孙中山接到邓铿的报告，立即给陈炯明打电报，命令他赶到大本营来参加北伐的军事会议，可是陈炯明还是推辞不到。
1922年3月21日黄昏，邓铿来到广州大沙头火车站，迎接他老师周善培，因为是来迎接自己的老师，邓铿就没有带自己的卫队来，只带了两个勤务兵，是准备为老师提行李的。火车站上，人群熙熙攘攘，有的是来接客人、接亲友，有的是路过，还有的是来做生意的小商小贩，热闹得很。邓铿自从给孙中山的电报发出后，一直在等待回音，想着陈炯明对北伐事业的掣时，不由得感到心痛。
日暮时分，随着一声汽笛长鸣，火车进站了，人群立刻开始骚动起来，邓铿也移动步伐，准备去找自己要接的人。就在这时，两个穿着长衫的人，一前一后的走到了邓铿的身边，只听得砰砰砰砰，邓铿的身前身后同时响起了枪声。邓铿猛觉得腹部一阵剧痛，踉踉跄跄地向前走了几步，一手捂着伤口，一手指着前面，吃力地说：“有人害我，快抓凶手！”可是走不到几步，便支持不住，倒在地上，他吃力地说：“我知道参谋长的地位危险，可是何必自己人杀自己人呢！”两个卫兵急急忙忙地找来几个人，将邓铿送往医院。听说总参谋长遭人暗害，粤军的将领们都来探视，陈炯明是第一个来到邓铿的床边的，他对邓铿说：“你好好地治伤，我们一定要严拿凶手！”邓铿这时候已经昏迷不醒了。由于失血过多，终于不治身亡。
孙中山正在为陈炯明拒绝来大本营筹划北伐事宜而恼火，忽然又传来邓铿在广州被暗杀身亡的消息，这使孙中山大为震惊而且悲痛，他失声痛哭：“仲元，我的好同志啊！”
邓铿被杀的消息立即传遍了大本营，孙中山请来了胡汉民，告诉他要立即召开紧急军事会议，将北伐军的高级将领们通知到大本营里，商量采取紧急对策，将军们对邓铿的死议论纷纷，群情激愤。。（邓铿血案一直到1928年才算调查清楚，主犯是陈炯明的族人陈觉民；行凶者是陈少鹏、黄福芝，二犯也供认不讳。他们说：“邓铿是孙中山的人，他坚决主张北伐，北伐的财力完全靠广东来支持，这样会使广东民穷财尽，孙中山是主张用武力来统一中国的，而我们是主张联省自治的。我们拥护陈炯明总司令，双方政见不合，那当然就是敌人。如果北伐成功，我们将会不容于孙中山，假如北伐失败的话，那北伐军就会全部退回广东，那么广东也不会有安宁的日子。我们干掉了邓铿，也就等于斩断了孙中山的一根臂膀，北伐也就搞不起来了。所以我们非干掉邓铿不可。”）
北伐受阻就在邓铿被暗害的同时，从云南又传来了令人不愉快的消息，顾品珍被土匪头子杀害，云南省被唐继尧占领，唐继尧拒绝与北伐军合作，这使北伐军的后方立即出现了危机。紧接着，湖南的赵恒惕又派来了一个心腹送信说：“我原来是同意北伐军从湖南北上的，但现在考虑到湖南的现状，如果北伐军再从湖南经过将会给地方带来战乱，为保持地方安全起见，请北伐军改道。”并且还说，如果北伐军一走坚持要从湖南经过的话，到时候恐怕难免要出现令人不愉快的局面，将会使北伐军的行进受阻等等。这分明是在威胁说：如果你孙中山一定坚持要从湖南进行北伐，我赵恒惕就要不客气了。这接踵而来的几份情报，在孙中山本来就已经忧虑重重的心头又压上几块大石头，使孙中山有点喘不过气来的感觉。他告诉秘书林直勉：“立即通知各路北伐军的将领来大本营开紧急军事会议！”
不一会，总参谋长李烈钧、文官长胡汉民、粤军第二军军长许崇智、第二军参谋长蒋介石等人一一来到大本营会议室，会上，孙中山对大家说：“从我们在桂林设立大本营以来，已经历时半年多，其间几次电召陈炯明来大本营商讨北伐大事，可他总是推三阻四。在我看来，陈炯明固然不乐意北伐，但是为北伐军提供粮饷应该不成问题，可是这几个月来，总是不见粮饷及时送到，看来，陈炯明对于北伐已经成见很深了，诸位看当前应该作何处理才好？”
第二军军长许崇智第一个发言，他说：“前此以来，北伐的粮饷虽说接济不够及时，但所赖有仲元在后方全力支持，粮饷还不算多么困难，现在，仲元一死，廖仲恺一人在后方孤掌难鸣，如果粮饷不继，北伐大计断难实施。再说，湖南的赵恒惕又改变了主意，不同意我们从湖南经过北上，这时候如果再不调整原计划的话，后果将会是不堪设想的。”
胡汉民说道：“北伐大计，竟存始终心存不满。仲元之死，我看与竟存很有关系，当前之计，应该先除掉自己革命队伍里的内奸，否则，后院不宁，怎能兴兵北伐！”蒋介石和邓铿是好朋友，当年，蒋介石郁郁不得志的时候，是邓铿慧眼识才，把他一直提拔到了现在的参谋长的位置。邓铿的死，使得蒋介石十分悲伤，他立志要为邓铿报仇，这时候听到了胡汉民的议论，立即附和道：“陈炯明早就有背叛之心，当前的大敌，就是要消灭自己队伍里的内奸！依我看，仲元就是竟存杀害的，一定是竟存心怀不轨，破坏北伐，被仲元察觉后想杀人灭口！”
