陆奥的分析是对的。李鸿章既然来谈判，当然就要竭尽全力说服对手相信他的判断，这样才能使谈判顺利进行，才能使中国在后来的协议中尽量减少损失。然而，由于陆奥在一开始就对李鸿章的用心有诸多怀疑，这也在实际上为李鸿章的谈判增加了不小阻力。
第一次会晤时，伊藤、陆奥都觉得李鸿章住在船上实在不便，“谆请李鸿章移寓公馆，预备整洁，允明日暂移，以便就近议事”。(34)
3月21日午后两点半，李鸿章与伊藤博文各自率领自己的团体如约在春帆楼举行第二次会谈。在简单寒暄后，迅即进入正题。日本方面首先提交昨天中方所交停战备忘录英文回复：“大日本帝国全权办理大臣以为，本埠与两国构兵之地相距辽远，而以议约停战为妥结和局首行要义，本大臣等未能遽以为然。惟果能立定条款，可保两国获益相等，则不妨允行停战。大日本帝国全权办理大臣体察现今军务情形，并顾虑因停战所生局面，将停战要款胪列于左：
日本国军队应占守大沽、天津、山海关并所有城池堡垒。
清国军队之驻上开各处者，应将一切军器、军需交与日本国军队暂管。
天津、山海关间铁路，当由日本国军务官管理。
停战期限之内军事需费，应由清国支补。
如允上开各条款，则停战日期、停战限期，以及日清两国军兵驻守划界，并其余细目，应即行提商。
大日本帝国全权办理大臣为回复此文，并预防将来或生误会，兹特声明：向者，当清国政府提商停战，由帝国政府所复一节，并非如贵钦差头等全权大臣阁下节略内所称。因将当时帝国政府所寄电文载明于下：
又纵令日本国政府允准停战，凡关系停战要款，非两国全权大臣会见之后，日本国政府不为述明。”(35)
日本翻译官将这份文件宣读后，另备中文一份交给参议李经方。李经方浏览一过转呈李鸿章。这时，陆奥表示，英文字句较为明晰。于是罗丰禄又将英文译诵一遍。
在这个过程中，李鸿章也将中文文本翻看默读一遍，不免大吃一惊，这些内容显然远远超出他预先估计和朝廷预案。据陆奥观察，李鸿章此时似甚惊惶，面为改色，口中连呼“过苛过苛”。(36)
日本之所以提出如此苛刻休战条件，按陆奥解释，是因为在日本预案中根本就没有停战这个环节，而从战场态势看，日军气势如虹，更没有停战需要，日本原想要的是让中国人在武力面前屈服，主动媾和谈判，但中国人却提出了停战要求。而中国的这个要求，从常理上说也是合理的，日本如果拒绝，显然也就违背了国际交往惯例，势必引起其他不必要麻烦。因而日本方面在收到中方拟请停战备忘录后，认为必须提出非常严厉的休战条件，要使中国无法接受，方才有可能迫使李鸿章自动撤回休战要求，重回媾和谈判。李鸿章认为休战条件过于苛酷，中国政府实在无法接受，他希望日本政府能够重新考虑，再提出稍为宽大的休战方案。
李鸿章的苦苦哀求，原本就在日本人预料中，甚至在某种程度上说，这就是日本人所要的效果，日本人当然不会接受李鸿章的哀求再提方案，伊藤表示，中国使臣如果对日本方案另外提出修正案，日方对于该修正案当不拒绝进行商议，但不能考虑再由日方自行提出另外方案。也就是说，李鸿章可以不满意这个方案，那就在这个方案基础上提出修正吧。谈判的主动权完全在日人掌控中，李鸿章处于全面防守状态。
当天的讨论只是围绕着休战这一主题，李鸿章一再请求日方再加考虑，日方则一再拒绝表示不会再考虑。李鸿章的理由非常简单，那就是日本军队现在并没有占领大沽、天津和山海关等处，那么为什么要在停战条款中规定加以占领呢？而日方理由也很简单，那就是，日军此时没有对这几个地方进行占领，还没有打到这些地方，但如果不休战，日军不是很快就能打到这几个地方吗？因此，在讨论停战问题上，必须考虑双方利益，中国军队以停战为有益，那么日本军队就应占领这几个地方作为停战抵押。因为这毕竟只是停战、休战而不是终局，一旦和议不成，重新开打，日本军队没有险要可守，而中国军队经过休战、休整，那不明显让日本军队吃亏吗？
日本方面提出的条件很过分，但却说得振振有词。只是日本人在战场上还没有得到的东西，希望通过这样的谈判去获取，在中国方面，特别是对谈判者李鸿章来说，实在有点太难堪。李鸿章在当天讨论中从大局、从小我各个方面进行解释，希望日方能理解他的难处、苦衷。
从小我方面，李鸿章说得非常痛心。他强调，你们请我来到此地议和，一个七十多岁的老人之所以同意前来，实在是出于诚心诚意，现在刚刚说到停战，你们竟然这样不给面子，反而先要占据这三处险要之地。我身为直隶总督，这三个地方都归直隶管辖。如此，与我直隶总督脸面有关。试问伊藤大人设身处地，将何以为情？
