事情出在朱淇的哥哥朱湘身上。朱湘是清举人，主持西关清平局事务。
朱淇起草了起义的《讨满檄文》，朱湘得知后，生怕连累到自己，便冒用朱淇的名义向李家焯告发。
李家焯连忙报告谭钟麟。谭钟麟一听，惊得汗如雨下，一副狼狈相。呆了一阵才缓过神来，连忙调兵遣将，加强广州防卫，并派李家焯领兵搜索双门底王家祠和咸虾栏张公馆，把守各处关口和码头。
这时，孙中山和陆皓东正在河南一个秘密机关里，听到清兵出动搜索的消息，连忙布置转移。陆皓东自告奋勇，要去云岗别墅焚毁兴中会名册，以免落入朝廷之手。孙中山同意他前往处理，并与陆皓东约定：事完之后，黄昏在水鬼潭埠头会台，然后一同离开广州。
陆皓东立即渡江赶到北岸的云岗别墅，焚毁了兴中会名册。正要撤离，清兵已把云岗别墅重重包围了。
除了陆皓东，被捕的还有程耀宸、程奎光、程怀、刘次、梁荣等人。
这天黄昏，化装成商人的孙中山到了水鬼潭埠头。他等了很久很久，仍不见陆皓东的影子。他知道好朋友凶多吉少了，迫于风声越来越紧，只好独自登上一只事先备好的小汽艇，在弯弯曲曲的小水道里拐来拐去，终于躲过敌人的盘查，朝香山县唐家湾方向驶去。
杨衢云虽是接到孙中山“不要再来”的电报，但七箱军械早已经交给“保安”号轮船，若是起回，又怕事情败露。于是只好硬着头皮，仍派朱贵全、丘四带领二百人随船赶往广州，同时复电孙中山：“接电太迟，货已下船，请接。”
28日清晨，“保安”号轮船刚刚抵达广州，等候多时的南海县令李征庸及巡勇管带李家焯即挥兵上前截缉。起义者们的七箱枪支，全被杂货积压在下面，临时根本无法拿出，朱贵全、丘匹等四十多人无奈，束手就擒；木箱内的二百多支手枪和弹药，也尽被查获。
广州起义至此即告彻底失败。
陆皓东被捕后，被押到南海县县衙，县令李征庸亲自审讯，严刑拷打，妄图逼使陆皓东供出同党而一网打尽。然而，陆皓东坚强不屈，横眉冷对李征庸，嘲笑似地对他说：“你虽严刑加之于我，但我肉痛心不痛，你将奈我何？”
11月7日，谭钟麟令营务处将陆皓东、朱贵全、丘四三人绑赴刑场杀害。广东水师统带程奎光，在营务处受责六百军棍，病死狱中。闻知陆皓东牺牲，孙中山极为悲痛，称他是“命士之英才”，“为中国有史以来为共和革命而牺牲者之第一人”。接着，清政府下令对孙文、陈少白、杨衢云、朱浩、汤才、王质甫、李杞、侯艾泉、夏百子、莫亨、吴子材等十余人悬赏捉捕。
孙中山被列在缉捕名单的最前面，赏银也最高，为花红银一千两。另外，清朝总理衙门向亚洲、美洲、欧洲各国清使馆发电，通缉孙文。
再说孙中山于10月27口晚上到达唐家湾之后，马上改坐轿子赶到澳门。过了两天，从澳门搭船去了香港。
到了香港之后，孙中山与陈少白、郑士良会合，搭船前往日本，终于摆脱了清廷的追捕。
●伦敦被禁
广州起义失败以后，清政府悬赏花红银一千两通缉捉拿孙文，在通缉令上还把孙文的“文字”加上三点水，故意写作“汶”，把革命家当作洪水猛兽，以示痛恨。两广总督谭钟麟还打电报通知香港，日本、新加坡、伦敦等地的驻外使馆，密切注意孙文的行踪，相机捉拿归案。
孙中山此时并不气馁，斗志更坚。但国内已经很难呆下去，他被迫逃亡国外。在一个月黑的夜晚，他乘船悄然离开了广州，经澳门到达香港，后来，又匆匆与郑士良、陈少白等人一起会合，抵达日本，在神户上岸后，他买了一张日文报纸，看见上面有一条日文新闻，标题是“支那革命党首领孙逸仙抵日”。当时，反清起义并不用“革命”两字。孙中山颇感新奇，边看边小声念叨着“革命，革命，革命党”。他碰了碰坐在身边的陈少白：“你看，日本人称我们为革命党。”
少白凑过来看了这则新闻说：“这不比以往用的‘发难’‘起事’一类的词更好吗？”
孙中山思忖片刻说道：“革命二字，出于《易经》中的‘汤武革命，顺乎天而应乎人’一语。日本人称我们为革命党，意义甚佳。”
“那我们以后就称为革命党吧，这比‘会党’一词更有战斗性。”陈少白建议道。
“好吧，称为革命党。”孙中山点头微笑。
1895年11月，孙中山到了日本横滨。这时，他毅然剪去了头上的辫子，换下了清朝的服装，表示与清朝反动政府的彻底决裂。在横滨，孙中山组织了兴中会横滨分会，有几十名华侨参加。
