明代是中国伊斯兰教哲学的奠基时期。在伊斯兰教中国化或中国伊斯兰教哲学的建立和发展过程中，儒学起了非常大的作用。明代初期定立的宗教政策，对伊斯兰教也是适用的，不过伊斯兰教在明初尚没有形成为全国统一的宗教，已经接受伊斯兰教的几个民族也只在中国西北一隅活动，分散在全国各地的回回则没有自己统一的思想理论，也没有普遍认可的精神领袖，故尚没有引起最高统治者的特别注意。
明朝是从蒙古人手里夺得政权的，洪武初年，鉴于元朝蒙古人、色目人地位高于汉人和南人，对汉人、南人进行民族压迫的情形，明廷对散居在各地的穆斯林采取削弱进而同化的策略，禁止本类自相嫁娶，禁止胡服、胡语、胡姓。朱元璋在起兵反元及翦灭诸雄的战争中，军中亦有回回将领，著名的有常遇春、胡大海、冯胜、蓝玉、沫英等。他们英勇善战，在诸将中地位很高；明朝开国后大封功臣，他们首列其中。朱元璋为了安定中国伊斯兰信众的心，医治元末战争创伤，于洪武元年下令在南京建清真寺，并亲书百字礼赞伊斯兰教：
乾坤初始，天籍注名。传教大圣，降生西域。授受天经，三十部册，普化众生。亿兆君师，万圣领袖，协助天运，保庇国王，五时祈佑，默祝太平。存心真主，加志穷民，拯救患难，洞彻幽冥。超拔灵魂，脱离罪业。仁覆天下，道贯古今。降邪归一，名清真教。穆罕默德，至贵圣人。【151】
此中对伊斯兰教之教名、教主、教义、教典都能一一道来，说明朱元璋对当时伊斯兰教的情况已有相当了解。对寄望于中国伊斯兰教之使命——“协助天运，保庇国王，五时祈祷，默祝太平”，也明确指出。这一点对此后回回学者创建中国伊斯兰教哲学有一定影响。洪武二十五年（1392），朱元璋下旨在南京、西安二处建清真寺：“与回回们分作二处，盖造礼拜寺二座：南京应天府三山街铜作坊一座，陕西承宣布政司西安府长安县子午巷一座。如有寺院倒塌，许重修，不许阻滞与他住坐。凭往来府州县布政司买卖。如遇关津、渡口，不许阻滞。钦此钦遵。”【152】此中不仅为穆斯林建寺供日常礼拜，且准许穆斯林往来各地自由经商。这在大明立国未久，色目人惊魂未定的情况下，对穆斯林表现得十分优容，起到了安定外族人心的作用。
明成祖亦优礼穆斯林。永乐五年（1407）下敕敕谕嘉尚穆斯林之修行，谕令所在地之官民善加护持：
肤惟人能诚心好善者，必能敬天事上，劝率善类，阴翊皇度。故天锡以福，享有无穷之庆。尔米里哈只（指朝觐过圣地麦加的穆斯林）早从马哈麻之教，笃志好善，导引善类，又能敬天事上，益效忠诚，眷兹善行，良可嘉尚。今特授尔以敕谕护持，所在官员、军民、一应人等，毋得慢侮欺凌。敢有故违肤命，慢侮欺凌者，以罪罪之。【153】
又七次派郑和下西洋。郑和为云南晋宁回回，本姓马，明初进宫为太监，助朱棣夺得帝位，赐姓郑，俗称“三保太监”。郑和下西洋对明代政治、经济、航海及造船技术有积极影响。明武宗崇信佛教，尤优礼喇嘛教，封赠番僧甚多，连带对伊斯兰教褒崇有加。曾评论诸教之高下说：
儒者之学，虽可以开物成务，而不足以穷神知化；佛老之学，似类穷神知化，而不能复命皈真。然诸教之道皆各执一偏，唯清真认主之教，深原于正理。此所以垂教万世，与天壤久也。【154】
又喜习外国语并自拟为其教中人：“武宗于佛经梵语，无不通晓。习鞑靼语，自名忽必烈；习回回语，自名妙吉数兰；习番僧语，自名领班丹。”【155】武宗还下令禁止民间养猪、食猪肉，亦纳回回女为妃，以至人怀疑武宗已信回教。【156】明世宗崇信道教，对佛教采取打击、削弱的政策，但对伊斯兰教则表示优礼，对洪武年间为安置西域人所建清真寺赐名“净觉寺”，命礼部给予札付，免去其差粮徭役，令专职焚修。此举甚得穆斯林之心，令其感戴不置，并愿以伊斯兰教辅助王政：“今奉皇上、圣人在天子之位，崇礼重教尤迈于千古者也。伏念末教何幸，节蒙列圣敕旨恩例，敢不欣然衹奉。凡以崇是教者，用度真化，以阴翊皇化也耶。”此举不仅增加了穆斯林在全国推展伊斯兰教的信心，也在管理形式上为全国清真寺树立了一个样板：“以故真教流行于天下，各省教人钦遵外，随方建寺，各赴京比例，请给札付住持寺院。”【157】此后全国穆斯林渐多，至万历间，明神宗下令修清真寺，赐以寺名，并优礼寺中主持。据当时到过中国的穆斯林记述，万历间全国清真寺已达近百所，并形成多个回回聚居地。当时到中国游历经商的穆斯林对此记述道：“中国皇帝在汗八里（北京）为穆斯林建造了四座清真寺，中国境内共有九十座清真寺，都是政府为穆斯林建造的。各个部落都有自己的标帜和政府设立的礼拜处所。”【158】以上记述说明，明代对伊斯兰教基本上是优礼宽待的。