总参谋长李烈钧也同意大家的看法，要求孙中山采取果断的措施，先清除革命队伍里的内奸，然后再举兵北伐。
从大家的议论中，孙中山开始意识到，自己过去对陈炯明的信任是否有点过了头？从陈炯明最近的表现来看，他不光是不同意北伐，甚至会不择手段地来阻止北伐的，孙中山怎么都想不通，自己已经很清楚地向陈炯明表示过，这次北伐，不论成功与否，我都是不会再回到广东来的，广东这块地盘已经明摆着就是他陈炯明的了，陈炯明怎么就是想不通这个道理呢？孙中山抬起头，深邃的目光扫了一下会场上的将军们，心里已经打定了主意：陈炯明不可不防，但还没到惩治他的时候，北伐是不能再受挫折了，要立即采取有效的措施，无论如何要把北伐大业进行下去。
孙中山决定：鉴于当前的形势，再从桂林经湖南北进已经不可能了，为了防止陈炯明再对北伐计划造成损害，北伐军立即秘密回师，将大本营从桂林移到梧州。孙中山还命令谢文炳所率领的一个旅，昼夜急行军，从广西的富川、贺县进广东北江，作为前头部队，以免陈炯明的粤军阻止北伐军回粤。然后，北伐军的大本营和主力部队渐次回到广东。
可是，率领一个旅先回广州的谢文炳却是陈炯明的老部下，他见陈炯明的势力日益强大起来，早就想回到陈炯明的麾下去，他愿意和陈炯明一道留在广州。现在，见孙中山要悄悄地回到广州，这实际上将会对陈炯明大大的不利，必须让陈炯明及时知道这个消息，便在离开桂林后的第二天，就给陈炯明发了一个电报，告诉陈炯明孙中山将要采取的计划，要陈炯明早作打算。陈炯明接到谢文炳的电报后，立即慌了神，生怕孙中山一回到广东后会对自己不利，便发加急电报，要自己的陈家军快速回到广东来保驾。可是，这时候的陈家军的主力因伐桂胜利后留守在遥远的广西南宁和浔州一带，回到广州还需要一段日子。无论陈家军怎么快速行军，也不能抢在孙中山回到广东之前来阻止北伐军的主力部队了。眼看着自己就要被孙中山控制，陈炯明急得像热锅上的蚂蚁，在屋子中走来走去，无可奈何，他决走索性给孙中山来个不理不睬，以退为进，让孙中山拿自己没有办法。
1922年的4月12日，北伐军的主力部队到达梧州，孙中山立即发电报给陈炯明：“我已率大本营回到广东，请接电后速来梧州面商北伐大计。”在广州的廖仲恺怕陈炯明对北伐军回广东多生疑心，便给陈炯明发去一份电报说：“孙大总统此次率军回广州，目的是补充粮饷、弹药，增加有生兵力，改道从江西进军北伐，从桂林调回来的各路军马，将集中到韶州一带，要在一周之内通过，请你给留守在两广边境的各路粤军发个通知，让他们为调归的各路北伐军提供粮饷和通行的方便。”廖仲恺还对陈炯明说：“你是北伐的大后方广东省的军政长官，应立即与孙先生取得联系，与孙先生戮力同心，共商北伐大计。”
陈炯明接连接到孙中山和廖仲恺的两份电报，心里也有点着忙，一时不知道怎么办才好，无可奈何之下，准备硬着头皮去梧州一趟，想必孙中山也不会怎佯为难自己。可是他的心腹秘书陈鹤年却说：“总司令不可贸然去悟州，你想，即使孙中山不会为难你，他的部下怎会放过你？特别是胡汉民、许崇智等人，他们谁不想替邓铿报仇，你去了还能好好地回来吗？”
陈炯明一想也觉得有道理，便放弃了去梧州的打算，一面加紧调叶举、洪兆麟等人火速回师广东，一面却给孙中山打去了一份电报说：“我长年征战，已有多种疾患在身，特此请求免去本、兼各职，回乡休养。”
发过电报以后，也不管孙中山是否同意，便准备回惠州去。
孙中山召回陈炯明的电报发出去后三天，仍然不见陈炯明到悟州来议事，非常着急，可是到了第四天却等来了陈炯明的辞职电报，气得孙中山把电报摔到了桌上。这时候的孙中山才真的感觉到，自己已经没有后方了，北伐大计眼看就要成功，却又有顷刻之间毁于一旦的危险。
军事会议上大家议论纷纷，都认为陈炯明的背叛之心已经昭然若揭，不能再犹豫了，从当前的局势来看，必须先除内乱，然后才可放心地去打北方的敌人。第二军军长许崇智的言辞最为激烈：“陈炯明狼子野心，万万不可再予轻信，北伐军应该留在广东，先清除内乱，再北上中原。”
另外一种意见是，改道进军，从江西北上，这时候的江西是军阀统治比较薄弱的省份，可以韶州为大本营，占领江西全境以后，再以江西为根据地，稳步前进，等北伐成功以后，再回师广东，清除陈炯明这块隐患，如果陈炯明不是真想叛乱的话，他还是有机会为北伐立功的。多数人觉得这种意见有道理。