年底，孙中山离开日本，重赴檀香山。檀香山本来是兴中会的创始之地，但是由于广州起义失败，不少会员灰心丧气，会务也基本陷于停顿。孙中山虽然竭尽全力加以整顿，不辞劳苦地奔波鼓动，也重新发展了一批新会员，并且成立了“练兵会”，作为训练武装干部的组织，但最终由于革命风气不盛，因而进展迟缓。
为了扩大兴中会的力量，孙中山考虑到在檀香山暂时难有大的发展，便将注意力移向了美洲大陆，因为美洲大陆的华侨，远比檀香山群岛的要多，孙中山决定前往开展宣传工作。
在准备启程前往美洲的前夕，孙中山漫步在檀香山街头。这里气候温和，树木葱笼，奇花烂漫，碧波荡漾。但美丽的风景提不起孙中山的兴致，他一边走，一边想着去美洲大陆的计划。突然，一辆载着四五人的马车，迎面奔驰而来。孙中山一惊，仔细一看，车上坐的竟是他在香港读医科大学时的老师康德黎夫妇和随员。他乡遇故知，孙中山喜从天降，他忘却了礼仪，来不及打招呼，抓住车扶手，敏捷地跳上了马车的踏脚板。
康德黎夫妇正在全神贯注地欣赏太平洋的热带风光，给这位“不速之客”吓了一大跳。同车的日本保姆，以为来者是日本人，忙用日语问道：“先生，你要干什么？”
“我是孙逸仙”，孙中山满脸笑容，用英语问候，“老师，您好！”
康德黎夫妇定睛一看，果然是他的学生孙逸仙！只不过他已经穿了西装，去掉了辫子，留了胡须。
老师夫妇转惊为喜：半年以来时时悬念的孙逸仙，现在竟平安地出现在自己的面前。
康德黎异常高兴，连忙招呼马车停下，急切他说：“我离开香港前两天，有人告诉我，说你在檀香山，没想到今天竟不期而遇。”
师生畅快地交谈着。康德黎告诉孙中山，他这次是回国休假，途中登岸游览小憩，真是巧遇。孙中山也将自己即将启程赴美，再打算到英国的计划报告了老师。康德黎一听，马上将他在伦敦的住址告诉了孙中山，相约在伦敦会见。
谁也没有料到，当孙中山后来在英国伦敦蒙难，生命濒于危急的时刻，擅香山街头的这次奇遇，对帮助孙中山逃出死地，竟然起了关键性的作用。1896年6月，孙中山到了美国。他首先在太平洋东岸的旧金山登陆，然后横穿美洲大陆，一直到大西洋西岸的纽约。沿途每到一地，总要留住十天半月，向当地华侨痛陈国民危困的惨状，宣传革命救国的道理。但是，孙中山发现，美洲华侨对革命的冷漠状况，比檀香山更甚。他奔波各地，活动了几个月，但响应他革命号召的人寥寥无几。尽管如此，孙中山自己却认为，这是为革命而播种，是辛勤的、艰难的播种，革命的种子总是要发芽、生长的。
1896年9月底，孙中山离美赴英，到达伦敦。他一踏上伦敦的土地，就警惕地左顾右盼，注意有没有人跟踪他。当时他没有发现任何异常情况，悬着的心才开始轻松一些。
但是，他完全没有料想到，他的一举一动，早被一位受雇于清公使馆的碧眼高鼻的英国私家侦探尽收眼底了。10月2日，也就是孙中山到达伦敦的第二天，关于他活动的情报，已经送到了清政府驻英国公使馆参赞、英国人马格里爵士的办公桌上。
10月11日，星期天，上午10时许，孙中山按照事先约定，准备去看望住在罩文省街的老师康德黎博士。走到半路，忽然发现从后面赶上来一个穿着中国服装的人。那人注意地盯住孙中山，突然用英语向他探问；“您是日本人，还是中国人？”
“中国人。”孙中山见是一位本国人发问，便用广东话与其交谈起来。
“听您口音，好像是广东人？”
“是的。”
“啊，我们还是同乡呢。”那人顿时热情起来，又进一步问：“您尊姓？”“姓孙。”
“敝人姓邓，名廷铿，就住在前面不远。”
孙中山打量了他一下。只见他三十多岁年纪，身高体壮，脸上却瘦得双颤突出，两只黄眼珠显得捉摸不定。他衣着整齐，看上去既不像中国留学生，也不像做买卖的。不管怎样，在远离故国的伦敦大街上遇到这么一个同乡，还是值得高兴的。于是孙中山道：“你府上在哪里？”
邓指着对面街不远的房屋说：“那里就是。”
孙中山不知不觉地和邓一起走到了波德兰区49号。
这时，又一个中国人出现了。邓向他介绍说：“这位孙先生是我的同乡。”那人显得十分热情，对孙中山连拉带劝：“到我屋里坐坐，抽根雪茄，喝杯红茶，叙叙乡情呀！”
孙中山因事先和康德黎老师有约，便极力推辞。这时候，从楼房里又走出一个满面虬髯的大汉，也非常客气地请孙中山到楼里坐坐。说着，他们一边一个挽住孙中山的胳膊，不由分说把他拉了进去。等孙中山回头去找邓廷铿时，他已不见了。
