十月，谕令政务处即将袁世凯原奏并章程，通行各省，立即仿照举办。接着谕令各省将小学堂毕业生考取功课合格者，送入中学堂肄业；俟毕业后考取合格者，再送入该省大学堂；毕业后取其合格者，给照为优等学生，由该省督抚学政，考校择优，咨送京师大学堂复试。
江苏、广东等省兴办大学堂，其课程、等级、班次，均照山东模式。课程以四书五经、纲常大义为主，历代史鉴、中外政治艺学为辅，分设伦理、政法、本国文、外国文、历史、地理、数学、格致、博物、图画、乐歌、体操诸门。广东大学堂内另设校士馆，挑选原书院生徒及近年增设西学生优秀者数十人，入馆肄业，学习日文，以备游学日本。江苏同时创办高等学堂，以原南菁书院诸生于经史、政治、舆地、天算、格致各学，门径已通，可期深造，故专斋、正斋、备斋同时并设。正、备斋学目悉照山东章程，专斋学目原定十科，先立经、史、政治、测绘四科，其余分年次第兴办。
内地省份闻风而动。陕西宏道大学堂章程及课程设置均仿南菁书院成案，分设内政、外交、算学、方言四科。四川总督奎俊改尊经书院为四川省城大学堂，并将中西学堂并入大学堂，仿照山东章程，先设备斋，二三年之后，再设正斋和专斋。川东、川南各府厅州县，亦多就地筹款，或就书院改建学堂。贵州巡抚邓华熙将贵山书院改设贵州大学堂，其章程仿山东，参以黔省情形，略加变通。广西、安徽、湖南、湖北、直隶、奉天、浙江、福建、山西等省，相继仿行。与此同时，为宗室、觉罗及八旗等所办官学亦改为中、小学堂。
专门、实业学堂的发展也大为加速，截至癸卯学制颁布，各地兴办的专门、实业学堂主要有：1900年设立的福建蚕桑公学，1901年设立的江苏镇江商务学堂、广东商务学堂，1902年设立的山西农务学堂、通海农学堂、直隶农务学堂、湖南农务工艺学堂、湖南中等工艺学堂、河南荥阳县养蚕传习所、四川蚕桑公社、汉阳钢铁学堂，1903年设立的湖南农业学堂、山东青州蚕桑学堂、上海高等实业学堂、北洋工艺学堂、湖南高等实业学堂、四川工业学堂、广东路矿学堂、北洋马医学堂等。
1862—1902年，新式教育经过40年的努力，初具规模。从1898年起，学校类型逐渐完备，京师设大学堂，一些省城设有高等学堂，府、州、厅陆续创办了一批相当于普通中等教育的学堂，县及县以下地方则开设了类似普通小学和蒙养教育的机构。各学堂通常有具体的规章制度和系统的课程设置，有的已经相当详备，对该学堂乃至其他同类学堂的发展产生了积极影响，并为制定全国性统一学制积累了经验。但各个学堂根据自身的情况制定的章程，难以规范全国各级各类学堂，各学堂自成一统，互不衔接，科目课程以及学级设置五花八门，不能形成完整的体系，以循序渐进地培养各级各类人才。随着学堂数量的增加和学务规模的扩大，制定全国统一学制，规范各级各类学校的宗旨、科目、学级、课程，成为学务发展迫切需要解决的问题。
三 新学制系统的建立
各地学堂数量加速增长，同时又自行其是，散漫无序，在师资比例、中西学课程设置以及学堂与科举的关系上存在争议，严重影响新式学堂教育的普及，不能满足朝野上下的期许。来华外国人士和出洋游历官绅不断呼吁划一学制，以利于学务的发展。
光绪二十七年十二月，派张百熙为管学大臣，负责学堂一切事宜，妥议章程。次年七月，张百熙上溯古制，参考列邦，进呈《京师大学堂章程》并《考选入学章程》，及颁发各省之高等学堂、中学堂、小学堂、蒙学堂章程各一份，共六件。谕准颁行各省。所有章程统称《钦定学堂章程》。自此，中国近代教育进入有学制系统时期。是年为壬寅，故所定学制又称“壬寅学制”。
《钦定学堂章程》将学制划为三段七级。初等教育阶段分为蒙学堂和小学堂两级，儿童自6岁起受蒙学教育4年，10岁入寻常小学堂修业3年。小学堂主要授以道德知识及一切有益身体之事，分为寻常与高等两级，各修业3年。以州、县所立为小学堂。中等教育设中学堂一级，主要使诸生于高等小学卒业后加深其程度，增添其科目，涉猎普通学之高深者，为高等专门之始基，修业4年。以府治所设为中学堂。高等教育设立高等学堂和大学预科、大学堂以及大学院。学生于中学卒业后欲入大学分科者，先于高等学堂修业3年，再行送入大学肄业。京师大学堂之设，在于开通智育，振兴实业。大学堂3年毕业后经选拔进入大学院，此为研究阶段，不设课程，不主教授，不定年限，以养特异之才。自蒙学堂至大学堂，总计约20年才能完成全部学业。