对于李鸿章提问，伊藤真的不含糊。他表示，中堂来此，两国尚未息兵。中堂为贵国计，所以提议停战；我为本国计，停战就只有这样一个办法。
从大局层面，李鸿章说得也非常痛心。他表示，我和伊藤大人都是各为其主，忠心为国，但也应从远东、世界大局进行考虑。中国素来无意与外国交争，所以在此次战争不幸爆发后，中国军队基本上都是新招来的，没有经过很好训练，所以在战场上不如人。现在既然到了如此地步，中日两国是如此近邻，今后无论如何不可能一直这样争下去，两国必须和好，必须相处。但要想让两国人民友好相处，日本不能因为战场上的胜利而太不给中国人面子，假如中国上下都因为此次议和而伤心，那么即便我们在这里谈成了和平，这种和平断难持久。如天津、山海关，从来就是北京门户，务请贵国不要下令往攻这几处地方。否则，京师震动，中国难堪，我也难以为情。且此次争端，只是因为朝鲜。现在中国军队已撤出朝鲜，退至奉天，日本军队此时并没有到达直隶。所以李鸿章建议日本政府，还是不要下令军队往攻天津、山海关直隶地面。假如日本能这样做，那么不谈休战，直接开谈媾和也可以。
直接开谈媾和条件，原本是日方要求，然而当李鸿章这样表示时，日本方面执意要让李鸿章先撤回停战提案，否则日本不能提出媾和条件。至此，李鸿章似乎明白了日本媾和条件不会那么简单了，这或许是中国不能承受之重。于是李鸿章稍转辞锋，表示中日两国本来就是天然同盟国，日本如诚心期待永久和平，那么就应给中国留有面子。在现在形势下，日本虽具有对中国提出任何要求的资本，但其要求以适可而止为宜。如果强要超越其程度，恐怕日本只能取得和平的虚名而不能得和平实利。
李鸿章的恳切哀求、声情并茂的诉说，始终无法打动伊藤博文铁石心肠，伊藤始终不愿在休战条件上做任何让步。在这种情形下，李鸿章对于日方提出的撤回停战要求无法回答，请求日方能宽限几天，让中方好好考虑考虑。日方同意这项要求，但规定必须在三天内给予明确答复。
第二次谈判就这样结束了。(37)
遇刺：一个意外带来的契机
李鸿章无法答应日方强占山海关、天津等处作为停战抵押的要求，谈判中断。在中断几天时间里，日军加大进攻力度，一举攻下澎湖列岛，试图迫使中国在谈判桌上非让步不可。
中国在军事上一败再败，中国防线已形同虚设，再打下去只有更大损失和更不忍面对的羞辱，所以无论如何，中国都必须尽快与日本达成妥协。而要想达成妥协，就必须让步，让日本有所得，否则日方迟迟不愿进入媾和阶段，且在战场上一直处于进攻态势，那么要不了多久，日军必将挥师华北，兵临城下，或直接占领京师，重演1860年故事。到那时，中国的代价更大。
第二次谈判结束后，李鸿章将会谈情形特别是日本的要价向朝廷做了报告，李鸿章的判断是“要挟过甚，碍难允行”。(38)日方给三天时间予以考虑。
光绪帝接到李鸿章密电后，“为之动容，欲请宁寿宫起，而慈躬未平，逡巡而退”。(39)想找慈禧太后讨个主意，而太后却在这个时候不幸病倒了。光绪帝在与枢臣商量后，委派恭亲王、庆亲王、孙毓汶、徐用仪等前往各国公使馆，通报李鸿章与日所谈情况，请求各国能在如此困难情形下劝说日本不要太为难中国。各位公使对中国处境深表同情，但爱莫能助，他们的大致意见是中国应先搁置停战请求，转而集中精力于媾和谈判，先索要议和条款才是正路。
据各国公使建议，3月23日（二十七日），朝廷向李鸿章发出指示：“两电均悉。第二电中未载辩论之词，不知日内又有续议否。阅所开停战各款，要挟过甚，前三条万难允许。必不得已，或姑允停战期内认给军费，但恐只此一事，仍难就范。昨令奕劻等与各公使面商，均以先索和议条款为要。可告以中朝既允议和，无不推诚相与，可允必允，无须质当。其停战期内认给军费一节，可以允许，若彼仍执前说，则以难允各条暂置勿论。而向索和议中之条款，务将朝廷诚心议和之意切实讲论，婉与磋磨，总以先得议款为要。”(40)
3月24日（二十八日）下午，李鸿章根据朝廷指示，与伊藤博文恢复会谈（第三次会谈），地点仍在春帆楼，双方出席人员与前同。寒暄数语，李鸿章就上次日方停战要款节略做答复，将中文正本交给伊藤博文，将英文译本交给罗丰禄，令其宣读。
中国政府在复文中表示，日方所复停战节略内要款情形，万难照办，并表示本大臣尽心议和之始愿，从未稍减，以期两国和局早日达成。
李鸿章的决绝答复和重大转折肯定出乎日方预料，伊藤博文和陆奥宗光边听边看边议论，他们两人似乎一时间没有了主意，不知如何应对。伊藤博文吸烟良久，遂问李鸿章是否真的要将停战请求撤回，或者将停战之议搁置起来？
