明代儒释道三教会通的思想，在道教中的反映也十分强烈。明朝定鼎之始，就立下对佛道二教又利用又控制的国策，此国策为明代各朝所遵行，对稳定政治、辅助教化起了很大作用。朱元璋作有《释道论》、《三教论》等，对道教辅助儒佛，“暗助王纲”的作用表示肯定。又亲注《道德经》，对三教会通加以表彰。在道教两大派中，又崇正一而抑全真，曾说：“禅与全真，务以修身养性，独为自己而已。教与正一，专以超脱，特为孝子慈亲而设，益人伦，厚风俗，其功大矣哉！”【68】此格局整个明朝皆如此。元末朱元璋亲统大军取江南时，曾访求正一教主、第四十二代天师张正常。朱元璋即皇帝位后，张正常至京朝贺，朱元璋亲授“护国阐教通诚崇道弘德大真人”之号，使领全国道教事。张正常去世，其子张宇初袭职，朱元璋授“正一嗣教道合无为阐祖光范大真人”之号，掌天下道教，恩宠如其父。永乐朝张氏一门继续得到崇信。张宇初死后其弟张宇清嗣位，成祖亦授大真人号，赐钱修葺龙虎山上清宫。另成祖起兵“靖难”时，道衍（姚广孝）曾言得真武神之助，取得帝位后，成祖在京中建真武庙，亲撰《真武庙碑》颂其功德，又大规模营建武当山，以示报答。永乐四年（1406）命张宇初领修道藏书，是为明道藏编修之始。至英宗，命邵以正领其事，督校订正，正统十年（1445）修成，共5305卷，英宗赐名《正统道藏》，颁行天下。宪宗好方术，封番僧多人为法王、国师。“羽流加号真人、高士者，亦盈都下。”【69】道士李孜省乃学五雷法，结交当权宦官梁芳等，以符箓进用。《明史》谓当时“文武、僧道滥恩泽者数千，邓常恩、赵玉芝、凌中、顾玒及奸僧继晓辈皆尊显，与孜省相倚为奸。”【70】孝宗继位，此数人皆谪戍边卫，孜省庾死。明代诸朝最崇道者为世宗嘉靖帝。他践位后毁佛寺，逐僧人，在宫中建斋醮，招道士邵元节入京，加封真人号，专主祷祠事，特拜礼部尚书。邵元节死后，又崇信陶仲文，太子患痘，世宗有疾，陶仲文祷之而愈，由是加封高士、真人，又授少保、礼部尚书，可谓位极人臣。世宗又好长生术，《明史》谓：“帝益求长生，日夜祷祠，简文武大臣及词臣入直西苑，供奉青词。四方奸人段朝用、龚可佩、蓝道行、王金、胡大顺、蓝田玉之属，咸以烧炼符咒荧惑天子，然不久皆败，独仲文恩宠日隆，久而不替，士大夫或缘以进。”【71】又大建道教宫殿，以致府库告匮。又迷信丹药，人夫四出至道教名山采药以进，并信方士之言，在宫中合药，而世宗最终死于丹药。穆宗继位后，在徐阶的辅助下，扭转世宗崇道乱国的局面，严办受宠的道士，削夺邵元节、陶仲文等人的官爵、封号。万历以后，由于两宫皇太后皆崇佛，佛教因之大兴，而道教则一蹶不振。天启、崇祯朝，内忧外患加重，国事阽危，帝王已无暇顾及道教，但在民间道教仍不断发展，对士大夫及普通民众影响巨大。
道教是土生土长的宗教，他的成立与发展与儒家思想有密不可分的关系。自佛教传入中国并在中国生根开花之后，道教与佛教既吸收、融合，又排斥、斗争。可以说，汉末以后的中国思想史，就是儒释道三教既融合又斗争的历史。儒家由于历史传承及作为治国理念、国家典章制度、核心价值体系、礼仪规范等方面的原因，稳居中国文化中心地位。由帝王的崇信和士大夫的好尚引起的佛道二教在思想界的互争雄长，是中唐以后的一大事因缘。道教中积淀的儒家因素在宋以后由于文化学术的世俗化和三教融合的加强而不断增多，不断内化。这种趋势在明代尤其强劲。道书中讲忠孝仁义的可说无书无之。道教劝善书，其中最著名者如《太上感应篇》、《玉历钞传》、《文昌帝君阴骘文》等，在民间流传极广。创自道教的《太微仙君功过格》经过整理简化为许多儒者所奉行。其中所赏之功与所罚之过许多是儒家的道德观念。儒释道三教在同一个文化土壤中生长。其间共同的价值观念逐渐养成，三教的差别逐渐缩小。儒者对释道思想的借鉴、吸收与消化、融会学界谈之已多，此处不再赘言，这里要说的是儒家思想对道教的影响。
