十六世纪之后东亚文化史上的一件大事，就是西方天主教的传入。传教士和中国人之间关于天主的辩论在争取信徒皈依上取得的成效不大，真正引起中国士大夫的兴趣并在思想上发生震荡的是传教士和中国人合译的关于天文、算学、地理、测量、记忆法等方面的书籍。徐光启、李之藻等杰出的学人对这些学科和书籍的推挽，在中国的士大夫中发生了相当的影响。利玛窦（Matteo Ricci, 1552—1610）虽然不是入华传教最早的，但他无疑有来华传教士之父的资格。以他为代表的适应本土文化的传教策略是这些早期西方文化的使者能在中国立足并寻求进一步发展的关键。传教士与中国人关于天主的讨论和辩争，最大的好处是使中国人由此曲折地看到西方哲学、宗教及反映于其上的思想方法，从而在与异质文化的比较中更深刻地认识自己，为融合会通打下基础。
利玛窦对天主的解释，概括起来有如下几点。其一，万物各有其性质、规律，各依其本性之必然性运动。而由万物构成的世界总体则和谐无悖，由此推知有一世界的主宰主持斡旋于其中。其二，各种生物，包括人，都有一些与生俱来的能力，这些能力不学而知，不虑而能，由此推想，必有一最高的存在默教之。他说：
夫天主之性，最为全盛，而且穆穆焉非人心可测，非万物可比伦也。……天主性虽未尝截然有万物之情，而以其精德包万般之理，含众物之性，其能无所不备也，虽则无形无声，何难化万象哉！【109】
中国人对此的疑问是，姑且承认有一最高的主宰，但此主宰只可使已有之物和谐共处，却不能使物从无中产生。因为中国古代讲天地产生之书，最著名者为《老子》，但《老子》的“天下万物生于有，有生于无”，此“无”实为道的代名词。道从根源上说也是有，不过是一种经验无法把握的有，故“强字之曰道”。中国后期社会占统治地位的学说是理学，而理学在天地生成上的典型观点是，“太虚即气”，气只可以隐显言，不可以有无言。中国人的宇宙生成论以有为出发点。而天地的和谐是自《左传》、《国语》以至《中庸》、《易传》，下逮宋明理学的典型学说，并且认为这种和谐是本来如此，不承认有自然之外的力量使它如此。如果说天地万物之和谐是有一物主宰其间使之然的说法尚可勉强为国人接受的话，那么天地万物是被一个至高无上的主宰者由无中创造出来的说法，则绝难被中国人接受。并且万物为天主所生，天主又为何物所生，这也是中国人自然有的疑问，因为只要是能说得出来的，就是一个具体，而具体必有能生之者。利玛窦的回答是，天主非具体物，“天主”这一称号，已经表明了它是万物之主宰，万物之源头，是能生而非被生者：“天主之称，谓物之原，如谓有所由生，则非天主也。天主则无始无终，而为万物始焉，为万物根柢焉。无天主则无物矣。物由天主生，天主无所由生也。”【110】
利玛窦为了征信于对经书的权威性无可置疑的中国士大夫，他在天主的论证上一个策略就是，在中国的经典特别是《六经》中找根据。为了使中国人相信上帝观念不仅是西方人具有的，也是中国人所具有的，传教士尽力把天主和中国上古典籍《诗经》、《尚书》中的天和帝的观念等同起来。利玛窦说：
吾国天主，即华言上帝，与道家所塑玄帝玉皇之像不同。吾天主，乃古经书所称上帝也。
历观古书，而知上帝与天主，特异以名也。【111】
这一点，决定了利玛窦的传教策略不仅是要摒斥佛道两家，与儒家结为联盟，所谓“却佛补儒”，而且在儒家中是返回多讲天、讲帝、讲鬼神的上古时代，贬抑有浓厚无神论品格的宋明理学。这一点更多地是从宗教信仰上考量而非从论证的说服力上考量，因为从上古时期比从宋明时期更容易找到重视信仰的异国知音。哲学上对宋明理学的贬抑则集中表现在对“太极”这一概念的批评上。
对太极概念，利玛窦首先是从其性质上加以否定的。利玛窦接受了西方哲学史上关于第一性的质和第二性的质的理论，认为万物的性质有二类：自立者和依赖者。
物之不恃别体以为物，而自能成立，如天地、鬼神、人、鸟兽、草木、金石、四行等是也。斯属自立之品者。物之不能立，而托他体以为其物，如五常、五色、五音、五味、七情等是也。斯属依赖之品者。【112】
此中自立者相当于第一性的质，指物之本体；依赖者相当于第二性的质，指依靠第一性的质，本身不能独立存在，且能在人的感官上产生声、色等的能力，以及其他附属的、后起的性质。利玛窦认为，“太极”照宋儒的解说，是理，理非存在者本身，而是存在者之属性，故为依赖者。自立者为先，为贵；依赖者为后，为贱。自立者唯一而依赖者多端。利玛窦并且说，以中国宋儒的格物穷理说而论，所格之物为自立者，所穷之理为依赖者，如无本体，理依于何处？宋儒说无一物时先有一物之理，乃不情之论。至谓有一洁净空阔的理世界，更是不通之说。利玛窦此说直指中国士人素所尊信的程朱之说，目的不仅在确立除了上帝这一至高无上的存在之外，并不存在其他形而上之物这一宗教上的真理，而且还在于破除中国人对程朱、乃至孔子的尊敬，为信仰唯一的真神天主扫清障碍，同时为批评佛教道教奠立理论基础。
