佛教自传入中国之始，就处在不断地与儒家思想的融合中。唐代后期以来的儒学复兴，与儒佛融合同其步趋。如北宋初年名僧孤山智圆，以僧徒而自号中庸子，自谓“于讲佛经外，好读周孔扬孟书。往往学为古文，以宗其道，又爱吟五七言诗，以乐其性情。”【1】在经注及书札序跋中，以佛补儒、融会儒佛之语处处可见。他极力倡导三教本同之旨，说：
浮图之教流于华夏者，其权舆于东汉乎！其于训民也，大抵与姬公、孔子之说共为表里耳。何耶？导之以慈悲，所以广其好生恶杀也；敦之以喜舍，所以申乎博施济众也；指神明不灭，所以知乎能事鬼神之非妄也；谈三世报应，所以证福善祸淫之无差也。使夫黎元迁善而远罪，拨情而反性。核其理也，则明逾指掌；从其化也，则速若置邮。【2】
认为佛教之说正所以辅助儒家，内典外典，其宗旨本一。张内外之畛域，互相敌对，视为水火，则浅见无识之人。他指斥此种现象说：
世有限于域内者，见世籍之不书，以人情之不测，故厚诬于吾教，谓弃之可也。世有滞于释氏者，自张大于己学，往往以儒为戏。岂知夫非仲尼之教，则国无以治，家无以宁，身无以安。国不治，家不宁，身不安，释氏之道何由而行哉！故吾修身以儒，治心以释，拳拳服膺，罔敢懈慢，犹恐不至于道也，况弃之乎？呜呼！好儒以恶释，贵释以贱儒，岂能庶中庸乎？【3】
智圆的思想，从一个侧面反映了北宋初年倡导文治、崇尚儒学的思想风潮。
稍后的契嵩（1007—1072），倡儒释道同教异、本同迹异之说，以与当时欧阳修、李觏之排佛相抗衡。他说：
唯心之谓道，阐道之谓教。教也者，圣人之垂迹也；道也者，众生之大本也。心无有外，道无不中，故物无不预道。圣人不私道，不弃物，道之所存，圣人皆与，是故其为教也，通幽通明，通世、出世，无不通也。通者统也，统以正之，欲其必与圣人同德。夫教也者，圣人乘时应机，不思议之大用也。是故其机大者，顿之；其机小者，渐之。渐也者，言乎权也；顿也者，言乎实也。……语夫圣人之全也，则周天下之善，遍百家之道。其救世济物之大权乎？语夫圣人之实也，则磅礴法界，与万物皆极，其天下穷理尽性之大道乎！【4】
这是说，儒与佛都是对心这一本体的阐释，心大无外，无处非道。圣人与道体为一，故无封限。其教遍一切处，顿渐权实，皆乘时应机之用。儒佛在世、出世上有别，在权实顿渐上有别，但在以不同方式表现道这一点上是相同的。这是儒佛融通的基础。他又说：
夫圣人之教，善而已矣。夫圣人之道，正而已矣。其人正，人之；其事善，事之。不必僧，不必儒，不必彼，不必此。彼此者，情也；僧儒者，迹也。圣人垂迹，所以存本也；圣人行情，所以顺性也。存本而不滞迹，可以语夫权也；顺性而不溺情，可以语夫实也。【5】
这仍是说儒佛道同迹异，应该存本略迹，顺性忘情。故契嵩作《孝论》，大力阐扬孝道，视为儒佛皆不可或缺的第一要德。天下事物，首先要孝顺的是父母、师僧、至道之法。父母者身之本，师僧者教之本，道法者用之本。以此三者为本，亦儒佛之所同。天下人知孝为儒者之要道而不知其亦为佛者之要道，是不知佛。他认为在行孝上儒佛各自的作用是“以儒守之，以佛广之；以儒人之，以佛神之”。【6】即以儒家之态度行孝，但要跳出世俗之范围；行动上要恪守孝道，但精神上须知晓道之广大。“不以佛道广之，则为善不大”。
契嵩并且精研儒家之礼乐刑政，以之会通《中庸》，说：
《中庸》者，盖礼之极，而仁义之原也。礼乐刑政仁义智信，其八者一于《中庸》者也。人失于中，性接于物，而喜怒哀惧爱恶欲生焉，嗜欲发焉。有圣人者，惧其天理将灭，而人伦不纪也，故为之礼乐刑政，以节其喜怒哀惧爱恶嗜欲也，为之仁义智信，以广其教道也。【7】
契嵩这里完全是从俗人的角度诠解《中庸》，不仅没有出家人惯常有的对俗世的批评与辩解，甚至也没有从出家人角度进行儒家与佛理的融会。他并且对儒家所倡导的君子有为，及修齐治平，也本以上《中庸》之旨大力阐扬：
君子将有为也，将有行也，必修《中庸》然后举也。饮食可绝也，富贵崇高之势可让也，而《中庸》不可去也。其诚其心者，其修其身者，其正其家者，其治其国者，其明明德于天下者，舍《中庸》其何以为也？【8】
他虽然说：“儒者儒之，佛者佛之，各以其法赞陛下之化治。”但他多以儒家立场立论。如他对于性德、教化、情理等的解释，皆自俗人的立场出发。其撰著《传法正宗论》并把它进献于朝廷，甚至将自己的著作取名为《治平集》，意亦在定禅宗传法之统绪，息佛教内部种种争讼，以扶持世法，佐治国家。据僧传，契嵩完成《传法正宗记》、《禅宗定祖图》二书后，携书游京师，知开封府王素奏上宋仁宗，仁宗览之大加叹赏，付传法院编入藏经。下诏褒崇，赐号明教大师。宰相韩琦及参知政事欧阳修等皆请见尊礼之，而欧阳修尝写辟佛文。【9】这从一个侧面说明，宋以来释家内部对儒学关注之深切程度，儒释融合之深切程度。至于宋元士大夫中的好佛者，如王安石、苏轼、黄庭坚、张商英、耶律楚材、赵孟等，其对于佛教的吸收与融会，更是学者时常道及的。