元末明初全真南派著名道士王道渊号混然子，著有《还真集》等书，他的思想，以全真南宗内丹学为基础，融合北派理论。他的内丹学，以性与命互为体用，二者即一而二，即二为一为特点。他有《性命混融说》一篇专门阐发此理，其中说：
性者，人身一点元灵之神也；命者，人身一点元阳真气也。命非性不生，性非命不立。……性乃为人一身之主宰，命乃为人一身之根本。……性应物时，命乃为体，性乃为用；命运化时，性乃为体，命乃为用。体用一源，显微无间，方可谓之道。缺一不可行也。【72】
此中性指精神，命指肉体。二者相须而立。精神为主宰，肉体为根本。应对外物的活动，是精神发生作用，但以身体为基础；肉体的生长运行，是身体的物质变化，但以人的活的精神生命为基础，死则运化停止。故精神活动与肉体运化，是性与命、精神与肉体迭为体用，二者统一于人。王道渊的性命双修理论就建立在他对精神与肉体关系的这种理解上。而他的理解，借用了程颐“体用一源，显微无间”的思想。在对性这一范畴的分析上，王道渊也借用了儒家思想，他说：“人之生也，性无有不善，而于气质不同，禀受自异。故有本然之性，气质之性。本然之性者，知觉运动是也；气质之性者，贪嗔痴爱是也。”【73】此中本然之性与气质之性两分的思想，借自宋儒。但与朱熹的解释不同。他以本然之性为知觉运动的主张，正是朱熹所反对的。朱熹着力指斥佛教以知觉运动为性。朱熹所谓本然之性，指人所得于天、作为人的本质的本善之性；所谓气质之性，指知觉运动。而贪嗔痴爱，是佛教所谓“三毒”，理学将此内容归入气质之性之偏蔽者、过分者，而非直将此作为气质之性。可见王道渊的人性之二分，是儒释道三教混合的产物。他排斥天赋于人的本然之善性，是他作为道门中人的性命双修理论所决定的，仍是从身体之禀气清浊言性：人为圣为贤，是得气之清者；为愚为恶，是得气之浊者。性命双修是修炼身体之气使之与本然之性为一。王道渊的《道玄篇》也用君臣父子喻人与道的关系：
君无臣不举，臣无君不主。君臣同心，天下莫能取。君视民如子，民视君若母。子母相亲，天下莫能语。我之于道，生之若母，保之若子，子母相守，长生不死。【74】
这里讲的虽是人通过修炼达到与道为一从而长生不死的道教理论，但用的譬喻却是人皆耳熟能详的儒家学说。又如用礼乐之有序有和喻身安气充，用治国须用仁义礼智信五常喻修炼性命须体道若虚而得用道有余之结果。此皆援儒入道，儒道并举。
明初张宇初是道教正一派首领，他的主要著作《砚泉集》中也充满了儒道互补、以儒释道的内容。张宇初的思想以“道”为根本。他所谓道融合了儒家之《易》之万有流行与道家之道之冲虚寂寥。冲虚之中有流行，而流行不碍冲虚之体。他说：
至虚之中，坱圠无垠，而万有实之。实居于虚之中，寥漠无际，一气虚之。非虚，则物不能变化周流，若无所容以神其机，而实者有诎信、聚散存焉。非实，则气之氤氲阖辟若无所凭以藏其用，而虚者有升降、消息系焉。夫天地之大，以太虚为体，而万物生生化化于两间而不息者，一阴一阳动静往来而已矣。【75】
