不过更可靠的说法，是在对待四国地区长宗我部氏的立场上，光秀和信长持完全不同的态度。长宗我部元亲之子信亲与光秀麾下大将斋藤利三本是远亲，光秀利用这一层关系，说服信长招抚长宗我部氏，使其统合四国的军事，从侧翼夹击毛利氏。然而，长宗我部元亲烈火疾风般的四国统一战却引发了信长的不快，他转而支持赞岐（今香川县）的三好笑岩康长，还企图让三子信孝入继三好家，派信孝和丹羽长秀准备四国攻略，日后即由信孝接管长宗我部氏的原有领地。
其实主从意见相左并没有关系，然而最初是光秀把长宗我部氏拉上信长的战车的，现在信长一脚把他踹了下去，事先却毫不征求光秀的意见，并且四国攻略也没有光秀的份，这使光秀既恼怒，又恐惧，害怕自己在信长眼中是一枚可以随时丢弃的卒子。况且，前此羽柴秀吉自作主张地插手四国事务，派兵攻克了淡路岛，分明是在抢他光秀的风头，而现在自己竟要前往中国地区，听从羽柴秀吉的指挥，这口气可怎么咽得下呀！
或许是因为害怕被信长抛弃的心理在作怪，害怕自己最终落得一个被流放的可悲下场，光秀才不得不出此下策，杀入本能寺的吧。终究，六月二日发生本能寺之变，而次日就是神户（织田）信孝和丹羽长秀预定的四国出兵日，这应该不是巧合……
「本能寺之变的内因」
无论是野心、宿怨还是求生，三种说法都有其部分准确性，或许在光秀心中，这三种情感是紧密交缠在一起，难以分割的吧。咱们现在尝试从更深的角度来探讨这三方面的问题。
首先要说宿怨，所谓宿怨，应该是指明智光秀与织田信长的理念完全不同，双方对于日本前途的规划甚至可以说是背道而驰的，为此光秀才会悲哀、苦恼，甚至愤怒，认为不打倒信长，则乱世永远不可能终结，整个社会将会迈向地狱。
从光秀请求朝廷封他为新的征夷大将军就可以看出，光秀对于日本未来的规划，是回归于传统的幕府体制，当然，其心目中完善的政治形式，不会是室町幕府那种松散的结构。光秀最初辅佐足利义昭，利用信长的力量统一了畿内地区，在征伐过程中，他感受到了信长的无双才能和强大的政治魅力，于是抛弃了成事不足，败事有余的义昭，希望信长可以完成他的理想。然而信长却多次拒绝开设新的幕府，信长想要彻底颠覆幕府统治，甚至很可能想把天皇也一脚踢开，创建一种崭新的政治模式，这是光秀所无法理解的。
光秀是个传统修养非常深厚的日本武士，他难以想象失去了幕府，甚至失去了天皇，日本将会走向何处。其实当时存在这种疑惑和苦恼想法的大有人在，只不过光秀就在信长身边，对于信长的一系列举措知之甚深，因此这种疑惑和苦恼就更为深刻。他不象信长的谱代重臣柴田胜家，以及从低级武士被提拔起来的羽柴秀吉，对于那两个人来说，唯有信长才是他们的主君，甚至信长是他们心目中真正的神，只要信长下令，哪怕要他们去弑杀天皇，他们大概都会毫不犹豫地去执行的。并非从最初就跟随信长，并且具有成型理想的光秀，却不肯那样头脑简单地去执行命令。
既然光秀的理想是回归幕府体制，那么足利义昭不堪承受如此历史的重任，织田信长又不愿意承受，光秀自然会想：“只好由我来把日本带向和平吧。”所谓宿怨，其真相大概如此。
至于求生的想法，或许源于信长三个儿子之间争权夺利的斗争。信长很早以前就基本确定了长子信忠的继承人地位，天正三年（1575年）把家督之位让给了信忠，到了天正十年（1582年）灭亡武田氏以后，更命令他“天下御予夺”，等于向诸将宣布，他不仅要把织田家交给信忠，还要把整个天下，也即信长即将开创的新政权都让信忠来继承。
然而于此同时，信长却又容忍甚至怂恿信忠两个弟弟——信雄和信孝——扩张领地的努力。天正七年（1579年），信雄自作主张进攻伊贺国，结果铩羽而归，信长虽然严厉地斥责了他，但在两年后（1581年）却又任命信雄为总大将再征伊贺，并在得胜后将伊贺四郡中的三个郡都封给了他。
这个时候，信长年龄最大的三个儿子里面，势力最小、名声最弱的就要算是信孝了。信孝最初继承的是神户苗字，神户氏本是伊势国的豪族，因此其名份比继承了织田氏的信忠，以及继承了伊势国司北畠氏的信雄都要差得多。为了可以出人头地，信孝费尽心机拉拢了武田氏重臣木曾义昌，为信长攻取甲、信两国打开了大门。如果信孝可以参加征伐武田氏的战斗，并且立功的话，相信也能获得相当多领地的赏赐。
然而不知道是什么原因，信孝并没有参与信忠为总大将的这次战役——或许信忠本人为了保证自己的继承人位置不倒，也在着力打压两个兄弟，所以前此信雄才在既没有通知父亲信长，也没有通知家督信忠的前提下，要自作主张进攻甲贺国。
