4月20日，总理衙门终于回复了唐景崧一份电报，这份电报坦然表示：“割台系万不得已之举。台湾虽重，比之京师，则台湾为轻。倘敌人乘胜直攻大沽，则京师危在旦夕。又，台湾孤悬海外，终究不能据守。”(16)
朝廷的这两点理由都太令人失望了，为了保京师就牺牲台湾，因为台湾孤悬海外，就势必放弃台湾。台湾民众在获悉这些内容后，犹如油锅里撒了一把盐，立即爆炸，民情沸腾。台湾商民纷纷罢市，台湾绅民一齐涌向巡抚衙门，哭声震天，如丧考妣。两百年文武之邦，忽然间沦为化外，迁徙谈何容易？朝廷既然不要我们这些台湾人了，朝廷既然要将我们这些台湾人和这片土地一齐送给日本人了，而我们又不愿意认这个日本新主子，怎么办呢？只有一条出路，那就是凭借自己的力量去抗争。(17)
台湾官民不愿接受朝廷的安排，不愿接受日本人的统治，台湾社会正在酝酿着巨变，假如这个巨变真的发生，中国政府可能还会承担一些责任。或许基于这种担忧，朝廷于4月22日将丘逢甲、唐景崧的这些电报、呈请等文件一并发给李鸿章，作为割让台湾是否能够转圜的试探。
李鸿章收到这些文件后，不客气地回复朝廷，表示台湾民众的强悍，他个人早已知道，也在伊藤会谈时反复提醒过开导过，希望日方能够有所考虑。只是伊藤信心满满，表示待中国移交治权后他自有办法，那自然是日本政府的责任，不需中国政府负责。这些都记录在案，相信日本不会因此找中国的麻烦。
对于台湾民众的呼吁和唐景崧的电报，李鸿章深表同情，以为自是正论，自有道理，只是从大局看，当时日本志在扩大对中国的侵略，分犯京都，以宗社为重、边徼为轻的原则揆之，假如日本军队闯入京师，那么我大清丢失的何止一个台湾？现在既然已经按照朝廷的御旨达成善后，恐怕就不应该反悔，再招大乱。听说俄、德、法三国有联合干涉还辽行动，当然希望这个行动能够成功。至于英国，李鸿章认为不可信，因为根据他所掌握的情报，英国人一直与日本有交易有合谋，决不会出面劝说日本放弃台澎。(18)李鸿章的意思很清楚，为了京师，为了大局，牺牲了台湾，这是很可惜的，但也是没有办法的事，现在要做的不是悔约，而是尽快批准，派员互换，以便停战撤兵。至于将来，朝廷最应该做的，就是奋发图强，及早变法，将我大清建设成真正的强大国家，与西方一样的进步国家。这才是朝廷最重要最迫切的事情。(19)
李鸿章和朝廷的说法或许都有道理，问题是被抛弃的台湾官民基于自身感受，是无论如何不能理解“被出卖”、被抛弃的结果。台湾官民对此做了两手准备，一方面在希望还未彻底破灭前继续加大对朝廷的呼吁请求乃至哀求，另一方面则依靠自己的力量组织起来，保卫家园，或者依靠自己的力量转投国际社会或某些国家势力，争取独立自主，总而言之，是想尽一切办法不当亡国奴，不被日本人所统治。
关于前者，正在北京参加科举考试的台湾学子汪春源等人在获悉台湾将被割让的消息后，联名上书清廷，宣称台湾民众在获悉这个消息后，数千百万生灵皆北向恸哭，甚至连那些街头老太太也恨得咬牙切齿，各怀与倭人不共戴天之仇，发誓倭人胆敢进犯，一定抗争到底。全台赤子誓不与倭人俱生，至矢亡援绝，数千百万生灵尽归糜烂而后已；夫以全台之地使之战而陷，全台之民使之战而亡，为皇上赤子，虽肝脑涂地而无所悔。现在，朝廷不抵抗而将台湾拱手相让，委而弃之，这不是要将全台忠义之士赶到以事寇仇的道路上去了吗？台湾人终不免一死，然而这样的死法实在于心不甘，死有隐痛。与其生为降虏，不如死为义民。针对朝廷和李鸿章反复强调的京畿为重、海疆为轻的怪论，他们给予强烈批判，以为大清王朝必将因这样的荒唐理论而走向堕落走向灭亡，因为弃台湾数千百万生灵于仇敌之手，则天下人心必将瓦解，今后还会有谁愿为朝廷出力愿为皇上效命？
