4月1日，覆函杨庶堪等，揭露北京政府图谋陕西、四川两省的阴谋。
4月6日，覆函许崇智，嘱其固守原防区，认真训练好军队。
5月28日，在上海发表《护法宣言》，指出要想和平救国，只有恢复国会完全自由行使职权的一条路。
6月，在上海与戴季陶谈话，论及有关社会劳动问题和当时社会思潮状况，认为，中国社会思想和生活还没有发达，人民知识没有普及，国家的民主的建设还没有基础，这种时代是思想动荡时代的共同特点。
6月29日，覆函湖南的廖湘云，指出护法各军不应为利益而争，而要团结一致。
8月1日，指派由廖仲恺、朱执信等创办的《建设》杂志在上海出版，孙中山在发刊词中指出：创办该刊的目的是鼓吹建设思潮，广泛宣传国民党的主义，使之成为全体国民的共同认识，万众一心地建设一个富强、发达的国家。
10月8日，在上海青年会举行的武昌起义八周年纪念会上发表演说，指出教育救国、实业救国、地方自治的办法都是救国的途径之一，但不是救国的根本方法，今后要改造中国，唯一的方法就是革俞，要彻底地挖掉旧社会的基础。
10月10日，中华革命党正式改组为中国国民党。并公布了规章，要以巩固共和、实现三民主义为宗旨。
1920年（民国九年）五十四岁2月17日，致电唐继尧，望其出师讨伐桂系军阀。
4月2日，召见蒋介石商谈福建、广东两省军事，命令蒋介石到漳州粤军总部去协助工作。
4月16日，中国国民党在上海召开紧急会议，研究进一步否认军政府在法律上的效力。
5月16日，在上海中国国民党本部发表演讲，指出现在的中华民国只有一个假招牌，将来应有一番大的革命，并尖锐地批判了“革命军起，革命党消”的谬论，认为不论什么时候，都要有一个革命的党，只有在全国人人都化为革命党的时候，才有真的中华民国。在革命未成功时，要用革命的党来维持。
6月2日，在上海与唐继尧、伍廷芳、唐绍仪及云南代表举行会议，讨论应付时局的办法，决定由四总裁发表联合声明，否认军政府在广州的国会。6月3日，四总裁发表声明，严厉谴责军政府为桂系军阀所把持，声明为贯彻护法的主张，将军政府移往云南，主张恢复南北议和。
6月29日，派朱执信、廖仲恺到漳州促陈炯明率军返粤讨桂，并声明经济援助可由上海国民党本部承担。
8月12日，粤军在漳州誓师，分三路回粤讨桂，20日，占领汕头，21日，收复潮安。
9月16日，朱执信根据孙中山的指示，回粤联络国民党旧部和民军响应讨桂军事行动。受朱执信的策动，虎门要塞司令丘渭南于当天宣布独立。9月21日、朱执信为调停虎门驻军与东莞居民的冲突，在虎门牺牲。
10月29日，粤军攻克广州，桂军逃往广西，孙中山致电蒋介石，要他不惜全力支援陈炯明所部粤军。
10月31日，四总裁再度联名通电，否认北京政府所谓南北统一的伪令，声明说春煊早已丧失地位和资格，而军政府依然存在。
11月1日，致电陈炯明、许崇智等，指示他们速调全军进省，先安定广东省的大局，再处置后方的穷寇。
11月4日，在上海中国国民党本部会议上作修改章程的报告。
11月9日，在上海国民党本部会议上发表演说，为训政作解释，说明革命党人应担负起教育民众的任务的理由。
11月10日，委任陈炯明为广东省长兼粤军总司令。
11月28日，经香港抵达广州，在广东省署宴会上发表讲话，指出国家统一的方法是实行民治。并大力赞许俄国的革命方法。
11月29日，重组军政府，举行第一次政务会议，推定各部人选，自兼内务部长，唐绍仪兼财政部长，伍廷芳兼外交部长，唐继尧兼交通部长，陈炯明兼陆军部长，李烈钧为参谋总长等。