孙中山一进门，便听见“呯”的一声，大门被迅速关上了，又“咔嚓”
一声上了锁。孙中山看见大厅里有好几个中国人正看着他，便大声发问：“你们要干什么？这是什么地方？”
“走，到搂上去再说！”那两个大汉变了脸，语气也强硬起来。他们挟持着孙中山，带到三楼的一间空房子里，把他往里一推，便锁上门扬长而去。不一会儿，一个碧眼黄须的英国老头儿走进屋里，用生硬的中国话对孙中山说：“对你来说，这里就是中国。”这句话，他一连说了两遍。孙中山这才明白，这里是中国驻英使馆，他被秘密绑架了。
“你是什么人？”孙中山用英语问道。
“我是马格里爵士，是贵国使馆的参赞。”
孙中山前几天曾听康德黎老师谈起过，就是眼前这个马格里，以前在上海参加过华尔的“洋枪队”，是个镇压太平天国起义的刽子手，不由得对他怒目而视。
马格里得意洋洋地说：“你就是孙文？”
“是的，我是孙文。”
“驻华盛顿的中国公使来电，说你乘轮船来这里，让我们扣留你。”马格里凶相毕露地说。
“为什么？”孙中山气愤地问。
“你是贵国政府通缉的要犯，你一到伦敦，我就雇了侦探社的便衣跟踪了你好几天，现在终于把你捉到了。我刚才已经打电报给贵国，你必须在这里等候总理衙门的覆电。”说完，马格里不怀好意地冷笑一声，出门去了。孙中山在房中焦急地踱步徘徊，透过窗户，凝视着蔚蓝色的天空，双眉紧锁，思考着应付窘况和脱逃的办法。
●蒙难脱险
孙中山被囚于清政府驻伦敦公使馆的楼上，心中不免焦急。心想，革命大业未成，不能就此束手待毙，一定要设法逃出去，首先要把被绑架的消息告诉老师康德黎博士。
于是，孙中山疾步走到门边，请看守喊来马格里。
孙中山问：“我被你们扣留在这里，能不能让我的朋友知道？”
“不行！”马格里一口回绝，“但是，你放在旅馆中的行李，可以写个便条，让这里的人去为你取来。”狡猾的马格里企图用这个办法搜索孙中山的行李，看看能否取得机密文件或其它有价值的东西。
孙中山识破了马格里的诡计，告诉他：“我不住旅店，只有康德黎博士知道我的住址。”
于是，孙中山写了一张纸条，说明他已被幽禁于中国使馆，请将他的行李送来。孙中山要马格里将这张纸条交给他的另一个老师孟生博士，请孟生转交给康德黎。
马格里接过纸条一看，皱着眉头说：“不能说被禁。”
孙中山又重新写了一张纸条。马格里假意答应转交，拿着便条走了。他前脚刚走，后脚就来了一个木工，乒乓乒乓地给门上加了一把新锁，又用几根铁条把窗户钉得结结实实。
几个小时后，马格里又派来一个叫柯尔的仆人，对孙中山进行搜身检查，将他装在口袋里的钥匙、铅笔、小刀、纸张等搜索干净。
马格里对这个仆人严厉地说：“不论孙文给你多少钱，你都可以收下，但是他给你的任何一张纸片，你都必须直接呈送给我。”
“知道了，照你的吩咐办。”柯尔答道。
晚上，马格里又在囚禁孙中山的房子门外加了两个门卫，日夜监视，让他插翅难飞。
夜间，周围一片寂静，只有门外的看守在走廊上走路的脚步声不时传入耳中。孙中山静静地躺在床上，眼睁睁地盯着天花板出神，寻思着用什么办法才能把自己被捕的消息传出去。
一连几天，孙中山都是在焦急中度过，他见行李始终没有送来，便知道上了马格里这只老狐狸的当。他买通看守，悄悄弄来了纸和笔。这几天，他多次请求柯尔帮助送信，但柯尔不是拒绝，就是把信交到马格里手里。
孙中山实在想不出什么别的办法，他只得将身边仅有的两张纸裁成几块，都写上给康德黎博士的求援信，然后用纸条裹着硬币，打开窗子，把几张纸条从窗外向街道掷去，希望能被过路的人拾到，按纸上的地址去送给康德黎博士。他想，只要有一架纸条送到，就有营救的希望了。
但事与愿违，可能是力度不够，几张裹着硬币的纸条全被使馆的人捡了去。随之而来，整个窗口都被封死了。
正当孙中山无计可施，十分苦闷的时候，马格里却酝酿着一个更加恶毒的阴谋：他准备和一家轮船公司商量，包租该公司的船只押送孙中山回中国。按照英国的法律，未经英国政府的许可，外国使馆是不能随便捕人的。
马格里认为，如果能得到一份孙中山“自己来到使馆”的书面证明，他们执行“租船押送孙中山回国”的阴谋就会比较顺利。如果此计不成，就把孙中山当作疯子，堵上嘴巴，捆起手脚，装在一只大木箱里偷运回国。
这时候，邓廷铿又在孙中山的面前出现了。
