甚多。对此似不能指斥太过。至于经学上的分歧，见仁见智，亦不必指责朱子方法不对。不过郝敬此处所说的先掌握世代、篇目，详其命意，却不失为读《书》之一法。
明代的《尚书》学著作，除详注全经及总论整部《书》经的通释性著作之外，尚有对各篇进行注释发挥的著作。这些著作多集中在《禹贡》之山水、《洪范》之畴数的争论、辨正上。此类书至两宋之后而加多。《四库总目》经部书类之篇题曰：“禹迹大抵在中原，而论者多当南渡，昔疏今密，其势则然。然尺短寸长，互相补苴，固宜兼收并蓄，以证同异。班固索《洪范》于《洛书》，诸儒并及《河图》，支离，淆经义矣。”对其蔚兴之由，提揭可谓精切。朱彝尊《经义考》中著录明代关于《禹贡》、《洪范》的著作甚多，《四库》多不收。《禹贡》存目的有韩邦奇《禹贡详略》无卷数，郑晓《禹贡图说》一卷，《禹贡说》一卷，王鉴《禹贡山川郡邑考》四卷，俞鲲《禹贡元珠》一卷，胡瓒《禹贡备遗增注》二卷，茅瑞征《禹贡汇疏》十五卷，艾南英《禹贡图注》无卷数，夏允彝《禹贡合注》五卷，许胥臣《禹贡广览》三卷。其中最重要的是郑晓、茅瑞征、夏允彝三家，今略述之。
郑晓《禹贡图说》中有《禹贡全图》一幅，九州各疆域图一幅，贡赋之道图一幅；又有导山、导水图十四幅，每图皆附以解说，后载《禹贡》全文，故名《图说》。《四库提要》谓：“其中精核可从者，胡渭《禹贡锥指》每征引之。然核其全书，实多疏舛，渭未及一一辨也。”【109】其《禹贡说》是对《禹贡》全文的解释。其中有几条为阎若璩《潜丘札记》所取。《四库总目》对此二书评价不高。但仅此几条，已可说起到“互相补苴，以证同异”之效了。
茅瑞徵之《禹贡汇疏》，前有图经二卷，上卷取郑晓图二十四幅，下卷为自绘图二十四幅。附录一卷，多采大禹神怪之事。其自序称，孔安国传、孔颖达疏对《禹贡》山水所释初得其梗概，但多有舛错。如“三江”、“九江”的解释等。蔡传采摭多家之说而补订之，虽多有创获，但因务为简明，援据未能详尽曲畅。《东坡书传》及《书传大全》中皆有对前人疑惑问难之处。他在读《书》之时，对《禹贡》疑义尤所留心，摘录群疑，考以各书，详加参订，汇为此书。又，此书之篇幅在《禹贡》诸释义之书中是较大的，可见用力不小。但《四库提要》谓此书“征引浩繁而无所断制，动引及天文分野，未免泛滥。至其附录一卷，尽摭杂家之言，侈谈灵异，岂非说经之体哉！”【110】另此书值崇祯之末，多有借注经抒发拯危感时之情处，如其自序中说：
读《禹贡》者，详九州之山川，则可供聚米之画；习浍渠之歧路，则可商飞挽之宜；察东南之物力，则当念杼轴之空；考甸服之遗制，则当兴树艺之利。而挈要于“底慎财赋”一语，疏解浩繁，可一言以蔽之。如必句栉字比，执今图志疑古山川，此不离经生之耳食，何异孔蔡之旧文？
此等处皆自现实着眼，不尽在解经，故不为《四库》所许。
夏允彝的《禹贡合注》也是紧切时事之作。盖夏允彝当崇祯之末，福王政权曾召为吏部主事，辞未就。南都失守，投水死。自是一志存报效的烈士，非章句经生。况明末国事殷忧，亦非潜心著作之时。他在此书的自序中也表明以经学寓时事之意：“长偕陈卧子出入，见其留意博询，凡水泉之曲折，途径之分歧，必明昕而后已。因念即此是学，欲作地理图，仿朱思本意为之，益增其所未备，兼为之说。而于用兵险要、水利、屯田、城池、赋税尤加详焉。”而《四库》馆臣未能体此苦心，以纯解经之著作例之，故对此书评价不高，说“是书证合时务，指言得失。又杂取《水经注》及诸家小说，旁载山水形状及诸奇异，似乎博瞻，实与经义无关也”。【111】
这里述此两书，意亦在知明末时固有以经学寓时事之一类型，以见明人理学之所贯注，其价值关切可说无不在矣，非屑屑以解经之儒自期。
关于《洪范》，《四库总目》只收录黄道周《洪范明义》一家，存目也仅吴世忠《书传洪范考疑》一卷，蔡悉《书畴彝训》一卷两家。《尚书》中的《洪范》篇，历来以为武王克商之后，访问箕子，箕子为陈治国大法之记录。因为是治国大法，所以历来受到上至帝王下至士人的关注，宋元以来为之作注者甚多。宋仁宗即有《洪范政鉴》十二卷。明代开国皇帝朱元璋非常重视《洪范》，“尝命儒臣书《洪范》揭于御座之右，朝夕观览，因自为注。”洪武二十年二月书成，名《御注洪范》。朱元璋曾对儒臣刘三吾说注此书之宗旨：“朕观《洪范》一篇，帝王为治之道也，所以叙彝伦、立皇极、保万民、叙四时、成百谷，本于天道而验于人事。箕子为武王陈之，武王犹自谦曰：‘五帝之道我未能焉。’朕每为惕然，遂疏其旨，为朝夕省览。”【112】朱元璋此举为明代帝王重视《洪范》开其端。此后明仁宗有《体尚书》二卷，主要解释《尚书》中的《皋陶谟》、《甘誓》、《盘庚》等十六篇。明世宗有《书经三要》三卷，《明史·艺文志》谓：“帝以太祖有注《洪范》一篇，因注《无逸》，再注《伊训》，分三册，共为一书，已乃制《洪范序略》一篇，复将《皋陶谟》、《伊训》、《无逸》等篇通加注释，名曰《书经三要》。”并皆有序文说明它在政治上的重要功用。