入明以来，朱元璋尊崇儒学，以儒家思想为治国之本。但他也注重宗教对于稳定政权的作用，对佛教道教优礼有加。他尝作《三教论》，对儒释道安定国家、利益群生的作用加以肯定，他分析三教及其鬼神、灵异之作用说：
若崇尚者从而有之，则世人皆虚无，非时王之治；若弃绝之而杳然，则世无鬼神，人无畏天，王纲力用焉。于斯三教，除仲尼之道祖尧舜，率三王，删诗制典，万世永赖。其佛仙之幽灵，暗助王纲，益世无穷，唯常是吉。尝闻天下无二道，圣人无两心，三教之立，虽持身荣俭之不同，其所济给之理一。然于斯世之愚人，于斯三教，有不可缺者。【10】
这仍是儒释道三教理一而教异的思想。朱元璋早年曾出家为僧，又投白莲教郭子兴部下为兵，故即帝位后对佛教不能忘情，此属自然之事。但他也不主张佛道争讼，对道教十分宽容。他认为世人对老子之道常怀误解，认其为金丹、飞升之术，实际上，老子之道主要是清静无为，知雄守雌，与儒家之道密相呼应，他说：
老子之道，密三皇五帝之仁，法天正己，以时而举合宜，又非升遐禅定之机，实与仲尼之志齐，言简而意深。时人不识，故弗用，为前好仙佛者假之。【11】
认为三教之理一，治理国家，三教皆不可缺，其不同者在阴阳虚实之形态：儒教是阳，是实，释教是阴，是虚。天下之道本一，阴阳相济，虚实相辅，正所以辅治国家，他解释此意说：
所以佛之道云阴者何？举以鬼神，云以宿世，以及将来，其应莫知，所以幽远不测，所以阴之谓也、虚之谓也。其圣贤之道为阳教，以目前之事，亦及将来，其应甚速，稽之有不旋踵而验，所以阳之谓也，实之谓也。斯二说名之则也异，行之则也异，若守之于始，行之以终，则利济万物，理亦然也。所以天下无二道，圣人无两心【12】
朱元璋对儒释关系的认识如此，所以他认为佛教可以“阴翊王度”“幽赞王纲”。三教并用，共佐国治，是明代开国之后所定的基本国策，这为此后的三教会通奠定了思想基础。
朱元璋以儒为主，三教并用的基本国策为历朝所遵奉。成祖要消弭“靖难”之后士子的不平之气，改变诛方孝孺十族留给士林的刻薄残毒形象，故刻意标榜以儒术治天下。诏修《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》及《永乐大典》等，就是以上意图之表露，欲天下共知共体者。又为医治战争创伤，苏醒民累，故力倡节俭，裁革冗费，控制僧尼数量，严禁僧尼私建庵院。永乐间曾命礼部定通制：
今后愿为僧道者，府不过四十人，州不过三十人，县不过二十人。限年十四以上、二十以下，父母皆允，方许陈告有司，邻里保勘无碍，然后得投寺观。从师受业者五年后，诸经习熟，然后赴僧录、道录司考试，果谙经典，始立法名，给与度牒。不通者，罢还为民。有年三十、四十以上，先曾出家而还俗，及亡命黥刺者，亦不许出家。若寺观住持不检察而容留者，罪之。仍命礼部榜喻天下。【13】
并谓礼部臣曰：
佛道二教本以清净利益群生。今天下僧道多不守戒律，民间修斋诵经，动辄较利厚薄。又无诚心，甚至饮酒食肉，游荡荒淫，略无顾忌。又有一种无知愚夫，妄称道人，一概蛊惑，男女杂处无别，败坏风化。洪武中僧道不务祖风，及俗人行瑜珈法称火居道士者，俱有严禁。即榜揭申明，违者杀不赦。【14】
对民间热衷于事佛而简慢奉祀祖先之风，亦以为溺于要福避祸之说而力倡兴革之。但成祖也注意利用佛教宣传忠君孝父、敬天法祖及遵王法、畏鬼神、惜物命、谨严行等种种思想。又因道衍姚广孝为“靖难”之役之谋主，政治、军事之大计多赖之筹画，故即帝位后论功以为第一。而道衍则不改僧人身份，“冠带而朝，退仍缁衣”，以僧人而列朝班，甚至配享成祖庙廷。此在中国历史上殆不多见。另外，成祖之徐皇后信佛甚笃，亲撰《大明仁孝皇后梦感佛说第一希有大功德经》【15】，意在以此功德护祐成祖之基业，亦有以国母身份劝善惩恶，改良风俗之意。成祖因之亦礼敬佛教，不过他更喜藏地佛教。永乐朝所封法王、阐化王、赞善王、辅教王、活佛、大小国师等甚多，其中亦不无希望通过尊礼藏地高僧以安定藏区诸上层以消弭边患的意思。成祖还亲撰《神僧传》，宣扬佛教。太祖、成祖为明代最有影响的帝王，他们奠定的宗教政策对后来历朝影响甚大。明武宗亦喜佛教，托名大庆法王，度僧甚多。除嘉靖帝崇信道教，热心斋醮之外，明代历朝皇帝皆崇信佛教。这为三教合一，儒释道会通营造了整体思想氛围。