对伊藤疑问，李鸿章做了肯定答复，强调此行专为议和来。我年事已高，从未外出，今次本国目睹时艰，且知我与贵大臣有旧，所以特派我前来。由此足证我国诚心讲和。
伊藤接着说，所议之事，一经议定，必须实力践行。查贵国与外国交涉以来，所允者或未照行。日本以此事所关重大，派我来办；凡已应允者，必能见诸施行。唯望贵国能够做到这一点。
针对伊藤的指责或暗讽，李鸿章直接挑明，表示贵大臣所言，大概指道光末年中国与外国初交时。咸同以后，所订一切约章皆经批准施行；即十数年前与俄国所办伊犁交涉稍有龃龉，随后即派使妥善了结。
李鸿章的解释大约也起不到多少作用，伊藤博文进而强调，过去的与别国的事，现在也无心讨论，现在要强调的是此次议和，可是两国委派头等大臣进行的谈判，中国政府如果在议定后不能执行，不仅有伤国体，而且战端必然重开，战火复燃。中日议和就是要结束战争，更是面向未来，重缔旧好。我们都是各自国家重要人物，如果议而不能执行，那可就将笑话闹大了。至于中国政府今天提出的答复，伊藤表示，容日本政府再加考虑，明天答复。当天会谈就此结束。
会谈结束时，李鸿章郑重叮嘱一句，此次议和，希望日方别节外生枝，所提交的议和条款，最好不要触及第三国利益，不要妨碍中国与他国已有协议。换言之，李鸿章希望日本政府在媾和条约中不致有刺激他国感情的条款，希望媾和问题尽量限定在中日两国间，以避免他国参照追加均沾利益，更担心他国进行干涉。
李鸿章的这个提醒究竟有多少深意，也确实很难说。但由于中日两国心结尚未解开，李鸿章这一说法立即引起日方怀疑。他们认为，李鸿章这个说法是掩耳盗铃的外交辞令，因为自危机爆发后，中国政府特别是李鸿章几乎一直要求列强介入，倒是日本政府几乎始终如一拒绝第三国干预，将这个事件始终控制在中日两国间，即便是双方都接受的美国，也只是将他们定位在传信人层面，不让他们介入任何实质性讨论。李鸿章这个提醒，引起日本人的深切忧虑，他们弄不清李鸿章葫芦里到底装的什么药。于是伊藤这样回答李鸿章：本问题完全为中日两国间的问题，非他国所应干涉者，所以我们也不相信有什么细节会引起外国干涉的可能性。
伊藤大约有一种被李鸿章耍弄的感觉，他虽然觉得李鸿章坦诚、果断，但对李鸿章的政治经验、计谋，实在有点摸不着脉，李鸿章这些随便说出的话语使他们不明所以，于是他们将计就计，说些闲话以引起李鸿章的猜疑。伊藤在接下来的闲聊中突然说到台湾，表示日军现正在向台湾发动进攻，他问李鸿章，台湾百姓与朝鲜人相比，是比较好统治，还是比较难统治？
对于伊藤的闲话，李鸿章自然很敏感。他立即表示，贵大臣突然提及台湾，想遂有往踞之心？日本不愿立即停战的原因，难道也是因为台湾吗？李鸿章明白告诉伊藤，你们如果有意占领台湾，必将引起英国不满，我刚才所说的担心他国干涉，其实就是指的这件事。
李鸿章的威胁并没有吓住伊藤博文。伊藤表示，日军攻取台湾，只是中日两个国家间的事情，与他国无关。中日现在是两个敌对国家，处于战争状态，他国无权干涉。日军所向无敌，贵国版图中的任何地方，只要日军准备占领，就没有做不到的，任何国家都无权干涉，更没有能力拒绝。
伊藤博文气势汹汹当然只是表面，他内心深处或许如李鸿章所预料的那样，至少不希望与英国发生冲突，所以他接着又有这样的表示：台湾是中国的，但是中国政府如果决定将台湾奉送给别国，相信别国必将笑纳。伊藤的真实意思，显然是准备在媾和谈判中索要台湾，这一点李鸿章大约也看出来了。台湾究竟能否保住，端的要看李鸿章的本事，看大清帝国的实力了。(41)
闲话后，李鸿章在随员陪同簇拥下，退出会场，乘轿子返回住处，时间大约在下午四时十五分。十五分钟后，李鸿章一行途经外滨町邮便电信局前，也就是距离住处仅有五十米处，突然从拥挤围观中国头等大臣的人群中冲出一个人，直至轿前，用手摁住轿夫肩膀，趁轿夫惊讶停止前进之际，举枪朝李鸿章开了一枪，击中李鸿章的左眼下颊骨，“血流不止，子未出，登时晕绝”。(42)既弄不清究竟是怎么回事，也不知道自己的伤情有多重。眩晕时许，李鸿章恢复平静，他知道子弹只是击中了左颊，并没有生命危险，所以他稍事整理，缓慢走出轿子，神态自若，徒步登上台阶，走回旅馆，充分表现了一个成熟政治家的风范、气度、沉着、冷静。