信孝实在是太可怜了，看起来信长想要为信孝找一个高贵的家名，赏赐他更多的领地，以缩短他与两个兄弟之间的差距，所以才会任命信孝为总大将征伐四国地区，并且暗示说一旦战胜，就让他去做三好康长的养子，继承三好氏的家名，并且很可能到时候把四国的大部分领土都封赠给信孝。
天正八年（1580年），信长放逐了林秀贞、佐久间信盛等老臣，这些老臣的领地大多在尾张、美浓一带，他们被赶走以后，领地全都纳入了织田信忠的实际掌控之下。在这种情况下，家臣们难免会猜测说，信长实际是为了扩充儿子的实力，才放逐重臣，剥夺其领地的。时间推移到天正十年（1582年），信长命令信孝领兵进攻被明智光秀拉上信长战车的长宗我部氏，同时，信长还剥夺光秀在近江和丹波的领地，打算把他转封到中国地区去。
“我也将落得林和佐久间两位大人一般的下场吗？信长公是打算用我的领地去扶持信孝吧？”光秀一定会有这般想法吧。天下将定，为了维持家族的利益，把最好的领地都封赠给同族尤其是子侄，而那些浴血奋战的臣子们则可以鸟尽弓藏了，这本是很合乎逻辑的推想。
因为与信长理念不合，因为害怕落得个兔死狗烹的下场，所以光秀才悍然发动了本能寺之变。至于说到野心，乱世中的武将，又有几个人是毫无野心的呢？
「帮凶」
关于明智光秀发动本能寺之变，究竟有没有帮凶，现在普遍可以认同的说法，是天皇朝廷与废将军足利义昭也有参与预谋。
足利义昭想打倒信长非止一日，而他与曾是自己家臣的明智光秀暗中联络，密商政变之事，本也在情理之中。有史料记载说，本能寺之变后不久，义昭曾经写信给毛利氏家臣乃美宗胜，通报信长被杀的消息，希望得到毛利氏的支持，信中的行文语气异常的喜悦，并且仿佛是自己亲手杀死信长一般。
而在天皇朝廷方面，虽然信长一直打着尊王的旗号，又是修缮皇宫，又是贡献金钱，但本身朝廷只是他统一天下的工具，这是尽人皆知的事情。信长利用朝廷来制约足利义昭，同时打着天皇的旗号来号召“天下静谧”，也就是止息干戈，有敢不从者则斥之为“朝敌”，发兵讨伐。起初朝廷对信长的态度也非常友善，据《言继卿记》记载，永禄十三年（1570年）信长北伐朝仓氏，四月二十五日，正亲町天皇亲自前往石清水八幡宫为信长祈愿得胜。此后信长进攻石山本愿寺和武田氏的时候，天皇也屡次往其阵中派遣敕使，以表示对信长的支持。
然而朝廷和信长的蜜月期虽然比义昭和信长要长，也并非没有终结的。信长的所作所为，逐渐引起了朝廷的反感甚至是恐慌。信长不但屡次推却官职，不肯置身于朝廷官列之中，反而多次暗示正亲町天皇退位，让他一力扶持的诚仁亲王继承宝座，这当然会引发朝廷的极度不满。同时，信长还建议修改历法，把京历改为尾张地区常用的三岛历，这种矛头直指皇权的举动，本身就暗示着，当他彻底掌握天下之时，或许就是废除天皇制之日。
在这种情况下，朝廷很可能与明智光秀合谋，发动了本能寺之变。这从光秀在事变后进入京都时受到隆重的欢迎，以及他竟敢如此仓促地提出建立新幕府的意愿，而朝廷也立刻表示可以应允，就可以看出蛛丝马迹来了。
此外，还有一些不大可靠的猜测，比如说明智光秀的谋叛，有羽柴秀吉、毛利辉元，甚至德川家康等人牵涉在内。疑点在于，当年五月二十一日，毛利大军到达高松城外，总大将毛利辉元并未亲临第一线，反而将本阵设在了高松以西二十公里的猿挂城中，真正在前线与秀吉对峙的则是“毛利两川”——吉川元春和小早川隆景。然而这两员威名素著的大将并未果断出击，救援高松城，反而坐待不动，似乎在期盼着一些什么……
本能寺之变发生后，据说明智光秀写信给毛利辉元，要他趁势进攻，定可大破羽柴军于高松城下，然而这封如此重要的信件却竟然无巧不巧地被羽柴军半途截获。于是羽柴秀吉以最快的速度完成了与毛利家的和谈，匆匆挥师南下，最终在山崎合战中击败明智光秀。如果不是事先就知道消息，他的动作真能这么快吗？
而当时在堺游览的德川家康，得到本能寺之变的消息以后，立刻绕路东归。虽说这一路上危险重重，但据称得到了伊贺残党协助的家康还是顺利回到了老家三河国。最可疑的是家康回到三河以后的举动，他似乎早就已经有了周密的计划一般，立刻以迅雷不及掩耳之势接管因信长去世而乱成一团的织田氏甲斐、信浓等各处领土，其动作之快，下手之狠，也颇费后人思量。