因为伊斯兰教信众的聚落大多在边鄙之地，对汉族主流文化影响不大；居住在内地的穆斯林又因人数不多，居处分散，尚不能形成较大的文化影响力，又不能成为民间起事的借手，故不像佛教道教那样时时引起朝廷的注意。朝廷对他们处以优待外方归化者的态度，以示上国雍容有礼。故著名历史学家陈垣曾说：“明人对于回教，多致好评，政府亦从未有禁止回教之事。与佛教、摩尼教、耶稣教之屡受政府禁止者，其历史特异也。”【159】陈垣又究问伊斯兰教在明代传播不衰之原因，认为归功于二：一、回教在中国不传教。二、回教不攻击儒教。并解释说：“因不传教，故不惹异教人之嫉视。所有六朝及唐代、元代佛道相争之历史，在中国回教史上无有。……又因向不攻击儒教，如上文所论，回教徒对于孔子，独致尊崇，故能与中国一般儒生，不生恶感。从未闻回教有受人攻击，如唐韩愈之辟佛，明沈榷之参天主教者。”【160】此亦有得之言。
元代是民族大融合的时代。蒙古人的西征和南下，使得大量的阿拉伯人、波斯人、中亚各地的人迁徙到东方，他们主要是军士、工匠和商人。这些人被称做回回，他们是后来形成回回民族的先驱。明代在元代回回人的基础上，不断融合、吸收其他信奉伊斯兰教的民族和人群，在社会安定，民族政策包容、宽松，经济连续发展的氛围下，明代中叶之后，逐渐形成了一个新的民族共同体。他们不断地寻求民族自立、宗教自立，寻求既保持本民族的文化特色又能和本土文化融合，为主流文化所认可、所接纳的独立文化系统。明中叶之后，汉语成了回族的正式语言，而伊斯兰经典仍用阿拉伯语、波斯语诵读，许多穆斯林看不懂经文，这就会削弱回回民族的凝聚力，减少对共同文化的认同感，也不能让其他文化真正认识自己。因此，用汉语讲解经文、探讨伊斯兰教教义，撰著解释宣传经义的文章，培养伊斯兰教新人才的需求日趋强烈，于是兴起了一种不同于传统的靠外来的伊斯兰学者，或极少数人家传口授，不研究、不传播因而教义不彰的新的人才教育方式，这就是经堂教育。
经堂教育的开创者一般认为是陕西咸阳渭南人胡登洲（1522—1597）。他慨叹当时关中伊斯兰教经文匮缺，学者乏人的情况，立志兴学，为伊斯兰教培养人才。他先在自己家中教学，后在清真寺中。学生费用由聚居区内的回民分摊，分小学、中学、大学三级，教本内容主要是“十三本经”。小学的学习者是儿童，主要学阿拉伯文初步、《古兰经》的一些章节、伊斯兰教基本礼制。中学学习者是成人，主要学伊斯兰教宗教知识，念诵《古兰经》。中学是业余教育，夜校为多，在农村中较盛行。大学则是专为培养寺院的阿訇而设，学员是成人。主要学习阿拉伯语及其语法修辞，《古兰经》及其经注、教法，认主学，哲学等。课本为阿拉伯语和波斯语的经典。课程修完后经过一定仪式即得到阿訇资格。经堂教育最初在西安一地施行，后推展到全国各地。经堂教育在发展中主要分为三派：一是陕西学派，以胡登洲及其初传弟子为代表，讲授内容为“认主学”，所谓“认主”，就是认得真主是天地间唯一主宰，是造化天地万物者，是人的心性所自出。多采用阿拉伯文课本，特点是讲解经文“精而专”。主要传播地为西北、河南、安徽。一是山东学派，以山东济宁人常志美、李永寿为代表，擅长《古兰经》注疏和波斯文经典，阿拉伯文和波斯文经典兼授。此派特点是“博而熟”，主要传播地是华北、东北地区。一是云南学派，代表人物有马德新、马联元。此二人时代较晚，在清代中晚期至清末。兼有陕西、山东二派之特点。【161】经堂教育开创了中国伊斯兰学者的学派，为汉文著译伊斯兰教著作奠定了基础，也为中国伊斯兰教培养了大批职业宗教人才。对中国文化来说更为重要的是，经堂教育的先驱都受过良好的儒家基础教育，精通儒家思想特别是宋明理学，他们对伊斯兰教经典的解释、教义的阐发，糅进了儒家言语和思想。这为此后以儒家思想融合会通伊斯兰教开辟了新的方向，拓展了广阔的空间。
明代中期以后，儒家的民间讲学活动十分活跃，书院、讲堂林立，佛教道教热衷于刊印善书、宝卷，民间通俗讲经十分流行。而西方传教士们宣传天主教教义的著作当时也已经出现。耶稣会士罗明坚的《天主实录》、利玛窦的《天主实义》即刊行于万历年间。而明代儒学不重传统经注，以比较顺畅、通俗的语言解释儒家思想，表达研究者个人心得这种形式，占学术界的主流地位。这些都刺激了伊斯兰教学者，唤起他们用汉文著述、宣传伊斯兰教的愿望，摆脱以往教义不彰、教理不讲的局面，让教外人更多地了解伊斯兰教，消除误解和歧视，更好地融入当时经济繁荣、文化发达的社会。汉文著译在中国伊斯兰史上意义巨大，是伊斯兰文化融入中国学术，摆脱对阿拉伯语言文化的依赖，独立地进行学术创造的开始。
