（13世纪中叶到14世纪中叶）
1 3世纪初，蒙古游牧民族在铁木真的带领下，崛起于北方草原。1227年，西夏灭亡。1231年，蒙古军包围高丽首都开京。1234年，金朝灭亡。1260年，高丽开宗投降蒙古。至此，蒙古兵锋直至日本海。
说起蒙古东征日本，那就不能不提朝鲜的崔氏政权。朝鲜历史上的文班、武班两班制度始于高丽时代。由于高丽的文治主义传统，武官地位长期处于文官之下。958年，随着唐朝科举制度的引入朝鲜，朝鲜在文科之外设立了僧侣专用的僧科，同时却拒绝对武官开设武举，武官的选拔只能依靠世袭和战功，朝鲜尚文轻武的风潮自此开启。
12世纪前半期，朝鲜政局动荡。1126年，外戚李资谦之乱爆发，1135年，妖僧清之乱爆发，首都开京被荒废。在此情况下，朝鲜兵权由文班掌控，加剧了武班的不满情绪。随着1146年毅宗在位，进行佛教仪式之时奢华优待周边文官以及宦官，却对下级武臣进行残酷的役使，武臣的不满达到顶峰。
1170年8月，高丽国王毅宗在普贤院行幸之时，随行的高级武官郑仲夫和下级武官李义方等人调动军队，杀死随行文臣八十名以上，随后攻占首都开京，废除毅宗王位，拥立其弟明宗即位。政治实权从此掌控在武人手中，建立了类似日本幕府的朝鲜武臣政权。
把军人们逼上反路的国王自然是愚蠢的，然而对于喜欢用暴力解决问题，通过造反上位的军人们来说，治国就不那么得心应手了。仅武臣政权的前二十五年，就一口气换了五位当主。除了在位四年就病死的庆大升，其他武臣当主们都是死于下属的“下克上”。这种乱局一直到了“靖国功臣三韩大匡大中大夫上将军柱国”崔忠献时代才得到了终结。
高丽明宗二十六年（1196年），崔忠献把握机会，诛灭操控大权的武臣李义旼，并籍此声威铲除一批廷臣。崔忠献夺得大权后，1197年将明宗退位，选其弟神宗为王。1204年，神宗病故后，崔忠献又连续更换了两任高丽君主。神宗死后，由熙宗王韺继位，但仍受忠献牵制，因而引起拥护王室的官员王涛明等人的不满。王涛明联络僧兵企图伏击崔忠献，但计谋败露，被忠献所灭。之后，忠献废熙宗，1211年立明宗儿子康宗王祦。到1213年，又换了个更听话的高宗。
通过废立君主，崔忠献确立了崔氏的统治地位，终于结束了武臣政权的动荡局面。在之后的61年，高丽便由崔氏政权统治，另设官府，自行配置僚属，朝政归崔忠献其后裔所掌握。崔忠献至其曾孙崔竩四代挟王掌政，国王仅保虚位而已。
然而，崔氏政权之所以在朝鲜牢固存在的根本所在，是其牢牢控制着的朝鲜三支颇有战斗力的军队——左别抄、右别抄和神义军，史称三别抄。然而随着蒙古军队进入朝鲜，三别抄再有战斗力，也并非掌控欧亚大陆的蒙古军队的对手。崔氏幕府的最后一位当主崔竩在首都沦陷后，仍迁都继续顽强抵抗蒙古的侵略。1258年，崔竩被高丽投降派文臣柳璥联合其部下金俊杀害。之后高丽元宗入朝，对蒙古称臣。
蒙古的外部压力没有了，高丽的内部斗争又出现了。能压服各军头的将军已经身亡，各路豪强就又开始侢权力的角逐。金俊很快被部下林衍所杀，但是没两年，林衍得急病身亡。被武人压制了一百年的文臣趁机重新上位。这些文臣决定，乘着外来蒙古大军之势，把武家政权彻底终结了。
◎ 宗性笔《蒙古国牒状》（《调伏异朝怨敌抄》所収，东大寺尊胜院所蔵）
那些文臣的理由是，既然高丽国王都成了蒙古人的臣子，那么武家政权的基础“三别抄”作为反对蒙古人的主力核心，自然是所有人的“眼中钉”和“肉中刺”。因此，文臣们做出了一个重要决定，那就是将高丽军队中最有战斗力的三别抄解散！
1270年，走投无路的三别抄们在其首领裴仲孙的带领下，带着高丽王室成员王温从江华岛突围，逃到了珍岛继续抵抗蒙古侵略者，最终直至全军覆没。但是在文臣政权的把持下，高丽武家政权这支最后的军队，在朝鲜官方一直都是被当作叛逆来看待的。他们英勇抵抗侵略蒙古侵略者的事迹，时至今日仍被称之为“三别抄之乱”。因为，在高丽的文臣们看来，与其把江山交给被自己鄙视了几百年的军人们，还不如跟蒙古人合作！也就是，“宁与鞑虏，不予武夫”！
◎ 北条时政（满愿寺藏）
就这样，因为蒙古人的入侵，朝鲜的崔氏幕府将军，没有能够跟同时代的镰仓幕府一样幸运的存在下来。然而其最后一次的垂死挣扎“三别抄之乱”，反而帮镰仓幕府延缓了蒙古的入侵，并为其提供了足够的预警时间。
当时发生在朝鲜半岛上的一切，如果蒙古的视角来看是这样的：