据凶手小山丰太郎最初供词，“东京郡马县人，因鸿主战，不能保持和局，屡欲前往中国行刺。今闻来马关，欲杀害，二十八甫到，拟狙击胸部，误中左眼下云，并未供另有指使”。(43)其行凶目的显然此处说反了，不是李鸿章主战而欲杀害，而是他不满意于李鸿章前来议和，破坏了日军吞并朝鲜，踏上中国大陆，进而分解中国、占领北京的战略目标。为了日本前途，为了激励日本军人向中国发动全面进攻，小山丰太郎坚决反对中日议和，决心向李鸿章行刺，就是要鼓动日本人扩大战争，割让更多中国土地。
小山丰太郎的行动并没有达到其主观目的。甚至相反，他的行动帮了中国一个大忙，李鸿章以一人之身为大清帝国挽回了莫大损失，正如陆奥当时就指出的，这真是大清帝国举国之大幸。
李鸿章遇刺时，陆奥正与李经方就明天的谈判留在春帆楼进行商谈，他们两人对坐刚要开始谈话时，忽然有人匆忙推门进来报告，说李鸿章在归途中被暴徒狙击，身负重伤。对于这个消息，陆奥、李经方都深感震惊。陆奥立即对李经方说，对此令人痛恨的事情，日本政府当尽力之所及，采取善后措施；你赶快回旅馆看看，有什么事情及时联系。
李鸿章遇刺，痛苦的是李鸿章个人，但对整个谈判确实是一重大转机，而且是对中国非常有利的一个转机。据陆奥回忆，他与李经方分手后，一刻也不敢停留，就赶往伊藤博文住处，然后两人一起赶往李鸿章行馆进行慰问。当李鸿章被刺急电到达广岛行宫时，日本天皇也深为震惊，立即派遣宫廷御医前来为李鸿章疗伤。皇后亲制绷带下赐，并加派护士照料，给予李鸿章最郑重待遇、礼遇。25日，天皇发布御旨，声明“中国现在虽与我国兵争未息，而按照仪节格式，钦派头等全权大臣前来缔结和局，经朕遣派全权大臣等前赴马关会议，我国应有责成，确遵万国通例优待中国钦差，方与国家体面相符，并应优予护卫，以资保安。朕业已迭降特旨，敕令文武官员懔遵办理去后。现查遽有不法凶徒，下贱已极，竟敢伤及中国头等全权大臣之身，朕心深为忧愁惋惜，其凶犯自应饬吏按照国律内最严之刑办理。兹特明降谕旨，通饬官民钦遵旨意，保我国家荣耀声名，庶不致再有此等狂悖不法情事，而损我国家之光誉也”。(44)
天皇御旨，对李鸿章固然是很好的安慰。但更重要的是，刺杀事件在日本国民中产生极其重要的影响，“举国惊悚”(45)，“因此凶虐狂悖之事，万分忧愁，举国上下皆抱此情怀”。(46)国民极端痛苦，甚为惋惜，稍现狼狈之色，因为在自以为文明的国度里，竟然发生这样的野蛮事件，确实也够丢人的。为弥补缺憾于万一，日本国内公私团体代表以及个人，在那些天纷纷前来马关李鸿章的行馆进行慰问和探视，或赠送种种礼品，日夜络绎不绝。其在远地者，也以电报或书信表示慰问。李鸿章行馆门前，车水马龙，麇集如市。日本人这种集体无意识的举动，无非是向世界证明，一个丧心病狂的凶徒不能代表日本国民，日本国民是讲道理有礼貌的。
对于日本国民这些表现，日本政府并不满意，他们认为国民太矫情，有失中庸之道，显得虚假、做作，只注意到了门面、表面功夫，而没有想到此事后果。陆奥说，当中日开战后，日本国内各种报纸，以及在公私集会上，对中国官民弱点，莫不夸大其词，极尽谩骂诽谤之能事；甚至对李鸿章的身份，也痛加诋毁，发出一些不堪入耳之词。但是，还是这些人，他们现在对李鸿章遇难表示惋惜时，却一变过去态度，往往说出类似阿谀恭维言辞。甚至有人列举李鸿章以往功业，说东方将来安危，系于李鸿章生死。日本全国到处与其说是惋惜李鸿章遇刺，毋宁说是畏惧因此而产生的外来责难。直至昨天，尚沉醉于因战胜而极端狂欢的日本社会，竟然在一夜之间恰似陷于居丧悲境。人情反复如波澜，固无是非可言，陆奥感到遗憾，感到惊叹。陆奥知道这件事情的后果，最终一定要在中日议和协议上反映出来，日本或许不仅在道义上失分，可能更重要的，在实际利益上将有非常大的不利，中国政府特别是李鸿章一定会利用这个事件做文章，化被动为主动，为避免最坏局面，陆奥明白告诉李鸿章：“中堂身受重伤，幸未致命。中堂不幸，大清举国之大幸。此后和款必易商办。”临别不忘叮嘱李鸿章：“请宽心养伤，中日战事将从此止。”(47)
不能说李鸿章没有利用这件意外事件的念头，他在当天晚间与顾问科士达的谈话，多少表明他对日本政府的抱怨(48)，进而也会考虑到这件事情会给此次议和带来怎样的后果，他在稍后发给朝廷的电报中对日本官民的心态进行分析，以为日本国民纷纷前来慰问，当然有助于和议顺利进行，“倭举国震悚，慰问纷来，和议冀渐就绪”。(49)但是说到底，国民的这种情绪不过是粉饰门面而已，对议和谈判不会构成非常大的压力，并不会帮助中国政府减少损失。所以，中国要在这次事件后争取主动，还只能依靠自己的智慧、能力，李鸿章似乎决定按照自己的思路与日本周旋到底，他的决定出乎日本预料，他打出一副绝妙的悲情牌。