明代学者注《洪范》者不少，其中有以河图、洛书之数推演《洪范》之畴数者。此种方向可称为“衍《范》”派。《四库提要》对蔡悉《书畴彝训》的评论道出了此种方向的特点：“阐发《洪范》九畴与《易》象合一之理，盖即刘歆河图、洛书相为经纬，八卦、九章相为表里之说。”另一种方向则是对以《易》解《畴》的反对，主张对《洪范》之文平心读之，笃实解经，反对牵合附会。对刘向、刘歆父子《五行传》中的增饰、附会之说进行批评。如杨廉《洪范纂要》之自序曾沉痛指出：
噫！《易》出于羲、文、周、孔，其后乃有京房、郭璞之学。《范》出于大禹、箕子，其后乃有刘向、刘歆之学。而淫巫瞽史往往幸其一言之中，从而张之，使其为说遂与圣人之经抗衡于世，岂不可憾哉！学者诚取《洪范》本篇沉潜玩味，于五行、五事、休咎、福报之应，昭然可见，又何必牵合补缀以曲为之说哉！
徐献忠《洪范或问》不仅反对向歆父子《五行传》，同时反对蔡沈《洪范皇极内篇》对五行的诡谲化、神秘化，及《书经集传》中对这种解释方向的沿续。他在《洪范或问》自序中说：
天地自然之利可以养民者曰五行。后世谲其义，谓造化群有而生吉凶，此五物者司之。甚矣其过论也！刘向《五行传》始穷其义以通变化，蔡子（指蔡沈）传其学，著《洪范皇极内篇》，以儒者之道缘之，厥后作《书集传》，遂旨趣五行，综其余论，不自知其陷于纬说之家矣。
以上这两家的学说代表了反“衍《范》”派的主要观点。
明代沿“衍《范》”方向的，除以上蔡悉《书畴彝训》一卷外，尚有瞿九思《洪范衍义》五卷，钱一本《范衍》十卷，罗喻义《洪范直解》一卷、《读范内篇》一卷，黄腾《洪范皇极衍义》二卷，包万有《范数赞词》四卷等。【113】这些书多涉术数，故《四库全书》不载，仅钱一本之书存目。
反“衍《范》”的，重要者有王祎《洛书非洪范辨》，及上述杨廉《洪范纂要》一卷、徐献忠《洪范或问》一卷，吴世忠《洪范考疑》一卷，归有光《洪范传》一卷等。这些书大体上主张《洪范》乃言理之书，不涉及数。更与《周易》所说之河图、洛书无关。后世儒者之《易》《范》合流，卦畴相通，皆牵强附会，甚至堕入妖妄不经。
明末黄道周之《洪范明义》四卷，崇祯十年黄道周任经筵讲官时所上，其书自序曰：“臣观五帝三皇之道，备在《易》象。自《易》象而外，惟有《洪范》一书，为尧舜所授予禹汤，周公所得于箕子者。《易》于《明夷》之卦推崇箕子，明羲文之道在箕子，非他作者所敢望也。”这仍是元明以来将《易》与《洪范》统合为一的思路。他在自序中还明确叙述了此书之旨趣：“其上卷皆言天人感召，性命相符，及好德用人之方。下卷言阴相协，彝伦条贯，旁及阴阳历数之务。初、终两卷乃正定篇章，分别伦序，以及圣神授受之统。”因此《四库提要》谓：“其学深于术数，于五行汩叙，类陈灾异以明鉴戒。不免沿袭伏生、董仲舒、刘向等附会之文。至八政畴叙以“食”配坤、以“货”配巽，……又配以六十四卦先后天图，更为穿凿。其最异者，至以河图、洛书配历数，而曰某年至某年为稼穑初际、中际、末际，以至从革曲直，润下炎上，其例皆然，更是沿《皇极经世》之余波，曼延而不可究诘矣。”【114】但他上经筵之书，意在以天人相应之理警发皇上，使知恐惧修省，这在明末国事觇危之际又有其合理性。故《四库提要》对此深加谅宥，认为此书“意存启沃，……其文不尽合于经义，其意则与经义深有合焉。置其小节，存其宏旨可也”。【115】此外，关于《尚书》其他篇目如《尧典》、《旅獒》、《金縢》、《吕刑》等，也有注释、图说等书出现。这些书大多零碎不成系统。
还有一些专供科举考试之用的书。这些书大多不全载经文，只选择那些有可能出题的句子，详加注释，说明答题要点及可资发挥之处。此类书因实用性强，很快大量印刷流通。明代此类书最有名的有陈雅言《尚书卓越》，王大用《书经旨略》，杨肇芳《尚书副墨》，王樵《书帷别记》等。演至末流，士人专读此类书而《尚书》本文反束之高阁。《四库提要》在评论元陈悦道《书义断法》时曾说：“后来学者揣摩拟题，不读全经，实自此滥觞觞。录而存之，知科举之学流为剽窃，已非一朝一夕之故。”【116】顾炎武说科举盛而经学亡，此亦一证也。
