于是在朝廷特使近卫前久、劝修寺晴丰、庭田重保等人的安排下，本愿寺显如写下誓书，宣布停止对织田信长的抵抗，净土真宗放弃根据地摄津石山，以及北陆的加贺国，前往它处和平传教。显如上人随即离开石山本愿寺，遁往纪伊的鹭森隐居，其子光寿（教如）仍然不舍这座本寺，但坚持到当年八月二日，终于还是被迫离开了。
当晚西风正紧，本愿寺中突然腾起火光，随即火借风势，越燃越旺，连续焚烧了三天三夜，将这座宏伟寺院变为白地一片。这把火究竟是谁放的呢？有人认为是织田军下的手，有人认为是本愿寺教如不甘心本寺落在敌人手中，宁可将其焚为灰烬——又是一个难解的历史之谜。
日本史书中往往记载说在本年度，信长和本愿寺达成了和睦，然而名虽和睦，其实本愿寺势力等于彻底向信长缴枪，表示臣服。持续了十一年的石山战争，就此才终于落下帷幕。
「安土宗论」
天正七年（1579年）新春来到的时候，织田信长已经四十六岁了。他在即将完工的安土城召见诸将，举行了盛大的新年宴会。五月，安土城竣工，信长于当月十一日正式移住到此。他才到安土，就突然听说了一件有趣的事情：佛教净土宗的灵誉长老从关东千里迢迢来到安土城传教，和当地占统治地位的法华宗产生了冲突。法华宗各寺院住持提出要和灵誉长老展开一场盛大的“宗论”（宗教辩论会），以定胜负。
信长闻讯，就派菅屋长赖、矢部家定、堀秀政、长谷川秀一等人前往调解，灵誉长老一副恭顺的态度：“老僧谨遵上意。”但法华宗仗着人多势众，门下弟子很多都出仕于织田家或与织田氏重臣交好，坚决不肯退让。
信长说：“好吧，那就在我面前展开一场宗论吧，让我看清楚是非曲直。”他招来日野的高僧景秀铁叟长老，以及安土本地的因果居士作为评判，并择定安土城外净土宗的净严院作为宗论场所，派织田信澄、菅屋长赖、矢部家定、堀秀政、长谷川秀一等将领兵警护。
法华宗派出了常光院、九音院、妙国寺的住持，以及长命寺日珖、普传等高僧前往参与宗论，他们一个个华丽的法衣裹身，摆出骄横态度，还让妙显寺的大藏坊携带纸笔，展开八卷本《妙法莲华经》担任记录。净土宗除灵誉长老外，还派出安土田中的贞安长老，都自带笔砚，穿着朴素的黑色僧衣前来赴会。
这场宗论，出乎意料地很快就结束了，据说开场没过多久，贞安长老就把对方驳斥得哑口无言。灵誉长老手持折扇，舞蹈一曲，宣告本方获得了彻底的胜利。围观群众欢声雷动，纷纷冲破警戒线，挥拳驱逐法华僧众，并且撕抢他们身上华丽的法衣。法华僧众被迫抛弃了纸笔和《妙法莲华经》，夺路而逃。信长也欢喜赞叹，赐予灵誉、贞安两位长老纸扇为礼，并警告法华僧众说：“你们回寺去潜心研究学问吧，不得再对他宗佛徒诸多刁难。”法华宗的首脑们纷纷辞职，并呈交誓约，表明再不敢非难他宗门人了。
但是还有一种截然不同的记载，据说宗论持续了整整四个小时，最后以法华宗的胜利而告终，但在信长的袒护下，因果居士反而宣布净土宗获胜，其后信长即强迫法华宗徒在承认失败和保证不再非难他宗信徒的文件上签字。法华宗的势力当时在畿内地区非常庞大，并与臣服于信长的许多豪族力量相勾结，信长此举，无疑是用相对平和的手段打击和约束法华宗的发展。
这场宗论在日本佛教史上具有相当重大的意义，而对于认识织田信长的宗教政策，也不无裨益。信长没有禁止宗论，更没有抬出其它宗门甚至天主教来压制争斗的佛教徒，说明他的宗教政策是相对宽松的，也是相对自由的。他并不是一个天主教徒，而仅仅用强力应对比叡山延历寺、石山本愿寺等拥有武装、妨害其“天下布武”的佛教势力罢了。延历寺已化焦土，本愿寺朝不保夕，信长遂开始扶持对自己统治有益的佛教宗派。他是一个复杂的封建政治家，而非简单的宗教迫害者。
弗洛伊士对于信长的宗教观，曾在日记中这样写道：“在这个日本男人眼中毫无神明可言，他认为自己就是神……信长聚集全国的神像与佛像，他的目的并不是要崇拜这些偶像，而是要这些神佛崇拜他。他认为自己才是神，在他上面根本没有创造万物的神！”
如前文所述，安土城内的总见寺，就是弗洛伊士这种评判的最佳注脚。
「放逐重臣」
信长麾下诸将捷报频传的天正七年（1579年）过去后，历史又迈进了天正八年（1580年）。正月，播磨三木城被攻克，城主别所长治切腹自杀，三月，关东地区的战国大名北条氏政派来使者与信长联合，要求全力攻击已经日暮途穷的武田家。