台湾官绅的呼吁哀求，震动朝野，稍有良知的政治家都意识到将台湾将辽东这样轻易许给日本是一个非常危险的举动，形同自杀。4月23日，礼科掌印给事中丁立瀛等上了一个折子，以为割台必失民心，而民心一失，就很难再收。旅顺为津海门户，当然也不能随便被他人夺取。过去俄国人占据伊犁尚强可以收回，那么何况此次大患就发生在肘腋之间呢？我大清过去与英法各国议和，赔偿军费不过百十万而止，乃今之索竟达两万万，如此巨款，向哪儿筹集？丁立瀛等人指出，此次议和中的另一个怪现象是谈洋务者动辄以普法战争来比喻中日之战，以为中国求和也是不得已而为之。其实这种说法不知法之普，力绌势穷，实在打不下去了。而现在中日之战，日本人所侵占所扰及的地方，不过是奉天及山东沿海数百里之内，日本人并没有向中国内地延伸侵扰。而中国军队虽然在前线屡战屡败，但这并不意味着中国军队持续下去永远失败。而且，此次战争还有一个现象值得注意，那就是尽管战争打到了现在，但中国军队调往前线然而并未启用的到现在还有数十万人，这表明我大清并没有到了最后关头，兵力尚在，民心固结。再加上将要赔偿日本人的两万万银子，中国何难购械练兵，慎择将帅，以图大举呢？所以丁立瀛等人建议朝廷不要轻易批准李鸿章谈的这个和约，请将这个条约提交到廷臣会议上进行讨论。
此外，还有御史裴维安等，翰林院编修李桂林、宋伯鲁、徐世昌、杨士骧等，以及各部院奉天籍六十余人联名分别奏请朝廷不要轻许和约，或着直接拒绝这个中国人无法接受的和约，动员国人，重新开战。
台湾的民情，大臣们的看法，言官的言论，在在牵动着每一个中国人，也牵动着朝廷最敏感的神经。但是谈判毕竟不是儿戏，谈判也进行了好长时间了，谈判的每一个环节虽说是李鸿章在前方主持，但哪一个重要步骤不经过朝廷讨论和下达明确的指示呢？现在和约达成了，停战期限也就要届满了，中国说不要和约就不要了，这可能吗，合适吗？这也不能不让朝廷警醒和慌张。4月25日，朝廷以战和两难，命身处要津的刘坤一、王文韶发表看法，探讨一下假如朝廷拒绝了这个和约，那么重新开战，我大清有多少胜算，有多少障碍。这一天，有内阁官员一百五十六人联名向朝廷请愿或请求朝廷拒约或改约，还有湖南举人一百二十人的合词吁请。鉴于这一系列呼吁、请求和哀求，朝廷也动了恻隐之心，皇太后于4月26日发布懿旨，建议诸臣就和战问题好好讨论，和有弊，战不易，看看能否找到一个两全其美的方案。
4月28日，署直隶总督王文韶遵旨议复。但这位领兵大臣议论了半天，究竟是应战还是应和，始终没有说明白，最后还是请朝廷饬下军机大臣、督办军务处及总理衙门通盘筹议，请旨定夺。说了等于没说。当天，湖北巡抚谭继洵上了一个奏折，他认为日本人要价太高，要挟太重，万难允从，建议朝廷迁都西安，持久抗争。在谈到割让台湾时，谭继洵说，台湾富庶弃以资敌，东南从此多事，防不胜防。台湾不能弃，和约不必签，迁都再战。这就是谭继洵的主张，充满正义和正气。
各方面的压力终于迫使朝廷于4月29日向李鸿章发出一道新指示：“奉旨：连日纷纷奏章，谓台不可弃，几于万口交腾。本日又据唐景崧电称，绅士呈递血书，内云《公法会通》第二百八十六章有云，割地须商居民能顺从与否；又云民必顺从，方得视为易主等语。台民誓不从倭，百方呼吁，将来交接，万难措手。著李鸿章再行熟察情形，能否于三国阻缓之时，与伊藤通此一信，或豫为交接地步，务须体朕苦衷，详筹挽回万一之法。”(20)
