1 月3 日，为惩罚桂系军阀莫荣新，令豫章、同安两舰炮击观音山督署。
2 月22 日，宴请广东商界人士，演讲中国革命和建设问题，认为革命的目的是使中国成为世界最强的国家，最富的国家，又是政治上最优良的国家，勉励大家积极参与建设的事业。
3 月23 日，通告各国驻华公使，痛斥北方政府的罪行， 并郑重声明，北京政府违背约法而与各国缔结的一切契约借款及其他责任，本军政府一概不予承认。
4 月2 日，分别致电陈炯明和唐继尧，令其阻止桂系军阀及政客非法改组军政府。
4 月17 日，军政府向日、美、法、意、俄、英、葡等十六国发出通告，要求各国承认军政府为中华民国之合法政府。
4 月下旬，唐继尧密电西南各省，积极策划迫孙中山去职。
5 月4 日，向非常国会辞大元帅职并发表通电。
5 月12 日，莫荣新诱捕军政府陆军总长张开儒，并将陆军次长崔文藻枪决。
6 月26 日，抵达上海，住法租界内，段棋瑞欲从租界引渡孙中山，来得逞。
夏天，电贺列宁和苏维埃政府，表示愿意使中俄两党团结起来共同斗争。
8 月31 日，陈炯明援闽粤军占领漳州、南靖、漳浦、同安等县。
12 月30 日，写成《孙文学说》自序。
1919年（民国八年）五十三岁
1 月6 日，北洋政府自动取消通缉孙中山的命令。
1 月9 日，被军政府推选为出席巴黎和会的代表。
2 月4 日，覆函陈炯明，告诉他和议难成，要他整顿粤军内部，提高军队的战斗力。
2 月7 日，拒绝出任巴黎和会代表的职务，并给广州谢持去电报，告诉他自己拒绝出任和会代表的原因。
2 月18 日，覆函梅培，告诉他自己已经派杨仙逸（返粤的旅美飞机驾驶员）等赴汕头帮助粤军发展空军事业。
4 月1 日，覆函杨庶堪等，揭露北京政府图谋陕西、四川两省的阴谋。
4 月6 日，覆函许崇智，嘱其固守原防区，认真训练好军队。
5 月28 日，在上海发表《护法宣言》，指出要想和平救国，只有恢复国会完全自由行使职权的一条路。
6 月，在上海与戴季陶谈话，论及有关社会劳动问题和当时社会思潮状况，认为，另社会思想和生活还没有发达，人民知识没有普及，国家的民主的建设还没有基础，这种时代是思想动荡时代的共同特点。
6 月29 日，覆函湖南的廖湘云，指出护法各军不应为利益而争，而要团结一致。
8 月1 日，指派由廖仲恺、朱执信等创办的《建设》杂志在上海出版。
孙中山在发刊词中指出：创办该刊的目的是鼓吹建设思潮，广泛宣传国民党的主义，使之成为全体国民的共同认识，万众一心地建设一个富强、发达的国家。
10 月8 日，在上海青年会举行的武昌起义八周年纪念会上发表演说，指出教育救国、实业救国、地方自治的办法都是救国的途径之一，但不是救国的根本方法，今后要改造中国，唯一的方法就是革命，要彻底地挖掉旧社会的基础。
10 月10 日，中华革命党正式改组为中国国民党。并公布了规章，要以巩固共和、实现三民主义为宗旨。
1920年（民国九年）五十四岁
2 月17 日，致电唐继尧，望其出师讨伐桂系军阀。
4 月2 日，召见蒋介石商谈福建、广东两省军事，命令蒋介石到漳州粤军总部去协助工作。
4 月16 日，中国国民党在上海召开紧急会议，研究进一步否认军政府在法律上的效力。
5 月16 日，在上海中国国民党本部发表演讲，指出现在的中华民国只有一个假招牌，将来应有一番大的革命，并尖锐地批判了“革命军起，革命党消”的谬论，认为不论什么时候，都要有一个革命的党，只有在全国人人都化为革命党的时候，才有真的中华民国。在革命未成功时，要用革命的党来维持。
