人心除有感觉的领域外，尚有所谓良知存在。良知本身即为理性，不必假于后天的修养而得，良知是无限的与永恒的。良知即只有一个且与理性并存，自无始末可言。倘若我等能遵循良知或理性行事，则肉体的生命即能转变成无限的与永恒的，亦即能得永生。
中江为人德行高洁，但他的哲学思想并不能获得朝廷与人民普遍的爱戴。当时的幕府深恐个人若依其良知分辨是非，独行其是，社会可能缺乏共同准绳。适值另一位阳明学派的支持者熊泽藩山（Kumazawa Banzan）从研究形而上学更进而批评时政及武士道，幕府遂乃乘机予以逮捕。后来熊泽俟机逃至深山，在森林中度过残年。至1759年，幕府颁布敕令禁止传播阳明哲学。至此阳明学说乃销声匿迹，本为温顺的日本民心渐朝军人本色发展，一改传统对佛教的和平信仰而成振奋人心的爱国武士。
日本学者对中国学术的研究，不仅得自宋朝学者对古代经典的诠注，而且直接从孔子的著作中得以了解，因此像伊藤仁斋（Ito Jinsai）与荻生徂徕（Ogyu Sorai）等人对日本学术的发展均主张建立日本思想的古典学派，并坚持应超越各代评注者而直接对孔子言行加以研究。伊藤仁斋的家人并不赞同他研习儒道，讥骂他的研究是不切实际的，并预言如他继续研究学问将会贫贱至死。因为他的家人认为：“研究学问是中国人的专长，对日本人来说却毫无用处，即使很有学术也卖不出去，倒不如学当医生好赚钱。”伊藤对家人这些劝告听而不闻，不顾家庭的地位与财富，舍弃物质享受，将其房屋财产让给小弟而隐居山野，继续潜研学术。他相貌英俊，时常被误认为皇太子；他衣着朴素有似农夫，并常潜居以逃避大众的眼光，曾经有位历史学家对他描述说：
仁斋晚景贫困，甚至过年亦无做糕之米，但他坦然处之。其妻在此困境下曾伏跪于侧倾诉道：“尽管环境困苦，我尚能安贫乐道，唯有一点使我难以忍受，那就是我们的幼孩因不解贫穷处境，对邻居小孩的年糕常起嫉妒之心，虽然我谴责了小孩，但我内心无比心酸。”仁斋并没回答，继续注视他的书。随后，他又脱下了暗红色的戒指交给妻子并说道：“把它卖掉，买些年糕给小孩吃。”
仁斋在京都创立了一所私人学府，在该学府讲学40余年，训练从事哲学研究的学生计达3000余人。他偶尔亦讨论形而上学，他认为宇宙乃是一个有机体，生命应凌驾于肉体的死亡之上。但他仍与孔子相同，赞同现世的实际生活。
学问贵在经世致用，如舍弃人伦关系，仅谈经略国家，那是毫无益处的；研究学问不可死背理论或推理……学问之道应于日常生活中得之……舍弃人伦关系而欲得学问之道犹似捕风捉影……平凡之道才显得伟大；此外世上实难有伟大可言。
仁斋去世之后，其子伊藤东涯（Ito Togai）承其衣钵。东涯也淡泊名利，他曾说：“人死后很快即被遗忘，但有些人为求死后留名，著书立说俾便留传千古，这实在是一种错误，因为到头来留传千古者究有几人？”在他有生之年，著作繁多计达242卷。他为人谦恭，天资聪慧。论者曾称赞他的著作远胜于法国作家莫里哀的《道德的催眠》（Virtus Dormitiva）。东涯的学生也指出其师在242卷著作中未尝对其他哲学家有中伤之言，诚属难能可贵。在东涯去世后，其学生在墓碑上铭刻着下列词句：
他不道人之短……他终生献身于学术研究。
他度过平静无事的一生。
继之而起的最伟大的儒家学者荻生徂徕，曾经自豪地说：“自日本第一个天皇——神武天皇以来，绝少学者的成就能与我分庭抗礼！”荻生与东涯不同，他喜欢辩论，并常对历代及当代哲学家加以批判。曾经有一位年轻人向他问道：“您除读书之外是否别有嗜好？”他答道：“人生之乐趣莫过于吃烧豆及批判日本历代伟人。”波川天人（Namikawa Tenjin）曾说：“徂徕诚可谓日本伟人，但他自认已通晓所有应被了解的事物，这种习惯未免不太好。”荻生虽然骄狂，但也有谦逊的时候，他曾说：“日本人包括他自己都可说是野蛮人，只有中国人才够资格说是文明人；而所有真理名言，都早已为孔子及儒家诸贤所道破。”他的言论曾激起了武士及学者们的不满，所幸当时的幕府吉宗将军欣赏他的勇气而对他加以保护，他才得幸免于难。就像中国儒学大师荀子攻击墨翟的兼爱学说，及英国哲学家霍布斯驳斥卢梭性善思想一样，徂徕设立讲坛于江户，并对仁斋的性善理论加以驳斥。他认为人性本恶，唯有透过人为的法律限制、道德观念以及教育的实施，才能培养良好的公民。他说：
人之欲望，与生俱来。我等对无穷的欲望如不知节制，即起斗争；斗争一起，混乱也随即将至。先王因厌恶混乱，乃制定礼节与正义之准绳，用以节制庶民欲望……道德乃帝王用以御制人民之工具，非与生俱来，亦非为人心所趋，而仅是某些圣贤之构思，作为国家统制之准绳。