《钦定学堂章程》还规定了实业和师范教育的系统。实业学堂分为简易、中等和高等三级，分别对应高等小学堂、中学堂与高等学堂（或大学预科）程度，修业年限各3年。师范学堂附设于中学堂，以培养小学堂教习，修业4年。师范馆附设于大学堂，以培养各地中学堂教习，修业4年。另于大学堂附设仕学馆，3年卒业。高等小学、中学、师范、各级实业学堂、高等学堂和大学堂毕业生，分别给予附生、贡生、举人、进士等功名。
官立学堂之外，亦有关于自立蒙学堂、民立寻常与高等小学堂以及民立中学堂的明确条款。
《钦定学堂章程》首次正式规划出新式教育全面发展的蓝图，力求根本改变学堂散漫无序、新旧体制彼此抵牾的状态，将所有学堂纳入类型、层级、科目、教学、管理相互配套的统一体系，解决新旧教育的衔接转换问题，循序渐进地系统培养各级各类人才。
壬寅学制颁布后，朝野上下颇有异议。光绪二十九年正月，命刑部尚书荣庆会同张百熙商议管理大学堂事宜。闰五月，准荣庆、张百熙的联名奏请，派张之洞会同张百熙、荣庆，将大学堂章程一切事宜再行切实商订，并将各省学堂章程一律厘订。
张之洞赞许《钦定学堂章程》条理精详，亟应遵办，但对读经、放假、权限、学费数条有异议。他起用陈毅、胡钧等人主持重订学堂章程事宜，历时半年完成。十一月，张百熙、荣庆、张之洞上重订学堂章程折，以壬寅学制为基础，取法日本，以湖北兴学经验为参考而增补修改。该章程以《学务纲要》为总纲，包括《初等小学堂章程》《高等小学堂章程》《中学堂章程》《高等学堂章程》《大学堂章程》《通儒院章程》《蒙养院家庭教育法章程》《初级师范学堂章程》《优级师范学堂章程》《任用教员章程》《初等农工商实业学堂章程》《中等农工商实业学堂章程》《高等农工商实业学堂章程》《实业教员讲习所章程》《实业学堂通则》《实业补习普通学堂章程》《艺徒学堂章程》《译学馆章程》《进士馆章程》《各学堂管理通则》《实业学堂通则》《任用教员章程》《各学堂考试章程》与《各学堂奖励章程》，共22章80篇。除各级学堂章程是在原有基础上增补外，其余16章为新添。其主旨为中体西用，调和中西新旧，端正趋向，造就通才，以忠孝为敷教之本，以礼法为训俗之方，以练习技能为致用治生之具，尤重考核品行，不废弃中国文辞，并请递减科举，毕业学生由督抚学政并简放考官考试，使学堂与科举合为一途。是为《奏定学堂章程》。
新的章程很快获得批准，着即次第推行，并自丙午科始，将乡、会试中额及各省学额，逐科递减，俟各省学堂一律办齐，确有成效，再将科举学额分别停止，以后均归学堂考取。《奏定学堂章程》颁布于癸卯年，所定学制又称“癸卯学制”。
癸卯学制仿西方幼稚园设学前教育——蒙养院，正式教育纵向分为三段六级。第一阶段初等教育，分为初等小学堂5年，高等小学堂4年。国民7岁以上者入初等小学堂，初等小学毕业升入高等小学堂。第二阶段中等教育，仅中学堂一级5年。高等小学毕业升入中学堂，授以较深之普通教育。毕业后，不仕者从事各项实业，进取者升入各高等专门学堂。第三阶段高等教育，包括高等学堂或大学预科3年，分科大学3—4年，通儒院5年。大学堂以造就通才为宗旨，培养各项学术艺能人才。通儒院以中国学术日有进步，能发明新理以著成书，能制造新器以利民用为成效。
普通教育之外，该章程还对各级各类师范、实业学堂的层级、年限等做出明确规定。师范教育分为初级师范学堂5年与优级师范学堂4年，程度分别对应中学堂与高等学堂。实业学堂分为实业教员讲习所（即实业之师范学堂）、农业学堂（附水产学堂）、工业学堂（附艺徒学堂）、商业学堂、商船学堂。各项实业学堂均分为高等、中等、初等三等（统称则为某等实业学堂，专称则为某等某业学堂），程度分别为普通高等学堂、中学堂和高等小学堂。水产学堂亦属中等实业。中小学堂可附设实业补习普通学堂和艺徒学堂。实业补习学堂年限4年，初等农工商实业学堂3—4年，艺徒学堂与高等小学堂平行，中等农工商实业学堂与中等学堂平行，高等农工商实业学堂以及实业教员讲习所与高等学堂平行。
另有译学馆，属于高等教育阶段，修业5年。进士馆，令新进士用翰林部属中书者入学，以教成初登仕途者皆有实用为宗旨，以明澈时局，并于法律、交涉、学校、理财、农、工、商、兵八项政事皆能知其大要为成效。仕学馆，为已入仕途的官员设立。
《奏定学堂章程》以《学务纲要》为总纲，所规划的学务体系臻于完备。同时颁布《各学堂管理通则》《任用教员章程》《各学堂考试章程》《各学堂奖励章程》，以规范管理。各地办学可依据区域差异因地制宜，变通办法，办学形式分为官办、私办、公办。初等、中等教育阶段加重了新学内容，高等教育阶段则规定了分科教育和专业训练。着重提倡师范教育，养成师资，调整着重培养技术专才的偏向，适应普及普通教育的需求。