北条氏和武田氏本来是结有盟约的，是谓甲、相同盟，然而北陆上杉氏的内乱，却使这种同盟关系彻底破裂了。且说上杉谦信笃信佛教真言宗，毕生没有娶妻，遗命将越后国守护之位传给养子上杉景胜，而将关东管领之职传给另一名养子上杉景虎。可是谦信的尸体还没有冷，这两个养子就为了抢班夺权而开始大打出手。
上杉景虎本名北条氏秀，乃是北条氏政的亲兄弟，他打不过景胜，就请求兄长氏政出兵相助。相模和越后两国间相隔千山万水，远水难救近火，于是氏政就致信距离较近的武田胜赖，请他率先出兵。上杉景胜闻讯大惊，急忙派使者前往甲府踯躅崎馆，以割地和奉纳大量金钱为条件，要胜赖站到自己一边来。
目光短浅的武田胜赖为了尽快恢复因长筱之战而日益衰退的势力，垂涎领土和金钱，就答应了景胜的要求。这样一来，他等于撕毁了甲、相同盟，反而与越后国上杉氏结盟。最终上杉景虎败死，景胜成为越后国主，北条氏政为此恨得牙痒痒的，于是派使者前往安土城联络信长，请求从东西两个方向夹击武田氏。
北条氏的使者来到安土城的第二个月，也即当年的闰三月，织田信长与石山本愿寺最终达成和睦协议。可是石山战争才刚结束，信长就开始大刀阔斧地整顿内部秩序。八月中旬，他突然发给重臣佐久间信盛、正胜（信荣）父子一份责难书，内列的十九条目，大都用不容置辩的严厉语气，指责佐久间父子骄傲、懈怠和无能，决定给予严惩。主要内容如下——
以佐久间信盛为主将包围石山本愿寺足足五年，因为信盛的无能和怠惰，使得战争无法尽快结束。与此同时，明智光秀夺取丹波国，羽柴秀吉攻克了中国地区大片领土，柴田胜家即将平定加贺国，就连池田恒兴也亲自领兵攻克了花隈城，他们数人在织田家中的资格，比起佐久间信盛来都远远不如，为何所建功绩大过无数倍呢？是不是信盛仗着资格老，以为即便尸居素餐，织田家也会供养他一辈子呢？
前此命令信盛领兵增援德川家康，在三方原与武田信玄作战，平手汎秀等多名武将战死，而信盛却贪生怕死，早早逃回。这样胆怯的将领，织田家是不需要的！
其它抛弃尚武精神、沉溺于茶道、奉公不力或违法乱纪之事，不胜枚举。现将佐久间父子放逐，令其剃发出家，隐遁高野山中，仔细忏悔自己的罪过！
佐久间信盛接到这份文件，如同耳闻晴天霹雳。他想要为自己分辩，但信长主意已定，不容更改。很快，就由楠长韵、松井友闲、中野右兵卫三人押送佐久间父子前往纪伊国高野山。昔日不可一世的织田家宿老，现在光着头，脚穿草鞋，步履蹒跚地行进在渺无人烟的荒草野地中，此番情景也算颇为凄凉了。
但这仅仅是开始。数日后，信长又放逐了曾与佐久间信盛同为织田信秀托孤重臣的林秀贞，以及安藤守就父子和丹羽右近氏胜。一口气放逐那么多重臣，织田家中舆论立刻哗然。家臣们大多灰心丧气地认定，信长是认为这些人已无利用价值，因此将他们一脚踢开，大家深恐自己将来也有这样一日。但信长这样做，或许是为了激励家臣们努力工作，或许是在天下大定前，先排除掉织田家中不稳定的因素，扫尽怠惰之风，他对家臣们的看法、忧虑，是根本不会放在心上的。
这种骄横的态度，丝毫不计人类情感的雷霆手段，也最终导致了信长本能寺被围身死的悲剧。
「大阅兵」
第二年是天正九年（1581年）。二月二十八日，织田信长在京都举办了盛大的阅兵式（御马揃）。他在事前就严令部下，必须穿着设计精巧而且华丽的衣甲，以显示军容之盛。信长本人头戴唐冠【模仿我国唐宋时代乌纱帽形质的日本官帽，同样后插帽翅。】，外罩金纱的礼服——据说这是中国和印度帝王们所习惯穿着的高级织品——内穿蜀江锦的小袖（一种日式礼服），骑着经过精心装束的名马“大黑”。部属们也都为装饰而费尽心机，据说家臣山内一丰为此竟然连妻子千代的私房钱都花光了。
盛大的阅兵式哄动了京都内外，围观群众人山人海，无不欢呼赞叹。《信长公记》称此盛况“见物成群集，贵贱惊耳目”，在场观礼的公卿吉田兼见则在日记里写道：“规模极尽华丽雄伟，实非笔墨可以形容。”远在西线和毛利军对战的羽柴秀吉未能出席阅兵式，深为遗憾，写信向信长的近侍打听：“阅兵之事已略有耳闻，望能告知其详，以解渴怀。”
除羽柴秀吉外，泷川一益时在伊势，细川藤孝留在丹后，池田恒兴留在摄津，未能与会，其余织田家的重要将领，几乎都参加了这场阅兵式。队列是这样排布的——
第一队，由丹羽长秀统率摄津众、若狭众和西冈的革岛氏。第二队，由蜂屋赖隆统率河内众、和泉众和根来寺的大塚、佐野众。第三队，由明智光秀统率大和众和上山城众。第四队，由村井贞胜统率根来众和上山城众。这是第一批出场的部队。