此虚实合一之道，从不同的角度而观有不同的结果。如果用儒家的术语，则曰虚灵，曰太极、曰中、曰一，亦可说是一心。故亦说心为太极。修养的极致，就是凝神化气，虚心净虑，与此本体为一，这就是他说的：
道集则神凝，神凝则气化，气化则与太虚同体，天地同流。而二气五行，周流六虚，往来不息者俶扰交驰，同其用矣。苟虚心净虑，守之以一，则中虚而不盈外，彻而不溷，若渊之深，若鉴之莹，则吾固有之性与天德同符，岂不为万物之宗哉。【76】
这里是以儒家之《周易》与道家之《老子》相融而释的。
以上是对宇宙本体的观照。而宇宙本体表现于人世，则为儒家之道。儒家之道之最上乘，与真正的道教所主张的，并无二致。张宇初尝说：
圣贤远矣，而其道具在者，六经焉。六经之精微幽妙，悉具夫吾心，昭晰明著，何莫由夫是哉。自尧舜相传，惟曰执中、持敬、宅心而已耳。孔子之谓仁，子思之谓诚，《大学》之谓敬，孟子之谓心，《中庸》之谓中，其归一也。能造乎天人一致之工，则致中和，存诚明，穷事物之理，尽人物之性，然后位天地，育万物，裁成天地之道，辅相天地之宜。是以智周乎万物，而道济乎天下也。此君子之道，本诸身，征诸庶民，考诸三王，建诸天地，质诸鬼神，百世以俟圣人而不惑。大而为天地立极、生民立命，维持纲常，扶持世教。孜孜焉，矻矻焉，守之为大经，行之为大法，明则有礼乐，幽则有鬼神。故不可一日而废焉，须臾而离也。【77】
这篇文字不仅思想与儒家相通，其用语，也完全化用儒家经典而来。在张宇初看来，道是体，礼乐刑政是用，体用不二，儒家是大道不可或缺的部分。道家的精髓是清虚自守，而出于大道，非妄为造作的治世之具本与道家为一。礼乐刑政就是清虚自守。六经所彰明的儒家之道，最根本的就是执中、持敬、宅心，这和道家的见素抱朴是一致的。故道家的理论本就是治国安民之道，它为儒家的治世勾画了一副本来如是、应该如是的图画。道家不是出世的，它是儒家的补充。也正是因为这个原因，张宇初认为道教的精髓在追求虚无清净的本体。后世视为道教之本务者，如祷、祠祝、黄白、长生等事，皆方士之术混入道教，目的在奔竞逐利。张宇初告诫学道者，要根据道教之经书穷本探原，不要为后世之邪说淫辞所蛊感。这是他清整道教的理论依据。他撰写的《道门十规》，就是他这些思想的具体化。张宇初作为一个以斋醮科仪为主的正一派的首领，作为一个主持全国道教事务的重要人物，他的这些思想是相当独特的。这可以看做他受儒家思想影响，欲统会儒道，以道家道教辅佐儒家之治的一种表现。
此外，张宇初对太极、河图洛书、性命、鬼神、荀子、董仲舒、邵雍等都有论说，这些论说有一个明显的特点，即儒道互释。而对儒家典籍则极其熟谙，引用皆随手拈来。他对“太极”的解说，充分表现了这一点：
太极者道之全体也，浑然无所偏倚，廓然无得形似也，其性命之本欤！性禀于命，理具于性，心统之之谓道，道之体曰极。周子曰中焉止矣，程子曰太极者道也，邵子曰心为太极，朱子曰太极者理也，陆子曰中者天下之大本，即极也。理一而已，合而言之，道也。【78】
太极者，道之全体，它是万有的总集，也是性命的根源。具体事物的形体是命，其性质等是性，其原理、法则是理。性从命中禀受，理从性中得来。心则统性命而包涵之、笼括之。周、程、张、邵、朱、陆，皆强调了道的一个方面，皆有道之一体。从这里看，他对宋代理学大家是敬服的，对理学诸思想是平等接受的，对周敦颐的《太极图说》、《通书》，尤其喜爱。张宇初作为道教掌门，他的这些思想，对此后的道教发展面貌产生了很大影响。