《奏定学堂章程》明确规定设立专职部门管理全国学堂事务。新式教育开始时作为办理洋务的附属，总理衙门对各地新式教育机构负有连带统辖的责任。但内部没有专司教育的机构和属官。甲午战后，维新思潮勃兴，废科举、兴学校成为维新变法的重要内容。1896年，盛宣怀议设管学大臣，管理新设的文武学堂。戊戌变法期间，康有为提出设制度局，其中学校局位列第三。来华西人即将学校局译成教育部。清廷派孙家鼐为首任管学大臣，管理京师大学堂事务，并规制各省学堂，此后成为定制。管学大臣对各省学堂的管理，主要通过制定各种章程、规制以及教科书的审定来实施。稍后管学大臣由一人增至二人。《学务纲要》规定，于京师设总理学务大臣，专门统辖全国学务，下设学务处为直属机构，将学制系统与教育行政系统分开，不仅以往管学大臣兼管京师大学堂和外省各学堂事务的格局根本改变，而且教育行政成为独立的职能机构。
学务大臣负责整饬各省学堂，编定学制，考察学规，审定专门、普通、实业教科书，任用教员，选录毕业生，综核学堂经费及一切有关新式教育的事务。下设属官，分为六处。专门处、普通处、实业处分别管理专门、普通和实业学堂事务；审订处主管审定各学堂教科书及各种图书、教学仪器，检查私家撰述，刊布有关学务的书籍报章；游学处负责出洋留学生一切事务；会计处管理各学堂经费。每处设置总办一员，帮办数员。六处统称“总理学务处”或“京师学务处”。
新政展开，官制改革势在必行，随着外务部、商部、巡警部相继设立，设立学部的事宜被提上议事日程。光绪三十一年八月，谕准立停科举，推广学堂。九月初一，山西学政宝熙奏请设立学部，上师三代建学深意，近仿日本文部成规，研究教育行政方法，总持全国学务，礼部、国子监两衙门统行裁撤，归并学部。顺天学政陆宝忠、翰林院编修尹铭绶等人，亦奏请设立学部或文部，将翰林院归并学部。
十一月初十，清廷以停止科举，呼吁亟应振兴学务，广育人才。现在各省学堂，已次第兴办，必须有总汇之区，以资统率而专责成。谕令设立学部，选派荣庆任学部尚书，熙瑛补授学部左侍郎，翰林院编修严修以三品京堂候补署理学部右侍郎。国子监事务归并学部。学部成立后，原设学务处事宜，一律归并学部，其旧有人员酌量调入学部，以便差委。
学部下设五司十二科一厅三局二所。总务、专门、普通、实业、会计等五司分别主管全国各类学务及相关事宜；司务厅掌开用印信、收发文件，管辖该部各项人役及不属于五司各科的杂项事件；京师督学局、编译图书局、学制调查局，教育研究所和高等教育会议所，分管专门事务。此外，学部还设有视学官和谘议官，以便与社会各界及各省学界沟通联系。
1911年，学部实施分科办事，各科长官由员外郎改称科长。皇族内阁成立，学部官制相应改变，学部尚书改为学务大臣。袁世凯组织责任内阁，取消学部左、右侍郎，改设学务副大臣。
清制各省差派学政，新式教育兴起，学政亦参与其事。其主要职责有三：一是考试授予学生功名；二是改书院为学堂；三是为学堂选取学生。可是学政仍须巡历考试岁科，办理学堂往往力不从心。掌控大权的督抚遂另设专门机构。1899年，湖北率先于洋务局内设学堂所。1901年设立湖北学务处。1902年直隶设学校司。两江、两广、四川、山西等地，仿照湖北学务处或直隶学校司，相继建立学务处。《学务纲要》规定各省在省城设立学务处，由督抚选派通晓教育之员总理全省学务，并派讲求教育之正绅参议学务。直隶学校司即遵章改为学务处，分设六课，各专责成。湖北学务处亦改设六科，名称职能完全对应于总理学务处。江苏、江西、湖南、山东、浙江、福建、安徽等省陆续依照规定设立学务处。
立停科举后，学政的存废职能引起争议。经过讨论，清廷决定裁撤学政，改设提学使司。每省设提学使一员，原学务处改为学务公所，作为提学使司的办公机关。学务公所设议长一人，议绅四人，佐提学使参议学务，并备督抚咨询。学务公所分设总务、专门、普通、实业、图书、会计六课。提学使司的设立，标志着各省教育行政正式建制。提学使下设省视学六人，巡视各府厅州县学务。
各府厅州县均设劝学所，设县视学一人，兼充学务总董，按区域劝办小学。1911年，学部奏颁《地方学务章程》及《施行细则》，厘清学务与地方自治的关系，规定：地方学务由学务专员办理，分设学务员长与区学员两类，府厅州县、城镇乡三学区以上及乡学联合会联合二乡以上者，设学务员长一人，另设区学员若干人。学务专员由各地议事会公推曾办学务、具有经验人员担任，在府厅州县由地方官委任，在城镇由董事会，在乡由乡董，申请地方官委任。学务员长在学务专员内拟推二人，呈由地方官审定。劝学所改为府厅州县官的教育行政辅助机关，佐助府厅州县长官办理学务。
