纷繁复杂的局势给刚刚登上总统办公厅第一副主任宝座的普京带来严峻的考验，他清醒地认识到，如果不能及时制止分裂主义势力进一步发展的势头，不仅俄国内形势稳定将有可能因此出现新的动荡，而且俄联邦的完整和统一也将面临空前的挑战。因此，他上任后立即使出自己的浑身解数，使用强硬手段对地方行政长官谋求独立的任何企图进行了全力遏制。
由于普京手段强硬，俄国内不少对其政策持批评态度的人开始大骂其为“帝国主义者”。但普京不为任何人所动，继续坚持用“猛药”医治顽疾，从而迅速整顿了中央与地方的关系。
在担任总统办公厅第一副主任期间，他依靠铁腕政策，重新树立克里姆林宫的绝对权威，其铁腕政策虽然得罪了不少蠢蠢欲动的地方首脑，但在叶利钦面前却屡得高分。而普京最令叶利钦及其家人欣赏的地方，就是他一贯地保持着谦虚、忠诚的本色。
在总统办公厅工作期间，普京时时保持着低调态度。他很少接受记者的采访，不在电视上露面，更不发表任何文章。而对叶利钦总统，他又处处维护其政治形象，积极为其出谋划策，自己却从没有任何的政治野心。就这样，“放心干部”普京很快得到了叶利钦及其家人的高度信任，从而成了叶利钦总统办公厅人气最旺的“红人”，为今后的火箭式升迁埋下了伏笔。
普京在监督总局及总统办公厅的表现叶利钦很快就注意到了，但他同时也没有忘记普京的克格勃出身。叶利钦知道，虽然在前苏联时期克格勃往往凌驾于其他部门之上，甚至凌驾于法律之上，不过总的来说，克格勃只是工具，别人可以用，他也可以用，而且必须用。
叶利钦对这个具有悠久历史和庞大机构组织的情报机构进行了改革和重组。1992年1月，叶利钦签署命令，成立俄罗斯国家安全部取代中央情报局。但这个自己非常重视的部门的很多人却介入了议会反对自己的斗争，让叶利钦十分恼火。在“炮打白宫”事件之后，他取消了俄罗斯国家安全部，代之以反间谍局，这个局后来又重组为俄罗斯联邦安全局。目前的俄罗斯情报系统由联邦安全局和对外情报局组成。从某种意义上来说，这两个机构都是克格勃的继承者，不过已然脱胎换骨。
对于这样重要的机构，叶利钦当然需要把它交到一个能干而又可靠的人手里才会放心。这个时候普京已经深得叶利钦的欢心，这个职位当然非他莫属。1998年7月25日，叶利钦签署命令，任命预备役中校普京为俄罗斯联邦安全局局长。本来，叶利钦打算提升普京为将军，但是普京没有接受。他知道，由一个中校提升为将军，即使是少将，也并不合适。普京也知道，以一个预备役中校而主管联邦安全局，会使很多人不服气，但他不在乎，关键是看当了局长之后的工作成绩和实效。据说，上任那一天，普京来到俄罗斯联邦安全局总部大楼，也就是过去的克格勃总部大楼，他的第一句话是：“我回家了。”
对普京而言，他是真的回家了，但他已离开克格勃将近10年，他还能适应这个工作吗？他在这个职位上能够得心应手吗？当时还是有很多人表示怀疑，只有中校军衔的普京，能挑如此重担吗?
但首先一点，叶利钦相信普京。这是一次重要的任命，充分说明叶利钦已经完全把普京视为自己人，而普京回到自己的老本行，则更加如鱼得水。在很短时间内，普京对全局进行了大刀阔斧的裁员改组，缩减中央机构，充实加强地方分局力量……赢得朝野上下的一片叫好声，很快被晋升为上校。
从1996年到1998年短短的两年时间里，普京在克里姆林宫总统办公厅先后换了3个职务。但无论担任什么职务，他都能保质保量地完成任务，其在克里姆林宫中所起的作用也越来越明显，叶利钦已经离不开他了。