中国人在这一点上的抵抗是顽强的，因为自先秦至宋明以来儒学的发展所昭示的是，理是事物的所以然与所当然，它不仅是自然事物的原理、法则，更是宇宙间的伦理原则。从后者说，“不诚无物”，没有伦理意味的理是没有灵魂的。不仅具体事物上的理对以提高人格修养为首务的士大夫来说是其觉解与襟怀的投射物，总天地万物之理为一的太极更是宇宙根本之理。中国人相信有一个伦理总法则，这个总法则与具体事物的理是“理一分殊”的关系。中国人恰是用这个太极代替了天主，这使得他们不相信有一个能产生万物、安养万物的至上神。由于道、理的观念深入人心，使得中国人成为天生的无神论者。至高无上的人格神这样的天主观念很难在他们心里扎根。他们对理的探求，最重要的目的是实用，其次为人格修养，很少从格物穷理上看出造物的奇妙从而相信有一个超世间的造物者天主存在。《易传》所谓“大哉乾元，万物资始，乃统天。云行雨施，品物流形。大明终始，六位时成。时乘六龙以御天。乾道变化，各正性命，保合太和，乃利贞”，【113】是先秦以后中国士人关于天的最强烈的观念。天是自然，天地间的一切都是自然形成的，天地间万物的和谐是万物自己据其本性的必然性运动而自然产生的结果，不是一个有人格的、超世间的造物者使它这样。
此外，中国人现象地认识事物的特点使他们不特别区分可见的东西和它背后的承载者。这一点也决定了他们在格物上不必以物之实体为最根本，以此实体的属性——理为次要之表现，而毋宁倾向于把物象及其条理看做唯一可以探寻的存在。在现象学观照下的事物中，最直接地作用于感官、在人的认知活动中起决定作用的是理：理的条理、纹理等属于物象的东西。赤裸裸的“物”，靠抽象活动而判其为象的承载者的东西，反而是最不重要的。所以中土有“理生阴阳五行，然后化生天地万物”【114】的说法。而在传教士看来，作为属性的东西是不能生物的，“有物则有物之理，无此物之实，即无此理之实。若以虚理为物之原，是无异乎佛老之说。”【115】由此看来，传教士所奉行的是西方的唯物论学说，他们更倾向于从现象中发现现象背后的支撑者。沿着这个方向走下去，很容易走向对物的构成原素的分析，回到古希腊的形上学一追问构成物的始基。这是西方哲学，包括经院哲学一以贯之的思想路线。而中国的近乎现象学的思维路径，则引向着重于在互相联系的网络中保持阴阳平衡，注重现象中诸因素的功能而忽视其背后的深层原理这条路。如果去掉传教士理论中天主创造万物这一根源上的宗教成分的话，利玛窦实际上沿续了西方哲学的基本方面。而这也正是耶稣会士在进入中国之前所受教育的主要内容。罗素曾说过，耶稣会士“所施的教育在不夹缠着神学的时候，总是无可他求的良好教育”。【116】就哲学方面而言，传教士整体上希腊罗马哲学的素养是相当高的。罗素此言不虚。
对自立者和依赖者的区分，也是利玛窦批评佛教和道教的理论根据。利玛窦对佛教和道教的批评与对理学的批评不同。前者尖锐而后者隐晦。前者直接而后者间接。这种策略是在了解了和尚道士与儒学士子的社会地位的真实情况后作出的。例如他们初到中国内地，穿着僧服，自称西僧。这是沿用了在日本传教的成功经验。当他们知道在中国，最受人尊重的是儒士之后，他们换上文人儒士的长袍，所交皆是从科举出仕的士大夫。利玛窦对佛道二教的批评，矛头所向，尤在其空无理论。利玛窦有言：
上达以下学为基，天下以实有为贵，以虚无为贱，若所谓万物之原，贵莫尚焉，奚可以虚无之贱当之哉乎！况己之所无，不得施之于物以为有，此理明也。今曰空曰无者，绝无所有于己者也，则胡能施有性形以为物体哉？……世人虽圣神，不得以无物为有，则彼无者空者，亦安能以其空无为万物有、为万物实哉！试以物之所以然观之，既谓之空无，则不能为物之作者、模者、质者、为者。此于物尚有何着欤？【117】
此中利玛窦是以亚里士多德的四因说为万物产生的根据。四因说对中世纪经院哲学及此后的西方哲学产生了深远影响。这里作者、模者、质者、为者，即亚氏之动力因、形式因、质料因、目的因。利玛窦认为天主为有，四因为有，四因产生的万物也是有。有不能为无，无亦不能为有。作为万物创造者的本原尤其不能不有。佛道以空、以无为本原，空无是不能生物的。