1268年，忽必烈第二次要求日本臣服的国书由朝鲜递交给日本九州镇西奉行。日本政权此时为北条时政所掌控。日本认为蒙古的国书中言辞相比历代中国国书极为无礼，拒绝了蒙古的要求。在外交失败后，忽必烈已经与五月和十月两次要求高丽进行对日战争准备。
然而此时高丽武人林衍杀死了投降蒙古的金俊，继续在江华岛与蒙古为敌，加之忽必烈将重心转移至南宋，使得此次的战争准备不了了之。虽说军事准备不了了之。然而各方使节的活动并没有停止。蒙古至元六年（1269年）二月和六月，蒙古继续第三、第四次对日派遣使节。随后高丽三别抄迁移珍岛抵抗。1271年中，蒙古、高丽联军攻打珍岛，三别抄寡不敌众，珍岛失守。三别抄残部退至耽罗（今济州岛）继续顽抗，并派遣使节向日本幕府通告蒙古军队的攻日准备工作，还请求与日本政府联合抵抗蒙古军。三别抄的使节到达不久，蒙古的第五次使节团也抵达日本，同时而来的还有严厉的战争威胁。
第一次东征：文永之役
蒙古使节的战争威胁，与三别抄的预警消息相结合，让日本人明白这次蒙古人真的要打过来了。不过，日本对三别抄的结盟请求采取了日本传统的“默杀”（即不予回应，默然无视）。随后日本的使节团，跟着元人到了大都。
日本的使节团沿着朝鲜半岛，进入元朝首都大都（1271年忽必烈称帝，国号元）。日本使者沿途看到在高丽金州所驻扎的庞大元朝船队和军队。本就想侦查元朝企图的日本人却得到了元朝的安慰，说那是针对三别抄的，只要日本不插手，就没有你们的事。
元至元九年（1272年）四月，日本使节回国。元至元十年三月，第六次，也就是最后一次元朝使节抵达日本。四月，蒙古、高丽联合军，乘坐军舰一百六十只，军队一万二千人，攻破济州岛，三别抄残部除极少数人逃至琉球外，其余全军覆没。同年，南宋襄阳城失守，南宋国门洞开，主力尽失，已无继续抵抗能力。至此，元朝远征日本的一切障碍都已经不复存在了。
长期去往日本的元朝使节赵良弼，这样告诉元世祖忽必烈：“臣居日本岁余、睹其民俗、狠勇嗜杀、不知有父子之亲、上下之礼。其地多山水、无耕桑之利、得其人不可役、得其地不加富。况舟师渡海、海风无期、祸害莫测。是谓以有用之民力、填无穷之巨壑也、臣谓勿击便。”他的意思是，自己在日本居住了一年多，看过日本的风俗习惯，居民好勇斗狠，喜欢用武力解决争端，不孝敬父母，没有上下尊卑的观念。而且日本国内多山地河川，少有平原耕地，就算打下来了，隔着大海，也没法役使当地人，得到了土地也不能创造多少财富。而且军队渡过海洋，不知道风浪什么时候就会出现，有很大的危害。跨海远征日本，就等于将本可以用在其他地方的力量，去填无底洞。性价比太低，不如不打。
赵良弼这样说是有其原因的。当时赵良弼身为正式使节，日本方却不肯让其直接进入本国首都，留置在九州太宰府。按通行国际惯例，这种行为本身是相当无礼的。元至元八年（1271年）九月十九日，赵良弼率团（第五次外交团）到达日本。但其实之前的九月十三日，日本京都就已经在讨论朝鲜残余抵抗势力三别抄的要求了。虽然日本“默杀”了三别抄的请求，但幕府其实已经开始进行蒙古来袭的战争准备了。当时，执政北条时宗命令东国御家人在九州一带镇压恶党，即不服从幕府方的地方武装势力。完成战场准备之后，元至元九年（1272年），北条时宗设置了“异国警固番役”，以蒙古军队入侵为前提，在筑前、肥前两国以及博多港可登陆的要害地区，调集军队进行军事戒备，由镇西奉行少贰资能、大友赖泰两人为总指挥。
『肥后小代文书』关东御教书「（上包）「北条相模守时宗北条左京大夫政村」蒙古人可袭来之由、有其闻之间、所差遣御家人等于镇西也、早速自身下向肥后国所领、相伴守护人（名越时章）、且令致异国之防御、且可镇领内之悪党者、依仰执达如件、文永八年九月十三日相模守（北条时宗）（花押）左京権大夫（北条政村）（花押）小代右卫门尉（重俊）子息等」
赵良弼在九州长期滞留，对日方这些戒备肯定有相当了解。而其作为第六次元朝使节前去日本的元至元十年（1273年），日本渡海禅僧桂堂琼林从南宋回国。前文所提到的杭州径山寺主持虚舟便是其在南宋的师傅。回国前，虚舟将自己的法衣、顶相（宋元之际佛教流行的祖师画像）赠予琼林。南宋是蒙古的敌国，在南宋首都临安府（即今浙江杭州）附近学习的琼林，不可避免的受到宋人对蒙古态度的影响。蒙古人当时的残暴虐杀行为，也是受到佛教禅宗思想所抵制的。琼林归国后作为南宋方的代言人，对幕府方游说，进行反元活动。赵良弼在这种敌对氛围中进行具有蒙古特色的高压外交行为，结果也可想而知。
◎ 南浦昭明（兴德寺藏）
远公不出虎溪意
