在过去的一百年，中国研究者在谈到甲午战争的时候，无不带有深沉的悲情意识，以为日本帝国主义从中国大肆掠夺，中国被迫赔偿了大笔财富，被迫割让了台湾宝岛，还有辽东半岛，为了赎回这个辽东半岛，中国后来花费了大把银子。更重要的是，《马关条约》规定日本臣民可以在中国自由开办企业，按照机会均等利益均沾的原则，中国经济逐步被列强所把持，中国的半殖民地化日趋严重，中国社会逐步往下沉沦。因此，甲午战争对中国人来说，是悲剧。然而，孙中山却不以为然，他在这场战争刚爆发时就清楚地看到，这是真正意义上的中国重新走上振兴的机会，而这个机会的关键点，就是中国人起来要推翻统治中国两百多年的反动清政府，重建现代国家。这无疑是1895年最值得关注的大事件，它从根本上改变了中国历史发展的大趋势。
革命思想起源
孙中山的革命思想，当然不是与生俱来的，而是由一个从改良向革命的转化过程，其转化的直接动因，就是这场中日战争。
根据孙中山叙述，他于1866年出生于著名侨乡广东省香山，也就是现在的中山市。他的家庭世代务农，略有薄产。
随着西方社会文化的大规模进入中国，位于沿海的香山最先受到影响，农业逐步趋于破产，到了孙中山的父辈，如果依然坚守农业就根本无法养活一家老小，只好逐步放弃纯粹的农业，进入澳门打工；而孙中山两个叔父走得更远，他们到美国金矿做苦力。
孙中山兄妹四人，他排行第三，上有哥哥孙眉和姐姐孙妙茜，下有妹妹孙秋绮。其家境比较困难，所以他的哥哥孙眉年龄很小的时候就外出打工，1871年十七岁时追随舅父远渡重洋，跑到檀香山谋生。从小工做起，凭着勤劳智慧和机遇，逐步积累了一些财产，开办商店和畜牧场，兼营酒厂、伐木等，至1877年，孙眉已经拥有一家大牧场，雇有数百名工人。到1885年，孙眉拥有的山地已达两万多英亩，成为当地首富。
孙眉发迹改变了孙家的处境，不过孙中山的青少年还是在故乡度过。他和农村一般儿童没有两样，听听老人讲述那久远的故事与传说，放风筝，踢毽子，抓青蛙，拾柴打草，插秧挑水，但凡农村中的一切活计，只要力所能及，都必须去做。
七岁那年，孙中山原本有计划进入一家村塾读书，只是家里拿不出那么多钱，只好在这家村塾当了附读生，不算是正式学生。又过了两年，孙家的状况不一样了，孙中山转为正式生。又两年，孙中山转学郑帝根的私塾，在这里，他结识了比自己小两岁的好朋友陆皓东，陆皓东后来参加了孙中山倡导的革命。
在私塾读书的四五年间，孙中山和那个时代所有的中国学子一样，从《三字经》《千字文》《幼学琼林》入手，进而是儒家的四书五经。孙中山幼小的心灵种下了传统文化的种子，这些强制性的记忆和背诵为其后来对中西文化的认知发挥了重要作用。
1877年，孙眉回乡成亲。在家里居住的三个月里，孙中山首次从孙眉那里听到了许多海外奇谈，激发了少年孙中山的好奇心。孙中山多次希望能够随哥哥一起前往海外发展，哪怕是打工，一切从头开始，他也是无怨无悔。然而他的父母并没有同意这些请求，主要的理由就是年龄太小。
到了第二年，或许是因为孙眉的事业越来越大，孙眉派人将他的母亲接到海外一起生活，年仅十二岁的孙中山终于有机会如愿以偿，陪同母亲坐船赴檀香山。
在乡村生活的十二年，孙中山耳目所及，当然非常狭小，除了在私塾读书知道一些中国圣贤的嘉言懿行外，对于外部世界，几乎可以说是一无所知。现在，浩瀚的海洋一望无际，不知何处是个尽头，这势必给少年孙中山带来心灵上情感上重大冲击，使他开始觉得原来离开了自己的村庄，还有那么大的外部世界，那么檀香山究竟是什么样，它和我大清究竟有什么不同呢？
二十多天的航行很快结束了，孙中山陪着他的母亲终于在檀香山登岸了。檀香山位于北太平洋夏威夷群岛中瓦胡岛的东南角，是夏威夷州的首府和港口城市。檀香山的早期只是波利尼西亚人的一个小村庄，19世纪初期因檀香木贸易和作为捕鲸基地而逐渐发展起来，1850年为夏威夷王国首府，1898年夏威夷归属美国，所以当孙中山刚到檀香山时，这儿还不是美国的地盘，而是属于夏威夷王国，檀香山的名字还叫作火奴鲁鲁。
火奴鲁鲁（Honolulu），在夏威夷语中，意指“屏蔽之湾”或“屏蔽之地”，这确实合乎夏威夷的地理特征。至于叫作檀香山，主要是这个地方生产檀香木，到这儿淘金的中国人，包括孙中山的哥哥孙眉，主要是到这儿采伐檀香木，运回中国，久而久之，中国人就称这儿是檀香山，火奴鲁鲁的名字反而渐行渐远，逐渐淡忘。
孙眉已经是比较成功的商人，他当然希望他的弟弟孙中山能够参与他的商业事务，成为他的得力助手。这是中国人的基本理念，上阵亲兄弟，打仗父子兵。好不容易积累的一点基业，孙眉当然不希望落入到别人手里。所以，孙眉就安排孙中山在店里当管账，并利用这个机会学会一些最基本的经营之道。