癸卯学制颁行后，学部针对兴学进程出现的新问题、新情况，陆续有所调整补充。比较重要的如1907年奏定《女子小学堂章程》26条与《女子师范学堂章程》36条，将女子教育正式纳入学制体系。1909年奏请中学文实分科，以及统一教授官话，为贫民子弟设立半日学堂，允许民办法政学堂，停止奖励实官，审定教科书等。
学部成立后，吸纳以国民教育为重的社会舆论，由侍郎严修拟订教育宗旨，仿东、西学制，大体分为专门、普通两种，而普通尤为各国所注重。普通学不在造就少数人才，而在造就多数国民。欲振兴学务，固宜注重普通教育，令全国民众无人不学，必须明定宗旨，宣示天下。教育宗旨既要兼中国政教所固有，又要补中国民质所最缺，遂拟定为五条：忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实。1906年3月，学部奏陈宣示教育宗旨，当日奉旨颁布全国。是为中国历史上第一次正式颁布教育宗旨。为了普及国民教育，学部还一度试图推行强迫教育。
《钦定学堂章程》和《奏定学堂章程》相继颁布后，各级各类新式学堂依照规划逐步兴办，入学人数稳步上升（详见表20-1）。
表20-1 光绪二十九年至宣统元年学务统计
学堂分为官立、公立、私立三种，其中除光绪三十年（1904）外，公立所占比例最大（详见表20-2）。
表20-2 光绪三十年至宣统元年官立、公立、私立学堂比例
宣统元年，学部统计7—15岁学龄儿童就学率，京师学龄儿童共31798人，已就学13411人，就学率约42%；云南学龄儿童368805人，已就学70033人，就学率约19%；奉天学龄儿童1818811人，已就学218840人，就学率约12%；黑龙江学龄儿童74094人，已就学7970人，就学率约11%；山西学龄儿童849074人，已就学221122人，就学率约26%。各府厅州县就学率极不平均，云南最高者超过40%，最低者不足5%；山西就学率最高一县约93%，最低不足1%。
京师以外，各省小学堂由光绪三十三年的33749所、学生872760人，增至宣统元年的50301所、1490008人。至光绪三十三年，全国共有中学堂419所、学生31682人。宣统元年，中学堂增至460所、学生40468人。至宣统元年，学部统计有大学堂3所。京师大学堂在校学生有200人，北洋大学堂有114人，山西大学堂有435人，共计749人。宣统元年，各省设立女学堂298所，学生13849人。
各种专门学堂也有显著增长，光绪三十三年据学部统计，除京师外，各省共计有农业学堂高等4所，学生459人；中等25所，学生1681人；初等22所，学生726人。全国有中等商业学堂9所，学生754人；初等商业学堂8所，学生363人。宣统元年，农业学堂增至高等5所，学生530人；中等31所，学生3226人；初等59所，学生2272人。工业学堂增至高等7所，学生1136人；中等10所，学生1141人；初等47所，学生2558人。商业学堂增至高等1所，学生24人；中等10所，学生973人；初等17所，学生751人。光绪三十三年，全国共有实业学堂137所，学生8693人。三十四年增至189所，学生13616人。宣统元年达254所，学生16649人。
师范教育在发展中有所调整。光绪三十三年，各省共有师范学堂541所，学生36091人。其中初级师范完全科64所，学生6390人；优级师范完全科2所，学生527人；初级师范简易科179所，学生15833人；传习所、讲习科等276所，学生9844人。至宣统元年，各省师范学堂为415所，学生28572人。其中初级师范完全科91所，学生8358人；优级师范完全科8所，学生1504人。师范学堂总量较前略减，而程度增高，优级师范数目增加。[5]
为了加速兴学，统筹学务，专设学部，统管全国教育行政，在各省及以下设提学使司与学务公所、劝学所，建立起自上而下的教育行政体制。清廷颁布教育宗旨，推行国民教育，不断完善各种规制，协调各方教育行政关系，尝试实行强迫教育，改良私塾。因应全国学务大兴的需求，留学日本热潮出现，后再度转向欧美，以求学业精深。新兴教育团体联络朝野上下，兴办学堂，研究教育，辅助教育行政，对拟定教育规制与政令影响深远。在朝野合力推动下，新式教育高速发展，规模急剧扩大。新式学堂取代学校、书院、学塾，最终成为定局。传统风教也转变为社会教育，普及识字，推广新知。而全盘接受西式教育体制及其知识系统，以至于中国的知识体系前后两分，影响至深且远。因操之过急，以及官绅趁机渔利，其间也出现名实不符等诸多弊端，加重了民众负担，激化了社会矛盾，导致各地毁学风潮此起彼伏。而大批受西学教育的青年学生聚居在都市城镇大大小小的学堂，本来为维护清朝统治而实行的教育变革，反而促其速亡。