第一个系统地用汉文撰著阐发伊斯兰教哲学思想的人是王岱舆（约1592—1658）【162】。王岱舆，回族，晚年自号“真回老人”，他写的二部重要著作《正教真诠》、《清真大学》与逝世后弟子编定的问答录《希真正答》皆署真回老人。其先天方人，精于天文历算，随天方人入贡至中国，任职钦天监。明太祖时赐居南京，后世为南京人。王岱舆自幼熟读伊斯兰教经籍，长成后又读了大量儒道释之书，博学多识，在江南穆斯林中极受推崇。晚年居住在北京赋闲，与弟子谈经论道以终。与稍后刘智、马注、道咸时期的马德新为回族著名四大宗教著作家。王岱舆开创了用汉文著译伊斯兰著作的新局面，并批驳那种认为汉语是“哈他”（意为“差错”）文字因而不能注释、翻译伊斯兰经旨的理论。【163】此举意义重大，论者谓：
唯是经文与汉字不相符合，识经典者必不能通汉文，习汉文者又不能知经典。自《正教真诠》出，遂以中土之汉文展天方之奥义。故开卷了然，瀹我心源，发人聋聩。阅其条款，而黄童白叟知所钦遵；览厥遗规，即黑汉村愚亦思所恪守。则圣道藉以阐明，正教赖以表著，有裨于吾教不浅矣。【164】
对王岱舆用汉文撰述伊斯兰教理，给予高度评价。王岱舆的著作涉及真主的性质，对真主的体认方式，及伊斯兰教的修行诸问题，内容甚为宏大。而这几个方面都有儒学思想参与、融会其中。
王岱舆从伊斯兰教教义出发，认为宇宙最高本体是真主，真主又称真一，它是唯一的、绝对的、本然的，是宇宙间一切事物的根源，王岱舆的几本哲学著作，其着力点皆在阐明真主的性质。如《清真大学》开宗明义即论述“真一”，说：
原夫成人至要，万善根由，必须首知单另之一乃真主，本与万物无干，而有三品作证，曰本然，曰本分，曰本为。此理不彻，少有讹误，自不系清真人也。是故明心认主，修身宏道，必须始诣清真正教，更期见道明贤。【165】
此中强调的“单另之一”，即绝对之唯一，不与万法为偶。它无终始，无方所，无可经验之一切表现，他是万事万物的总根源。真主有三个最基本的属性，曰本然、本分，本为。本然者，论其本体之义，强调真主是本然而有，自然而有，非被产生者，它是万物的本原。王岱舆解释“本然”说：
所谓本然者，原有无始，久远无终，不属阴阳，本无对待。独一至尊，别无一物。无岁月，无方所，无形相，无搀染，无阻碍，无近远，无伴侣，无比肩，无如何，能命有无而不落有无，造化万物而不类万物，绝无比拟。此真主原有之本然也。【166】
就是说，真主是本体；对此本体，一切述语都是无效的，“说似一物即不中”。本分者，论本体之动静义，强调真主的一切作为皆出自本然，无意志，无目的，无知虑，一切皆出自本然。因此真主之作为是即动即静而又无动无静的，故可以说无作为而万物自然和谐，他说：
所谓本分者，乃本然之动静，虽长守而浑一，其理显则不同。即真一非干数一，原来一，故始终独一；真有不落有无，原来有，故超然长有；原活不以命，总是活，故无不活；……兹皆本然之动静也。若言其静，机无不显；若言其动，未见其迹。所以动静两称，正于本然为作之间也。须知未有天地之先，真主要显己之原能，遂以其原知，预定当用之万物及诸始终内外，略无余欠，毫无更易，终无一物超其要为知能之外，非以知能束缚万物，万物自不能越尔。【167】
真主本无所谓作为，本无所谓知能，但万物皆出自真主，似真主有作为、有知能。而真主产生万物是本然的，自然的，故亦可说无产生。无产生而产生，其动静可谓“前定之动静”。本为者，论本体之作为义，强调真主与万物，一而二，二而一，真主即万物，无形即有形。万物天然地、本然地包蕴于真主之中，自然地从真主中显发为万物。王岱舆说：
所谓本为者，乃其单另之余，总具无形之妙，是为能有。譬之墨池，虽万灵之精粹，天地之文章，莫不赖于此有。然后以代理之笔，始发其所蕴之理。但未发之时，其与真一不即不离，分之不开，合之有别。中藏保养之机，已显任凭之兆，唯主知见。兹乃真主本为之境界也。【168】
真主是超越众有之绝对，此其单另义；但单另不碍其显发为万物。此即无形中有有形。有形无形，非一非多。一时内含有保养万物之机，多时唯见一真主之显发。而真主之显发万物，乃其应运而生，非别有主持分剂者。此即本为。本为者，本体之为，本然而为。