邓廷铿装着十分抱歉的口吻说：“前几天强迫孙先生到此，实在是公事公办，没有办法，请孙先生海涵。”
孙中山坐在椅子上，面色威严，没有吭声。
邓廷铿继续谦恭地说：“兄弟今天前来看望，实在是想表达下我的个人感情。”
“你如果真的是为友谊而来。则打算怎样援助我呢？”孙中山不紧不慢地问。
邓廷铿提出：“我为孙先生想了一个办法，你可以写一封信给龚照瑷公使。信中须要竭力表白本系良民，并非乱党，只因朝廷官吏诬陷，使我遭受嫌疑，因此，亲自来到使馆，请求昭雪。”
孙中山情急之中，未多思索，按照了邓廷铿的意思，写了一封信。邓廷铿高兴万分，拿着这封信，连招呼也未打就匆匆下楼去了。
这时，孙中山大声叫了起来：“中计中计！”
孙中山之所以再次坠入邓廷铿的奸计，在当时实在是以为这是获得自由的唯一途径。因为如果被押送回国“正法”，无论是在国内，还是在海外华侨中，都会给革命运动带来重大的损失。
第二天，仆人柯尔照例给孙中山送来了食物和煤炭。这一天，已经是孙中山被囚的第六天了。经过多无的观察，柯尔看出孙中山是个好人，孙中山也感到柯尔富有同情心，心地比较善良。
柯尔看着孙中山愁苦的面容，问道：“你究竟是什么人？”
孙中山说：“我实在是个好人，并不是他们所说的疯子。我是中国的国事犯，现在被迫流亡海外。”
“什么是国事犯？”
“你听说过阿美尼亚人的事吗？”
柯尔点点头。
孙中山知道英国人对基督教怀有特殊感情，就向柯尔解释道：“现在中国的皇帝要杀害我，正如土耳其苏丹要杀害阿美尼亚人一样。土耳其苏丹仇视阿美尼亚族的基督教徒，所以要杀害他们。中国皇帝仇视中国的基督教徒，也要杀害他们。我是一个中国基督教徒，而且曾经尽力谋求改革中国。凡是英国人都同情阿美尼亚人，像我这样的情况，如果让英国人民知道，也一定会同情的。”
柯尔显然被感动了，问：“不知道英国政府能不能给予援助？”
孙中山很有把握地说：“英国政府一定乐于相助，这是不用说的。我的生命，现在其实是系在你的手上，你如果能让外界知道这件事，我的生命就能够保存，否则，只能任其杀害。”
孙中山略微停了一下，继续说道：“请你再三想想：我们是以崇拜上帝为重，还是以尽职雇主为重呢？”
柯尔明白了，点点头走出去了。
第二天，柯尔继续送煤进来，加完煤后，用手指指煤篓走开了。孙中山拨开煤块一看，有一个纸团。打开来，只见上面写着：“我可以替你送一封信给你的朋友，不过写信时要小心，当心监守人的眼睛。他们在锁孔中监视你的行动。”
孙中山赶紧在贴身口袋里掏出一张暗藏的名片，躺在床上给康德黎写了几句话，交给了柯尔。
善良的柯尔在另一位英国女仆的帮助下，冒着被使馆解雇的风险，终于把孙中山被诱捕囚禁的消息告诉了康德黎博士。
孙中山失踪后，康德黎博士十分焦急。一接到孙中山被绑架的亲笔信，马上找到孟生博士，一齐商量营救的办法。
他们首先报告了伦敦警察局，要求警方干涉此事，遭到婉拒。接着，他们又赶到英国外交部，那些官员也都模棱两可，不肯马上交涉。为了抓紧营救，康德黎急忙赶去雇私人侦探，日夜监视中国使馆，防止他们把孙中山暗中转移。
孟生博士赶到使馆求见，出来接待的是一个翻译，此人正是邓廷铿。孟生开门见山他说：“我要见一见孙逸仙先生！”
邓廷铿故作惊讶：“什么孙逸仙？这里没有此人！”
当天夜里，康德黎博士又赶到伦敦最有名的《泰晤士报》社，揭露中国使馆的违法行为，碰了钉子，只得又到其他报社奔波求援。
第二天，《地球报》用“革命家在伦敦被诱捕”为题发表了这个消息。
当天，《中央新闻》、《每日邮报》的记者纷纷来访康德黎。次日，伦敦的各家大报又以特大标题，竞相报道了中国公使馆这一丑闻。
消息传开，舆论为之大哗，英国社会上掀起了轩然大波。许多英国公众拥到清使馆门口，高呼“释放孙逸仙”的口号。有人愤怒地声称，如不放出孙逸仙，就要捣毁清使馆。
在强大的社会舆论压力下，英国政府只得派遣代表向清使馆提出交涉。
英国首相兼外交部大臣沙利斯堡还向清使馆递交了备忘录，要求按照国际公法和惯例，迅速释放孙逸仙。
10月23日，被非法囚禁了十二天的孙中山终于被释放了。当他从使馆出来时，伦敦的街头人山人海，热情的英国公众早已在门口等候多时了，他们纷纷向孙中山挥手致意，热情地齐声欢呼：“孙逸仙！孙逸仙！”
