清政府立宪决心并没有因为吴樾的炸弹而改变，除了国内外的支持外，还有一个重要背景就是日俄战争中的失败者俄国于此时幡然醒悟，突然加快立宪改革的步伐。这在某种程度上启发了中国人，也触动了朝廷。
迈出宪政第一步
沙皇尼古拉二世在国内政治压力下，于1905年10月17日宣布承认俄罗斯人民享有言论、出版、结社、集会、信仰、人身自由和参政的权利，同意着手进行政治体制改革，制定宪法，扩大选举范围，召开国家杜马，上下一心，讲求自立之策。
俄国的消息深刻影响了清廷决策者。10月27日，慈禧太后和光绪帝面谕军机大臣时强调，派员出洋考察各国政治是当务之急，绝不会因为反对势力阻挠而终止，务必饬令各考察大臣克服困难，速即前往，不可任意延误。11月2日，沙皇尼古拉二世宣布立宪。两天后，即11月4日，端方等出洋考察各国政治诸大臣电商袁世凯、张之洞、周馥，拟联衔奏请朝廷明降御旨，宣布立宪。袁世凯当即电复同意。6日，沙皇尼古拉二世宣布释放所有被关押的政治犯。
俄国这一系列重要政治举措为清政府提供了良好的范例，唤起清政府后来居上急起直追的信心和勇气。11月18日，清廷谕令政务处王大臣筹定宪法大纲，这一方面是先前立宪主义者一直强调的重要政治举措，一方面显然来自俄国政府宣布立宪的刺激。
中国国情还是与俄国有所不同。不管怎么说，俄国毗邻欧洲，对于立宪政治不是不知，而是不为；而对中国来说，几千年的政治传统中，似乎根本没有近代立宪政治的根基和因子，所以中国要想走上立宪道路，就只有向西方学习这一条路。11月25日，清廷谕令政务处王大臣设立考察政治馆，延揽人才，斟酌选择各国政治与中国体制相宜者变通损益，纂定成书，随时进呈，候旨裁定。
作为立宪政治的总设计机关，考察政治馆两年后改组为宪政编查馆，直接归军机处王大臣管理，除了继续关注外国政治有益于中国政治发展的内容外，兼管调查中国各省政治，下设庶务处、编制局、统计局、官报局等，在整个立宪运动中发挥了非常重要的作用，尤其是在信息搜集分析和制度设计方面，发挥了不可取代的功能。
清廷正式宣布考察政治的决定后，获得了国内外社会各界广泛认同，舆论普遍认为这是朝廷对立宪政治认识的大转变，不管这种转变的背后原因是什么，不管这个压力是来自俄国的宪政改革，还是国内的立宪呼声，或是革命流亡者的暴力威胁。舆论认为，派遣王公大臣到东西洋考察立宪政治，势必改变中国人的政治常识，提振臣民对朝廷的信心信任和信赖，一旦中国踏上立宪政治坦途，中国的政治面貌、国人精神，都势必有一番新气象。中国人特别是知识界真诚欢迎和支持朝廷这一重大转变。列强也对清廷的这个重要宣示表示欢迎，以为清政府在经历了无数挫折磨难之后终于如大梦方醒，东方这条睡龙终于在日俄战争的促动下发生了改变。
走向君主立宪毕竟是中国历史的大转变，绝非像许多革命者所揭露的那样是清廷尤其是慈禧太后延缓革命阻挠革命的儿戏，清廷对这前无古人的重大转变始终抱着谨慎态度，慈禧太后和光绪帝始终不愿以个人情感好恶去左右着这个运动的进程。清廷之所以耗费巨资委派王公大臣前往东西洋各国实地考察，其实就是要取得直观经验以为佐证，然后再决定如何进行。
吴樾的炸弹没有阻止住清廷立宪的步伐，反而在某种程度上推动了这一运动的加快进行，只是为了防止类似事件再次发生，清廷的规划略有调整，且不再像先前那样大事张扬。10月8日，清政府为了加强京师乃至全国的社会治安，仿照东西洋各国盛行已久的警察制度，创设巡警部，任命徐世昌为巡警部首任尚书。这样，徐世昌出洋考察政治的任务自然无法继续。至于五大臣中的绍英，由于伤势过重，恢复缓慢，自然也不宜继续远涉重洋，考察宪政。几经调整，10月26日，清廷决定改派山东布政使尚其亨和顺天府丞李盛铎会同载泽、戴鸿慈、端方前往各国考察政治。
经过一番调整和慎重准备，考察政治五大臣重新出发，只是鉴于前次教训，五大臣离开京师时，分两拨进行，分期起程，不坐专车，也不再举行隆重的欢送仪式。
12月7日，由户部侍郎戴鸿慈、湖南巡抚端方率领的出洋考察政治代表团第一路40余人仍由正阳门火车站上车，至秦皇岛转兵轮“海圻”号前往上海。19日下午，搭乘美国太平洋邮船公司巨型油轮“西伯利亚”号向日本驶去。这个考察团的随员中还有各省派来随行考察的官员，此外还顺带前往美国留学的八名学生，其中就有后来成大名的陈焕章。