其后，由织田信忠统率着织田氏一门众，包括织田信包、北畠信雄、神户信孝、津田信澄、织田长益（有乐斋），等等。第六队是公家（朝廷）众，包括近卫前久、正亲町中纳言季秀、乌丸中纳言光宣、日野中纳言辉资、高仓中纳言永孝，等等。朝廷官员，竟然参加信长的阅兵式，这无疑是在向天下宣告，信长才是日本真正的统治者，无论百姓、武士，还是朝廷，都必须俯伏在他的脚下。
第七队为旧幕府的公方众，包括细川昭元、细川藤贤、伊势兵库头贞景、一色左京权大夫满信、小笠原长时，等等。第八队是信长的小姓和马迴众。第九队是柴田胜家的北陆军团，同列还有柴田胜丰、前田利家、金森长近、不破光治、原长赖等将。最后才轮到信长出场，带着亲信侍卫、参谋人员和御用僧侣，包括平井久左卫门、中野右兵卫、青地与右卫门、松井友闲、武井夕庵，等等。
信长统率着这支规模庞大的游行队伍，进入京都谒见天皇，然后三月五日又浩荡离开，再度引发围观百姓的惊叹。去年年底，柴田胜家已经彻底讨平加贺一揆，向信长献上若林长门、宇津吕丹波、岸田长德等一揆大将首级十九枚，他此次参加过阅兵式后，火速回归北陆地区，又很快击退上杉景胜，基本统一了能登国，并再次进献大量战利品。信长颇为满意，并随即派丹羽长秀谋杀了越中豪族石黑、伊藤、水卷等人，以防他们再生变乱。
消息传到播磨，羽柴秀吉坐不住了，为了和柴田胜家争功，他统率两万兵马，突入因幡国（今鸟取县东部），包围了鸟取城。鸟取城是由毛利军名将吉川式部少辅经家镇守的坚城，周围由海、河等多道天险围绕，易守难攻。秀吉仗着人马众多，故伎重施，把鸟取城团团围困起来。从六月一直围困到十月，鸟取城中食、水皆尽，士卒饥渴之下，竟然割取同伴的尸体来烤食。吉川经家、森下道与、奈佐日本介三将只得切腹自杀，以自己的首级换取城兵一条活路。
十月二十六日，为了救援遭到吉川元春攻击的伯耆国（今鸟取县西部）豪族南条勘兵卫元续和小鸭左卫门尉元清，羽柴秀吉出兵伯耆国羽衣石城。十一月，他与池田元助合兵南下，又平定了淡路岛。连番奋战，捷报频传，并且向安土城献上了大量战利品，“古今闻所未闻，上下耳目皆惊”，羽柴秀吉因此受到信长赞誉：“因幡国的鸟取是著名坚城，面对坚城、强敌，不顾自身安危，亲统大军，快速平定一国，此前代未闻之功也！”赏赐给秀吉十二种名品茶器。
当年八月，信长意犹未尽，又在安土城外搞了一次大阅兵，盛况毫不逊色于年初在京都的表演。
「武田氏的覆灭」
天正十年（1582年）正月，畿内大小诸侯都前往安土城觐见织田信长，恭贺新春，在他们行至总见寺、百百桥一带的时候，突然路旁石墙塌方，压伤了不少人。总见寺本是信长本人“神性”的代表，其附近发生的塌方，被认为是天下又将变乱的不祥之兆。
正月二十五日，信长下旨修葺伊势神宫。去年装修石清水八幡宫，信长一开始下拨了三百贯经费，后来增加到一千多贯，这次再度大兴土木，他毫不吝惜地直接拨发了三千贯，以向百姓们显示其富裕。
正月二十七日，纪州杂贺的铃木党、土桥党打了起来，据说是因为土桥若大夫平次曾杀死过铃木佐大夫重意的继父，重意要为父亲报仇。现在普遍认为，土桥平次是杂贺党反织田势力的首领，因此铃木氏之动兵是暗中受到信长挑唆和支持的。隐居鹭森的本愿寺显如出面调解无效，结果重意团团围住了土桥氏的居城。时隔不久，织田信长派一门众织田左兵卫佐信张领兵进入杂贺地区，协助铃木军将土桥一党彻底扫平。
二月一日，留镇岐阜城的织田信忠派人快马禀报安土：“武田氏重臣木曾义昌愿意归降，并送上其弟上松藏人义丰作为人质。”信长闻报，大喜若狂。他料到武田胜赖定要大起三军，杀向木曾地区问罪，于是也点集兵马，委任信忠为主将，准备开始大规模的甲、信攻略战。
木曾氏本是信浓国豪族，与村上、诹访、小笠原三家并称“信浓四大将”，后来臣服于武田信玄，信玄把女儿下嫁给义昌，付以镇守西境之重责。长筱之战后，武田胜赖的威望一落千丈，尤其在破弃甲、相同盟，以及被德川氏攻克坚城高天神而不往救援两件事上，更使家臣们离心离德。木曾义昌看到天下大势已经无法扭转，于是在神户（织田）信孝的努力下，主动投降了织田信长。
武田胜赖听说妹夫信昌叛变，极为恼怒，果然征集一万五千大军，离开新府——武田氏原来的主城在甲府踯躅崎馆，新府是胜赖新建的本城——气势汹汹，杀往信浓木曾口而来。然而他的速度快，信长的速度比他更快，胜赖还没赶到木曾口，侧翼的伊奈口就已经被织田军先锋泷川一益、河尻秀隆占据了，要隘泷泽砦、松尾城先后陷落。