对佛道二教的批评，是传教士的“却佛补儒”策略所决定的。本来从宗教的一神教立场出发，利玛窦是排斥中国本土的一切学术思想的，不仅受佛道二教浸润的宋明理学在摒斥之列，即中国先秦各家思想皆不能免。不过既要在中国传教，并且不能走武力传教的道路，则必须在中国本土思想中找一种可以融通的思想学说，如此则在中国思想界占统治地位的儒家庶几近之。但以孔子为代表的儒家在对上古时期的思想遗产进行整合与阐释中，已经过滤掉了其中大讲天、帝的宗教成分，而注入了十分明显的人文主义思想。并且吸收了大量的非儒家思想，作为自己的有机组成部分。尤其是道家思想，作为儒家的补充，一直与儒家同生共长。佛教传入后，经过长期发展，成为中国文化的重要构成成分。唐以后的三教合一，或“道一教三”，思潮在思想界非常强劲。作为中国文化最后、最终形态的宋明理学，是三教融合的产物。到利玛窦在北京传教的明代后期，更是三教合一思潮最为强劲的时候。此时利玛窦所持的，仍是有无截然相分，下学上达二者泾渭分明这种西方哲学思维方式。而中国人所持的，已是三教合一、有无即二即一、体用一源显微无间这种典型的中国式思维方式了。特别在世界本原这类先秦儒家所论不多的形而上学问题上，宋明理学中的道、太极等表征宇宙本体的概念中，更是容纳了大量的佛老思想。后人所谓“朱子道，陆子禅”，虽似贬抑太过，但在表示宋明理学两大派都受佛道影响甚深这一点上，并非过甚之论。所以与利玛窦辩论的中国人虽然说“吾国君子亦痛斥二氏，深为恨之”，【118】但仍认为：“佛老之说，持之有故。凡物先空后实，先无后有，故以空无为物之原，似也。”【119】痛斥二氏云云，多从佛道作为宗教对儒家思想造成的危害着眼；认为二氏持之有故，则多从哲学思想方面着眼。略去辩论中传教士的宗教企向而从中西两方的思想方法着眼，则可以说，传教士所代表的是西方的正的方法，中国人所代表的是东方的负的方法。这两种方法的差异和冲突在双方对世界本体的描述中明确地表露出来。
中国人在这个问题上的申论是，佛道之空与无最初是指绝对的空虚与寂灭。但自儒释道会通成为中国思想文化的常态之后，空与无这些概念就成了中国哲学的通用概念。此时它们可以是代表宇宙本体的概念。作为宇宙本体概念的无通常有两个方面的意义。其一，为道的代名词。这一用法主要来源于老庄道家。《老子》开宗明义即说：“道可道，非常道；名可名，非常名。无，名天地之始；有，名万物之母。”【120】宇宙本体、万物本原本非可经验的具体物，故不能用经验事物的名去指称它。任何对它的称名都是“强名”。“说似一物即不中”，不若用“无”——无名无相、无声无臭，不可方物，不可思议的“无”来代表，差可用于需要指称它的场合。故“天下万物生于有，有生于无”之“无”乃道之代名词。中国人在这一点上是清楚的，即他们所用的“空”、“虚”、“无”这些概念，大多是用来指代最高本体的。所以当利玛窦指出绝对的虚无不能产生有，最初的有是天主开其原时，中士即有如下辩驳：
借如空无者，非人非神，无心性，无知觉，无灵才，无仁义，无一善足嘉，即草芥至卑之物犹不可比，而谓之万物之根本，其义诚悖。但吾闻空无者，非真空无之谓，乃神之无形无声者耳。【121】
此处所谓“神”，当指宇宙本体，以其能生万物，故强名之为神。朱熹之“太极”，自谓意在显示“无形而有理”，即最显豁地说明了这一点。
其二，空无是表示精神境界的概念，用以形容主体的无粘无滞，无欲无得，不系缚于一处，不拘限于一隅，洒然去累，自由自在的状态。这一方面的意思在明代讲学中所用极多。最典型的例子即王阳明的“无善无恶理之静，有善有恶气之动”【122】及王阳明弟子王龙溪之“四无说”。王阳明的“有只是你自有，良知本体原来无有，本体只是太虚。太虚之中，日月星辰、雨露风霜、阴霾噎气何物不有？而又何一物得为太虚之障？人心本体亦复如是，”【123】此中“虚”、“无”皆境界语。王龙溪对其“四无说”的说明更为直接：“无心之心则藏密，无意之意则应圆，无知之知则体寂，无物之物则用神。”【124】此中之“无”亦境界语。因有此种用法，故对王阳明、特别是王龙溪为禅的指责当时及身后皆不绝于耳。但理学本是三教合一的产物，王阳明、王龙溪又皆自觉地从禅学中汲取思想养分。谓其为禅，固无伤其为理学之大家，无伤其对理学的理论贡献。此处举中国人认为虚、无、空等为本体语、境界语同样是要说明，作为东方智慧之一的负的方法，是从中国文化的母体中生长出来的，它与西方文化在对最高本体上的看法根本不同。除去宗教因素不谈，就哲学理论上的差别而言，它与传教士传来的西学发生不契甚至冲突是不可避免的。