12月1日，四总裁再次发表声明，宣布军政府继续执行职务，将以护法诸省为基础，地方自治，普及平民教育，发展实业，刷新吏治。
12月6日，四总裁第三次发表声明，谴责北京政府破坏和平。
1921年（民国十年）五十五岁1月l日，在军政府举行的南京临时政府成立纪念会上发表演说，指出此次军政府回粤，其责任在护法，但护法已不能解决根本的问题，广东此时有建立正式政府的必要。
1月21日，外国使团将关税二百五十万余两银划归北洋政府，孙中山令军政府在28日通知沙面各国领事，声明决定收回海关主权。
2月1日，在广东省中国国民党支部成立会上讲话，阐述三民主义。
2月18日，改组广州市政府，由军政府直辖。
3月6日，在中国国民党本部特设办事处发表演讲，论述三民主义的内容，认为目前中国只是个半独立国，希望建成一个大民族主义国家。
3月16日，与军政府各总裁联名通电，反对北方违法选举总统，指出徐世昌只是非法国会所选出的非法总统，无权召开国会。
4月2日致函康德黎，请其协助在英国出版自己的《实业计划》一书。
4月7日，国会非常议会参众两院联合会在广州举行，通过《中华民国政府组织大纲》，并选举孙中山为非常大总统。
5月5日，就任非常大总统。广州数十万市民举行大会热烈庆祝，并结彩游行。孙中山发表就职演说。
同日，致电徐世昌，指出徐世昌只是承平时一个俗吏，要他早日引退，不要当什么总统。
5月11日，陈炯明请辞去陆军、内政部长两职。
5月28日，命粤、赣、滇、黔各军准备讨伐陆荣廷，以解除北伐的后顾之忧。
6月17日，致电美国政府总统哈定，促其承认广州新政府。
6月27日，正式下令讨伐陆荣廷。
7月，中国共产党在上海成立。
7月15日，粤军攻克平南，讨伐桂系战争顺利进行。
7月20日，派廖仲恺、何香凝等赴梧州劳军。
7月，在广东教育会上对中等以上学校职员和学生发表演讲，勉励他们立志救国，并阐述三民主义的要旨。
8月4日，粤军占领南宁，陆荣廷逃往龙州。
8月13日，滇、粤、赣各军攻克桂林。
8月28日，覆信俄国外交人民委员齐契林，信中首先说明这是从苏俄那里收到的第一封信，并向齐契林叙述了辛亥革命及其后的历程，认为自己过去辞职是一个大的错误，它的政治后果正像在俄国如果让高尔察克、尤登尼奇跑到莫斯科去代替列宁一样，袁世凯很快就恢复了帝制。并且提出了要和俄国保持通信联系的意见。9月3日，为援桂凯旋、准备北伐的将领举行宴会，发表演说，指出统一中国非出兵北伐不可。
10月15日，乘军舰出巡广西，准备取道湖南北伐。北伐军三万在当天开拔。
10月17日，到梧州，电召陈炯明来梧州商谈北伐问题，陈炯明托同不至。
11月8日，在悟州与陈炯明会晤。
11月上、中旬，在悟州国民党员会上发表演讲，批判“革命军起，革命党消”的理论，要求大家反向“革命军起，革命党成”方向去努力。
11月15日，离开梧州前往桂林。
12月4日，到桂林，在桂林设立北伐军大本营。
12月10日，在桂林对滇、粤、赣三军军官作《军人精神教育》的讲话。12月21日，宋庆龄率红十字会会员到达桂林。
12月23日，在桂林会见经共产党人李大钊介绍前来的共产国际代表马林，双方商谈多日，马林向孙中山提出两项建议，一是组织一个能联合各阶层尤其是工农群众的政党；二是要建立革命的武装中心，应先创办军官学校以培养革命骨干。孙中山十分赞成这些建议。
1922年（民国十一年）五十六岁1月9日，在桂林以大总统的名义宣布徐世昌罪状。
1月19日，吴佩孚派专使黄申芗到广东会晤陈炯明，陈炯明表示可以同吴合作。
2月3日，以大元帅名义发动员令，令各军分路出师北伐。