6 月2 日，在上海与唐继尧、伍廷芳、唐绍仪及云南代表举行会议，讨论应付时局的办法，决定由四总裁发表联合声明，否认军政府在广州的国会。
6 月3 日，四总裁发表声明，严厉谴责军政府为桂系军阀所把持，声明为贯彻护法的主张，将军政府移往云南，主张恢复南北议和。
6 月29 日，派朱执信、廖仲恺到漳州促陈炯明率军返粤讨桂，并声明经济援助可由上海国民党本部承担。
8 月12 日，粤军在漳州誓师，分三路加粤讨桂，20 日，占领汕头， 21日，收复潮安。
9 月16 日，朱执信根据孙中山的指示，回粤联络国民党旧部和民军响应付桂军事行动。受朱执信的策动，虎门要塞司令丘渭南于当天宣布独立。
9 月21 日，朱执信为调停虎门驻军与东莞居民的冲突，在虎门牺牲。
10 月29 日，粤军攻克广州，桂军逃往广西，孙中山致电蒋介石，要他不惜全力支援陈炯明所部粤军。
10 月31 日，四总裁再度联名通电，否认北京政府所谓南北统一的伪令，声明说春煊早已丧失地位和资格，而军政府依然存在。
11 月1 日，致电陈炯明、许崇智等，指示他们速调全军进省，先安定广东省的大局，再处置后方的穷寇。
11 月4 日，在上海中国国民党本部会议上作修改章程的报告。
11 月9 日，在上海国民党本部会议上发表演说，为训政作解释，说明革命党人应担负起教育民众的任务的理由。
11 月10 日，委任陈炯明为广东省长兼粤军总司令。
11 月28 日，经香港抵达广州，在广东省署宴会上发表讲话，指出国家统一的方法是实行民治。并大力赞许俄国的革命方法。
11 月29 日，重组军政府，举行第一次政务会议，推定各部人选，自兼内务部长，唐绍仪兼财政部长，伍廷芳兼外交部长，唐继尧兼交通部长，陈炯明兼陆军部长，李烈钧为参谋总长等。
12 月1 日，四总裁再次发表声明，宣布军政府继续执行职务，将以护法诸省为基础，地方自治，普及平民教育，发展实业，刷新吏治。
12 月6 日，四总裁第三次发表声明，谴责北京政府破坏和平。
1921年（民国十年）五十五岁
1 月1 日，在军政府举行的南京临时政府成立纪念会上发表演说，指出此次军政府回粤，其责任在护法，但护法已不能解决根本的问题，广东此时有建立正式政府的必要。
1 月21 日，外国使团将关税二百五十万余两银划归北洋政府，孙中山令军政府在28 日通知沙面各国领事，声明决定收回海关主权。
2 月1 日，在广东省中国国民党支部成立会上讲话，阐述三民主义。
2 月18 日，改组广州市政府，由军政府直辖。
3 月6 日，在中国国民党本部特设办事处发表演讲，论述三民主义的内容，认为目前中国只是个半独立国，希望建成一个大民族主义国家。
3 月16 日，与军政府各总裁联名通电，反对北方违法选举总统，指出徐世昌只是非法国会所选出的非法总统，无权召开国会。
4 月2 日致函康德黎，请其协助在英国出版自己的《实业计划》一书。
4 月7 日，国会非常议会参众两院联合会在广州举行， 通过《中华民国政府组织大纲》，并选举孙中山为非常大总统。
5 月5 日，就任非常大总统。广州数十万市民举行大会热烈庆祝，并结彩游行。孙中山发表就职演说。同日，致电徐世昌，指出徐世昌只是承平时一个俗吏， 要他早日引退，不要当什么总统。