王岱舆的哲学思想中有一重要概念，即数一。数一者，从真主中产生的宇宙万有之总和、概括。数者，可以称量之数目；一者，总体、总括之义。数一即可以称量的万有之总体。它与真一不同。真一是本体，数一是总体；真一是能生者，数一是被生者；真一与万物本无所谓能生与被生，彰显的是主宰义、原有义、本始义，数一与万物是实际的产生者与被产生者的关系，彰显的是开端义、始有义、总体义。如果用哲学用语来区分的话，真一属本体论范畴，数一属宇宙论范畴。从本体无所不包说，真一可包数一，数一是真一所产生。从宗教的信仰与实证方面说，真一属信仰对象，数一属体证对象。王岱舆论数一说：
所谓数一者，乃一本万殊，即能有之首端。其称亦不同，曰首仆，曰元勋，曰钦差，曰代理，曰大笔，曰太始，曰性海，曰人极，曰大父，曰道源，曰大本，曰光明，曰灵根，曰至圣。名虽各异，其理本一。自能有之中，承命而显，此为万物本原而载万理，斯为无极。【169】
此众多对数一的描述语，其实突出的是三点，一是它的初始、最先，一是它的代理、承命，一是它的终极标准。就是说，数一是承真一之命，代真一行使其创生万物的职能。因为真一一切不可言说，不可思议，必有一替代物作为真一的化身而为能言说能思议之事。因为数一是真一的化身，故它最先、最初始。又因为它是真一的化身，代真一行权，它本身必是最正确、最光明而无所不包的。所以数一是既存在既价值的。如性海、人极、道源、至圣等皆表其价值性。
王岱舆也用三种品性描述数一：元勋、代理、代书。元勋表其总括性：
所谓元勋者，乃至圣之通称，性命之大源。若海纳众流，何尝满溢；灌及万川，未尝消耗；无彼无此，保合太和，是为诸有之种子。彼所谓“众妙之门”、“无名天地之始”者，即此。斯代真主保养之本然也。【170】
以上“性海”者，释家语；“保合太和”者，《易传》语；“众妙之门”、“无名天地之始”者，《老子》语。王岱舆用它们来说明数一为一大总括体，为万物之所从出。同时表明，王岱舆欲用儒家、释家、道家之语来解释伊斯兰教之名词。他自觉地把中国伊斯兰教哲学，纳入中国文化中，使它既保持自身的独立性，又是整个中国文化的一个有机部分。还表明，王岱舆是置伊斯兰文化于儒道释之上的，性海、保合太和、众妙之门这些形容儒道释最高本体的概念，只能与真主的化身、真主的派生物“数一”齐等，尚不能同真主比肩。
代理表明数一之纯粹性，与代真一行权这种品格。王岱舆说：
所谓代理者，乃阐发万灵性原纯粹，气本轻清，非干色有，人类、天仙、神鬼之本来，天地万物之所以皆始是时，莫不由其命令，是为发露，此代真主作为之动静，若能命有无、生死、贵贱、安危、得失之类是也。【171】
此中说数一是真主的代理者，它本身是纯粹的，非具体事物，但它有动静之功能，能令万物从它中显发、开始。因为真主是超绝对待，常守其本一的。必有一代理者执行真主之动静。而“气本轻清”，乃汉代人描述天道之语。王岱舆用此语，似指数一也可视之为气，用以说明它的物质性，而与真一之无物质性相区别，但它是尚未表现为具体事物的原初物质。
代书表明数一之必表现为具体事物。代者代理；书者书写为有形象之物，取伊斯兰教经典中“能有之砚池，载其恩威；无极之亲笔，显诸性命”之语。能有者真一，太极者，数一。意思是真一只能借数一来表现。王岱舆说：
所谓代书者，乃精粹之余，自然发露于外。名亦不一，曰数一之用，曰万形之纲，曰天地根，曰万物母，曰代书，曰象海，斯为太极。当此之际，气盛而理微，彼所以“有名万物之母”者，即此。太极化而为阴阳，统而言之乃天地，析而言之为日月星辰，土水火气。阴阳化而为万形。……兹代真主作为之境界，纯乎动者也，故曰“首仆”，曰“钦差”。【172】
代书强调的是数一的用，是有名有象的具体物而非深微的规律、性质等内在属性，故曰“气盛而理微”。数一是太极，代书是太极而阴阳而五行而万物的演化，是“代真主作为之境界”，是上所谓“本为”的实际显化，故是“纯乎动”的。
以上对真一数一的分别与各自的性质、职分，作了较为详细的剖分，因为这一点非常重要，是伊斯兰教修习者首先要明白的。王岱舆对此也反复申说，在其《清真大学》开首的“题纲”中就先为点明：
《大学》正宗，作证之言，特明主仆至大之理，真一、数一之殊。故首明单另之义，乃造化天地万物之真主，而与天地万物无干，兹为无始之原有也。数一，乃天地万物之原始，故能代理天地万物。因其原始，所以称为首仆；因其代理，所以谓之至圣，谓之钦差。兹为有始之原宗，因其受命而有也。原夫清真至要，必先真主、首仆分明，始能定证独一、数一。所谓真主者，独一而能有，无不任凭；首仆者，数一而受命，毫无自用。【173】
这是说，《清真大学》一书的宗旨即在于指明真一、数一性质和职分的区别，而弄清此区别的目的在体证真主，体者体认，证者证知。即通过“我”而真实了知天主。