2月12日、20日，张作霖、段祺瑞分别派人到广东，与孙中山商讨合作讨伐直系军阀事。
3月16日，赵恒惕拒绝北伐军过湘，北伐计划受阻。
4月8日，大本营由桂林迁回广东，孙中山指令各军集中梧州待命。
4月12日，陈炯明调动军队，企图阻止北伐军回师广州。
4月16日，到梧州，召开军事会议，准备北伐军改道出师江西，将北伐军大本营设在韶州。
4月18日，廖仲恺由梧州会见陈炯明，劝陈赴梧州与孙中山面商北伐问题，陈拒不同意前往。
4月21日，下令免除陈炯明广东省长、粤军总司令及内务部长职务。陈炯明当晚召开会议，偕同粤军总部人员退居惠州。
5月4日，以大元帅名义声讨徐世昌，并下令北伐。
5月5日，广州各界举行集会游行，庆祝孙中山就任大总统一周年。
5月8日，大本营发布总攻击令，北伐军分三路向江西进攻。同日，为争取陈炯明北伐，任命陈炯明的部将叶举为粤、桂边防督办。
5月26日，叶举向孙中山提出无理要求：恢复陈炯明的原职并撤销廖仲恺、胡汉民等人的职务。
6月1日，应廖仲恺的请求，从韶关返回广州。
6月2日，巡视白云山，发现陈炯明的部下谋反的意图。
6月6日，就徐世昌退职发表对外宣言。
6月13日，北伐军占领赣州，查到陈炯明意图与吴佩孚夹击北伐军来往密电三件。
6月14日，廖仲恺应陈炯明邀请前往惠州，至石龙时被扣留，押到石井兵工厂囚禁。
6月16日，陈炯明叛变，四千多人围攻总统府。孙中山出走，登海军的楚豫舰，移往永翔舰。同日，宋庆龄亦脱险。
6月17日，转登永丰舰（后改为中山舰），在军舰上发炮攻击叛军。
6月20日，海军将领温树德率四艘军舰逃离黄埔，广州江海防司令魏邦平与叛军妥协。
6月27日，北伐军决定以第二军、滇军朱培德部、李福林部及粤军第一师梁鸿楷部回粤讨伐陈炯明。梁鸿楷部中途抗命，反往惠州与陈炯明会合。7月1日，拒绝陈炯明的假和解。
7月2日，北伐军许崇智、李福林、朱培德、黄大伟各部均进入广东，决定攻取韶关。
7月5日，陈炯明托人上永丰舰，意图使孙中山自动下野，然后自己也辞职，孙中山严辞拒绝。
7月8日，温树德为陈炯明收买，率永翔、海圻、海琛、肇和四舰投降陈炯明。孙中山命其余各舰掩护长洲要塞。
7月10日，进泊白鹅潭。
7月19日，叛军用鱼雷攻击孙中山的永丰舰，不中。
7月29日，北伐军讨伐陈炯明的队伍在韶关失利，全线退却。
8月6日，北伐军连续失利，分别退至江西、湖南边境。
8月9日，乘英国炮舰“摩汉号”离开广州赴香港。
8月14日，到上海。
8月15日，在上海发表宣言，揭露陈炯明叛乱经过。
8月23日，李大钊到上海，与孙中山进行多次交谈。
8月下旬，会见苏俄全权大使越飞。
9月4日，在上海召开改进国民党会议。
10月6日，北伐军许崇智部攻克古田。
10月10日，为蒋介石作的《孙大总统广州蒙难记》一书作序。
10月25日，任命邹鲁为东路讨贼军总司令，并派邹鲁赴广西联络滇桂各军讨陈。
12月16至18日，再次召开会议，审查中国国民党改进案宣言和党纲党章。12月26日，受孙中山以大元帅名义委任的中央直辖军滇军总司令杨希闵、桂军第一路军总司令沈鸿英、第二路军总司令刘震寰等在广西藤县大湟江白马庙举行会议，即“白马会盟”，讨论讨伐陈炯明的事宜。
12月30日，义军黄明堂部攻克灵山，并向廉州进攻。滇、粤、桂联军会师梧州，誓师东下讨陈。
1923年（民国十二年）五十七岁1月1日，发表《中国国民党宣言》。
1月2日，公布《中国国民党党纲》，次日又公布《中国国民党总章》。1月11日，派廖仲恺赴上海，与国民党各省支部代表商谈改组国民党问题。