四 纳科举于学堂
由学堂发展的历史进程可见，中西学校之争，本质是中西学问之争，而所争实际上可以说是新旧学问的优劣消长。甲午战前，尽管西学传入中国已近半个世纪，官办新式学堂也有30多年历史，但在人才培养与选拔方面，西学仍然只是作为科举的补充。学校是重要的储才之所，地位崇高，处于教化体制的中心位置。这既使学校沦为科举制的附庸，也让学校成为读书人学而优则仕的正途。读书人无论在何处肄业，必须名列学校籍册，成为生员，才具备参加科举考试的资格（特科例外），因此人们乐于就学。
道光至光绪四朝，清朝官员先后奏呈过10个以上的科举改革方案，试图以变常科开特科、纳洋学于科目、设经济特科、废八股改策论等形式，增广科目，讲求实学，吸取西学之长，广开取士纳贤之途，重新激发科举制的活力，可是始终不得要领。其实，清初以理学取代王学，正是为了反对阳明心学的空疏。而汉学也旨在进一步求实。然而这些挡不住西洋冲击的实学，在时人眼中统统成了无用的虚理。
戊戌变法期间，康有为以学校未成，科举不能骤废，请罢弃八股试帖楷法取士，复用策论。清廷谕令自下科起，乡会试及生童岁科各试一律改试策论，以励实学而拔真才。政变后，恢复旧制，嗣后乡试会试及岁考科考等，仍以四书文试帖、经文策问等项，分别考试。经济特科即行停罢。但废除时，以文取士已成大势所趋。新政复行，光绪二十七年七月，谕令停止八股取士，自次年始，乡会试头场试中国政治史事论五篇，二场试各国政治艺学策五道，三场试四书义二篇、五经义一篇。考官阅卷，合校三场，以定去取，不得偏重一场。生童岁科两考，仍先试经一场，专试中国政治史事及各国政治艺学策论，正场试四书义、五经义各一篇。考试试差、庶吉士散馆，均用论一篇、策一道。进士朝考论疏、殿试策问，均以中国政治史事及各国政治艺学命题。所有考试，凡四书五经义均不准用八股文程式，策论均应切实敷陈，不得空衍剽窃。
新政期间，各省督抚纷纷奏请分三科递减科举，以期10年后取士概归学堂。如果学堂育才效果不佳，仍可恢复旧制。尽管癸卯学制的《各学堂奖励章程》规定，凡在各学堂肄业学年期内，均不得应科举考试，但仍然挡不住学子们的功名进取之心。光绪三十一年八月，袁世凯、张之洞、端方等鉴于科举素为外人诟病，学堂为新政大端，而科举一日不停，士人仍有冀望，无法专心投入学堂肄业，民间更相率观望，私立学堂者绝少，又断非公家财力所能普及，学堂绝无振兴的希望。一旦弃旧图新，则风声所树，观听一倾，群且刮目相看，推诚相与。而留学外洋之中国士子，亦知进身之路归重学堂一途，益将励志潜修，不为邪说浮言所惑，显收有用之才俊，隐戢不虞之诡谋。欲补救时艰，必自推广学校始，而欲推广学校，必自先停科举始。于是请立停科举，专办学堂，广学育才。是年八月初四，谕令立停科举。
从乾隆九年议改取士途径，至光绪三十二年停止科举，专办学堂，历时160余年，学校制度终于从制义取士变为学堂育才。其时各省学堂未能全立，成效也不显著，章程尤未妥善，须重加订定，方可培植人才。科举与学堂的优劣兴废，关键还在育才取士的良否。
无论实情如何，当时人和后来者将立停科举解释为废科举，都与主其事的内外重臣的想法有所出入，后者的愿望，只是纳科举于学堂，将科举与学堂合为一途。科举与西学之争，背后起决定作用的仍是中西学的相互角逐和此消彼长。科举停罢，学堂成为正途，意味着中学的正统地位根本动摇，而中西学之争的主战场转移到学堂内部。尽管纳科举于学堂已经是中学失势的表现，但学制的规划设计者还是异想天开地希望学堂以变通的方式继续承担科举的重任，其方式主要有三，一是中学为体；二是育才取士；三是化民成俗。结果当然事与愿违，学堂在以上三方面都不能延续科举制的作用，反而进一步加速了中学的衰颓。
自西式学堂诞生以来，中西学如何一统于学堂就成为问题。在华教会学校为了吸引中国学生，早已注意到加授经学课程。1890年，在华传教士大会明确提出，教会学校的教学计划应包括基督教书籍、中国经书和西方的自然科学三个方面。其教学内容虽然各有安排，但大体上经学多习四书，程度较高的兼及五经。山东登州文会馆分备斋、正斋两级，备斋主要学习《孟子》《诗经》《大学》《中庸》，专斋则有《礼记》《书》《左传》《易》等。