“我”有形色之我与作证之我。形色之我指肉体之我，作证之我指通过修行，了知伊斯兰教真谛，回复真主赋予我的真性，被真主选中来担负寄托真主之使命者。形色之我是虚幻的，只有作证之我，才是真我，王岱舆说：
原夫真一、数一之机，总具于作证之我。须知形色之我，乃人我分别之我，是为幻我，非作证之我也。作证之我，乃真主寄托之我，是为真我。除斯寄托之我，本无我也。【174】
人是万类之灵，人的使命即在于证主，可惜世人能了知自己使命的极少，故有伊斯兰教道之设。王岱舆说：
夫人乃形神之至精，天地万灵莫不因之而有。其造人原义，本为认真主之独一，显静动之元机，代有无之妙用，承兹莫大之恩。不穷性命生死之原，唯念君亲恩义之重，其与造化君亲、性命、生死至大之真主何有焉。悲夫！世人辨一不真，心怀疑二，昧原有之真恩，拜空无与假象，身立千岐，心分万派，仁智忠贞，冥然尽废，深可痛惜。所以认一之功，诚为首务。【175】
人之证主也叫体一。体一者，体证真一也。体一有三个层次，人的生命也有三个层次，与体一之层次一一对应。这就是先天真性、后天本性、形躯。先天真性无有形体，与真一同一品格，体证真一本身。后天身命乃形神结合之身，它保持了人原本之状态，故能体证真一所表现的无极之理，即上所谓数一。形躯阴阳合一，是现世中的人，它通过感官，认识数一、无极之理所化生的万物。现实的步骤是，先体证太极之多，再至体证无极之一，再至体证真主。这就是王岱舆说的：“视听闻言，行止取授，通身百骸，莫不听此一性。故以当体之一，方可证数本之一，然后以此数一，始可证单另之一。循次而至，庶无歧误也。”【176】“听此一性”者，听命于真性；“当体之一”者，后天身命之本性也；单另之一者，真主也。起始于人之形躯听命于真主所赋之真性，终结于与真主契合，这就是认主证主之要诀。
具体方法是，一“知认”：“所谓知认者，仿效圣贤之参证，推详正教之真经，譬之睹物思情，故此由诸缘而体认真主。”【177】即通过在自己之外的各种事物体认真主。二“见认”：“所谓见认者，超脱诸缘，亲自经历，由己身而体认真主。”【178】即通过推想人身蕴藏性命知能，最为灵妙，乃真主之所赐，其他一无所有，从而体认真主。三“续认”：“所谓续认者，克尽偏私自见，复全明德之源，由无己而体认真主。”【179】即通过修行，达到内无己而外无物，与真一之本体契合而体认真主。到这最后境界，“后天之表里兼精，先天之本来独露。风静水平，日高云散，形神虽在，动静却一，但以清净无己可证，为其相续而浑同也。”【180】至此，王岱舆所阐述的伊斯兰教教义始大体告成。其全部精义包括在以上真一、数一、体一之“三一”说中。
王岱舆是虔诚的穆斯林，精通阿拉伯文、波斯文经典，但他又生活在明代后期浓重的儒学氛围中。儒学以国家意识形态、文化教育的最重要内容及士阶层认同与修习的每日功课，影响、渗透于一切方面。王岱舆的宗教、文化生活不能不对此有所反应。他以汉文撰写阐述伊斯兰教教义的著作，采取的是回儒互证，回儒会通的办法。其中最为显著、最为重要的约有如下几点。
其一，对无极太极思想的吸取。周敦颐《太极图说》首曰“无极而太极”。此中无极为宇宙形成前之虚无，太极为最早形成的阴阳未分之气。朱熹欲弥缝此中道教因素，释太极为理，无极为无形无象，“无极而太极”为“无形而有理”。另朱熹吸收佛教“一月普现一切水，一切水月一月摄”，以“理一分殊”解释太极与众理的关系。朱熹此二说为宋以后理学家所遵行。王岱舆当熟知朱熹此义，但他要融会伊斯兰教理，故以无极释数一，以太极释数一顺化为万物。以理一分殊释数一与万物的关系。在王岱舆的理论中，真一乃原有，超绝万物，无形无象，不可思议，不可言说，不能用形容可思议、可经验的事物的语词来描摹，故只能用真、一、独等“不与万法为伍者”强说之。数一乃万物之起源，是代独一而行权者，属可思议、可言说之例，另外数一可顺化为万物，可用无极、太极、阴阳、万物等来表示。故王岱舆引儒家无极太极、理一分殊诸说来解释数一概念：
真一乃独一耳，非数一也；数之一，自独一来也。曰“无极而太极，太极生两仪”，数之一也。曰“一本万殊”，“万法归一”，亦数之一也。曰“无名天地之始，有名万物之母”，亦数之一也。数一，乃天地万物之种；真一，乃数一之主。道出于真，故能不更不易。所以清真唯尊兹真一也。【181】
此处之外，用此诸语说明数一者，尚有多处。王岱舆认为，太极诸语用来说明数一非常贴切，且能收“以儒诠经”之效。但王岱舆又特别提醒学者，儒家性理诸语，只可拟诸数一，不可用以比真主，因性理诸语尚属可思议、可言说之域，非绝待之自立者，他说：