元明时代吸收儒家学说与道教融合而在道俗两界发生了较大影响的还有净明道。净明道又称净明忠孝道，奉许旌阳为始祖，实际开创人是元朝初年的刘玉（字颐真，号玉真子，故又称刘玉真）。关于净明忠孝的含义，刘玉解释说：
何谓净？不染物；何谓明？不触物。不染不触，忠孝自得。又曰：忠者，忠于君也。心君为万神之主宰，一念欺心即不忠也。人子事其亲，自谓能竭其力者，未也。须是一念之孝能致父母心中印可，则天心亦印可也。如此，方可谓之孝道格天。【79】
又有与人关于净明忠孝道宗旨的问答：
或问：古今之法门多矣，何以此教独名净明忠孝？先生（刘玉）曰：别无他说，净明只是正心诚意，忠孝只是扶植纲常。但世儒习闻此语烂熟了，多是忽略过去；此间却务真践实履。【80】
净明是正心诚意，忠孝是伦理纲常，用净明之心去实践忠孝等伦理纲常，以此作为被天尊救济的条件，此谓净明忠孝道。可见净明道是宗教的，更是世俗的，它是一种特别重视儒家道德实践的宗教。它的这种特点可以看做明代道教的普遍性质，具有标本性。
净明道后经黄元吉、徐异传给元明之际的赵宜真。赵宜真（？—1382）对明代净明道有振起之力，其《原阳子法语》中所显示的思想是，通过修炼将俗情归于性，而性之本体则与天道之元一致，然后将性、元等一并忘却，连此忘也忘却，达于虚空之地，最后将虚空也绝去，归于超越对待之绝对。这就是他在一首歌诀中所说的：“摄情还性归一元，元一并忘忘亦去。囊括三界入虚空，粉碎虚空绝伦伍。”【81】此说有随说随扫，不落一地的特点，明显是吸收了禅宗的思想。而他日常用功方法，则实行后来理学与道门中人同用之“功过格”：“每日但有举意发言，接人应事，皆书于帙中。其不可书者即不可为；既为之，不问得失，必当书之。合于理则为合天心，背于理则为欺天心。”【82】
赵宜真有弟子刘渊然（1351—1432），《明史》谓：“渊然有道术，为人清静自守，故为累朝所礼。”【83】他集全真、净明诸道法为一身，每与同辈处，语及修行，辄举忠孝为之主。刘渊然的弟子邵以正英宗时为道录司官员，领京师道教事。曾受命编纂《道藏》，又主持修葺北京白云观。此后净明道未有有力者。王阳明门弟子中与净明忠孝道有关者有王龙溪、罗近溪等人。王龙溪嘉靖中讲学新安之斗山书院时，有弟子胡东洲（即胡清虚）来从学，从此缔交。胡清虚自言得遇异人，此人有辟谷术，讲内炼延命之法，接受净明忠孝宗旨，以辅助政治，济拔百姓为己任。【84】此人传净明道于胡清虚。胡清虚死后，王龙溪有文祭之，其中曰：“东洲之学得于师传，以净明忠孝为入门，其大要皆发明性命归源之奥，觉幻知元，住于真常，非有邪伪之术。但世人未之尽知耳。”【85】可知龙溪与此人相知甚深。胡清虚之师事龙溪，或许是因为其净明道以忠孝为核心与王龙溪之儒家思想相合，或王龙溪用道教内丹理论讲良知心体与己之净明道之性命双修相合。王龙溪有言：“夫人之所以为人，神与气而已矣。神为气之主宰，气为神之流行，一也。神为性，气为命。良知者，神气之奥，性命之灵枢也。良知致，则神气交而性命全，其机不外乎一念之微。”【86】此与道教性命双修之说甚为契合。关于胡清虚与王龙溪之关系，耿定向之记述与上述王龙溪所记不同，谓王龙溪曾纳贽受教为胡清虚弟子，且谓罗近溪携二子与胡清虚游广东曹溪，近溪二子死于肇庆，胡清虚亦死。【87】