如前所述，信长在去世的前几年里，颇干了一些得罪自己人的事情，既得罪了家臣们，也得罪了他最重要的盟友德川家康。可以说，表面上无比恭顺，内心却痛恨信长的大有人在，非独明智光秀一人而已。这些痛恨信长人会不会暗中联合起来，设下了这样一个惊天的大阴谋呢？在没有新的史料发现以前，谁都不敢下这个结论，但并非不可以往这方面去猜想。
十五、乱世的终结
织田信长是“战国的风云儿”，也是一位“革命家”，他的政治和经济政策对于日本来说是划时代的，他想要建立一个没有幕府，或许也没有天皇朝廷的新形态社会的理想，从某种意义上来说，或许也是不切实际的。信长是死在本能寺的烈火中了，如果他仍能在生，并且完成了他的理想，是否能将日本带入和平安定中去呢？就历史的发展来看，恐怕是很难的事情。
其实信长更象是一股狂风，扫尽了幕府统治以来所积攒的诸多残腐，或者可以说他象一场烈火，把旧体制烧成了灰烬，并且最终也燃尽了自己。他从某种意义上来说，确实很象我国的秦始皇，秦始皇统一了天下，完成了自己的理想，却未能使秦帝国真正长治久安，相反，继承了其遗产的汉帝国，倒有破有立，开创了一个崭新的局面。
信长也是如此，他事业未尽而中道殒命，其政策由丰臣（羽柴）秀吉加以完善，并最终在德川家康的努力下，把日本带入了一个仍以幕府统治为形式，却与前两个幕府完全不同的紧密牢固的社会体系中去。家康的政策，从表面上看来是信长政策的反动，就其实际来论，却是信长政策的当然的延续。
「乱世的终结」
本能寺之变爆发以后，明智光秀分派诸将去占领和接收信长在畿内各地的领地。因为信长和信忠的去世，畿内诸将、豪族莫不乱成了一锅粥，前此隐藏起来的对信长不满的势力也全都一夕之间冒出头来，一揆纷起，形势极为混乱。为了在乱局中保住性命，丹羽长秀等即将出征的诸将全都收兵回归自己的领地，一方面维持秩序，一方面观望成败，以定行止。
信长父子是六月二日凌晨遇害的，消息很快传到了安土城中，留守安土的大将蒲生贤秀吓破了胆，急忙保护着信长的侧室、子女，也包括很多大名送到安土城下町居住的人质，仓皇弃城而逃，回归自己的主城——日野城。贤秀是个无能之辈，他以为逃回日野城，明智军就不会前来进攻了吗？安土坚城，如能凭之固守，就算明智光秀的兵马数量再多上一倍，也不是旬日间所能够攻克的。
贤秀是六月三日下午二时离开的安土城，五日，明智光秀率领大军，兵不血刃地进入了这座代表信长政权的辉煌巨城，并于七日在此地接见了朝廷敕使吉田兼见，向他表示了自己希望开设新的幕府的想法。随即光秀就留大将明智左马助秀满守备安土城，自己回归主城近江坂本。
当明智军进入安土城的时候，城下町中教堂里的传教士们大为恐慌，他们一直受到信长的支持，现在信长被弑，凶手又是一名虔诚的佛教徒，这自然使他们感到前途一片茫然。于是传教士们就收拾了烛台、圣杯等弥撒用具，一齐乘船下湖，躲到两公里外一个小岛上去了。
可以说，光秀从六月二日发动了本能寺之变，到七日为止，他基本已经完全接收了信长父子在畿内地区的直辖领地。然而进一步的计划却受到了阻碍，他写信给与自己有姻亲关系的细川藤孝和好友筒井顺庆，要他们加入自己的阵营，以给织田旧将作出表率。然而藤孝一口拒绝了，顺庆却不肯作出明确回应，想要再观望一段时间再说。
劝说无效，光秀准备以武力相逼，于是领兵南下，先进攻驻扎在河内国的丹羽长秀所部。然而就在这个时候，他突然得到急报，一支打着金葫芦马标（主将的标志物）的军队已经从北部逼近洛中了。
“是秀吉？！”光秀大惊失色。
且说本能寺之变的同时，水淹高松城已经到了最后关头。清水宗治提出以自己一人切腹来挽救全体部下的性命，羽柴秀吉也答应，只要得到宗治的首级，好让他对主公信长有个交代，他就立刻退兵。就在此时，秀吉得到了本能寺之变的消息，他暗中收拾行装，做好退兵打算，明里却好整以暇地等待宗治切腹。六月四日，清水宗治穿着白色丧服，乘一叶小舟来到两军阵地中央，随即在舟中完成了切腹仪式。
在与毛利军交换停战文件后，秀吉匆匆挥师东归。就在此时，毛利方也得到了本能寺之变的消息，吉川元春建议全军展开追击，然而足智多谋的小早川隆景却说：“秀吉不仅是智勇双全的大将，并且怀有天下大志，如果我们违誓，他必恨之入骨，恐非吾家之福。”坚决主张退兵。毛利辉元最终采纳了隆景的建议。
于是没有后顾之忧的羽柴军匆匆东归，于六月八日回到秀吉位于播磨国内的主城姬路。次日清晨，大军从姬路城出发，以惊人的速度于十一日赶到了摄津国的尼崎地方。织田方多位城主如池田恒兴、堀秀政、高山重友、中川清秀等人陆续来合，到了十二日晚间，秀吉屯兵摄津的富田，总兵力已经超过三万。十三日晨，织田信长的三男织田信孝和重臣丹羽长秀也派使者前来联络。