非是陶明谁赏音
欲话个中消息子
蒲轮何日到云林
外国高人来日本
相逢谈笑露真机
殊方异域无差路
目击道存更有谁
这是崇福寺主持南浦绍明写给赵良弼的诗。由前文所交代的，崇福寺本身就有很深的南宋禅宗背景，南浦绍明本人也是南宋留学回来的僧侣。赵良弼在大宰府滞留期间，经常与南浦绍明进行诗歌唱合。因此，软硬兼施之下，在当时襄阳还未曾失守，三别抄还在顽抗的背景下，高丽残党三别抄、日本、南宋之间在元朝使节面前的互动，使得赵良弼对忽必烈做出那样的回答，也就不足为奇了。赵良弼的“有用之民力”，在其当时的背景看来，是针对南宋和高丽抵抗组织三别抄的，忽必烈当时也采纳了他的意见。
但在三别抄和南宋相继败亡后，“日本民风剽悍、路途遥远，风险极大”的描述，却成为忽必烈决定东征日本的重要诱因。忽必烈的想法是：借着东征日本，把高丽剩余的武人们送去消耗掉，并且在征发船只的时候，还能顺便压榨一下高丽的国力，可谓一举三得。
元至元十一年（1274年），元世祖忽必烈下令开始东征日本。蒙古的第一次东征，日本人所谓的“文永之役”爆发了。
然而对于习惯了疾如风般骑兵作战的蒙古人来说，海战是个陌生的领域。因此，第一次东征时间显得极为紧迫，准备也相当仓促。于是最后连蒙古人都感到此次船只不够了。于是这时蒙古人想起了一个高丽人。
这个高丽人叫洪茶丘，他的父亲叫洪福源。洪福源本来是高丽北部的守备军人。蒙古入侵的时候，洪福源投降了蒙古人，后因攻打祖国很卖力，因此做了耽罗军民总管府的管领，管理归附元朝的高丽军民。然而好景不算长，受到蒙哥汗重用的高丽宗室永宁公王綧，因不满洪福源欺辱高丽朝廷的行为，与高丽朝廷合谋，通过其蒙古王族的妻子，把这个为蒙古卖命远比为祖国积极的朝鲜人斩首了。
杀父之仇，不共戴天。世袭了其父官职的洪茶丘，自然对高丽政权百般刁难。例如元至元九年（1272年）七月，有日本船停靠到了朝鲜的金州。虽然此时高丽和日本还没有进入战争状态，但是气氛已然很紧张。庆尚道安抚使曹子一怕洪茶丘借题发挥，便让日本船离开了。可惜怕什么就来什么，很快，这事就被洪茶丘知道了。于是曹子一被洪茶丘逮捕，想拷问出“高丽和日本勾结的证据”。曹子一倒是颇有骨气，严刑拷问之下也没有承认本就没有的“高丽和日本勾结”。高丽遣使张暐，为曹子一鸣冤。洪茶丘看看事不可为，既然这次报复高丽朝廷不成，就拿曹子一当了替罪羊，于是曹子一就被洪茶丘所处斩。
这件事情，让蒙古人觉得让洪茶丘去压榨高丽人一定很有效率。于是，洪茶丘被任命为了监督造船官军民总管。在元至元十一年五月蒙古东征军到达之前，洪茶丘已经用以极高的效率，从祖国榨出了三百条大船，六百条小船，一共九百条军舰！
在这么短的时间造了这么多的军舰，对高丽而言是极大的负担。高丽所言“民甚苦之”，同时因为高丽的技术水平和工匠所限，这批船只并非当时最先进的南宋海船样式，而是使用了高丽本国较为落后的搭接板船只。与前者相比，后者强度明显要低的多。
◎ 韩国西海地方渔船各部构造（水产试验场渔船调查报告第二册）
◎ 韩国各地出土船只构造（国立海洋遗物展示馆“群山十二东波岛海底遗迹”）
五月，一万五千名元朝东征军到达朝鲜。这支军队的组成很复杂。据元史记载，这只蒙古军队是由“屯田军及女直军、并水军”组成，所以很难说里面到底有多少蒙古人。其后参与的高丽军队则有六千名以上，再加上六千七百名水手。因此这支军队，总体上是由少部分蒙古人指挥的，以女真、汉人、高丽人为基础的多民族军队。其中朝鲜人人数接近军队总人数的一半。
虽说军队人数记载不同，然而去掉水手，军人不过二、三万人，其中的屯田兵也并非精锐战力。此次东征兵力不足，军队东拼西凑，言语各不相通，甚至战前还临时抽调了高丽首都守军四百五十八人。船队有九百条船，却只有六千七百名水手，平均一条船不到八人，小型船只尚可操作，但对远航的中大型船只来说，水手的数量就明显捉襟见肘。
可以说，从一开始，这只远征军就蒙上了一层阴云。虽说这支军队问题多多，但是也不是当时的日本所能抵御的。十月三日，元军从当时的高丽合浦港出航，两天后到达对马岛。弹丸之地的对马自然不是对手，守军全军覆没。稍作休整后，元军将对马付之一炬。十四日，元军登陆壹岐岛，守护代宗助国战败，城破自尽。十六日到十七日两天，元军攻打肥前松浦及平戸岛、鹰岛、能古岛。当地的武士集团松浦党虽然以水军闻名，但根本不是元军对手。交战不久，松浦党伤亡惨重，领地被毁。
◎ 北条得宗过所船旗（京都大学综合博物馆所蔵）