侧翼被敌切断，武田大军被迫向后退去，一溃千里。织田方将领森长可本来受命进军木曾口，支援木曾信昌，赶到目的地一看，却不见一个敌人的踪影。织田军进入信州，第一次遭遇到的有规模的抵抗来自高远城守将仁科盛信。仁科盛信是武田信玄的第五个儿子，过继给信浓国名门仁科家，据说他勇猛善战，并且为人公正平和，深受领民爱戴，当地遂有民谣，对比盛信和他的前任武田胜赖（胜赖在归宗前曾镇守过这一地区）：“武田殿下贪于得，吾民岁取难为食，仁科殿下慈悲深，所获成山感大德。取彼身家延尔寿，我祈天道有其直！”
织田信忠派使者前往招降仁科盛信，反被砍了脑袋，只得挥师强攻，担任先锋的是森长可、团平八、毛利秀赖、河尻秀隆，以及降将小笠原信岭。杀至三月二日，终于攻入本丸，最后把仁科盛信及其麾下十八将包围在居馆内。当时信忠身穿金襴阵羽织，倚着一株梧桐树指挥战斗，正在此时，忽有一名三十多岁的女人，穿着红色铠甲，手提薙刀【当时一种长柄战刀，刃窄而薄，多为僧侣、女性使用。】冲杀出来，且战且呼：“我乃诹访（指武田方将领诹访胜右卫门）之妻，谁来与我一战！”竟然连杀七、八人，直冲到信忠身边，但终因身陷重围，最后以薙刀自刺己喉而死。
战况空前惨烈，直到森长可亲自攀登上屋，掀起顶板，命令铁砲手向内发射，仁科盛信自度终不得免，这才切腹，洒出肠子而死——时年仅二十六岁。据说后来盛信投肠之处，血痕久久不能灭尽；而信忠所倚的梧桐树，犹有刀痕纵横其上。
织田信忠杀入信浓国的同时，与武田氏仇深似海的德川家康也受命进攻骏河国。面对德川氏大军，继妹夫降敌以后，武田胜赖的姐夫穴山梅雪斋信君也在江尻城叛变。此外归降的大将还有朝比奈骏河守信置、依田源十郎信蕃等人。
武田信玄毕生最为得意的就是用人，所谓“人是城，人是石垣，人是堀”，然而曾经团结一心的牢固的武田氏家臣团，在胜赖的领导下，竟然纷纷举城投降，余者也大多弃城而逃回甲斐，这真是所谓的“众叛亲离”了。
武田胜赖逃回新府后，立刻召开紧急军事会议商讨对策。新府肇建，设施不全，当然无法凭以固守，重臣真田昌幸主张退至上野国吾妻郡的岩柜城，老臣小山田信茂则主张守备天险岩殿山城，胜赖采纳了后者的建议。
于是信茂先回岩殿山城准备，胜赖则放弃新府，经韮崎、甲府，过笹子峠前往岩殿山。他前脚才离开，织田军就杀到了，放火将新府烧为一片白地，然后一路紧追。三月九日，在笹子峠麓，小山田信茂突然起了反心，夺回人质，并命令士兵用铁砲攻击胜赖所部。胜赖只得逃往日川溪谷，部下五百余人纷纷奔散。三月十一日，在泷川一益的猛追不舍下，武田胜赖带着妻子儿女一起在天目山自杀，留下辞世句：“朦胧之月被云遮蔽。云逐渐散开，终于月落西山。”其妻小田原氏的辞世句则是：“在晚春中渐次凋零，忧恨驻足于树梢花端。”
就这样，曾经纵横一时，天下皆惊的名门武田氏，在短短一个月内就灭亡了，最终连西上野的真田昌幸和小幡信贞也倒戈投向织田方。四月二日，织田信长来到甲府，论功行赏，把甲斐国封给河尻秀隆，信浓国的高井、水内、更科、稙科四郡封给森长可，上野国和信浓国的佐久、小县两郡封给泷川一益，美浓国的岩村城给了国景春江，金山城给了森长定（兰丸）……他还把骏河一国赐予德川家康。然而织田信忠却对小山田信茂的背主逆行大感厌恶，命堀尾茂助吉晴将其斩首。
攻入甲斐国的时候，织田军还放火烧毁了供养武田胜赖遗体和窝藏六角义贤之子佐佐木二郎的惠林寺，寺中长老快川绍喜自投火中寂灭，临终口唱《碧岩录》中的偈子：“灭却心头火自凉。”
十四、烈火本能寺
天正十年（1582年）二月十四日晚间十时左右，安土城东面的天空突然变得一片血红，仿佛天宇燃起了大火。弗洛伊士在《日本史》中这样描述道：“自东方开始，天空忽然变得非常亮。信长最高的塔（指安土城天主台）的上方被映成了恐怖的红色。这一景况一直延续到清晨。红光的高度很低，离开二十里外就看不到了……”据说这是信浓国浅间岳火山爆发所致。
古人常认为天象关乎人事，对于这一异景，奈良兴福寺多闻院的英俊在《多闻院日记》中写道：“以前甲州、信州以下被打破时，山也曾经燃烧过（指火山爆发），此次浅间岳燃烧，定也是东国之物怪作祟……这一次的大风、冰雹、飞火、逆雨，把与信长敌对之国的神灵们全数从禁中驱逐出去。遵循信长之意胜于向神灵们劝请，这是神力与人力皆不能及之事，可见一天一元皆服从于信长。”