无奈，孙中山听不懂那儿的英语，他在店里除了与中国员工能够有点交流外，与来自英美日及当地客人没有办法沟通，不得已，孙眉决定还是先将这位小弟弟送到一家英国人管理的寄宿学校学习，让他和外国人朝夕相处，不仅可以迅速提升英语水平，还能尽快熟悉外国人风俗习惯文化背景，有助于将来在生意上大展身手。
孙中山进的这所名为意奥兰尼（Iolani College，Honolulu）的学校是由英国圣公会史泰利主教1862年创办的，此时学校主持人为英国人韦礼士主教。意奥兰尼创办之初招收夏威夷及混种夏威夷青少年，后又招收一些华裔学童。这个学校的教师全部为英国人，纯英语教学，因此收费也较其他学校高。
入学之初，孙中山几乎完全听不懂英语。他在教室里静静坐了十多天，渐渐体会并领悟到英语的奥妙与方法，很快就触类旁通，学习英语的兴趣和信心大增。
作为教会学校，意奥兰尼在韦礼士主持下也必然要进行神学教育，讲圣经，做礼拜，培养宗教情怀和宗教感情，学生对宗教渐渐产生兴趣，志愿受洗为教徒。这对孙中山后来的影响非常大。
三年时间很快就过去了，1882年夏，孙中山从意奥兰尼毕业。他的英语有了很大提高，在英语世界可以自由行走了，而且三年训练使他懂得了西方文化的精义和规范，了解了基督教的道理。不过，孙中山此时并没有像他的同学那样受洗为教徒，他似乎还在观察还在思考。
在刻苦学习英语和西洋文明的同时，孙中山并没有忘记自己的故国和文化，晚上回家，温习功课后，孙中山还是拿出很多时间读中国书，并拿出相当时间去参加当地华人创办主持的华文夜校，从而使自己的中国文化基础不仅没有因为接受西方教育而荒疏，反而与西洋知识一样，有了很大提升。
从意奥兰尼毕业后，孙中山就回到哥哥孙眉的商店里帮忙，协助哥哥管理这些商业。孙眉大约觉得这个弟弟可能还是一个读书种子，所以在店里观察了一段时间后，还是将孙中山送到当地最高学府奥阿厚书院（0ahu College，Honolulu）继续深造，甚至准备在这所学校毕业后将他送往美国，进入一家大学从事专门之学。(1)
在奥阿厚书院，孙中山除了在各门功课上继续用功外，大约由于先前几年的宗教教育，使他对各种各样的宗教聚会和课程极端酷爱，早晚都在学校教堂里祈祷，星期天还要到教堂做礼拜。意奥兰尼的主持人韦礼士主教对这位门生也格外关照，以为孙中山将来一定会在宗教领域成大器，所以不嫌其烦向其传授经典和教义。
在韦礼士主教的指点和自己的刻苦努力下，孙中山对于基督教原理已有很深研究，也有了很浓厚的兴趣，但凡有人与其讨论教理教义者，原本沉默寡言的孙中山立马就像换了一个人，口若悬河，滔滔不绝。
浓郁的宗教氛围，慎密的宗教原理，与人为善的宗教情怀，再加上韦礼士主教的循循善诱，奥阿厚书院的中国学生差不多都已受洗成了基督徒。在这种情形下，孙中山受洗入教顺理成章，却遭到了他的哥哥孙眉坚决反对。
孙眉大约有着非常不一般的中国情怀，身处异国，仍不愿意加入异教，而是坚信中国传统，所以他对孙中山准备受洗入教的想法无论如何不能理解，也不会同意，他在责骂一番的同时，还是下定决心将这个异端弟弟送回老家，他可不想让自己的弟弟成为异教徒假洋鬼子。1883年，孙中山被迫返回家乡。
在檀香山数年，是孙中山思想突飞猛进的时期，他不仅建立了对西方对世界的一般看法，而且有了比较有了鉴别，知道中国问题在哪里，他在课余常常与同学相谈衷曲，直抒改良祖国、拯救同群之愿。当时所怀，一若必使中国人人皆免于苦难，皆享福乐而后快。(2)这种改良主义的思想倾向，具有深厚的基督教背景，并没有孙中山后来所展示的反对官府进行革命特别是从事暴动的任何迹象。
非暴力的和平主义改良思想原本在孙中山那里就不坚定，甫进国门，又被一系列的残暴事件所粉碎。他从香港换乘一艘中国沙船返回家乡，在那并不算长的旅途中，竟然让他四次目睹清朝官吏的残暴，这些官吏以征收关税、厘金，查缉鸦片、火油等为借口对乘客反复勒索。年轻气盛的孙中山起而抗争，并打算到港口时向官府控告。因此，沙船被官府扣押了一整天，经船主行贿后始得开航。这最直接的刺激使孙中山受到非常大的震动，他向同行者演说改造中国政治的必要性和紧迫性，以为中国如果在这些无法无天腐败万恶的官吏掌握下，毫无希望，将被世界远远抛弃。孙中山在美国形成的改良主义思想面临着严峻考验，他越来越觉得无法坚守基督教的那些非暴力的信念了。
在故乡，读书归来的孙中山也算是见多识广的人了，家乡的老人和朋友，也都很喜欢听他述说在夏威夷的见闻，以及对中国未来的主张。孙中山的许多说法都受到他们的欢迎，他们推孙中山参与乡政，采纳他的许多建议，诸如整修道路、装点路灯、安排壮丁巡夜等，这都算是一种有意义的乡村建设工作。
