一 太平天国的兴起
洪秀全的早期活动及广西局势
鸦片战争结束后，清政府并没有从战败中警醒，积极求变，而是无视危机与挑战，依然抱残守缺：传统的夷夏观念没有变，兵制等祖宗成法没有变，吏治腐败、文恬武嬉的现象没有变，地少人多问题没有减缓，从而使中国积弱积弊的状况没有得到应有改变。另一方面，清政府又在西方列强的武力威胁下被迫接受一些变化，诸如割地赔款、五口通商、设立租界、领事裁判权、传教士的涌入等。这些变化既引发了新矛盾新问题，同时又使旧矛盾旧问题进一步激化，两者交汇，最终导致清政府陷入严重的内外危机，其标志为太平天国的兴起和第二次鸦片战争的爆发。
说到太平天国的兴起，必然要论及洪秀全的早期活动，特别是他的思想变化。
洪秀全1814年出生于广东花县（今广州市花都区）一个客家村落，7岁入私塾读书，满心博取功名。16岁起先后四次参加科举考试，均名落孙山，精神颇受打击；1836年（丁酉年）第三次科考落榜后大病一场，病中产生一些梦幻感觉，对科举仕进感到绝望，同时自视甚高，不甘以设馆授徒了此一生，这构成洪秀全此时的主要心态。1843年，他偶读基督教布道手册《劝世良言》，对书中抨击世风日下人欲横流的言辞产生共鸣，尤其是自我认为书中述及上帝的细节与自己丁酉年升天异梦的情节两相契合，由此产生强烈的心理暗示，认为自己便是上帝指派来挽救世道人心、使中国重新信奉真神上帝的人。以此为转折，时年31岁的洪秀全走上用“良言”来劝世、救世之路。
不过，洪秀全起初的布道活动并不顺利，仅说服其家人以及密友冯云山、族弟洪仁玕等皈依上帝。1844年春，洪秀全、冯云山结伴离乡传道，沿途信从者寥寥。接着，二人远赴广西浔州府贵县（今贵港）赐谷村，半年内发展了一批以客家人为主的信徒。返回花县后，洪秀全在教书之余继续布道，并陆续撰写一些宗教宣传品，苦口婆心地劝人拜上帝、不拜偶像，做正人、行善事。《原道醒世训》一文还明确流露出改造社会的意识，宣称上帝是天下凡间大共之父，“天下多男人，尽是兄弟之辈；天下多女子，尽是姊妹之群”，只要人们珍惜手足之情，习善正、弃奸邪，便可以“行见天下一家，共享太平，几何乖离浇薄之世，其不一旦变而为公平正直之世也”。
洪秀全通过《劝世良言》，根据自己的理解来诠释上帝信仰，可谓无师自通。1847年春，在广州民众群起反对洋人入城的背景下，洪秀全来到美国传教士罗孝全（I.J.Roberts）设在广州的教堂学习基督教教义，每天接受两小时辅导。不久正式申请入教，但因提出入教后的生活保障问题而被视为动机不纯。因受洗不成，洪秀全再度前往广西。这成为他人生的又一转折点。
在桂平县紫荆山，洪秀全与滞留广西的冯云山重逢，得知后者在两年多时间里终于打开局面，在当地发展众多信徒，形成一个名为“上帝会”[2]的宗教组织，不禁喜出望外。他以教主身份主持传教。有关他的种种神秘传闻在四乡不胫而走，上帝信仰迅速传播到周边数县。因势力坐大且捣毁当地神像，上帝会引起乡绅的敌意。同年底，紫荆山生员王作新率众捉拿冯云山未逞，遂向官衙指控冯云山等人“结盟聚会”“践踏社稷神明”，吁请将其“严拿正办”。冯云山被羁押，骨干信徒卢六在关押期间病亡。洪秀全为搭救冯云山，来到广州求助，未有结果。桂平县衙最终草草结案，将冯云山以无籍游荡之名递解原籍管束。冯云山事件前后历时半年多，给上帝会带来不小震荡。在洪秀全奔走广州、冯云山被押期间，紫荆山上帝会内部因群龙无首而陷入纷扰，不少人诡称神灵附体，各自发号施令，其中包括以种山烧炭为生的杨秀清、萧朝贵仿效当地降僮巫术，分别托称天父（上帝）、天兄（耶稣）附体下凡。洪秀全返回紫荆山后，承认了杨、萧的特殊身份。
广西是当时长江以南社会问题最复杂、社会矛盾最尖锐的一个省份，主要体现在三个方面，即民生问题、民族问题、土客问题。
广西山多地少，且耕作粗放，水利落后，单位面积产量较低，素称“地瘠民贫”；随着人口持续增加，地少人多的矛盾变得越发尖锐，而土地兼并现象却愈演愈烈，大量自耕农、半自耕农破产，沦为佃农或游民。另一方面，由于长期过度垦殖，广西生态环境不断恶化，森林面积锐减，水土流失加重，不少山田旋垦旋荒；在平原地带向河滩争地则导致河道淤塞，引发水灾。这使得广西抵御自然灾害的能力十分脆弱。在道光朝，广西境内灾害频仍，几乎连年不断，使民生问题雪上加霜。