孙中山也还是对陈炯明抱有幻想的，他总是不相信，陈炯明怎会背叛自己，因为建立中华革命政府，不光是孙中山的理想，也是早期参加革命党人的共同理想。于是他没有采纳关于留驻广东、先灭陈炯明后举行北伐的意见，而是采纳了多数人的意见，决定改道北伐。
但是，对于陈炯明的行动，不能再给以无边的宽容了。孙中山以大总统的名义下令：“免去陈炯明的广东省长、粤军总司令、内务部长等三个职务，保留其陆军部长之职。”孙中山这样做的目的，还是期望陈炯明能幡然悔悟，回到革命队伍中来。
免去了陈炯明的职务以后，孙中山任命伍廷芳为广东省省长，任命粤军第一军第三师师长魏邦平为广州卫戍部队总司令，又将广东的陆军和海军全部调归大本营直接管辖，撤去粤军总司令一职。
孙中山的免职令由廖仲恺带回广州，廖仲恺是明白孙中山的心情的，他把免职令装在口袋中，暂时不发，而是先去面见陈炯明，想再说服陈炯明转变态度，支持北伐，如果这时候陈炯明改变了态度，廖仲恺还可以再请求孙中山收回成命，让陈炯明继续当粤军总司令，使事情出现转机。可是，这时候的陈炯明已经完成了他的设防和叛变计划的筹划，早已不把孙中山放在眼里了，他现在要做的是如何取而代之，根本不理睬廖仲恺的劝告。廖仲恺没有办法，只得将免职令交给陈炯明。陈炯明却乘机假戏真做，当天晚上就在省署里召开紧急会议，举行下野仪式，带领随从们退居惠州西湖百花洲，一面秘密给自己的亲军们发去电报，要驻在广州的陈家军在虎门、石龙一带布置防线；又命令叶举火速赶回广州；同时，陈家军的其他主力部队也在悄悄地向广州集结，陈炯明已经完成了他的反叛准备工作，只等合适的时机一到就动手，消灭孙中山。
4月22日，孙中山再到广州，他还想说服陈炯明参加北伐。孙中山认为，陈炯明是个顽固的军人，他只是对北伐的成见太深了，思想上转不过弯子来，广东的军事和财政实权还是掌握在陈炯明的手里，只要有一线可能，就要力争陈炯明共同参加北伐。所以，孙中山一到广州，立即派信使前往惠州，持自己的亲笔信去召陈炯明回广州来议事，在信中劝陈炯明要识大体，顾大局，不要把个人的利益看得太重。可是这时候的陈炯明怎么还会听得进忠告呢？与孙中山同行的罗翼群忧心忡忡地对孙中山说：“陈炯明个人的去留并没有什么太了不起，关键是他的一些心腹部将如叶举、洪兆麟等人，这些人都是些贪图功名利禄之徒，如果让他们和陈炯明成天在一起的话，那后果将会是不堪设想的。”孙中山觉得罗翼群的话有道理，便派遣古应芳、罗翼群等人去惠州再劝陈炯明回来。陈炯明对来劝他的人说，自己劳顿多年，心力交瘁，正想乘此机会休息一下，不愿再回到前线上去了。罗翼群等人也只好空手返回覆命。
孙中山这次来广州，不光是来再争取陈炯明的，在“护法”革命中，有一支北洋海军舰队驻在广东海面，这批海军舰队是一支不可忽视的力量。孙中山来广州后，密令广州的江防司令陈策、同安舰舰长温树德率海陆军将北洋舰队收编，收编以后，任命温树德为北洋舰队的司令。
北洋舰队被收编后，广州的北伐军的力量再一次壮大起来，陈炯明这时候也装模作样地来与孙中山周旋，表示他愿意支持北伐，在致孙中山的一封信中说：“自己的病已经逐渐好起来了，不日就可回广州来和孙中山见面。”陈炯明的态度转变，孙中山一度时间很高兴，他认为陈炯明终于认清了形势，还是自己的同志。
5月1日，北方的直系军阀和奉系军阀之间爆发了第一次大战，孙中山觉得这是大举进行北伐的好机会，机不可失，便以大元帅的名义声讨徐世昌的罪行，下令北伐。在大元帅令中，孙中山表示：自己要亲自冲锋陷阵，率领北伐大军，扫除国家政治上的黑暗与罪恶，以达到国家的统一。
5月5日，广州各界举行隆重集会，庆祝孙中山就任大总统一周年。
5月8日，孙中山重返韶州大本营，在韶州大本营发布北伐总攻击令，北伐军分三路向北挺进。为了进一步争取陈炯明支持北伐，孙中山任命陈炯明的部下叶举为粤桂边防督办，命令他率领所部人马分驻肇庆、高州、雷州、钦州、廉州、梧州一带。同时要求陈炯明积极在后方支持北伐。陈炯明却阳奉阴违，一面假意和孙中山电报书信往返，一面却密令叶举率军回到广州，这时候的广州已没有多少北伐军的力量了，陈炯明立即从惠州赶到广州，广州又为陈炯明所控制。
当北伐军一路势如破竹地前进的时候，叶举在广州发出通电，要求恢复陈炯明的各项职务，要求免除胡汉民、廖仲恺等人的职务。
