１７９８年５月３日，在波拿巴启程攻打埃及和叙利亚之前十天，坦普里监狱的囚犯悉尼・斯密士爵士越狱逃跑。这次越狱孕育了此后一连串的事件，一纸伪造的警务部长命令阻止了东方的革命。波拿巴的舰队于５月８日抵达土伦。逆风耽误了十天时间，这十天他都用于检查远征军，连细枝末节都未放过。舰队于５月１９日再次启航。地中海岸难得看见更加盛大的奇观了。灿烂的太阳升起在排列成半圆形的船舰上空，舰队延伸不下六里格，包括１３艘战列舰、１４艘巡洋舰和４００艘运输船，由布律埃斯海军司令指挥。舰队总共载运了４万名精选的士兵，官兵中绝大部分都久已追随拿破仑，认为有他在就是胜利的保证。
６月１０日抵达马耳他岛，并且和平占领了这个岛。波拿巴自己声称，他在曼图亚时就已拿下马耳他了。熟悉马耳他的人谁也想不到，这个四周都是难以攻破的坚固堡垒的岛屿，竟会在两天内归降一支被敌舰尾追的舰队。
拿破仑以他特有的预见，为建立马耳他岛的政府 和防务作了准备，接着便于６月１９日离开该岛。许多武士追随他并担任了文武官职。
７月１日上午远征舰队到达非洲海岸，他们根据塞维琉斯纪念柱认出了亚历山大港。波拿巴决定立即登陆。海军司令根据天气状况提出反对，主张再等几小时，而且断言几天内纳尔逊不会回转。但是总司令严词拒绝，并说 ：“时间紧迫，命运只给我三天时间，如果我不充分利用，我们就失败了 。”于是海军司令发出讯号：全体登陆。由于波涛汹涌，克服了很大困难才得以完成登陆，还有许多人溺死海中。
攻陷亚历山大港用了几小时。他们并没有放手劫掠。波拿巴利用他在亚历山大港停留的６天时间，以他那使人无限崇敬的活动能力和才能来建立城市秩序，同时为军队越过波希哈列省的行军作准备。逗留期间他发布了一项宣言，其中有这样一段话：
“埃及人！有人会对你们说，我是来毁灭你们的宗教的——切勿听信那种话。你们要坚信，我是来恢复你们的各项权利、惩办那帮放高利贷的家伙的。我比马木留克兵还要崇敬上帝和上帝派在人间的先知以及古兰经。告诉他们在上帝眼中人人平等，只有智慧、才能和品德的差别 。”
他派德塞率领４５００名步兵和２０名骑兵去攻打通往德曼胡尔道路上的贝达。这位将军第一个尝到 了此战的艰难困苦，不久全军也备尝了这种艰辛。他的高尚品德以及他对拿破仑的爱戴似乎都敌不住周围的种种阻碍。７月１５日他从博哈希列写信说 ：“我求求你们，别再让我们留在这个地方，士兵们已经灰心丧气、窃声抱怨了，命令我们前进或者后撤吧。各个村落尽是小茅屋，一点财源也没有 。”
７月７日波拿巴离开亚历山大港去德曼胡尔，行军途中不断受到阿拉伯人的袭击。沙漠中本已稀少的水塘和泉眼不是被他们堵塞便是下了毒，士兵们感到渴得难受。
７月１０日波拿巴在拉马哈涅设立司令部，１１日和１２日他们继续留在该地。亚历山大开凿的运河从这里开始，向他新建的城市输水，并且便利了欧洲和东方的商业来往。
波拿巴把那些不能用来作战的非军事人员安置在塞夫号的其他船舰上，腾出马匹来驮运部分士兵。
７月１３日夜间沿尼罗河左岸向南进发，分舰队沿河行驶。与军队左翼并行途中遇到从开罗驶来的七艘土耳其炮艇和两岸布列的马木留克兵、费拉和荷短枪骑骆驼的阿拉伯人的炮火射击。