王门中另一与胡清虚有关系的是罗近溪，杨时乔之《上士习疏》中说：“罗汝芳师事颜钧谈理学，师事胡清虚（宗正）谈烧炼、采取、飞升，师僧玄觉，谈因果、单传直指。……每见士大夫，辄言三十三天；凭指箕仙，称吕纯阳自终南寄书。其子从丹师，死于广，乃言日在左右。其诞妄如此。”【88】而黄宗羲则认为这些记载属“宾客杂沓，流传错误，毁誉失真，不足以掩先生之好学也。”【89】但据王塘南，罗汝芳“早岁于释典玄宗无不探讨，缁流羽客，延纳弗拒，人所共知”，【90】则罗近溪学于胡清虚，似可有之事。而日本学者秋月观暎的研究更指出，罗近溪置水与镜于几上，相对默坐，使心与水镜一般之用功方法，与净明道对入道者的十诫中之第一条规定十分相像，此条说：“凡欲得净明道者，……如正净明之体，须于坐卧处置一鉴盂水，则可知吾立法之意。”【91】秋月氏的看法相当有说服力。
又东林学者高攀龙曾与一道门中人论道家学说时提到净明道，他说：“东林朋友俱不知玄。虽然，仙家唯有许旌阳最正。其传只净明忠孝四字。谈玄者必尽得此四字，方是真玄。”【92】此中谈玄者指道士。高攀龙认为，道士谈道不离忠孝，才是真道。所以他赞成净明道。另高攀龙曾为当时影响最大的道教劝善书《太上感应篇》作序，【93】这说明高攀龙曾对道教有所涉猎，对儒道会通持赞扬态度。
此外晚明著名文士屠隆（1542—1605）也认为道教中净明道为最高，他在述其三教会通的主张时说：
学儒而诋佛者乃是俗儒，学仙佛而诋儒者乃是赝仙佛。孔子以老子为犹龙，未尝有诋仙之事；以西方之人为圣人，未尝有诋佛之事。佛之所教乃诸恶莫作，众善奉行，佛未尝诋儒；仙之所教在于净明忠孝，亦未尝诋儒。如此看来，三教不当相互排斥，而可互为鼎立。【94】
屠隆认为若从最高层面着眼，三教可以一之。佛教之诸善奉行，道教之净明忠孝，儒教之修德崇善，其宗旨是一致的。从以上几位当时极为著名的儒士文人的言谈与著作看，当时净明忠孝道在道俗两界影响很大。它与儒佛两家的融合也最为容易，最为和洽。
万历年间著名道书《性命圭旨》中也有不少三教合一的论说。《性命圭旨》不署撰著人，相传为尹真人弟子所作。此书本为修炼内丹而作，主张性命双修，故对性与命这二大范畴有透辟解说。它认为三教之精髓在性命理论，其仪文、设施之不同是三教之肤表。三教在创立性命之说以之化导百姓助成善类这最高宗旨方面是一致的。它说：
三教圣人以性命学开方便门，教人熏修，以脱生死。儒家之教，教人顺性命以还造化，其道公。禅宗之教，教人幻性命以超大觉，其义高。老氏之教，教人修性命而得长生，其旨切。教虽三分，其道一也。【95】
意思是，儒家主旨在穷理尽性以至于命，而性理皆天地之道之表现。性理在天地，亦在人心。顺承此性理，则与天道为一。在儒家，性、理、命等皆实而非虚。禅宗认为万有皆虚幻不实，皆假设施。不识禅宗此旨，则不能去除粘滞，必然留恋尘世，执着名相。参禅则能使人超脱执缚，明彻空理。道教主张通过炼丹服食，达到延年益寿的目的。而内外丹功，其理与造化之理相通，炼养即悟道，长生即明理。故性命双修，于人之身心最为切近。三教之理论，其最后宗旨皆使人提升自己，达到理想境界，故教虽有三，其道为一。
《性命圭旨》在三教关系上还有一个洞见，即认为三教皆以心性为本体，故而皆重视心性之修养，以为归宿之地。它说：