在江西前线，北伐军节节胜利，先后攻下了江西的赣州、吉安，前锋直指江西省会南昌。孙中山忽然接到了叶举的电报，一阵痛苦的思考以后，他决定再作一次让步，因为他不能再让目前北伐节节胜利的大好时机丢失，他同意让陈炯明署理两广军务，并电令叶举立即率领所部兵力奔赴驻防处。在广州，陈炯明的部将们到处寻衅生事。廖仲恺不得不向孙中山发出急电，请求指示如何处理后方事宜。为了稳住后方，孙中山决定走一步险棋：只身回广州去，先稳定后方，解决北伐军在前线作战的后顾之忧，孙中山将韶州大本营交给胡汉民暂为代理，自己返回广州，亲自督促陈炯明的行动。大家都劝孙中山不可过分相信陈炯明，如果一定要回去，也要带足卫队，可是孙中山考虑到北伐前线兵力紧张，只带了五十名卫土返回广州。
当孙中山只身返回广州时，北伐军在赣州发现了陈炯明与吴佩孚的来往信件数封，信中商量的事情是如何南北夹击北伐军，如何在消灭孙中山以后让陈炯明占两广为王。这一情报立即被送往广州，报告孙中山，请求孙中山密切注意陈炯明的动向，不要为乱臣贼子所乘。可是这时候无论孙中山采取什么行动也来不及了。
●再返广州
当北伐军在江西节节胜利的时候，陈炯明是亦喜亦忧，忧的是北伐军势如破竹，进展神速，力量飞快地发展，将会对自己在两广的地位构成极大的威胁，假如北伐军就这样成功了，自己将来不就永远被孙中山控制住了吗？可是这也有令人高兴的地方，那就是北伐军的主力远在江西前线，广州的兵力空虚，这时候如果叶举、洪兆麟等人率部及时返回，便可一举占领广州，占领总统府。而且，叶举已经在白云山郑仙祠里设立了司令部，这无疑是一个大大的定心丸，只等时机成熟就可举事了。
为了保证自己的阴谋顺利地得以实现，陈炯明佯装服从孙中山的命令，给孙中山回电说：“自己已经给叶举等人发布了命令，谅他们还不至于敢违抗军令，我敢用生命来担保。目前，我的病况已经大为好转，不久就可重返前线，为北伐效力，为民国革命的大事业效力。”
陈炯明和孙中山几次书信往返，他认为已经稳住了孙中山，心里不免有点得意。可是，这一天，当他正在聚精会神地研究广州作战地图的时候，秘书陈鹤年忽然送来一份电报，陈炯明一把抓过电报，紧张地看起来，只见电报上明明白白地写道：“孙中山已秘密返粤，请密切注意动态。”
读着这份电报，陈炯明的冷汗“唰”地一下就流遍了全身，一时间六神无主，急得在屋子里走来走去，连连说着：“怎么办，怎么办，怎么办。。”孙中山回广州的消息，对外是严密封锁的，为了保证孙中山的安全，北伐军内部许多高级军官都不知道，那么是谁给陈炯明发的这份电报呢？原来，陈炯明早就有准备了，当孙中山率领大本营进赴韶关的时候，要带走粤军的一部分，陈炯明将自己的心腹将领梁鸿楷及其所部派遣与孙中山同行，表面上表示陈炯明虽然对北伐有成见，但是对孙中山的命令还是服从的，暗地里却嘱咐梁鸿楷密切注意北伐军的动向，随时向自己报告。所以不论北伐军有什么大小行动，只要前方一有动静，陈炯明在广州立即就知道了，这正是陈炯明工于心计的地方。现在，这份报告孙中山秘密返回广州的密电正是梁鸿楷从韶关前线发回来的。
陈炯明拿着这份电报，感觉到形势的发展对自己十分不利，苦苦地思考对策。沉默片刻，陈炯明抬起头，对秘书陈鹤年说：“快，查查孙中山这次回来，带了多少卫队！”
陈鹤年答了声是，正要准备回身去安排行动，忽然，门外卫兵报告：“叶、洪二位将军到！”
陈炯明闻听大喜：“快，快请二位将军！”
随着陈炯明的话音，叶举和洪兆麟一身戎装、满面春风地走了进来。
陈炯明大步走了上去，一手拉住一个，连声说着：“欢迎二位将军凯旋！”一面又回过头大声地吩咐：“快快备酒，为二位将军接风！”
不一会，酒菜全部上了桌，陈炯明给二人不断地斟酒、挟菜。叶、洪二人是来请示关于对孙中山的下一步行动如何着手的问题的，这事是陈炯明最关心的事情，而从现在看来，他好像全不关心这件事。城府比较深的洪兆麟不怎么着急，而素有大炮之称的叶举就耐不住性子了：“奉总司令的命令，我部已经全军返回，并已完成了对总统府的包围，请总司令下命令，下一步该怎么办？！”
陈炯明对叶、洪二人说：“孙中山早就对我不放心了，前几天，他派姚雨平、程潜二人来惠州西湖，劝我出山北伐，我给他们来了个故将聪明作糊涂，对他们的游说不予理睬，把他们打发回韶关去了，那个姚雨平还算得上是个文人雅士，我请他们到西湖上去钓鱼时，姚雨平还作了一首诗劝我出山，诗中有两句却也还有点文雅：‘征西奔走劳鞍马，扫北归来垂钓丝。’这明明是在对我说，要我先去为孙中山卖命，卖完了命再回来过隐居的日子，我给他来了个一概不懂，他俩吃了个软钉子。可是，你们应该知道，孙中山可不是个糊涂人，他也不是一两次装糊涂就能糊弄得过去的人，现在，他自己回广州来了！”