虽说元军进展顺利，但是因为一开始在对马停留时间较长，结果给了日本幕府预警的时间。对马失守后，九州的御家人在向京都、镰仓急报的同时，开始向大宰府集结。等元军登陆九州时，日方已基本集结完毕。
此战日方军队数量难以统计，最多有兵力十万的说法。不过从此战中，以领地稀少而被称为“无足之御家人”的竹崎季长，都纠集起五名郎党（武士的随从）参战来看，其余大小领主的总兵力应相当可观。
二十日，元军在博多湾早良郡的百道原登陆，遭到了以少贰景资为首的日军迎击。此刻的日本并无多少大规模战争的经验，当时日本人习惯的战争模式是以各级领主（御家人）响应征召集结在一起共同作战，在战术上也要比元军要落后。此外，元军还携带了当时最先进的火药武器参与此次东征。然而，由于在对马耽误了相当长的时间，准备充分的日军在博多湾以逸待劳，弥补了其战术和武器装备上的不足。战斗中，元军副帅刘复亨中箭受伤，元军士气受挫，退回船上。
◎ 博多湾海岸列阵指挥的日军总大将少贰景姿（《蒙古袭来绘詞》前卷绘2第9、10）
◎ 鸟饲潟之战（《蒙古袭来绘詞》前卷绘5、7、8·第17、23、27）
当天晚上，东征的蒙古军将领召开了作战会议，考虑到在付出副帅受伤的代价下，元军仍未能建立登陆场，而日军抵抗却是越来越顽强。去年攻打已经穷途末路的三别抄，蒙古、高丽联军尚且出动了一万二千人。此时攻打背靠本州的九州岛，日方远比三别抄兵力雄厚。日军于元至元八年（1271年）便已开始备战，元军却是元至元十一年（1274年）才开始赶造战船。再加上，东征军只有二三万人，一无人数优势，二孤立无援，虽靠战术先进和武器精良不落下风，但是其本质上，是与当时讨伐济州岛的态势是反过来的。而且由于隔海相望，即便战况不利，后方也无法及时派遣援军。于是，当晚多数将领建议就此撤退，结束这场莫名其妙的远征。而高丽军将领金方庆表示反对，认为虽然军队少而深入敌境，可以学项羽破釜沉舟、韩信背水一战，未必不能战胜日军，成功登陆。
平心而论，如果继续作战，元军是的确有可能成功登陆，对于竭尽国力出资“赞助”这次战争的高丽，也好能有个交代。然而在元帅忻都看来，用数量有限、后援后勤同时断绝的远征疲惫之师，与日渐增多的敌人作战，终究不是长久之计，更何况这是一支各种民族拼凑的军队，元朝也没必要对附属国有什么交代。于是当晚，远征军决定撤军。然而，赶工制作战船跟水手不足的恶果，在当晚的“会夜大风雨”给了元军以重创。元军“战舰触岩崖多败、军不还者无虑万三千五百余人”。第一次仓促上马的东征，就这样以一场滑稽的闹剧形式结束了。
◎ 敌国降服（筥崎宫伏敌门）
第二次东征：弘安之役
元军被“神风”掉了，还没能来得及做出什么反应的镰仓幕府不禁松了一口气。“神佑之国”之说顿时喧嚣尘上，全国范围内掀起了一股造神社寺庙的高潮。日本自大和国时代开始起源了一种“日本神国观”。在白江口惨败于大唐后，朝鲜人又趁机从海上袭扰，日本无法对抗，只能求神拜佛，因此又产生了一种“神风观”。借着这次胜利，这两种观念从上至下在日本国内蔓延并确立开来。镰仓幕府的威望也到了一个新的高度。日本人在从“元寇入侵”的巨大精神压力下解脱出来之后，萌生了这样的一个狂妄的想法：
“吾国乃神国！尔等蒙古人再强大，也强不过我们天照大神！”
广桥兼仲『勘仲记』文永十一年十月二十九日条「廿九日、辛未、土成 大岁前、厌对、阴、异国贼徒责来之间、兴盛之由风闻、武家边（关东）骚动云云、或说云、北条六郎（时定）并式部大夫时辅等打上云云、是非未决、怖畏无极者也、」
わが日本の朝は所謂神明の国也。神明の護り賜わば何の兵寇が近く来るべきや
（日本は神の国であり、神の守護によって敵国の船は攻め寄せない）
◎ 日莲曼荼罗本尊（立本寺藏）
日本是神明之国，有神明守护，与神国为敌，皆会受到神罚。
因此，当元至元十二年（1275年）二月，元朝的第七次使节团到达日本。日本人却将使团看做了神明送过来的祭品。至于“所谓两国交兵不斩来使”则被日本人认为那是人的规矩，跟他们“神国人”无关。于是在团长留下辞世诗后，这批使节被拉到镰仓的刑场，全部处死了。
忽必烈没能等到使节团回来，十月，新一轮的造船命令抵达高丽。然而，疲惫不堪的高丽根本无法短时间完成这项命令。而且主力军队仍在南宋的蒙古人，短时间也抽不出太多兵力和物资。于是元至元十三年（1276年）一月，造舰计划暂停。