对于中国政府，孙中山从西方政治理念出发，不认同清政府的统治方式，以为清政府纯粹只是剥削人民的机构，人民向政府交纳了赋税，却没有从政府那里获得服务和益处，政府甚至没有想着怎样让人民拥有能够开拓商业活动的空间，没有为人民的商业活动生产活动提供基本的便利，只是一味横征暴敛，竭泽而渔。统治者一味实行愚民政治，封锁消息，培植迷信和盲从，结果人民相互之间缺少联络，也无法用集体的力量推动政治发展。
孙中山在后来的回忆中，表示他在此次回乡过程中，就产生了反满思想，就觉得满洲人的政府并不是中国人的政府，只是异族统治集团，是满洲人对中国的殖民统治。这个说法后来影响深远，获得许多研究者的肯定。
其实，孙中山的这些回忆是有问题的，他在1883年返回家乡时，正是同光中兴的鼎盛时期，清政府的官吏之所以鱼肉乡里，横征暴敛，是因为乡里有鱼肉可以横征可以暴敛。此时，洋务运动已经进行了二十多年，国家的经济实力已有很大提升，统治者已经没有先前如临深渊如履薄冰的谨慎，所以吏治就在这样的大背景下开始变化。孙中山此时最大的不满还不是满洲人的统治，他只是从西方近代政治理念上觉得中国的官府不应该这样对待自己的人民。
孙中山此时的思想重心只是反对一般的愚昧、迷信和官吏腐败，还谈不上从政治层面思考中国的前途与未来，他回到家乡的当年秋天，他小时候的同学陆皓东从上海返回，他们相见大约也曾谈到中国政治，说到过不久前发生并持续十几年的太平天国运动，说到过政府官吏的腐败，但是要说他们此时就想过革命，想过推翻清廷，想过夺取虎门炮台，可能还是后来不真实的想象，是将后来的政治行动政治想法前移了，因为一个最重要的证据毕竟是，孙中山和陆皓东当年秋天最重大的举动只是毁坏了北极殿中的玄天上帝和金花娘娘的神像，这显然只是以西方新知识摧毁乡人陈旧的传统迷信。(3)
摧毁神像后，孙中山在家乡没有办法再待下去了，他被迫离开家乡前往香港，进入拔萃书室读书。拔萃书室（Diocesan Home，Hong Kong）是英国圣公会创办的男子中学，孙中山在那里只待了短短两个月，但就是在这两个月中，孙中山与陆皓东正式受洗成为基督徒。
两个月后，也就是1884年4月，孙中山转学香港中央书院。这是香港第一所公立中学，成立于1862年，亦是一所新式英语学校。1889年更名为维多利亚书院，1894年更名为皇仁书院。
香港此时为英国殖民地，公立的中央书院当然实行的是英国教育制度，完全的英语教育，没有中文。此时的课程主要有语文、文学、世界史、英国史、地理、几何、代数、算术、卫生、机械绘图等。中央书院聘请的老师对西方历史文化都有很深的研究，讲解深入，使孙中山逐渐认识到西方政治制度的基本精神、原则和组织方式，知道了法国大革命和英国资产阶级革命的历史。
在中央书院读书的时间前后不过半年，后来因为孙眉获知这个弟弟在家乡毁神像的事情，觉得父母肯定是比较纵容这个小儿子，于是寄信让孙中山再到檀香山，以便留在自己身边管教。然而此时的孙中山正处在青春叛逆期，他与哥哥存在着明显的信仰冲突，他虽然在经济上不能不屈服于哥哥，但在信仰上则相反，你越反对他，他越坚定信念。哥俩在那里有很长一段时间的冷战。实在无法相处了，孙中山只好于第二年春天自己跑回香港，继续回到中央书院读书。
此次在中央书院一口气读了一年多，他曾希望在这所学院毕业后有机会学习陆军、海军，或法律，不知什么原因，这些愿望一一落空。1886年秋，二十岁的孙中山进入广州博济医院学医，这种选择其实是传统中国士人的一般道路：不为良相，便为良医；没有机会治国，只好去治人。
博济医院创办于1835年，据说是亚洲最早的西医院。1855年开始招收学生，只是人数很少，孙中山入学这一年，也就只有十几个学生。除了学医之外，孙中山在博济医院与同学郑士良相处不错，后又结识尤列，这两个人都与绿林好汉及洪门会党有着不同寻常的关系，他们后来都对孙中山革命有过相当程度的参与。
在广州博济医院学习一年，孙中山转入香港雅丽士医校。这所新设的医校完全按照英国医科大学五年学制设置，设备及师资条件都比较好。孙中山在这所学校一鼓作气读了五年，于1892年7月顺利毕业。
香港的五年，孙中山的主要精力当然是应付医学专业，从现在还能看到的成绩单说，他的专业成绩并不坏，毕业考试十二门功课获荣誉成绩者有十门，荣誉名次列第一。不过非常搞笑的是，这一届毕业生只有孙中山和江英华两人。