广西原是百粤（越）杂处之地，秦代始有汉人迁入，而以清代规模最大、持续时间最长。各民族共同为开发广西作出了贡献，但彼此间也不同程度地存在着隔阂与冲突。清雍正年间实行改土归流后，广西仍保留26个土州、4个土县以及3个长官司。两种体制并存，从侧面反映了民族间存在的壁垒，有碍政令畅通。而官府对各民族不能一视同仁，官方文献常将“民瑶”并称、视瑶族同胞为“化外之民”，便是一例。在多民族杂居的情形下，民族关系处理不慎，极易引发族群冲突或民变，造成社会动荡，如乾隆年间柳州府境内壮、瑶为争夺土地而仇杀，嘉庆年间西隆州苗民抗官起事，道光十二年（1832）贺县瑶民起事。
“来土之争”则更为白热化，争斗双方不完全按照族群来划分，而是依是否是土著或入籍早晚来划分。“来人”主要泛指清初以来自广东惠州、潮州、嘉应州迁徙入桂的客家人；“土人”指壮、瑶等土著民族，也包括那些入籍已久反客为主的汉民。随着客民人数不断增加、分布区域越来越广，土客之间常为争夺耕地等发生冲突。双方以血缘、地缘关系为纽带各分营垒，动辄为睚眦之怨械斗，给社会带来极大破坏和震荡，成为广西境内一大严重的社会问题。
耕地是民族、土客纷争的焦点。因此，民族问题、土客问题说到底也是民生问题，是其特殊表现形式。从本质上讲，广西社会矛盾如此尖锐复杂，其根源在于官府疲玩泄沓，残民以逞，贪墨成风。民不堪命，势必铤而走险。钦差大臣赛尚阿1851年夏奏报桂湘两省官习民情时承认：“州县各官，胆大贪婪，任听家丁者十居八九。百姓受其欺凌，终无了期，往往铤而走险。奴才日接呈词数十张，多系控告书差、家丁舞弊者……粤西之匪蓄谋已非一日，缘大吏因循、州县逼迫所致。”[3]
道光末年，以天地会为主体的民间拜会结盟现象在广西迅速滋蔓，形成“盗匪如毛，会党纷起”局面，其骚动形式逐渐从单纯的打家劫舍、劫富济贫向公然对抗官府过渡，“小之开角打单，大之攻城劫狱，浸成燎原之势”。[4]民变大潮与土客械斗、民族纷争相交织，使广西社会陷入剧烈动荡。面对这一局面，广西当局方寸大乱。与邻省相比，广西统治力量存在先天不足：一是官员少，且人心不稳；二是驻军少，且编制混杂；三是经费少，财政不能自给。而文恬武嬉、营伍废弛的积弊又进一步削弱了其应变能力。因此，当境内发生局部骚乱时，广西当局尚能应付；一旦出现民变蜂起局面，便顿时陷入缺兵少饷的窘境，难以招架。州县官因而如坐针毡，“不愿到任视事，每下檄严催，始行登程。民不聊生，官亦不聊生，可为太息”。[5]于是，各州县对境内骚乱大多隐匿不报，一味敷衍了事。乡绅为求自保，纷纷出面举办团练，在牵制天地会的同时，客观上削弱了官府对基层的控制力。有些团练还卷入土客械斗等私人仇杀，从而加剧了局面动荡。
冯云山事件正是在上述背景下发生的。它使洪秀全意识到，用道德说教方式来扭转世道人心，即便在紫荆山也行不通，而纷扰的时局更使他强化了这种认识，故而表示：“过于忍耐或谦卑，殊不适用于今时，盖将无以管镇邪恶之世也。”[6]上帝会成员以穷苦人居多，对社会现状的不满情绪蓄积已久。李秀成后来回忆说：“自教人拜上帝之时，数年未见动静。自道光廿七八年之上下，广西贼盗四起，扰乱城镇，各居户多有团练。团练与拜上帝之人两有分别。拜上帝人与拜上帝人一和〔伙〕，团练与团练一和〔伙〕，各争自气，各逞自强，因而逼起。”[7]1848年冬，洪秀全等人正式确立反清意向——萧朝贵以天兄名义与洪秀全对话，称洪为“胞弟”，确认了他作为“日头”即天子的身份，并在内部秘密进行打江山的动员。自此，上帝信仰被赋予鲜明的政治色彩，从单纯的道德说教转为倡导斩邪留正、创立新朝；上帝会也从单纯的宗教团体转变为一个秘密反清组织。广西之所以成为太平天国的策源地，其根源在于它是长江以南社会矛盾最尖锐、清政府统治力量最薄弱的一个省份。
从金田起义到定都天京
洪、冯、杨、萧以及韦昌辉（原名韦正）、石达开，构成密谋起义的核心层。1850年初，天兄（萧）在紫荆山召见络绎而至的各地骨干信徒，叮嘱众人要保密，真心拥戴已秘密称王的洪秀全。起义进入具体酝酿阶段。4月5日，即咸丰帝举行登基大典后不到一月，洪秀全在紫荆山悄然黄袍加身。他利用动荡时期人们普遍存在的避祸求福心理，数次以上帝名义发布预言，宣称灾劫将至、“人将瘟疫，宜信者则得救”等。随后预言果然应验，广西数县发生瘟疫，贵县爆发惨烈的土客械斗。于是信从上帝者愈众。8月初，洪秀全家属被专人从广东接至紫荆山。与此同时，上帝会核心层由近及远，向各地会众发出到紫荆山南麓金田村“团营”的号令。金田村成为起义队伍集结地和策划起义的大本营。时值杨秀清患病，团营事宜主要由萧朝贵、韦昌辉出面主持。洪、冯则转移到平南县鹏化山区密藏。