儒曰存心养性，道曰修心炼性，释曰明心见性，心性者，本体也。儒之执中者，执此本体之中也；道之守中也，守此本体之中也；释之空中者，本体之中洞然而空也。道之得一者，得此本体之二也，释之归一也，归此本体之一也；儒之一贯也，以此本体之一而贯之也。【96】
此本体，既是心性本体，也是世界本体。心性本体就是世界本体的表现。儒释道三教的理论，就是对这一本体的描述；儒释道三教的精神修养，即追求与此本体为一。同时儒释道三教都有本体世界和现实世界的区分，都有对现实的超越和对本体的复归。当然《性命圭旨》对性命的探究是为道教的修行实践服务的，比如它对性的定义是“元始真如，一灵炯炯”，对命的定义是“先天至精，一炁氤氲”，即最高的精神本原和最高的物质本原。须性命双修，才能与此本体为一，二者在个体实践者身上也才能和谐统一。而它从本体的角度探讨儒释道三者的统一，其中暗含的意思是，儒释道三教的修养是相通的，释道的修养功夫可以作为儒家的借鉴和辅助，出世在某种意义上说也是入世。而儒家的修齐治平如果略去其外在的差异，也是某种意义的出世。三教都是为了完成自己的人格理想，都可以即世而出世，内在而超越。这一点《性命圭旨》没有明说，但它的三教一致论及对性命本体的定义和描述，实可做如此推论。此书的洞彻与高明或在此处。
明代后期著名道士陆西星（1520—1601），早年学儒，博通经史，但科场不利，遂弃儒学道，晚年亦参佛乘，著有《楞严经说约》。他是内丹学的一代宗师，炼丹理论以《周易》为本，融合老庄与佛教，又加入了理学的修养方法。比如他在《玄肤论》后序中叙述他的丹法总理论说：
孔子曰：“一阴一阳之谓道，仁者见之谓之仁，智者见之谓之智，百姓日用而不知。”……且夫造化二五，陶铸百物，象形虽殊，体本无二。莫不定阴阳之位，构真一之精，顺施化之理，立性命之基。故曰：“天地氤氲，万物化醇；男女构精，万物化生。”如斯而论，可谓本末兼赅，上下俱尽者矣。故天不变则道不变，道不变则体是道者亦可使之不变。而长生久视之道，端在于此。【97】
此中引《易传》“一阴一阳之谓道”等语，是要说明，一阴一阳之道是丹法的基础。他认为，道是宇宙法则，天地遵循此法则，炼丹也遵循此法则。炼丹过程实际是宇宙过程在丹道中的重演。而对此法则的解释是言人人殊的，立场不同，观法不同，结果自然不同。但此法则又非人人可知可解。在他看来，宇宙之本体是一气而分阴阳，阴阳之气又分为五行，生化不息，陶铸万物，成就百殊。这就是他所谓造化二五、真一之精，不变之天道。本体之运行，即万物化醇、化生。性命之理即蕴于此本体中。世间之一切，包括人之各种修养功夫，就是对此本体的顺化。故陆西星反对外丹黄白之术，认为是“逞其顽技以文神奸，巧蕴机心以干时利”，皆对顺化天道的歪曲。他将周敦颐的《太极图说》及老子“致虚极，守静笃”的说法引入丹理，作为解释、领会丹道的辅助，说：
人之所以生也，无极之真，二五之精，妙合而凝。所谓性即无极也，所谓命即二五之精也，二者妙合而人始生焉。方其未生之前，则所谓无极者混沌鸿濛，何相何名，何音何绪，何臭何声。及乎二五既凝，得一以灵，何思何为，何虑何营，是性之本体也。夫自情识开而本体凿矣。【98】