除了专业学习外，孙中山在香港的五年是其思想走向成熟的关键，也是其革命思想产生的一个重要环节。他在三十年之后回忆说，那时在香港读书，课余时间往往漫步街头，看到香港在英国人治理下秩序井然，建筑宏美，工作进步不断，其脑海中留有难以磨灭的印象。孙中山每年回故里香山两次以上，因为那个时候他已经成家，有妻子有孩子，也算是拖家带口的人了，回家也就是必然的了。每次回家，难免不对香港、香山两地进行比较，香港整齐而安稳，香山则相反。两个地方相距不过五十里，一个是香山，一个是香港，名字中都带着一个香字，可为什么两地的差别就这样大呢？外国人能在七八十年间在一个荒岛上成就如此伟业，而中国人为什么号称有四千年文明，竟然没有一个地方能达到香港如此繁荣如此文明如此蒸蒸日上呢？由市政进而比较研究政治，研究的结果，孙中山认识到，香港政府的官员皆洁己奉公，贪赃纳贿之事绝无仅有，这与中国的情形正好相反。中国官员以贪赃纳贿为常事，而洁己奉公为变例。于是，孙中山的革命思想自然而然地形成了。
一个人的革命
在香港的五年间，孙中山受到西方文明最直接的影响，思想发生了重大转变，具有革命的因素，但也并不是说他此时的思想已经非常激进，真的像他个人和那些追随者后来所追述的那样，在香港时就具有推翻满清的思想。肯定不是这样的。
事情的真相应该是，孙中山在香港那些年对中国政治的不进步深感失望，因为此时的清政府在经历了差不多三十年发展后，官员的腐败，官员的惰性，都是过去所不曾有过的严重。孙中山那一代略具世界眼光的青年志士当然不会像清政府的官员们那样，他们知道中国与世界的差距不可以道里计，中国的经济复苏与成长并不能说明中国的强大和富有，中国与西方的差别是两个时代的差别，而不是多与少的差别。
对于中国的不进步，孙中山和他的那些年轻朋友当然有自己的看法，基本的看法就是清政府中的那批官僚确实太老了，他们的知识太陈旧了，中国要改革要发展，仅仅凭借这样一批老官僚是肯定不行的，所以孙中山在那些年对政治的关注，对社会变革的关注，其实都和他这种心情有着很大的关联。他觉得，他不仅要做一个名医去治病救人救死扶伤，而且假如有机会的话，他更愿意从事政治，用政治去改变中国，那样可以救出更多的中国人。基于这样一种认识，孙中山在香港读书的第四年就给病休在家的清廷官僚郑藻如写了一封长信，系统表达自己对农业、禁烟、教育等一系列问题的变革主张。
关于农业。孙中山认为，中国的农业到了近代走向衰落，许多原本可以种植果树、栽培树木的丘陵山川，却变得一片荒芜，农民只知砍伐，不知种植；只知消耗，不知怎样积累。中国之所以到了近代出现这些问题，在孙中山看来，主要还是中国人不适应近代社会变迁，传统中国靠天吃饭，到了近代怎么办，农民似乎一点都不知道。所以，孙中山此后若干年，用了很大功夫办农会，推广农业新技术，拯救农村和农业。
关于禁烟。孙中山认为，鸦片危害于中国已非今日，多年来也有很多人提出许多不一样的主意，但都解决不了问题。现在英国人倡导禁止鸦片贸易，国内许多有识之士也创设一些禁烟组织，印度人也有禁种、禁卖、禁吸等举措，想鸦片之害完全消除应该不会太远了。然而，懦夫劣士，惯恋烟霞，即便多么严厉的禁令，都很难使他们折枪碎斗，戒绝吸食。所以，孙中山建议立会以劝戒，设局以助戒，用外力帮助那些瘾君子改邪归正。
关于教育。孙中山指出，远观历代，横览九州，人才盛衰，风俗纯靡，实关教化。教育有道，则人才济济，风俗淳朴，国家强盛。现在的中国则是另外一种样子，接受教育的人数太少，目不识丁为人口的绝大多数，妇女识字的少之又少，百中无一。此人才安得不乏，风俗安得不颓，国家安得不弱？在这样一个国度里，无论怎样添置铁甲、添置军械，也不可能战而胜之，战无不胜。国民素质决定着国家强弱，这就是孙中山的结论。因此之故，孙中山建议的核心就是多设学校，使天下无不学之人，无不学之地。
通观孙中山的三个建议，实在说来并没有什么惊奇和离经叛道的地方，其实就是当时中国社会最主流的改良主义主张。所以从这个历史文献看，还无法断定孙中山此时具有推翻满清、重建中华的思想主张。而且，这个上书还表明，孙中山此时最大的期待是希望能够获得体制内赏识，希望从体制外进入体制内，特别是对他这样的“海归”，尤其渴望体制内的认同。仔细分析他这封《上郑藻如书》的动机和目标，三个建议只是由头只是话语，重要的是他希望通过这份建议书引起这位乡先贤的注意，进而最好能够提携或引荐。所以孙中山在这份建议书开篇就是一大段自我介绍，毫不谦虚地说自己留心经济之学已有十多年，远至欧洲时局之变迁，上至历朝典章制度之变革，大则东西方天道人事，小则西方自然科学语言文字，我孙某多有旁及，多有研究。方今国家风气大开，像我孙某这样的人也应该有机会经世致用，不致沦落。我孙某翘首以期用世者非一朝一夕，多年来我也多次想过上书朝廷，以陈时事之得失。而之所以没有向朝廷上书，主要因为我个人觉得所学虽有师承，而见闻主要来自书本，缺少实际经验；运筹纵悉于胸中，而决策未尝付诸实事，缺少实践环节。坐而言者未必能起而行，所以我孙某力学十多年，犹踌躇审慎，未敢贸然求知于当道，向朝廷上书，主要还是担心自己的那些认识只是书本知识，不足为信。