羽柴军回师速度如此之快，令明智光秀大吃一惊，他匆匆停止了河内之战，领兵回归京都，然后十日从京都出发，率领一万六千大军进驻山崎以北的胜龙寺城，准备与羽柴军展开一场大决战。
「山崎的决战」
山崎地区在摄津国和山城国的交界处，临近通往中国地区的交通要道，最终激烈的战争就在这一地区展开。羽柴秀吉奉戴织田信孝为名义上的总大将，将主力分为三队，左翼、天王山麓布设的兵马由其弟羽柴秀长和军师黑田如水孝高统率，右翼、淀川附近的兵马由池田恒兴、加藤光泰、中村一氏等将统率，中央、西国街道上的兵马则由高山重友、中川清秀和堀秀政统率。
十二日夜，两军开始小规模接触，到了十三日凌晨，明智军首先对羽柴中军发起猛攻，高山重友队一度陷入绝境，幸亏中川、池田队从右侧，堀队从左侧夹击敌军，才勉强挽回败局。双方恶战了整整一天，因为羽柴军兵力既众，又抢先占据了战场西北面的天王山，居高临下发起冲锋，明智军逐渐败下阵来。到了晚上七时左右，明智光秀见败局已无法挽回，于是下令撤退，自己率败兵七百余人退守胜龙寺城。
羽柴军团团包围了胜龙寺城。黑田孝高劝秀吉说：“明智军笼城坚守，我方很难快速攻克，所谓‘围城必阙’，不如放开一面，则光秀必走，我军可从后追杀。”秀吉听取了他的建议，空开一个缺口，明智光秀与少数亲信出城逃亡，想要回归本城坂本，重整兵马以图后举。然而在经过京都山科小栗栖地方的时候，他们却遭到了“落武者狩”的袭击——所谓“落武者狩”，是指专门刺杀和抢劫败战武士的农民或土匪。
光秀奋起抵抗，连杀数人，落武者狩一看没便宜可捡，于是纷纷退去。然而光秀在恶战中也身负重伤，自度无法再走，于是长叹一声，解开铠甲，准备切腹自尽。部将沟尾庄兵卫茂朝等人苦苦劝说，然而光秀回答道：“羽柴的追兵眨眼便到，我受伤无法骑马，很快就会被他们追上的，难道你们忍心看我成为俘虏，受那猴子的侮辱吗？”
最终，光秀缓缓吟道：“逆顺无二门，大道澈心源。五十五年梦，觉来归一元。”然后横刀切腹，沟尾茂朝担任介错，砍下了他的首级。日本武士往往在临终前会吟诗一首，称为“辞世句”，以表达自己对人生的看法，可惜织田信长在本能寺被烧成灰烬了，没有一个字遗留下来，谁也不知道当殒命前最后一刻，霸王内心又作何感想。
光秀切腹后，沟尾茂朝掩埋了他的尸体，然后怀抱首级逃命去了——但传说光秀的首级最终还是落到了秀吉的手中。这是六月十三日晚间的事情，距离信长本能寺自杀，不过短短十一天而已，此事即被后世称为“明智十日天下”。
对于光秀之死，民间还有诸般传说。最离谱的说法是光秀并未切腹，而是狼狈逃脱了性命，从此隐姓埋名躲藏了起来。秀吉所得到的并非光秀的首级，只是略有相似，为了尽快结束战斗，向天下人宣告他已为故主报了仇，于是假称那就是光秀的头颅。还有传说，认为光秀之发动本能寺之变，是预先和羽柴秀吉、德川家康策划好了的，结果秀吉翻脸不认人，趁机抢夺胜利果实，光秀恼恨之下，就秘密投奔家康去了，此后就成为家康身边的智囊，为他最终谋夺天下出谋划策。
家康身边有这样一位神秘的智囊吗？在传说中，这个人就是被称为“黑衣宰相”的高僧天海，天海为家康最终开设江户幕府出力良多，然而要说他其实就是行无所踪的明智光秀，可也实在是太过附会了……
不仅如此，民间还传说信长父子其实也并没有死于本能寺和二条御所中，因为尸骸都化作了飞灰，根本无从加以确认和证实。有一种说法，信长父子千里迢迢跑去羽柴秀吉军中，结果被秀吉秘密谋害了——当时距离本能寺最近的信长直辖或麾下大名的领地还有不少，虽然明智军兵马众多，但只要信长仍然在生，登高一呼，相信明智军会全面崩溃的，他又何必跑那么老远去投靠秀吉呢？
「火烧安土城」
六月十五日，也就是明智光秀在小栗栖切腹的两天以后，雄伟的安土城中突然腾起大火，火势很快蔓延开来，这座信长政权的标志性巨城，就此化为了灰烬。
安土城是被谁放火烧毁的呢？历来就有明智秀满和织田信雄两个嫌疑犯。持秀满纵火说的人认为，当时明智秀满受命镇守安土城，没有参加山崎合战，他在得知光秀的死讯以后，就放了一把火，烧光安土，然后勒兵回归坂本城。