这是用《太极图说》来解释性命。人皆无极与二五妙合而成。无极之真为性，二五之精为命。性即本体之超绝名相，命即本体之原初物质。情识开而混沌凿，人自此脱离其本体之正。人之修养就是回复此本体状态，至此地位气质亦不能用事而返归其原初状态。故陆西星说：“修道之要，莫先于炼性，性定而气质者不足以累之，则本体见矣。”【99】修养之功首在于澄神。关于澄神之法，陆西星也用周敦颐之“无欲故静”去发挥，说：“洗心即澄神之谓也。周子曰：‘无欲故静’，所谓无欲，即遣欲使之尽也。”【100】澄神则清净圆明之气入于气穴之中，相守不离，此时即老子所谓“专气致柔”、“抱一不离”状态。到此状态，以神御气，神凝气定而丹成。从这里可以看出，陆西星的内丹理论是他的宇宙大道思想在修养功夫上的表现。他的解说，则利用了《周易》和理学的思想成果，呈现出儒道合一的特点。
三教合一思潮最显著的表现是明代后期的三一教。三一教为福建莆田人林兆恩所创。林兆恩（1517—1598）字懋勋，号龙江，教徒尊称为三教先生、三一教主。早年习儒，科举屡试不中，乃寻师访道，创三一教。三一教最初并非宗教组织，而是带有文人结社的性质。黄宗羲说：“兆恩以艮背法为人却病，行之多验；又别有奇术，能济人于危急之时，故从之者越众。自士人及于僧道，著籍为弟子者，不下数千人，皆分地倡教。”【101】嘉靖末期，林兆恩的影响越来越大，朝廷慢慢默许了对他的崇拜，各地陆续建了一些三一教祠堂。林兆恩死后，三一教逐渐发展为宗教，有教规教仪，有传承统绪和教职人员。其教典最重要的是林兆恩的《三教正宗统论》（又名《林子全集》）。三一教开始只在莆田、仙游一带民间秘密流传，后来发展到安徽、浙江、江苏、江西、两湖、北京等地。清代康熙、乾隆间曾两次遭到禁毁，在近代发展到台港澳及海外，东南亚一带尤有影响。
三一教的宗旨如其名称，即合三教为一。它不像佛教道教等是以本教教义为主吸收、融合其他宗教的理论，它是对儒释道三教直接和会，它最大的特点是平等地对待三教，非以其中一个为主而融合其他二者。三一教的宗旨首先在消除三教的纷争，林兆恩说：
沙界之华，龙天之夏，而为儒者曰：我儒也，为道者曰：我道也，为释者曰：我释也。教既分为三矣。而余之意，则欲会而归之，以复合于孔老释迦之道之本一也。【102】
在林兆恩看来，三教本来是一，此一即大道，三教共同构成此大道。所以三一教所供奉的圣人，是老子、孔子、释迦，对此三圣平等敬奉。林兆恩所依据的理论是道一教三。道一教三宋明以来三教中人多有依持者，但对三教平等对待不以其中之一为主的，却仅林兆恩的三一教一家。因为它一无历史传承，二无系统的教义教理，三非严格意义上的宗教组织，还不具备统合、掩蔽其他大的宗教体系的能力。它只能平等地照搬在中国有深厚根基的儒释道三教合而为一，作为自己的精神依托。林兆恩并不忽视三教各自的特点，他强调的是三教三而一，一而三的品格：
夫教较然而三也，若不知孔、老、释迦之道之所以三，则无以识其一，而为道之至。道浑然而一也，若不知孔、老、释迦之道之所以一，则无以统其三，而为教之大。既识其一，复统其三；较然非三，浑然非一，大矣哉！至矣哉！此儒道释之所同，而孔、老、释迦之能事毕矣。【103】
道一而教三，三教在这统一的大道中所担当的功能、所扮演的角色，则各有所司，林兆恩说：
或问教之所以三，林子曰：譬之代君理政，各有司存，此其教之所以三也。故孔子之教，唯在于人伦日用，所谓世间法是也。黄帝、老子之教，唯在于立极开天，所谓出世间法者也。而况释迦之出世，则又在于虚空本体，无为无作。夫道一而已矣，而教则有三。故孔子之教，圣教也；老子之教，玄教也；释迦之教，禅教也。【104】