但中国文化高度的融摄能力又可以通过化约、类比把许多异文化因素同质化。故中国士大夫中的天主教徒对待天主教又是另一番景象。他们中的绝大多数虽然不乏真心奉教和纯正理解、领会天主教教义的愿望，但他们身上的本土文化因素时时在左右着他们对天主教教义的理解、阐释与吸收。当代法国著名汉学家谢和耐（Jacques Gernet）认为，中国人不可能接受原原本本的天主教教义，最后的结果只能是天主教教义与中国本土文化的混合物。之所以如此，最主要的原因是中国文化的非宗教性，谢和耐说：
丰富的神话及其充当的重要角色，丰富和具体的天神形象，个人灵魂和救度观念的发展，宗教的不净和罪孽，所有这些特点都存在于从印度直到地中海沿岸地区。这些地区的人类都是“信神灵的人”。我们对于中国人则完全不能这样讲，无论中国的宗教现象如同其他地方一样多么举足重轻，宗教在那里的地位和作用则大相径庭。【125】
这个看法是非常有见地的。不仅宗教方面，语言、社会形态及伦理、政治等方面的差异的共同作用，使得中国天主教徒所接受的天主教教义必然打上深深的中国烙印。比如万历年间南京教案中，徐光启曾挺身为天主教辩护，写了有名的《辨学疏稿》，其中将天主教教义概括为：
其说以昭事上帝为宗本，以保救身灵为切要，以忠孝慈爱为功夫，以迁善改过为入门，以忏悔涤除为进修，以升天真福为作善之荣赏，以地狱永殃为作恶之苦报。【126】
一般来说，这个概括是准确的，但问题在如何理解这里的“忠孝慈爱”与“迁善改过”。按天主教的说法，最高的忠爱是对上帝的忠爱，最大的孝慈是对上帝的孝慈。皈命上帝，善莫大焉。这样，最高的善是指向超人间的至上神的。而儒家所谓忠孝慈爱是对君父、兄弟的，迁善改过是存理去欲，它指向的是人间德行完善之事。虽然爱天主与爱世人并不矛盾，但其间的次序与重轻有差别。而徐光启以上所讲的忠孝慈爱、迁善改过是按儒家义理去理解的，他对天主教教义的概括是将儒家的人间修德和天主教的昭事上帝、灵魂救赎、天主赏善罚恶、天堂地狱荣赏苦报融合在一起的。在他看来，忠爱天主的心必须落实到儒家所讲的忠君敬长、孝弟慈爱上去。不过儒家对这种人间道德行为的规范力量诉诸修德者个人的自律。自律不仅实行起来相当严酷，它的效果也是有限的。徐光启说：
臣常论古来帝王之赏罚、圣贤之是非，皆范人于善，禁人于恶，至详极备。然赏罚是非，能及人之外行，不能及人之中情。又如司马迁所云颜回之夭、盗跖之寿，使人疑于善恶之无报。是以防范愈严，欺诈愈甚，一法立，百弊生。空有愿治之心，恨无必治之术。必欲使人尽为善，则诸陪臣所传事天之学，真可以补益王化，左右儒术，救正佛法者也。【127】
故主张引入宗教，使之有绝大力量作用于人心，以补儒家世间赏罚之不足。这里，徐光启不仅是从入教者个人修养的提高着眼，他更多地是以一个儒家学者兼官吏的治世角度着眼；目的不仅在使人内心控制力加强，更在使人通过信教而减少过恶以达到法简事少政治清明的结果。这一职分本是佛教担当的，但佛教以天堂地狱畏吓人这一点随着佛教的世俗化越来越没有力量，“酒色财气不碍菩提路”的观念得到越来越多人的信奉。明代佛门中人的窳滥情况可以说明达一点。徐光启说天主教可以补益王化，救正佛法，就是认为天主教可以通过奉事上帝，加强自律力量，从而对儒家、佛教有所助益。
在生死问题上，中国的士大夫天主教徒也对利玛窦宣扬的常常系念生死有所改变。儒家因孔子“未知生，焉知死”、“未能事人，焉能事鬼”、“死生有命，富贵在天”等思想的影响，加之佛道二教的长期浸润，本不多谈生死，而更注重现世，注重顺适当下，注重随遇而安。宗教中特别重要的生死问题在中国文化中被放在边缘的位置。所以中国人被看做是宗教观念淡薄的，对死亡问题理解肤浅的。利玛窦对此特点觉察很准，他曾经在一次谈话中很直接地问徐光启，中国从士大夫到普通民众，都很忌讳谈论死亡，其意何在？徐光启的回答是，在中国人看来，对死亡问题的究问是没有答案的，究问此问题只会损害自己，愚弄自己，智者是不谈死亡的。利玛窦则认为，死亡关乎人的本质，人从何而来，终归何处，及灵与肉、善与恶、救赎与堕入地狱等问题，在天主教中是至关重要的。奉教者最为关注的应该是，死亡到来之时，人是否已经做好准备。这里所谓准备指思想上对死亡的理解，以及忏罪、因生时行为之善对死后升入天堂的自信等。在他看来，常常系念生死可以带来五个方面的好处，总括起来，不外乎能使人收敛欲望，检饬行为，所谓知终乃能善始，知死乃能善生；能使人知终不免一死，可看轻财货富贵、名誉地位；能使人思考生命的本质，不畏死而甘心受之。故对待生死的最好方法在“三和”：和于天主，和于人群，己之身心之和。总在为善去恶，以邀神宠。据利玛窦的记述，与徐光启的这次谈话以徐光启欢喜顶受，以为得到了关于生死的真谛，能大补于世教，改变世俗之厚棺槨、卜坟茔等丧葬陋习而告终。【128】
