第二天（6月12日），光绪帝就总理衙门报来的兵部左侍郎荣惠5月23日《请特设商务大臣及选派宗支游历各国折》的建议发布上谕，称商务为国家富强之要图，命各省督抚率员绅认真研究，从速妥善筹备，总期联络商情，上下一气，勿得虚应故事。至于选派宗室王公游历各国，开阔眼界，似乎也是一件值得重视的事情，命宗人府察看保荐、听候有关部门的选派和统一安排[32]。
这份上谕今天看来似乎并没有什么了不起的，但却在满洲人中间引起了相当大的反响。一部分比较敏感的满洲贵族认识到，选派宗室成员游历各国，考察各国政治体制，似乎有意于改变大清王朝已有体制。再加上11日成立京师大学堂及命各省督抚保荐外交人才的两份诏书，如果真的在汉人中间无限度地选拔人才，这一切都势必影响到满洲人在大清王朝政治格局中的地位。所以，这批满洲贵族中有办法的人向清廷乃至慈禧太后进行了反映，表达了他们的担心。不过这份上谕和先前的两份诏书一样，都是经过老佛爷的批准，因此反对无效。
来自满洲贵族内部的反对并没有引起光绪帝的重视，他相信随着更多改革措施的相继出台以及改革成果的不断呈现，这些反对的声音自然会销声匿迹。6月13日，光绪帝在读翰林院侍读学士徐致靖《国是既定用人宜先谨保维新救时之才请特旨破格委任折》时，对折中奏保的“通达时务人才”康有为、张元济等人甚感满意，遂宣布将于三天后召见工部主事康有为、刑部主事张元济；令湖南长宝盐法道黄遵宪、江苏候补知府谭嗣同送部引见；广东举人梁启超由总理衙门察看具奏。
奏保人才，原本是光绪帝在新政开办之初提出的一项建议，也是得到慈禧太后同意的。按理说徐致靖保荐康、梁等人也是为国家发现人才，功莫大焉。不过这件事情的曲折复杂，以及由此而引起那些本来就对康、梁等人个人人格甚为反感的一些人的反弹，这也与后来变法运动的挫折有着相当密切的关联。
原来，徐致靖保荐康有为等所谓“通达时务人才”的奏折并不是出于徐本人的手笔，根据比较可信的资料，这是康、梁密谋合作，自己写的保荐书，然后利用与湖南学政徐仁铸的关系，请徐以其父徐致靖的名义上奏的。这一消息传出后，京城官场、士大夫哗然，既笑康、梁作文自保之无耻，又笑徐致靖之文品[33]。这对康、梁显然具有相当大的负面影响。
不过，康、梁等人作文自保的事实毕竟当时尚未立即传出来，清廷内部是否有人知道此事的秘密，也不得而知。但一个明显的事实是，光绪帝6月13日将召见康有为的上谕发表后，仅仅宁静了一天，光绪帝就在6月15日发布了几道极端令人困惑的诏书。
这一天，光绪帝住在颐和园，这几道上谕也都是从这里发布的。我们之所以格外强调是在颐和园，是想说明这几道上谕肯定也是经过与慈禧太后商量，或者经过太后过目，或者根本就不是皇上的意思，而是太后的旨意。
第一道上谕称，从此以后，凡被授予文武一品暨满汉侍郎者，都应在向皇上谢恩后具折恭诣皇太后前谢恩；各省将军、都统、提督等官也应一体具折至皇太后面前奏谢。这个规定在慈禧太后明确宣布光绪帝亲政之后不曾有过，它的含义自然是太后又从后台走到了前台，拥有极大的人事权力。这究竟是光绪帝的本意，还是慈禧太后胁迫的结果？
第二道御旨称，从今之后，只要皇帝住在颐和园，那么朝廷各部门遇有应行引见之员，也应一体带领向皇太后引见。这一道上谕的含义与第一道相同，表明不仅重要的人事变动要经过皇太后的同意，即便是各衙门的事务，只要是皇帝在颐和园办公，皇太后也有权知道。
第三道上谕是宣布免去协办大学士、户部尚书翁同龢的职务，理由是翁近来办事多未允协，以致众论不服，屡屡有人参奏，且每于召对时咨询事件，任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜任枢机重任。如果这些指责都成为事实，将翁同龢开缺回籍，免官为民，不再录用也就算了，可是上谕中却说翁的这些问题本应查明究办，予以严惩，然而念其在毓庆宫行走有年，不忍遽加严谴，最后的决定仍是将他开缺回籍，以示保全。这道上谕的事情极为简单，但含义却最为复杂，解释更是五花八门。