光绪帝可怜巴巴的样子似乎就在眼前，李鸿章接电后迅即回复，他表示如果朝廷命他与日本人谈改约谈修约，可能正促使日本人决裂兴兵，战火重燃。假如到了那个地步，恐怕让日本人重新走上谈判桌，比什么都困难。他建议朝廷为大局、为整体着想，不可孟浪，不可感情用事。至于台湾，李鸿章也在这份电报中暗示，等待三国干涉还辽有了眉目后，再请三国想想办法，或许能找到一个办法。
与李鸿章的看法相反，钦差大臣刘坤一于4月30日遵旨复奏时表示，此次和约要价太高，不能答应，我大清现在的选择是宜战不宜和，持久二字实为现在制倭要着，朝廷应该命令前敌诸将帅重整军务，准备再战。
刘坤一的看法又影响了皇上，皇上将刘坤一的这个折子批转给军机大臣们讨论，主战者找到了同盟军，而主和者如孙毓汶等则从刘坤一的奏折中找出矛盾与漏洞，强调刘坤一的言论皆为活泛之词，强调主战，强调持久，但并不意味着刘坤一有主战有持久的办法，现在换约在即，稍事耽搁，贻误大事，国家糜烂，这可是谁都担不起的重责。于是讨论的结果不是向拒绝和约的方向走，而是坚定了皇上批准和约的决心。1895年5月3日，皇上终于在中日和约上用宝，并决定派遣直隶候补道伍廷芳及三品衔升用道联芳同往烟台换约。台湾被割让，已成为不可更改的事情。
朝廷批准了《中日讲和条约》，彻底粉碎了台湾官绅官民的一切希望，台湾未来究竟会怎样，谁心中也没有数，台湾绅民围绕在丘逢甲周围，日夜谋划，连日会商固守拒敌之计。正是在这些讨论中，前驻法参赞陈季同根据他所知道的世界知识，以为在目前朝廷不得已抛弃台湾，割让给日本的大背景下，台湾的前途只有走上自主的道路，民政自主，遥奉正朔，以抵拒日本人对台湾的进犯和统治。而要达到这样的目的，台湾人民就必须团结起来，根据万国公法中人民不愿服从某国，可以自立民主即自立领袖的原则，认同自主保台的政治目标，依靠台湾社会内部力量，重建台湾的防卫体制，用武力抵抗日本的侵扰进犯。
台湾人民的无奈
台湾民众自主保台的想法与朝廷中一些大臣的想法暗合，张之洞在马关议和一开始，似乎就不赞同牺牲台湾去换取和平，主张以台湾作保，向英国人借款，幻想用英国人的力量牵制、阻止日本人对台湾的觊觎。
张之洞的想法，也曾获得朝廷的关注，朝廷几度过问这件事情的进展情形，李鸿章在日本谈判时，也曾以英国人不愿台湾让渡给第三国作答，其背景都是因为张之洞的动议。
然而，英国政府并没有这种想法，驻伦敦钦差大臣龚照瑗按照张之洞的建议与英国政府交涉，英国政府最后还是以窒碍甚多，拒绝了这个建议。不过，英国政府也表示，假如英国商人在台湾拥有很大的利益，商人肯办，政府自然不会出面阻止。
英国政府的意思或许没有表达明白，或许是英国人模棱两可的回答仍给张之洞留下幻想的空间。所以张之洞在此后很长一段时间一直支持台湾两个方面的事情，一是叮嘱并从实质上支持台湾地方政府重建防务系统，购买添置枪炮，准备武力抵抗日本人的进犯；一是支持台湾甚至指挥清国外交人员与西方国家特别是英国积极联系，希望将台湾归为英国保护。
《马关条约》达成后，张之洞依然期待列强的干预，期待借助于列强的帮助阻止日本对中国对台湾的侵扰。4月20日，张之洞向朝廷发送了一份电报，历陈马关议和所达成的各项条款太过苛刻，尤其是割让台湾，可能会引发无穷问题。台湾民风剽悍，不会甘心接受日本人的统治，必然会起而反抗，各省军民在台湾民众呼吁影响下，也必然痛恨深怒，其矛头所指，将来都是非常危险的事情。张之洞劝朝廷仔细想一想，整个议和条件，其实都是为了保全京城根本，但是如果接受了日本人的这些条件，即便获得目前一时安宁，但绝非长久之计，而是一条自危自困之道。张之洞指出，要扭转目前被动局面，依然应该从外交上着手，应该利用英国、俄国、德国对我同情，加大外交干预的力度，