而在日本政府的判断中，以为日本政府如不乘此时机采取善后措施，即有发生不测的危险，因国内外形势，已不容日军继续进攻。更可怕的是，他们担心李鸿章以负伤为借口，中途归国，一走了之，并对日本国民的行为痛加指责、非难，巧诱欧美各国，要求各国再度斡旋。而欧美在国内舆论压力下，难保没有几个国家同情中国，同情李鸿章，假如出现这种状况，日本肯定要陷入空前被动，也就不得不在对中国要求上大幅让步。
基于这种顾虑，日本天皇、皇后，伊藤博文、陆奥宗光在第一时间的表现，其实都有挽留李鸿章继续谈判的深层意思。
优厚待遇、礼遇当然能换取李鸿章的理解，但正如陆奥所担心的，以李鸿章的聪明、智慧，日本政府仅在礼遇待遇上下功夫，肯定是不行的，日本人这一枪一定要付出代价，这是笃定无疑的，否则李鸿章不会轻易答应。
那么，什么才是李鸿章所期待的呢？伊藤、陆奥在当晚筹思良久，决定为了表示日本政府的诚意，为了承担日本警察疏虞所引发的责任，日本政府应无条件答应先前不愿答应的休战要求。
陆奥和伊藤无条件休战动议遭到军方许多将领的反对，他们认为目前休战对日军不利。为了说服这些将领，伊藤博文费尽口舌，认为由于此次刺杀事件，已使日本帝国不得不立于非常困难的境地。反之，中国却因此获得了最好的口碑，中国头等全权大臣可以借这个事件立即回国。而当中国真向世界哭诉时，相信也会获得各国同情、支持，这些国家势必联合起来向日本施压。假如真到了这个地步，日本帝国的威严必将大为丧失。因此，今日善后之策，只有诱导李鸿章继续留在日本谈判，以避免列强联合干涉。而要做到这一点，就必须付出代价，而这个代价就是李鸿章先前想要而没有要到的。
伊藤终于说服了同僚中的绝大多数，天皇也对这个方案表示认可。其实，他们的这个估计并不准确，李鸿章或许有短暂中断谈判返回国内，甚至向国际社会控诉的想法，但他思前想后，还是认为应该留下来谈判，应该利用这个事件所营造的气氛、悲情去化解中日冲突，最大限度减少中国损失，为中日未来持久和平奠定一个基础。
李鸿章不立即回国的想法很快被日本人获知，但伊藤、陆奥依然认为应该由日方主动提出无条件休战，否则真的被西方国家联合或单独提出，日本政府面子不好看，中国人也会觉得不舒服，谈判就不会顺利。所以，他们还是决定一切按照与天皇商定的计划进行，不必迟疑，不必心存侥幸。
根据这个原则，陆奥3月28日再至李鸿章行馆，在病床前，陆奥郑重其事告知日本政府决定无条件休战的决定。陆奥说，天皇陛下闻悉本月24日下午不幸事件后，深感烦恼，对于前此未能同意的无条件休战建议，已委托全权办理大臣可规定期限，在某些区域内予以允诺。陆奥表示，虽然伊藤伯爵现在不在马关，但为了从速订定休战条约，本大臣在任何时候均可根据中堂适宜时日，从事审查，协议有关休战的细目。
陆奥的宣布出乎李鸿章的期待，他想不到自己费尽力气去争取的内容竟然在一颗子弹帮助下轻易实现，他个人的皮肉吃了苦头，好在老命还在。李鸿章用绷带包裹着的半边脸，仅仅露出一只右眼，这个右眼在陆奥宣布时不自觉“流露出十分高兴的神情”(50)，这微妙瞬间并没有逃过陆奥机敏的眼睛。
对于陆奥的宣布，李鸿章深表感谢，表示自己虽然负伤未愈，不能亲赴春帆楼继续会谈，但如果日方同意在他的病榻前举行会谈，李鸿章表示随时都可以。
李鸿章的善意回应也使陆奥感动不已，他随即将休战草案拿出来交给李鸿章，请李鸿章过目审阅。陆奥还口头解释说，除了已派往台湾、澎湖两处的日本军队外，其余部分均行停战。他的这个表示，显然是想讨李鸿章的高兴。
然而，李鸿章闻言却认为，既然为休战，就应该是一律停战，不能是此处停战而彼处不停战。陆奥回答说，道理应该如此，只是日本兵船早已出发，电报不通，势难禁止。故令奉天、直隶、山东地方日军停战，暂为保护京师、沈阳之计。(51)这显然有点强词夺理，是故弄玄虚的托词。
当天的讨论只能如此，陆奥告辞后，李鸿章仔细审读日方提交的休战约稿，立即用电报报告朝廷，等待进一步指示。
第二天（3月29日），陆奥再次来到李鸿章行馆，一是探视，一是讨论停战协议。对于日方提交的停战协议文本，李鸿章提出三四条修正意见，除了请将休战范围扩大到南征军即台湾诸岛的要求遭到陆奥拒绝外，其他一些无关大局不甚重要的修改意见，均被陆奥欣然接受。
30日，伊藤博文自广岛回到马关。当天，两国全权大臣就在那里郑重签署了《中日停战协定》。这份协定共六款，其细目为：