而织田信长本人，也理所当然地将此事件看作上天在昭示自己的权威，据说当时他笑笑对左右说：“这恐怕是吉兆吧！”果然，仅仅一个月后，武田胜赖的首级就被送到了他的面前。然而，就在信长巡视完甲府后归国之日，突然——“在乾位，白云象虹一样，从平地上笔直竖立，其末尾像长刀一般歪斜，在夜空中直立，于当夜十时前消失。”（《立入左京亮入道隆佐记》）。《日本史》中则这样描述：“5月14日（此为公历，即阴历四月二十一日）星期一夜九时，一颗彗星拖着很长的尾巴，在空中出现，好几日都在天上运作，给人们带来了深深的恐惧。数日后的正午，我们修道院七八个人都看到了这颗彗星，如烟火一般从空中落向安土城，对此新奇之事均感到惊愕。”
这又预示着什么呢？
「霸王的落日余辉」
灭亡武田氏后，织田信长于四月二十一日从甲斐国启程，回归安土城，途中还在富士山饱赏美景。五月十五日，德川家康和降将穴山梅雪斋信君受邀来到安土，信长派明智光秀担任“接待役”，隆重地招待了他们。
当时织田信长的威望和势力都如日中天，他控制了以京都为中心的最富庶的半个日本，四周割据势力，即便毛利、上杉、北条等等，规模也都远远无法与其相比，重新统一日本，创建一个不同于以往朝廷或幕府的新形式的中央政权，似乎只是时间早晚的问题了。信长在此前几年，已经着手创建几个地区性的大军团，准备四面出击，扫荡不肯服从的残余诸侯。
信长麾下，此时主要有六大军团：一是东山道军团，由泷川一益担任总大将。攻灭武田氏后，一益进驻上野国厩桥城，继任关东管领，着手与北条氏争夺关东地区的统治权。
二是北陆道军团，主将柴田胜家，他统率前田利家、佐佐成政、不破光治等将进入越中，与上杉氏争雄。此时，他正在围攻上杉氏属下的越中国鱼津城。
三是南海道【日本古代行政区划七道之一，包括四国岛、淡路岛和纪伊国。】军团，主将为信长第三子神户（织田）信孝，以丹羽长秀作为辅佐官，负总的责任。这一军团的目标是正快速崛起、即将统一四国地区的长宗我部氏。
山阳道军团总大将是羽柴秀吉，自去年攻陷鸟取城后，他又统率大军杀入备中国（今冈山县西南部），包围了毛利氏名将清水宗治守备的高松城。
山阴道军团总大将是明智光秀，他在平定丹波和丹后两国以后，又从羽柴秀吉手中接管了但马、因幡、伯耆三国的军事。其实他和秀吉所要面对的敌人是一致的，都是安艺国的战国大名毛利氏，因为毛利大军救援高松城，秀吉写信向信长求援，于是信长临时终结了光秀的接待任务，命令他尽快集结军队，西向增援。
最后是德川家康负责东海道的事务。此时家康已领有三河、远江、骏河三国，势力比当年的今川义元还要庞大，他将策应甲斐国的河尻秀隆和上野国的泷川一益，对抗割据关东地区的北条氏。但在此之前，他应邀与穴山信君同来安土城，受到热情款待，并在数日后由织田信忠陪同上洛觐见天皇，然后转往堺游览。
天正十年（1582年）三月十五日，羽柴秀吉从播磨国的本城姬路出发，四月四日进入宇喜多氏的本城冈山，他派出心腹蜂须贺小六正胜、黑田如水孝高等将劝说清水宗治投降，并允诺将备中一国都赏赐给他，但遭到宗治的断然拒绝。其后，秀吉攻克了高松城以北的冠山、宫路山两座支城，切断清水宗治与毛利氏本领之间的联系，五月七日，重兵围困高松城。
高松城三面沼泽，剩余的一面也挖有多道壕沟，羽柴大军难以直薄城下。于是秀吉召集了附近百姓并自己的部下，在高松城南，自城东的蛙之鼻到城西的赤滨山，建起了一道长达四公里的长堤，堤成后，即将附近足守川的河水灌入。就这样，高松城变成了湖中孤岛，彻底断绝了与外界的联系——后世遂有“饿杀三木，渴杀鸟取，不用大刀，水淹高松”的民谣流传。
毛利氏对高松城之战也非常重视，当主毛利辉元亲统近五万大军前来增援，他两位优秀的叔父——吉川元春和小早川隆景——也均从行。秀吉闻报，即写信向织田信长求援，称“毛利辉元亲率数万骑与我对阵，欲救高松，两阵距离约十町【日本古代的长度和面积单位，作为长度单位时，1町等于60间，1间等于6尺，10町约等于今天的1公里。】”，此时如能得到“御势御合力”，则“将西国于当年中悉归于幕下之事，如在掌中”。
很明显的，秀吉希望信长可以将主力调往西线，在高松城下与毛利军来一场大会战，从而彻底击垮这头雄踞西方的猛虎，他相信此战若胜，则当年年底前就能期望得到毛利氏的降伏书状。于是信长急命明智光秀、细川忠兴、池田恒兴、中川清秀、高山重友等诸将整备兵马，火速前往增援。
当然，这样大规模的决战，他织田信长本人是不可能不出场，亲自莅临前线指挥的。五月二十九日，德川家康一行前往堺游览，织田信忠没有陪同前往，因为他听说父亲信长将在数日内上洛，因此决定留在京都等候。二十九日，信长从安土城出发前往京都，随同的不过“小姓众百五六十骑”，估计他将在觐见天皇后，即亲自领兵前往中国地区。