元至元十六年（1279年），忽必烈又向日本派出了第八次使节团。不过考虑到上次的蒙古的使节一去不复返，忽必烈就想用跟日本贸易了上百年的南宋人去试试。于是忽必烈让南宋降将范文虎，派出周福、乐宗为首的第八次使节团，带着日本在南宋的留学僧晓房灵杲，翻译陈光，再一次去到日本。
◎ 《圣福寺古图》中所描绘的元寇防垒（圣福寺藏）
然而，留学僧也没能保住使节团的命，这次的使节团，比第七次还惨，他们连镰仓都没能去成，直接就在博多被全部处死了。
八月，逃回高丽的水手，带回了两次使节团被处死的消息。狂怒之下，原征东元帅忻都和洪茶丘，上奏要求自行讨伐日本，为使节团报仇。经过讨论，元朝政府认为在兵员、物质均不充分的情况下远征日本，又会是一次闹剧。于是，元至元十七年（1280年），忽必烈正式成立征东行省。蒙古人的战争机器，终于开始正眼打量日本这个化外蛮夷之国。
早在元至元十三年（1276年），镰仓政权在处死了第七次蒙古使节团之后，决定在“神明庇佑”之下，打算讨伐高丽，以报复前一年的蒙古东征。三月，少贰经资在博多湾征集水手船只。然而，不说中日两国之间国力对比了，此时的日本的国力比之高丽还更加不堪。在船只水手都无能为力的情况下，幕府放弃了这个不切实际的野望。但借着这次征集，幕府上下也多少知道了，能在短时间内投送数万军队来跨海远征的敌人，背后究竟蕴含了一种什么样的国力。于是，后世著名的“元寇防垒”，便在这样的背景下开始动工了。
◎ 今津地区残留的元寇防垒
这条沿着整个博多湾，长约20公里，高两米，厚度等同的石制堤坝，经过四五年的建设，终于在日本弘安四年（1281年）完工了。按总工程量计算，这道举当时日本全国之力的重要防御工事，其实一年不过1.6～2万方的石方量。换算成每天不过区区四、五十方。由此可见，日本国力当时是何等低下。如事先做好准备，蒙古人其实完全可以轻易地摧毁这个堪称羸弱的政权。然而，忽必烈并无多少吸取上次经验的念头。从设置征东行省到大都召集武将战前演说，不过区区一年时间，半年后就开始东征，前后不到一年半。而从高丽出发的东路军规模却扩大了一倍，也就是说，此时的所谓准备，只能说第一次相比略好，依旧是非常仓促。而江南军范文虎方则更为凄惨，元至元十七年（1280年）八月，才被命令组建军队规模高达十万，战舰3500艘的江南军。
相比而言，高丽经过1275年、1279年两次前期动员准备，加之其规模较小，虽然准备依旧很仓促，但是多少要比1274年的那次要好。但江南军不同，其准备地域在几年前刚被蒙古征服，其被战火所破坏的生产能力根本不可能这么快恢复。在短时间几个月时间组建如此空前规模的船队，其庞大数量之下的质量，基本可想而知。
◎ 在元寇防垒上布防的御家人（《蒙古袭来绘詞》后卷绘12第7）
忽必烈毕竟是蒙古人，对船最多只能有个外观和数量上的宏观感受，对船只建造、船型选择、材料要求不可能有多高深的了解。而作为征服者和皇帝，他要的只会是结果。于是，比之第一次更加儿戏的第二次东征，日本人所称的“弘安之役”，就这么爆发了。
元至元十八年（1281年）五月三日，征都元帥忻都、洪茶丘，率领三万蒙、汉军队，金方庆率领约一万高丽军队，从合浦沿着上一次的进攻路线，再一次出发了。对马跟壹岐在激烈抵抗后再一次被占领。东路军沿着老路，到达博多湾。但是这一次的博多湾，已经不是第一次的博多湾了。长达20公里的石堤封锁了整个港湾，可登陆地域也插满了木桩以阻挡船只靠近。
◎ 河口木桩（元寇史料馆藏）
无法在博多湾登陆的东路军，只能将目标转移周边。六月六日，东路军攻占志贺岛，将其作为东路军的船只集结地。当晚开始，日本军队数次夜袭志贺岛，均被蒙古军队击退。这战也暴露了洪茶丘的战争才能，他被数量不多的日军突入中军，逼到弃马而逃。东路军摊上了这么的一个指挥官，以凌驾日军的水师和军队战力，却蹉跎两个月而不得寸进，也就不足为奇了。
吓破胆的洪茶丘不敢在志贺岛继续待了。就这样，连战连败的日本人收复了志贺。打了胜仗的东路军却丢了阵地回到壹岐岛。指望洪茶丘这种人整顿军务不太现实，于是东路军就开始坐等江南军到来。到了约定集合时间的六月十五日，江南军还是没出现，东路军里却因为疫病流行而死亡三千余人。忻都跟洪茶丘就此萌生了逃跑的念头，但被众将所阻。过了十来天，东路军还是没能看到江南军的影子。忻都跟洪茶丘再次提出逃跑，被金方庆用忽必烈所命令的备粮三个月，即是合军为三月之期所挡。虽然东路军没能就这么直接溜回去，但是也没可能有多积极的态度了。于是，全军就这么蹲在海岛默默地消耗粮食。