第四道上谕是就6月12日关于责成宗人府就宗室王公游历各国的上谕做出的说明和修正。强调各位王公贝勒都是满族中最为尊贵的人，前次让宗人府负责选派、保荐游历各国的人选，确实考虑不周，多少有点伤害各位王公贝勒的尊严，现在加以改正，所有愿意出国考察游历的王公贝勒，不必再经过宗人府的选派、保荐，由朕亲自察看、决定。其王公贝勒以下及闲散宗室内如有志趣远大、才具优长者，仍由宗人府随时保奏。这一更改实际上是在满洲贵族的压力下进行的，虽然并没有更多的伤害光绪帝的尊严和体面，但由此可见在这群满洲贵族的包围中光绪帝所能发挥的独立自主作用极为有限。
第五道上谕发布了两项人事调整，一是召王文韶迅速来京陛见，一是命荣禄暂时署理直隶总督。
在这五道上谕中，第四道上谕的内容不必再解释，其他四道都涉及人事问题，第一、第二道上谕是说人事问题的一般原则，第三、第五道上谕发布的是具体人事调整。前二者过去的记录与研究都说是慈禧太后在荣禄、刚毅等人的鼓动下，开始对光绪帝不放心，有意识地通过对人事权的干预，限制光绪帝。这种说法的最早版本是，早在甲午年正月，有内务府大臣某，私自跑到慈禧太后面前谢恩。光绪帝得知此事后，怒斥这位大臣不懂得规矩。原来自从皇太后归政之后，凡大臣遇皇太后有赏，一律由皇上代奏谢恩，以此表达对皇太后的尊崇。这种办法的本意是为了尊崇慈禧太后，但却因小人的挑拨而导致慈禧太后对这项举措甚为不满，以为是光绪帝故意对自己进行限制。她在戊戌年初曾与某位亲信大臣谈到这些，这位大臣便乘机告状，称康有为等政治小人蛊惑乱政，大小臣工竟有向康等人附和求荣的行为。这样下去实在可怕，他恳请太后即便不肯再次垂帘听政，也应该接见臣下，以制约他们的妄为之心，否则日久更无忌惮，到了那时再想收束，恐怕为时已晚。这番道理深深地打动了慈禧太后，于是太后让光绪帝颁布了这些规定，要求新任命的高级官员在向皇上谢恩的同时，也应该向慈禧太后谢恩[34]。慈禧太后由此夺回了人事权力。
这种说法虽然也说得通，但未免将慈禧太后说得太随便了点，而且在牵涉未来重大变革的历史关头，她既然已放手让光绪帝大胆去试验，又何必在这时出来限制他的权力呢？她此时即便下令光绪帝不许进行任何改革，相信也不会被拒绝。事实上，这种解释都是戊戌政变之后康、梁一派所散布出来的，距离历史的真实可能相差甚远。
历史的真相应该是，两宫既然对将要进行的改革达成共识，慈禧太后不论是当面，还是背后都表示希望光绪帝能够抓住时机大胆地实验，大胆地闯。鉴于慈禧太后对自己前所未有的信任，光绪帝有意借助于太后的经验，让其在归政多年之后重出江湖，为自己将要做出的许多决策尤其是最敏感的人事决策提供咨询又有什么不可能呢？事实上，新的办法也只是要求获得任命的新官员在向皇帝谢恩的时候也要向慈禧太后谢恩，慈禧太后既不能在这一礼节性的谢恩过程中否决已有的任命，那么她与这些新官员的谈话及其所做的考察，也只是向光绪帝提供参考而已。怎么能说是有意识地从一开始就限制光绪帝的人事任免权呢？所以当那些比较关心中国政局演变的外国观察家在得知这个新规定之后，最初反映是慈禧太后正在夺得大权，奇怪的事情和新奇的做法完全可能发生[35]。甚至认为将翁同龢免职实质上构成一次政变，它的重要性在于即使不是真正废黜了、也实际上废黜了皇帝，这样说不算夸大。恭亲王之死，已经使光绪帝失去了一位老一辈的庇护者，而慈禧太后又立刻进了一步，胁迫这位可怜的年轻皇帝革去了他最忠诚的支持者、保护者翁同龢的官职。同时，慈禧还强迫光绪帝下令，受任新职的高级官吏必须到慈禧面前谢恩。这就意味着，她将亲自垂询这些高级官吏对当前事件的见解，并亲自向他们颁发怎样处理这些事件的谕旨。“据说，慈禧曾说，恭亲王去世了，光绪帝的亲政已经使大清国濒于毁灭，再也不能听任光绪去办朝政了，而她必须重新临朝听政。”有的外国观察者在混乱的局势下还听说，清政府内部高层“已经在议论真正的废黜皇帝而不止是实际上的废黜了，但是又惧怕牵涉外国列强而引起复杂的局面，似乎已经放弃了这种设想”。他们根据这些传言甚至得出这样的结论，6月15日一系列诏书表明“这次政变的两个次要结果将是：前景是非常严重和不平静的；但是，起初事态也许进展得很缓慢，也就是说，在王文韶和张之洞到达和新的改组安排妥当以前，还需要一些时日”[36]。不过在经过几天的观察与详细了解之后，他们已经同意当时许多中国人的说法，以为目前采取主动的是光绪帝，而不是慈禧太后[37]。两宫之间的一致性远远大于分歧，不应因后来的两宫冲突去看待在宣布变法之初的两宫关系。