叶、洪二人一听说孙中山自己已经回到了广州，当时就吓得面面相觑，半晌不得作声。好一会，叶举愤愤不平地说：“我们好不容易布置好了一切，难不成就因为孙大炮回来而功亏一篑！我有雄师五十个营，弟兄们都愿意和我同生死、共患难，岂能束手就缚！索性我们一不做、二不休，乘孙大炮回来的当口，把他给抓起来！然后对外宣言，成立广州政府！”
陈炯明要的就是叶举这一句话，立即高举酒杯，说：“叶将军真不愧是一员勇将！来，为你干了这一杯！”稍顿了一下，陈炯明又说：“大丈夫生于天地间，就要敢作敢为，不冒险怎能成大事！”
密商了一阵子之后，如何对付孙中山的计划已经大体有了眉目，正在这时，又接到了韶关梁鸿楷的密电，电报说，孙中山这次回来只带了卫士团中两个营的兵力，这使陈炯明等三人大喜过望，更加坚定了要在路途上把孙中山干掉的决心。
一阵碰杯之后，他们商量好了如何在孙中山回广州的途中突施杀手的每一个细节，他们认为，孙中山秘密回广州，这是自投罗网，反倒创造了一个不费力气下手的极好机会。。1922年的6月1日，孙中山乘坐着专列开赴广州，这次随行保护孙中山的是卫士团中的两个营，临行前，孙中山说只带五十人就够了，是卫士团的团长陈可钰亲自挑选了叶挺和薛岳为营长的两个营的兵力作为护卫队伍，而将张发奎的一个营留在大本营里继续担任警戒任务。
列车到达新街车站时，广州各界人士都来欢迎孙中山大总统，许多人都在说陈炯明将要叛变的话，要孙中山多作准备。孙中山一面叫大家放心，一面说，陈炯明只是反对北伐，还不敢公然反对革命。尽管这样，大家还都是劝孙中山要多加小心，孙中山对大家的关心表示感谢，并一再说不怕。
这时候，有一位老华侨从人群中走到前面对孙中山说：“大总统，陈炯明在惠州经常召集他的部下在一起密谋策划，大有谋乱的企图，大总统千万不可从固定的车站下车，切不可直到黄沙车站，以免被陈炯明暗算。”孙中山要大家放心，反复说不会有事的，还说，我对陈炯明一直以诚对待，他怎么也不会害我的。但是欢迎的人都劝孙中山小心点好，卫士团长陈可钰非常赞成这些意见。陈可钰对孙中山说：“陈炯明的背叛之心，已经是有目共睹的了，现在我们最好暂时不要回广州的总统府，以免出什么差错。。”
孙中山把手挥了一挥：“你不要说了，我懂得你的意思，你是从我的安全来考虑的，而我是从我的身份来考虑的，哪有大总统回到广州却不回总统府的道理？要是这样让北方的那些军阀们知道了，还不要笑掉了大牙？有人说陈炯明要叛变，要我先对付他，我却不同意自相火并，我这次为什么不多带一些卫队回来，就是要向陈炯明示以诚意，我要劝他早日觉悟，回到北伐的队伍中来。我们赶快回到广州去，把事情办完后，我还要回到韶关大本营指挥北伐去。”
孙中山乘坐的火车还是按照原定的路线到了黄沙车站，孙中山下车以后，陈可钰指挥两个营的卫队把孙中山簇拥起来，严密防范。正巧海防司令陈策早已派来了几艘军舰在江边等候，陈可钰一直等到把大总统护卫上了军舰以后才长长地松了一口气。
孙中山登上军舰以后，担任后卫任务的营长叶挺最后登船，他报告陈可钰，就在大总统上船以后，黄沙车站突然来了一大批身份不明的人，他们在车站上横冲直撞，企图寻事。陈可钰心中想：“果然狗急跳墙了，幸亏陈司令来得快，要不然今天可还真有点麻烦！”
6月2日，孙中山没有受到任何阻碍，顺利地回到了总统府，这使得随行的卫士们松了一口气，孙中山自己也松了一口气。回到总统府的第二天晚上，孙中山便带着马湘和黄惠龙、张仙逸等人出来视察白云山的情况，从总统府的粤秀楼出来，经震武楼往文澜阁方向一路巡视，令他大为吃惊的是，文澜阁后面的粤秀茶室里住满了军队，茶室的墙上还凿了许多枪眼，都是对着总统府的粤秀楼的。
孙中山让马湘去找来一个士兵，问：“你们的长官是谁？”
“是洪兆麟司令。”
“你们的洪司令也住在这里吗？”
“不，这里的长官不是洪司令，是李旅长。”
“你们在这里有什么任务？你们是从哪里开过来的？”
“我们是从江西的北伐前线开过来的，我们在那里打仗打得正是高兴的时候，却被不明不白地调到这里来了，在这里又是挖工事，又是搞训练的，这上面不是总统府吗，这是干什么呢？真弄不清楚！”士兵不认得孙中山就是大总统，一边说一边嘟囔着。
本来，从韶关安全抵达广州使孙中山稍微安心了一些，可是眼前的现状却叫他更加担忧起来，孙中山此刻开始意识到陈炯明的真正动机是什么了。为了感化陈炯明，孙中山再次致电陈炯明，要他“火速赶到总统府共商北伐大计。”另一面又在总统府举行盛大宴会，宴请陈家将，可是陈家将们却一个都不来参加宴会，把大总统送去的请帖轻蔑抛在一边，陈炯明干脆连信也不回一封了。到了预定开席的时间，不见一个人来，气得孙中山一拳擂在桌子上，厉声警告：“不要以为你们占据了白云山，就可以胡作非为，我用几门海军大炮，完全可以消灭你们！”