第一款，大清帝国、大日本帝国政府，现允中日两国所有在奉天、直隶、山东地方水陆各军，均确照以下所定停战条款一律办理。
第二款，两国军队应遵该约暂行停战者，各自须驻守现在屯扎地方，停战期内不得互为前进。
第三款，中日两国现约，在停战期间，所有两国前敌兵队，无论或攻或守，各不加增前进，并不添派援兵及加一切战斗之力，惟两国如有分派布置新兵，非遣往前敌助战者，不在此款之内。
第四款，海上转运兵勇军需，所有战时禁物，仍按战时公例，随时由敌船查捕。
第五款，两国政府于此约签订之后，限二十一日期内，确照此项停战条约办理，惟两国军队驻扎处所有电线不通之处，各自设法从速知照，两国前敌各将领于得信后，亦可彼此互相知照，立即停战。
第六款，此项停战条款，约明于光绪二十一年三月二十六日，即明治二十八年四月二十日，中午十二点钟届满，彼此无须知会。如期内和议决裂，此项停战之约亦即中止。(52)
怎样评价这份停战协定，中日双方一百多年来各有各的看法。或以为这是日本政府鉴于各方压力的重大让步；或以为是李鸿章巧妙利用了刺杀事件而为中国谋取的重大利益，为中国政府缓解战争特别是前线压力提供了一个难得机会；或以为这个协议是日本政府巧妙利用了刺杀事件，以退为进获取了先前用强硬手段无法获得的东西。日本不停止对台湾的进攻，表明这个停战协定是假的；规定海上运输可以搜查，这只对日本有利，因为日本海军依然完整，而中国海军已支离破碎；规定这个协议有效期为三个星期，也就是警告中国政府，如果不能在这三个星期答应日本要求，那么就要重新开战，停战协定实际上是更大规模战争的宣言书。(53)
这些分析当然都有道理，但不管怎么说，能够暂时停战，舒缓中国军队的压力，确实是中国政府先前一直期待的，假如不发生李鸿章被刺事件，日本政府不可能这样爽快答应，这也是事实。
讲和代价：超越极限
在停战协定签字的同一天（三月初五，3月30日），李鸿章向日方提交了一份照会：“大日本帝国大皇帝全权办理大臣阁下：停战条款现已画押，本大臣甚愿即将永远和局事宜从速开议，俾停战期限未满之先，和局已可成议。本大臣现因受伤静养，中外名医均以轻出为戒，是以一时不能躬往会议处所，如承贵大臣体谅，拟请即将所拟和局要款开具节略，送到本大臣，以便核查，设如此办法贵大臣未能遽以为然，本大臣拟于寓内布置会议处所，俾本大臣不至负伤外出受风，仍可与贵大臣会议一切。为此，本大臣专候示复，以便照办，或于本日下午，或于明日某点钟，均随贵大臣之便。”(54)
李鸿章的这些想法在先前与陆奥谈判停战协定时就有所表示，但对于议和谈判程序、方法，陆奥有自己的想法。他原本准备与李经方进行仔细研究，探讨究竟是将该条约草案全部一次性提出，还是逐条分别提出，依次议定。
因此，尽管李鸿章不断催促，陆奥还是在4月1日（三月初七日）上午邀请李经方商量议和程序、方法。陆奥主张用逐条提出逐条议定的方法较为简便，这样容易取得共识，便于集中精力讨论那些有分歧的内容。但李经方认为还是用条约草案全部一次性提出更为合适(55)，因为朝廷和李鸿章都需要尽快知道日本在议和方案中的总要价，然后才能根据这个要价考虑怎样讨价还价。当然，李经方没有把这些话全部告诉陆奥，他只是在心里这样想。
如果参照李经方一揽子谈判计划，陆奥担心中方会以种种理由迁延时日，致使谈判遥遥无期。针对陆奥的忧虑，李经方经向李鸿章请示，答应在收到完整议和草案后，一定争取在四天内给予答复。(56)于是，日本方面4月1日（三月初七日）当天下午将媾和条约草案送至李鸿章行馆。
日方提出的和约草案共十一款(57)，大要不外乎朝鲜独立、割地、赔款、最惠国待遇四大项目。
关于朝鲜独立。草案规定中国承认朝鲜国确为完全无缺之独立自主的国家，所以凡有损独立自主体制，即如该国过去向中国所修贡献典礼等，此后一律废绝。甲午开战因此而来，当年日本提出这个要求时，中国政府死活不答应，现在战场上不如人，那么中国政府也就没有什么好说的了，本来就不是自己的，丢掉就丢掉吧。所以关于这个议题，并没有引起怎样的争论，中国政府默认了日本的方案。
关于割地。作为一个岛国，作为一个刚刚兴起的近代国家，日本对领土有着不可理喻的占领欲望，它的胃口非常大，日本政府在草案中要求中国政府割让的土地范围超出任何想象。大致分为三大块：一是辽东半岛；二是台湾全岛；三是澎湖列岛。与割地相关的是当地人民，草案规定这些被割让土地上的人民在中日双方交接前，可以自愿迁出，可以任意变卖所有田地，但是移交完成后，未迁者将被视为日本臣民。