明智秀满本是光秀的女婿，是和斋藤利三齐名的同族重臣，传说他才刚离开安土城，就被汹涌杀来的羽柴军团团包围在琵琶湖边。面对危局，秀满竟然纵马入水，一直游到湖西，然后从容登岸下马，入守坂本城。不久以后，坂本城被信长亲信大将堀秀政领兵团团围住，秀满料无生理，就先把城中宝物细细整理一番并开列目录，缒到城下，然后才放火、切腹自杀。后人都慨叹说他是一位真正爱好文化的武人，与以名茶器殉葬的松永久秀之流截然不同。
既然秀满最后是如此下场，他不愿损坏坂本城中的诸般宝物，那么信长藏在安土的宝物比坂本城光秀所藏多了不知道多少倍，秀满又怎肯放火烧毁安土城，使无数宝物都化为灰烬呢？
况且，根据可靠资料记载，秀满十四日就离开安土城了，而包括《兼见卿记》在内的很多史料中，都明确写着“六月十五日，壬申”，安土城燃起冲天火光。
关于织田信雄纵火说，一条重要史料来源于弗洛伊士的《日本史》，其中写道：“信长之子御本所（即信雄）是个智谋拙劣之人，为此理由，在战争中他命人点燃了城堡，城堡从上部开始焚烧，很快就被烈焰吞没，此后他又在集市中放火，集市大部分都被烧毁了。”
本能寺之变的时候，信雄还呆在他伊势国的领地上，蒲生贤秀向其求救，他却逡巡不敢前往增援，一直等到六月九日，才终于集合兵马杀入近江国。进入江南以后，信雄在边境附近驻下兵马，不肯再往前一步——如果他此时快速突进，大概剿灭明智军的大功要算是他的了吧，说不定他就此能够成为信长的继承人，掌握整个天下。
明智秀满于六月十四日黎明时分撤离安土城，信雄估计在当日晚间率先接管了此城，此时安土已经变成了一座空城，他还有必要放火烧城吗？
《兼见卿记》认为：“所谓安土放火云云，都是臆想，实际是起自山下的野火，偶然烧毁了城砦。”然而安土城东、北、西三面都临着琵琶湖，南方通往陆地的方向还挖掘了壕沟，简直是一座建在湖中的水上要塞，外部着火，能够把整个城堡和城下町都烧为灰烬吗？并且据专家考证，当时正处梅雨时期，安土城当地当时的气候虽无资料记载，但十四日中午在奈良地区降下多年罕见的大雨，两地直线距离不到80公里，奈良降雨，安土很有可能也受到波及。即便不受波及，在气候如此潮湿的季节，野火有可能蔓烧如此之快吗？
根据近年来对安土城遗迹的考古发掘，可知大火最早确实是从城堡甚至从天主台开始烧起的，然后才向下蔓延到城下町。十四日凌晨明智秀满撤出，晚间织田信雄进驻，其间有整整一个白天的时间，这座巨城处于无主状态。土匪、败兵、铤而走险的百姓在混乱中抢劫甚至纵火，本是很可能发生的事情。信雄本身的统驭和治政能力都很低，他进城后没能及时制止这种混乱局面，于是导致次日城堡遭人点燃，或许这才是安土城被毁的真相。
总之，这场灾难即便不是信雄引起的，他也很难逃脱罪责。
正因为如此，因为信雄没有赶上与明智军的主力决战，因为他没能守好父亲最重要的有形遗产安土城，更因为他性格粗暴、能力低劣、人缘也差，所以其后召开的商讨信长继承人的清洲会议上，没有谁把信雄列入考虑名单。
「清洲会议和信长的葬礼」
清洲会议顾名思义，会址是在信长最初的根据地——尾张国清洲城——召开的，时间为当年的六月二十七日，织田氏重臣全都到会，一方面论功行赏，分割光秀的领地，一方面商讨扶保谁来继承信长的事业，就任织田氏家督。
会议上身份最高，最有分量的发言者，是所谓的织田氏五位宿老：柴田胜家、羽柴秀吉、丹羽长秀、泷川一益和池田恒兴。其中柴田胜家虽然被上杉军绊在越中，未能及时南下讨伐明智光秀，但他在林秀贞、佐久间信盛被放逐后，位列织田氏的重臣笔头（首席），并且他的北陆军团也是最具实力的，因此成为当然的会议主席。
柴田胜家想要拥立织田信孝为主，一方面信孝和胜家关系一直很好，同时信孝又是讨伐明智光秀、打赢山崎合战的名义上的总大将，另方面，如前所述，在信长三个最年长的儿子里面，信孝的威望和家名最低，领地也最狭窄，便于为胜家所操控和利用。
素与胜家不睦的羽柴秀吉当然不能同意这一人选，但他聪明地跳过了信雄和信长其余诸子，推出信忠的嫡子三法师为继任人选。按照秀吉的说法：“家督之位必须传给嫡子，无嫡子则传长男，信长公的长男是信忠公，信忠公本有嫡子，怎可能轮到他的兄弟来继承？”
胜家和秀吉两人各自拉帮结派，争吵不休。胜家最有力的盟友乃是关东管领泷川一益，然而本能寺之变的时候，泷川一益正在关东地区与北条氏展开激战，事变的消息传来，军心动摇，结果在神流川之战中被彻底击败，凄凄惶惶逃归自己的伊势领地，他的发言力因此大打了折扣。
秀吉最有力的盟友是池田恒兴，恒兴是信长奶娘之子，因此曾经深受宠信，他又直接参与了山崎合战，所以虽然在五位宿老中资格最嫰，仍可与泷川一益打个平手。