但在宗教内容的背后，总有来自内心深处的深微的儒学因素与之调和。这种调和主要不在于士大夫天主教徒在介绍天主教教理时引用儒学经典来加强论说的力量，而在于内容中挥之不去的儒学情愫、儒学学养。这一点是如此明显与强烈，以至于西方汉学家在研究这一段历史时，发现最早归化的中国文人天主教徒中真正的宗教兴趣的薄弱。如谢和耐在考察李之藻所编的《天学初函》的内容之后，得出结论说：
李之藻最喜欢保留下来的著作都是有关伦理和哲学、地理和历史等方面的，宗教本身并未于其文集中占据一席之地。中国的文化阶层丝毫没有高度评价他们无疑可能会诠释成迷信和巫术的著作。我们觉得文人们的这种态度没有任何宗教特色。但正如大家将要看到的那样，“天”或“天理”则是一种宗教观念。这种观念与伦理、礼仪、社会和政治秩序有关。恰恰是在有关天的问题上，文人和传教士之间建立了一种以误解为基础的默契。【129】
确实，中国的文人信徒在一切方面，都要顽强地用儒家观念去应和异质文化，即使是那些笃信宗教的人。
一个明显的例证是明末著名天主教徒，山西绛州举人韩霖（1596—1649）。韩霖著有弘教著作多种，其中《铎书》专为阐发明太祖的“圣谕六言”（即孝顺父母，尊敬长上，和睦乡里，教训子孙，各安生理，毋作非为），其特点是将天主教的伦理思想和儒家思想及民间流行的善书相融合。在“毋作非为”一节中，即讲到生死问题，其中说：
其次须知死候当备。死者，人之所不免也，而又无定候。孔子言“朝闻道，夕死可也”，注言“生顺而死安也”，可见不闻道不可死，死必受诸苦恼矣。孟子言“夭寿不二，修身以俟之”，备死之说也。……然死候何以当备？以审判故。凡生前所思、所言、所行，皆于死后当鞫焉。天监在上，锱铢不爽，可不惧哉！而审判何以当惧？以有地狱、天堂故。【130】
这里的论证，也是儒耶并用。备死候，末日审判，上帝监临，天堂地狱等，是天主教的；朝闻夕死，生顺死安，夭寿不二等，是儒家的。其中有对天主的忠荩，有对孔子、朱子权威的崇拜，有对儒耶思想的融会。如“朝闻道，夕死可也”一语，朱熹将此中的道解作“事物当然之理”，能闻此道，则生顺死安，无有遗恨。这里强调的是明理之后的自觉行动，完全是理性主义的。韩霖的解释则是天主教的：不闻天主之道，不得天主之救赎则不算死得其所，死必受地狱之苦。朱子的生顺死安，本是对张载“存吾顺事，殁吾宁也”的借用，而在韩霖这里则赋予只有生时顺从上帝，死后才能得救的意思。孟子之夭寿不二，修身以俟，本是按儒家精神进行修养以待尽，夭寿、生死不措怀之意，在韩霖这里则变为践行天主教的修养而备死候之意。这里的诠释方法完全是民间通俗讲经的手法，即借用儒家经典中人们耳熟能详的警句格言而填入教理的办法。
韩霖在“和睦乡里”一节中，讲到了许多宽容大度最后消除仇怨的事例。在以直报怨还是以德报怨上，他主张以德报怨；在隐忍免祸方面，他更援引《圣经》中的故事教人能忍。他尝说：
奉劝世人除冤仇之必不可不报者，明告官司，凭公处断，其余只是忘怨的好。况怨无大小，天未有不报之者。我有罪，望天赦；人有罪，我不赦乎？先儒有言：“恩怨分明，非有道者之言也。”俗言“无毒不丈夫”，此语大坏人心术，不知引多少人下了地狱。……今人皆谓以直报怨，夫子之言，不知《说苑》所载，“转祸为福，报怨以德”，亦夫子之言也。娄师德唾面自干，可谓忍事矣，更有进于是者，有人掌尔右颊，则以左颊转而待之。有欲告尔于官，夺尔一物，则以二物倍与之。故报仇者，众人事也；忘仇者，贤人事也；爱仇者，圣人事也。【131】
“报怨以德”本《老子》语，《说苑》以为孔子语，后世学者早有辨正。【132】韩霖引此及娄师德唾面自干的故事，是为了证成己之天主教意思，以与《圣经》中之掌尔右颊，则以左颊转而待之之语相契合。孔子言以直报怨，韩霖认为与《圣经》之说相戾，必至找出儒家典籍中与天主教教义相合之说。实际上，就劝惩世人戒斗戒争来说，以德报怨比以直报怨更为有效。并且据韩霖所认同的天主教义来判别，最高的境界是爱仇，其次是忘仇，而报仇最下。他的目的是为朱元璋灌注了儒家精神的“圣谕六言”作通俗宣讲，他所用的方法是儒耶夹持为说。如果二者发生冲突，则以天主教教义为最终之裁决标准。但一般来说，他认为儒耶二者在教化民众导人向善方面是一致的。至于在具体的宣讲中引天主教教理为说的，《铎书》中相当多，此处就不一一指出了。