两军交战后直到７月２３日，同陆军没有联络。７月２２日士兵们望见了金字塔，并且估计距金字塔所在的要塞仅有１０里格左右。前方正在激战，尼罗 河岸上抛下了成堆死尸，时时刻刻被波浪冲刷到海里去。这种可怖景象说明，这里发生了一场对于马木留克兵致命的战斗。
法军排成方阵等候马木留克兵来攻。马木留克兵发出狂野的呼喊，以猛不可挡之势袭来，千方百计要突破对手的密集行列。他们让战马往法军士兵身上扑去。他们被法军的坚定不移激怒了，那些负伤跌下马的也在沙漠上爬行，用弯刀斫敌人的腿，但什么也动摇不了法军。刺刀和不断轰鸣的步枪射击逐步扫除了周围的敌军，最后波拿巴前进了。他逼近敌营时，敌人惊惶万分。他们抛弃工事，成百地纵身跳入尼罗河，又有大批人溺死。拿破仑的威名传播到了东方，使人胆战心惊。被人称为“炮火之王”的拿破仑被认为是命定的上帝之鞭，是无法抵抗的。
法军向开罗进军途中不断作战并取胜，他们赢了拉马哈涅之战、歇勃雷思之战和金字塔之战。马木留克兵被击败了，他们的头目穆拉德巴依被迫逃往埃及。经过２０天战斗后，波拿巴进入首都便全无障碍了。
波拿巴一到开罗就投身于埃及的民政和军事组织工作。只有在这时，即在他精力充沛的青春时期见过他的那些人，才能估计出他非凡的活动能力。埃及是他多年研究的对象，几天之内便熟悉得像在此地已旅居了多年一样。他发布多道命令，号召遵守最严格的 纪律。清真寺、民政和宗教机构、闺房、妇女和当地风俗习惯都得到尊重。
他在开罗呆了四天，这期间他考察一切，并同能够打听到情况的任何人交谈。
１０月２２日发生了开罗暴动。波拿巴灵活的头脑虽已用于这么多方面，但还有使不完的劲。
举行这次暴乱的信号是１０月２０日夜间在各清真寺发出的。到２１日早晨，司令部宣称开罗城已发生公开暴乱。总司令不在劳达岛，他没有听到信号枪的响声。消息传到时他已起身，那时是五点钟。他得知所有店铺全关了门，法国人受到袭击。不多一会他获悉驻军司令官杜布依将军的死讯，他是在街上被长枪刺杀的。波拿巴当即跨上马，只带３０００名亲兵，到所有受到威胁的据点去恢复信心，并以极大的镇静采取了各种防务措施。
波拿巴回到司令部大约是上午八点半，早餐时他得到报告说，有些骑马的贝都因阿拉伯人正试图强行进入开罗。他命令副官苏耳考夫斯基骑上马，带领１５名亲兵前往暴乱人数最多的据点胜利门。克鲁阿泽提醒总司令，苏耳考夫斯基在沙赫勒耶负伤还没有复原，提出由自己代替他。波拿巴同意了，但是苏耳考夫斯基早已出发。不到一小时，１５名亲兵中有一个满身血污地回来了，宣称苏耳考夫斯基以及其他伙伴 都已被砍成碎块。
这次暴动以后不久，为了保障安全，而发生了一次可怕的残忍行为。阿拉伯人突袭并屠杀了一队法军，波拿巴命令侍从武官克鲁阿泽赶赴出事地点，包围了那个部落，毁掉他们的茅屋，杀死所有男子，把妇孺带往开罗，并命令砍下那些牺牲者的头装入口袋带往开罗示众。
８月份以来，波拿巴同时盯住了叙利亚，并且预料到土耳其军队要登陆，此事果然不久便发生了。他以自己固有的智力理解到从苏伊士海峡方面威胁他的危险，想出了避免这种危险的办法。