最终决定继承人选的，乃是起初始终不发一言的丹羽长秀。长秀在织田家中无论资历、声望，都可与胜家一较短长，两人素有竞争，因此不愿屈居于胜家之下，再加上羽柴秀吉事先做了大量的拉拢工作，所以在最关键时刻，长秀忽然开口说：“在下认为羽柴大人所言有理。”
长秀本担任四国讨伐军总大将信孝的第一辅佐者，连他都不看好信孝，胜家还有什么好说的呢？于是最终以三比二的微弱优势，秀吉派扶持年幼的三法师登上宝座。信孝接管了信忠原在美浓国的领地，信雄则被封在尾张国。
会议还商定，由羽柴秀吉担任三法师的监护人，拥其进入已经损毁的安土城。柴田胜家对此大为恼火，立刻启程回归北陆的领地，想要整兵经武，等待时机，再南下与秀吉争雄。为了继续让胜家支持自己，信孝还作主把寡居的姑母市姬（原为浅井长政的正室）下嫁给胜家，双方结成了牢固的同盟关系。
胜家赌气离开近畿地区，给羽柴秀吉留下了一个大好局面。当年十月，秀吉抢先在京都为故主织田信长举办了隆重的葬礼，这场轰动畿内地区的长达七日七夜的盛大葬礼，无疑是在昭告天下：我秀吉将成为信长公统一事业的真正继承人。因为没能在本能寺中找到信长的遗骸，秀吉就斥巨资、访名匠，用香木雕刻了两尊真人大小的信长的木像，一尊供奉起来，一尊就在葬礼上焚化，据说香飘四野，芬芳馥郁。
葬礼上为信长拟定的写在供奉牌位上的法名乃是：总见院殿正一位一品大相国泰安大居士——这正一位的官位，也是秀吉向朝廷讨取来，追赠给信长的。一年后，秀吉还专为供奉信长而修建了一座名为总见院的寺庙，把那尊剩下的木像搬了进去。
冬季到来以后，秀吉和胜家的战争一触即发。秀吉先发制人，进攻琵琶湖东岸的长滨城。长滨本是浅井氏的领地，浅井氏灭亡后，信长将其封给了秀吉，本能寺之变的时候，此城为明智军所占领，秀吉击败明智光秀，把长滨城又夺了回来。在清洲会议上，胜家要求秀吉交出长滨城，以作为自己进出江北的据点，已经大占上风的秀吉不好再加拒绝，于是就以三法师之命，把长滨城封给了胜家的养子柴田胜丰。
秀吉首先进攻长滨城，以封堵胜家南下之路。柴田胜丰本是胜家的继承人，但近年来胜家更宠爱自己的外甥佐久间盛政，这使胜丰大为不满。于是，在羽柴方大军压境的时候，自忖无力对抗的胜丰干脆开门归降，交出了长滨城。
胜家闻报大怒，不顾北陆地区普降大雪，竟然命令士兵们铲雪前进，于次年（1583年）三月发兵南下，与秀吉所部对峙于北近江的贱之岳——决定天下局势的大战就此爆发了。
「天下统一」
天正十一年（1583年），也就是织田信长去世的次年，三月十日，柴田军开到了北近江的柳之濑地方。十二日，北陆各家兵马陆续集结，总数达两万余人，胜家在内中尾山立下本阵，佐久间盛政在行市山，前田利家在别所山，皆位于本阵之南。
十七日，羽柴秀吉统军五万也开到了柳之濑南方、琵琶湖畔的木之本。秀吉命令其弟秀长屯兵田上山，堀秀政屯兵左弥山，中川清秀屯兵大岩山，高山重友屯兵岩崎山，桑山近晴屯兵贱之岳——大半都是山崎合战时候的老同僚，现在变成了秀吉的新部下。
羽柴军兵马众多，但所处地势较为低洼，柴田军兵数虽少，却占有地利，因此两军对峙一个多月，谁都不敢抢先发起进攻。四月中旬，羽柴秀吉伪作主力东移，前往讨伐与胜家互相呼应的美浓国主织田信孝。四月二十日，佐久间盛政鲁莽地认为战机到来，竟然不遵胜家将令而妄自发兵，绕过余吴湖，从侧面进攻羽柴军前阵。结果大岩山、岩崎山阵营瞬间就被攻克了，中川清秀战死沙场。
同时，佐久间盛政的副将柴田胜政也进攻贱之岳，眼看就要得手，却被渡琵琶湖赶来增援的丹羽长秀军击退。前军伸出如此之远，不由得柴田胜家不动，于是胜家下了内中尾山，前进至柳之濑旁的狐塚，前田利家则进至余吴湖北的茂山。
消息在当日午后就传到羽柴秀吉耳中，于是二时左右，正在美浓国大垣城附近的秀吉命令大军掉头，全速前进，当晚九时就赶回了木之本。秀吉素以快速长途奔袭出名，本能寺之变后的“中国大撤退”，以及此次从美浓国开回近江战场，就都是很好的例证。
次日天还没亮，秀吉军对正在大岩山和岩崎山上休整的佐久间盛政部发起猛攻。盛政不敌败退，在贱之岳附近遭到夹击，溃不成军。随即素与秀吉交好的前田利家见势不妙，也全军退回北陆，柴田军就此全面崩溃。
四月底，羽柴军团团包围了柴田胜家的本城——越前国北之庄城，胜家与妻子市姬一起登上天守阁，对刺而死，并遗命部下点燃贮藏的火药，把自己炸了个尸骨无存。羽柴军在进攻北陆地区的同时，也再度兵进美浓，当年五月，织田信孝逃到尾张国的内海地方，切腹自杀，享年仅二十六岁。