英国不愿蹚这浑水，是因为英国与日本之间有着特殊的利益关联。而法国在同意与俄、德就辽东半岛问题向日本施压、干预的同时，确曾表示过，法国人出于道义上的责任，会阻止台湾的割让，但法国人更知道适可而止的道理，法国政府告诉钦差大臣王之春，日本人精疲力竭，不可能持久，关键就看中国自己能否坚持到底。而且法国历史上也有过一段特殊的历史可供中国人特别是台湾参考，即普法战争后，普鲁士索要法国两省土地，但法国政府以两省人民不愿归属普鲁士而最终作罢。所以中国政府可以援例听任台湾人民的自由选择，然后再以台湾人民的选择为理由与日本人进行交涉。
张之洞将这些意见报告了朝廷，也转告了台湾巡抚唐景崧，他之所以这样做当然期望台湾民众能够像法国人那样团结起来，显示力量。
或许有了张之洞的这些暗示或明示，台湾民众对日本人的厌恶日益剧增，大清命官台湾巡抚唐景崧对朝廷的指示开始阳奉阴违，但对张之洞的方略建议则言听计从。4月28日，唐景崧就台湾民众不愿归附日本的情形发了一份电报给张之洞，说台湾绅民为了保台，准备将他唐景崧和刘永福等大清命官留在那里同守。而且，自从割让台湾的消息传来，台湾民众情绪就异常波动，乘机欲乱，有劫司库、械局之谋，有砍杀清军、枪杀平民等一系列恶性事件接连发生。
唐景崧的报告显然是请示办法，然而张之洞在接到这些报告后，一面向朝廷报告，建议朝廷利用民变为说辞，迅速与各国公使协商，因为恐激民变一说正合西方人的口味和价值观，最容易打动他们进行干预；另一方面，张之洞迅即指示唐景崧，既然台湾绅民准备留你和刘永福在那里领导他们保卫台湾，那你们就应该尽快与台湾巨绅大豪若林朝栋、林维坦等商定办法。台民既有主脑，方不致乱。各府县官吏及电报、驿站，须令安堵勿动，擅自者以军法从事，力以必能保台不归倭自任。台湾的民情稳定了，就能够找到解决问题的办法。条约规定交割台湾还有两个月的时间，一定要充分利用这两个月的宝贵时间做好保卫台湾的事情。(21)
朝廷在条约上用宝打乱了张之洞的计划，但三国干涉还辽获得初步成功后又激起张之洞的热切期望。5月7日，他致电朝廷建议推迟与日本换约的日子，加强外交攻势，以为各大国虽不图钱财，但他们对中国的土地无不怀有很强的兴趣。西方列强所谓保持局外中立的说法，不过门面虚语，一旦在中日交涉中占有实际利益，他们就不会固守这种局外中立的立场了。张之洞建议朝廷在与英国政府交涉时，一定要强调英国政府如果能够帮助中国保住台湾，那么中国必将向英国借巨款修铁路，买兵船，大批量购置英国人生产的各项机器，并且在中国各项大型工程建设中使用英国人，准英国人在中国自由通商，并酬以边远之地如后藏等；至于俄国与法国，张之洞建议朝廷用回疆数城换取俄国人的帮助，用云南极边之地勾起法国人的兴趣。张之洞相信，中国政府如果使用贸易战手法，转让边地利益和使用权力，相信英法俄三国一定会像俄法德三国干涉还辽一样，劝说阻止日本放弃台湾。(22)
张之洞之所以提出这样的建议，是因为英法两国特别是法国在这一段时间确实有过容易使人联想的暗示或发言。法国人在5月初曾经告诉龚照瑗，表示法国有帮助中国保卫台湾和澎湖不被日本占领的想法，并已派员与台湾巡抚唐景崧进行谈判。
法国人确实一度有意染指台湾和澎湖列岛，而且期望与西班牙联合，遏制日本对台澎的觊觎与蚕食。然而，法国人的这一举动遭到了德国人的反对，德国政府甚至为了反对法国对台澎的觊觎，公然明示日本人尽快下定决心占领台湾和澎湖。