6月15日这批诏书还引起了另外一种截然不同的反映，即认为不管在这件事情的决策上是谁占据主动，其结果都意味着新改组的政府已经摈除原先的保守与暮气。将翁同龢免职不是削弱光绪帝的权力，更不是保守派对革新者的打击，恰恰相反，是清除了这个极端的保守主义者，是为将要进行的改革扫清人事上的障碍。完全可以相信，没有翁的新政府在光绪帝的带领和慈禧太后的协助下，一定会采取许多有意义的改革。美国新任驻天津领事向美国国务院报告称，被开缺回籍的翁同龢多年来一直身居要位，且深得皇帝宠信。他相当诚实，心地善良，但极端排外，“是顽固派中的顽固派”[38]。对于中国政局的未来，美国领事一方面忧虑慈禧太后与光绪帝在治国理念上的差别迟早会引出麻烦；另一方面对中国的政治前途充满信心，相信随着慈禧太后重新掌握权力，李鸿章将很快复出并恢复其影响力，而李是中国高级官僚中少有的具有世界眼光的政治家。他们相信李主导的政府一定会进行一些有意义的改革，促进中国的进步与发展，缩小与西方文明世界的距离。
英国驻华公使窦纳乐根据与翁同龢直接交往的经历得出结论：翁的出局不会影响中国的改革，相反，是为改革扫除了一个坚定的、受人尊敬的保守派。因为翁的政治理念虽然极端保守，但在个人人格方面，他却无可挑剔，受人尊敬，有学者风度，是一位守旧的中国政治家最优美的典型[39]。
与翁同龢有着很多直接交往的赫德也表达了类似的看法。赫德说，翁同龢被开缺回籍是意味深长的事件，“它意味着一种过于守旧的政策的放弃。这可能表明了宫廷内的争吵；皇太后要废掉光绪帝——但是中国人说并非如此。我为可怜的翁老头难过。他有很多卓越的见解，但是据说他利用了作为太傅的职权，过多地干预了这位皇帝关于实行民众参政的主张。可惜的是，这位皇帝没有把它实行得更温和一些”[40]。他既为翁的如此结局感到遗憾与惋惜，也庆幸中国终于放弃了过去过于守旧的政策。这大概就是当时人们的一般看法。
至于国内年轻一代的知识分子，他们并不认为开除翁已经意味着慈禧太后对维新变法运动不满，意欲制约光绪帝的权力。真实的情况或许正相反，他们差不多都对清廷如此严厉地处分翁同龢觉得有点过分，但也似乎承认翁可能真的代表了守旧的一面，翁的出局或许有助于维新变法运动的深入开展。所以，在翁被开缺的第二天，康有为按照既定的安排觐见光绪帝，他不仅没有对翁的免职提出任何异议，相反却鼓励光绪帝为了能够顺利推行变法新政，应该更多地将那些守旧的高官剔除出局。甚至在他等候皇帝召见的时候巧遇荣禄向他咨询怎样才能够补救时局、顺利推行变法时，康有为明确表示仅仅将那些守旧的高官免职出局还不够，最好能够杀几个一品大员[41]。由此可见康有为似乎并不同情翁同龢的遭遇。
闪电击倒了翁同龢
1898年6月15日第三、第五两道上谕所发布的具体人事变动案，确实应该从善意的角度去理解，否则很难自圆其说。这一人事案的关键是将翁同龢开缺回籍，王文韶、荣禄的调动都与此有关。
在过去的著述中，人们普遍相信康、梁在戊戌政变后的说法，以为变法之初将光绪帝的师傅翁同龢开缺回籍，是以慈禧太后为首的保守派意欲斩断光绪帝的左膀右臂，是慈禧太后、荣禄等人早在变法正式开始之前的一个大阴谋。最近几年又有新的说法，以为翁同龢之所以被开缺不能归罪于慈禧太后，而是光绪帝本人的意思，即便慈禧太后有责任，那也只是默许而已。
诚如梁启超在《戊戌政变记》中所指出的那样，翁同龢之被开缺是戊戌年间政治改革成败的一大关键，因此明了翁氏何以被开缺，以及这一事件所导致的直接后果，确为戊戌维新运动史研究中的一大课题。
作为光绪帝的师傅，翁同龢不仅长期受到光绪帝本人的信赖和倚重，也实际上为慈禧太后所信任。试想，如果慈禧太后不信任翁同龢，她会让他长时期在年轻的皇帝身边充当老师吗？所以说，翁的被开缺，不必从更远的背景去寻找，还是应该回到光绪帝所宣布的上谕上来。通过这份上谕的主线去贯穿大家都能看到的史料，看看哪些符合逻辑，哪些属于康梁系政治势力戊戌政变后的政治宣传。