按性理诸书，儒者之学，唯以理为宗始。故所言上帝上天、无极太极，皆指理而言。但理乃事物之所以然，应该如是，不过虚义，非实然有一自立之体。必托诸气，故又以气兼言之。然气亦有形无形之间，恐人求之不得，堕于虚无寂灭，故又以苍天实之。夫以理、气、天三者，混而为一，则无次第，且既知理不能自立，而又不求理之根源，盖未见吾教认主真经，无征不信。【182】
这是王岱舆以其所信仰之教义来拟议儒家俗世之学，而将其学置于最高地位。这在他是极自然之事。
其二，《正教正诠》中用汉代之元气阴阳、人副天数解释人之身体。王岱舆说：
清真之理，不离当体，盖因人之本性乃大命之式，身之本质，乃元气之征。首圆象天，所以轻清者上升，属阳也；足方象地，所以重浊者下降，属阴也。五脏按五行，通身类万物。其行止知觉，虽有大命之性灵孳生百体，因出元气之本质，然其生死穷通、安危得失，概不由本性本体所能自专。即此便知大命虽受真主之命代理乾坤万物，其生死贵贱之体必非所能自主也。【183】
此是说人之本性乃与数一相符，人之肉体乃元气构成，与阴阳五行相类。人的日常行为由自己的身命安排，人的生死富贵一由真主决定。而此中对人的身体的解释，完全根据中国儒家典籍。如“头圆象天，足方象地”，本出汉儒，至朱子仍以此为例，说人与物之异乃由于禀气通塞偏正之不同：“且如人，头圆象天，足方象地，平正端直，以其受天地之正气，所以识道理，有知识。物受天地之偏气，所以禽兽横生，草木头生向下，尾反在上。”【184】王岱舆对中国本土文化中以二气五行解释人与物之来源及同异的思想有得于心，于行文中屡屡引用。
其三，王岱舆论人性，吸收了宋儒天命之性与气质之性的观念。他认为，人物之性总为六种：德性、本性、气性、觉性、长性、坚定。德性是人所得于真主者，是纯粹的真性，是性之本原。本性是人从数一而得的先天之性，其内容是理。气性是人后天禀得的气质之性，其内容是趋利避害，可善可恶。觉性的内容是附于躯体的知觉运动，是禽兽之性。长性者附于枝叶吸化雨露而生长，是草木之性。坚定者有坚固之躯体能不解散，是金石之性。人具此六品，故能生长，能知觉，更能度量事理。德性出自伊斯兰教教义，而觉性、长性、坚性或吸收了荀子《王制》的“水火有气而无生，草木有生而无知，禽兽有知而无义，人有气、有生、有知且有义，故最为天下贵也”之意。六种性中除去同天主同一品相之德性与后三种禽兽草木土石之性，则本性相当于天地之性，气性相当于气质之性。王岱舆论本性与气质的关系、论变化气质以返本性，与宋代理学如出一辙：
先天之真性杂乎后天之气质，则真理隐矣，故说性之本体，未漓乎真，固无有不善。及其发而为情，或徇乎气质之偏，或夺于外感之私，则习于善而善，习于恶而恶者有之矣。是故圣智者从善如登，化气质而还其本来之原德，所谓穷理尽性以至于命也；凡愚者怙恶不悛，徇私欲而昧其本来之真性，所谓下愚不移，习与性成也。【185】
这里王岱舆不仅吸收了儒家特别是理学的观念来阐发伊斯兰思想，而且用语也直接采自儒家。
关于儒学的长处与不足，伊斯兰教学者有一共同看法，即认为儒学是入世之学，其长处在治国平天下，在人伦道德，其短处在对世界本原、归宿及人之生死所说不多，而伊斯兰教在这个方面有擅长，可以补儒学之不足。如王岱舆的教友梁以浚在为王岱舆《正教真诠》所作的序言中就说：
宇宙间君臣、父子、夫妇、昆弟、朋友之伦，诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下之道，理尽义极，无复遗漏，至正大中，绝去偏颇，非此则人道不全，法治不备，此儒者之道之所以不易也。第其始之所以来，终之所以往，造化原本，生死关头，一切不言。夫生人之理有始、有中、有卒，儒者独言其中，而不言始、卒，天下深观之士不免疑焉。【186】
王岱舆也持此观点，但他希望通过阐发伊斯兰教义，把二者结合起来，取双方之长，弃双方之短，所以他宣说的伊斯兰教义，是合造化之原、生死往来等形上学问题与修齐治平等实际事务为一体的，是合天道人道为一体的。他说：
如不听命，焉能克己；不克己，不能归真入道也。听命为天道，克己为人道，互相表里，发于一心，而寓于四事：若顺主忠君，寓于意念；赞主赞圣，寓于口舌；拜主孝亲，寓于身体；感主济人，寓于财物。所以人但顺主、赞主、拜主、感主，而不能忠君、赞圣、孝亲、济人者，则前事未足为功；如徒忠君、赞圣、孝亲、济人，而不能顺主、赞主、拜主、感主之恩，则仍恐入于左道。不独此也，凡孝弟忠信、礼义廉耻之间但有亏损，即于天人之道不全，即不得谓之听命。【187】