桂平境内会众最早集结。外地会众也纷纷变卖或处理家产，各按地域聚集，举家举族扶老携幼，从四面八方开赴金田；不少队伍遭官绅堵击，未及招齐人马，且拒且走。为尽量聚齐队伍，天兄（萧）示意“千祈秘密，不可出名先，现不可扯旗，恐好多兄弟不得团圆矣”。[8]此时，广西全境以天地会为主体的武装暴动此起彼伏，且纷纷打出“替天行道”“杀官留民”等旗号。年近七旬的广西巡抚郑祖琛求援不得，束手无策。广西提督闵正凤四下活动调任一事，想一走了之。左江镇总兵盛筠见局面失控，干脆告病撂挑子。到1850年夏秋，广西已大局糜烂，“贼视攻城剽邑几如反手”。[9]在全省狼烟四起的情况下，各地勇练自顾不暇，对过境的团营队伍不敢穷追猛打，而是驱逐出境了事。接悉修仁、荔浦县城被天地会攻陷的奏报后，咸丰帝这才意识到事态严重性，赶紧指派钦差大臣、对广西进行人事调整，并相继抽调滇、湘、黔各两千名官兵驰援，欲从速镇压天地会。如火如荼的天地会暴动牵制了广西官府的主要兵力，分散了其注意力，使金田团营得以避免夭折。
11月初，杨秀清病愈视事。除广东信宜凌十八外，各路人马的主干陆续聚集金田并接受整编，打破家庭结构，按性别划分男营、女营。12月末，杨秀清派兵接应洪秀全、冯云山自平南返回金田。数日后击溃前来围剿的清军。
1851年1月11日（道光三十年十二月初十），参加起义的男女老幼约两万人在金田庆贺洪秀全38岁生日和起义的胜利，定次年为太平天国元年。今人以这一天作为金田起义纪念日。十天后，钦差大臣李星沅奏曰：“广西贼势披猖，各自为党。如浔州府桂平县之金田村贼首韦正、洪秀全等私结尚弟会，擅帖伪号伪示，招集游匪万余，肆行不法……近日恃众抗拒，水陆鸱张，实为群盗之尤，必先厚集兵力，乃克一鼓作气，聚而歼之。”[10]清政府这时才总算明白，金田太平军才是广西最具威胁、最难对付的力量。
太平军随带大量妇女老幼，实际作战兵力仅三千人，面对兵力、武器、给养均占优势的清军的围追堵截，不得不避实就虚，在周边地区迂回作战。但清军将帅不和，各部不能协同作战，士气低落，且不习水土。署广西巡抚周天爵赶至武宣县城堵截，不意“带兵一百名，如驻马嵬坡，皆不愿走也；路上募（勇）一百名，又如石壕驿，未走先哭”；而城中居民已逃避一空，“问县官刘作肃有何准备，答云‘只有一绳’，则大哭”。[11]而太平军士气明显占优，连妇女也踊跃参战，且熟悉地理环境，凭险据守。此消彼长，使太平军在被动中掌握一定的战略主动，一直牵着清军鼻子走，并在转战过程中实现了继续招集上帝会兄弟的目的，虽迭经恶战，但兵员仍有扩充。9月25日，太平军一举攻克永安州城（今蒙山）。清军四面围攻，却迟迟不能拿下这座蕞尔山城。洪秀全在城内抓紧进行政权建设：诏封杨秀清等五人为王；重定正朔，创建天历；刻印专论礼仪制度的《太平礼制》等书籍。清广西按察使姚莹分析说：“窃谓人心齐、地理熟、胆气旺，此三者贼之所长而我之所短也；火器精、粮饷足、兵勇众，此三者我之所长而贼之所短也。”[12]而人心、胆气成为左右战局的主要因素。时人有诗讥讽清军道：“固垒深沟容贼据，缺斨破斧转心寒；孤城在望无人近，半载甘从壁上观。”[13]
1852年4月初，太平军撤离永安。旬日后逼近省城桂林，围攻月余未下，遂移师攻下兴安、全州，沿湘江北上。清军前堵后追，南王冯云山在蓑衣渡之战中炮身亡。太平军跳出广西，6月上旬进入湖南境，进占道州。湖南社会矛盾同样十分尖锐，境内天地会和白莲教分支斋教十分活跃，连日投效太平军者达三五千人。战火蔓延至湖南，湖广总督程矞采为广西围剿不力叫苦不迭，认为“不得因壤地攸分，遂置妖氛于不顾，为丛驱雀。贼皆自粤而来，不得以窜入湖南为了事”，[14]并抱怨广西兵勇“每遇贼踪窜至，率皆尾追，从不敢迎头堵剿”。[15]然而，太平军占领道州当日，程矞采却以移护省会为名，微服坐渔船弃衡州（今衡阳）而下，以致沿途居民惊骇不已，迁徙纷纷。时人有诗讥讽道：“粤西贼匪尚天涯，走尽湖南十万家；莫怪湘民俱胆落，制军先已下长沙。”[16]更有甚者，太平军刚开进湖南，湖北巡抚龚裕便以不谙军旅现复患病为由请准开缺，欲趁早规避风险。
太平军在道州休整近两月。清军组织不起像样的进攻；在太平军弃城东进后，又摸不清其进军路线，只得四面设防，顾此失彼，且大多不敢迎头拦截，追击则不堪露宿风餐之苦，故而被拖得疲惫不堪，始终撵不上太平军。太平军避实击虚，旬日间疾驰数百里，8月17日克郴州。两旬后，率部先行北上的西王萧朝贵在指挥攻打长沙时中炮，旋伤重殒命。太平军主力赶至，在腹背受敌的情形下强攻长沙81日未下，遂移师宁乡北上，出洞庭湖。年已76岁的湖北提督博勒恭武驻防岳州府城（今岳阳），闻警弃城而逃。12月13日，太平军占岳州，四日后水陆并发，向湖北推进。在湖南半载，太平军前后扩军四万人左右，声势大振。