5 月11 日，陈炯明请辞去陆军。内政部长两职。
5 月28 日，命粤、赣、滇、黔各军准备讨伐陆荣廷，以解除北伐的后顾之忧。
6 月17 日，致电美国政府总统哈定，促其承认广州新政府。
6 月27 日，正式下令讨伐陆荣廷。
7 月，中国共产党在上海成立。
7 月15 日，粤军攻克平南，讨伐桂系战争顺利进行。
7 月20 日，派廖仲恺、何香凝等赴梧州劳军。
7 月，在广东教育会上对中等以上学校职员和学生发表演讲，勉励他们立志救国，并阐述三民主义的要旨。
8 月4 日，粤军占领南宁，陆荣廷逃往龙州。
8 月13 日，滇、粤、赣各军攻克桂林。
8 月28 日，覆信俄国外交人民委员齐契林，信中首先说明这是从苏俄那里收到的第一封信，并向齐契林叙述了辛亥革命及具后的历程，认为自己过去辞职是一个大的错误，它的政治后果正像在俄国如果让高尔察克、尤登尼奇跑到莫斯科去代替列宁一样，袁世凯很快就恢复了帝制。并且提出了要和俄国保持通信联系的意见。9 月3 日，为援桂凯旋、准备北伐的将领举行宴会，发表演说，指出统一中国非出兵北伐不可。
10 月15 日，乘军舰出巡广西，准备取道湖南北伐。北伐军三万在当天开拔。
10 月17 日，到梧州，电召陈炯明来梧州商谈北伐问题，陈炯明托词不至。
11 月8 日，在梧州与陈炯明会晤。
11 月上、中旬，在梧州国民党员会上发表演讲，批判“革命军起，革命党消”的理论，要求大家反向“革命军起，革命党成”方向去努力。
11 月15 日，离开梧州前往桂林。
12 月4 日，到桂林，在桂林设立北伐军大本营。
12 月10 日，在桂林对滇、粤、赣三军军官作《军人精神教育》的讲话。
12 月21 日，宋庆龄率红十字会会员到达桂林。
12 月23 日，在桂林会见经共产党人李大钊介绍前来的共产国际代表马林，双方商谈多日，马林向孙中山提出两项建议，一是组织一个能联合各阶层尤其是工农群众的政党；二是要建立革命的武装中心，应先创办军官学校以培养革命骨干。孙中山十分赞成这些建议。
1922年（民国十一年）五十六岁
1 月9 日，在桂林以大总统的名义宣布徐世昌罪状。
1 月19 日，吴佩孚派专使黄申芗到广东会晤陈炯明，陈炯明表示可以同吴合作。
2 月3 日，以大元帅名义发动员令，令各军分路出师北伐。
2 月12 日、20 日，张作霖、段棋瑞分别派人到广东，与孙中山商讨合作讨伐直系军阀事。
3 月16 日，赵恒惕拒绝北伐军过湘，北伐计划受阻。
4 月8 日，大本营由桂林迁回广东，孙中山指令各军集中梧州待命。
4 月12 日，陈炯明调动军队，企图阻止北伐军回师广州。
4 月16 日，到梧州，召开军事会议，准备北伐军改道出师江西，将北伐军大本营设在韶州。
4 月18 日，廖仲恺由梧州会见陈炯明，劝陈赴梧州与孙中山面商北伐问题，陈拒不同意前往。
4 月21 日，下令兔除陈炯明广东省长、粤军总司令及内务部长职务。陈炯明当晚召开会议，偕同粤军总部人员退居惠州。
5 月4 日，以大元帅名义声讨徐世昌，并下令北伐。
5 月5 日，广州各界举行集会游行，庆祝孙中山就任大总统一周年。
5 月8 日，大本营发布总攻击令，北伐军分三路向江西进攻。同日，为争取陈炯明北伐，任命陈炯明的部将叶举为粤、桂边防督办。
5 月26 日，叶举向孙中山提出元理要求：恢复陈炯明的原职并撤销廖仲恺、胡汉民等人的职务。