◎ 志贺岛出战的日军（《蒙古袭来绘詞》后卷绘14第17）
◎ 江南军出航（《蒙古袭来绘詞》后卷·绘19第33、34）
其实在这段时间里，江南军还没来得及出发，因为第二次东征的总司令官阿剌罕病死了。在那个没有电报等现代通讯手段时代，江南军自然没办法去通知早已出发的东路军了。于是拖到六月十八日，江南军才硬着头皮出航，而三天前东路军差点就回家了。
七天后，江南军终于到达日本平户。但是整个东征军已经没了总司令，谁来协调指挥东路军和江南军？茫茫大海，指望现在回去找忽必烈也不现实，一来一回，等人来了，粮食早就吃干净了。失去了总指挥官，军中有才能的如东路军高丽将领金方庆，江南军的张禧等人因官职较低，无法节制长官。而两路军的指挥官却均不习水战，忻都跟洪茶丘的军事才能已经在志贺岛的独败中体现出来。当年以“日携美妾，走马击球军中为乐”闻名的范文虎就更加不能指望。好在东路军因船队水手均为高丽人，多少能受到金方庆影响，不至于船都停不好。张禧也只能顾着他手下的船队，间距五十步一条停泊，以防受到风涛相撞。至于其他人的舰船就毫无章法了。
◎ 江御厨海战（《蒙古袭来绘詞》后卷·绘16第26、27）
◎ 鹰岛海底出土的铁制元军炸弹（松浦鹰岛历史民俗资料馆藏）
六月二十九日和七月二日，日军两次反攻壹岐岛，均大败而还。前镇西奉行少贰资能受伤，日军指挥官少贰景资侄子少贰资时战死，战况堪称激烈，因此日军也放弃了继续反攻壹岐岛。但还是如同志贺岛一般，没什么战心的元军指挥官不想提心吊胆的等着日军来攻，于是东路军就这么丢了壹岐岛，去平户岛找江南军了。结果因为元军指挥官怯战，日军虽然两次连战连败，却依然夺岛成功。
直到七月二十七日，没有协调者的东路军和江南军终于磨磨蹭蹭的集结完了。二十八日东征军攻灭鹰岛守军，将主力往鹰岛转移。此后忻都、洪茶丘和范文虎等人终于开始在平户和鹰岛修筑工事作为前进据点。只可惜已经太晚了。七月三十日夜晚，“神风”来了。
江南军所辖船只除了平户岛上的张禧部，其他全部被风摧毁，而东路军的高丽人船只损失则相当轻微。虽然总体上，元军船只损失相当惨重，但是毕竟元军已经修筑完成工事，在鹰岛上依旧有超过十万军队。不过吓破胆子的范文虎力排众议，要求逃跑。虽说范文虎此人几乎一无是处，不过其逃跑之时到是豪气干云，表示如有责罚将一人承担。长官如此，部下无言以对。于是指挥官们丢下了鹰岛的十来万军队，就这么溜了。
被遗弃的鹰岛军队在断粮之后很快覆灭了。除了工匠和农民出身的部分俘虏外，其他人均被日本人所屠戮，鹰岛也从此改名白骨山。如此空前绝后的巨大胜利又一次挽救了镰仓幕府，“蓦直去”这个留学僧无学祖元开解北条时宗的偈语，也借此成了日本的成语。
这样强弱对比悬殊的战争都赢了。日本人自认为神佑之国的心理暗示就又加深了。然而，就算是再暗示自己是神国之人，但不吃饭还是活不下去的。抵抗蒙古入侵所带来的沉重军役严重打击了御家人的庄园经济。而对元寇的战争，镰仓又不能从中得到一分钱好处，有的只是付出。付出财产乃至生命的御家人在大胜之后要求回报，镰仓却无法支付这项巨额的报酬。于是大胜之后，日本方面就发生了御家人的恩赏问题。
没钱可赏的镰仓幕府想到一个好主意：何不学当年的对马国跟松浦党，趁着神佑出去抢国力凋敝的高丽人？镰仓幕府的想法跟当初忽必烈东征日本的出发点很类似：远征成功，所获财务和土地能用来赏赐；远征失败，自然也没人来要赏赐了。于是镰仓任命少贰经资和大友赖康为总大将，动员九州的御家人，顺便把大和、山城这等京畿重地里，在传教和祈祷神国之时，变得更加庞大的寺庙恶徒（僧兵）们，也都统统送上船去。虽然，镰仓幕府的算计很好，但御家人和和尚们也不蠢。于是前几个月反击元寇之时，还能运送几万兵去壹岐岛的船跟水手全都原地消失了，没钱拿的御家人罢工了。
这边镰仓幕府还在苦恼赏赐的问题，那边得到惨败消息的忽必烈已经暴跳如雷了。偏执发作起来的元世祖又开始下令高丽江南各地建造3000条船只，准备第三次东征。可江南各地刚刚结束战乱，不久之前就为了第二次东征已经被大规模征发过一次船只和军队，这次又是短时间更大规模的强征，自然无所可征了。于是忽必烈下令江南各地砍伐树木造船，连寺庙金额坟墓的树木都没放过，更直接扣留民船、商船。结果逼得不堪其苦的江南烽烟四起，于是导致第三次东征计划就此夭折了。