明代自弘治、正德以后，经济快速发展，商业、贸易活跃，中小城市增长很快，市民人数激增，城市生活逐渐奢靡化。学术文化下移，整个文化呈现出很强的世俗形态。这种状况在嘉靖、隆庆以后愈加明显，至万历朝达于高潮。这些因素对世风士风发生了强烈影响。俗文化中儒释道界限模糊混杂不清为它们相互渗透创造了条件。而佛教内部门墙峻厉的情形也在改变，僧家为教义、门风发生的宗派斗争大大减少，不重传承，参扣十方尊宿，平等接受各家学说的风气很普遍。性相、禅净、台净融合的风头很强劲。另外当时善书、宝卷十分流行，城市里寺院讲经活动很普遍，所讲多为通过佛经中的因果报应故事来劝善，里面掺杂有大量的儒家孝悌忠信的内容，说明当时儒家对佛教的影响相当广泛。这一点明显反映在明末四大高僧的思想中。
真可 紫柏真可（1543—1603）为明代后期著名僧人。他有很强的救世意识，反对当时矿监税使对百姓的重敛，曾说：“矿税不止，则我救世一大负。”并四处奔走营救因反对征收矿税而遭逮捕的南康太守吴保秀。最后因“妖书”事件入狱，死于狱中。而“妖书”是关于太子废立的，可见他作为名僧对社会的担当精神。真可的俗家弟子很多，当时许多学者官吏同他往还，或师从问学，如冯梦祯、瞿汝稷、王肯堂、汤显祖等。真可虽属禅宗，但反对只讲机锋棒喝，排斥文字参究的弊病，尝说：
凡佛弟子，不通文字般若，即不得观照般若；不通观照般若，必不能契会实相般若。实相般若，即正因佛性也；观照般若，即了因佛性也；文字般若，即缘因佛性也。今天下学佛者，必欲排去文字，一超直入如来地，志则高矣，吾恐画饼不能充饥也。【16】
意为，文字是一种智慧，它是观照佛心的媒介，是成佛的因缘，非不能通过研习文字而得悟。他又进一步申论，唐宋以来喜与方外游的士大夫，能超脱世情，栖心无寄，决裂俗网，得佛教之助不少；而僧人中一些具大力量者，多因与士大夫有文字交而得利益。故文字绝不能无。真可这里自觉地把受儒家影响而得文字之益看做僧人的本务。
真可自谓“多出入乎孔老之樊，然终以释氏为歇心之地”，【17】常用儒家之概念与思想阐发佛理。如性情本儒释二家常用之概念，真可则用性体情用、性常情变、性灵情昧诸义来解释佛教之觉与知。他说：
性如水，情如冰；冰有质碍，而水通融。通融则本无能所，质碍则根尘亢然。此义有知有觉，知则义虽了然，触事仍迷；觉则触事会理，情尘自空。迷则情之累也，觉则性之契也。累则二，契则一。二则有待，一则无生。无生乃性之常也，有待乃性之变也。常则无我而灵，变则有情而昧。故昧中之知，知不胜昧，所以道不敌习；灵则习不胜觉，所以不假修持，而坐进菩提。反是，虽舍身命等如恒沙，只增有为业耳。良以觉近现量，知近比量，是以觉之与知，成功殊也。【18】
知属情，属昧，属变，属习，思维上是未与佛相应之比量，总之是用一边；觉则属性，属空，属常，属灵，思维上是与本体为一的现量。总之属体一边。觉则坐进菩提，知则尚在有为法一边。此段话题名“道学禅学”，道学者佛教中侧重于知解觉悟者，禅学者佛教中侧重修习禅定者。而此段话用于禅学可，用于道学亦可，用于世俗之理学亦可。世学与出世学，佛学与理学，其道理可融通无碍。
他又借孟子来阐发佛教关于心的说法。孟子之道无他，求其放心而已。这与佛教之重视心性，一拍即合。真可尝说：
孔子之心当如何求，求诸孟子而已。欲求孟子之心者，求诸己而已矣。自心既得，孔孟之心得矣。自心如何求？当于日用中求也。……心虽变幻不测，出入无时，然不出物我之间。若离物我求心，即如拨波觅水也。若即物是心，又成认贼为子也。离不是心，即不是心，毕意如何是心？于此参之，真积力久，一旦豁然而悟，则孟子求放心效验，不待求于孟子矣。【19】
此是以孟子求放心为话头，阐说佛教求心之精义。认为己心即孔孟之心，此众生皆有佛性意。性体不离日用，儒佛皆有此义，但如何是心，二家于此路歧。孟子之心，为四端之心，德性之心，而佛教所讲之心，虽说法甚多，但大端即此处真可所说，非物非我、即物即我之心。非物非我者，真谛；即物即我者，俗谛。非真非俗、即真即俗者，第一义谛。佛教以参扣心为首务，以彻悟心之义谛为终极。真可以孟子之求放心为说以示弟子，则援儒入佛，融通无碍之意不仅身体力行，亦传之其徒矣。