1853年1月12日，太平军攻克湖北省会武昌，在此休整筹粮。人心向背成为左右战局的一个重要因素。太平军军纪较严明，而清军纪律松弛。署河南巡抚琦善承认，各路援兵自调拨后，“多以需索骚扰为事……甚至掳掠奸淫，无所不为。百姓受其荼毒之害，隐忍莫诉……是以民间有‘畏兵不畏贼’之谣”。[17]自广西一直尾追太平军的署湖北提督向荣亦云：“无如军营积习，疲玩颟顸……其益阳、临湘、咸宁并现在之黄州府、武昌县，各文武均不能婴城固守，乍闻贼至，即弃城先遁，以致百姓纷纷迎贼入城。”[18]
2月9日，太平军撤离武昌东下，帆幔蔽江，衔尾数十里。一路高歌猛进，连下九江、湖口、安庆等地。3月12日，水陆合围江宁府城（今南京）。19日破城而入，次日攻陷八旗驻防城，完全控制江宁。太平天国不久宣布在此建都，改称天京；以清两江总督署为天朝宫殿，俗称“天王府”。
为镇压太平军，清政府在两年多时间里先后更换、任命九个钦差大臣，[19]调动十余省军队，耗费饷银两千余万两，但由于统治机器失灵，战局愈益恶化，其各种弊病在战争中暴露无遗。太平军始终遭清军围追堵截，起初处境险恶，靠避实击虚来保存实力；攻克永安后赢得喘息休整之机；进军湘鄂开拓了新空间，兵力大增，逐渐掌握战场主动权；攻克武昌后完全占据主动，乃至沿江东下，一路势如破竹，占据东南第一都会江宁。从金田村到江宁城，太平军先后转战六省，跋涉转进数千里，从星星之火渐成燎原之势，兵力从三千人扩充至十万人左右，攻占大小城池近40座。兵锋所及，清地方政权被冲击得七零八落，大多处于瘫痪状态。以安徽为例，“由省会以及沿江各州县，被兵以来城中均无官长”。[20]
以定都为标志，太平天国结束流动作战状态，进入以天京为中心开疆辟土的新时期。
二 太平天国与清政府的对峙
战局之演变
武昌、安庆、江宁三座省城在70天内相继陷落，清方惊呼“此我朝二百余年未有之变也”。1853年3月31日，天京太平军轻取镇江府城，威胁苏杭财赋之区；次日，又占据北路咽喉扬州府城。三城在南北两岸构成犄角之势，导致清政府南北中梗。清廷赶紧调整部署，由钦差大臣向荣率重兵屯扎天京城外孝陵卫一带，另分兵驻扎丹阳窥伺镇江，是为江南大营；另由钦差大臣琦善率重兵屯扎扬州近郊，是为江北大营。南岸主攻，北岸主守，重点防止太平军自扬州北上威胁京畿。
5月中旬，为攻取北京，林凤祥、李开芳等率两万余人从天京出发在浦口登陆，揭开北伐序幕。太平军自皖北渡过淮河突入河南，在巩县渡过黄河天堑。因久攻怀庆府城（今沁阳）不下，且清军调集重兵防堵北路，被迫绕道山西东进，翻越太行山插入直隶。北京人心惶惶，部院各衙门纷纷告假。太平军迅速推进，在泊头镇沿运河北上，破沧州，10月末进占天津附近的静海县城和独流镇，距北京仅二百余里。在不到半年时间里，北伐太平军转战数省，行程达四五千里，扩军至四万人。按照事先部署，林凤祥等就地驻扎等待援军。
太平军主力部署在天京一线，能否抽调援兵北上，取决于南方战场的走势。同年6月初，太平天国发兵万余人溯江西征，旨在避实击虚，开辟上游版图作为天京屏障和粮饷供给之地。西征太平军再克安庆，连下彭泽、湖口，但攻打江西省会南昌93天未下。翼王石达开亲赴安庆主持西征后，攻势得到加强。太平军占九江，攻克清安徽临时省会庐州（今合肥）；旋在湖北发起攻势，进逼武昌。
然而，随着与湘军接战，太平军的势头很快受到遏制。
自广西起，清政府为尽快镇压太平军，一直在忙不迭地抽调军队，但迟迟不能实施有效围剿，军事危机反而日渐加重。除战略战术的因素外，其原因主要有三：一是作为经制兵的绿营、八旗积弊甚深，总体上将不知兵、兵不习战、战不用命，且军纪松弛；二是前线大军均系仓促拼凑而成，各存门户之见，很难步调一致，甚至胜则相妒、败不相救；三是各路人马奉调后须长途跋涉，沿途又因自身不带长夫、事事责成州县而逗留迁延，以致行进迟缓贻误军机，且扰累地方甚巨。至于各地招募的壮勇多为无业游民，大半唯利是图，既无节制纪律，又无忠勇之气。而官府倡首、乡绅自办的团练仅是辅助性武装，也不足深恃。