关于赔款。日本政府要求中国政府赔偿三万万两库平银，分五次交清。未交清部分，按年加抽百分之五利息。
关于最惠国待遇。日本政府在草案中要求尽快协商签订两国通商行船章程及陆路通商章程。在新约没有签订前，日本臣民在中国享受西方各国所享有的同等待遇。这包括：一、另开直隶省顺天府、湖北省荆州府沙市、湖南省长沙府湘潭县、四川省重庆府、广西省梧州府、江苏省苏州府、浙江省杭州府等为通商口岸，日本有权在这些口岸派驻领事官。二、日本轮船可以在下列航道自由行使，搭客运货。这些航线是：从湖北省宜昌溯长江以至四川省重庆府，从长江驶进洞庭湖溯入湘江以至湘潭县，从广东省溯西江以至梧州府，从上海驶进吴淞江及运河以至苏州府、杭州府。三、日本臣民运进中国各口的一切货物，享受关税优惠。四、日本臣民在中国内地购物时，也享有优惠。
此外，草案在两国经济交往中还有许多具体规定，这些规定大体以方便日本、优惠日本为原则。
在李鸿章预想中，日本政府一定会利用这个难得机会向中国索要大量赔款，也可能会向中国索要土地，但他无论如何没有想到日本人这样贪得无厌寡廉鲜耻，没有想到日本议和条件是这样苛酷。在与幕僚随从相商过程中，美国顾问科士达建议李鸿章不妨将这些条件由总理衙门悄悄密告英、俄、法三国公使，让这三个国家能在关键时候从外交上帮中国的忙。
原本因为刺杀事件而扭转被动的李鸿章再度陷入困境中，他在将日方提案全文报送朝廷时，也表明了自己的立场。李鸿章提出两点意见供朝廷参考：一、日本索要兵费显然过多，无论如何中国都不会答应，纵使一时勉强答应了，剩下的问题可能更大，必然会弄得公私交困，所有拟办善后事宜，势必无力筹办；二、奉天为满洲腹地，中国亦万不能让。李鸿章强调，日本如果不将拟索兵费大加删减，并将拟索奉天南边各地一律删去，和局必不能成，两国只有苦战到底。
至于日本所拟通商新约详细节目，李鸿章建议朝廷注意保密，不要让各国知道，因为这些条款，特别是增加通商口岸等，都是各国多年想要而没有要到的。(58)
朝廷的方针是希望尽早议和，尽早撤兵，“总在速成”(59)，所以朝廷一再叮嘱李鸿章在尽力磋磨讨价还价的同时，该让步时就让步，总期必成而后已，不可为难避谤，废于半途，致误大局。根据这样一种指导思想，当朝廷收到李鸿章的报告和日本政府提出的和议条款后，君臣立即分为两派，一派主张吃点亏及时止损，战字不可再提；一派认为日本的要价过高，实在难以同意。
在割让土地问题上，各位重臣似乎都承认这一次肯定要割让一些土地给日本，但是割哪里，究竟是台湾，还是奉天以南辽东半岛，或者两个地方都割让，众说纷纭，莫衷一是。
就战略地位而言，台湾对于中国来说很重要；奉天为大清王朝龙兴之地，仍有列祖列宗长眠在那里，因而满大臣如恭亲王、庆亲王似乎倾向于如果两个地方能够保住一个，还是应该保住奉天南边这块地方。汉大臣翁同龢却主张相反，以为台湾更重要：“余力言台不可弃，气已激昂，适封事中亦有以此为言者，余以为是，同官不谓然也，因而大龃龉。既而力争于上前，余言恐从此失天下人心。彼则谓陪都重地，密迩京师，孰轻孰重，何待再计，盖老谋深算，蟠伏于合肥衔命之时久矣。”(60)
日本过高要价使谈判无法进行，朝廷一方面指示李鸿章尽心联络，竭力磋磨，甚至指示他用中国方式，利用与伊藤博文、陆奥宗光的个人情谊，看看能否争取日本适当让步：“此次伊藤、陆奥同任全权，待该大臣（李鸿章）情谊不薄，该大臣惟当与之尽心联络，竭力磋磨。此时谅非一二次辩论所能了。”(61)另一方面，朝廷告知前敌将领，日本索价过奢，和谈很难顺利结束，一旦停战期满，势必再战，指示他们做好准备。
朝廷的指示太过原则，没有可操作性，更没有就具体条款提出更正、商量的意见。至于异想天开让李鸿章利用私人交情讨价还价，更属荒唐，李鸿章在稍后复电中顺便提及：“伊藤、陆奥日前会议时，曾论及交情与公事无涉，本系各国通例。自鸿受伤后，该国上下礼谊周至，不过敷衍外面。暂行停战已算人情，至议约大事，必不肯相让，虽与之尽心联络，恐无甚益。”(62)只是瞎耽误工夫，眼看着双方约定时间就要到了，李鸿章只能根据自己的理解，于4月5日（三月十一日）提出一个修正案说帖，全面回应日方要求。
这个说帖根据日本原案顺序，共分朝鲜自主、让地、兵费与通商权利思想，详细表达了中方原则立场。
关于朝鲜自主。李鸿章在这个说帖中表示已没有什么好谈的了，战争为此而发，中国因此而败，中国只好承认朝鲜为完全无缺独立自主局外之国。