此情此景，充满着斗争精神和英雄气概的革命民主主义者孙中山无限感慨，无限激动。回到旅馆，记者们蜂拥而至，把孙中山团团包围起来。孙中山慷慨陈词，详细揭露了清政府这一卑劣的绑架阴谋。英国各报继续以大量篇幅报道了这个事件的始末。
这样，这次卑鄙的绑架事使清政府的腐朽和残忍本性更加臭名远扬，中国革命家孙逸仙的名字瞬间便传遍了全世界。
●潜心研读
一个真正的革命者，绝不会因为经历了一次死亡的危险就畏直不前，孙中山虽然在伦敦遇险，差点被杀头，但丝毫没有削弱革命意志。正如他在获释第二天给伦敦各报主笔所写的声明那样：“我对立宪政府和文明国民意义的认识和感受愈加坚定，促使我更积极地投身于我那可爱而受压迫之祖国的进步、教育和文明事业。”
孙中山反思自己的革命经历，深深感到自己的才智和学识还不足以应付实际斗争的需要，便决定暂留伦敦，这样做一方面能比较从容地思考一下今后的计划，另一方面可以利用大英博物院图书馆的丰富藏书，潜心研究，并实地考察欧洲各国政治经济的情况，进一步探求救国的真理。
就这样，孙中山开始了一段在异国读书、研究的生活。在这期间，他几乎天天都泡在博物院的图书馆里，博览群书，几乎对一切都感兴趣：外交、法律、矿物、农业、畜牧、机械、政治、经济等，各种书籍都看，而尤其重视社会问题和政治问题。
他这样日夜苦读，是有着明确的政治目的的。后来他曾说，他所学的一切学问，都是“革命之学问”，凡任何有助于增进革命知识和能力的，他都认真去研究，作为组成他的“革命学”的素材。
清使馆对孙中山的动向仍然十分关注，他们继续委托侦探社监视孙中山的行动。该侦探社1897年4月18日向使馆的报告，今天读来是很有意思的：“他（指孙中山）的行动很有规律，几乎每天到大英博物院图书馆，谭文省街46号，霍尔庞邮局。。在大英博物院图书馆，他不变的总是进阅览室，并停留几小时，偶然的为要吃些点心，就到布莱街金谷面包公司，之后，有时仍回大英博物院图书馆。”
6月24日，侦探社又报告说：“此人经常地到大英博物院图书馆，在那里停留至下午7时或8时。”
这些报告，成了孙中山当年居留伦敦时刻苦读书的真实记录。
康德黎博士后来也与友人谈到过：“孙逸仙在伦敦和我们住在一起的时候，从来没有浪费过光阴。他时时都在工作，他所读的书，各方面都有。。孙逸仙在今日的中国，是一个获得最广博最高尚教育的人，这是无疑的。”孙中山曾说过：“我一生的嗜好，除了革命之外，只有好读书。我一天不读书，便不能够生活。”他爱好读书，甚至在危急情况时也矢志不移。有一天晚上，阅览室里的读者都走了，孙中山已经十分疲倦，就伏在桌子上休息一会。这时，他晚饭还没吃，摸摸口袋，生活费已经所剩无几。就在他准备出门买面包时，进来了三个中国留学生找他讨论问题。一位稍微年长一些的学生见他满面倦客，关心地问：“孙先生近来身体怎样？”
“不错！”孙中山打起精神回答。
伦敦的中国留学生与孙中山的关系比较融洽，知道他生活困窘，便时常接济他。这时，其中另一位中国留学生笑着说：“恐怕又是囊中羞涩了吧。”
孙中山拍拍口袋说：“今晚还能过得去。”
说完，那三位同时笑了起来。他们拉着孙中山去吃饭，又共同凑了三四十英磅送给他。
可是不到三天，孙中山就把这笔钱几乎都用来买了新书，其中有许多关于英法资产阶级革命的书籍。在孙中山看来，为了探求救国的道理，生活苦一点没有关系，一两顿饭不吃不要紧，学习比吃饭更重要。
孙中山在英国这一时期，除了通过读书研究资产阶级民主主义理论，接触有关社会主义运动的学说外，还找机会认真地观察资本主义的社会政治制度。
他经常专门抽空到英国宪政俱乐部等处考察调查，跟流亡伦敦的各国革命者交流经验，商讨问题。他看到英国虽然富强，但广大劳动人民的生活却十分悲惨。伦敦的产业工人举行总罢工，竟遭到政府军队的残酷镇压。
对于英国社会的这些现实情况，孙中山感触颇深。他设想通过一些办法，避免资本主义进一步发展带来的“祸害”。他的社会经济观点——民生主义，就是在这时开始形成。他决定采取民生主义，与民族、民权两个问题同时解决，初步形成了三民主义的主张。
由于当时欧洲的中国留学生人数不多，距离中国又路途遥远，孙中山决定离英赴日，就近谋划中国革命。他离开伦敦，又一次横渡大西洋，经过加拿大的蒙特利尔、温哥华、维多利亚等地，于1897年8月中旬再次到达日本横滨。