同文馆初开，“阁束六经，吐弃群籍”，于中国旧学一概不问。[6]但随后开办的一些技术学堂增设经学等中学课程。主持其事的官员强调：“可以中国之心思通外国之技巧，不可以外国之习气变中国之性情。”[7]保存与巩固中体的问题进入学堂。尤其是甲午战争前后，电报、医学、铁路、矿务等技术学堂相继创办，开始贯彻中体西用思想。两广电报学堂规定，学生除学习西学外，兼课四书五经，以知礼义。南京矿务铁路学堂、江南储材学堂的学生也要兼习经史，如《春秋》《左传》等。
起初，无论新式学堂还是书院，课程中的经学、经史等名目，不过是相对西学而提出的中学“代表”，分科的观念比较模糊。办学者一面抱有中国传统不分科的治学取向；一面拼合西学。甲午战后，朝野上下逐渐接受西方的学术分科观念，各书院开始制定课程，以大学堂为首的普通学堂明确将中学分科设置。
甲午战后出现的普通学堂，中西学课程的种类大幅度增加，西学课程增添了政治、伦理等科目，中学课程增加了掌故、史地、通鉴、律法等门类。1896年，管理官书局大臣孙家鼐提议复办京师大学堂，提出学问宜分科，不立专门，终无心得。分科治学，成为朝廷办学的方针。人们不断尝试用分科的办法来规划中学，导致中学课程名目渐多。1898年，张之洞的《劝学篇》为应对新学而中学课程过于繁难的状况，提出以易简之策救中学。所列举的中学各门，为经学、史学、诸子、词章、理学等，并寄希望于学堂专师以之纂成专书，初步显示了所主张的中学课程分类。大学堂章程将普通学课程分为经学、理学、中外掌故学、诸子学和初级的算学、格致学、政治学、地理学以及文学、体操等十种，为全体学生必修科目。至此，中学分科的课程名目已先后有经学、史学、文学、掌故之学、舆地之学、理学、诸子学等多种。此后，传统学术在学堂中所分学科大致未脱离这样的范畴。
中学既然已经分科，那么各科孰轻孰重的问题自然就凸显出来了。经学地位的重要，在一些学堂的开办章程和办法中得到体现。京师大学堂确立以中体西用为立学宗旨，明文规定经学是各学根本，“经学所以正人心，明义理，中西学问皆以此为根柢。若不另立一门，何以为造端之地？”[8]湖南正始学堂章程规定，立学中西并务，以经义为归宿，故先学群经。不能遍者，则以六经为卒业。但一些学堂设课时，标榜为各学基础的并不仅仅是经学，而且是经、史等学并列，经学的地位并未凸显。天津中西学堂的中学课程就强调讲读经史之学。南洋公学章程也规定，所教以通达中国经史大义，厚植根柢为基础。这固然是由于时人分科观念模糊，中学的经、史划分不清，也因为经、史等传统学问的地位在清季发生了转变，这在日后的学制章程中得到体现。
对于学堂内部的中西学之争，清廷最后确立了“中体西用”的解决方案，但实际上，学堂是先有了“西用”之学，然后再逐步确立“中体”。这反映在学堂课程层面，语言、技术类学堂初兴之时，重在引进西学，中学并未成为其中的科目。主张纯粹西用的学堂，西学不过是补中学之不足。甲午战后，肄习普通学的新式学堂开始大量出现，分科教学的观念为官方所接受，中学其实是按照与西学对应的观念重新分解组合，从整体一块划分为经学、史学、文学等科目课程。这也可以说是以西用的规矩尺度来衡量规范中体，一方面，用西学的标准看待中学；另一方面，用西学的分类条理中学，中学自然很难保持其原有形态和意义。
学制颁布和统一学堂系统的设立，使得用西学全面整合中学成为势所必然。此前朝野上下一直试图以科举即中学兼容西学，成效甚微。虽然各种学堂尝试将中学纳入分科教学的系统，但总体上中西学仍然处于分立状态。科举弊端日益显现，学校被斥为科举附庸，徒具形式，所学空疏无用，导致教化废坠与吏治败坏。在学制颁行的同时，科举制也确定以渐停方式予以终结。学堂教育一统天下，分科教学使得中学整体上被西学所兼容整合。
壬寅学制、癸卯学制的出台，使得分科教学成为官方体制。学制框架内的经学，在各阶段学堂中有了内容、层级安排的衔接和递升。壬寅学制秉承清代重理学和书塾大都以四书开蒙的传统，普通学堂在蒙小学堂阶段先读四书。小学堂至中学堂，读完五经。中学堂毕业时，则十三经读毕。高等学堂阶段，续讲各经自汉以来注家大义。分科大学因未办理，未定课程，但其预科下的政科与高等学堂程度相同。在分科大学阶段，专列经学目。专门学堂中的师范学堂仿照大学堂师范馆章程办理，列有考经学家家法一项。自小学堂、中学堂而至高等学堂、大学堂预备科，经学的传授以定钟点、定内容的方式在学制体系内得到贯彻。
将经学课程系统规划到各级各类学堂中去，是壬寅学制的首创。因为西方学科中并无经学，所以其全盘规划只能自我统筹，无成法可资借鉴，而且相较于旧学教育有很大不同。书塾、府州县学到国子监并无层级的递升，新学制则将经学课程纳入从蒙小学堂到大学堂各阶段的系统教学中去，有了教学内容、学时安排与层级次序的递升衔接，经学成为类似西式教育的课程门类和分科。学堂教习须按照统一规定的程序内容实施教学，不能全部听塾师、山长的一家之言。