可这时，忽必烈还想东征的消息已经传到了日本。御家人的恩赏问题随着元寇再次来袭的消息被按捺下去，拿不到钱的御家人和没钱的幕府只能硬着头皮再次加强九州防御。然而，这次的元寇却再也没有到来。忽必烈曾于1283年、1284年、1292年三次启动东征计划，但最终都因各种原因而不了了之。忽必烈没能等到船队再次出发，就于元至元三十一年（1294年）撒手人寰了。当然他的“对手”，镰仓幕府将军的北条時宗比他去的更早。就在日本听闻元寇第三次袭来的日本弘安七年（1284年）四月，巨大的精神压力让这位第八代镰仓幕府执政在34岁的时候就早亡了，死因据说是心脏病。由此可见，虽然日本人后来用“神风”麻痹和暗示自己，但蒙古入侵确实给当时日本国带来了从上到下的巨大恐惧感。
之后发生的一件事情可以作为验证。元至大二年（1309年）镰仓幕府的商船在中国明州，与当地官府起了冲突，船上的硫磺被焚毁。第二年消息传回国内，惧怕“元寇袭来”的日本上下立刻来了一次风声鹤唳。御家人自然又是一轮长时间的军役和工事休整。草木皆兵的日本人，则开始在全国范围内，掀起来了新一轮大规模翻新扩建神社寺庙的运动，以进行“神佑之国，异国来贼神明降服”的祈祷，给自己打气。不过日本人的这种恐惧感，也带来了一个好处，那就是镰仓幕府开始努力压制倭寇了。
御家人的破产与意淫下的狂妄
“元寇袭来”之前的倭寇，出发地多为对马、松浦两地，在“元寇袭来”的背景下，这两地成为了应对“元寇袭来”的军事最前沿。“元寇”之前倭寇的主要根据地、集结地、出入口全部被幕府控制。为了避免刺激元朝和掌控地方，除了防备元军登陆的“异国警固”之外，镰仓幕府还严格的执行着倭寇禁压的“海贼警固”政策，从而第一次垄断了本国的船只和港口。垄断，从来都是高额利润的代名词。镰仓执政北条氏借着元寇袭来，独占了中日贸易，从中攫取了高额利润。为了能更好赚取利润，镰仓幕府此后一直都非常努力压制倭寇的出现。于是东北亚海域，迎来了一个长达数十年的安全期。
也就是说，“元寇袭来”反而使得早就出现的倭寇暂时消失了。前文中新安冲沉没的北条得宗所属商船，上面那成千上万的陶瓷和几十吨的铜币就是最好的铁证。在铁一般的事实面前，任何企图将倭寇行为，说成是为了反击“元寇入侵”。妄图将倭寇的掠夺和杀戮披上一层正义化外衣的行为都是可笑和可耻的。
不光是镰仓幕府从垄断中获利颇丰。在越来越兴盛的中日贸易影响下，新商品、新技术，以及大量货币不断涌入日本，日本的商品经济得到了急剧发展。但日本传统的庄园公领制，也被冲击得摇摇欲坠了。而因“元寇袭来”而产生的沉重军役负担，则最终宣告了日本庄园公领制的死亡。结果在“元寇防御战”中，未能得到多少好处的御家人纷纷破产。御家人是镰仓幕府的军队，而军队是政权的基础。于是，北条時宗死后，幕府于弘安七年（1284年）和永仁五年（1297年），两次颁布德政令。法令规定：御家人不得将领地出卖或典当给非御家人，非御家人已经取得的御家人领地必须无偿返还，幕府不再受理与御家人借贷相关的诉讼纠纷。
◎ 新安冲沉船出土中国铜币（韩国国立中央博物馆《新安海底文物》）
这种政府以行政命令，公然为御家人赖账的行为，在解决了一时燃眉之急后，带来的是更大的恶果。应对元朝的大规模军队，幕府必然要相应的扩大军队规模。而在庄园公领制下，军队的支出是由领地提供的。军队的扩张，使得越来越多的庶子、非御家人进入军队。军事贵族——御家人的领地不可避免的被细分化，以至于最后无法支持，产生大量无足御家人。而元朝大规模集团作战模式，又迫使镰仓军队改良军制，削弱御家人每个大小军事团体的独立性，从而提高军队整体的凝聚力和战斗力。元朝军队的外在压力，使得镰仓政权的集权达到了空前。
然而这个辉煌是建立在本身统治基础瓦解上的，经济和政治上双重崩溃后，吃不饱饭的御家人就成了“恶党”。后世日本著名的军神楠木正成，便是这时的其中一员。在日本“恶党”逐渐泛滥的同时，镰仓幕府也逐渐走向了灭亡。
元弘元年（1331年），元弘之乱爆发，后醍醐天皇联合“恶党”，以及不满镰仓的御家人们，展开了声势浩大的“倒幕运动”。失去领主支持的盟主在短短两年内迅速灭亡，北条氏一门在各地的嫡系被纷纷逐杀。元弘三年（1333年）七月四日，大势已去的镰仓幕府第十四代执政北条高时，及其幕府中枢800余人自尽，镰仓幕府灭亡。