陈炯明和叶举、洪兆麟等人商量好了暗杀孙中山的计划之后，便在家里静等着孙中山被杀或是被俘的好消息，可是到了6月2日，秘书陈鹤年送来一份电报：“孙中山已安全抵达总统府。”气得陈炯明咬牙切齿地骂道：“一群废物！”
就在这时，第一次直奉战争结束了，直系军阀曹锟、吴佩孚获得了全面的胜利。曹、吴不满徐世昌对奉系军阀张作霖的袒护，通电全国责令徐世昌下台。同时，曹锟、吴佩孚看到北伐军的势头不可遏止，便在通电中提出拥护约法、恢复国会的口号，要求南北总统同时下台（南总统指孙中山）。对北洋政府的叫嚣，孙中山不予理睬，在6月6日就徐世昌退职发表宣言，称中华民国是中国唯一的合法政府，并以“中国事实上、法律上、唯一政府行政首领之资格”申明：我们正在从事改造旧中国旧生活的伟大事业，一切帝国主义列强不得干涉中国的内政，任何列强不得承认现北京的伪政府、伪总统（6月3日，黎元洪在北京复任大总统）。
6月7日，孙中山发表宣言，认为当前解决国内问题的根本途径，是恢复约法，要改造现有的军队，使现有的军队变成工兵，“收其武器，与以工具”。这一宣言后来被称为《工兵计划宣言》。
6月8日，孙中山就黎元洪复任大总统、毁弃《临时约法》的叛国罪状发出通电，指出“北京已无政府”，国家与外界的一切交涉事宜，均应由广州政府承担。
吴佩孚见孙中山不肯下台，便想通过陈家军来迫使孙中山下台。吴佩孚给陈炯明送去一封密件，要他立即发动政变。陈炯明心领神会，给他的陈家将们发去一封密信说：北伐军现在丧师失地，军心不定，广州政府内部矛盾重重，我们应抓住这一天赐良机，及早消灭孙中山的力量，如不乘此大好时机下手，将来就很难办了，我们就有被孙中山吃掉的可能，最好的情况是和北伐军同归于尽。另一面却又和孙中山敷衍说：现在军队已经不听我的命令了，我本来是想回到广州去的，可是现在我不能回去了。
孙中山接到陈炯明的回电后，误认为陈炯明的话是真的，决定通过对陈家军、陈家将施加压力，追使陈家军撤离广州，重返韶关，参与北伐行动。6月12日，孙中山在广州财政厅举行记者招待会，在会上愤怒地谴责陈家军，孙中山说，现在，以叶举、洪兆麟为首的军队，驻扎在白云山附近，拒不听从政府的向令，已经成了一支蛮横无理的、目无上官的、反对政府的军队，这样的军队无时无刻不可以作乱，无时无刻不在贻害地方，我现在下命令，让他们撤出广州省城外三十里。他们如果胆敢不从的话，我就会用武力来压服他们。人称我孙大炮，以前我曾经炮轰过反动军阀陆荣廷，如果现在我们自己的军队拒不听从政府的命令的话，那他也就成了新军阀，我也用大炮去轰他们。我完全能在三个小时之内，用重炮把他们轰成齑粉！我现在还不想这么做，今天请诸君来，是想请你们在舆论上造成一种压力，让陈家军们知难而退，只要他们还回到革命的队伍中来，我们还是欢迎的！
可是，对于孙中山的警告，陈家军们置若罔闻，陈家军以为，在广州，他们有军队二万五千多人，而孙中山只有五百来名护卫队，只要他们一发动政变，一定会稳操胜券。一切准备停当以后，陈炯明要发难了。
同时，北伐前线，捷报频传，眼看着就要拿下赣州，孙中山计算：赣州攻克后，乘势进取吉安、南昌，再到九江，屈指数来，总计行程还不到一个月的时间，这是一个激动人心的时刻！是孙中山梦寐以求的时刻，决不能再错过这样的大好时机！孙中山决定：6月16日离开广州，再赴韶关大本营，他要在攻克南昌后，亲率舰队至上海、入长江，北定中原，完成统一中国的大业。
然而，就在这样的时候，陈炯明已完成了他的反革命部署，他也觉得，消灭孙中山，独霸广州的时刻到了，因而，他也准备行动了。
剧变前夜1922年6月14日，廖仲恺从香港回到广州，立即求见孙中山，孙中山听说是廖仲恺求见，非常高兴，马上出门来迎接。见面第一句话，廖仲恺劈头就说：“听说您只带了两个营的兵力来到广州，这是很危险的事，陈炯明现在已经是‘司马昭之心，路人皆知’了，我担心陈炯明随时都会发动叛乱的，请您还是早点回到韶关大本营去的好，那样，一来您可以继续指挥北伐战斗，二来也比在广州安全。”
孙中山笑着说：“你到香港去，听说是去筹款的，怎么样？筹到了没有？”廖仲恺愤怒地说：“款子倒是筹到了，可是实在是令人气愤，我们现在的关税全部控制在英国人的手上，而省内的税收又全部被陈炯明截留了，我到处筹款，处处碰壁，最后只好到香港去筹款，好不容易才弄到了二十万元，请先生您先带着这二十万元赶快回北伐前线去吧。。”