如果要选取一位接受天主教的明末士大夫作为儒耶会通的观察标本的话，那么此人非被称为中国天主教“开教三大柱石”之一的杨廷筠莫属。杨廷筠（1557—1627）的宗教意识在此三人中最强，【133】又有深厚的儒学素养，科举出仕后曾任中央、地方官吏多年，同时又有信佛的经历，这都可以帮助他体验不同的学说与宗教，因而使得对他的考察更具典型性。杨廷筠在皈依天主教后，在生死大事、宇宙起源、人性本质、伦理原则等诸多方面都有很大改变，但从小浸染从而深入骨髓的儒家思想又无处不在地左右着他对以上根本之处的理解与阐发。
杨廷筠对天主教关于生死的学说奉之甚笃，认为在儒、佛、天主教三种文化中，天主教关于生死的学说最高，因为儒家重在言当世，佛教虽重视生死大事，但是以六道轮回、天堂地狱等诱人、怖人行善，对灵魂的救赎没有天主教说得这样明切可行。佛教虽能对儒学只重当世容易造成的弊病——“泛泛悠悠以至于尽”，缺少宗教所具有的激厉奋迅有所纠补，但不如天主教直接作用于灵魂的救赎那样有终极意义。尽管杨廷筠盛赞天主教的生死观，但在论述人生境界时，仍然加入了儒学特别是盛行于明代的理学生死观：“存顺殁宁，来去翛然；既不徒生，亦何畏死。”【134】“存顺殁宁”，是张载《西铭》中的名言：“存吾顺事，殁吾宁也。”此一语代表了理学对生死问题的基本看法与对佛道二教生死观的对抗，当时和此后的许多理学家都极表认同与钦佩。杨廷筠引此语，可谓“熟处难忘”，亦表明了他欲以儒家思想中和天主教的用心。
杨延筠在宇宙起源上，主张天主造物，认为宋明理学以理气为万物之源是站不住脚的，他说：
天地实有主也，天地主实唯一也。今夫行生法象灿然而盈目前，此皆天地功用。谓自然乎，谓偶然乎，是皆浅儒臆说，不足置辩。乃格物穷理之士，又举而归诸气，谓气中自有理。是以理气为造物主也。气无知，理亦非有知，安能自任造物之功？……凡以理气称物原者，皆求之不得其故，强为之说者也。万物之生，本乎天地，天地有一大主。【135】
这是杨廷筠确立天主教信仰后在宇宙起源问题上的根本见解，但他在解释、论证时，用了许多儒家典籍中的语句及思想。如为了表示万物仰成于天主这个道理，他称天主为大父母，在强调须尊天敬天时，他用《孔子家语》中之“仁人之事亲也如事天，事天如事亲”【136】来解说，他说：
即云：“父母生我”，而天又赐衣食以全父母之生；“师保成我”，而天又赋灵性以受师保之成，恩不更大乎？故儒教以为大父母而西国以为一真主，不可不认，不可不感，即不可不事。事者如子之事父母，故曰“事亲如事天。”【137】
这是说，儒家最重生身父母，而天主教最重大父母——天主。两相比较，天主这个父母恩情更大。应该以事奉生身父母之心去事奉天主。在这一段之后，他更引《诗经·大雅·板》之“昊天曰明，及尔出王。昊天曰旦，及尔游衍”来说明天主之明时时照临，天主与人无所不在，如影随形的关系。
又如在《七克》序言中，杨廷筠说天主教根本义旨最重要的是两个方面，这两个方面都可用儒家思想解说。他说：
其言语文字更仆未易详，而大指不越两端：曰钦崇一天主万物之上，曰爱人如己。夫钦崇天主即吾儒“昭事上帝”也，爱人如己即吾儒“民胞物与”也。而又曰一、曰上，见主宰之权至尊无对，一切非鬼而祭皆属不经，即夫子所谓“获罪于天，无所祷也。”其持论可谓至大、至正、而至实矣。【138】
杨廷筠认为天主教“至大至正至实”的理由是因为它与儒家学说不悖。它最重要的二个原则与儒家异曲同工。他不是不知道二者的区别：钦崇天主重在对一个至高无上的主宰信仰，这个主宰具有很强的人格意味，且未在长期的学术变迁中失掉其初始的神性意蕴，而中国典籍中的“上帝”则没有那样高的人格神意味，而且在学术变迁中人文化了、理则化了。“钦崇天主”强调的是对天主全身心的忠爱，全身心的信仰，而“昭事上帝”强调的是它的上半句：“小心翼翼”，即人在克己修养中的检束身心，如临深履薄。杨廷筠也不是不知道儒家的爱有差等与天主教的平等地爱一切人的区别，但为了调和他经过郑重抉择而选定的最高信仰——天主教和他有着深厚感情、深厚学养的母邦基干文化——儒家学说，他唯一能做的就是将二者尽可能多地会通、融合起来。会通融合最基础的工作就是对二者的重要思想观念进行互释。