德国人的态度几于彻底打消法国人的念想，5月4日，法国外交部长明白告诉龚照瑗，法国政府在过去若干天中确实与西班牙、荷兰等国一起谋划过保台事项，现在因为中国政府已经批准了中日议和条约，所以这所有的协商谋划已成过去。法国政府终于找到一个最合理的借口退出了干涉还台的外交活动。
俄、法、德三国干涉还辽并不是因为同情中国，而是各有各的原因，他们更不会为台湾与日本发生冲突，张之洞期望的英法俄新三国同盟更不会出现，列强因为各自利益会在中国继续角逐，但不会为了中国而与列强中的任何一个结为仇敌。张之洞、唐景崧等人试图利用列强保卫台湾的想法至1895年5月上旬基本破灭。
5月7日，日本政府在俄、法、德三国劝告下宣布放弃辽东半岛，第二天，清政府就在德、俄两国劝说下命令联芳、伍廷芳迅即与日本使臣互换《马关条约》签字文本，辽东半岛保住了，但中国政府放弃台湾已成为不能更改的事实。
基于这样一种事实，唐景崧立即转换保台手段，于5月9日致电总理衙门，请求政府同各国公使与日本政府商谈台湾安民策，而日本政府似乎对此毫无兴趣，拒绝与任何方面商谈台湾事宜。5月11日，日本政府以海军提督桦山资纪为台湾巡抚，日本准备用自己的手段治理台湾。
日本人的傲慢激怒了台湾官绅，唐景崧在张之洞的暗中支持下，东奔西走，继续争取国际援助，英国人拒绝了，他找法国人，法国人拒绝了，他又去找德国人，反正他就是不想将台湾顺利交给日本人。这种情形也使朝廷很为难，毕竟中日和约不是一个儿戏，不是说废就能废除的，所以朝廷责成李鸿章尽量与日本人协商，保护或者说注意照顾台湾民众的利益和要求。
李鸿章其实也在受着几个方面的压力。他一方面电请伊藤博文将台湾问题与辽南问题合并提交中日会议讨论办理，请日本政府令桦山资纪暂缓启程；另一方面，忍无可忍的李鸿章终于向朝廷明说，唐景崧和台湾的所有麻烦，其背后都有张之洞主谋和策划，他建议朝廷务必开导唐景崧，不要固执，不要执迷，不要另起波澜，还是应该按照朝廷的意思办，不要因一隅而误全局。
指望朝廷挽救台湾已经彻底没有希望了。在这样一种大势下，台湾人要拒绝日本人的统治，要想不做大和民族的二等公民，就必须凭借自己的力量组织起来，对来犯的日本人进行有组织的抵抗。朝廷把台湾人逼上了绝路，他们也就只好孤注一掷，破釜沉舟。5月15日，台湾绅民发布通电，挽留唐景崧和刘永福继续领导，声言台湾人民拼死也要拒绝日本人的侵犯和统治。第二天（5月16日），唐景崧通电宣誓台湾人民决心死守，他继续呼吁朝廷务必设法商请日本人缓来。17日，朝廷再命李鸿章速筹台湾善后办法，以期补救于万一。5月18日，伊藤博文电复李鸿章，表示台湾变乱之事不必经过两国会议协商，日本人既然敢于让中国割让台湾，就有充分把握能够管理好经营好台湾。
朝廷无力，日本人无情，终于使台湾陷入万劫不复的绝境，也使张之洞、唐景崧等人所期待的保台谋略近乎彻底破产。不过，尽管如此，张之洞依然还没有完全放弃保台的想法，他以为只要俄国与日本在某些方面继续胶着继续相互牵制，那么就很可能为台湾未来留下一线生机，一丝转圜的希望。根据他的判断，日俄之间只要能有两个月的牵制与僵持，那么这两个月内日本军队就不能完全占领并有效统治台湾。在这两个月的时间里，只要台湾军民合力战守，那么足可取胜。各国经过两个月的观察，以为台湾能够自立，那么其态度也势必会转变。而且，张之洞还有一个盘算是，钦差大臣王之春在西方已经订购了十艘军舰，这十艘军舰在三个月内就可到华。这些战舰原本就是为中日战争购置的，届时只要台湾军民继续坚守，那么这些新购置的军舰一到，相信朝廷一定会深受鼓舞，另议办法，或者筹集更多款项，循三国干涉还辽先例，相信日本人见钱眼开，只要赔款数目跟上，台湾问题一定会有转机。(23)这里的关键，很显然是台湾社会内部要有力量，要能够凭借自己的力量抵抗两到三个月。