孙中山在这份自荐书中接着说，现在不一样了，我孙某年已二十有四，原先家里太穷，既不能学八股以走上科举正途，又无力花钱捐官以踏上仕途。但我多年来又从不敢自弃于盛世，辜负时代。现在我终于可以将平时所学，小以试之于乡里，以验其无谬，然后仿贾谊《至言》、杜牧《罪言》，而别为孙某《策略》，质之当世，可能还不是太迟。所以，他向正在故里养病的郑藻如上书，就是期望将他的这些主张转化为社会实践，有个付诸实行的机会。(4)也正是从这个意义上说，到孙中山写这份上书的1890年，他的思想依然停留在对大清王朝高度认同的改良主义立场上。
不是一般的高度认同，而是孙中山认为他所处的年代，正是清朝中兴的全盛期，是盛世。这个看法也并不带有多少独特性，而是那个时代许多知识分子的共同认识。郑观应在那时写有《盛世危言》，虽然提的建议不是那么好听，但对“盛世”的肯定是毫无疑问的。孙中山准备写作的《策略》，在很大程度上也是模仿他的这位乡先贤而作，只是他在《上郑藻如书》中追述的更远，以为上承贾谊、杜牧等。
孙中山在20世纪90年代还不可能产生政治上的反叛思想，是因为那时还没有什么好反叛的。经济上的发展不必说了，即便在政治上，清政府虽然没有像日本明治维新那样进行政治体制的改革，转身向西，而这一点也正是到那时为止，中国人最为自豪的地方。中国人那时根本不会认同日本人没有自己文化立场的功利主义，而是坚信中国暂时的落后只是在技术在科技在枝节末叶上，要说根本，中国文明是与西方有着很大的不同的，但这种不同并不是说中国文明落后于西方，而仅仅是两种不同的文明。那时中国人的基本信念，是既要学习西方先进的科学技术，又要坚守自己的文化立场不动摇，中体西用。所以在20世纪90年代初期，政治上文化上稍具异端的青年一代，也就像孙中山这样，只是认为中国人在社会层面在移风易俗在教育等几个方面变革的不够，应该加强，那时的中国人还很少有几个有像甲午战后那样的普遍意识，即中国的最大失误是政治上没有随着经济发展而变革，没有像日本那样脱亚入欧，转身向西。
基于文化改良主义立场，孙中山联合同志，于1891年在香港创办“教友少年会”，又称作“培道书室”，内设图书、玩具、讲席、琴台，为公暇茶余谈道论文之地，其目的是联络教中子弟讲习修身养性之道，以免渐堕入流俗。(5)这虽然具有浓厚的基督教文化立场，但反过来可以证明孙中山此时绝对不可能发生推翻清廷的革命想法。
香港西医书院是英国人创办的一所学校，但由于主持者与中英政界有着比较密切的关系，因而其政治地位似乎显得比较高，李鸿章是这所学校的名誉赞助人，而当孙中山毕业时，出席典礼并向孙中山颁发毕业证书的竟然是香港总督罗便臣。
或许是因为这所学校的政治背景缘故，孙中山在经过五年学习后，对于医学专业并不感兴趣，他在三十年后回忆说，毕业后即决计抛弃其医人生涯，而从事于医国事业。这个说法当然有后来思想演进的添加成分，但他在毕业后确实想在政治上有所发展。他和江英华似乎原本想在香港找个职业，但不知什么原因，并没有如愿以偿。时香港总督罗便臣给英国驻华公使写了一封信，托英国公使转商北洋大臣李鸿章，请斟酌能否在北洋或者其他什么地方给予孙中山等人安置。
李鸿章很快给罗便臣回了一封信，表示可以来京候缺，每人暂给月俸五十元。然而当他们前往广州转商两广总督换张介绍信时，却受到总督衙门诸多刁难，孙中山毕业即踏上政界的想法落空，这不能不使他对清政府添加了一层不满。不过话又说回来，学医的他既然想到清政府中去任职，那也说明他对清政府还是认同，并没有失望。
无法医国，只能医人。孙中山在毕业的当年秋，就在港澳一些富人的赞助下，在澳门开了一间中西药局，挂牌行医，并很快干出了名堂，求医者日众，不止华人信仰，即葡萄牙人也相信这家新式诊所。
人怕出名猪怕壮。嫉妒心并不只是中国人的专利，西方人同样不能容忍在自己的地盘中出来一个强者。所以名声日盛的孙中山在澳门也就行医一年的时间，澳门同行就以孙中山没有葡萄牙医学文凭为理由，予以刁难。不得已，于1893年底孙中山回到广州开设东西药局。