戴鸿慈、端方这一队在经过日本时稍事停留，参观访问，翌年1月5日抵达美国。2月16日离开美国，取道英、法，转赴德国。3月24日，戴鸿慈、端方受到德国皇帝的接见。德皇在谈到中国变法时，强烈建议中国要以练兵为先，至于政治措施，宜自审国势，各当事机，贵有独具之精神，不在徒摹形式。德皇的建议给考察团留下了深刻印象。接着，戴鸿慈、端方一行又考察了奥地利、俄国、意大利，并游历了丹麦、瑞典、挪威、荷兰及瑞士等。
由载泽、尚其亨、李盛铎率领的另一个考察团于1905年12月11日自北京出发，翌年1月14日从上海乘法国轮船“克利刀连”号扬帆起程。这个考察团也是先到日本，然后再转赴欧洲英、法、比利时诸国。一路上也是前呼后拥，浩浩荡荡。
经过两天航行，载泽一行于1906年1月16日抵达日本神户。出于地缘政治的考虑，日本朝野确实期待中国的政治发展能够在某种程度上与日本同步，所以日本朝野各界对中国宪政考察团的到来给予真诚欢迎，竭诚期待中国的觉醒，期待通过政治改革的中国能够与日本携手共进。1月22日，代表团抵达东京。25日，载泽、尚其亨、李盛铎一行觐见日本天皇，这是代表团在日本受到的最高规格礼遇。在此前后，代表团与日本政府现职各大员、故臣元老以及有关专家就日本立法原理、原则，政治沿革和损益等，相互交流，从容讨论。
参与日本政治变革全程的老一代政治家伊藤博文既向载泽等人详细讲解日本宪法，又对考察大臣所提出的一些疑问给予详尽解释，诸如在君主立宪政体下官吏任免、军队统领以及宣战、媾和、签约、发布命令等等权限究竟应该如何规范等。此外，伊藤博文根据日本经验，反复提醒载泽等人，中国在未来的政治变革中无论如何不要让君权旁落，君主立宪的要旨不仅是用宪法约束君主至上的无限权力，而且要通过宪法授予君主必要的权责，成功的君主立宪国必须做到主权集中于君主一人之身，不可旁落于臣民。伊藤博文的这个告诫给载泽留下深刻的印象。
日本的经验和热忱赢得了考察大臣的好感，而且从两国国情上说，日本的国情及其维新举措确实要比欧美诸国更合乎中国的需求。所以，载泽等人对日本的经验和制度格外推崇，他们将仿照日本推行宪政列为考察欧美日诸国的最终结论和优先选项。
此次出洋考察的主要目标就是宪政，所以考察团每到一国，对于议院的参观和议会制度的考察变成了首要任务。久之，考察团成员对于日本和西方诸国议会制度有了新的认识，但其重点似乎还是先前的期待，即以明治维新为范本进行政治改革。
载泽、尚其亨、李盛铎率领的这个考察团在结束了对日本宪政的考察后，于2月13日离开横滨赴美国。但鉴于考察团对日本经验的高度重视，他们决定将随员钱恂留在日本继续考察，系统总结归纳日本立宪经验，以便中国在未来的政治变革中参考。
5月8日，载泽、尚其亨、李盛铎一行抵达英国。5月15日，抵达法国。最后到达比利时。6月6日，长达半年的考察宣告结束，李盛铎因为被任命为驻比利时大臣，不再随团回国，就地上任。
经过漫长的考察游历，考察各国政治大臣载泽、尚其亨以及其他随员于1906年7月12日回到上海。7月23日返回北京。
另一路的戴鸿慈、端方等于7月21日返回上海。张謇、汤寿潜、赵凤昌等江浙地区绝对的立宪主义者先后四次与考察团会面，建议考察团速奏清廷尽快立宪，不可推宕。端方、戴鸿慈也真的在上海致电各省督抚，征求他们对立宪特别是立宪期限的意见。8月6日，戴鸿慈、端方一行抵达天津，又在那里与直隶总督兼北洋大臣袁世凯讨论预备立宪及官制改革诸问题。天津学生8万多人集体上书端方、戴鸿慈，请他们速奏朝廷宣布立宪，颁布宪法，更改官制，重定法律。8月10日，端方、戴鸿慈离开天津回京复命。
在考察期间，五大臣中的李盛铎出任驻比利时公使，端方于1906年1月5日由湖南巡抚晋升为闽浙总督，戴鸿慈则于1906年2月18日由户部侍郎晋升为礼部尚书。这多少也说明清廷对考察团的肯定和重视。
两个考察团在半年多的时间里游历了14个国家，他们调查考察的范围非常广泛，所到之处自然首先参观东西洋各国的新政设施，诸如议院、行政机关；学校、警察、监狱、工厂、农场、银行、商会、邮局，以及博物院、戏院、浴池、教会、动植物园等，也都是他们参观考察的对象，由此获取直观经验。在理念和理论上，考察团所到之处，不厌其烦地听取各国政治家、学者等详细讲解各国宪政原理及其与他国的不同点，调查收集各国各种语言的宪政资料、法律制度，尽可能多地带回国内，以便将来在实践中参考。