镰仓幕府的灭亡，本质上是经济和政治的双重破产。日本国内重新洗牌后再次分配资源，是这场倒幕运动的本质所在。然而后醍醐天皇并没有认清这一点。当时日本国内，因为商品经济发展对庄园公领制度的冲击，以及几十年长期战争和备战的原因，在维护军事贵族利益这一块的资源上的空缺，并不是消灭了一个镰仓所能填补的。因此后醍醐天皇在根本的土地再分配上，试图重新建立天皇权威的“建武新政”，遭到了武士阶层的反对，仅仅进行了三年就维持不下去了。1336年，足利尊氏拥立光明天皇，成立北朝，室町幕府建立。后醍醐天皇逃到吉野，建立南朝。自此日本分裂为南北两个朝廷。
◎ 镰仓时代稚刀（誉田八幡宮所蔵）
由于北朝代表着武士阶级的利益，拥有多数武士支持的北朝，在军事上自然有了压倒性的优势。正平三年（1348年），日本南朝吉野行宫被北朝攻占，军事上的敌人败逃之后，战争之下被掩盖的经济和政治问题又再一次凸显。希望打破庄园制的革新派，和希望维护旧秩序的保守派矛盾日益激化。说白了，经济问题还是没有得到解决。于是1350年～1352年，室町幕府的内讧达到了顶峰，“观应之乱”爆发。
绵延不断的战乱严重损害了政权的控制力，崩坏中的庄园制又进一步加剧了基层的动荡。战争破坏生产，生产不足则粮食不足，粮食不足又进一步的推动着战争。这是一个近乎无解的循环，但以日本武士看来，高丽国就是打破这个循环的关键。
日本南朝正平四年（1349年），室町幕府的足利直义在政治斗争中落败，其义子足利直冬逃亡九州肥后，使得本来就已经相当复杂的九州各地方势力的关系，变得更加复杂起来。刚到九州的直冬与太宰府少贰赖尚为相互敌对。日本南朝正平五年（1350年）二月，足利直冬进攻太宰府和博多两地。四月三日，镇西管领一色直氏军队出发进攻肥后，少贰赖尚当时处于被两军夹击的状态。兵马未动，粮草先行，少贰赖尚身为武将，这点也不例外，然而有个奇怪的地方是，他要求兵粮米确保的任务，却是交给了对马岛的代官宗氏。
“始度一海千余里 至対马国 其大官曰卑狗 副曰卑奴母离。所居絶岛，方可四百余里。土地山険、多深林；道路如禽鹿径。有千余戸。无良田，食海物自活，乘船南北市籴。”这是魏书里对对马岛的物产形容——“无良田”。自己粮食都不足的对马岛，如何确保少贰赖尚所领有的，筑前、丰前、肥后等地的军队粮食供应呢？对马作为日本朝鲜之间的贸易中心，距离朝鲜半岛又近，熟知高丽地方租税漕运过程中调达的港口和航线。近百年前的对马海盗就抢劫过高丽的漕运粮船，少贰赖尚要求对马确保粮草供应的潜台词昭然若揭。
就这样，日本人把手里的刀，对准了隔壁的高丽人。消失了数十年的倭寇再次出现了。他们将以更加庞大的规模，重返朝鲜。这次倭寇的出现无关所谓对元寇的仇恨，仅仅处于对于掠夺的渴望。
为什么一开始是朝鲜？让我们把目光转回元寇袭来，当时的室町幕府两次试图渡海反击高丽，因财力、国力有限而被放弃。现实中的日本不能拿朝鲜怎样，只能在自己的想象里，狠狠地羞辱朝鲜。早在公元七世纪，唐朝和新罗联军，在白江口之战中将大和军队打的海水尽赤，也就在这个时间段，日本历史上并不存在的神功皇后被虚构出来。日本在现实中被大陆和半岛军队打的落花流水。日本当然不敢惹庞大的中华帝国，于是便将新罗在神话和文献里至于朝贡国的地位，除中国外日本最高。“日本乃日出之国，就算不如华夏，也不能比隔壁邻居差吧。”这种为了填补在现实中惨败，导致精神上的空虚而造就的虚妄言论，成为了日本人的精神寄托。日本在一边把自己置于中国朝贡国地位的同时，也学习中国构筑日本自己的朝贡体系，现实中没朝贡国，那么就在神话里编一下。于是蔑视邻国的思想，在日本政府的刻意推动下迅速在日本上层普及。
752年，距白江口之战过了大约一百年，日本在宴请新罗使节时，对新罗已经这样说了：“新罗国来奉朝廷者，始自气长足嫒（皇太后）平定彼国，以至于今，为我番屏。”第二年，在唐朝含元殿朝贺礼上，日本与新罗争前后席位，日方使节古麻吕也是这个调子：“自古至今，新罗之朝贡日本国久矣”。这种莫名其妙的把新罗至于日本朝贡国的行为，当然引起了新罗的不满，作为对日战争中战胜国之一的新罗，也绝对不会因为日本嘴上说几句，就行朝贡礼节。因此，日本经常在奉祀那位神功皇后的神庙里状告新罗无礼。
这种令人哭笑不得的行为一直被延续到新罗的后继者高丽身上。1079年底，中风的高丽王文宗因中风致书国外寻求良医。而日本在接到国书后，直接予以拒绝，高丽国正常的国书致辞在洗脑的日本人眼里成了无礼之词。“抑牒状之词，颇睽故事，改处分而曰圣旨，非番王所称，宅暇陬而跨上邦，诚彝伦攸斁”。《续古事谈》中将这件事中日本人的优越感，借源经信之口表现的淋漓尽致：“高丽王患恶疮而死，对日本有何不妥？”