关于让地。李鸿章指出，日本如果勒令中国照办，这当然也没有办法，但其后果必须充分考虑。这样做不但不能杜绝争端，且必令日后两国争端纷纷而起，两国子孙永成仇敌，传之无穷。我辈既为两国全权大臣，不能不为彼此臣民深谋远虑，自应立一永远和好相互援助之约，以保东方大局。中日两国是近邻，史册文字，艺事商务，一一相同，何必结此仇衅？国家所有土地，都是历代相传数千年数百年无价之基业，一旦令其割弃，其臣民势必饮恨含冤，日思报复。何况奉天为大清王朝发祥地，其南边各处，如被日本控制，以为训练水陆各军基地，随时可以直捣京师。这样，中国人必然生发这样的认识，那就是日本取大清帝国祖宗之地作为其军事基地，作为对我京师的巨大威胁，随时可以向我进攻，这不就是要和中国人世代为仇吗？李鸿章还强调，日本开战之初明白宣示，此次与中国打仗，所争者为朝鲜自主自立，非贪中国土地。日本如果不负初心，自可与中国将此约稿好好修改，使之成为一个永远和好彼此援助的和约，使中日两国屹然为亚洲东方筑一长城，不受欧洲各国欺负。日本如果不这样做，徒恃一时兵力，任情索取，则中国臣民势必尝胆卧薪，力筹报复，东方两国同室操戈，不相援助，这不正合乎外人口味、需求吗？
关于兵费。李鸿章指出，此次战事，中国并非首先开衅，战端已开后，中国亦并未侵占日本土地，论理似不当责令中国赔偿兵费，这是必须说明的。当然，当战争进行时，美国公使愿意出面调停，中国政府确曾答应适度赔偿一些兵费，这完全是为了息事宁人。现在，中国政府仍然愿意遵守这个承诺，只是所定数目必须公道，不能漫天要价。
根据李鸿章的说法，中国既然在1894年11月22日（十月二十五日）通过美国公使声明承认朝鲜自主，那么即便中国赔偿日本兵费，也只能计算到这一天为止，因为此后日本军队继续进攻，甚至打到中国本土、沿海，那只是日本自身的事情。
李鸿章的意思大约是，既然两国为朝鲜而战，中国宣布同意日本的主张，让朝鲜独立，那就意味着中国承认打败了，而日本乘胜追击，继续用兵，这些费用凭什么让对手出呢？还有一层意思是，李鸿章强调，估定兵费数目，亦应酌量中国财力能否胜任。如中国财力实在无法承担，即便勒令立约画押，将来不能如数赔偿，那么日本必定以此指责中国，两国势必还要为此开仗。查日本此次索要兵费，远超中国支付能力。中国如果为此增加赋税，必然要激起老百姓愤怒，中国必将大乱。中国乱了，日本还找谁要钱去？道理就是这么简单，你们日本人怎么就是不明白呢？
至于增加关税、向外国借债等，李鸿章也在这里算了一笔账，说出许多道理，列出许多数字。总而言之，就是一句话，日本要价太高，中国没有，你就看着办吧。
关于通商权利。李鸿章表示，日方提出的这些权利，中国既有可以照准之处，也有必加更改之处，方能照准。中国愿意与日本重新讨论通商问题，参照与西方各国现行条约、章程，重新签订新条约。只是所有优惠应该是双向的，不能只顾及日本臣民，而不顾及大清帝国百姓。比如中国如果按照日方要求准许洋商在华制造土货，那么必定尽夺小民生计，中国自身工业必然尽毁，所以中国政府不能不想办法保护这些工厂。而且，中国如果完全答应日方要求，那么西方各国皆援一体均沾原则，中国企业必定立即全部被挤垮。所以，外国资本进入中国应遵循渐进原则，不能要求中国政府不计后果，完全开放。至于具体修正条款，李鸿章一一列举。(63)他当然知道，通商条约谈判也不会那么容易，但这个事情毕竟没有那么迫切，肯定要在和约签订后另行谈判。
李鸿章这个说帖长达数千言，“笔意精到，仔细周详，将其所欲言者都尽情地说出来了，不失为一篇好文章”。(64)陆奥宗光在阅读后不能不佩服李鸿章的聪明、老到，但他并不认为李鸿章讲的都有道理，更不认同日本政府要按照这些要求让步。
陆奥认为，李鸿章这个说帖存在很多问题，其立论往往不免有误谬之处，而且李鸿章在这个说帖中尽量躲开实际问题，一味概述东方大局危机，论及中日两国形势，赞扬日本国运，同时罗列中国内政困难，一方面激动人心取悦于人，一方面似乎向人乞怜。陆奥强调，这从李鸿章立场看，的确也是不得已。陆奥对李鸿章给予相当理解、同情。
然而伊藤就不这样认为了。伊藤在阅读这个说帖后敏锐意识到，如果不对李鸿章这个说帖给予严厉驳斥，那么李鸿章就始终不明白中日两国现在不同位置，必将继续痴言哀诉，徒使谈判延长，什么问题也解决不了。而且，从国际大局看，伊藤认为，假如日本不指出李鸿章论点谬误，可能使局外第三者发生日本虽胜于力而屈于理的怀疑。这对日本显然是很不利的。