在新学制的框架内，各阶段教学安排的重心明显不同。就课时比重看，层级越低，中学课程的比重越大。随着学堂层级渐高，西学课程比重相应提高，超出中学课程。吴汝纶等认为习古文才是学堂保存中学的关键，中学以国朝史为要，中学的各分科课程、经学在中学的重要性也没有得到体现，史学和文学的地位却有所提升。经学的课时安排相对较少，占每周全部课时的比例分别为蒙小学堂1/6，中学堂3/37—3/38，高等学堂政科与大学堂预备科政科1/18，大学堂师范馆1/36。读经课程的钟点相较文学与史学持平，甚至不如。
《奏定学堂章程》调整的方面之一，是注重读经、讲经课程的设置，于七科大学基础上，增设经学科，并置于各科之首。《学务纲要》规定中小学堂须注重读经。初等、高等小学堂和中学堂各学年每周授课钟点分别为30、36、36个，读经讲经分别占12、12、9个钟点。随着新学制在各地学堂的实施，经学在“以西方学术之分类来衡量”的路上越走越远。
立停科举后，“不废经学”的责任更多地落在学堂的经学课程上。张之洞规划学制的经学课程时，曾经自信地表示：“若按此章程办理，则学堂中决无一荒经之人，不惟圣教不至废坠，且经学从此更可昌明矣。”但学制执行的效果显然与他的预期相差甚远，变成一科的经学，很难担负维系圣教和支撑中学的重任。一方面分科太多，减少了学生修习经学的精力，如直隶“中学堂以上学科太杂，于经学反多荒废”。[9]另一方面，学堂重西学而轻中学，所谓“近来中外学堂皆注重日本之学，弃四书五经若弁髦。即有编入课程者亦不过小作周旋，特不便倡言废之而已”。[10]经学在学堂中普遍成为最无聊、最不受欢迎的课程，非但起不到维系中体的作用，反而成为人们厌倦中学的口实，再度引发人们对于经学消亡的忧虑。于是人们开始重新思考保存旧学的办法。
《奏定学堂章程·学务纲要》明示重国文以存国粹之意。光绪三十二年，御史赵炳麟奏请立国学专门学堂。光绪三十三年，张之洞以近日学堂怪风恶俗，于湖北省城设存古学堂，以经、史、词章、博览四门为主，辅以普通科学，以求经训不坠，保国粹而息乱源。拟试办半年后，如课程条目毫无窒碍，即请旨敕下学部核定，通行各省一律仿照办理。次年，江苏仿设存古学堂，以存国粹而造通才。同年，御史李浚以存国粹关乎人心世教，故经学亟宜注重，请饬学部、各直省督抚，于国子监及各省城一体设立存古学堂，以补科举之不足。所有事宜，悉照湖北、江苏两省奏定章程参酌办理。湖南、贵州、陕西、广东、四川、甘肃等地相继奏办存古学堂。宣统元年，学部拟定分年筹备宪政事宜清单内，列有于宣统二年各省一律设立存古学堂。至三年三月，学部颁布《修订存古学堂章程》，申明存古学堂贵精不贵多，因经费支绌，取消原定各省一律设存古学堂的规划，并定修业年限，分为中等5年、高等3年，以资深造。
存古学堂的设立，在趋新人士看来，反而使普通学堂的经学课程变得无足轻重，社会舆论对中小学读经的批判日益高涨。1911年，中央教育会中有人提议停止初等小学读经讲经，其提议得到多数通过。只是迫于反对者态度激烈，学部才未将该议案咨送内阁。民初，教育部通令停止中小学读经，大学以上的经学课程，只是作为纯粹学问。经学进出学堂，成为其退出历史舞台的必由之路。
科举抡才不能应世变，学校培才连带受到普遍质疑。随着新式学堂的普及和旧学的衰微，抡才与培才相互分离的局面难以维系，最后只好幡然变计。新式学堂之设，本来是补学校育才之不足，也就是以西学补中学。而科举与学堂两不相容，停罢科举，独兴学堂，将抡才与培才熔于一炉，虽然确定宗旨为中体西用，实际上却是以西学取代中学。学堂成为出身正途，旧学机构只能退出。继书院改制后，国子监及各类官学相继改为学堂，社学、义学也纷纷改办新式学堂或简易识字学堂。只有府州县学确定保留文庙和教官，却因而失去生源，处于自生自灭的状态。其尚存的经费多被挪用，场地设施也陆续被新式学务机构改造利用。
科举在与学堂的竞争中失势，原有的学校、书院等机构便失去培才的效用，只能逐渐向学堂靠拢，改变课程及教学。癸卯学制颁行之际，决定渐停科举，形式上为学校留下存身的余地，以便与学堂比较，其实中学的地位大为降低。各种官学陆续改办学堂。国子监虽然归并学部，保留下来，但原来的教学职责不复存在。国子监南学改为新式学堂，学校旧迹完全消灭，仅余文庙、辟雍等建筑以供观光、凭吊，特设之国子丞专司祭祀，几同庙祝。