五大臣出洋考察对后来的政治变迁有着非常重要的影响，不要说他们几个人在西方现实的熏染下，思想发生重要转变，不再将立宪看成那么可怕的事情，而且在他们的影响下，慈禧太后、光绪帝的思想也有很大改变，确实意识到了中国的未来大概只能走上世界一体化的道路，即便是为了皇权永固，万世一系，也必须有所改革有所进步，不可继续抱残守缺，食古不化，坐井观天，夜郎自大，尊己卑人，坚守君主专制体制；而必须像东西洋各国那样，创建适合自己国情的新制度，以制度创新应对日新月异的新世界，以内政革新创新去化解外交上的新问题新矛盾，只要国内政治上有办法，外交上就有办法。而内政上之有办法，就是其政体能不能跟上世界形势的变化，与时俱进，不断创新。东西洋各国之所以在过去若干年超越中国而前进，日趋强盛，其根本原因根本动力只有一个，那就是他们普遍采用了立宪政体；而中国之所以在过去的若干年里一败再败，日趋衰落，任人欺凌，主要的或者说唯一的原因就是中国依然固守专制政体。所以他们的结论只有一个，那就是，在目前“霸国主义时代”，中国要想生存，要想发展，要想富国强兵，除了与世界同步，采用立宪政体外，别无他途他术。
一个时代开始
考察各国政治大臣先后归国后，对国内日趋激动的宪政思潮起到非常重要的催化作用，各地的立宪主义者通过各种方式敦促出使大臣尽快奏请朝廷从速立宪，不再耽搁和拖延。各出使大臣在各方压力、激励和敦促下，也充分意识到中国不立宪的祸害真的不小，发自内心期待朝廷能够真的觉醒，与世界同步，尽早走上立宪道路，尽早迈出第一步。
载泽在出访期间感触非常大，他在英国时就曾激动地表示过回国后将会有所建议，一定会竭尽全力推动立宪以及财政改革、地方自治等。归国后，他利用7月24日召见的机会，向朝廷详细汇报在国外的见闻感受，无保留地回答各种疑问疑虑。7月25日，载泽上了一份奏折，强调东西洋各国莫不以宪法为纲领，而中国先前数年新政之所以未能卓见成效，其根本原因就是没有能够在政治体制上进行适当改革，没有寻找到适合中国国情的政治体制。从所考察的各国情况看，载泽比较倾向于向日本学习，认为日本是以立宪精神实行中央集权主义。其要旨就是伊藤博文当面告诉他的，君主依然享有至上权力，主权依然集中于君主一人，而不会旁落于臣民。载泽认为，这个体制最合乎中国现在的需求，而不是英国的虚君共和或其他民主国家的共和制。载泽建议政治高层破群疑以决大计，秉独断而定一尊，明发御旨，布告立宪，酌定若干年为实行之期。在此期间，认真研究各国宪法，拟订宪法草案，广兴教育，改良法律，整理财政，实行地方自治，以为立宪预备。
另一路出访大臣戴鸿慈和端方，也在稍后的召见中详陈出访见闻，以为中国之所以长时期积贫积弱，最根本的原因就是专制，中国要想走上富强道路，就必须与东西洋各国一致，重建立宪政体。他们反复强调立宪改制利国利民，可造国祚之灵长，无损君上之权柄。不过，他们也在建议中承认，中国目前似乎还不到立即颁布宪法的时候，因为中国固有制度与立宪政体的要求相差太远，贸然仿行，只会徒增困扰。他们建议朝廷参照日本的经验，预定立宪之年，详细编制逐年应做之事，认真准备，认真进行，这样经过15年至20年的过渡，中国必定能够成为一个真正意义上的立宪国家，召议员，开国会，实行一切立宪政治。至于立宪预备的入手处，他们建议从厘定官制开始。至于逐年准备的事宜，大致要包括这样几个方面：一是逐步破除一切畛域，举国臣民立于同等法制之下，在法律、权利、义务面前人人平等；二是在中央预设临时议政机关，在地方酌设议会，为将来完全立宪做准备；三是充分吸收外国的长处，在学术、教育、法律、制度诸方面，集中外之长，以谋国家与人民安全发达；四是逐步区分皇室与政府的关系和各自责任，皇室经费和政府经费要分开；五是通过地方自治的试验，逐步确定中央与地方的各自权限；六是参照各国经验，逐步实行财政的预决算制度。
总而言之，在出访东西洋各国考察政治诸大臣看来，君主立宪政体利于君、利于民，不利于官，是到目前为止人类所发现的最不坏的制度。他们不仅从整体上以立宪有利于皇位永固、有利于外患渐轻、有利于消弭内乱这样“三个有利于”奏闻朝廷，而且还具体分析欧美日各主要立宪国家的权力构成及权力中心，以为美国是以工商立国的国家，纯任民权，其制度与中国不能强同；英国固然法良意美，但其设官分职，颇有复杂拘执之处，自非中国政体所宜，弃短用长，尚需抉择。与中国国情相似且其体制易于采择的，在诸考察大臣看来只有日本。日本虽万机决于公论，而大政仍出自君裁，以立宪之精神实行中央集权之主义，其政俗尤与中国相近。所以比较而言，诸考察大臣愿意向清廷推荐的，也就是说，他们估计清廷最愿意接受的，恐怕只有日本的体制。因此1905年的出洋考察，诸大臣虽然遍游各国，但其重心始终放在东邻日本。