在人性问题上，杨廷筠不同于天主教者甚多，在这些地方，他都试图用儒家思想去补充。如人性善恶问题，天主教的基本观点是人有原罪，故人性本恶。当然天主教对人性恶的解释与论证很多出自神化，它的象征的、信仰的成分大于它的论证成分。天主教的原罪说是上帝救赎、先知启示之所以发生的前提，故在天主教教义中占有重要地位。但儒家学说中性善论占主要地位，在宋明理学中尤其如此。杨廷筠在解释、宣说天主教教义中遇到的最大难题恐怕就在于此，所以他在这个问题上接受的儒家思想最多，对天主教的主流教义改变也最多。他在辨别天主教与佛教教理时曾明确提出，天主教主性善说：
天主以灵性付人，原是极光明之物。光明中万理皆有，故云：“仁义礼智，性也。”天主所与我者，我固有之也。圣经谓之明德，儒者谓之良知，何尝有一不善赋在人身？后来之不善，皆人所自作。重形骸，不重真性；重世间习尚，不重至尊赋予。昏昏逐逐，日陷于非，于天主曷与焉？【139】
此中灵性一观念，包含仁义礼智之德性与灵知二者，与朱熹在《大学章句》中对“明德”一语的解释相当一致。在朱熹思想中，明德既是心中之理，也是此心的灵知作用，二者本是混一不分的，非如现代人因受西方思想的影响对德性与知性区别得如此分明。《朱子语类》中的一段问答对此义宣说甚为明白：“问：《大学》注言：‘其体虚灵而不昧，其用鉴照而不遗。’此二句是说心、说德？（朱子）曰：‘心、德皆在其中，更仔细看。’又问：‘德是心中之理否？’曰：‘便是心中许多道理光明鉴照，毫发不差。’”【140】杨廷筠对性灵的描述，与朱熹的明德观念非常相像。
另关于性德之内容，且不说天主教之大宗主性恶，即就天主赋予人以善性，或人经过修行其性得到善，其善之内容也没有仁义礼智“四德”之表述。以“仁义礼智”为善性之德目，明显是用儒家学说特别是程颐、朱熹的“仁包四德”来解释的结果。杨廷筠认为此善性同时即良知，这是吸收了当时极为流行的王阳明学说。而认为后天之不善皆人所自致，且其基本原因在重形骸不重真性，更是对宋明理学性本无不善，由气禀物欲之遮蔽而为不善之思想的撷取。杨廷筠的人性学说确实吸取了儒家许多观念，但其中最重要的一点差别即在于，杨廷筠认为善性是天主赋予的，因天之赋予而人之善性生来即有。儒家也讲“天命之谓性”，但理学之所谓“天命”，其天其命皆鲜有宗教意味，它的天与命更多的是哲学的、社会文化的，即朱熹所说的：“天以阴阳五行化生万物，气以成形，而理亦赋焉，犹命令也”【141】之意。杨廷筠对此二者的区别应该是知道得相当清楚的，故他讲“天主以灵性付人”，是他的宗教使命使然。但为了使宗教目的更好地实现，他在对人性这个比较容易起冲突的地方的解释中，融合了相当多的儒学因素。另外杨廷筠认为，中国儒者虽有大量德性修养的功夫，但因士人宗教观念淡薄，修身所倚恃的自律又很脆弱，因而儒者的许多功夫，如“立诚”、“慎独”等容易落到“为影射者所窃取”的境地。因此杨廷筠提倡学习传教士的实行实修，以宗教之峻厉补充儒者之沓茸，倡导取西来天学与儒学相辅而行的策略。
杨廷筠融合儒耶的努力，建筑在他的“综合”的思想方法上。“综合”本是明代心学最为重视、采用得最多的思维方法，明代中期之后心学大行，重个人观点之独特与创新，重思想的兼容并包能力，成了学者在学术格局和精神修养方面的主要趋向。故而三教合一、诸种学问系统的互相融摄成了学术界的一种时髦。杨廷筠受此风气的熏染，又有强烈的宗教使命感和宣教热情，且具备了本土文化的深厚素养，他的融会儒耶是情理中事。所以在学者问及这一点时，杨廷筠并不讳言，且能倾情剖露。《圣水纪言》载：
多闻子曰：“子生长中华，学尧舜周孔之道，一旦客从远来，踪迹未知，子舍所学而从之，何异陈良之徒倍师而学许行乎？”无知子曰：“恶，是何言也！象山有言：四海之内，此心、此理同也。以地拘之而非矣。且其言一循正理，并有实据。……近时学术浇漓，鲜实体之。西人知天事天，真实用功，不属口耳；归并一路，不涉二三。吾取其密修密证，吻合尧舜周孔之道，故乐与之游，共尊师训，正善学尧舜周孔之道者，何云倍乎？”【142】
此中托言“多闻子”与“无知子”的问答，表明了杨廷筠所以奉行天学之意。“多闻子”代表儒学之博学多闻，“无知子”代表天学之收视返听、密膳身心，二者趋向正相反对。但杨廷筠认为趋向之相反不碍融摄会通，其根据就在“东西南北海有圣人出，其心同，其理同。”东方之圣人尧舜周孔与西方之圣人众先知之理论必有相同处，这些相同处正应通过融摄而相互佐证，不应为地域所拘限而湮没无闻。并且天学之根本观念敬天、法天、爱人，是儒家常提不放之“仁学”，这是双方会通的基础。天学尤其应该在中国推行的是它的实心实行，实心实行可以补助中国学术当时之浇薄。这实际上是认为，天学在当时阳明后学带起的虚浮矜夸的世风士习笼罩一切之时，天学之实修实证可以充纠补之任。他表彰“西人知天、事天，真实用功，不属口耳”，其意正在于此。而此真实用功正是东西方圣人共同倡导的。