又如，真可以儒家之《易》，道家之《老子》，来讲以上所论佛家之心。真可认为，心之妙谛，在有无之间。《易》《老》皆善体此义。故《易》《老》可辅助对佛理之深入理解。《易》戒有心，《老》亦戒有心，但其爻象所示，亦未始无心。《老子》言“不敢为无下先”，而不敢者，宁非有心？故有心与无心，唯人善用之。运用之妙，无入而不可。如果不达此义，拘拘于无心，则不唯有心有过，即无心亦未尝无过。能知此意，可以读《易》《老》。故他讲解佛教心物之义，往往用“性情”二字，又加入佛家之“相”字而融合之，用性、情、相三者来解说。他尝说：
夫梧叶落而知秋，葭灰动而知春。苟圣人不以可见之情见不可见之性，则性终不可见也。……予以是知性有性之体，性有性之用，性有性之相。何谓体？用所从出也。何谓用？相所从出也。何谓相？昭然而可接者也。如善恶苦乐之情，此相也；若乐之情未接，灵然而不昧者，此用也；外相与用，而昭然与灵然者皆无所自矣，此体也。【20】
此中性为本体、根据义，情为功能、作用义，相为现象、经验义。真可以孟子之乍见孺子入井而有恻隐之心解释此义：恻隐之善为相，能恻隐之心为情，此善、此心之所以能发生作用之根据为性。性无形无相，不落一地，故最为真实，但性不能自己认识自己，必借相与情为媒介；离情离相求性，是离波求水。真可之引入相字，一是要说明万物虚幻不真此佛教基本义理，以自别于儒者之世俗之学。二是要以情与相构成体用关系，从而将性置于不可议、不可想，虚无寂灭之域，以与佛教之最终本体——涅槃相应。真可之援儒入释，意图是在明代这样儒学无处不在的情形下，不与之疏离，增加可亲可即性。但他亦时时警觉不失佛教之基本义理，以免堕入外道野狐。他尝说：
无论若儒若释若道，先妙悟自心，而博达群书，谓之“推门落臼”，自然之妙。用之出世，则谓之最上乘；以之经世，则谓之王道。此真学真才也。【21】
真可作为一代高僧，其眼光、学识皆达此境界。他最喜读的，是永嘉玄觉之《永嘉集》，尝说：
《永嘉集》天下奇书，文简旨丰，熟此则《大学》《中庸》骨髓无劳敲打自然得矣。世人以为教迹不同，妄生分别，见小而不大，识近而不远，执粗不诣精，所以心法微耳。此书既熟，当熟七经白文。一切对句，自今亦不必屑屑。待诸书贯通之后，方始聚精会神，一两三月，无机所动，自然水到渠成。【22】
他之所以看重此书，就是因为此书能不落痕迹地融合释儒，且又文字美备，读之可得多种利益。这是他融会儒释，融会性相、禅净之根本立场之表露。
真可的最终趋向，是大道无所不包，而又理事如一，即事即真。而所谓道，全在一心。他说：
噫！道远乎哉？触事而真；圣远乎哉，体之即神。既曰触事而真，无相者虚空，有相者天地。大块之间，殊形异状，有情无情，若爱若憎，世出世法，道虽不同，总谓之事。所谓真者，在七经百氏之书，未始不具。至于般若灵篇，华严上典，相为表里。古人有言：“礼乐前驱，真道后启。”即此言之，会万物归己者，书无内外，理无精粗，都来一片心光，曾无别物。【23】
在道心的观照下，僧与俗，世与出世，僧家之各家各派，俗家之诸子百家，五经四书，皆可会通，皆可以平等心对待。此是从虚空本体不住一法的角度着眼。有人质疑此义，真可的回答是：
若人识得心，大地无寸土。有土有人，有人有法，有圣有凡，有世出世。一寸土不可得，则一切何存？自是痴人不了自心，情见不破，妄生分别，在儒被儒缚，在老被老杀，在佛被佛累。……是以佛祖真子乘愿而来，可儒可佛，至于种种异道，随类利生，如水银堕地，颗颗成圆。【24】
这就是真可最后的境界：破情见，体真实，脱系缚，随机缘，触处皆真而并无此处。
真可一生，入世出世融通无碍。故以佛门中人而仗义为世俗之事，面目严冷而心热。读书上，借儒家之书为佛书生解，晚岁爱读苏东坡之《易传》，常使弟子读之，令自参其中义蕴，以做悟入佛理之助。作《解易》，阐发儒释相通之理。平生所交，俗家之人甚多，观其与友朋之书信可见。又严君亲忠孝之大节，读史书至忠义之事处，常为之堕泪呜咽。一生儒释并尊，僧传中记他“入佛殿，见万岁牌必致敬。阅历书，必加额而后览”。【25】又说：“以师之见地，诚可远追临济，上接大慧，以前无师派，未敢妄推。若据尧舜之道，传至孔子孟轲，轲死不得其传，至宋濂洛诸儒遥续其脉，以师证之，师固不忝为转轮真子矣。”【26】把他在禅门中的功绩，比做濂洛之继儒家道统。此评价不可谓不高。真可之思想与做略，是当时儒释会通思潮的鲜明反映。