考察政治诸大臣的建议充分考虑了皇权的重要性，他们的解释或许能够说服最高政治当局，但很难彻底说服那些反对者和怀疑者，因为所谓君主立宪毕竟在本质上是要以宪法的形式去约束、限制君主的权力，怎能说这个制度是利于君利于民呢？在他们看来，君与民从来就是对立的两极，利于君就不利于民，利于民就不利于君。所以，这些反对者怀疑者反复质疑中国立宪的必要性，认为中国走上君主立宪的道路，可能是看错了病吃错了药，中国长时期积贫积弱的症结可能并不在君主专制，恰恰相反，问题的关键在君主的权力长时期被削弱。他们甚至向最高统治层暗示，鼓吹君主立宪的人可能藏有一个大阴谋，因为这个新体制不仅妨碍君权，而且势必是利于汉而不利于满，与那些革命党人的主张在本质上相一致。
清廷原本就对立宪政治心存疑虑，之所以派大员出国考察东西洋各国宪政，其实是因为东三省问题而起，并不是发自清廷政治统治的内部需要，所以在反对呼声日高时，清廷最高层总是表现为退缩，赞成者和反对者以清廷为支点发生跷跷板的效应。清廷的犹豫徘徊使赞成立宪的人们深感失望，考察政治大臣镇国公载泽也愤怒异常，于8月23日向朝廷递交了一份密折，批驳揭露反对者的肮脏心灵，强调立宪政治的根本就是利于国利于民，而最不利于官，所以这些既得利益的官僚总是本能地反对。盖宪法既定，在外各督抚，在内各大臣其权势总不如往昔之重，其利必不如往昔之优，于是设为疑似之词，故作异同之论，以阻挠于无形。这些人的心思当然不是有爱于朝廷，有爱于国家，而是负隅顽抗竭尽全力保护自己的私权私利而已。载泽重申君主立宪的“三个有利于”，即有利于皇权永固，有利于外患渐轻，有利于内乱的消弭。这已被东西洋各国立宪历史所证明，是无须怀疑的事实。至于反对者散布的立宪是利于汉而不利于满，载泽认为这个说法非常荒唐不值一驳，现代世界竞争加剧，合中国全体之力都不一定能够迎头赶上，追逐世界潮流，岂有四海一家自分畛域的道理？现在的中国必须彻底破除满汉畛域，民族和解，为国家建万年久长之祚，而不能再像过去那样仅为一家一人之谋，而弃国家整体利益于不顾。
载泽的密折围绕着巩固君权进行分析，强调立宪政治对君权无损，对皇室有利，对国家有利，在很大程度上化解了两宫内心深处的忧虑。清廷最高政治层原本就对立宪政治、专制政治并没有太多太深的成见，他们所关心的不外乎君权神圣不可侵犯不可损害，服制不可更改，辫发不能薙，典礼不可废。除此之外，不论慈禧太后，还是光绪帝，当然都知道历千年而不变的道理：从来没有万世一系一成不变的法律制度，由君主专制向君主立宪转变大概真的是世界潮流，不可抗拒。
在载泽上密折的前后，封疆大吏和中枢大员也不断向朝廷施加压力，吁请朝廷顺应潮流，勇于改革，宣布立宪。8月12日，直隶总督兼北洋大臣袁世凯奏请立宪预备，宜使中央五品以上官吏参与政务，为上议院基础，使各州县名望绅商参与地方政务，为地方自治基础。
各方面不断强化的政治压力，以及载泽等王公大臣力挽狂澜的透辟分析，终于使朝廷痛下决心，于载泽呈递密折的第三天即8月25日毅然决然宣布按照预先计划继续进行，加派醇亲王载沣、军机大臣、政务大臣、大学士及北洋大臣袁世凯等会议考察政治大臣回京后向朝廷递交的十份文件，选择其中可行者，拟订方案，请旨办理。
朝廷之所以在这份御旨中命令袁世凯参与此事，大概是因为此时袁世凯也有重要建言，已俨然成为立宪政治的重要推动者之一。考察政治大臣戴鸿慈、端方等此时上的《奏请改定官制以为立宪预备》折，据说就是他们与袁世凯密商后由袁的重要幕僚张一麟起草的。这份奏折规范了预备立宪的政治路线图，建议朝廷以日本为榜样，宣布以15年或20年为期，达成完全立宪。至于这15年或20年中间的重要准备，奏折建议先从组织内阁作为突破点，也就是将皇室与政府进行必要的区隔，以维护皇室至上尊严。而组织内阁的入手处，奏折建议从改革官制开始。这大致描绘了一幅不伤筋动骨而又能实现君主立宪政治目的的和平改革路线图，因而获得两宫嘉许，遂急召袁世凯进京与王公大臣会商。
8月26日，袁世凯抵京。27日，袁世凯遂与醇亲王载沣以及军机大臣、政务大臣、大学士等就考察政治大臣所提出的十份文件进行两天密集讨论。在大的原则上，各位与会者一致赞成朝廷宣布预备立宪，只是在实施步骤轻重缓急等技术性层面，各位大臣的看法稍有差别。激进如袁世凯、徐世昌、张百熙及庆亲王奕劻等人主张从速实施宪政；略微保守的孙家鼐、铁良、荣庆等强调不要操之过急，力主稳步推进。至于预备立宪入手处，与会者大致同意袁世凯等主流意见，以为应该从官制改革入手，为将来实现完全立宪准备一个良好的制度架构。