在横滨，孙中山结识了两个日本朋友，一个叫宫崎寅藏，一个叫平山周。他们都是听说中国革命家在伦敦蒙难的传奇事件后，慕名前来求访的。他们和孙中山一见如故，畅谈革命，终日不倦。
宫崎寅藏是日本著名的浪人。他比孙中山小五岁，号白浪滔天，相貌雄伟，蓄一口长髯，他是一个游侠式的人物，性情豪爽，交流广泛，行踪不定。有钱的时候，他狂歌善舞，挥金如土，为朋友的急难解囊相助，可以一掷千金；无钱的时候，他就沿街说书、卖艺、唱浪花节来维持生计，蓬头破衣，如同乞丐一样。就是他，后来写了著名的《三十三年落花梦》。
平山周是个二十六、七岁的日本青年，英俊倜傥，性格耿直，也和孙中山很谈得来。
通过宫崎和平山的介绍，孙中山又结识了刚当上日本民党领袖的犬养毅，以及大隈重信、萱野长知、头山满、山田良政等日本朝野著名人士。后来，山田良政还亲自参加了1900年的惠州起义，在惠州附近的激烈战斗中英勇牺牲。
宫崎和平山都住在东京。临别的时候，他们都劝孙中山采用化名暂留日本，以摆脱清使馆密探的追捕，并邀请孙中山到东京去，以他们华语老师的身份进行革命活动。孙中山回答说，是暂留日本还是潜回国内，他还要再仔细考虑一下才能决定。
于是，宫崎和平山把自己的地址留给孙中山，便依依惜别地回东京去了。过了几天，孙中山来到东京。他先找到平山周，告诉他已经决定暂时留在日本进行革命活动。平山周听了十分高兴，马上陪孙中山来到宫崎寅藏家里。
为了便于开展革命宣传，他们议了很长时间，最后商定让孙中山住在位于东京市中心银座的对鹤旅馆。他们给孙中山换上了一套崭新的日本服装，便走出门来。
宫崎和平山陪着孙中山，沿着车水马龙的大街向旅馆走去。在日比谷公园附近，孙中山看到一所华丽的住宅座落在一个幽雅的花园之中，便随口问平山周：“这是什么地方？”
“这里是东京大名鼎鼎的中山候爵的府邸。”平山周告诉他。
来到对鹤旅馆，由平山周给孙中山登记。孙中山当时的姓名是孙文，或称孙逸仙。由于事先没有商定化名，平山周犹豫了一下，想想刚才经过中山候爵的住宅，便随手写上了“中山”二字。可是，中山是日本人常见的姓，应当再有个名字。
平山周正踌躇间，孙中山接过平山周手中的笔和登记簿，又加上了一个“樵”字。于是，孙中山又有了一个新的化名：“中山樵”。
进了房间，孙中山风趣地对宫崎寅藏和平山周说：“我小时候，从六岁起就上山砍柴，真是一个中国的山樵啊！”
“中山先生”，宫崎寅藏第一个叫起孙中山的新名字，诙谐地说，“中国革命的道路上，充满了荆棘，也正需要您这位中国的山中樵夫来披荆斩棘啊！”说罢，三个人都哈哈大笑起来。
●援菲计划
在日本，孙中山和菲律宾独立党曾有过一段动人的交往，那是孙中山住在横滨的时候。
夏夜，横滨的气候十分怡人。海风呼呼地吹着，把白天的暑气化为乌有。滨海的沙滩上、大道边和树荫下，到处是纳凉的人们。
孙中山无暇享受大自然带来的阴凉，他把自己关在屋子里，正汗流浃背地在绘制一张中国地图。这不是普通的地图，而是一张别具匠心的《中国现势地图》。在地图上，他把帝国主义在中国划分的势力范围、强占的铁路，一一着色标明，以便看图的人触目惊心。为了唤醒有志之士起来革命，他还为这张地图写了一个后记，内容是：近来中国有志之士，感慨风云。
悲愤时局，忧山河之破碎，惧种族之沦亡，多欲发愤为友，乘时报国，舍科第之辞章，而讲治平之实学矣。。孙中山时而又停下笔端，思索着下一次武装起义的计划。忽然，门外的日本侍女叩了叩门，轻轻地说：“中山先生，有人找您！”
孙中山打开房门一看，门口站着一个三十来岁的汉子，又黑又瘦，上唇蓄着一字型的浓密胡子，手里拎着一只皮箱，脸上露出极度疲惫的神色，两只乌黑明亮的眼睛却显得十分深邃、坚毅。
“您就是孙逸仙博士吧？这么晚前来打扰您，十分抱歉”，那人说着一口不熟练的日语，自我介绍道，“我叫彭西，来自菲律宾。”
“哦，您就是那位菲律宾独立党的著名宣传家彭西先生？久仰！久仰！”孙中山和来人紧紧握手，热情地将客人住屋里让，“快请，请屋里坐！”彭西此次来日本，负有重要的使命。几个世纪以来，菲律宾一直处于西班牙的殖民统治之下。1896年，二十九岁的中菲混血青年阿奎那多领导独立党起义，参加的民众有四十万人，与西班牙统治者进行了顽强的战斗。