祩宏 云栖祩宏（1535—1615）也是晚明名僧。真可是禅门宗匠，而祩宏则净土大师。一生以持名念佛为重，尝说：“持名念佛之功，最为往生净土之要。”又说：“端心灭恶，如是念佛，号曰‘善人’；摄心除散，如是念佛，号曰‘贤人’；悟心断惑，如是念佛，号曰‘圣人’。”“盖此念佛法门，不论男女僧俗，不论贵贱贤愚，但一心不乱，随其功行大小，九品往生。故知世间无有一人不堪念佛。”【27】
他倡导的持名念佛在当时僧俗间发生了极大影响，所以被尊为净土宗第八祖。祩宏年届三十才出家，早岁为诸生，故熟谙儒家学说。他以佛家学说为主，倡儒佛会通之说，对佛门中禅教之争、性相之争、禅净之争，都持调和态度，一生身体力行，主张儒释道理同迹异，以消弭三家之争。
首先祩宏认为，老子所谓道，乃最高之本体，此道之内容，乃“自然”二字。自然则万法由乎自心，同中有异，异不害同。道家之“吾不知其名，字之曰道”，儒家之“周道如砥”，佛家之“无上正等正觉之大道”，其道从根本处说是一。故祩宏大力主张儒释道三教之圣人，本为一家。孔子为儒童菩萨，老子本迦叶后身。“使夫子而生竺国，必演扬佛法以度众生，使释迦而现鲁邦，必阐明儒道以教万世。盖易地则皆然。大圣人所作为，凡情固不识也。为儒者不可毁佛，为佛者独可毁儒乎哉？”【28】他更认为，儒佛不仅不应相非，而可以互相取益：
核实而论，则儒与佛不相病而相资。试举其略，凡人为恶，有逃宪典于生前，而恐堕地狱于身后，乃改恶修善。是阴助王化之所不及者，佛也。僧之不可以清规约束者，畏刑罚而不敢肆，是显助佛法之所不及者，儒也。今僧唯虑佛法不盛，不知佛法太盛，非佛之福。知此，则不当两相非，而当交相赞也。【29】
但祩宏也指出，儒佛之融会，非识见高超，学富而机圆者不能。在一般层面上，儒佛各有其道，分际甚明，不容相混。故其同其异，其分其合，不善运用，皆可导致弊害。能会通而两无病，必大善知识而具眼者，他说：
儒佛二教圣人，其设化各有所主，固不必歧而二之，亦不必强而合之。何也？儒主治世，佛主出世。治世，则自应如《大学》格致诚正、修齐治平足矣，而过于高深，则纲常伦理，不安成立。出世，则自应穷高极深，方成解脱，而于家国天下，不无稍疏。盖理势自然，无足怪者。若定谓儒即是佛，则六经、《语》《孟》诸典，灿然具备，何俟释迦降诞，达磨西来？定谓佛即是儒，则何不以《楞严》、《法华》理天下，而必假羲、农、尧、舜创制于其上，孔孟诸贤明道于其下？故二之合之，其病均也。虽然，圆机之士，二之亦得，合之亦得，两无病焉。又不可不知也。【30】
祩宏把儒家中之辟佛者分成三类，曰诚实之儒，偏僻之儒，超脱之儒。诚实之儒者辟佛出于其诚心，因为此类人之学全在儒家之纲常伦理，所务在格致诚正修齐治平，此为儒家正轨。故多与佛法者争，争之不已，乃有谤佛之言。如二程、朱子。祩宏对此类诚实之儒甚是敬佩，以为道不同不相为谋，亦自然之事。而偏僻之儒之辟佛，并不深知佛法，存先入之见，极口诋佛。此类儒如张商英所谓“闻佛似寇仇，见僧如蛇蝎”。祩宏对此类儒最为憎恶。第三类超脱之儒不但不辟佛，而且深信佛法；不但深信，而且力行之。祩宏以为此类儒方是真儒。也就是说，能真正通儒佛者，方为真儒。但须警惕，信佛者有以佛为游戏法门者。为游戏法门，则外为归敬，而内实不敬。此非真有眼光者不易辨。从此分类中可以看出，祩宏最喜者为儒佛和会之通人，儒家中护教者之据理力争亦所心服。而不究佛法乱诋乱骂者，与对佛法阳信而阴不敬者，皆所反对。此为祩宏对儒佛关系之真实见解。
祩宏著作的一个特点，就是援儒入佛，儒佛夹持为说。但在解说中，也往往指出二者之异，因为二者心虽为一，但门庭不同，道理更不同。如他将佛家之“真空”、“空劫以前自己”与儒家之“喜怒哀乐未发之中”相比拟，认为二者有同有异。同者在见闻泯，觉知绝，只余空静之心。此与未发之中相当，但又指出，此尚在浅见边。如深知佛法，《楞严经》云：“纵灭一切见闻觉知，内守幽闲，犹为法尘分别影事。”则儒家之未发之中，只是意念尚未发生，而根尘之种子仍潜伏在，仍是攀援外境：已发是攀援动境，未发是攀援静境。已发是粗分别，未发是细分别。有分别则仍是影事，未至真实之境。不过幽胜显、闲胜闹而已。祩宏特别提醒，此等处差别在毫厘间，须谛观精察，研之又研，穷之又穷，不可草草放过。
又如《易传》“无思也，无为也，寂然不动，感而遂通天下之故”一句，祩宏用来对比佛教之中道观，认为此四句中，若无最后一句，则成断灭；通天下之故，若无前三句，则成乱想。断灭为无知，乱想为妄知。寂而通，则为中道之真知。祩宏并且指出，儒书中此类言心处不算多，属偶一及之。而佛书对此意则谈得多而深刻。故儒书较佛书为粗，心性之论，佛书最高。佛书可补儒书之不足。比如王阳明之良知说，祩宏固甚赞赏，但认为仍未达至佛教所谓“真知”之高度，“良知”非“真知”。他说：