高层会商的结果及时向朝廷做了详细汇报，两宫迅速同意了会商结果。1906年9月1日，皇上钦奉皇太后懿旨，宣布我大清王朝自开国以来，列圣相承，谟烈昭垂，无不因时损益，著为宪典。现在各国交往频繁，联系日密，政治、法度等，皆有彼此相因之势。而中国政令积久相仍，日处阽危，受患迫切，非广求智识，更订法制，上无以承祖宗缔造之心，下无以慰臣庶平治之望。出于此种考虑，朝廷先前派员出国考察各国宪政实况。现在各考察大臣回国陈奏，深以为国势不振，主要是由于上下相暌，内外相隔，官不知所以保民，民不知所以卫国。而各国之所以富强，主要是由于实行宪政，取决公论，君民一体，呼吸相通，博采众长，明定政体，以及筹备财政，经划政务，无不公之于黎民百姓。鉴于这些分析，朝廷认为唯有及时详细甄核，仿行宪政，大权统于朝廷，庶政公诸舆论，以立国家万年有道之基。不过，现在的中国各项条件还是没有办法与各立宪国家相比，规制未备，民智未开，如果操切从事，徒饰空文，就很难对国民而昭大信。所以经过慎重考虑，朝廷决定在宣布预备立宪的同时，强调廓清积弊，明定责成，从官制改革入手，亟应先将官制分别议定，次第更张，并将各项法律详慎厘定。同时，广兴教育，清理财政，整顿武备，普设巡警，使绅民明悉国政，以为预备立宪基础。御旨最后要求内外臣工切实振兴，力求成效，俟数年后规模粗具，查看情形，参用各国成法，妥议立宪实行期限，再行宣布天下，视进步之迟速，顶期限之远近。御旨要求各省将军督抚晓谕士庶人等，发愤为学，各明忠君爱国之义，合群进化之理，不要以私见害公益，也不要以小愤而败大谋。尊崇秩序，保守和平，逐步养成预备立宪体制下的国民。
清廷的政治宣示当然有许多保留，不过这个政治宣示毕竟意味着争论数年的君主立宪终于有了一个开始，大清王朝乃至整个中国历史由此发生一次巨大转折，传统中国向现代中国迈出非常重要的一步，因而受到中国社会各界的热情欢迎。9月3日，北京学界隆重开会庆祝朝廷宣布立宪，张灯结彩，锣鼓喧天，热烈庆贺。稍后，上海，直隶的天津、保定等通都大邑甚至僻壤遐陬，商界、报界、教育界无不开会庆祝，山呼万岁，对朝廷立宪举措给予充分肯定和深情期待。流亡海外的保皇党人也因此而捐弃前嫌，以为自己多年来倡导的宪政终于被清廷所接受，他们多年的奋斗与痛苦终于换来了一个不错的结果。为了与清廷立宪相呼应，流亡海外的保皇党人和国内的立宪党人遥相呼应，相继建立许多立宪团体，最著名的有康有为的国民宪政会、梁启超的政闻社，以及国内江浙地区的预备立宪公会、湖北的宪政筹备会、湖南的宪政公会、广东的自治会等。这些团体的共同目标一方面认同清廷的立宪举措，以为此举为中国历史上前所未有之盛举，先前数百年或数千年专制之局至此终结，且必将开此后数百年或数千年立宪之幕，一夜之间恍若隔世。慈禧太后、光绪帝由此获得空前殊荣，其政治声望达到顶峰。另一方面，这些立宪团体的相继成立，还肩负着重要功能，那就是以民间力量、社会力量促进清廷从口头的宣示走向实际的政治运作，要求清政府尽早召开具有制定法律、监督政府权力的国会，建立有实际权力的责任内阁等。他们期待中国历史的新篇章不要只流于形式和文字，而要有真实的内容和制度，真正拉近中国与世界的距离。
重建中央与地方权力系统
清廷1906年开始的预备立宪，是中国政治史上的重大事件，过去基于革命史观，总是比较恶意怀疑清政府的诚意，以为清政府特别是慈禧太后对权力的酷爱，不可能真的同意放权让权，再加上后来突发事件的影响，这些判断长时期左右了人们对清末政治史的认识。其实，实事求是地讨论晚清政治史，清廷之所以走上君主立宪的政治道路，当然有不得已的苦衷和不得不如此的国内外背景和现实压力，但是正如所有家天下的君主所认识的那样，朕即天下朕即国家，天下者为我的天下，国家者为我的国家，没有任何一个人会看着自己的天下国家一天天坏下去而无动于衷，所以即便从非常自私的观点看，清末君主立宪的诚意并不值得怀疑，因为君主立宪的宗旨已经说得很明白，这个政治体制是利于君利于民而不利于官。
朝廷在宣布预备立宪的第二天，即1906年9月2日，就动真格地宣布成立编纂官制馆，特派镇国公载泽以及世续、那桐、荣庆、载振、奎俊、铁良、张百熙、戴鸿慈、葛宝华、徐世昌、陆润庠、寿耆、袁世凯等酌古准今，上稽大清王朝法度之精，旁采列邦规制之善，折中至当，屏除成见，悉心妥订，共同编纂。又命端方、张之洞、升允、锡良、周馥、岑春煊等选派司道大员来京，随同参议。并加派庆亲王奕劻、孙家鼐、瞿鸿禨总司核定，候旨遵行，以昭郑重。