在湖南湘乡（今双峰）守制的前礼部侍郎曾国藩深知这些弊病，遂利用奉旨帮办团练之机，按照“别树一帜”“改弦更张”的思路，历时年余组建了1.7万人左右的队伍，自号“湘勇”，后因独当一面声名鹊起而被称为“湘军”。湘军之“新”体现在：刷新营制，且重视冷热兵器、水陆两军之配合；精神面貌新，地域化、私人化色彩甚浓；重视训练，积极备战；饷项从优，自办军需，自筹粮饷。于是，曾国藩借团练之名、行壮勇之实、充额兵之用，创建了一支有别于八旗绿营、具有较强凝聚力战斗力的新式军队，从而改变了战争态势。
太平军于1854年2月27日占湖南门户岳州，13天后逼近长沙，遭湘军堵击。太平军在首次交锋中失利，不到一月便退出湖南。未几，太平军增兵反攻，击退湘军，形成南北夹击长沙之势。4月末，湘军反扑靖港失利，曾国藩投水自尽，被部属救起后败退长沙。但在同时进行的湘潭会战中，湘军以少胜多；太平军阵亡近万人，导致全线溃败，退守岳州。曾国藩抓紧休整，重点整顿水师，包括造新船、添购洋炮。
在湖北，太平军经数月围攻，于6月26日再克武昌。为收复武昌，湘军水陆在休整后陆续北上，经连番鏖战，于7月下旬夺回岳州，一月后占领城陵矶，并乘胜沿江追杀至湖北嘉鱼县境。太平军至此彻底退出湖南，西征战略受挫。而湘军则打开进兵武昌的通道。
不久，湘军揭开出境东征的序幕，水陆顺流东进仅四旬、攻城仅三天，便以较小伤亡，于10月中旬收复武昌，重创太平军，一时名声大噪。江南道监察御史沈葆桢认为：“贼自犯顺以来，未有如此之大受惩创者。”[21]自此，清廷在天京上游的军事明显倚重湘军。
由于兵力同时投放在天京外围和北伐、西征三个战场，太平军战线过长，导致机动兵力不足，顾此失彼。受影响最深的是北方战场。太平军在独流、静海固守待援，顿时从战略进攻转为战略防御，遭僧格林沁、胜保等部清军围堵。在苦守约一百天后，太平军被迫冒着严寒突围南撤，从此又从战略防御转入战略退却。僧格林沁督率马队猛追。太平军且战且退，因掉队被杀及冻死冻伤者甚众，元气大伤，于1854年3月上旬退至阜城。以弃守扬州的人马为主组成的七千余援军一路北上，兵力扩充到五六万人，3月末进抵山东临清，距阜城仅两百多里。但援军攻打临清耽搁十多天时间，错失北上会师的最佳时机，且新兵纪律散漫，破城后掳掠财物成群乘间潜逃；北上遭阻击后掉头南撤，在清军追击下溃不成军，折损殆尽。燕王秦日纲随后奉命领兵北上，在安徽舒城遭阻击，便以“兵单难往”为由折回。援北再告夭折。
5月初，林凤祥率七八千人自阜城突围至横跨运河的连镇。在僧格林沁合围连镇之前，副帅李开芳率千名骑兵南下至山东高唐州，遭胜保围困。北伐军孤立无援，且被清军分割包围在不同地点，北伐战略实际上已告失败。连镇太平军在铁壁合围下拼死血战，断粮后食野菜树皮，1855年3月上旬终被攻破最后防线。林凤祥被俘，旋被槛送北京凌迟处死。李开芳部得知连镇败讯，自高唐撤至茌平县冯官屯，苦战两月余亦告败北。至此，持续两年多的北方战事结束，包括众多首义将士在内的北伐太平军全军覆没。清军也遭受重创，仅在连镇、高唐、冯官屯三处就阵亡八千余弁兵，但总算解除了京畿的军事威胁。太平天国自此转为专心经略南方，再也没有起兵北伐。
在南方战场，湘军自武昌继续东征，迫使太平军完全退出湖北。战场重心随即转至江西，湘军水师扑湖口，陆路攻九江。翼王石达开亲临湖口组织反击。1855年1月末，太平军利用对方轻敌冒进的弱点封锁隘口，将湘军水师切割成内湖、外江两部分，随后以小船突袭湘军外江的笨重战船，并乘胜追击至九江，迫使其败逃上游。陆路湘军失去水师呼应，在九江城下改取守势。太平军一举扭转颓势，并迅速反攻湖北，连克北岸蕲州、黄州、汉口、汉阳；南岸也连下数城，形成夹攻武昌之势。4月3日，太平军三克武昌。署湖北巡抚胡林翼反扑武昌。曾国藩遣罗泽南援鄂，湘军在赣兵力削弱。石达开趁势展开凌厉攻势，后来奉命回援天京。至1856年4月，太平军已占据江西近三分之二版图。曾国藩求援不得，只好收拢兵力扼守南昌。湘军东征势头受挫。
天京外围的争夺也日趋激烈。江北大营系乌合之众，各统兵大员除陈金绶外，皆文吏无将策，且各分畛域，不能和衷共济，因而很少组织起像样的进攻，主要对扬州实施围困。1853年末，因粮食断绝，太平军主动撤离扬州，将防线收缩至瓜洲，与镇江隔江呼应。江北大营仍进攻乏力。琦善病逝后，江宁将军托明阿继任钦差大臣，军事依旧萎靡不振。不过，广东红单船参战后，清军逐渐控制了江面。1855年8月，江南大营在水师配合下攻陷安徽芜湖。江苏巡抚吉尔杭阿在镇压上海小刀会后移师会攻镇江，江北大营则日渐进逼瓜洲。天京上下游同时告急，面临被清军两个大营合围的危险。