１７９９年２月１１日，波拿巴率领大约１１ ２万人向叙利亚进军。这支人数不多的军队于１７日进抵艾耳一阿利什。沙漠行军的疲劳以及饮水的缺乏使得士兵们怨声载道，他们看到骑马的便咒骂——他们放肆地用最粗鄙的言词攻击共和国、学者、以及他们认为是发起这次远征的人。士兵们不时渴得筋疲力尽，等不及分配饮水便用刺刀戮自己的皮肤。这样做的结果，更加感到水的恐慌。几天之内艾耳一阿利什投降了。２８日第一次遥遥望见叙利亚青葱肥沃的田野，使人想起了法国的田园。
３月４日他们包围了美丽的城镇雅法，即古约帕，该城据守到６月才由猛攻夺取。接下来的大屠杀十分 恐怖。波拿巴派出侍从武官博阿尔内和克鲁阿泽去平息士兵的狂怒，并报告经过情况。他们获知大部分守军退入一座大建筑物，一种有围墙的院落。他们去那里出示了标明各自级别的肩章。这些难民是阿瑙特人和阿尔巴亚人，他们在窗口呼喊，如能饶命他们就投降，否则——他们吓唬说，要向这两名侍从武官开火并坚持到最后一口气。两人答应了他们的要求，他们便分两队开进营房，总计约４０００人。
第二天傍晚，各师长的常规日报送到。各师长没说别的，尽是诉说口粮的不足和士兵的怨言——他们窃窃私议，不满意眼看他们的面包发给敌人。这些敌人根据陆战法规逃过了对他们报复，也免于判处死刑，已经解往雅法。所有这些报告都是触目惊心的，特别是蓬恩将军直言不讳的报告。他说的不外乎是害怕发生哗变。从事情的严重性质看，这种顾虑是不无理由的。
第三天，军营中的怨言越来越大了，祸患有增无减，似已无法平息，危险千真万确而且迫在眉睫。
３月１０日下令枪决这帮俘虏，当天执行。
攻占雅法之后，瘟疫开始流行，情况甚为严重。这次叙利亚远征军因传染病折损了７０００至８０００人。３月１８日来到阿克，得知杰扎尔砍下了法军使者迈耳・雷诺的头，把他的身子装在口袋里抛入大 海。这个残酷的帕夏犯下了大量这类罪行。士兵在海里洗澡时，时常遇到被海浪冲上岸来的无头尸体。
围攻战于５月２０日结束。法军损失将近３０００人，包括在阿克伤亡和瘟疫死者。如果不是匆促进攻，或者围攻是按照战争常规进行的，这个镇市连三天都守不住。像５月８日那样的猛攻，一次已足够了。
５月２０日，法军趁夜间离开圣让得阿克以避开围城敌军的出击。他们必须沿岸跋涉三里格完全暴露在炮火之下的路程。病号和伤员已先期两天送走。这次灾难性的远征就这样告终了。
５月２２日他们在凯撒城遗迹稍事停留，当天晚上通宵行军。黎明时分，有人躲在路边灌木丛中向骑在马上打盹的拿破仑开枪，差点击中头部。他们立即搜索了树丛，没费事就抓住了那个那普洛西安人，并下令就地处决。４名士兵用马枪顶住他的背部，把他推向海边，临近水边对他扣动板机，不料四枝枪全不着火，这是因为夜晚太潮湿的原故。那个叙利亚人跳入水中，迅速游到远处一列礁石上，敏捷无比，以至他游动时，全军发射的子弹一颗也没有打中他。
６月１４日，军队回到开罗。越过沙漠时，温度达华氏１００—１１０度。这一带，虚妄的海市蜃楼比博哈希勒的平原更加烦人。在万分干渴之中遥遥望见那完整的幻景，尽管有过亲身体验，还是诱使他们 驱使疲乏的战马奔向那些空幻的湖泊，但是没多久，那些湖泊便化为荒芜的盐碱沙漠。
波拿巴还没有到开罗就得到报告说，勇敢的百折不挠的穆拉德巴依，已取道法尤姆去会合在博哈希勒征召的援军。这次行动多半同预料中的土耳其军队登陆有些关系，他早已知道此事。穆拉德选定纳特龙湖为会合地点，缪拉奉派前去那里，但巴依听说他要来就取道基萨沙漠和各个大金字塔退去了。