新建创良知之说，是其识见学力深造所到，非强立标帜，以张大其门庭者。然好同儒释者，谓即是佛说之真知，则未可。何者，良知二字本出子舆氏，今以三支格之，良知为宗，不虑而知为因，孩提之童无不知爱亲敬长为喻。则知良者美也，自然知之而非造作者也。而所知爱敬，涉妄已久，岂真常寂照之谓哉？真之与良，固当有辨。【31】
此处是用佛学之理去评价儒学之理。儒学以爱亲敬长之心为真实，佛学则以爱亲敬长之心为虚妄，而以“真常寂照”之心为实。仍是佛学最高，可据之评判一切之意。虽然祩宏常说要平心而论儒释，但其作为僧人之佛家立场又处处可见。
又如李卓吾，祩宏既许其为超逸之才，豪雄之气，又不喜其是非不与人同，好为惊世骇俗之论之矫激人格。他尝评说李卓吾：“具如是之才气，而不以圣言为量，常道为凭，镇之以厚德，持之以小心，则必好为惊世矫俗之论以自愉快。”【32】而据以批评李卓吾矫激的，又皆当时之常言，如以冯道失节为大豪杰，以荆轲聂政之杀身为死得其所，对古来称颂之贤人君子反指摘批评之类。此为祩宏从俗之处。祩宏同时又以李卓吾之某些做法合于佛家之训而表扬之，说：
卓吾负子路之勇，又不持斋素而事宰杀，不处山林而游朝市，不潜心内典而著述外书。即正首丘，吾必以为幸而免也。虽然，其所立遗约，训诲徒众者，皆教以苦行清修，深居而简出，为僧者当法也。苏子瞻讥评范曾而许以人杰，予于卓吾亦云。【33】
此又俨然将李卓吾当做一个佛门中人来要求。卓吾虽剃发而非僧，虽喜佛说而非佛门中人；是非颇谬于圣人，其狷介难与世俗处。祩宏此处之褒贬，可谓不识李卓吾矣。
祩宏主张儒佛融通，他在儒家诸入世法中，最重视者为孝。他曾将当时颇为流行的道教善书《太微仙君功过格》刻印布施，也曾仿效当时儒道中人，奉行“功过格”之法，不过据佛家义，改名为“善过法”，自名其善过簿曰《自知录》。他在《自知录》序中说：
运心举笔，灵台难欺，邪正淑慝，炯乎苦明镜之鉴形，不师而严，不友而诤，不赏罚而劝惩，不蓍龟而趋避，不天堂地狱而升沉。驯而至之，其于道也何有！……是故在儒为四端百行，在释为六度万行，在道为三千功八百行，皆积善之说也。世人夏畦于五欲之场，疲神殚思，终其身不殚烦，而独烦于就寝之俄顷，不一整其心虑，亦惑矣。昼勤三省，夜必告天，乃至黑豆白豆，贤智者所不废也，书之庸何伤？【34】
黑豆白豆者，行善则点白豆，行恶则点黑豆，最后计黑白之多寡以验功夫之成效。此中若无天堂地狱字样，人或信其为儒生所作。其中定为善法须每天实行的，首为忠孝。忠孝下所列之名目有：事父母致敬尽养，事君王竭忠效力，敬奉师长，敬爱兄弟等。次为仁慈，所包之名目有救疾，施药施棺，收养弃儿，济助鳏寡孤独，捐造桥梁道路，代无力者偿债等。另有三宝功德类，如造像刻经，建庙施财等。还有杂善类，多为世俗之事。从祩宏所愿行之善事看，其与世俗之人一般无二。可见当时儒佛会通之深广，与祩宏采择儒家之多，受儒家影响之深。他又作《缁门崇行录》，其中所表彰的崇高之行，除佛家戒律所要求的“清素”、“严正”、“尊师”等外，有“孝亲”“忠君”二门，所记多为佛门中忠孝之行之特出者。在其事迹后有论赞、总论，代表了祩宏以儒释佛，儒佛会通的思想。如“孝亲”一门中，记梁代僧人法云之孝行后，赞曰：“曾子之母死，水浆不入口者七日。即云公之居丧，虽曾子何加焉？语曰：释氏弃其亲，岂理也哉？”【35】认为法云之居丧，其哀不减于曾子。又记著名的目连救母事，赞曰：“生养死葬，小孝也。生俾底豫，死俾流芳，大孝也。生导其正信，死葬其灵神，大孝之大孝也。目连以之。”【36】又记后周僧道丕孝父母事，赞曰：“绝粒而饷母饥，诵经而获父骨，可谓大孝兼乎存殁，而至行超于古今者也。呜呼，异哉！”【37】此中所表达的思想多与《礼记》、《孝经》合，虽不无佛教所喜言之神异，但最多、最主要的还是世俗之孝行。赞语中并无出家人之不系生死，不染世累等语。祩宏立此孝行一门的意图，旨在纠正世人以为僧人不讲孝道，废伦理纲常这种看法。他说：
世人病释氏无父，而释氏之孝其亲反过于世人。传记所载，盖历有明征矣。今犹有嫉僧如蛇蝎者，则僧之罪也。即可痛恨，其罪有三：安享十方之供，而不会其亲者，一也；高坐舟车，而俾其亲牵挽如工仆者，二也；割爱出家，而别礼他男女以为父母者，三也。愿诸世人，毋以此三不才僧而病一切。【38】
可见他心目中的僧人，孝为首要的德行。不孝之僧，为害群之马。此点亦与儒家之要求一致。