信长一行在雨中缓缓进发，朝廷的公卿们在山科栗田口恭候他的到来。信长的小姓森兰丸首先驰马来到山科，告知公卿们不必远迎。下午四时许，信长进入京都，下榻于四条坊门的本能寺，而信忠则住在相隔不远的妙觉寺中。他们这时候绝对不会想到，危机正在步步逼近……
「敌在本能寺！」
天正十年（1582年）六月一日，信长下榻京都本能寺，召来国手本因坊秀哉和鹿盐利玄对弈为戏。据说此局下出了罕见的三劫连环无胜负局，包括信长在内，观者皆惊——相传这种棋局的出现，是预示着将有大事发生。当日晚间，信长召来长男信忠欢宴，宴后信忠返回妙觉寺就寝，信长也躺下了，下半夜却突然被喧闹声吵醒。他最初还以为是侍卫们吵架，才爬起身准备斥责，忽听铁砲发射之声，阵阵鸣响——
“定然有人反叛，去，看看叛者是谁？！”信长命令小姓森兰丸说。
森兰丸出去了一会儿，匆匆跑回禀报：“是桔梗旗印，象是惟任日向守的部队！”信长大惊：“光秀吗……”
兰丸所指的，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。光秀之谋叛，现在普遍认为是临时起意，策划时间并不很长，但即便如此，以后事倒推，似乎也隐藏着许多不为当时人所重视的蛛丝马迹。
在受命西援羽柴秀吉，与毛利军对战后，明智光秀从安土返回自己的本城——近江坂本，五月二十六日再到丹波龟山。翌日，他前往爱宕山参拜，祈祷获胜。二十八日，在爱宕山威德院西坊中，召来著名的连歌师里村绍巴等饮酒唱和，这就是著名的《爱宕百韵》。当时光秀所做的连歌中有一句为“ときは今天が下しる五月哉”，意为：“这细雨绵绵的五月天啊。”然而，土岐在日语中的发音正是“とき”，而明智光秀即出身于土岐氏庶流，如果“とき”确为双关语的话，就可以解释成：“五月间，土岐氏取得了天下！”
据说连歌唱和时，光秀曾询问里村绍巴本能寺外濠沟的深浅，绍巴回答说：“只是普通寺庙，无壕——将军问此何意？”光秀笑笑，随即闭口不语。但他分明在进行凝重的思索，以致于吃粽子的时候，竟然出神得忘了剥除粽叶。当晚，光秀与绍巴同榻而眠，辗转反侧，隐有叹息声，绍巴问他，他却说是在思索诗句。
六月一日，明智光秀返回龟山城，在此召集麾下最亲信的部将明智左马助秀满（光春）、明智右卫门尉光忠、藤田传五、斋藤内藏助利三、沟口胜兵卫茂朝五人，说明自己的决心。并且直言相告：“如有异意，请斩光秀之首。”五人皆拜伏应允，并签就誓书、递交人质以表示自己的诚心。
当日下午四时左右，明智光秀召集家中物头（小队长），告知说：“京都的森乱（即森兰丸）有信使来报，主公为了加强对中国地区用兵，要在京都检阅我家的军队。”于是立刻整队出发。但还有一种说法，明智军是先西进到山崎后，光秀才宣布“阅兵”的消息，于是大军转向前往京都。
对于明智光秀的真实意图，普通士兵们是不了解的，他们也并不知道“阅兵”的藉口，甚至其中许多人等到信长死亡，还搞不清内中真相。最先攻入本能寺的士兵之一本城总右卫门有介在回忆录中说：“那时，太阁公（即羽柴秀吉）正在备中与辉元殿下对峙，明智率军驰援，本以为是前往山崎方向，不料却命令进京。因为那时家康公也到了京都，我等都认为这是针对家康公的。”
士兵们认为是信长想要消灭德川家康势力，因此派明智光秀趁夜秘密进军前往京都。这可见即便最下层的兵卒，对于他们的领袖织田信长都报有一种怎样的观感——信长公是强大的君主，但他毫无信义，诛杀甚至谋杀盟友，对他来说并非不可理解之事。
《耶稣会日本年报》中也说：“……命令把火绳都点了火，铳都上了扳机，长枪也整备好。部下疑惑这是打算做什么？有人认为明智受信长的命令，去杀信长的义弟三河之王（指家康）”。其实当时家康已经去往了堺而并不在京都。
据说明智军总兵力为一万三千人，分为三队：光秀本队自保津翻山，经水尾天皇陵至嵯峨野，在衣笠山麓的地藏院布阵；一队由明智秀满等率领，由山阴道经过老之坂，渡过桂川；另一队由明智光忠率领，从王子村取道唐柜岳，前往松尾的山田村。一方面，万余大军如果不分散行动，踪迹是不可能不被发现的，另方面，这说明光秀的目的并不仅仅在杀死信长一人，他还要趁此机会尽快控制京都和附近地区。
明智军本队进入山城国，在沓挂宿稍作休息时，光秀命令部将天野源右卫门领一队人马为先驱，将此地到本能寺路上有可能泄露本军行踪的行人全部捉拿或诛杀。天野源右卫门果然在京都七条口附近杀死了早起种瓜的二、三十个农民。