其后又爆发的大战乃是小牧·长久手合战，羽柴秀吉这次所要面对的敌人乃是老谋深算的德川家康。且说当本能寺之变的时候，家康和降将穴山信君正在堺游览，闻讯仓惶逃回三河国，穴山信君在途中被落伍者狩所杀。
这个时候，信长新征服的甲斐、信浓等领地乱成了一锅粥，一揆纷起，甲斐守护、信长的爱将河尻秀隆也战殁了。家康趁机攫取了这两块领土，使自己的势力扩展了将近一倍。天正十二年（1584年）三月，织田信雄不满秀吉的专断，联络家康，掀起了反旗。有了信雄这个大义名分，家康立刻点兵东向，欲与秀吉一较短长。
双方在尾张国小牧山城附近长期对峙，随即因为秀吉麾下池田恒兴等人的轻动，前军于长久手地区被德川军击败，池田恒兴战死。羽柴秀吉见力不能胜，就开始耍弄阴谋手段，先和信雄达成了和睦。失去信雄的大义名份，家康无奈之下，只得退兵。
织田信雄，果然是超级大草包一个。
其后秀吉用朝廷的名义给德川家康封官赏爵，甚至不惜勒令其妹离婚，送给自筑山夫人自杀后就没有续弦的家康为正室，威逼利诱，两种手段交替使用，终于迫使家康表示臣服。自此以后，从天正十三年（1585年）的四国征伐开始，一直到天正十八年（1590年）的小田原（关东北条氏的主城）之阵、奥羽出兵为止，秀吉用了五、六年的时间，终于完成了信长的统一大业。
「桃山时代」
羽柴秀吉的各项政策几乎完全是信长政策的延续。首先，秀吉如同信长初上洛时一般礼敬朝廷，甚至其恭顺态度更有过之而无不及。这是因为秀吉本人出身低，威望浅，更没有信长干脆废弃天皇制的想法，他只想从朝廷处得到大义名分，从而利用这种名份来实际掌控天下。因此，对于朝廷的封官赏爵，秀吉是从来都不会推辞的。
因为自己和源、平两氏全都扯不上关系，秀吉不可能开设新的幕府，他曾想去央告落魄将军足利义昭，希望义昭以源氏长者（大家长）的身份，给予自己源氏的家名，但遭到义昭的断然拒绝。天正十三年（1585年）七月，秀吉终于拜在前关白近卫前久门下做了养子，骗来了藤原氏【藤原氏是古老的神官家族，按照惯例，只有藤原北家出身的贵族才能担任摄政·关白和正一位太政大臣，近卫、鹰司、九条、二条、一条五个家族都出自藤原北家，被称为“五摄家”。】的家名，从此登上了关白的宝座。
关白相当于摄政王，辅佐天皇总揽朝政，天皇亲政前称“摄政”，亲政后称“关白”，取诸事均须关白（报告）此官之意。天正十四年（1586年）十二月，秀吉受天皇赐姓为“丰臣”，就任正一位太政大臣，从此正式成为朝臣的领袖。此后，这位丰臣秀吉即被称为“丰关白”，退位后称“丰太阁”。
当然，秀吉并非真心实意地尊奉朝廷，不过他既然当了朝臣的领袖，当然要抬高天皇朝廷的威信和地位，这样自己的威信和地位也才能水涨船高。等他大权在握以后，一样插手天皇立嗣之事，悉心培植和拥戴亲近自己的皇子，手法与信长当年也是极其相象的。
其次，秀吉和信长相同，非常重视商业发展，到处施行“乐市乐座”，并且牢牢掌控住堺、博多（在九州北部）等商业都市，以求得到豪商们的金钱支持。在农业方面，秀吉把信长曾经在部分地区施行过的“检地”、“刀狩”等政策推广到全日本，基本上彻底完成了自己直辖领内的兵农分离——天正十八年（1590年）正月，他发兵讨伐关东地区的战国大名北条氏，竟然动用了二十二万兵马，其中本队十四万人！这场战争打了半年多的时间，如果所部多为农民的话，是根本熬不下来的。
当然，秀吉也有和信长不同的地方，况且天下既然已经平定了，那么很多临时政策自然应该有所改变。信长亲近天主教传教士，是为了藉其“上帝面前人人平等”的思想来打压旧秩序和旧佛教，秀吉在统一全日本以后，则鉴于这种思想也会使信徒百姓否定他的封建统治，于是对传教活动加以限制，甚至杀死了很多传教士和信徒。
信长性格暴躁，家臣动辄得咎，割据势力有不服从的一律剿灭。秀吉的性格则要温和得多，尤其为了尽快完成统一大业，他对很多割据势力作出了让步和妥协，只要肯服从他的中央领导，均可保留其领地。德川、上杉、毛利等大名及时降服，领地基本没有受到侵害，长宗我部、岛津等大名抵抗得相当厉害，但最终也还是保住了初起家时的世代领地。
信长纵横驰骋的时代，被称为“安土时代”。秀吉则在摄津国建造大坂城，其宏伟辉煌比之安土城更有过之而无不及。后来他还试图在京都附近的伏见地方筑造一座更大的城池，但没等造好就去世了，因为此地密植桃树，故此他所统治的时代被称为“桃山时代”。