这里所谓听命，即克去己私，不任自性而听真主之命令。听命必行之四事，乃宗教与世俗之合。顺主、赞主、拜主、感主为信奉真主之事，属宗教；忠君、赞圣、孝亲、济人为经世利生之事，属世俗。二者缺一，即为不全，即为左道旁门。也就是说，天主之命令即含此二方面之事。故世俗之德行有亏，即于天人之道不全。此义极为重要。先前伊斯兰教义中本有世俗之内容，但尚不能与事奉真主并列。王岱舆则吸收儒家思想，大大加强了世俗内容，意欲使伊斯兰教成为既能保持其宗教传统，又能辅助世道；既尊天信天，又导人向善的文化力量。
其四，王岱舆对儒家思想的撷取，表现在人伦道德上。如王岱舆在他的几部著作中，皆对孝道大加发挥。伊斯兰教经典中本有首先事奉真主，然后及于父母之类的教训。但王岱舆吸收儒家思想，对孝有出色诠释，他说：
事主以下，莫大乎事亲。“孝也者，其为人之本欤。”道德所以事主，仁义所以事亲，忠主者必孝，行孝者必忠。忠孝两全，方为至道。【188】
此中直引孔子语说明孝乃为人之本。忠孝两全的思想，也与儒家做人基本规范。忠者必孝，孝者必忠，也吸收了儒家“求忠臣必于孝子之门”的观念。孝有三品的思想，是吸收了孔子、《孝经》、《礼记》的思想而综合之，王岱舆说：
夫孝有三品：曰身、曰心、曰命。凡人第养亲之身，非孝也，所谓“犬马亦皆有养”。孝亲之心志，乃常孝也。所谓至孝者，三品皆备，奉亲于无过之地，使不堕违逆之中，脱离还报之苦，更享无量之福，拜末五次祈求，施济贫难，意归祖考，其为性命之至孝也。【189】
此中孝身，即孟子所斥者，乃孝之最低行为。孝心，即《论语》所谓“色难”、《礼记》所谓孝子必有深爱，必有和气，必有愉色，必有婉容之义。孝命，即能使父母生命无虞，尊享福乐，且立身扬名，乃《孝经》、《论语》之义。但王岱舆在孝的解释上，不同意孟子“不孝有三，无后为大”之说，认为妻固应娶，但有无子嗣，权不尽操于人。孟子此语，盖将绝后尽归咎于人，并非确论。此意实有可取之处。
最后，王岱舆对于儒学之吸收，还在于其《清真大学》书名之设定和内容之逻辑关系上对儒家《大学》一篇的摄取。儒家“大学”之名，一者表示学生之年龄，二者表示所学之内容。二者又有联系。据朱熹的解释，中国上古时代学校法备，人生八岁，自王公至于庶民之子弟，皆入小学，教以洒扫、应对、进退之礼节，及六艺之文。至十五岁，入大学，教以穷理正心、修己治人之道。王岱舆将其系统阐述伊斯兰教哲理之书取名《清真大学》，实仿儒家《大学》，意在彰显此书乃关于穷理正心、修齐治平之书，非仅经堂教育中教授阿拉伯文和伊斯兰教基本知识的读物。故此书题纲开宗明义即说：“《大学》正宗，作证之言，特明主仆至大之理，真一、数一之殊。”【190】明与“小学”相区分。而在内容设定之说明中，亦仿儒家《大学》之纲领、条目。如此书之“题纲”先概述其真一、数一、体一之说，然后谓：
是故主仆分明，真数一定，然后始知明德之源。知明德之源，而后明明德，明德而后真知，真知而后知己，知己而后心正，心正而后意诚，意诚而后舌定，舌定而后身修，身修而后家齐，家齐而后国治。国家不治由家不齐，家不齐由身不修，身不修由舌不一，舌不一由意不诚，意不诚由心不正，心不正由不知己，不知己由知不真，知不真由明德不明，明德不明由不知明德之源，不知明德之源由不辨真一、数一，不辨真一、数一由不明主仆至大之理。【191】
此中虽以宗教内容真一、数一为最高，并且有“舌定”即赞主念主，“知己”即知己之本性乃真主所赋二环节，但明明德、诚意、正心、修身、齐家、治国诸语，皆取自《大学》。而且其先以明明德、真知至正心、诚意，而后一步步至治国，再由治国一步步推原至真知、明明德，这种论述方法也取自《大学》。这说明，王岱舆对于儒宗经典浸润很深。《正教真诠》中对儒回两家在某些概念、语词上一些似是而非处的辨正，也具见王岱舆儒释道学养之深，誉其为“四教博通，诸家毕览，百而不得一”【192】，盖非虚语。而他有意在书名及内容上皆仿《大学》，说明当时一般穆斯林对儒学颇不陌生。
与王岱舆同时或稍早用汉文撰述、阐发伊斯兰教思想的著作，尚有天启年间进士张忻的《清真教考》和詹应鹏的《群书汇辑释疑》及撰著者姓名不详的《省迷真原》和《证主默解》二书。但这几部书或已经散佚，或内容杂乱、肤浅。【193】若论述明代儒学与伊斯兰教之融会，则端赖王岱舆的著作。从他的身上，我们可以看出明代儒学和伊斯兰教融会的一个侧面。后之诸家，回儒融会的方面更广，采撷儒家思想更多，但因已入清代，故只作一般介绍，以明他们在著译方向上与王岱舆的继承关系。