东西药局的经营似乎并不很顺利，到了1894年初，大有经营不下去的趋势。根据陈少白的回忆，有一天他正在香港，忽然收到东西药局伙计寄来的信，报告孙中山失踪了，药房中的开销很难，收入不敷，只剩下十几块钱了。陈少白大约是东西药局的股东或赞助人，至少他是孙中山的好朋友，所以他闻讯后立即赶到广州，替孙中山维持店务。又过了不知多少天，孙中山终于又露面了，只是此时他对经营东西药局毫无兴趣，他那些天躲到乡下去写了一份《上李鸿章书》，看来他还是希望通过走门子进入官场。
孙中山的这份《上李鸿章书》，当然也不能说完全是闭门造车，但在一百多年后公平分析，孙中山的独创性见解其实真的不多。正如许多研究者所指出的那样，在这份上书中，孙中山提出了富强治国的四大纲领，即人能尽其才，地能尽其利，物能尽其用，货能畅其流。孙中山认为，这四个方面是现代西方各国富强之大经，治国之根本，是我大清继续发展应该遵行的道理，而不是只知道坚船利炮。
孙中山的这些意见，在他自己看来或许是有意义有价值的，但是不要忘了，他期望中的读者是李鸿章，那么从李鸿章立场看，这四点建议似乎就显得微不足道了，李鸿章对这四点意见不是一般的知道，而是知道得比这还要深。李鸿章的幕僚早在十年前就向他讲述过西方走上强盛的根本原因，在大清高官群体中早已知道人尽其才、地尽其利、物尽其用、货畅其流的道理，甚至知道民主，知道议院，知道立宪。即便拿孙中山的这四条建议与康有为六七年前提出的“变成法”“通下情”“慎左右”的建议相比较(6)，不但是理论上不及后者，就其思想主旨似乎还没有康有为式的政治意识，而更多地则与早期改良主义者如冯桂芬、王韬以及郑观应等人的主张相仿或相同，并没有多少独到见解。(7)
李鸿章当然还知道，孙中山这样的上书在大清国并不是唯一的孤证或特例，一些没有功名的读书人，除了花钱捐官，一个最重要的途径就是不厌其烦、坚持不懈地上书，万一哪一天哪份上书打动了某一位高官，那就“山重水复疑无路，柳暗花明又一村”了，这样的终南捷径，在那个年代太正常了，孙中山这样做，康有为也这样做。
在李鸿章看来非常正常的一件事情，但在上书者，在孙中山看来却是一件非常不一样的大事。孙中山此时不论多么有名，他的名也只限于他的那些年轻朋友中，还是典型的“名不见经传”，而李鸿章是什么人，那可是直隶总督兼北洋大臣，是皇太后和皇上当时最为信赖的心腹大臣，是大清国的栋梁。
孙中山对这次上书看得非常重，在陈少白帮他修改之后，他决定前往上海找找关系，看看谁能够与李鸿章幕府有比较直接的关系。东西药局他已无心经营了，陈少白帮他盘点之后，就交给那些出过股本的人了。孙中山几乎彻底斩断了一切后路，他破釜沉舟，将所有的希望都押在了李鸿章身上。
1894年春夏间，孙中山在陆皓东的陪同下，乘船北上，前往上海。既抵沪，借香港朋友的介绍，拜访王韬、郑观应等贤达，请求指教，当然也是请求门路。
王韬是近代中国真正意义上的报人，蛰居香港二十年，全身心经营《循环日报》，向国人提供信息资讯，现在隐居上海，与社会各界依然有着相当广泛的联系。据说，他看了孙中山的上李鸿章书，颇为赞许，并为之修订数语，又应孙中山的要求，作函介绍给李鸿章的幕僚罗丰禄、徐秋畦等。罗、徐当然都是王韬的好朋友，说得上话。
至于郑观应，那可是孙中山小老乡，是近代中国重要的思想家，也是洋务事业的践行者。孙中山究竟何时与郑观应有联系不可考，但据说郑观应的《盛世危言》中竟选录了孙中山1891年前后写的《农功》等文章(8)，可见他们之间应该有着比较密切的关系。郑观应此时正在盛宣怀主持的招商局任职，所以他也为孙中山写了一封给盛宣怀的推荐信。
盛宣怀是李鸿章的门生，与李鸿章有着非常密切的关系，他当然也是孙中山此行主攻的一个目标，所以孙中山离开广州时，就托澳门海防同知魏恒给盛宣怀的堂弟盛宙怀写了一封信，希望盛宙怀转托正在天津的盛宣怀，能够在力所能及或方便的时候帮助一下这个年轻人。
带着这些名人所写的推荐信，孙中山信心满满地和陆皓东一起离开上海，于1894年6月下旬抵达天津。到了天津，他们二人手持港沪友人所写的那些推荐信拜访罗丰禄、徐秋畦等人，述说自己的想法和要求。
罗丰禄、徐秋畦都是李鸿章幕僚班底中的重要角色，他们看到王韬、郑观应、盛宙怀等人推荐信，对孙中山的想法似乎也能够认同和理解，他们答应一定会相机协助，一定争取把这件事情办成。
孙中山的上书很快交给了李鸿章，李鸿章似乎就孙中山上书中提出的要求做了批示。孙中山在这份上书中强调农政之兴尤为今日中国之要务，表示愿意出国考察农业，以便拯救农业、农村和农民。
对于孙中山的这个要求，李鸿章是欣然答应的，李鸿章责成罗丰禄代领农桑会出国筹款护照一本交给孙中山。至于接见面谈的事情，李鸿章推托实在太忙，也就不见算了。