太平天国从安徽抽调援兵，由秦日纲挂帅自天京东进，1856年3月中旬击溃围堵镇江的吉尔杭阿等部清军。接着，太平军北渡瓜洲发起突袭，大败江北大营，于4月5日再占扬州。托明阿因战败革职，德兴阿接任钦差大臣。秦日纲在筹得大批粮食后弃城南渡；石达开也从江西战场火速回援。击破江南大营成为太平军的下一个目标。
清廷对两个大营有亲疏厚薄之分。江北大营几度易帅，但均由满族贵胄担任；其兵源以包括八旗马队在内的所谓北方劲旅为主。而江南大营主要由南方绿营组成，虽兵力稍众，但需攻打天京、镇江两城，还得援应江北、屏蔽苏杭以及兼顾天京上游战事，战线更长，兵力分散，军事压力更大，且同样存在粮饷难继、人心不稳、军纪松弛等问题。主帅向荣虽久历戎行，但年逾六旬老病交侵，已属力不从心，面对城高池深防守严密的天京攻坚乏术。不过，长时间水陆围困导致天京接济困难、处境险恶，迫使太平天国下决心消除这一肘腋之患。石达开、秦日纲各自率部向天京靠拢，太平军城内外兵力达五万余众。而江南大营精锐尽已调出，存营者不满五千，兵力单薄，左支右绌。6月19日，太平军发起总攻，向荣苦心经营四载的紫金山营盘付诸灰烬。向荣败走丹阳，不久病逝。
天京危机化解后，太平天国又将军事重心转到上游：北王韦昌辉坐镇江西，翼王石达开救援武昌，与湘军激战，双方互有攻守。
概括地说，太平天国在定都后相继发兵北伐、西征，势头强劲，而清八旗、绿营战斗力孱弱，很难组织起有效抵抗，致使清政府的统治处在风雨飘摇之中。不过，清朝立国已逾二百年，且辖境辽阔，回旋余地大，能够调动全国资源来应对危机。尤其是湘军的崛起，有效阻遏了太平军攻势，牵制了其主要机动兵力。林凤祥等北伐精锐最终因孤立无援而全军覆没。但清政府的形势也不乐观：江北大营、江南大营相继败溃，短期内无法恢复旧观；从武昌到天京的许多沿江重要城市及大片腹地被太平天国占据。双方争夺激烈，所占地盘犬牙交错，攻守不时易势。在这种对峙状态下，双方都面临战线过长、兵力不敷、久战力疲等问题，受到粮饷筹集、转运困难和文报往来梗塞等制约，关键看谁能够咬住牙、少犯错。
与定都之初相比，太平天国兵力与版图均已大幅扩张，军事上总体呈上升势头。然而，就在这关键时刻，太平天国却因高层权力争夺而引发大规模内讧。从1856年9月初到次年6月初，杨秀清、韦昌辉等开国元勋及两万多将士死于火并，石达开因遭猜忌而离京出走，史称“天京事变”。激剧的内乱使太平天国自乱阵脚、元气大伤，在清军乘机逼攻下，很快便从战略进攻转入战略防御乃至退却阶段，导致战局逆转：包括武昌在内的所据湖北城池全部丢失，包括九江在内的江西版图丧失殆尽，安徽尤其是皖南战局也骤然恶化；在天京外围，镇江、瓜洲等重要屏障相继失陷，江南大营、江北大营重整旗鼓，重新对天京形成围攻之势，而且比以前围得更紧更近。天京事变成为太平天国由盛变衰的一个转折点。幸灾乐祸的曾国藩在1858年春预言，若无意外波折，“洪杨股匪不患今岁不平耳”。[22]
然而，曾国藩的预言并没有成为事实。与此前受上海小刀会、广东天地会等反清暴动的牵制相似，与洪秀全分道扬镳后流动作战的石达开，各地反清武装特别是与太平军协同作战的捻军，以及1856年秋英国侵略军挑起、法国随后加入的第二次鸦片战争，均在不同程度上牵制了清政府兵力，缓解了太平军在正面战场的压力。特别是年轻将领陈玉成、李秀成临危受命，率太平军奋力反击，逐渐扭转了颓势。
1858年秋冬之交，陈玉成、李秀成在捻军助阵下，集重兵二破江北大营、三克扬州，打通天京北岸的接济线。江北大营死伤万余人，从此一蹶不振。[23]趁太平军主力东移，湖北清军进逼安庆、庐州，皖北告急。陈、李火速回援，11月中旬在三河镇歼灭孤军深入的湘军李续宾部五千余人，迫使清军全线后撤，使皖北战局恢复到以前态势。湘军遭遇前所未有的惨败，湘乡一时出现“处处招魂，家家怨别”的场面。
不过，太平军总体上仍处于被动。陈、李回救皖北后，天京北岸战局突变，天长、江浦守军相继哗变，粮道被断。陈、李遂于1859年春回援。战至同年冬，就在连败江南大营之际，上游又告吃紧，经一年休整的湘军再度东进，陈玉成被迫折回皖北。至1860年2月下旬，江南大营完成对天京的水陆合围。天京米粮殆尽，守军“先则杀马而食，继而饿死不少”。[24]
为解救天京，太平军采用围魏救赵策略，先长途奔袭并攻破浙江省会杭州，然后聚拢兵力，于1860年5月上旬乘虚二破江南大营。江南大营被歼二三万人。接着，太平军乘胜进军苏南，至7月中旬，占领常州、无锡、苏州等大片区域，随即设立苏福省，以苏州为省会。