杨廷筠的这种会通触摄精神遭到来自中国正统儒学和西方正统天学学者的两面夹击。前者批评他将中国以儒学为主的正统文化弄成了西方的宗教邪说，如果听任此种风气蔓衍，则中国文化将会失坠，正道将会倾覆。佛耶论战中的许多佛门中人对杨廷筠的批评表明的正是这一点，而这些佛门中人也是以中华文化的代表者出面讲话的，他们在对中土天主教徒的批评中，引证《易经》、孔孟、宋明理学之言甚多。著名的行元和尚就曾说：
而反左袒彼夷者何为？此余所以不咎天教之行于中国，而深咎中国之人行乎天教也。余固深咎中国之人行乎天教，而尤痛咎行天德之人叛乎正教也。正教叛而天教行，礼义文物之邦何异侏离左衽之俗？【143】
行元最恨的不是西国传教士，而是中土信西教的人；而在信西教的人中，尤痛恨背叛中国正统文化的人。在他看来，杨廷筠即此种人，因为杨借中土文化之名行西教之实。而无名氏的文章则直指杨廷筠之名而讨伐之：
武林杨弥格（按杨廷筠之教名为弥额尔，自署弥格子），袭玛窦之唾余，恢耶稣之诞迹，刊著《代疑篇》，始末二十四条，而凉庵子者复为序云。凉庵子不知何许人，想亦弥格之流也。其行过当，其言甚诡，其心实欲反中庸至正之道，而暨挽天下以钩奇索隐之术。【144】
此中不知李之藻之号为凉庵，但从文中知其“想亦弥格之流”却是不诬。另一名和尚行闻也说：
邪党迷元背理，必欲归功于天主，渐至易俗败伦，灭绝正见。嗟夫！文物之邦，堂皇之士，读孔孟之微言，一旦欺圣明而佐狡猾者，必自杨弥格始。吾知自取诛戮，淹没有日耳。【145】
他们对杨、李直接宣扬或用儒学融会天主教理甚为不满，认为是灭绝中土文化的行径。至于天学学者对会通儒耶的批评则另是一种意思。他们批评中国天主教信徒没有把所接受的本土思想完全扔掉，批评儒耶会通弄歪了天主教教理，尤其反对用宋明理学去解释天主教。持这种观点的多是反对利玛窦的温和传教路线的极端欧洲派。
以上对杨廷筠融会儒耶的考察，可以清楚地看出，中国的士大夫天主教徒，即使是有很强的信仰精神的，他们的思想与学说中总留有顽强的儒学因素，他们对外来文化的接受，基本走与儒学融合会通的道路。他们对外来文化与本土文化的差异看得很清楚，但宁愿从二者的相同处着眼。杨廷筠在《代疑续篇》里的一段话就非常典型地代表了这种思想趋势，这段话历数了儒学与天主教在宇宙论、人性论、伦理观上的许多不同，而末了则明白宣示他对待这些差异的态度：
其他不同，未易更仆，吾所谓同，乃举其大端，合乎天理人心之正者。而其中精理奥义，又不啻水火盐梅之相济，未可尽谓之同也。故不同者，正无害其为同；而同处正不可少此不同。即如场中取士，命题同矣，而作文者妍媸自分，工拙自别，何必其题之异乎？【146】
当代比利时著名天主教研究专家钟鸣旦（Nicolas Standaert）甚至据此将杨廷筠说成同时具有宋明理学道统意识和基督徒道统意识。【147】之所以说他有宋明理学道统意识，是因为，“一方面，杨廷筠的新道统在很多方面跟东林学派相同，尤其在学术研究、客观伦理、实学及反对佛家方面；但另一方面，他又对程朱学派抱怀疑的态度，重气多于理，也有综合的倾向，接受多种宗教价值。而这第四类道统最实出的一点则是对神的信仰，以及用明显的‘外来’学说重新阐释儒家思想”。【148】之所以说他有基督徒道统意识，是因为，“基督宗教多少改变了杨廷筠的文化传承，我们很难会看到一些思想的转变不是外来的。当两种文化相交合时，外来传统有时会超过本地文化，使本地文化退居幕后。”【149】杨廷筠是不是理学家，是不是继承了儒学的道统，他的基督徒的道统意识到底有多强，这当然是个见仁见智的问题。但不容置疑的是，他于55岁领洗正式皈依天主教之后，他的思想中仍然保留了相当多的儒家学说。对天主教教义的解说，仍然用儒家经书中的词句，并且也不避用宋明理学，可以说仍然是循天学儒学夹辅而行的路数。钟鸣旦大概就是在这个意义上说杨廷筠“他欲重新把握‘道统’精粹，又有意识地选择另一种能够与原始和真正的儒家道统充分配合的宗教，这就是内在的正统，它采用精细选择的方法决定采纳哪一种外在因素。这种吸收外来因素的态度会导致一种新的思想系统，甚至一种新的宗教实践。”【150】这段话对杨廷筠的学术与宗教实践的描述是准确的，杨廷筠在明末大综合时代对儒学发展的意义可能就在这里。他是儒学对天主教施加影响的一个很具标本意义的人物，他比徐光启和李之藻在儒耶会通上更具典型性，因为后二人的兴趣更多地在西人传来的科学技术和思想方法。杨廷筠身上折射出的，是整个时代的精神趋向。