李鸿章不愿意见孙中山，或者说是罗丰禄、徐秋畦等人根本就没有安排见，这在后来看当然是一个不得了的大事情，但在当年，其实真的不算一回事。尽管孙中山有这么多贤达名人写推荐信，可你毕竟是一个不名的年轻人，不说李鸿章是大清国屈指可数的当朝大臣，仅其七十一岁的年龄，不见你二十来岁的年轻人闲聊一通，似乎也没有什么不可以。
当然，李鸿章不见孙中山最直接的原因是军务繁忙。这一点是孙中山最大的不满和不理解。但实事求是地说，李鸿章此时真忙得不可开交。是年4月，朝鲜东学党起义爆发，紧接着中日之间为是否派兵前往朝鲜镇压发生持续不断的争执。到了6月初，李鸿章听信袁世凯所谓日本“志在商民，似无他意”的错误判断，决意“遣兵代剿”，令丁汝昌、叶志超等率领军队跨过鸭绿江，出兵朝鲜。
李鸿章的决策正中日本人的圈套，日本遂借机出兵朝鲜，并迫使清政府同意由中日两国共同监督朝鲜改革内政的方案。到了6月下旬，也就是孙中山、陆皓东抵达天津的时候，正是中日交涉最为紧要的关头，中日双方虽然尚未以兵刃相见，但由于利益攸关，战争大有一触即发之势。此后不到一个月，战争就真的爆发了。正是在这种情势下，即便李鸿章借口军务繁忙，拒绝延见孙中山这一平民百姓(9)，似乎也在情理之中。
今天心平气和地看来是情理之中的事，但在孙中山当年却不这样看。因为他把这次投见看得太重了，他不仅关闭了药房，斩断了退路，而且又通过那么多朋友郑重介绍，结果只拿来一纸护照。这些事实不能不对孙中山造成强大的精神压力，使他觉得李鸿章看不起自己，同时也觉得李鸿章这个人让他失望。
超越绝望：战败刺激
中国圣贤一直告诫当权者要礼贤下士，对那些地位比较低的读书人要格外尊重，绝不能居高临下，盛气凌人。中国圣贤为什么这样反复告诫呢？道理很简单，尽管这些读书人还处在比较低的层面，没有功名没有地位，但是他们的内心却异常丰富异常脆弱，经不起任何蔑视轻视忽视或白眼，会导致不测后果。近代中国几个来自下层的革命者，差不多都有相似的经历，如果不是李鸿章阴差阳错地错过了与孙中山见上一面，如果能够把他安置在自己的幕府中，那么中国近代中关于孙中山的一幕历史内容将会改写。如果北大校长蒋梦麟能够接受李大钊的建议，给北大图书馆管理员毛润之每月增加几块大洋，可能毛先生大概也就在那儿安心整理图书和目录卡片；如果胡适之、张申府当年不是那么以北大名教授的身份无视毛先生的存在，而是像北大讲师梁漱溟那样以比较平等的身份寒暄几句，估计后来的历史都会重写，历史的走向都会因这些偶然性而改变。
然而，历史无法假设。机缘没有使李鸿章接见提携孙中山，李鸿章这一历史的失误不仅导致了孙中山由李的崇拜者转变为反对者，更为重要的是，孙中山由此被冷落转而变得对整个体制彻底失望，他由先前真诚想进入体制谋取发展，转而决绝地要推翻这种体制。他不仅不再相信李鸿章不再相信清政府，而且不再相信清廷统治者有能力有诚心带领中国继续前进，对于康有为、梁启超同时代人提出的改良维新方案不屑一顾，对于严复所张扬的达尔文进化论和物竞天择、适者生存的丛林法则，孙中山也不再感兴趣，他此后的所有思想所有行为，都集中到一点，那就是要唤醒民众，推翻满清，重建汉族人的中国。孙中山以先知先觉者的姿态，开始了一个知其不可为而为之的革命历程。皇天不负有心人，也就只是经过短短十几年的奋斗牺牲，革命竟然真的成功，推翻了清王朝，结束了中国数千年的帝制。
孙中山的反叛当然不是因为李鸿章拒见马上实施的，而是随着甲午战争的进程而发生而演变的。在他上书李鸿章之后，不管怎么说，李鸿章除了没有接见这个年轻人外，孙中山所要的帮助，李鸿章还是安排他的手下给予解决了。之后，孙中山、陆皓东又在天津、北京游玩了一段时间，然后南下武汉，再顺流而下，回到上海。
孙中山回到上海的准确时间，现在不太清楚。只是从那之后，中日战争的消息不断传来，好的消息几乎没有，而坏的消息却是一个接着一个。这才是孙中山对清政府开始逐渐失望的理由。在失望之余，孙中山想到在京津所见所闻，于是认为中国在战场上的失败不是偶然而是必然，因为清廷内部上上下下充满着腐败与暮气，即便连李鸿章这样在第一线负责任的大臣，其实也是一个经不起审查的腐败者。孙中山说，他在天津，有很好的机会看到李鸿章发财致富的方法之一，就是各级文武官员从整个国家各部分成群而来请求任命，但是就在他们的呈文到达李鸿章文案以前，他们必须支付大量的贿赂给李的随员。(10)