两天后（9月4日），官制编纂大臣举行第一次会议，讨论相关事宜。紧接着，清政府于9月6日下令成立官制编制馆，以孙宝琦、杨士琦为提调，金邦平、张一麟、汪荣宝、曹汝霖为起草委员。陆宗舆、邓邦述、熙彦、吴廷燮、郭曾炘、黄瑞祖、周树模、钱能训等为各课委员，参与具体政策的讨论和制定。六部及财政处、练兵处等亦派有专人参与相关问题的讨论、政策制定等。
经过一段时间的调查、讨论和研究，并参照东西洋立宪各国的成例，官制编纂大臣们针对当时官制中的混乱之处进行仔细排查，认为此次官制编纂最重要事项就是要理顺中央官制权限不分、职任不明、名实不符等弊病。9月18日，载泽等编纂官制大臣上厘定官制宗旨折，建议从五个方面入手重建中央层面的官制。
一、此次厘定官制，遵旨为立宪预备，应参仿君主立宪国官制厘定。
二、厘定官制因旧制精义寝失，名实不符，或事无专责至先推诿，或人无专事致多废弛。故此次厘定要旨，总使官无尸位，事有专司，以期名副责成，尽心职守。
三、立宪国通例，俱分立法、行政、司法为三权，各不相侵，互相维持，用意最善。三权分立而君主大权统之。现在议院遽难成立，先从行政、司法厘定，当采君主立宪国制度，以仰合大权统于朝廷的谕旨。
四、钦差官、阁部大臣、京卿以上各官，作为特简官；各阁院所属三四品人员，作为清简官；各阁院所属五品至七品人员，作为奏补官，八九品人员，作为委任官。
五、厘定官制之后，原衙门人员，不无更动，或致闲散，拟在京另设集贤、资政各院，妥筹位置，分别量移，仍优予俸禄。
很显然，这些原则虽与1898年康有为提出的方案有许多相似性，比如特简官、清简官、奏补官、委任官的区分，集贤、资政各院的设置，但是一个最明显的不同，此次官制改革的宗旨是在稳定的前提下先易后难稳步推进，并不企求一次性解决所有问题。9月27日，侍读学士柯劭忞奏请朝廷在厘定官制时不可一切更张，完全推倒重来。28日，御史蔡金台建议朝廷在厘定官制时应将阁部督抚州县之权给予适当限制。30日，铁良与袁世凯在官制改革问题上的冲突公开化。大致说，袁世凯主张大改，主张取消军机处，设立责任内阁，裁撤合并一些衙门；而铁良主张小改，反对建立责任内阁，主张在官制改革中削减督抚权力，集权于中央，主张设立陆军部统辖全国军队，限制官吏兼职等。10月1日，御史赵启霖建议朝廷在官制改革中分步进行，逐渐变更，先中央后地方，待中央层面的改革大致完成后，再进行地方官制改革。鉴于这一系列建议和当时的实际情况，清廷在改革之初就明确分步实施先易后难的大原则，明确划出中央官制改革中“五不议”的范围，即军机处不议，内务府不议，八旗事不议，翰林院事不议，太监事不议，以此减弱改革压力和阻力。
尽管有如此明白的政策限制，但在讨论过程中还是出现许多争论和问题，特别是对许多裁撤合并的机构究竟怎样处理，对于那些因机构裁撤而自动下岗的人员如何安置等，也都引起许多无休止的争论。其实争论的本质问题就是能否实行责任内阁制，赞成的人以为这是君主立宪的关键，是使君主摆脱日常事务，使君主立于从不犯错永远正确的至上地位；而反对的人则以为责任内阁在本质上是剥夺削弱君主的权力，是率天下士大夫背叛朝廷，不如正在实行的军机处体制能够保证皇权有效执行，保障皇权的至上尊严，更重要的是能够方便国家动员，能够使朝廷有力量有办法动员一切力量做大事。
从来的改革乃至一切政策的制定都是各方力量妥协的产物，原本计划通过此次官制改革一步到位，达成君主立宪体制的想法，终于在反对力量的压力下有所收缩。原本准备以军机处为基础改制为内阁体制的想法几经折腾已经严重变质，不再具有君主立宪政体下责任内阁的意义；仿照日本内阁体制设置的内阁总理大臣、左右副大臣也就不必再提。改革后的中央部院设置为外务部、民政部、财政部、陆军部、法部、学部、农工商部、交通部、理藩院、吏部等。另外，由于议院暂时没有设立条件，所以改政务处为资政院，礼部为典礼院，大理寺为大理院，都察院仍旧，增设集贤院、审计院、行政裁判院和军咨府等。
总司核定大臣奕劻、孙家鼐和瞿鸿禨等对这个方案反复核查，最后又决定将财政部改为度支部，交通部改为邮传部，取消典礼院，恢复礼部，将行政裁判院、集贤院删除。11月2日，这个方案报给了朝廷，并详细说明这个方案与君主立宪主旨相近，对于清除过去中央官制中的积弊应该很有帮助。
对于君主立宪体制下不能没有的内阁体制，这个方案釆取变通办法，建议改今日军机大臣为办理政务大臣，各部尚书均为参预政务大臣，大学士仍办内阁事务。虽名称略异，而规制则同。中央行政机关分之为各部，合之皆为政府。各部尚书入则同参阁议，出则各治部务。如是则中央集权之势成，政策统一之效著。