上谕所列原因主要是两项，一项是从远处说，另一项则从最近期的责任上说。先看第一项，该上谕开篇第一句说翁同龢“近来办事多未允协，以致众论不服，屡经有人参奏”。显然，翁的免职是因为“近来”的工作实绩及效果不佳。那么这个近来究竟有多远？所谓“众论不服”的众论又指哪些？所谓“屡经有人参奏”的那些奏章又都说了什么？对于这些指责，翁同龢是辩解，还是承认？所有这些似乎都是弄清翁同龢被免职的关键。
根据这些提示，我们不必远求，只需分析甲午战争后翁同龢主要担负哪些职责，他的工作效率如何，就可得知什么原因导致他从两宫最为信任、依赖的宠臣、重臣而变为被人不断参劾的，最终被两宫不得不疏远的人。
在甲午战前，面对日本的步步进逼和不断挑衅，翁同龢是坚决主战的领袖人物，在他的影响下，年轻的光绪帝也走上了主战的立场。可惜战争失败了，清政府不得不面对《马关条约》规定的巨大的战争赔款和巨大面积的国土丧失。当此关头，翁提出“宁增赔款，必不可割地”，清政府的决策者似乎也接受了这一主张，于是有三国干涉还辽的发生，中国借此收回了辽东半岛，却增加了更多的赔款。
在短时期内筹集这一笔巨大的战争赔款是战后清政府最主要的工作，而曾经提出宁增赔款也不愿割地的翁同龢自然要对怎样才能迅速筹集到这笔资金负有相当大的责任，更何况他还以帝师的身份兼任军机大臣、总理各国事务衙门大臣、督办军务处大臣、户部尚书、协办大学士等数职呢！
根据当时清政府的财政状况，要想依靠自己的财政结余去偿还这笔巨款是根本不可能的，唯一选择是向西方国家筹借。
按照惯例，清政府在战前向西方国家借款时，基本上是由担任海关总税务司的英国人赫德负责经办。所以当清政府在战后有意向西方筹借款项时，赫德就提出，希望将海关每年两千万两的洋税全扣，这样差不多十年，就可以将这笔巨款全部了结。赫德的建议遭到了户部侍郎张荫桓的反对，张以为如此办理肯定会影响政府的日常财政支出。接着，赫德提出向英国汇丰银行借款五千万两，除了偿还日本的费用外，还可以剩余一千数百万两办理其他事情。
向英国的商业银行借款没有成为事实，因为当时俄、德和法因联合干涉日本向中国归还辽东半岛自认为有功，企图以此强制中国向他们借款，而清政府内部如李鸿章、孙毓汶、徐用仪等人看到三国干涉还辽的外交意义，同样期待通过向俄国等进行借款的同时，加深两国的关系，以便联合俄国等制衡或者说压制日本。
经过反复交涉与争夺，甲午战争后第一笔大借款由俄国、法国共十家银行分摊提供，总额折合银一亿两，年息四厘，九四又八分之一的折扣，分三十六年偿还，以海关关税为担保。中国方面由总理衙门和户部共同负责，徐用仪、张荫桓户部堂官等参与谈判，而担任户部尚书的翁同龢因故没有参加，这就为后来的纷争留下了伏笔。
根据中俄法达成的共识，这次借款所附的政治条件是，俄国不但要插手中国的海关，分享由英国人独占的权力，而且获得了不少通商优惠以及修建西伯利亚铁路在中国境内的商业机会等；而法国则通过与清政府签订《中越分界通商条约》，获得了云南境内的大片土地使用权，以及投资开采矿产、修筑铁路及通商等方面的商业利益。
政治借款附带某些商业性的条件，按理说也是外交上的通例，况且吸引外国资本到中国投资、开发市场也未必就是一件坏事。不过，没有参与此次谈判的翁同龢似乎并不这样认为。他认为，中国因这次借款“受亏不少”。基于这种认识，翁同龢批评徐用仪在谈判中一味屈从俄国人的要求，甚至同意他们提出的九三折扣率，致使中国蒙受了不该有的损失。他甚至与同样没有参与谈判的张荫桓联名致电中国驻俄公使，要求更改折扣率。负责此次谈判的徐用仪当然也有自己的理由，他既不承认屈从俄国人的压力出让国家利益，更没有因为翁的特殊身份而接受他的指责。
这样，他们之间自然发生了深深的误会乃至“龃龉”与“忿争”。再加上那些自命清流不明事理的御史们王鹏运之流接二连三的告状，徐用仪很快就被光绪帝罢免了职务。
1896年3月，《马关条约》规定的第二批赔款到期，清政府依然需要向西方国家借贷。鉴于第一笔借款中的曲折坎坷，清政府决定这次借款由翁同龢与张荫桓具体负责。张荫桓在外交主张上有联英拒俄制日的倾向，而管辖长江流域的两江总督刘坤一、湖广总督张之洞也倾向于向英国和德国借款，他们也分别致函翁同龢表达了这一看法，希望翁通过这次借款保持各大国在中国的均衡态势。他接受了这些主张，与张荫桓开始了与英德方面的借款谈判。