6 月1 日，应廖仲恺的请求，从韶关返回广州。
6 月2 日，巡视白云山，发现陈炯明的部下谋反的意图。
6 月6 日，就徐世昌退职发表对外宣言。
6 月13 日，北伐军占领赣州，查到陈炯明意图与吴佩孚夹击北伐军来往密电三件。
6 月14 日，廖仲恺应陈炯明邀请前往惠州，至石龙时被扣留，押到石井兵工厂囚禁。
6 月16 日，陈炯明叛变，四千多人围攻总统府。孙中山出走，登海军的楚豫舰，移往永翔舰。同日，宋庆龄亦脱险。
6 月17 日，转登永丰舰（后改为中山舰），在军舰上发炮攻击叛军。
6 月20 日，海军将领温树德率四艘军舰逃离黄埔，广州江海防司令魏邦平与叛军妥协。
6 月27 日，北伐军决定以第二军、滇军朱培德部、李福林部及粤军第一师梁鸿楷部回粤讨伐陈炯明。梁鸿楷部中途抗命，反往惠州与陈炯明会合。
7 月1 日，拒绝陈炯明的假和解。
7 月2 日，北伐军许崇智、李福林、朱培德、黄大伟各部均进入广东，决定攻取韶关。
7 月5 日，陈炯明托人上永丰舰，意图使孙中山自动下野，然后自己也辞职，孙中山严辞拒绝。
7 月8 日，温树德为陈炯明收买，率永翔、海圻、海深、肇和四舰投降陈炯明。孙中山命其余各舰掩护长洲要塞。
7 月10 日，进泊白鹅潭。
7 月19 日，叛军用鱼雷攻击孙中山的永丰舰，不中。
7 月29 日，北伐军讨伐陈炯明的队伍在韶关失利，全线退却。
8 月6 日，北伐军连续失利，分别退至江西、湖南边境。
8 月9 日，乘英国炮舰“摩汉号”离开广州赴香港。
8 月14 日，到上海。
8 月15 日，在上海发表宣言，揭露陈炯明叛乱经过。
8 月23 日，李大钊到上海，与孙中山进行多次交谈。
8 月下旬，会见苏俄全权大使越飞。
9 月4 日，在上海召开改进国民党会议。
10 月6 日，北伐军许崇智部攻克古田。
10 月10 日，为蒋介石作的《孙大总统广州蒙难记》一书作序。
10 月25 日，任命邹鲁为东路讨贼军总司令，并派邹鲁赴广西联络滇桂各军讨陈。
12 月16 至18 日，再次召开会议，审查中国国民党改进案宣言和党纲党章。12 月26 日，受孙中山以大元帅名义委任的中央直辖军滇军总司令杨希闵、桂军第一路军总司令沈鸿英、第二路军总司令刘震寰等在广西藤县大湟江白马庙举行会议，即“白马会盟”，讨论讨伐陈炯明的事宜。
12 月30 日，义军黄明堂部攻克灵山，并向廉州进攻。滇、粤、桂联军会师梧州，誓师东下讨陈。
1923年（民国十二年）五十六岁
1 月1 日，发表《中国国民党宣言》。
1 月2 日，公布《中国国民党党纲》，次日又公布《中国国民党总章》。
1 月11 日，派廖仲恺赴上海，与国民党各省支部代表商谈改祖国民党问题。
1 月14 日，滇桂联军进入广州，陈炯明逃往惠州。
1 月21 日，以总理名义任命中国国民党各部部长， 23 日，又任命廖仲恺等二十一人为参议。其中均有中国共产党人参加。
1 月26 日，与苏联代表越飞发表《孙文越飞宣言》。
是日，驻广州的滇军将领沈鸿英图谋不轨，孙中山原订于27 日启程赴广州，闻沈鸿英事后推迟行期。
1 月31 日，覆函刘震寰，命其进剿沈鸿英。
2 月3 日，设大本营于江门办事处，以便组织力量讨伐沈鸿英。
2 月15 日，离上海赴广州，到达香港时受到全市人民规模空前的欢迎。
2 月21 日，从香港抵广州，在东郊设立大元帅府，就任大元帅职。
3 月1 日，正式成立陆海军大元帅大本营。