中央官制改革方案得到了朝廷的高度重视，又几经讨论反复斟酌，朝廷于11月6日发布厘定中央官制改革方案的谕旨，对先前一切讨论有所尊重有所采纳，当然也有所抛弃或调整。谕旨宣布，此次中央官制改革的指导思想是专责成，清积弊，求实是，去浮文，期于厘百工而熙庶绩。根据这个指导思想，御旨内阁、军机处一仍其旧，其理由为，军机处为行政总汇，雍正年间本由内阁分设，取其内接近庭，每日入值承旨，办事较为密速，相乘至今，尚无流弊，所以不必刻意废除，为了改革而改革。
谕旨强调，内阁、军机处一切规制不必改动，其各部尚书均命充任参预政务大臣，轮班值日，听候召对。至于中央各部院，外务部、吏部，均照旧；巡警只是民政事业的一部分，所以命巡警部改为民政部；户部改为度支部，以财政处并入；礼部以太常、光禄、鸿胪三寺并入；学部仍旧；兵部改为陆军部，以练兵处、太仆寺并入；另行设立海军部及军咨府，在其未设立之前，其职权归陆军部；刑部改为法部，专任司法；大理寺改为大理院，专掌裁判；工部并入商部，改为农工商部；轮船、铁路、电线、邮政应设专司，定名为邮传部；理藩院改为理藩部。这就是改革后中央各部院行政架构的大致框架。不难看出有新有旧，具有非常明显的过渡特征。
至于中央各部院行政主脑的职权、职数，1906年的改革方案也有很好的规划，谕旨强调，除外务部情况特殊，各部均设尚书1人，侍郎2人，不分满汉；都察院本纠察行政之官，职在指陈缺失，伸理冤滞，改为中都御史1人，副都御使2人；六科给事中改为给事中。与御史各员缺均暂如旧。
至于新增设的机构，首推资政院和审计院。资政院的功能是博采群言，为将来开设议院作准备；审计院的功能为核查经费，为政府行政开支把关。
还有宗人府、内阁、翰林院、钦天监、銮仪卫、内务府、太医院、各旗营、侍卫处、步军统领衙门、顺天府、仓场衙门等，谕旨决定在此次改革中暂不涉及，一仍其旧。
谕旨发布的同一天，清廷便就参照新章程对中央人事作了调整，宣布奕劻、瞿鸿禨仍留在军机处，世续补为军机大臣，林绍年以侍郎用，在军机大臣上学习行走。鹿传霖、荣庆、徐世昌、铁良均开去军机大臣，专管部务。
第二天，清廷又宣布了改组后中央各部院尚书。外务部情况比较特殊，仍按照旧的体制运行，以奕劻为管部总理大臣，那桐为会办大臣，瞿鸿禨为会办大臣兼尚书。其余各部院尚书名单为：鹿传霖长吏部，徐世昌长民政，溥颋长度支，溥良长礼部，荣庆长学部，铁良长陆军，戴鸿慈长法部，载振长农工商，张百熙长邮传，寿耆长理藩部，陆宝忠为都察院都御使。
从清廷批准的改革方案看，此次中央行政机构的改革大体上遵循稳步推进的方针，既没有推倒重来，又没有形式主义走过场。这个方案的亮点在于清廷终于迈出宪政的步伐，终于在行政架构上向立宪政体靠拢，确认三权分立的原则，尤其是新增设的资政院和审计院，确实是在为未来君主立宪完全达成做着扎扎实实的准备，为三权分立的真正实现创造条件。至于不被人们充分关注的军事管理体制改革，更是过去十多年同类改革的集大成，是一次非常重要的体制创新，陆军部、海军部的创设，使中国传统军种发生了重大变化，顺应了世界潮流；至于新创设的军咨府，更是一个非常重要的军事机构，其功能类似于日本军队的大本营或参谋本部。这些建议在甲午战后就有人提出，在1898年差一点变成事实，不幸都因种种原因而中止。现在重新提出并一举创设，应该说是体制上的一次重要创新，是中国政府、中国军队管理体制向世界各国看齐的一个重要步骤，军政、军令开始分开，中国的国家体制确实迈出了关键性的步伐。
当然，也有许多人对清廷的这个改革方案非常不满意，以为清廷宣布的最终方案非常令人失望，几乎所有的改革仍是本来面目，军机处继续为权力中枢，礼部仍旧保存，至于许多中央部院的改革，说到底也不过是更换一个更加时髦的名字而已，职权未变，本质未变，于是这些不满者以为这次所谓的中央官制改革不过是一个“弥缝主义”而已，是“伪改革”，徒为表面之变更，而无内容实质之变动，只是承袭了立宪国的皮相而遗漏其精神，是龙头蛇尾因循守旧的假改革。
更有激烈反对者，以为清廷的所谓改革不过是借改革之名而收缩中央大权而已，巩固满洲贵族集团的集权统治而已。他们的一个重要论据是，改革后的中央部院均各设尚书1人，废除了改革前各部院尚书2人，满汉各1人的成例。而从改革后11个中央部院共13个尚书构成实际情况看，满人占了7个，蒙古人1个，汉人只有5个。相比之下，改革前满汉尚书是一对一，现在却明显减少了汉尚书的名额。这一点确实为后来的政治纷争埋下了种子，潜伏着危机。