1月14日，滇桂联军进入广州，陈炯明逃往惠州。
1月21日，以总理名义任命中国国民党各部部长，23日，又任命廖仲恺等二十一人为参议。其中均有中国共产党人参加。
1月26日，与苏联代表越飞发表《孙文越飞宣言》。
是日，驻广州的滇军将领沈鸿英图谋不轨，孙中山原订于27日启程赴广州，闻沈鸿英事后推迟行期。
1月31日，覆函刘震寰，命其进剿沈鸿英。
2月3日，设大本营于江门办事处，以便组织力量讨伐沈鸿英。
2月15日，离上海赴广州，到达香港时受到全市人民规模空前的欢迎。
2月21日，从香港抵广州，在东郊设立大元帅府，就任大元帅职。
3月1日，正式成立陆海军大元帅大本营。
4月3日，迁大元帅府于河南士敏土厂。
4月16日，沈鸿英叛变，孙中山亲自督师，抵御沈军。
5月8日，沈鸿英部退出韶关，平定沈鸿英叛乱。同时，陈炯明旧部杨坤如、翁式亮等在东江地区叛变。
7月18日，梧州沈鸿英部守军投降。
8月1日，豫军樊钟秀部从大庾（今江西大余）来降。
8月16日，派孙逸仙博士代表团赴苏联考察。
8月，苏联代表鲍罗廷到达广州，孙中山聘其为国民党特别顾问。
9月11日，东江前线连续获胜，克平山。
9月23日，总攻惠州，未克。
10月7日，中国国民党发表宣言，揭露曹锟贿选总统。
10月19日，致电国民党上海事务所，请李大钊赴上海商讨改组国民党事宜。
10月25日，国民党改组特别会议在广州举行，讨论改组的必要性和计划。
11月12日，由石滩返广州，召开军事会议，改编滇军，增调援兵，抵御陈炯明叛军。
同日，国民党临时中央执行委员会发表《中国国民党改组宣言》。
11月19日，陈炯明分四路猛攻广州，豫军樊钟秀部突至，攻击叛军，广州防卫战获得胜利，叛军自20日起撤退。
11月29日，国民党右派分子邓泽如、林直勉等人上书反对改组国民党。12月3日，孙中山宣布将收回广州关税，北京外交使团致电广州政府表示反对。同时，外国军舰二十余艘驶进黄埔，对广州政府进行恫吓。
12月5日，命外交部覆电北京外交团，指出中国海关是中国国家海关，广州政府是中国的唯一合法政府，中国政府收回自己领土上的关税权，与外国人无关，北京的伪政府亦无权收受两广关税。
12月7日，接见《字林西报》的记者，表示决心截留两广关税，不怕外国人的威胁。
12月8日，在大元帅府召开会议，决定积极筹备北伐。
12月9日，国民党中央干部会议在上海举行第十次会议，讨论有关改组问题。
12月21日，命令海关税务司，将提留的海关关税妥为保管，供政府使用。
年底，李大钊到达广州，积极帮助孙中山完成改组国民党事宜。
1924年（民国十三年）五十八岁1月4日，在大本营召开重要会议，决定成立中华建国政府，出师北伐。l月20日，中国国民党第一次代表大会在广州开幕，孙中山以总理身份担任主席。到会代表一百五十六人，其中有共产党人毛泽东等，李大钊被指定为大会主席团五名成员之一。1月22日，代表大会提出党章草案交付审查。大会授权主席团指定包括共产党人在内的十九人为审查委员。
1月23日，大会通过《中国国民党第一次全国代表大会宣言》，接受了共产党提出的反帝、反封建的主张，决定了联俄、联共、扶助农工的三大政策，把旧三民主义发展为新三民主义。
l月25日，获悉列宁逝世，大会休会三天以示哀悼。
1月28日，国民党右派人士反对孙中山的三大政策，经过辩论，同意中国共产党员和青年团员以个人身份加入国民党，并通过《中国国民党章程草案》。
1月30日，中国国民党全国代表大会选出中央执行委员和中央监察委员。最后，孙中山致闭幕词。
