俄军由于后续部队没有及时给予支援，让武装分子占了上风，不得不撤出市中心广场。这一次俄军损失较大，最为不幸的是，俄北方集团军副司令马洛费耶夫少将在这次行动中阵亡了，他是俄军在这次车臣战争中牺牲的级别最高的将领。
普京时刻关注战局的发展，当马洛费耶夫少将不幸牺牲的消息报告回克里姆林宫的时候，普京马上致电前线将士表示慰问，并对其家属进行抚恤。
19日，俄军在强大的空军、炮兵的援助下再次对市中心发起了猛攻。俄军与非法武装分子进行了短兵相接的战斗，有时甚至与武装分子展开了肉搏战。尤其是在第15小区的战斗最为激烈。在那里，非法武装分子把市罐头食品厂和连接东西城的一座公路桥改建成了一座堡垒，俄军必须攻下它，才能切断河东西两岸武装分子的联系。经过苦战，俄军终于攻下了罐头厂和公路桥，一举改变了被动的局面。
在这次战争中，俄军也有一些无谓的牺牲。20日，俄军在第三次进攻格市中心附近的米努特卡广场时，由于准备不够充分，穿着绿色军服的俄军士兵在白色的雪地里成了车臣武装分子绝好的目标，导致了大量的伤亡。在事后的总结中，俄军指挥官受到普京的严厉批评。
在战争久久打不开局面的情况下，普京批准俄军征调特种部队参战。21日，俄军特种部队前往格罗兹尼作战。22日，俄军控制了格罗兹尼5个区和部分其他地区；26日，俄军包围了车臣南部和西部的武装分子，基本上切断了匪徒向境外渗透的道路。这时候，俄军已基本上控制了车臣的局势。但战斗依然没有停止，车臣非法武装还在顽抗，29日，俄第325直升机团团长尼古拉?马伊达诺夫上校阵亡。
进入2月份，好消息不断传到克里姆林宫。在2月1～2日战斗中，俄军击毙车臣前总统杜达耶夫的侄子等4名非法武装“战地司令”，非法武装首领巴萨耶夫触雷，右脚被炸断，双手和头部受伤。俄军则进展顺利，控制了格罗兹尼市中心广场，并于4日将俄罗斯国旗插上了格罗兹尼市中心车臣政府大楼。
车臣战争吸引了全球的目光，西方国家对此次战争极为关注。自从俄罗斯在车臣发动军事行动的第一天起，西方国家就对其施加了很大的压力，他们对车臣非法武装骚扰平民百姓、袭击俄罗斯军警、制造爆炸事件和绑架劫持似乎并不太感兴趣，他们不顾车臣的实际情况，一再指责俄罗斯军队在车臣滥杀无辜、践踏人权。西方媒体在报道车臣的时候，很少使用“匪徒”、“恐怖分子”等俄罗斯常用的字眼，而是经常用“战斗队员”、“起义者”等概念混淆视听。
第二次车臣战争刚刚爆发的时候，西方国家也没有什么动静，算是默认了俄罗斯的行动。但随着车臣战事的进行，俄军在车臣战场上频频告捷，西方一些国家不断对俄罗斯攻打车臣的行动进行责难。一些西方媒体大肆渲染，称轰炸造成大量平民伤亡和引发了“难民潮”，车臣境内出现了“人道主义灾难”。车臣分裂分子也大造舆论，企图将高加索问题国际化。西方国家领导人也开始坐不住了，接二连三地发表讲话，要求俄罗斯停止车臣战争和“种族清洗”，呼吁俄与车臣当局恢复政治谈判。
面对西方的责难，普京并没有停止对车臣的行动，一方面继续剿灭残余匪徒，一方面对西方的责难进行了有力回击。他认为，当时西方国家之所以对车臣问题这么关注，完全是他们想转移世人对南斯拉夫和科索沃问题的注意力，
为了有力回击西方的责难，表明俄罗斯是为了坚决打击非法武装分子以及恐怖分子才采取的行动，2月6日普京宣布，车臣军事行动结束后，俄军将有计划地撤出车臣，但要在车臣长期驻扎一个师。
当时，车臣非法武装分子除几百人投降外，其余数千人纷纷撤进山区与俄军打游击战。车臣战事进入剿匪阶段。3月12日，车臣非法武装战地司令拉杜耶夫被擒，但巴萨耶夫和哈塔卜侥幸逃脱。
为了鼓舞车臣战场俄军的士气，3月20日，普京亲自驾驶苏-27歼击机到车臣首府视察。他正告车臣非法武装分子只有走出山区放下武器，才能与俄政府谈判，这是他们唯一的出路。
3个月后，普京签署命令，批准车臣临时政府成立。
大规模的行动结束了，但小股的车臣匪徒一直没有停止对俄军的袭击。俄军一直不懈地进行着剿匪行动，到2001年1月22日，普京宣布俄军全面从车臣撤军，俄军的作战将从大量的歼灭非法武装转为反恐怖行动，由1.5万人组成的第42师和内务部由六七千人组成的一个旅将长期驻守车臣。第二次车臣战争持续一年多，最终以俄军的胜利而告终。
第二次车臣战争俄军虽然打了一年多，人员上也有伤亡，但这次战争俄军还是重创了车臣非法武装。俄军充分吸取了第一次车臣战争的教训，准备充分，战术、指挥灵活，放弃了以往的大量兵力进攻，取而代之的是大量运用了特种部队和精干的内卫队，用猎杀的方式对付车臣非法武装。不仅如此，俄军还吸取了美军在海湾和科索沃的作战经验，大量地使用了高科技、高精度的武器，摧毁了车臣许多军用目标，大量地杀伤其兵员，然后才让步兵进行下一步的作战行动，有效地减少了部队的伤亡。
车臣战争为普京赢得了广大俄罗斯民众的心，他在战争中显示出的铁腕手段和强硬形象，给广大俄罗斯人留下了深刻的印象，人们普遍认为他能够给俄罗斯带来安全和稳定。这次战争的胜利，使他的支持率直线上升，普京在这次行动中的强力作风将他推上了总统宝座。