文禄元年（1592年），天下刚刚平定，丰臣秀吉就来到九州的名护屋坐镇指挥，派十六万大军入侵朝鲜，并妄图以朝鲜为跳板进攻明朝，掀起了所谓的文禄·庆长之役，朝鲜史上称为“壬辰倭乱”。这场侵略战争延续了整整七年，可耻地以失败告终，庆长三年（1598年）八月，秀吉本人也忧愤而殁。
其实发动对外侵略，并非秀吉一人头脑发热所引起的，乱世刚刚平定，很多割据势力遭到打压，养兵无数却再无可用武之地，很多丰臣氏麾下将领意犹未尽，功勋卓著却再无可封赏的领土。在这种情况下，悍然发动对朝鲜乃至对中国的侵略，是战国乱世的必然延续。事实上，秀吉这一政策也源自于信长，弗洛伊士在《日本史》中写道，信长曾经考虑过，等统一日本以后，“编组一支庞大的舰队，以武力征服中国等地，然后把自己的儿子封到各国去”。这种说法的可靠性虽然无法确定，但应该不会是空穴来风。
「元和偃武」
丰臣秀吉去世后，把自己的宝座传给年幼的儿子丰臣秀赖，而以德川家康、前田利家等“五大老”共同执政，并担任秀赖的监护人。可是他才一咽气，因为长年的对外战争所引发的政权内部矛盾立刻激化起来，以石田三成为首的文治派，和以加藤清正、福岛正则等人为首的武断派就大打出手。德川家康巧妙地利用了两者之间的矛盾，帮助武断派攻击文治派，再度引发全日本的大动乱。
庆长五年（1600年）九月，家康统率以丰臣氏武断派为主力的东军杀向京都，石田三成扛出毛利辉元、宇喜多秀家（宇喜多直家之子）等人为号召，集兵抵敌，双方在美浓国的关原地方展开了大会战。这可谓是日本古代史上记载可信的最大规模的阵地战，也是决定日本命运的一场恶战。
东军七万人，西军八万余，就军事实力上来说，石田三成稳占上风，而家康本部精锐此时则还行进在遥远的东山道上。然而战斗的结果却大大出乎人们的意料之外，因为事先做了大量策反工作，战斗最激烈的时候，数位西军大名临阵倒戈，投向家康的阵营，于是西军全面溃败，石田三成等人被擒获后，遭到斩首示众的厄运。
关原合战以后，德川家康大肆削弱反对自己的诸侯们的势力，西军中势力最强的毛利辉元、上杉景胜等大名都被大幅度削减了封地，家康本人及其亲信的领地因此也大规模膨胀。到了庆长八年（1603年）二月，德川家康终于请得圣旨，就任新的征夷大将军，就此开创了长达两百六十余年的江户幕府（幕府的统治机构设在江户城）。
此时安居大坂城的丰臣秀赖已经长大成人了，虽然他的身份已经从“天下人”沦落为了一个普通诸侯，即便如此，家康仍然不肯放过秀赖。为了斩草除根，家康找藉口发动了对丰臣氏的讨伐战。庆长十九年（1614年）十一月，家康亲自领兵进攻大坂城，是为“大坂冬之阵”；次年（1615年）五月，再征大坂，是为“大坂夏之阵”，终于迫使秀赖自杀，灭亡了丰臣氏。
当年七月，朝廷下诏改年号为元和，历史上称这一年为“元和偃武”，因为在德川家康的努力下，不安定因素终于彻底扫平了，历史正式迈入新的和平的幕府时代。江户幕府依旧是诸侯林立的局面，但幕府将军大权在握，直辖了全日本超过三分之一的土地，没有任何一家诸侯再能对幕府统治造成威胁了。家康还拟定了一整套管理诸侯们的制度，包括诸侯都必须在江户城下町建造宅邸，把家人安置于此作为人质，诸侯本人也必须半年呆在领地，半年住在江户——其实这一政策，也是信长在建设安土城下町的时候最早开始采用的。
德川家康的很多政策也都延续了织田信长、丰臣秀吉，但就总体来说，信长和秀吉的政权是开放型的，江户幕府却相对内敛，并逐渐走向闭关锁国。幕府杀戮传教士和天主教信徒，驱逐葡萄牙人和西班牙人，禁止一切船只驶向海外，甚至于日侨敢于归国者也一律处死……
织田信长在世的时候，非常喜欢南蛮物品，他在安土城天主台内布设了座钟、地球仪、靠背椅，桌上摆放着玻璃器皿和进口葡萄酒，自己往往身穿欧式服装，头戴插有羽毛的宽檐帽，不象日本大名，倒仿佛是欧洲的王侯。这种情景，这种文化交流，自他死后就再也看不到了。
最后提一下信长的子女们。他共有十二个儿子：如前所述，长子信忠、五子胜长都在本能寺之变中死于二条御所；三子信孝则因为帮助柴田胜家而遭到羽柴秀吉的讨伐，兵败自杀；十一男长次在关原合战中战死；其余的秀胜、信秀、信高、信吉、信贞、信好、信正七人，均作为中下级武士碌碌而终。至于信忠的长子秀信（三法师），后来被德川家康流放，死时和父亲、三叔相同，都是二十六岁。