至于北京，根据孙中山的观察，满清政治下的龌龊，更百倍于广东的两广总督衙门。(11)这一系列的腐败现象引起孙中山的思考和警觉，他终于认识到，清廷已经没有办法通过渐进的改良进行调整，因为上等社会多不满意于海陆军人腐败贪黩，骄奢淫佚；而下等社会，更广大的劳苦大众，并不分享经济发展所带来的好处，怨望之心愈推愈远，愈积逾深。(12)统治者已经没有办法照旧统治下去，被统治者也不再甘心这样继续受欺凌受威逼，传统中国的改朝换代已经露出明显的迹象，王朝末期的特征已经非常明显。
带着这样一种想法，孙中山于1894年秋重回檀香山。而檀香山恰恰在这一年初推翻了君主专制制度，废除了王位，建立了夏威夷共和国。檀香山的政治变动对孙中山的思想演变发生剧烈冲击，也改变了他的哥哥孙眉的一些观念。
孙中山此行原本是为了考察农村和农业，并准备向亲友集资，准备拿着这些资金回国举行反清复汉武装起义。孙中山的这些看法如果在早几年似乎很难得到孙眉的认同，现在孙眉却对这些异端不仅不再反对，反而热情支持，甘愿划拨一部分财产帮助弟弟从事革命。(13)这对孙中山也是一个不小的鼓舞。
在孙眉和其他华侨鼓励支持下，孙中山于1894年11月24日在檀香山组建中国第一个近代革命团体兴中会。参加成立会的有二十多名华侨，他们分别代表着第一批会员约一百三十人。会议在孙中山提议下确定会名为“兴中会”，其意就是要“振兴中华，挽救危局”。会议通过兴中会章程共九条，还规定以“驱逐鞑虏，恢复中华，创立合众政府”为秘密誓词。
在孙中山起草的兴中会章程中，概略分析了中国处境，以为中国积贫积弱绝非一日，而是由来已久。中国在战场上不敌日本并非偶然，究其原因，是在上者因循苟且，粉饰虚张，在下者蒙昧无知，看不明白世界潮流国际大势。孙中山列举最近一段时间中国的艰难处境时说，近之辱国丧师，日本大兵压境，堂堂华夏，竟然受到这样的奇耻大辱，不被列邦看重，反被邻邦羞辱。五千年文明典章制度不再被异族所看上，中国有识之士面对如此窘境，能不感叹万分，引发思索？孙中山在这里提出的问题是：为什么拥有四万万苍生之众，拥有数万里土地之饶的中国，不能发奋为雄，反而受制于日本这样一个小小的岛国呢？问题的关键究竟在哪儿呢？
孙中山的困惑是一个时代的困惑，是那一代中国人普遍性的困惑，中国经过三十年的洋务积累，国家不能不说比较富裕了，可是为什么就是在战场上不如日本人呢？
孙中山从甲午战败中看到的是什么呢？是自上而下全面腐败，庸奴误国，荼毒苍生，一蹶不振，如斯之亟。而如今的国际环境强邻环列，虎视鹰瞵，这些强国个个久已垂涎我中华五金之富物产之饶，它们既需要庞大的国际市场倾销过剩的工业品，更需要资源需要廉价和源源不断的劳动力，所以列强对中国蚕食鲸吞的图谋与野心早已存在，只是最近若干年越来越厉害罢了。(14)中国之所以陷入如此困境，原因何在？孙中山认为，问题的症结只有一个，那就是清政府不能代表中国全民族的利益，所以必须推翻必须打倒。
孙中山因甲午中日战争中国在战场上的连连失败而对清政府失望，并由此决心引领中国走上另外一条发展路。
民族主义异军突起
平心而论，孙中山对中国现状的分析确实抓住了问题的关键，中国如果不进行改革，其前途确实不容乐观。孙中山在后来反复强调，有人以为只要能说服李鸿章等中国政府中的高层人物，使他们相信铁路、电话、欧洲陆军和海军等现代化组织的效用，启发中国人民，并设法把整套文明机器输入中国，那么中国的新生就会开始，这种看法真是和使吃人的野兽改用餐具，想借此把它们改变成素食者同样的荒唐。(15)孙中山坚信，中国问题的真解决，不在其表，而在其里。这个里，就是推翻满清，解放这个被满洲人占领了快三百年的殖民地。(16)于是孙中山在此后对一切准备扶助清政府进行改革的任何企图都坚决反对，置于不容讨论之地位，强调目前中国的制度以及现今的政府绝不可能有什么改善，也决不会搞什么改革，只能加以推翻，无法进行改良。期望当今的中国政府能在时代要求影响下自我革新，并接触欧洲文化，这等于希望农场的一头猪会对农业全神贯注并善于耕作，哪怕这头猪在农场里喂养得很好又能接近它的文明的主人。(17)为了拯救中国，他和他的同志正准备发动革命，打倒清朝。孙中山的言行之所以能够在那么短的时间里获得那么多人的共鸣和拥护，是因为孙中山说出了此时此刻他们心里想说的话。两百年的政治发展，三十年的经济高速发展，在清政府内部形成了一个又一个特殊的利益阶层，一个又一个的特殊利益集团，对于这样一种特殊的权力架构，指望它们从体制内部进行从容的主动变革，那真的比登天还难。甲午一战，证明了清政府已经成为阻碍中国进步的绊脚石，中国要想前进，只有搬开这块石头。这就是孙中山的思考和结论，也是他的拥护者和追随者所思考的。