清季设立学堂，大体有改造书院和重新建立两种途径，至于各地府州县学的兴废，因为牵扯科举和中学，始终予以回避。《奏定学堂章程》颁布，科举立停，府州县学的教官除了典守文庙、奉祀孔子以及生员考职、举报孝廉方正等科举遗留事务外，无所事事；若教官不存，则府州县学自成废署。学部成立后，各州县学留教官一人以奉祀孔孟。教官虽得不废，但因其职简责轻，停选教官一缺，缺出后不再选补，教官数量逐渐减少。
光绪三十二年十二月，山西道御史张瑞荫鉴于原来教职无以聊生，以致职守尽荒，学宫日坏，奏请对府州县学和教官加以变通利用，于学宫隙地设立蒙学，令教职转为蒙学之师，酌给束脩。每年提学使派人稽查学宫，随时修理。学部议复，予以否决。在保留文庙和教官而生源尽失的情形下，府州县学究竟何去何从，内外官员迟迟未能议定统一善后办法。只是学堂一枝独秀，学校的整体命运难以改变，实际上处于自生自灭的状态。一些地方在兴办学堂时，鉴于财政窘迫，资金难筹，遂自行利用和改造府州县学的场地设施。
各地利用府州县学改设新式教育机构的情形大体有以下几类。（1）设置教育行政机构，将学务公所、劝学所等设于学宫内部的明伦堂、崇圣祠等处，或直接就学宫改建，以引领兴办新式学务的风气。（2）创办师范学堂、师范传习所，培养学堂师资力量。（3）创建中学堂及高等、两等、初等小学堂。学校原有屋宇用地被改建为学堂的教学、会议、体育、食宿等场所，如以明伦堂为自修室兼礼堂，以尊经阁、横屋、土谷祠、文昌阁改建讲堂，利用原址改建西式建筑作为学舍，并分别改建学堂会客所、储藏室、校长职员办事室、校友会、职员议事室、厨室、操场等。（4）创办女学堂，推广女子教育。（5）改建自治学堂，将文庙作为讲授场所。偶而有利用同一学校内场所分别改建多类新教育机构的情形。
不过，清季各地兴学过程中，只有部分地方利用府州县学改办学堂。进入民国，又有一些地方在原府州县学内开办学校，而其他早已成为冷衙闲职的学宫教官，或改名或裁撤，文庙改称孔庙，祭祀的礼节亦改变。1927年，国民政府通令废止祭祀孔子，将每年八月二十七日定为孔子纪念日，由学校组织集会纪念。庙学合一的府州县学最终成为历史的遗留物。
戊戌变法和新政复行，两度谕令将各省府厅州县现有之大小书院，一律改为各级兼习中学、西学的学堂。随着学务的推进，各地书院大都改造成为各级学堂。这是旧式教育机构中改造最为普遍彻底的一类。
《钦定蒙学堂章程》规定：凡各省府厅州县原有义塾，并有常年经费，此后应按照此蒙学课程，一律核实，改办公立蒙学堂。《奏定学堂章程》规定：各省府厅州县，如向有义塾、善举等事经费，皆可酌量改为初等、高等小学堂经费。原有的社学、义学逐渐改为学堂、半日学堂或简易识字学塾，多数社学、义学经费被挪用于办理各项新政，无形中消失。但社学、义学仍有继续设置者。不仅民间如此，有的还由直省及地方学务主管部门所办。
私塾改良，源于西方传教士来华后指出中国固有教育的教学内容和方式方法，都已落伍。其说渐为趋新士人及部分官绅所认同。内外官员在兴办新式学堂的同时，认定学塾为私塾，采取程度不一、效果各异的干预行动。但由于经费不足以及学堂多有不适合中国国情之处，直到清亡，一般民众仍以学塾为受教育的主要选择，私塾改良的效果非常有限。
1910年7月，学部发布《通行京外学务酌定办法并改良私塾章程文》，这是第一份全国性的改良私塾章程，要求京师督学局、各省提学司督饬各地劝学所办理改良私塾事宜。具体分为初等、高等两种，对应初等及高等小学教科程度。其中又各分为一、二两级，初等改良第一级课程至少须授修身、国文、读经讲经、算术四课；课目遵用部定之本；各书均须讲解，不得专主背诵；学生以各科课本教授完竣为毕业，毕业年期及分配课时应预行规定。在此基础上，讲解详明，能参用初等小学教授管理法及其施行规则者则为第二级。高等改良第一级课程在原有四科基础上，加授历史、地理两科，其国文、算术两科课时酌量增加。第二级课程可酌加格致、体操；参用高等小学教授管理法，并施行高等小学规则；每年期考、年考各一次，由劝学所人员会同考试，给予毕业凭单。学生达到30人以上，有一定标准的固定经费，初等、高等改良私塾可改名为初等、高等小学。
宣统元年，学部要求各省将改良私塾成绩报部，河南小学堂仅3296所，学生79105人，而改良私塾则近万所。以改良者占总数的两成、每塾平均11名塾生计，全省私塾总数达50000所，塾生550000人。[11]其时私塾、塾生、塾师的数量远远多于学堂、学生、教习。舆论对于朝野大力兴学之下，学堂不增，私塾反而日见其多，大感怪异。