后来，美国也企图取代西班牙，要把菲律宾作为它的殖民地。美国政府向菲律宾调派了军舰，对阿奎那多诡称，要帮助菲律宾独立，美国军队攻下了马尼拉，占领了大片领土，打垮了西班牙的殖民统治势力。
1898年6月，阿奎那多在卡维特成立了菲律宾共和国，并被选为总统。
但在年底，美国又与西班牙在巴黎签订和约，决定西班牙退出菲律宾，由美国取代殖民统治。菲律宾共和国对此提出抗议，要求美国政府要求承认菲律宾独立，被美国拒绝。后来，美国竟完全背信弃约，向菲律宾革命军发动突然袭击。
在阿奎那多领导下，菲律宾革命军奋起保卫民族独立，勇敢地抗击侵略者。由于武器缺乏，便决定向亚洲各国求援，并派彭西到日本购买军火。彭西到了横滨，得知中国革命党首领孙逸仙正在横滨，并了解到孙中山与日本朝野人士有所交往，也一定会同情菲律宾的独立斗争。于是，经多方打听，找到了孙中山的住处。
彭西与孙中山走进内室，在席子上坐下来，两人一见如故，亲切交谈起来。
“孙先生，见到您真是万分高兴！我早就听说你的高明医术和革命业绩。从经历上来说，我们是十分相似的。我以前是马德里医科大学的毕业生，从事过医生这个治病救人的崇高职业，后来也和您一样弃医革命，现在正为自己祖国的独立自由而战！”彭西不愧是一位宣传家，说起话来亲切感人。“你们的斗争，早已引起中国人民、亚洲人民和全世界人民的注目。我们中国的革命党人和菲律宾独立战士应该结成紧密的同盟，这样，亚洲革向的力量就可以大大加强。”
“孙先生，您这个主意太好了！”彭西不禁兴奋地站了起来。
孙中山接着转了一个话题，关心地问：“听说贵国近来的独立战争进展十分顺利，是吗？”
“是的。我们已经取得了反对西班牙殖民主义者的胜利，正在与美国侵略军战斗。”彭西把国内情况向孙中山作了介绍，然后提到了这次来日本的使命，“我们现在非常需要大量军火，独立党的领袖阿奎那多派我到日本购置军火。然而，事情并不顺利。。”
彭西告诉孙中山，日本政府正和西方列强谈判修改条约，需要美国的支持，因此拒绝向菲律宾出售军火，形势非常复杂。彭西恳切地对孙中山说：“我得知先生与日本进步人士有联系，因此冒昧请求先生协助购置军火。”孙中山听了，毫不犹豫地表示：“你们反对西方帝国主义列强的胜利，将是所有东方人的胜利！我们的革命事业应该是互相支持的。购置军火的事，我一定尽力而为！”
“谢谢！非常感谢！”彭西一边连声道谢，一边从身边取出一叠支票，连同皮箱一起交给孙中山，“这是购置军火的款子，请点收。”
为了帮助菲律宾独立军购买军火，孙中山到处奔波。第二天一大早，他就找到了宫崎寅藏的住处，后来又把平山周找到一起商议。孙中山把菲律宾独立军想购买武器的事，详细告诉了他们，请他们帮忙。孙中山说：“我们一旦帮助他们争得了菲律宾的独立，接着便可凭借菲律宾同志的力量支援我们的武装起义，掀起一场风暴。我决心带领我们的同志和部下去帮助他们打仗，希望你们也来和我们一起，速其成效。”
宫崎寅藏和平山周素来景仰孙中山，他俩见孙中山态度坚决，便赞成道：“好，来它个痛快的，先干他美国一家伙。”
由于中国革命党人和支持他们的日本友人都受到日本当局的监视，不能直接出面购买军火。必须找一个与中国革命党没有联系、不受当局注意的人来办这个事情。于是，他们三人又找到犬养毅，商议请民党干事、众议院议员中村弥六秘密帮助。
孙中山一面秘密地托人联系购买军火，一面与彭西相商在武装斗争中互相支援的具体计划。最后决走，当菲律宾独立军向美国侵略者大举反攻时，孙中山亲自率领兴中会员取道小吕宋埠赴菲律宾，和独立战士并肩作战。菲律宾独立党领袖阿奎那多接到彭西的报告，对孙中山计划助菲独立，而后菲助中国革命成功的想法，极为赞同。为了支援中国革命，阿奎那多决定赠给孙中山十万日元作为革命经费，并命令彭西亲自把这笔赠款交给孙中山。
兴中会得到这批赠款后，在开展各项活动中，起了很大作用。当年秋季，派陈少白在香港创办《中国时报》；派史坚如赴长江一带，联络会党，扩大兴中会组织；派郑士良在香港设立接待会党的机关；策动惠州、广州军事行动等方面的费用，就是用的这笔款子。