又有“忠君”一门。世人多以为忠君为儒家五伦之一，忠臣孝子为儒家之人格理想，僧家出世，无君无父，忠君是粘滞世情，俗怀不净。祩宏则认为，僧家是山林中的忠臣，出世的孝子。僧人俗人，在忠孝之人伦大节上是一致的，僧人非无父无君之人，他说：
士君子处江湖之远则忧其君。僧无官守也，僧无言责也，而尽忠如是，孰谓山林之下无明良喜起之义欤！人伦莫重于君父，吾故前列僧之孝，后列僧之忠，以杜释氏无父无君之谤。【39】
所以他赞为崇行者，有三国时吴之康僧会以《易经》之“积善之家必有余庆，积不善之家必有余殃”与《诗经》之“求福不回”来解释佛家的善恶报应，以劝谏暴君孙皓之事；有晋代之佛图澄以行德政则祥瑞出，不行德政则天谴现之理来劝石勒勿好杀戮之事；有后晋法眼禅师以诗谏李后主勿梦里贪欢荒淫误国之事。这就是祩宏心目中理想的僧人，这样的僧人，是儒释为一的。忠君孝亲高尚其行是释家的本务，所以他说：
道充于岩穴，而名闻于廊庙，上度吾君，下度吾民，非弘法利生之正务乎？独惜大道不立，而枉己以求荣者，贻释子之羞也。噫！为僧者，诚以道自重，使国王大臣闻天下有乐道忘势之僧，而叹之羡之，其忠亦多矣，岂必面陈献替，而后为忠乎？【40】
僧之忠与俗之忠，其迹容有不同，但其济苍生，辅世运则是一致的。就人之本性言，儒之仁义礼智而仁为首，与佛之慈悲喜舍而慈为首也是一致的。
祩宏以一僧人而忠孝之心如此强烈，如此明白，亦明代儒佛会通之鲜明表现。至于他的禅门与净土合一，教门与宗门合一，性宗与相宗合一，净土与华严合一，净土宗中西方净土与唯心净土合一，诸种合一，皆表现了祩宏的弘通眼光与超卓识见。而儒释会通是他的整个融通境界中的一个重要方面，这种融通是明代思想界大趋势的反映。
德清 晚明四大高僧的另一位是憨山德清（1546—1623）。以上云栖祩宏主净土法门，德清则主禅宗。德清尝于五台山会晤祩宏，受其禅净兼修之影响。与真可也交谊甚深，曾至北京会晤真可，盘桓四十余日。真可因“妖书”事件入狱，德清多方设法营救。真可殁后，德清为作塔铭，推崇备至。又为真可之著作题名，曰“紫柏老人集”，作序为之揄扬。德清因藏经事入狱，真可亦曾倾力营救，曰：“老憨不出，则我出世一大负。”互相倾心推服。德清亦曾为罢矿税尽力。驻曹溪时，海上采珠与矿税为害地方，采使李某为德清俗家弟子，曹溪守令诣德清求助，德清乃乘李某至曹溪向六祖惠能进香之机，劝李某罢采，由此一方遂宁。此事具见德清救世之心。
德清为明代禅宗宗匠，他以禅为本，在佛教内融会诸宗，佛教外融会儒道。他所理解的禅，是祖师禅，是以心传心之禅，故以心为根本，以参究公案为悟道正途，尝说：
佛教宗旨，单以一心为宗。原其此心，本来圆满光明广大，了无纤尘，清净无物。此中本无迷悟生死，圣凡不立，生佛同体，无二无别，此正达摩西来，直指此本有真心，以为禅宗。若能顿悟此心，则生死永绝。只在当人一念顿悟，即名如如之佛。不属修证阶差，不属三乘渐次，此禅宗目为向上一路。从前诸祖所传，即指此心以为宗极，是名为禅。此宗不立文字，只贵明心见性。【41】
此中对禅宗之宗旨、目的，禅宗之性质、特点标揭十分清楚，对心在禅宗中的特殊地位给以特别关注。在修养方法上，特重参话头，尝说：
参究便是用工夫，以正参时，心中一念不生，了无一物，故说无我无人，犹如太虚。悟处便是下落，既得了悟此心，则历劫生死情根一起顿断。既悟此心，又说甚佛与众生。故从此已去三界，往来任意，度生永绝诸苦，不被生死拘留，是称菩萨。此便是参禅到底下落，性命从此了却。【42】
此是德清的基本思想，以此思想与佛门内外交会，便自广阔无碍，有高度的融摄能力。因为心是本体，万法是现象，本体是一，现象是多。现象皆一根而发，故皆“理一分殊”。能有大识度，大襟怀，就可在分殊上见出其同处。如他主张禅净一致，即以唯心为净土：
心净则土净，所谓唯心净土。是则土非心外，净由一心，苟非悟心之士，安可以净其土耶？斯则禅家上上根，未有不归净土者，此也。……以佛体如空，自心空净与佛为一，唯借一念愿力庄严，而净土之境顿现。不借功勋，是为上上。殊非浅智薄信者可到也。【43】
德清所作之《观老庄影响论》，即此识度在三教关系上的集中体现。德清尝说：
余幼师孔不知孔，师老不知老，既壮，师佛不知佛。退而入于深山大泽，习静以观心焉，由是而知三界唯心，万法唯识。既唯心识观，则一切形，心之影也；一切声，心之响也。是则一切圣人，乃影之端者；一切言教，乃响之顺者。由万法唯心所现，故治世语言，资生业等，皆顺正法；以心外无法，故法法皆真。迷者执之而不妙，若悟自心，则法无不妙。心法俱妙，唯圣者能之。【44】
