准部既亡，清朝的兵力，就及于天山南路。先是噶尔丹破黑山宗而立白山宗，策忘阿拉布坦又排斥白山宗而代以黑山宗。白山宗玛罕木特，想据叶尔羌自立。策忘阿拉布坦把他擒获，囚在伊犁。玛罕木特有两个儿子：长名波罗尼都，次名霍集占，就是向来的史家，称为大小和卓木的。清兵初入伊犁。阿睦尔撒纳想得回部之援，把波罗尼都放回，而且借兵给他。波罗尼都就尽定天山南路。霍集占则留居伊犁，掌管北路的回教。清兵再定伊犁，霍集占也逃回去，清朝差人前往招抚，为其所执。公元1758年，兆惠移兵南征。以兵少，被围于叶尔羌。富德前往救援，亦被围于呼拉玛（在叶尔羌东边三十七里），到底以援至得出。后来清兵聚集渐多，而大小和卓木，偏信在伊犁时的旧人；又用兵之际，税敛甚重，诸城解体。公元1760年，兆惠打破喀什噶尔（大和卓木所居），富德打破叶尔羌（小和卓木所居），大小和卓木逃到巴达克山，为其城主所杀，函首以献。于是天山南路亦平。设参赞大臣，驻喀什噶尔。大城设办事大臣，小城设领队大臣，以治军。各城皆设伯克以治民（以回人为之）。公元1763年，希哈尔以巴达克山杀大小和卓木，发兵灭之。乌什的回民，也想图响应，为将军明瑞所定，于是把参赞大臣移驻乌什。
葱岭本来是东西交通唯一的要路；从回教盛行以后，天山南路和葱岭以西的关系更深；所以从回疆平定之后，葱岭以西诸国，到清朝来朝贡的就很多。现在约举其名如下：
巴达克山（以下七部，清朝的书，都称他为城郭回部）
克什米尔（《唐书》的个失密，亦称迦隰弥罗）
乾竺特（即坎巨提，亦作喀楚特）
博罗尔（就是铂米尔，《唐书》作波谜罗。唐朝于其地置羁縻州名巴密）敖罕（亦作浩罕。所属有敖罕、纳木干、玛尔噶朗、安集延四大城，窝什、霍克占、科拉普、塔什干四小城，故称敖罕八城。安集延城的人，来中国经商的最多，故中国亦通称其人为安集延）
布哈尔
阿富汗
哈萨克（共分三部：左部鄂尔图玉斯，俄人称为大吉尔吉思。中部齐齐玉斯，俄人称为中吉尔吉思。西部乌拉玉斯，俄人称为小吉尔吉思。小吉尔吉思，就是黠戛斯的音转。哈萨克和布鲁特，都准每年一次，到乌鲁木齐互市。哈萨克三年一贡，布鲁特则每年进马。哈萨克的部长，清朝曾各授以王公台吉的称号。布鲁特的头目，也由将军大臣奏放）
布鲁特（分东西两部，俄人称为喀喇吉尔吉思）