太平军主力挺进苏南时，湘军正在上游围攻安庆。安庆是天京上游屏障、关乎天京安危，苏南系清政府财赋之区、饷源重地，各为对方必救之地。迫于江南大营业已崩溃，僧格林沁正在北方防御英法联军，清廷一再谕令湘军驰援苏南。照此部署，太平军可不战而解安庆之围。曾国藩奏陈利害，认为欲平定江南，必据上游之势、建瓴而下，乃能成功，并亲自率兵驻扎皖南祁门，以阻截南岸太平军援师。湖广总督官文等人附议，力主不撤安庆之围。太平天国本拟在进军苏南后移师上游，但由于英法武力阻扰而未能进占上海，购置火轮船溯江上取的计划夭折，改为陈玉成、李秀成夹江会攻武昌，其他主力相机策应，以逼迫湘军从安庆撤围回救。
陈玉成在皖北经略多年，安庆守军系其部属，故率先投入安庆会战。李秀成热衷经略苏浙，在天王洪秀全再三催促下方才领兵西进，进军迟缓，以致会攻武昌计划流产；交战受挫后又无决战之心，有意避开湘军锋芒，继其堂弟李世贤之后退出安庆会战，转图浙江。至1861年末，二李攻占浙江绝大多数城池。太平天国改浙江省为“浙江天省”，仍以杭州为省会。但由于缺乏战略协同，安庆战局持续恶化。湘军围城打援，依托深沟高垒以逸待劳，明显占据主动。太平军长途奔袭，且水师无力与湘军争衡，不能控制外江内湖，只能从陆路强攻，故而无法速战速决，陷入漫长的消耗战。战局日渐朝曾国藩设想的方向发展。1861年9月5日，太平军据守九载的安庆陷落。
太平天国相继开辟苏福、浙江二省，改变了此前天京单纯依赖上游供应粮饷的局面，极大地拓展了太平军的战略空间。对清政府来说，丢失最为富庶的苏浙地区，筹措漕粮、军饷更形棘手。不过，湘军攻克安庆，既屏障了两湖后方基地，又扼定建瓴之势，使天京上游门户洞开。从长远看，太平天国的处境更为被动。
太平天国的权力格局及吏治
在太平天国与清政府的这场殊死搏杀中，内部稳定情况以及人心向背、粮饷供应、外交等因素，都对战局走势产生了不小影响。领导层内部互相倾轧便是导致太平天国由盛转衰乃至最终败亡的一个重要原因。
自起义立国始，太平天国实际上有两个权力核心。洪秀全并不拥有一言九鼎的绝对权力，因为他与杨秀清除君臣名分外，还有一层子与父的关系：当杨托称天父下凡时，作为天父次子的洪不得不俯首听命。这种怪异的权力格局为洪杨之争埋下隐患。不过，太平军初期一直流动作战、处境险恶，加上资历甚深的冯云山、代天兄下凡传言的萧朝贵所起的权力制衡和居中协调作用，所以首义诸王尚能做到和衷共济。就连清方也承认，“夫首逆数人起自草莽结盟，寝食必俱，情同骨肉，且有事聚商于一室，得计便行，机警迅速，故能成燎原之势”。[25]及至定都，冯、萧业已阵亡，北王韦昌辉、翼王石达开资历相对较浅，前之有人居中协调牵制的局面已不复存在，变成洪杨的直接碰撞，两人的摩擦随之增多。
定都后的杨秀清居功自傲，专横跋扈，每当与洪秀全意见相左时，便以天父下凡名义逼迫其就范，甚至以天父身份下令杖责后者，事详《天父下凡诏书》第二部。在韦昌辉等人面前，他更是百无禁忌，动辄滥施淫威，故而结怨太多，陷入孤立。就连清方也看出其端倪，推测“杨贼与昌辉互相猜忌，似不久必有并吞之事”。[26]
以杨秀清逼封万岁为导火线，洪、韦、石等人密议诛杨。昔日同打江山的生死兄弟变得水火不容，非一死不能了之。韦昌辉率秦日纲、陈承瑢具体执行诛杀行动，血洗东王府，将杨秀清悬首示众，接着在全城清洗杨秀清部属，前后杀戮两万多人。洪秀全以及闻讯返京的石达开均不赞同滥杀无辜。韦昌辉又将石达开满门抄斩，并胁迫天王悬赏诛杀缒城脱逃的石达开。内讧进一步升级。石达开起兵讨韦。洪秀全将北王韦昌辉凌迟处死，召石达开回天京。追随韦昌辉大肆杀戮的秦日纲、陈承瑢被诛。但变乱并没有就此结束。因洪秀全心有余悸，对异姓大臣放心不下，石达开负气出走，率十余万精锐远征他方，从此与洪分道扬镳，直至最终兵败大渡河。这场内讧使太平天国一时间“朝中无将，国内无人”，[27]元气大伤，人心离散，导致战局急转直下。
天京事变后，太平天国经过两年多过渡，直至1859年才形成较稳定的新的领导中枢。但没过多久，朝内党争又起，并且愈演愈烈。陈玉成与李秀成之间，陈、李与洪氏宗亲之间，都不同程度地存在矛盾或嫌隙，其中以洪氏宗亲与李秀成等异姓大臣之间的权力摩擦最为牵动全局。干王洪仁玕是总理大臣，李秀成为军中大将，两人关系的演变很具代表性，从一个侧面凸显了朝内党争的脉络。
洪仁玕1859年4月辗转抵天京，不到两旬，寸功未立，就被委以总理朝纲的重任。这引起一班功臣宿将的不满。洪仁玕见众人不服，恐军心散乱，具本屡辞。洪秀全降诏抚慰，谓“风浪暂腾久自息”，并准洪仁玕保奏，封陈玉成为英王，随后又封李秀成为忠王、李世贤为侍王，从而安抚了军中将领。至此，太平天国确立了新的领导中枢，且诸王受命于危难之际，均抱有建功立业之念，相互间的关系也较为融洽。太平天国之所以随后能重整旗鼓，二破江南大营、开辟苏南大片版图，与将相之和是分不开的。