这是说，此道是本体，它有世法，有出世法，还有代表此道之本体性质之无形无象、无为无作、不落一地、空虚寂寥等品相之符号物，此即儒、道、释分别担当之功能。在林兆恩看来，这些功能缺一不可，共同成就此道、此本体之大，他说：
我之本体，其太虚而太空者乎！唯其太虚而太空，故能运虚空。我之本体，其先天而先地者乎！唯其先天而先地，故能生天地。我之本体，其夏而大者乎！唯其夏而大也，故能儒而圣也，道而玄也，释而禅也。【105】
能运虚空者，禅也；能生天地者，道也；能大而圣者，儒也。三教共同成就此本体。而之所以能有此识度，能将三教舒卷分合者，则人之心是也。故林兆恩又说：“三家者，以心为宗。而黄帝、释迦、老子、孔子非外也，特在我之心尔。心一而已矣，心一道一，而教则有三。”【106】
林兆恩虽倡三教合一，道一教三，在本体上三教平等，各有所司，但他实际上倾心于儒家，以儒家为归趋。这一点他反复强调，以免信徒为表面上的三教平等所迷惑，他说：
余所谓三教合一者，欲以群道释者流而儒之，以广儒门之教而大之也。然三教合一之旨有二：若谓三教之本始不待合而一者，非吾所谓之三教合一之大旨也。余所谓三教合一之大旨者，盖欲合道释者流而正之以三纲，以明其常道而一之也；合道释者流而正之以四民，以定其常业而一之也。如此，则天下之人无有异道也，无有异民也，而天下人亦无曰我儒也，亦无曰我道也，亦无曰我释也。此其唐虞三代之圣，而无有乎儒道释之异名者。故谓之一，一之而归于正也。【107】
此中说得再明白不过，林兆恩的理想是三代之时的无儒无释无道的状况，此时治世有法，四民有业，无宗教之纷争，无众家之淆乱，此时是儒家圣人之世。此时不知有儒，不知有道，不知有释，非今非古，无是无非。所以三教合一在林兆恩这里有二个层面：权法是三教合一，归趣是无三教分别的至德之世。故统合三教是不得已，儒家之三代治世是其理想。这是林兆恩的儒家本色处，此本色在三一教成为宗教后被其后继者改变，其归宗儒学的思想倾向逐渐淡化。
林兆恩的三一教不仅归宗儒家，他的修养方法“艮背”也出自儒家。艮背本《周易》艮卦卦辞“艮其背，不获其身；行其庭，不见其人，无咎”。艮者，止也。艮背就是将意念集中于背部，停止其他心理活动。林兆恩解释此法说：
初学之士，先须念“三教先生”四个字。孔、老、释迦，三教先生也。……念三教先生者，初从口念而至于背之腔子里，久则念念只在于背，念念只在于背。则心常在于背矣。【108】
此法实际上也是儒道释合一的，是儒家之止字义与道释之禅定、数息等意念集中方法的混合。
以上是对儒家影响道教处及儒道统会、合一这个方面所做的一点概述，其实当时道教、佛教中的儒家因素，其可见的或隐藏的，表层的或深层的，理论的或实践的，宗教的或世俗的，是大量存在的。儒释道在长期的共同文化环境中生长，人们对三教之间的相互影响、相互吸收融会司空见惯，甚至也说不清在这样的共同文化中哪些是儒家的，哪些是道释的。可以说的是，三教共同推进了文化的世俗化，共同消减了宗教与世俗的壁垒，宗教愈益向民俗的方向发展，愈益与民俗结合，由此造成了市民阶层的增长，造成了占统治地位的儒家的贬落，士大夫与民众的疏离逐渐丧失。这些都是中国文化史的重要现象，其意义在此后的历史中不断表现出来。