波拿巴认为消灭这个活跃的头目事关重大。在他看来这是他在埃及的许多敌人中最勇敢最危险的一个，他经常逡巡在沙漠的边缘。７月１４日波拿巴离开开罗前往金字塔。他在这个死人的废墟中逗留了三四天。这次金字塔之行，他的唯一目的就是消灭穆拉德巴依。
７月１５日傍晚，波拿巴朝亚历山大港散步时，瞥见一名阿拉伯使者全速向他奔来。他呈交了当时派驻亚历山大港的马尔蒙的一份报告，波拿巴大为满意。土耳其军已在英国舰队护航和保护下在阿布基尔登陆。１５０００至１６０００名敌军上岸的消息并没有惊动波拿巴，他已期待多时了。他读完报告就退入帐篷，口授调动部队的命令。他全力以赴，一刻也不踌躇。７月１６日凌晨四时，他已在马上，军队全速开拔。他们２３日抵达亚历山大港，那里已为那次可纪念的战役准备好一切，那一仗是永远让法国人回想的最辉 煌的成功之一。
２５日那一仗以后，波拿巴给英国海军司令的座舰送去休战旗帜。他们的交往是谦恭有礼的。这是文明国家之间交往应有的标志。海军司令送给法军使节一点小小的礼物以作为回敬，还赠送一份１７９９年６月１０日的法文《法兰克福报》。 波拿巴浏览这张报纸的急切心情是不难想象的。“啊 ！”他说，“我的预见没有欺骗我，那帮蠢才丢失了意大利。我们历次胜利的全部果实都断送了，我们必须离开埃及 。”
他吩咐召见贝尔蒂埃， 要他读过消息。“法国的事情糟了，”他说，“我得去看看那里是怎么回事，你一定要随我来 。” 他告诫贝尔蒂埃要谨慎， 不要显出高兴的样子，也不要改变他平素的习惯，不要买任何东西。他最后对贝尔蒂埃说，一切仰仗他了。他说：“我自己是可以保证的，我也信得过布里昂 。”贝尔蒂埃允诺决不声张，他果然信守诺言。他在埃及已呆够了，一心只想回法国去，只怕自己不小心而破坏了一切。冈托姆来到了，波拿巴命令他备妥两艘快速三桅舰米隆号和加利埃号以及两艘小船雷望契号和福通号，外加四五百人两个月的粮食。他把自己的秘密意图通知冈托姆，并叮嘱他严守秘密，以免做准备工作的消息走漏给任何英国巡洋舰。后来他同冈托姆商定了他将行驶的航线。
波拿巴于８月５日离开亚历山大港，１０日到达开罗，目的为离去作安排。他在开罗叫人重新扬言他要去埃及。这消息看来非常可能，因为事实上这是他去金字塔之前的决定，军队和开罗居民都知道。他同时宣布了他要考察尼罗河三角洲的意图。为使人更加相信，他于１８日写信给政务会议，要他们按时向他报告他不在开罗期间的情况。他用这些办法使得军中谁也没有怀疑他是在策划离去。
２０日他们到达曼努夫时，当地驻军司令拉努斯将军猜测到了他的目的。８月２２日他们回到亚历山大港，拿破仑通知随同他从开罗来的全体官兵，他们的目的地是法国。听到这个消息，人人脸上显出喜悦的表情。
波拿巴邀请继任全军司令的克莱贝尔将军从达米埃塔到罗塞达来，同他会商极为重要的事。波拿巴安排这场明知自己不能守约的约会时，希望逃避克莱贝尔的责备和避免面对他那倔强憨直的脾气。他给克莱贝尔写了所有非说不可的话，提出不守信约的原因是惟恐被英国巡洋舰发觉，因此比预定日期提前三天启程。但是波拿巴写信时明明知道，信到时他已在海上了。克莱贝尔向督政府痛诉了这种骗局。