上海事件是洪仁玕、李秀成关系的一个转折点。1860年夏，洪仁玕为进占上海一事，亲自来苏州进行外交斡旋，但各国驻沪外交官丝毫不予理会。眼见外交途径交涉无望，李秀成便直接发兵攻打上海，结果被英法军队击退。苏州之行无功而返是洪仁玕主政期间的一大败笔，导致威望受损。在兵败被俘后各自所写的供述中，李秀成对干王表示不屑，说他“初来封长，又冇才情”，“封过后未见一谋”，[28]当有所隐指；洪仁玕则指责忠王执意主战，惹恼洋人，搅了和谈大局，而且事后还不肯认错。[29]双方所言均与事实有较大出入。这说明围绕上海未下的责任，两人心存芥蒂，关系出现裂痕。
李秀成在军中的地位仅次于陈玉成，侍王李世贤是其堂弟，洪仁玕副手章王林绍璋也与忠王关系甚密。而洪仁玕在太平天国原本根基甚浅，一旦失去实力派将领的支持，其影响力便大不如前，甚至一度被排挤出天京，以总理大臣身份催调兵马援救安庆。此时，以血缘和利益关系为纽带，李秀成等异姓诸王与洪秀全两位兄长（王长次兄）等洪氏宗室成员成为朝中分庭抗礼的两大派系，李秀成与洪仁玕随之嫌隙日深。安庆失陷后，洪仁玕具本弹劾军中各主要将领，结果触怒天王，由此引发朝中走马灯似的人事更迭：天王先是将洪仁玕和英王、章王等一并革职，不久恢复洪仁玕王爵，但未复军师一职；接着又恢复林绍璋爵位，不准王长次兄及洪仁玕干预朝政，未几又将林绍璋撵出京城，重新起用洪仁玕。朝内党争之激烈，于此可见一斑。
出现这种局面，与洪秀全用人不当有很大关系。天京事变后，心有余悸的洪秀全对异姓大臣猜忌甚深，倾向于重用自己的兄弟子侄。不过，洪氏亲属过于平庸或少不更事，洪仁玕虽才堪大用但资历甚浅，故而引发功臣宿将的离心倾向和抵触情绪。而洪秀全后期专注宗教，无心亲理政事，遂使局面失控。李秀成在其供词中一再抱怨天王不信外臣、不用贤才、不问政事，确系有感而发。然而，洪氏宗亲尽管地位显赫，但无人握有兵权和地盘，洪秀全在军事上不得不倚重异姓诸王。这使得他在用人上摇摆不定，对群臣驾驭不力。
洪氏宗亲与异姓诸王之间的明争暗斗闹得沸沸扬扬，就连清方也知其梗概。左宗棠在1862年10月末的一份奏折中写道：“查贼中伪王可数者共三十余，惟伪忠王李秀成、伪章王林绍璋与李侍〔世〕贤尚称投合，余则彼此猜疑，势不相下；金陵逆首洪秀全之兄伪勇王洪仁达尤为各贼所恨。似从前杨、韦两逆互相吞噬之事，不久必将复见。”[30]朝内党争使太平天国领导中枢薄弱无方、波动涣散，无法从容应对日益严峻的政治军事形势。
朝内党争的实质是结党营私党同伐异，这与官场风气的恶化有着紧密联系。
吏治是洪秀全思考解决社会问题的着眼点之一。他在推行森严的等级制度的同时，反复强调世人都是兄弟姊妹，试图借虚拟的亲情来化解上下尊卑之间的隔膜与矛盾，营造一个和谐有序的社会。这种思想有积极的一面，但如何使两者并行不悖，却是太平天国从一开始就无法也不可能解开的一个死结。
例如，洪、杨等人在全体军民中推行禁欲主义，虽夫妻同宿也被问斩，而自己却大搞多妻制，在天京城频繁选美，引起一片恐慌和怨声。再如，首义诸王的净桶、夜壶均以金造，一度还准备打造金桌、金灯台，但金子已罄。大小官员群起效尤，“臂必带镯，手必戒指。广西、湖南人鲜有不备者，无金则银”。[31]在洪、杨等人看来，自己打江山、自己坐江山，享有特权是天经地义之事。在严判上下尊卑的背景下，是否为官及官职大小直接决定着每个人的社会地位和待遇，从而极大刺激了人们谋求当官和升迁的心理。
在太平天国，官员升迁主要看军功大小，但血缘、地缘关系也起很大作用。这种用人上的褊狭进一步败坏了官场风气。既然上下尊卑泾渭分明，少数人的尊贵需要以多数人的卑贱作为衬托和基础，那么，官兵、军民之间也就无法真正体现“四海皆兄弟”“胞与为怀”等理念。正是随着私欲膨胀，太平天国核心层的冲突日益升级，还没等打下江山就争夺起江山，结果酿成一场惊心动魄血流漂杵的内讧。为走出内乱阴影，刺激众人效命，洪秀全不断给群臣加官进爵。但在失去素以铁腕治军理政的杨秀清后，他又掌控不了局面。人们醉心于升迁，跑官要官现象日甚一日；在外统兵将领则僭权任命官员，培植亲信。洪仁玕主政不久便觉察到问题的严重性，为此颁布《立法制宣谕》。但他根本压不住阵脚，这场以统一事权为主旨的改革很快便告夭折。