这次谈判进行得非常艰难，英德方面提出了相当苛刻的借款条件。经过反复交涉，1896年3月终于达成协议，此次共借款折合银一亿两，年息五厘，折扣九四，以海关收入做担保，分三十六年还清。中国方面还同意，在这笔借款没有还清之前，中国的海关总税务司仍应由英国人担任。
这次谈判的附加条件是英国通过《中缅条款附款十九条》掠夺了大片土地，扩大了在云南境内投资修筑铁路及在西江通航、通商等商业机会；而法国则获得了龙州至镇南关修筑铁路的合同。
两次借款使中国付出了不少的代价，尤其是各种折扣、佣金以及政府内部的挪用、个别官员的贪污等，都使实际的偿付数额大为减少。照此下去，《马关条约》约定的数额必将大为增加，中国的负担将更加沉重。长痛不如短痛。翁同龢会同户部满人尚书熙敬及张荫桓等都觉得不如将剩余赔款一次性偿还，还可以节省一千数百万两的利息。
清政府接受了这一建议，并据翁的建议，委派李鸿章会同翁同龢及其他大臣一起负责这次借款。而李鸿章提出鉴于过去几次借款中的困难，不再向各国政府借款，改向商业银行借贷。然而经过相当长一段时间的奔波，这种想法根本不可能成为现实，中国只好继续向各国政府借款。
1897年12月，李鸿章向俄国政府提出借款一亿两，俄国财政大臣维特很快同意，但附加条件是中国要满足俄国在满洲与蒙古享有修筑铁路及工业开发的独占权、中东铁路部分支线的修筑权及相关港口的修筑与使用权，还要承诺一旦海关总税务司一职空缺时，应聘请俄国人担任等。
英国政府得知俄国的借款条件时甚为愤怒，设法迫使中国同意向英国借款，并提出相应的附加条件。英、俄就向中国政府借款问题展开了激烈的竞争，甚至为此使用了不光彩的行贿手段。而翁同龢、李鸿章、张荫桓等人或许并没有真的接受过大笔贿赂，但多少得到过一些好处，这在后来的“倒翁”风波中，起到过相当重要的作用。这或许也是光绪帝由格外信任翁同龢转而不信任乃至厌恶的原因之一。
一次性偿还日本的方案终于没有实现，而提出这一方案的翁同龢不仅为此要背上“办事多未允协”的责任，而且因其受贿的嫌疑必然遭遇“众论不服，屡经有人参奏”的后果。
不特此也。当翁同龢的方案无法继续执行的时候，他又别出心裁地向清政府建议发行“昭信股票”来筹措战争赔款。昭信股票的发行是近代中国第一次发行国内公债，翁同龢和其他主持此次发行的大臣们没有相关的经验也是事实，但翁等人对此等重大事务调研不充分、宣传不力、工作草率等致使昭信股票毫无信誉，无人购买，也实在使大清王朝丟尽了脸面。光绪帝即便有心保他的师傅不丢官罢职，恐怕也“众论不服”。1898年3月24日，御史徐道焜上奏指责昭信股票流弊甚多，建议清政府速筹良法，亟图补救。3月29日，御史何乃莹上奏称昭信股票失信于民，弊端丛生。这种“屡经有人参奏”的办事大臣不被开缺、免职，清政府要开始推行新政何以服人？所以，从这个意义上说，翁同龢于新政刚开始第四天就被开缺回籍，实际上隐含有杀一儆百的深意，是告诫那些官员们，如果对新政推行不力，或横加阻挠，即便尊为帝师，也照样严惩不贷。也只有这样才能理解光绪帝何以在宣布免除翁同龢的职务后“警魂万里，涕泪千行，竟日不食”[42]，他似乎也觉得因“这些工作中的失误”就将自己朝夕相伴十数年的师傅开缺回籍太过残忍，但是为了新政的顺利推行，为了大清王朝的未来，也只好委屈自己的师傅了。所以，翁同龢被开缺回籍有着许多复杂的背景与原因，既有政敌的报复与暗算，也有自己的失误、不检点，但根本的原因似乎是慈禧太后与光绪帝为了新政的顺利推行，为了大清王朝的根本利益而做出的选择。回想自商鞅、王安石乃至历朝历代的政治改革，哪一次没有拿自己的亲信、同道、朋友乃至亲人去祭旗？
这是从“近来”的远因上说。就“近因”而言，翁同龢也已无法满足新政的政治需要，他已经属于过去的政治人物，新朝新政必须要有新的气象，所以上谕指责翁同龢近来“且每于召对时咨询事件，任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜枢机之任”。这些指责所隐含的内容非常具体，也足以表明翁已经不再适宜于继续担任推行新政、从事维新变法的政府首领了。恭亲王奕去世后的政府必须进行改组，翁同龢就必然成为牺牲品。