在此识度之观照下，一切法皆顺正法，一切法皆不碍接受，一切法皆能融通。具此识见之人，无有藩篱，无有画限，真谛俗谛皆是妙谛，内典外典皆是经典。正如佛之法身，应机示现，任运变化。德清说：
至若悟妙法者，但云善说法者，治世语言，资生业等，皆顺正法。而《华严》五地圣人，善能通达世间之学。至于阴阳术数，图书印玺，医方辞赋，靡不该练，然后可以涉俗利生。故等觉大士，现十界形，应以何身何法得度，即现何身何法而度脱之。由是观之，佛法岂无世谛，而世谛岂尽非佛法哉？由人不悟大道之妙，而自画于内外之差耳，道岂然乎！窃观古今卫道藩篱者，在此，则曰彼外道耳；在彼，则曰此异端也。是皆不悟自心之妙，而增益其戏论耳。盖古之圣人无他，特悟心之妙者，一切言教，皆从妙悟心中流出，应机而示浅深者也。故曰：无不从此法界流，无不还归此法界。【45】
在此眼界识度之下，德清倡导僧人应精内外学，应将外典作为读佛典之助益。在此点上，他的眼界较祩宏更为广阔。祩宏对儒典曾用过很大功力，对融通儒释也口倡身行。但对老庄则持排斥态度，反对融通释老，更反对僧务医药、卜筮、诗文尺牍等杂术，尝说：
儒者之学，以六经、《语》《孟》等书为准的，而老庄乃至佛经禁置不学者，业有专攻，其正理也，不足怪也。为僧亦然，乃不读佛经而读儒书。读儒书犹未为不可，又至于读老庄；稍明敏者，又从而注释之，又从而学诗、学文、学字、学尺牍，种种皆法门之衰相也，弗可挽矣！【46】
又反对僧人中之好文者驾《庄子》于佛经之上，认为佛经是“至辞无文”，将佛经与《庄子》相比，是将阳春与百花争颜色。又谓，若将《庄子》与儒家之六经相比，则六经正大光明如日月，《庄子》则佳者如繁星掣电，劣者如野火。故反对僧人读老庄。而德清则不反对读老庄。不仅不反对，还为老庄作注，为之发微阐幽。他对《庄子》情有独钟，对焦竑“老之有庄，犹孔之有孟”一语大为赞赏，对《庄子》，叹为千古难觅之书，尝说：
闲尝私谓，中国，去圣人，即上下千古，负超世之见者，去老唯庄一人而已。载道之言，广大自在，除佛经，即诸子百氏，究天人之学者，唯《庄》一书而已。藉令中国无此人，万世之下不知有真人；中国无此书，万世之下不知有妙论。【47】
可谓推崇备至。观德清推崇庄子之意，除其书理玄文美，为僧俗为文之资借外，最重要的是，鸠摩罗什所译之佛经，大得僧肇之力，而僧肇之《肇论》，又大得《庄子》之力。德清上述谓“世谛语言”可为佛学之助者，主要即指此而言。
故德清论学问之积累，提倡儒释道三家兼采，尝说：
学佛而不通百氏，不但不知世法，而亦不知佛法。解《庄》而谓尽佛经，不但不知佛意，而亦不知《庄》意。此其所以难明也。故曰：自大视细者不尽，自细视大者不明。余尝以三事自勗曰：不知《春秋》不能涉世，不知老庄不能忘世，不参禅不能出世。知此，可与言学也。【48】
德清之学，是此识见之实践，他广读内外典，内典又冶各宗各派为一炉，成其广大无碍之学。而在其中，又据天台判教之圆融行布，将三教判释为人、天、声闻、缘觉、菩萨五等。圆融者一心，行布者动而散为五乘。佛为最高，即圆融一心，三教圣人其等有五：孔子为人乘之圣人，因为儒学奉天以治人。老子是天乘之圣人，因为老子主清净无名，离人而入天。佛门中声闻、缘觉二乘，是超人天之圣，因其高超三界，远离四生，弃人天而不入。佛门中之菩萨乘，是超声闻缘觉二乘之圣，因其能出人天而入人天，往来三界，救度众生，出真而入俗。佛则超越圣凡，天人不隔，无入而不自得。故“据实而观，则一切无非佛法，三教无非圣人，若人若法，统属一心。若事若理，无障无碍，是名为佛。故圆融不碍行布，行布不碍圆融，一际平等。”【49】在此判释中，德清是以佛学为最后归趣的。而儒道两家，都可做佛法之助。也可以从另一角度，说儒道两家之孔子老子，是佛密遣二人为佛法之先导。儒道两家是俗谛，俗谛是圣谛之权法、方便。孔子修先王之教，作《春秋》以明赏罚，目的在正人心，定上下，立君臣父子之伦，非孔子，则人或不免于夷狄。但孔子之世，当人欲横流之际，人执着于名利，贪欲恣肆，借仁义为盗贼之资，假礼乐为争斗之具者比比皆是。故老子之“绝圣弃智，民利百倍；剖斗折衡，则民不争”之说出。又有“不见可欲，使心不乱”之说，倡无欲清净，澹泊无为之理。而庄子之诋訾孔子，非诋孔子，是诋学孔子而执着于孔子之迹者，目的在去其贪欲。德清以为庄子之学，尤能为佛学解脱物累，离人而入天之助，他赞扬庄子：