明智大军进至桂川时，光秀终于下达了详细的命令：“都去掉马蹄上包裹的东西，士卒脱掉草鞋，换上足半（一种便于疾行的草鞋），铁砲手把火绳切成一尺五寸长，并将两端都点燃。随时准备战斗！”渡过桂川后，他鼓舞士兵说：“从今日起，殿下即将成为天下人，即便如提鞋的低贱之辈亦当欢欣踊跃，竭尽忠勇。吾辈士卒有两处目标（指信长下榻的本能寺和信忠下榻的妙觉寺），树立武勋便在今日。有什么愿望现在尽可以说出来。有兄弟子嗣之人自不必担心无人继承家业，无兄弟子嗣之辈尽可从自己的亲属中选出关系亲近者继承家业。众人封赏之高下，全系尽忠之深浅！”然后一指远方：“前进，敌在本能寺！”
「霸王之死」
六月二日清晨，明智叛军把本能寺包围得水泄不通。当时跟随在织田信长身边的，只有小姓数十人。据说信长最初猜测道：“是城介有异心吗？”城介指的是秋田城介，也即其长男织田信忠，信忠近在咫尺，信长大概是想到了老丈人斋藤道三的往事，以为亲儿子想要夺权篡位吧。由此可见，他对光秀谋叛是毫无心理准备的。
战斗首先从马厩展开——大概光秀怕信长会夺路而逃，因此要先控制马厩。信长的小姓二十四人，包括矢代胜介、伴太郎左卫门、伴正林、村田吉五等，全都在此战死。此外，就寄宿或居住在附近的汤浅甚介、小仓松寿等人闻讯前来救驾，试图突入寺中，也都英勇牺牲。
很快，织田信长本人出现在明智兵卒面前，他与最后的亲信森兰丸、森力丸、森坊丸、小河爱平、高桥虎松、针阿弥等人共同奋战，最后负伤退入内室。不久以后，内室燃起熊熊火光，一代霸主就这样在烈火中灰飞烟灭了，时年四十九岁。
对于信长最后的死亡，各种记载都大相径庭。《信长公记》说：“信长公取弓放箭，仅仅放了两三发之后，弓弦崩断；再以长枪应战，结果肘部为敌长枪所伤。信长公自知不免，遂命令身旁的女性逃出。此时，御殿上已经烈火熊熊，难以见到信长公最后的身影，料想他已在御殿深处自尽。”
弗洛伊士的《日本史》中则说：“执行这一特别任务的士兵一起进入内部，找到刚洗完脸和手，正用手巾擦身的信长，就直接一箭射中其背部。信长拔出箭，拿起一种像镰刀一般的长枪，名叫薙刀的武器迎战。据说战了很久，信长的腕部被铳弹击伤，就退入自己的房间，关上门，在里面切腹了。又有人说他亲自在御殿上放火，被活活烧死了。然而因为火势太大，恐怕无法知道他究竟是怎么死的了。”
无论太田牛一还是弗洛伊士都没有亲临本能寺之变，因此还有一条资料或许更为可靠，那是明智氏遗臣所写的《翁草》，其中记载说：“信长公身穿白色单衣，先用弓箭迎敌，因弓弦崩断，便寻枪来战。一个二十七、八岁的着红衣的女中（女佣人）取来去鞘的十文字枪，信长公持枪跃下广庭，与三人厮杀。三人一直把信长公逼到房间内，房间内的蜡烛还没有熄灭，信长公的身影映在障子（纸隔扇）上。安田作兵卫（即前面提到过的天野源右卫门）用长刃的枪照此影穿透障子刺去，刺伤了信长公的右腹。信长公遂入寝殿自尽。”
信长在本能寺殒命的时候，其长男织田信忠就下榻在不远处的妙觉寺中，与本能寺直线距离不过六百米。当时明智军并没有包围妙觉寺，信忠从匆匆赶来的天下所司代村井贞胜父子口中得到谋叛的消息，立刻赶往京都二条御所。据说，信忠认为：“谋这等大逆的贼党们，必定已把守了各个要道路口，一旦途中遭遇就不妙了，还是不要作徒劳的移动。”因此没有及时逃往安土或其它坚固的城堡。
二条御所是信长一力扶持的诚仁亲王的官邸，修建得相当坚固，信忠退守此地时，身旁从属大概有三到五百人（一说上千人）。明智军很快就包围了二条御所，村井贞胜建议先让诚仁亲王一家退出御所，以免遭受池鱼之殃——“京都所司代村井殿下与嗣子（指信忠）在一起，依照他的进言，内里的儿子（内里即皇宫，代指天皇，内里的儿子即指诚仁亲王）骑在马上，向外面街道上的明智军派遣了使者，质问他们想把自己怎么样，是不是要自己切腹。明智好象无意对殿下有任何举动，希望立刻就让殿下离开御所，只是为了防止城介殿下（指信忠）混在其中逃亡，就回复说马和车驾不能离开。内里的儿子得到报告后，就带着妻室一起上京去他父亲的皇宫了。”（《日本史》）
亲王离开以后，明智军立刻对二条御所发起猛攻。知道已无幸免之理，织田信忠及其部下进行了殊死的抵抗，光在大门口就激斗了一、两个小时，使明智军付出了意料之外的惨重代价。然而众寡之势悬殊，明智军终于还是突破大门，把信忠逼退到大殿上。信忠及其兄弟胜长（信长第五子，即前述镇守过岩村城的坊丸）往来奋战，据说信忠精通剑术，连斩明智方数员大将，勇猛仿佛当年的“强情公方”足利义辉。