4 月3 日，迁大元帅府于河南士敏土厂。
4 月16 日，沈鸿英叛变，孙中山亲自督师，抵御沈军。
5 月8 日，沈鸿英部退出韶关，平定沈鸿英叛乱。同时，陈炯明旧部杨坤如、翁式亮等在东江地区叛变。
7 月18 日，梧州沈鸿英部守军投降。
8 月1 日，豫军樊钟秀部从大庾（今江西大余）来降。
8 月16 日，派孙逸仙博士代表团赴苏联考察。
8 月，苏联代表鲍罗廷到达广州，孙中山聘其为国民党特别顾问。
9 月11 日，东江前线连续获胜，克平山。
9 月23 日，总攻惠州，未克。
10 月7 日，中国国民党发表宣言，揭露曹馄贿选总续。
10 月19 日，致电国民党上海事务所，请李大钊赴上海商讨改组国民党事宜。
10 月25 日，国民党改组特别会议在广州举行，讨论改组的必要性和计划。
11 月12 日，由石滩返广州，召开军事会议，改编滇军，增调援兵，抵御陈炯明叛军。
同日，国民党临时中央执行委员会发表《中国国民党改组宣言》。
11 月19 日，陈炯明分四路猛攻广州，豫军樊钟秀部突至，攻击叛军，广州防卫战获得胜利，叛军自20 日起撤退。
11 月29 日，国民党右派分子邓泽如、林直勉等人上书反对改组国民党。
12 月3 日，孙中山宣布将收回广州关税，北京外交使团致电广州政府表示反对。同时，外国军舰二十余艘驶进黄埔，对广州政府进行恫吓。
12 月5 日，命外交部覆电北京外交团，指出中国海关是中国国家海关，广州政府是中国的唯一合法政府，中国政府收回自己领土上的关税权，与外国人无关，北京的伪政府亦无权收受两广关税。
12 月7 日，接见《字林西报》的记者，表示决心截留两广关税，不怕外国人的威胁。
12 月8 日，在大元帅府召开会议，决定积极筹备北伐。
12 月9 日，国民党中央干部会议在上海举行第十次会议，讨论有关改组问题。
12 月21 日，命令海关税务司，将提留的海关关税妥为保管，供政府使用。
年底，李大钊到达广州，积极帮助孙中山完成改组国民党事宜。
1924年（民国十三年）五十八岁
1 月4 日，在大本营召开重要会议，决定成立中华建国政府，出师北伐。
1 月20 日，中国国民党第一次代表大会在广州开幕，孙中山以总理身份担任主席。到会代表一百五十六人，其中有共产党人毛泽东等，李大钊被指定为大会席团五名成员之一。
1 月22 日，代表大会提出党章草案交付审查。大会授权主席团指定包括共产党人在内的十九人为审查委员。
1 月23 日，大会通过《中国国民党第一次全国代表大会宣言》，接受了共产党提出的反帝、反封建的主张，决定了联俄、联共、扶助农工的三大政策，把旧三民主义发展为新三民主义。
1 月25 日，获悉列宁逝世，大会休会三天以示哀悼。
1 月28 日，国民党右派人士反对孙中山的三大政策，经过辩论，同意中国共产党员和青年团员以个人身份加入国民党，并通过《中国国民党章程草案》。
1 月30 日，中国国民党全国代表大会选出中央执行委员和中央监察委员。最后，孙中山致闭幕词。
2 月6 日，设立黄埔军校筹备处于广州南堤。
2 月23 日，蒋介石申请辞去黄埔军校筹备处负责人职，孙中山在其辞职书上批示不同意。
2 月29 日，沈鸿英被迫投降。
4 月6 日，下令滇、粤、湘、桂各军分三路总攻惠州，未克。
5 月2 日，任命蒋介石为黄埔军校校长。
6 月13 日，任命廖仲恺为广东省省长。