改定中央官制只是1906年官制改革的一个环节，官制改革的另外一个重要环节是地方官制的改定与重建。
清代的地方官制情况各地不一，并未在全国范围内实行统一的地方制度，而是因地制宜予以变通。大体上说，在中原腹地，继承元明以来的行省制度，实行统一管理和统一制度。至此次改革之前，大致实行省道府县四个层级。省的最高行政机构为督抚衙门，最高行政长官为总督为巡抚，之下大概实行类似于三权分立的体制，有专司政务的布政使（全称承宣布政使司，简称藩司），专司治安的臬司（提刑按察使司），专司司法、检察的按察使。另有中央政府直接任命和管理的学政，负责省内教育。省以下为道，道置道员，俗称道台，亦称观察。道员的职责是协助督抚及藩司、臬司等省级层面管理属地政务事务，并监督府县，课农桑，兴贤能，励风俗，简军实，固封守，其地位职守都介于省与府县之间。道以下有府，府的行政长官为知府。府以下设县，县有知县。
除中原腹地行省制度外，在东三省、蒙古、西藏等周边地区，清政府实行更为宽松的特别制度，其中东三省为龙兴之地，制度最为特殊。至于京师，继承明朝制度略有调整，设置顺天府，作为中央直属的特别行政区，是首都最高行政机关；顺天府尹为正三品，且一般由尚书、侍郎等层级的中央大臣兼任。顺天府虽在直隶总督的辖区内，但其府尹与直隶总督不存在隶属关系。
清代的地方制度，中间有过几次改革和调整，特别是对于督抚同城现象，早在洋务运动之末就有一些批评。1895年开始的“维新时代”曾尝试着解决这些问题，比如裁撤同城督抚之一，比如湖南新政中尝试成立保卫局等。只是后来政治突然变化，许多新政措施不得不中止。1901年新政开始后，地方行政管理体制的改革再一次提上日程，其要点及核心就是怎样增加地方的权限，怎样减少管理层级，减少官员人数，提高行政效率。
至1906年宣布预备立宪后，地方行政改革再次引起了各方面的重视。这一次的改革要点当然是为地方自治和宪政体制的实行准备条件，为将来实施宪政奠定基础。1906年11月5日，官制编制馆拟定的外省官制改革方案公布，电请各省督抚裁酌。第二天，朝廷责成奕劻等官制编制王大臣陆续编订各省地方官制，并会同各省督抚筹备地方自治。
对于中央官制编制馆的方案，各省督抚都进行了仔细的研讨，对各种方案进行比较和加减，然后通过相关渠道上报中央。各省督抚的大致意思是，全国幅员广阔，人口众多，各地风俗不一，发展也不平衡，所以制度的制定应该充分考虑到各地的特殊情况，本着宪政的精神和原则进行，允许有先后有迟早，不必强制一律，强制推行。
各地督抚的建议合情合理，所以清政府在1907年初决定参照各地在人才、经费、民智等各种因素不平衡的实际情况，分阶段逐步推行，先从东三省这一根本重点尝试着试点，待取得一些初步经验后逐步推广。
东三省为大清王朝的龙兴之地，尽管自1900年先后被俄国和日本占有，但这块热土一直被朝廷视为特别区域，一直实行比较特殊的政治架构和统治政策。东三省的最高长官为将军，由满族或蒙古族人担任，在吉林将军和黑龙江将军的署下，参照中央政府的政治架构，分设有户、礼、兵、刑、工五司。在陪都盛京，也就是后来的沈阳，其体制又稍有不同，因为这里才是真正的龙兴之地，1625年清太祖把都城自辽阳迁至沈阳，并着手在那里修建了皇宫，所以清太宗皇太极于1634年将沈阳改为盛京。1644年大清王朝迁都北京后，就将盛京定位为留都，实行特殊的行政体制，陆续设立户、礼、兵、刑、工五部，各部设侍郎，置内大臣为总管，留守盛京。稍后，又改内大臣为镇守昂邦章京。至康熙元年（1662），改镇守昂邦章京为镇守辽东等地地方将军。1657年，朝廷以“奉天承运”之意在沈阳设奉天府，沈阳又名奉天，原镇守辽东等处地方将军改称镇守奉天等处地方将军。乾隆十二年改称盛京将军，主要负责当地军政事务，兼管奉天府尹事务大臣，监督府尹。奉天府的设置参照了京师特别行政区顺天府的行政架构和功能，甚至在某种程度上说，其体制的崇严较顺天府有过之而无不及。
按照清廷最初设计，东三省为其最根本的根据地，所以并不允许关内人民迁至该地，而是实行封禁政策，除原有居民外，就是驻防在那里的八旗。因此东三省的政治架构除了体制崇严，之所以设置为将军，继续保留军事化、半军事化的政治框架，主要是因为那里的政务实在简单，除了极少量的居民有民政需求外，就是管理那些八旗。只是到了后来，随着流民不断流入，土地开垦不断扩大，商业发达，城市兴起，非军事人口不断增加，于是清政府不得不在一些经济发达地区陆续设立地方行政机构，以加强社会管理，维护社会秩序。