过去的史料记载都表明翁同龢不仅同情康有为、梁启超等人鼓吹的变法维新，而且也是他向光绪帝推荐了康有为，从而使维新变法运动在经历了几多曲折之后终于在1898年正式开始。翁同龢是康有为的发现者，没有翁，即便维新运动仍然会以某种形式、在某个时候变成现实，但绝不会是已经发生过的那个样子。所有这些都是不可更易的。
不过也正如史料所表明的那样，虽然翁同龢赞成、支持康有为的维新变法思想，但他与康之间依然存在着很大的不同。他虽然也是《公羊》学的研究者和鼓吹者，但却不能赞成康的孔子改制与新学伪经两大根本学说，而正是这两个震动学界、政治界的“异端学说”才是他鼓吹政治变革、向西方学习的思想基础。所以当光绪帝1898年5月26日向翁同龢索要康有为关于变法维新的著作时，他竟一反常态，突兀地表白自己不与康往来。
这一反常回答肯定使光绪帝莫名其妙，因为光绪帝清楚地记得正是师傅不止一次地向他推荐康有为，甚至希望光绪帝能够破格召见他，听听这位年轻的政治改革家关于中国未来的设计。后来在恭亲王奕的指点下，以为以皇帝之尊去接见康有为这样的年轻后生不合礼仪为由回绝了翁同龢的请求，改由总理衙门的大臣们在西花厅向康问话。第二天，正是翁师傅在书房里向自己密报了大臣们与康有为谈话的情形，使光绪帝对康的印象又增加了几分。正如梁启超在《戊戌政变记》中所说的那样，光绪帝由此开始格外留意康有为这群维新志士的一举一动，而翁师傅也开始“议论专主变法，比前判若两人”，每天向皇帝的授课也由先前的中国传统教育，改为“日讲西法之良”。可是刚刚三四个月过去，翁师傅怎能说他不与康有为往来呢？年轻的光绪帝不得不反问道，是什么原因使你不与康有为往来？翁答道，此人居心叵测。这个回答更使皇帝莫名其妙，你先前竭力推荐的所谓年轻有为的政治改革家竟然“居心叵测”，那么你是怎样考察的？先前为什么不详说？翁同龢的回答是，先前没有看到过康的全部著作，最近得读《孔子改制考》方才得到这样的认识。这虽然可以自圆其说，但光绪帝肯定认为，师傅要么是在骗他，要么六十九岁的翁师傅确实老了。于是光绪帝决定今天不再与师傅理论，待明日他调整好情绪再说。
第二天，光绪帝再向翁师傅索要康的著作，翁依然如昨日一样回答了皇帝的提问：一是康有为居心叵测，二是自己与康也没有什么往来。这种回答使光绪帝非常愤怒，皇帝清楚地知道用人不当将会给大清王朝带来怎样的危害，何况将要提拔、任用的这位康有为将要负担那么大的改革重任呢！于是，光绪帝对自己素来尊敬的师傅发火了，而翁同龢面对皇上的盛怒没有丝毫的悔意。他依然执着地表白自己的看法，并一再声称自己无论如何都不会进呈康有为的著作，并劝告皇上如果一定要康氏的著作，最好请总理衙门通过正式渠道进呈。盛怒中的光绪帝根本听不进翁的建议，声称即便要总理衙门进呈，也必须由你翁师傅转达给总理衙门大臣张荫桓。这就更使翁同龢感到困惑，张荫桓每天都可以见到皇上，为什么不能当面交代，何必一定要难为老臣传话呢？对于翁的困惑，光绪帝根本不予理睬。不得已，翁同龢只好到张荫桓的办公室转达了光绪帝的意见。
这个故事发生在1898年5月26日和27日两天，细节也都清楚的记载在翁同龢的日记里[43]。过去的研究者差不多都注意到了这个故事，但都基本认定这表明翁同龢与康有为在学术上确实存在着差别，或者说，翁同龢与光绪帝在用人、治国理念上存在差别。但几乎所有的研究者都忽略了这个故事的背景，更忽略了翁同龢为什么要把这个故事记录到自己的日记里。因为遭到皇上的训斥毕竟不是光彩的事，更何况这只是他们师徒二人之间才知道的事情。
从背景上说，1898年5月26日、27日，正是清廷重臣恭亲王奕弥留的日子，前去探视的官员非常多，慈禧太后和光绪帝也几次亲自前来探视，或委派专人转达问候。弥留之际的恭亲王出于对大清王朝的忠诚，对清廷的未来尤其是用人方面向慈禧太后、光绪帝等表达了自己的担心。他希望年轻的光绪帝能够很好地尊重慈禧太后，不要受政治小人的挑拨，更不要将权力交给翁同龢这样的人。他明确告诉光绪帝，大清王朝确实应该进行某些方面的改革，但只能是旧有体制的完善，而不能另起炉灶。而翁同龢在康有为的鼓动下所谓“从内政根本”进行改革的构想，以及在内廷设立制度局的想法，实际上都是要脱离原有的国家权力机关另起炉灶，意在“废我军机”。果如此，以光绪帝的政治智慧和经验阅历，势必沦为他们手中的傀儡，那样不仅对满洲皇族不利，对大清王朝也极端危险。所以，奕用生命的最后一点力气阻止光绪帝启用康有为，称“闻有广东举人主张变法，当慎重，不可轻任小人”[44]。