损失惨重的明智军，纷纷爬上二条御所旁太政大臣近卫前久官邸的屋顶，从这里居高临下，向信忠等人发射箭矢和砲弹。这一角度是信忠军所无法抵挡的，并且火器也引燃了御殿的大火，于是信忠吩咐部下镰田新介担任自己的介错，要他事后揭开走廊地板，把自己的遗体藏匿于其下，嘱咐完毕后就切腹自杀了。因此信忠的尸体并没有被明智军发现，而是与御殿一起在红莲烈焰中归为灰烬——享年仅二十六岁。
在二条御所的战斗中，信忠方的死殁者除了信忠、胜长兄弟外，还有信忠的叔父津田又十郎长利、津田勘七、津田九郎二郎元嘉、津田小藤次等一门，村井父子三人（贞胜、贞成、传次），信长奉行众的菅屋长赖、福富平左卫门、野野村三十郎，马迴众的团平八、斋藤新五郎、坂井越中、毛利新介等，或战死，或自尽。
也有数人侥幸逃了出来，其中就包括信长的弟弟、大茶人织田有乐斋长益，据说他是从墙壁上架枪的孔洞中钻出去逃生的，为此，《当代记》说长益“为时人所恶”。
「本能寺之变的表因」
明智光秀究竟为什么徒起变乱之心？他究竟有无同谋呢？对于这个问题，历代众说纷纭，莫衷一是。
对于光秀叛变的主因，主要有野心、宿怨和求生三种猜测。
首先解释野心说。本能寺之变后，光秀立刻控制京都、安土城等要地，然后写信与毛利辉元、上杉景胜等战国大名联络，要他们牵制羽柴秀吉和柴田胜家的兵马，使其不得回师畿内。同时，他还四处劝诱信长的旧日部属，如筒井顺庆、细川藤孝等人，要他们和自己共同行动。六月八日，光秀离开刚攻克的安土城上京，立刻献给朝廷银五百枚，五山名寺和大德寺各银百枚，同时下令免除京都及附近地区的田赋——这一系列措施，无疑是在收买人心。
此后，光秀还通过朝廷公卿上奏天皇，表达了自己希望开设幕府，就任新的征夷大将军的愿望。由上述这些事实来看，此人确实有天下之志，而并非只以杀死信长作为最终目标。或许他是为了自己的野心，想要掌握天下，这才趁畿内空虚，信长孤身宿于本能寺之机，发动叛乱的吧。
此外，光秀和信长前此包裹在主从相得的外衣之下，还隐藏着种种宿怨。首先，光秀是足利义昭的介绍人，并且一度想要辅佐义昭复兴室町幕府，但信长却最终放逐了义昭，反而亲手把幕府政权给扼杀了，这与光秀的理想是背道而驰的。其次，光秀曾为朝仓氏家臣，信长却要他以故主朝仓义景的头盖骨金盏饮酒，并因为光秀不肯从命而拳脚相加。
第三，光秀是虔诚的佛教徒，信长却一而再、再而三地焚烧名山古刹，杀戮佛教信徒。就在本能寺之变爆发的前一年，信长还把以巡行各方作为修业手段的高野山的知名僧人（称为“高野圣”）数百人都处以了极刑。并且据说信长为了建造安土城的石垣，把附近地区的石佛全部砸毁，搬运过来用作材料。信长的宗教政策，也是使光秀痛苦及不满的一个重要原因。
第四，参与本能寺之变的明智方大将，有一人名叫斋藤利三，此人是光秀的外甥，深受宠信。不过利三原本是稻叶一铁的家臣，后来离开稻叶家投奔光秀，一铁到信长处提出申诉，信长要求光秀把利三给送回去。光秀知道，一铁只是争一口闲气而已，并非真的看重利三，一旦利三回归稻叶家，肯定不会有好果子吃，于是坚决顶着不放人。这也是导致光秀和信长关系恶化的一个重要原因。
还有一条，正如前述，传说光秀曾让母亲进入八上城作为人质，以交换波多野兄弟前往安土城请罪，但信长却杀死了波多野兄弟，促使光秀之母横死——当然，此事的可信度非常之低。
民间传说大多不可信，据说就在本能寺之变前不久，信长派光秀招待德川家康，结果因为敬上来的生鱼不够新鲜，信长大骂光秀，甚至抓起托盘掷伤了光秀的额头，然后即解除其“接待役”职务，命他立刻出兵西援，将功折罪。这种暴戾的举动，以信长性格来说，确实很可能做得出来，但信长的暴行非止一日，跟随他这么久的光秀应该早就有心理承受能力了，不会为此而最终按捺不住怒火，愤而叛乱的。
前面四条说得通，后面两条八成是附会，但光秀对信长怀有宿怨，那是后人尽皆承认的，只是他谋叛的主因是否就是宿怨，可就见仁见智了。
至于求生说，是认为光秀觉得自己的前途一片渺茫，不打倒信长就毫无活路了。据说信长下令没收光秀近江坂本城和丹波国的封地，要他从毛利氏手中接受新的领土。毛利氏雄踞西方，并非数月间即可将其讨灭，光秀认为信长这种举动，是准备象对待佐久间信盛、林秀贞一般将自己放逐，因此走投无路之下才终于起了反心。