孙中山说：“那也不必，陈炯明日前还给我打电报说，他正在努力做陈家军的工作，虽然有点难，但他还是保证说叶举等人不敢有非分之举，他也正在做工作，劝叶举等人按我的布防命令去办，不管怎么说，陈炯明目前还不至于背叛我的。我已经给陈炯明打了电报，要他来广州和我面商北伐大计。不过，我倒是很想听听你关于当前广州局势的看法。”
廖仲恺道：“当前广州的关键在于陈炯明的态度如何，只要陈炯明不带头闹事，陈家军是不会闹事的。我想您邀请陈炯明来广州，他是不会来的，倒不如我去一趟，正好竟存昨天给我发了个电报，要我去惠州，我顺便去劝劝竟存，或者还有可能让他到广州来见您。”
孙中山沉默了片刻，想了想说：“那也好，当年正是你在陈炯明最困难的时候带着钱到漳州去帮助他的，现在你去，好好地动之以情，晓以利害，争取让他回到革命的道路上来。到时候，你走的时候通知我一声，我让叶挺带一个营的警卫来保护你。”
廖仲恺摇摇手说：“不必了，我只要一个人单独去就行了，我不带一兵一卒，也好向陈炯明表示我们的诚意，陈炯明是个多疑的人，不能给他留下任何话柄。”
就在6月14日这一天，陈炯明在石龙召开秘密军事会议，准备对孙中山发难，陈炯明在会上给他的心腹爪牙们鼓劲打气：“谁先向总统府开炮，谁就为我们立了头功，就是我们粤军的大阿哥！”
陈家将们虽然一个个平日里不可一世，在陈炯明面前大吹牛皮，说要如何如何为陈总司令效力，要对孙大炮实施攻击，但一听说要动真格的，要在对总统府的行动中开头一枪，这些骄兵悍将反而害怕起来。冷场了一大会子，只有土匪出身的杨坤如把袖子一掳，帽子一摔，吼地站起身来表示要立这个头功。可是那些自认为名门正派出身的军官们却不满意，一致公推叶举出来做大家的头。
叶举还真不愧是陈炯明的的心腹，竟然站起身来表示同意。但是叶举也有他的顾虑，别看他似乎是个粗鲁的军人，可还确实有点歪心眼子，他在同意自己率先发难的时候，却又建议由资历、声望都很高的老军长熊略来当总指挥，大家都没有意见。熊略心里虽然一百个不愿意，可是嘴上还是不好说，反过来给陈炯明一个难题做做，他说：“大家推举兄弟我来当这个总指挥，我也只好勉为其难了。我有一事不明，陈总司令是我们大家心目中共同的主帅，只要陈总司令下一道命令，我当率领所部一万多弟兄，率先奔赴战场。陈总司令为什么不下命令呢？”
陈炯明早就料到部下会有这一着了，他轻轻地对着心腹秘书陈鹤年点点头，陈鹤年站起身来，对师长钟景棠说：“请钟师长给大家讲一讲他今天做了些什么。”
钟景棠不慌不忙地站起身来，用得意的眼光扫视了会场一周：“今天上午，兄弟将廖仲恺给扣留了起来。。”
“嗡。。”的一声，钟景棠的话还没有说完，会场上立刻乱了起来，有的人在心里连呼可惜，把这么好的一个机会让钟景棠这个家伙抢去了；有的人在暗自庆幸：有这个老兄先下手，将来万一攻打孙中山失败了，我自己也有一个退路，不是我带头打的大总统，以下犯上、谋逆叛变的恶名也不会落到我的头上了；有的在感到惊讶：陈炯明果然对孙中山动手了，陈炯明可真是个敢说敢做的大人物，今后和他共事可得防着点，不要一不小心上了他的当。。这时候，陈炯明终于站立起来，笑容满面地对大家说：“自古时世造英雄，英雄也能造时世，现在是我们一显身手、改造时世的时候了！现在，我们已经捉住了廖仲恺，这就等于把孙中山的钱口袋给锁住了，没有廖仲恺给孙中山筹款，孙中山他有天大的本事也踢腾不起来了！”
受到陈炯明的感染，会场上的陈家将们开始活跃起来，一致推选熊略为攻城总指挥，推选洪兆麟为先锋，并且很快就讨论好了进攻总统府的行动计划。
还是6月14日这一天，孙中山在总统府再次宴请粤军中旅长以上的军官，他想在这次宴会上，一方面向大家说明自己明天就要离开广州去赣南前线督促北伐，另一方面也乘机对陈家军陈家将们做做说服教育工作，要他们认清形势，不要去干那些背叛革命、使亲痛仇快的事情，要认真地理解中华民国的主义，以统一中国为大业，为民族的兴旺和昌盛作贡献。
可是，时至中午，广州卫戍司令魏邦平、中华民国外交部长伍廷芳、海军司令温树德、广州江海防司令陈策、直辖警备司令姚雨平等人已经一一来到，却就是不见粤军将领们的到来，这使得孙中山大为恼火，正在控制不住的时候，忽然秘书林直勉又来报告说，廖仲恺在赴惠州途中，被叶举的部下、师长钟竟棠在石龙扣留。林直勉还说，他在向粤军送请帖的时候，被叶举的卫兵挡在营房的外面不让进去，粤军的将领们一个都不肯来。