对于翁同龢，奕根据对他的多年了解，以为他不仅一味夸张，力主开战，一错再错，以致十数年之教育，数千万之海军，覆于一旦，不得已割地求和，将国家从甲午战前的发展坦途引领到现在的危险境地，现在西方列强乘此机会大有瓜分中国之势，德据胶澳、俄租旅大，英索威海、九龙，法贳广州湾，此后相率效尤，不知何所底止，“所谓聚九州之铁不能铸此错者”，都是翁同龢误导之过[45]；至于他的人品，奕也相当瞧不起，据非常熟悉清廷掌故，被章太炎誉为清廷焦大的金梁在《四朝佚闻》中记载，恭亲王奕在弥留之际曾告诉光绪帝和慈禧太后，此人“居心叵测，并及怙权”[46]，如果不对他防制，将来一旦他与康有为等人联手，必将祸及大清王朝[47]。
奕对朝中人事的评价虽然只是对慈禧太后和光绪帝说的，但在当时似乎并没有什么秘密，作为正当红的军机大臣、帝王之师的翁同龢不会不知道这些谈话。所以当光绪帝5月26日向他问及康有为时，其本能反映就是抹煞他与康的关系，并指责康“居心叵测”。翁将这些详细记载在日记里，不过是为了某一天康有为真的出事了的话，能够由此证明他与康等人确实没有关系。因为他与康几次直接接触这样的大事，在他的日记中都没有反映，何以要将皇帝对他的指责详细记载下来，原因不是很清楚了吗？这是从远的方面说。至于最近的方面，翁同龢之所以急于辩解他与康有为没有来往，并指控康居心叵测，显然他已经得知了恭亲王对他与康的评价。既然恭亲王已经向皇帝指出不可听信“广东举人”的变法主张，既然恭亲王已经怀疑康的制度局等建议有取代大清王朝旧有的国家权力机制的嫌疑，那么他为什么还要将自己绑在康有为的战车上？所以翁同龢选择了舍弃康而自保的办法。
木秀于林，风必摧之。翁同龢并不像奕所分析的那样卑鄙，但他当红的身份与权力，特别是他被官场公认为“好延揽而必求为己用，广结纳而不能容异己”的风格[48]，使其必然在得意之时人皆畏之，失意之时墙倒众人推。
人之将死，其言也善。其实，人之将死，其言也真。一个将死之人已经没有思想包袱，更不担心那些复杂的人际关系。所以，恭亲王奕弥留之际的看法肯定深深地影响了慈禧太后和光绪帝后来的一些重要决策。将翁同龢免职的考虑在光绪帝和慈禧太后那里至少在变法维新运动1898年6月11日正式开始之前的某一个时刻就已经决定，迟迟不愿动手的原因一是要直接考察翁同龢是否像恭亲王所分析的那样，二是寻求合适方式以免给清廷带来更大的损失与震荡而已。
5月26日、27日，光绪帝当场考察了翁同龢的政治忠诚度，可惜他没有通过这次考察。不过，念在多年的师生情分上，光绪帝似乎并没有因这一次未通过而将其一棍子打死，他依然留下机会，期待他能够回心转意，协助自己励精图治，使大清王朝渡过难关，重建辉煌。可惜，翁师傅辜负了爱徒的期待，于是改组政府、重建新的权力运行体制便由先前的酝酿进入实质性的操作，翁同龢的出局已成定案，至于何时进行只是在等待时机而已。
改组政府的想法不论在慈禧太后，还是在光绪帝那里似乎都酝酿很久了。进入1898年以后，朝中大事接连不断。恭亲王奕重病在身，对德、对俄的交涉困难重重，国内青年一代知识分子不断向政府施加压力，旧政府实际上已无能力去面对和处理，而造成这种局面的关键人物就是拥有极大权力的军机大臣翁同龢。按照恭亲王和当时一般官僚及公共舆论的看法，外交困境几乎都是翁同龢一手造成的，而翁对此不仅没有丝毫的悔意，反而鼓动康、梁等人向政府施压。于是政府改组的关键点不是别的，恰恰是怎样将翁同龢赶出政府。