经过暗中联络，中村弥六向枪炮商大仓会社购买了大批军械，包括子弹六百万发、步枪一万枝、大炮十一门、望远镜七架以及火药压榨机和大批制造弹药的材料，雇三井会社的“布引丸”船潜运赴菲，预定驶至菲律宾首都马尼拉附近的一个岛屿，由独立战士接收。孙中山还聘请了三名富有战斗经验的日本军官，随船赴菲律宾帮助独立军训练部队。
1899年7月19日，阳光洒满海面，闪烁着耀眼的光辉。“布引丸”轮在门司港启航了。孙中山站在码头上，一直到渐渐远去的轮船终于消失在视野里，悬着的心才松了下来。
不幸的是，几天以后传来了噩耗：“布引丸”轮在浙江马鞍岛附近海面遇到了台风，不幸触礁沉没。船上的十二个人，包括三名日本军官，全部丧生于狂风巨浪之中。
孙中山并不灰心，他与彭西商议，用剩余的七万五千比索，又设法买到了第二批军火，雇船取道台湾运往菲律宾。美国政府发觉了这一次活动，向日本提出了强烈抗议，日本政府决定，取缔枪支船运出口，援菲计划又一次落空了。
孙中山对菲律宾人民反美斗争的支援，虽然没有成功，但是他积极支持被压迫民族反对帝国主义侵略的正义行为，在旅日的亚洲各国革命志士中引起了反响，得到大家极高的评价。这种真诚的协助精神，在中菲友谊史上，留下了可贵的一页。
之后，孙中山与彭西仍不断来往，互相关心着两国革命运动的进展情况。后来彭西还写作并出版了《孙逸仙——中华民国的缔造者》一书。书中写道：“孙逸仙善于把远东各国的共同问题综合起来加以研究。因此，他成为一群来自朝鲜、中国、日本、印度、暹罗和菲律宾的青年学生的热情鼓动者之一。”初晤康梁1898年夏天，以孙中山为代表的革命派在海外流亡之时，中国的政治舞台上，则掀起了一场举世瞩目的变法维新运动，死气沉沉的中国大地似乎出现了一线生机。孙中山虽然远在日本，却十分密切地注视着国内这场政治运动的发展和命运。
甲午战争失败后，以康有为、梁启超为代表的维新派激于不甘亡国灭族之义愤，便通过上书请愿、开学会、办报纸等方式，广造舆论，鼓动变法维新。逐步取得了光绪皇帝的支持、1897年11月，德国强占了胶州湾。年底，康有为第五次向光绪皇帝上书，写道：西方列强企图瓜分中国，形势日趋严重。天下皆知朝廷软弱无能，人民正在酝酿造反起义，如再不图强变法，皇上与诸位大臣，即便想苟且偷安，维持短暂的歌舞升平也不可得。。康有为的这些言词使光绪皇帝深为震动，他表示“不作亡国之君”。1898年1月，光绪命总理衙门大臣翁同和、李鸿章、荣禄等传见康有为，询问变法事宜。4月，康有为在北京组织“保国会”，倡议在各省、府、县成立分会，呼吁变法救国。6月11日，光绪皇帝下《定国是诏》，宣布变法。16日，光绪在颐和园召见康有为，任康有为为总理衙门章京，在皇帝身边办理文书。之后，光绪又命各省总督巡抚推荐人才。康有为的弟子及志同道合者梁启超、谭嗣同、刘光第、林旭、杨锐等都被举荐上来成为皇帝左右近臣，参与变法工作。
从6月11日至9月21日，光绪皇帝先后颁布了一系列变法政令，在政治、经济、文化等各个方面提出了许多改革的措施，出现了史称戊戌“百日维新”的高潮。
孙中山和他在日本的朋友们经常聚会议论局势，有一天晚问，他和陈少白、宫崎寅藏、平山周等人一直聊到深夜还意犹未尽。只见孙中山双眉紧锁，不无忧虑地说：“光绪皇帝是个傀儡，维新派把希望完全寄托于他肯定不行！”“听说西太后在光绪下令变法的第四天，就将光绪的老师，户部尚书翁同和革职回家了，这明显是与光绪对着来的嘛！”陈少白愤怒地说。
宫崎寅藏突然站了起来，面对孙中山，以探讨的口吻说：“孙先生，贵国的维新派人士只顾颁布变法条文而不重视抓军队，变法能够长久吗？”孙中山默然不语，担心着国内局势的变化。
果然不出所料，煊赫一时的“百日维新”很快就流产了。以西太后为首的顽固派根本不能容忍光绪和康有为等人的所作所为。西太后实际掌握着朝廷大权，她在将翁同和革职的同时，又任亲信荣禄为直隶总督，统率北洋军，控制京津，还决定10月到天津阅兵时拘禁光绪，另选幼主。
光绪获悉后，先后两次与康有为、谭嗣同密商，决定把赌注押在袁世凯的身上，他是荣禄的部下，正在天津小站训练新军。9月18日，这是一个风雨之夜，谭嗣同悄悄潜入袁世凯的驻地，力劝袁世凯发动兵变，除掉荣禄，然后率兵进京勤王，对西太后实行兵谏，不许她干预朝政。