清初最为著名的伊斯兰学者是马注和刘智。马注（1640—1711？）字文炳，号仲修，经名郁速馥，云南保山人，回族。伊斯兰教大圣人穆罕默德四十五代孙，故自署“圣裔”。七岁而孤，家计凋零，苦学不辍。遭际清初之战乱，永历政权播迁于滇中，曾荐为中书，不久改锦衣侍御。清军平云南，马注隐居教读。后至北京，在宗王府教读旗下子弟，一面研究伊斯兰教经籍，勤苦著书。康熙二十三年（1684）离京返回云南，四处访学，结识各地回族经师。晚年居于家乡，修订所著《清真指南》。此书为中文伊斯兰教著名经典，其内容“上穷造化，中尽修身，末言后世。天地之秘，神鬼之奥，性命之理，死生之说，巨细隐显，集群经而摘其粹。”【194】此书刋行之后，在教中流传甚广，各地清真寺多作为经堂教育的课本，影响极大。马注曾向康熙帝上《进经疏》，进献所著《经权》二集，疏中说：
臣生逢明圣之主，敢不披肝沥胆，缮经献呈。词虽粗陋，意本真经，果使言可济世，黜异扶儒，乞望圣恩宽臣斧钺，宥臣愚懵，用颁海内，使天下万世岐途僻道，格面顽民，咸知有造化天地万物、人神性命之真主，归真复命之正道，格物致知，正心诚意。人知生客死归，贤愚不免，天国地禁，非乐即苦。夙兴夜寐，履薄临深，进思累功，退思补过。臣焉不忠，子焉不孝，修齐治平，垂拱而化。【195】
请将此书颁布全国，一者以伊斯兰教补益儒学，得移风易俗，修齐治平之效。二在说动朝廷褒扬伊斯兰教，以之为正道，黜灭异端。此中异端虽未敢明指，但指佛道二教无疑。【196】后又上表请褒扬伊斯兰教，认为可以辅助儒学。并在奉诏为康熙帝讲解阿拉伯文伊斯兰经籍之答书中，详细谈到自己的治学经历及以回补儒的志向：
臣本愚懵，幼习儒业，虽循章句，未按深旨。读《大学》“明明德”、“致知格物”，子思“天命之谓性”、“其为物不二”，鲁《论》“未知生，焉知死”，孟子“夭寿不二”、“万物皆备于我”，《易》“无极生太极”、“帝出乎震”，《书》“天开于子，地辟于丑，人生于寅”，《礼》“伸者为神，屈者为鬼”，大哉圣贤之言，亦已阐幽隐而开聋聩者矣。……亦少涉猎经史，详阅诸家。《灵枢》《素问》、《洞古》《楞严》、星纬河洛、异域风鉴、皇极先天之书，皆究明其理之所以然，而未阐其道之所从出。【197】
从中可见，马注所读儒家之书所包甚广，举凡性理、人伦、天道、经史无不钻究，旁涉医卜、星相、释道二家之书。但所举诸书大意，则多为天地、生死、鬼神，皆与宗教有关。他的着眼点在以儒书夹辅伊斯兰教经籍，以伊斯兰教教义补益儒家之治。他对儒家之道的看法和王岱舆相同，甚至论证语句也直承王岱舆，即认为儒家之长在纲常彝伦，修齐治平，其短处在对宇宙本原、生死之理言之甚少，需要伊斯兰教来补充。他对伊斯兰教义的阐发则主要在以“八赞”赞主之独一，以“真性”I“禀性”之区分来肯定真主赋予人的先天本性，强调通过修养变化气质的必要性。论证中多回儒互释之言。
刘智（约1660—1730），字介廉，回族，晚年自号一斋，南京人，著名穆斯林学者。其父刘三杰是明清之际伊斯兰经师，精通天方之学。刘智自幼聪慧，从父学习伊斯兰教经籍，又广泛涉猎儒学、道释二氏之学及天主教传教士传入的太西诸学。史称他“天才俊朗，逸思雕华。幼习天方之经，长攻儒者之学。既而旁搜博采，二氏、欧罗巴之文靡不悉心殚究。”【198】他也自述学思历程说：
予年十五而有志于学，八年膏晷，而儒者之经史子集及杂家之书阅遍，又六年读天方经，又三年阅释藏竟，又一年阅道藏竟……继而阅西洋书一百三十七种，会通诸家而折衷于天方之学。【199】
又到山东、湖北、湖南、广东、陕西、江苏、安徽等地访学，见识大增。他的四处求师问道和多方面学养，为进一步精研伊斯兰教理打下了坚实基础，也为他“以儒释回”开启了多种渊源。他一生著书甚多，但多散佚不存，传世的最重要著作是《天方性理》、《天方典礼》和《天方至圣实录》三书。《天方性理》内容分二部分，一是本经，二是图传。本经共五章，包括天地之性质与功能，身心性命之理及天人之关系。他在此书自序中说：
首言大世界（按指天地万物）理象显著之序，以及天地人物各具之功能与其变化生死之故，次言小世界（按指人）身性显著之序，以及身心性命所藏之用与其圣凡、善恶之由。末章总合大小世界分合之妙理、浑合之精义而归竟于一身。【200】
本经之后有总图10幅，分图60幅，图下有解释性图说。此书内容颇为丰富，是一本讲说伊斯兰教宗教哲理的著作。