8 月9 日，命令黄埔军校当局，派军舰查缉商团走私的枪支。
8 月13 日，商团不顾政府的警告，公然举行联防总部成立的活动。
8 月18 日，商团总长陈廉伯煽动银行业罢市，拒收中央银行发行的纸币。
8 月20 日，命廖仲恺下令通缉陈廉伯。
8 月24 日，调兵人省并宣布戒严，以对付商团的叛乱。
8 月25 日，商团罢市。
8 月28 日，英国军舰开进白鹅潭，将炮口对准中国军舰，威胁中国军舰。
8 月30 日，汪精卫、伍朝枢等坚持商团事件和平解决，并让范石生等人出面调停。
9 月3 日，主持中国国民党中央政治委员会议，讨论北伐问题。
9 月4 日，江浙战争爆发，在大元帅府召开筹备北代会议，决定湘、赣、豫军全部参加北作，滇、粤军抽调一部随行。将大本营移到韶关，广州设留守府，派胡汉民代大元帅兼广东省长，以谭延闿为北伐军总司令。
9 月14 日，广东商团阴谋举行第二次罢市。
9 月18 日，中国国民党发表《北伐宣言》。
9 月20 日，在韶关举行北伐誓师典礼。
9 月22 日，下令北伐军一律改为建国军。
10 月3 日，胡汉民受任广东省长职，立即发还广东商团枪械。
10 月10 日，广东各界举行大会，纪念武昌起义，广东商团悍然对群众开枪，当场打死二十余人，是为“双十惨案”。
10 月12 日，广州商团继续举行罢市，孙中山致电蒋介石，令其坚决镇压商团的叛乱。
10 月13 日，商团在沙面集会，阴谋扩大叛乱。
10 月15 日，商团首先向政府开枪，桂、湘，豫、粤军等分五路包围西关，令商团缴械。数小时战斗后，商团叛乱被平定。
10 月25 日，冯玉祥在北京政变成功后，举行政治军事会议，电请孙中山北上主持国事。
11 月2 日，孙中山决定北上。命胡汉民留守。
11 月3 日，到黄埔军校辞别，并发表讲话论述北上的目的。
11 月4 日，分别覆电冯王祥、张作霖，告诉他们安排好军事之后，即可北上。
11 月10 日，发表《北上宣言》，重申反对帝国主义和反对军阀的政治立场。
11 月13 日，偕宋庆龄乘永丰舰北上。
11 月17 日，到上海，受到上海群众数万人的欢迎。
11 月19 日，在上海寓所发表讲话，指出这次北上，是去同全国人民谋求和平统一，要求召开国民会议。
11 月21 日，乘“上海丸”号轮船取道日本转赴天津。
11 月30 日，从日本神户乘“北岭丸”赴天津。
12 月4 日，到天津，受到天津群众两万余人的热烈欢迎。
12 月5 日，带病在卧室内同来访的张作霖、卢永祥等会晤。
12 月18 日，在病榻上接见段棋瑞的代表叶恭绰、许世英等。是日，肝病加剧。
12 月28 日，由于北京各团体纷纷派代表到天津请求人京，决定赴北京。
12 月31 日，带病由天津入北京。受到北京各界群众十万人的欢迎，在北京车站发表书面讲话，声明此次自己来北京不是来争地位的，而是来做救国的大事的。
1925年（民国十四年）五十九岁
1 月1 日，因肝病加重，请西医医治。段祺瑞邀请孙中山出席“善后会议”。
1 月4 日，继续请西医医治，并在病榻上考虑对付“善后会议”事。
1 月7 日，陈炯明再次阴谋进犯广州。
3 月11 日，在遗嘱上签字，遗嘱中指出：必须唤起民众，及联合世界上平等待我之民族，共同奋斗。致苏联遗书一份，其中表明了他把三大政策实行到底的决心。
3 月12 日，上午9 时30 分在北京逝世，终年五十九岁。