张之洞的意思非常明白了，这就是要台湾民众自己组织起来抵抗日本人。此举虽然是对朝廷的报效，但实在说来并不合乎朝廷的利益。日本方面对台湾社会内部动荡了如指掌，而德国方面因为唐景崧的活动也很清楚台湾内部情形，德国政府之所以不愿意出手相劝日本暂缓对台湾的接收，是不愿日本在中国获得更多利益。德国政府认为，是中国政府阴令台湾民众反叛，然后再以这个理由向日本人施压，争取翻盘。中国政府如此做法，显系违约，日本人必定以此为理由兴兵构怨，中国如果再战败，必将重议和约，而新和约可以百分之百断定比《马关条约》更严苛，向中国索款更多。
李鸿章获悉德国人的这个看法后，于5月19日迅即向朝廷做了报告，并明确指出台湾社会内部的动荡，其实就是张之洞幕后策划，唐景崧前台奔跑的结果。朝廷如果听任他们这样胡来，其后果可能真的会被德国人不幸而言中：“其实阴令台民叛拒者，南洋（张之洞）及台抚（唐景崧）也。今德君既疑中国违约，不愿帮助，俄亦未必与倭兴戎。中朝必应妥慎筹办，勿先违约，自贻后祸。”(24)
对于李鸿章的说法，朝廷并不怀疑，因为张之洞的这些活动并不是刻意瞒着朝廷，唐景崧的一些想法和主张也曾报告朝廷，在朝廷看来他们都是一片忠心，是朝廷的忠臣。不过，朝廷当然担心德国人的这些预言成真，担心日本政府在战火重燃后提出更高的要价。所以，朝廷在接到李鸿章的这个电报后，于第二天（5月20日）电令署台湾巡抚布政使唐景崧开缺来京；所有台湾大小文武各员即令陆续内渡；命令李经方迅速前往台湾，办理移交。台湾前途在中国政府这里划上了一个句号，任何可能不再讨论，唯一的结果就是将这个岛屿平和地交给日本人，换取大陆的安宁。
朝廷对台湾官员的安排决定使台湾民众彻底绝望，消息传开，他们只能按照自己的意志自己的日程接着往下走。第二天（5月21日），台湾绅民蜂拥毕集唐景崧的巡抚衙门，宣布成立民主国，拥戴唐景崧为总统，刘永福为民主将军，丘逢甲为义勇统领，陈季同为外务大臣，改年号为“永清”，意思是台湾永远属于大清帝国。(25)
台湾民众的好心好意并没有获得朝廷的善意回应，朝廷在宣布唐景崧和大小文武逐渐内渡的同时，也电示南洋、两广等地方大员，不得再向台湾提供军械弹药，不得再派兵勇前往台湾，或暗中接济。
朝廷的态度在发生变化，但张之洞依然没有放弃对台湾的支持，只是这种支持变得更加隐蔽，他似乎依然期待台湾能够坚持一两个月或者两三个月，然后再看国际大势的变化，看看是否能够有新的转机。所以他希望台湾的自立抵抗能够很好地把握分寸，无论如何不能得罪朝廷，使朝廷与日本人联手合围。他在5月24日劝告唐景崧说，台湾民众挽留你在那儿领导守卫台湾，但无论如何要注意名分注意分寸，公开的文告只能说是民会、民政之国，不要使用民主、自立这样的字样。外国总统地位甚崇，用在台湾这样的地方似乎不太合适，如用总管或总办大致比较合宜。张之洞不愿公开出面表示支持，但依然不愿台湾民众就此放弃，他继续为唐景崧出主意，嘱其尽快将台湾的海底电线用比较低的价格卖给外国人，以防止日本人掐断电线，将台湾变成孤岛。(26)
6月2日，李经方与桦山资纪在基隆口外轮船上签署《交接台湾文据》，履行交接手续。紧接着，日本军队就向基隆发动进攻，第二天傍晚，日军就在基隆登岸，唐景崧组织的第一次抵抗并没有有效阻止日本人的进攻，基隆至台北间的要隘也相继丢失。日军登岸后，进攻势头更猛，唐景崧眼见防守无望，遂于6月4日由台北至沪尾，旋由沪尾搭乘德国人的轮船内渡厦门。三天后（6月7日），台北陷落。越一日，沪尾亦被日本人收入囊中。