犹似在证明荻生徂徕之悲观属实，其后一世纪的日本思潮竟放弃效法孔子的中庸之道，并在中国信徒与日本本土崇拜者的痛苦笔战中迷失了方向。在此保守与维新之役中，维新派终以极度赞许日本固有典章制度而获得胜利。汉学者或仰慕中国学者认为日本野蛮无文化，主张智慧学术无不来自中国，并以翻译及评述中国文学与哲学为己任。日本民族学者认为一味学习中国的态度，是阻碍日本进步的绊脚石，同时也是不爱国的行为，并呼吁全国放弃学习中国的一切，在自己的诗与历史的渊源中创新并发扬光大。贺茂真渊曾攻击中国人为本性邪恶的民族，推许日本人是天性善良的民族，并将日本缺乏早期或土生文学与哲学归因于日本人无须德性或智慧上的教训。13
有一位年轻的医生叫本居宣长，因访问贺茂真渊时受到鼓舞，尽其34年光阴写成44卷《古事记》评论——该《古事记》系日本传说，特别是神道、传说之古典集。在此评论中有力地对日本国内外一切关乎中国的东西加以攻击。该评论大胆地主张日本三岛、天皇及日本民族起源神圣的故事全部是真实。据德川摄政之特殊看法，该评论在日本学术界激起了恢复自己语言、生活方式与传统的运动，进而复兴神道反对佛教，并恢复天皇至高无上的权威。本居宣长指出：“日本系太阳女神的出生地，此一事实证明日本较其他国家更优越。”至本居宣长死后，他的学生平田笃胤（Hirata Atsutane）亦作主张如下：
日本系众神之国，其居民系神之后裔，这方面有两个基本理论证据竟一直惨遭忽视，真是太可悲了。日本民族与中国、印度、苏俄、荷兰、泰国、高棉及全世界其他民族，仅有种族的差异而无地位的不同。日本国人视其国家为众神之国，绝非出自虚荣心。盖创造各国之众神毫无例外均属神圣时代（The Divine Age）出生于日本者。因此，日本乃是其出生国，全世界均承认日本国名，可说是名实相符。韩国人首先熟谙此一真理，经由他们传布遂遍于全世界，而为世人所共认……外国人当然也是造物者神力所创造，但他们绝非伊弉诺尊与伊弉冉尊所创造，它们更非产生太阳女神的国家，这就是它们地位低落的原因。
以上即创造尊皇攘夷（Sonno Joi）运动，力主尊天皇攘外夷的代表人物及其主张。19世纪，此运动鼓动日本人推翻幕府，并重建神圣皇室之最高权威。20世纪该运动扮演重要角色，促成狂热的爱国主义，直到其所谓“天子”能统治复活东方沃野千里的土地时，才会满足。
1 这个字是已故的新渡户稻造（Inazo Nitobe）所创造。
2 妇女与平民禁止切腹自杀，但妇女允许以自害自杀，当妇女为对其被触犯表示抗议时，她们被允许以匕首割喉或以戳切动脉自杀。每一妇女切喉均训练有素，极具艺术，并学会于自杀前低绊其四肢在一起，避免死态欠雅。
3 1699年，日本贩卖及拐骗人口被政府明令禁止。
4 在每年7、8月期间，中午到下午4时准许午睡。生病工人由国家供养，而免费的棺木随时供应给那些服劳役期间去世的人。
5 1657年，江户（东京）火灾是日本历史上最大的火灾之一，约有10万人丧命。
6 1905年，东京一地即有1100个公共浴室，可容纳50万人每日沐浴，费用很少。
7 另一方面，有些日本人因采素食，连续食用过量，极易有消化不良症状。
8 茶叶的种植为近代日本主要产物之一。荷兰东印度公司曾于1610年在欧洲以1磅4美元的价格出售茶叶。1756年汉韦（Jonas Hanway）曾指称欧洲人男士的身材与女士的容貌不若往昔，均为饮茶所致；而主张改革者指责饮茶是一种不洁的野蛮习惯。
9 丰臣秀吉与千利休均相互敬仰对方的才华。但后来秀吉指控千利休欺诈，而千利休反唇相讥指控秀吉诱奸其女。最后千利休切腹自杀。
10 卖子为奴、卖女为娼的事，仅在低阶层的家庭或为环境所迫的情况下才会发生。
11 默多克说：“凡在闹饥荒或瘟疫时期，京都及奈良僧侣寺院常发大财，因在此种非常时期，信徒们均捐献求佛，毫不吝惜。”
12 “1454年左右……僧侣常买进男童，将其眉毛剃掉、脸涂脂粉，着女孩服装，俨然女孩打扮，再轮以鸡奸；在德川家光时期，因僧侣品行欠佳，影响所及，鸡奸风气似极普遍，特别是在僧侣寺院更为常见。法令虽诸多限制，但并不能纠正此恶习。”
13 据萨道义爵士（Sir Ernet Mason Satow）意译贺茂真渊的训示：“在古时人类个性率真憨正，根本不需要复杂的道德系统……其时更不需要是非善恶之分。但是中国人心地诡谲……貌似忠实，内藏奸诈。由于行为恶劣导致社会的混乱。至于日本人则因本性直爽，无待教训即能好自为之。”