2月6日，设立黄埔军校筹备处于广州南堤。
2月23日，蒋介石申请辞去黄埔军校筹备处负责人职，孙中山在其辞职书上批示不同意。
2月29日，沈鸿英被迫投降。
4月6日，下令滇、粤、湘、桂各军分三路总攻惠州，未克。
5月2日，任命蒋介石为黄埔军校校长。
6月13日，任命廖仲恺为广东省省长。
8月9日，命令黄埔军校当局，派军舰查缉商团走私的枪8月13日，商团不顾政府的警告，公然举行联防总部成立的活动。
8月18日，商团总长陈廉伯煽动银行业罢市，拒收中央银行发行的纸币。8月20日，命廖仲恺下令通缉陈廉伯。
8月24日，调兵入省并宣布戒严，以对付商团的叛乱8月25日，商团罢市。
8月28日，英国军舰开进白鹅潭，将炮口对准中国军舰，威胁中国军舰。8月30日，汪精卫、伍朝枢等坚持商团事件和平解决，并让范石生等人出面调停。
9月3日，主持中国国民党中央政治委员会议，讨论北伐问题。
9月4日，江浙战争爆发，在大无帅府召开筹备北伐会议，决定湘、赣、豫军全部参加北伐，滇、粤军抽调一部随行。将大本营移到韶关，广州设留守府，派胡汉民代大元帅兼广东省长，以谭延闿为北伐军总司令。
9月14日，广东商团阴谋举行第二次罢市。
9月18日，中国国民党发表《北伐宣言》。
9月20日，在韶关举行北伐誓师典礼。
9月22日，下令北伐军一律改为建国军。
10月3日，胡汉民受任广东省长职，立即发还广东商团枪械。
10月10日，广东各界举行大会，纪念武昌起义，广东商团悍然对群众开枪，当场打死二十余人，是为“双十惨案”。
10月12日，广州商团继续举行罢市，孙中山致电蒋介石，令其坚决镇压商团的叛乱。
10月13日，商团在沙面集会，阴谋扩大叛乱。
10月15日，商团首先向政府开枪，桂、湘、豫、粤军等分五路包围西关，令商团缴械。数小时战斗后，商团叛乱被平定。
10月25日，冯玉祥在北京政变成功后，举行政治军事会议，电请孙中山北上主持国事。
11月2日，孙中山决定北上。命胡汉民留守。
11月3日，到黄埔军校辞别，并发表讲话论述北上的目的。
11月4日，分别覆电冯玉祥、张作霖，告诉他们安排好军事之后，即可北上。
11月10日，发表《北上宣言》，重申反对帝国主义和反对军阀的政治立场。
11月13日，借宋庆龄乘永丰舰北上。
11月17日，到上海，受到上海群众数万人的欢迎。
11月19日，在上海寓所发表讲话，指出这次北上，是去同全国人民谋求和平统一，要求召开国民会议。
11月21日，乘“上海丸”号轮船取道日本转赴天津。
11月30日，从日本神户乘“北岭丸”赴天津。
12月4日，到天津，受到天津群众两万余人的热烈欢迎。
12月5日，带病在卧室内同来访的张作霖、卢永祥等会晤。
12月18日，在病榻上接见段祺瑞的代表叶恭绰、许世英等。是日，肝病加剧。
12月28日，由于北京各团体纷纷派代表到天津请求入京，决定赴北京。12月31日，带病由天津入北京。受到北京各界群众十万人的欢迎，在北京车站发表书面讲话，声明此次自己来北京不是来争地位的，而是来做救国的大事的。
1925年（民国十四年）五十九岁1月1日，因肝病加重，请西医医治。段祺瑞邀请孙中山出席“善后会议”。l月4日，继续请西医医治，并在病榻上考虑对付“善后会议”事。1月7日，陈炯明再次阴谋进犯广州。
3月11日，在遗嘱上签字，遗嘱中指出，必须唤起民众，及联合世界上平等待我之民族，共同奋斗。致苏联遗书一份，其中表明了他把三大政策实行到底的决心。
3月12日，上午9时30分在北京逝世，终年五十九岁。