在控制了台北后，登岸的日军稍事休整，迅即于6月11日派遣近卫师团向台中门户新竹发动猛烈进攻，义军徐骧、吴汤兴等部及道员林朝栋等所率清军进行了顽强抵抗。
6月17日，桦山资纪在台北成立台湾总督府，宣布殖民统治政权开始运作，台湾正式沦为日本的殖民地，台湾人民的噩梦也就由此开始。
台湾人民当然不甘心日本人的殖民统治，各地抗日义军揭竿而起，他们与刘永福领导的清军紧密配合，以台南为基地，开展反对日本殖民统治的武装斗争。
然而，日本军队在没有大陆战场的牵制后，能够集中所有优势对付台湾这些义军和清军残部。义军和清军残部尽管照样能够给日军以打击，有时甚至是沉重的打击，但台湾在失去朝廷支持后仅仅凭借自己的力量去抵抗日本人是根本不可能的。10月，刘永福战败内渡，台南陷落，“台湾民主国”也就随之消失，台湾军民大规模的反抗基本结束，日本人完成对台湾全岛的控制。
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(1) 余光中《乡愁》：“而现在，乡愁是一湾浅浅的海峡，我在这头，大陆在那头。”
(2) 《中日战争》卷七，114页。
(3) 《翁同龢日记》卷五，2780页。
(4) 《翁同龢日记》卷五，2781页。
(5) 《翁同龢日记》卷五，2781页。
(6) 《致台北唐抚台》（光绪二十一年二月初三日），《张之洞全集》卷八，6121页。
(7) 《唐抚台来电》（光绪二十一年二月初五日），《张之洞全集》卷八，6121页。
(8) 《致总署》（光绪二十一年二月初四日亥刻发），《张之洞全集》卷三，2041页。
(9) 《马关议和中之伊李问答》，《台湾文献丛刊》卷四十三，19页，台北：台湾银行经济研究室1972年。
(10) 《寄译署》（光绪二十一年三月初四日），《李鸿章全集》卷二十六，87页。
(11) 《寄译署》（光绪二十一年三月初七日），《李鸿章全集》卷二十六，90页。
(12) 翁同龢在获悉日本议和条件的当天就邀李鸿藻“至馆略谈，胸中块垒未易平矣”。《翁同龢日记》卷五，2791页。
(13) 《翁同龢日记》卷五，2792页。
(14) 《翁同龢日记》卷五，2792页。
(15) 《附 译署来电》（光绪二十一年三月二十八日），《李鸿章全集》卷二十六，111页。
(16) 《台湾唐维卿中丞电奏稿》，《中日战争》卷六，385页。
(17) 《附 译署来电》（光绪二十一年三月二十八日），《李鸿章全集》卷二十六，111页。
(18) 《复译署》（光绪二十一年三月二十八日），《李鸿章全集》卷二十六，113页。
(19) 《清光绪朝中日交涉史料》卷三十八，19页。
(20) 《附 译署来电》（光绪二十一年四月初六日），《李鸿章全集》卷二十六，119页。
(21) 《致台北唐抚台》（光绪二十一年四月初六日），《张之洞全集》卷八，6321页。
(22) 《致总署》（光绪二十一年四月十三日），《张之洞全集》卷三，2066页。
(23) 《致台北唐抚台》（光绪二十一年四月二十六日），《张之洞全集》卷八，6387页。
(24) 《寄译署》（光绪二十一年四月二十四日），《李鸿章全集》卷二十六，151页。
(25) 《台湾自主文牍》，《中日战争》卷一，203页。
(26) 《致台北唐抚台》（光绪二十一年五月初一日），《张之洞全集》卷八，6400页。