孙中山听罢，不由得怒气填胸，手指白云山，高声说道：“好你个忘恩负义的家伙，如此胆大妄为！不要以为你们占据了白云山就可以任意胡来了，我一样可以打得你们落花流水！”
应邀来赴宴的高级将领们一个个面面相觑，说不出话来，大家都感到了问题的严重性，纷纷要孙中山早早作出决策，不要给陈炯明以可乘之机。孙中山在室中来回踱了几步，毅然决定地说：“现在看起来，广州的事情，陈炯明仍是关键，我就不相信，他陈炯明敢于背叛我！既然他不来广州，我就去惠州，当面问问他，他陈炯明到底还革命不革命，他陈炯明当年的革命誓言还算数不算数！他必须下令叫叶举退出广州，还必须立即释放廖仲恺！”
孙中山怒不可遏，立即就要动身去惠州，这时，直辖警备司令姚雨平走上前来说：“大总统，您不能去冒这个险，陈炯明与我是老朋友了，我们从广州起义时起就在一起并肩作战，共事多年，请先让我去一趟惠州，促他悔过，同时也可查看一下他最近的动态，回来再向您报告。”孙中山见姚雨平肯去惠州，便对姚说：“你去了惠州，见了竟存，只叫他立刻来广州见我！”6月15日，姚雨平来到惠州，卫士向陈炯明通报说，直辖警备司令姚雨平求见。陈炯明闻报，对自己的秘书陈鹤年说：“说客来也，看我怎么糊弄他！”一面对外面大声说：“请姚司令在客厅小坐片刻，我马上就到！”不一会，陈炯明满面春风地从室内走了出来，极其亲热地拉住姚雨平的手，互道寒暄，寒暄过后，不等姚雨平说话便大声地说：“与兄一别多年，现在正是西湖好景，你我何不去湖中垂钓，你知道我这段时间以来，隐居西湖，过着不闻世事的生活，实在是人生的一大乐事，回想起来，过去那么多年南北征战，出生入死，实在是苦不堪言！哪知隐居有如此多的乐趣，真是前半生虚度了青春！”
钓鱼时，姚雨平几次试图劝陈炯明说服叶举，不要做背叛革命的蠢事，请陈炯明到广州去和孙中山共商北伐大计。陈炯明总是装聋作哑，推作听不懂姚雨平的话。姚雨平知道再要多说，也只是空费口舌，留下一首诗后，愤然而去。
姚雨平去后，陈炯明拿起了姚雨平写的诗读了起来：百花洲上影模糊，不听嘤鸣听鹧鸪。
铁像何如铜像好，凭君点缀此西湖。
姚雨平的这首诗里用了几个典故，嘤鸣是用的《诗经》里的两句诗：“嘤其鸣矣，求其友声。”是在告诫陈炯明，要听听老朋友的话，老朋友是不会害你的。而鹧鸪的叫声仿佛是“行不得也哥哥，行不得也哥哥！”这是在暗中警告陈炯明，背叛革命是要不得的，如果不听老朋友的话是要失败的。而铁像和铜像的比喻则更加明显：宋朝的秦桧卖国投敌，结果身后被人们在杭州西湖铸了个铁像，千年万代被人唾骂，而民族英雄岳飞则被后人树立了铜像，千秋万代受人敬仰。
陈炯明看了这首诗，气得火冒三丈，诗中分明是在说自己不会成功，并且还会遗臭万年，就三把两把撕碎了姚雨平的这首七绝诗。
下午，叶举在郑仙祠召开军事会议，特意向自己的部下出示了陈炯明的手令，给部下们壮胆，布置炮轰总统府的行动。叶举说：“民贼（指孙中山）不除，国无宁日。”又说：“今天的会是为民请命的会，是共除民贼的会！”会议决定6月16日凌晨3时进攻总统府，不论是普通士兵还是军官，凡是捉住孙中山者，赏大洋二十万元。
下午5点，罗翼群向孙中山报告了叶举召开军事会议的消息，说是要攻打总统府，孙中山不相信：“我明天就要回韶关大本营去，直到刚才，竟存还和我有电报往返，表示他愿意支持北伐，叶举怎敢不听竟存的命令？”不一会，陈策又用电话向孙中山报告陈炯明叛变的消息，孙中山干脆告诉他，这些话只是外间的一些谣言，不可轻信，以免乱了我们的军心。”晚饭后，陈少白来向孙中山报告：“陈炯明今晚真的要发动叛乱了，请大总统及时离开总统府！”孙中山还是不肯相信：“有我在，竟存不敢造反！”晚上10时左右，警卫团战士李洁之的老乡何云生来了，何对李说：“不好了，我部的统领罗献祥已经下了命令，明天早上我们的部队就要围攻总统府，通电请孙大总统下野，我们都下达了作战任务，还发了识别带子，禁止士兵外出，我是撒谎说出来大便才溜了出来，你们要赶快作好准备呀！”深夜11时，陈策、魏邦平一齐打电话告诉孙中山，陈炯明谋叛已经是再清楚不过的事实了，请大总统立即离开总统府！孙中山这时已经不光是愤怒，而是有点悲怆了：“我不管陈炯明是否叛变，我就是不离开总统府，我只知道为国家谋利益，陈炯明为什么要谋反？！”许久，总统府秘书林直勉、参军林树巍、大本营运输队长陆志云匆匆赶来向孙中山报告陈炯明的叛变消息，并且连叛军的口令部搞清楚了，是“食饱饭、杀民贼”。大总统再要不走就怕来不及了。