4月28日，安徽布政使于荫霖向清廷上奏，公开批评翁同龢，指出正是翁的一系列错误导致了中国外交的失败和困难重重。他强调，办理胶州案的错误，天下人都将之归于翁同龢和张荫桓，其实张荫桓出身微贱，贪滔著名，不足深责，而翁同龢为已故大学士翁心存之子，翁心存端正虚公，为有名儒臣，翁同龢承其先训，受恩至深，夙负清望，本应忠于朝廷，忠于国家，妥善处理外交事务，然而他的作为实在是令人失望。胶州湾的外交危机事关重大，本不是一两个人就可以办理好的，自应联合政府内外文武百官的智慧以谋取国家的最大利益，而翁同龢外则徇德国人之请，内则惑于张荫桓之言，以致今日无所措手，已一误矣；至于对日战争赔款一万万两，约定六期分还，期宽易筹，或不至于借贷，即使借贷，为数不会甚巨，则所索必不甚多，而翁同龢又惑于张荫桓之言，遽借英、德商款，全数交还日本，以江苏、江西、浙江、湖北四省货厘验厘作抵，事前不与四省商量，更不问四省以后度支如何应付，事定之后，一纸公文责令四省督抚照办，四省各口岸商民无不惊诧，利权既失，又失民心，是再误矣。鉴于这两大错误，于荫霖向清廷提出必须尽快改组政府，皇上与皇太后尽快召见徐桐、崇绮，并速召张之洞、边宝泉、陶模、陈宝箴等人进京，重组政府，任以事权，将翁同龢、李鸿章、张荫桓三人摈退[49]。这就明确地将摈退翁同龢与改组政府直接结合起来了。
于荫霖的建议不能不在清廷高层引起议论，并引起慈禧太后和光绪帝的关切。不料一波未平，一波又起。5月17日，深受慈禧太后信任的重臣徐桐上书弹劾张荫桓在办理胶州案的过程中误国、卖国，其实际矛头显然指向翁同龢。道理很简单，因为张在其中只是一个配角，真正的主角是翁同龢。同一天，给事中高燮曾也上书清廷，指责翁同龢主导的昭信股票流弊甚多，祸害极大[50]。翁同龢真的要开始面对内外交困的处境了。
紧接着，御史王鹏运于5月25日再上奏折，指责翁同龢是“权奸误国”，在外交、财政等各个方面都犯有不可饶恕的罪过，将大清王朝推到了一个危险的边缘。他请求光绪帝和慈禧太后从大清王朝的未来着想，立即将翁等人“声罪罢斥”，以弥后患而恃危局。
这一连串的弹劾奏折件件都攻击到了翁同龢的要害，几年的权臣生涯将原本受人尊敬的帝王之师的名誉彻底糟蹋。即便光绪帝有意保师傅过关，也不能不让他尽快出局。
其实，早在4月28日于荫霖的奏折中就已提出过政府改组的方案，他向光绪帝、慈禧太后推荐了体仁阁大学士徐桐、闽浙总督边宝泉、四川总督李秉衡、湖广总督张之洞以及湖南巡抚陈宝箴等所谓“五贤”。当时的一般舆论公认徐桐为“守旧党魁”，是主持清议的重要人物；边宝泉与李鸿章矛盾极深，不谈洋务，不坐轮船；只有张之洞、陈宝箴为讲究西学、力图中国富强的新人物[51]。这些推荐虽然并不完全可行，但也不能不引起清廷高层的注意。
与此同时，鉴于奕病情不断加重，翁同龢势力不断膨胀，大学士徐桐在杨锐与乔树楠等人的影响下，于4月底建议光绪帝调张之洞入京取代翁同龢主持政府，以削弱翁的势力和影响。徐桐的奏折引起了光绪帝的重视，但他犹豫难定，调张之洞进京固然是个好主意，但以张取代他的恩师，至少在此时光绪帝还下不了决心。于是光绪帝将徐桐的奏折转呈慈禧太后，请太后定夺。慈禧太后经过一番慎重的考虑，特别是考虑到奕的一系列忠告，很容易就接受了徐桐的建议，决定召张之洞来京陛见。5月7日，张之洞奉命乘船离开武昌，15日抵达上海，准备从那里直接赶往北京。
这一切都被翁同龢获悉，他当然不愿就此让出他的军机大臣、总理衙门大臣以及户部尚书等职务，更不愿意由张之洞来取代他。于是，敏感的翁同龢与张荫桓密谋，以沙市发生教案尚未妥善处理为由，阻止了张之洞入京陛见。
由张之洞取代翁同龢的主张，从表面上看是徐桐的推荐，实际上恭亲王奕病重期间就已提出。他当时明确告诉太后与皇上，朝廷内外重臣可以信赖，并可以担当重任的只有李鸿章、荣禄、张之洞和裕禄等几人。而李鸿章由于最近几年承担着外交失败的“原罪”，一时尚不能让他担负更多的责任，否则舆论上、民意上都很难协调。剩下的首选当然在张之洞与荣禄之间[52]。
翁同龢虽然阻止了张之洞入京陛见的计划，但实际上无力阻止改组政府的既定方针。而他一系列愚蠢的举动自以为高明，但实际效果却与主观愿望相反，只是在无意中又树立更多的对立面而已。6月8日，刚刚料理完恭亲王后事并对将要进行的改革略有布局的慈禧太后召见奕劻、荣禄、刚毅等皇族成员，商讨一些重大问题。这几个皇族出身的大臣平时就看不惯翁同龢仗势欺人的做派，对于翁最近一连串的异常举动更觉得有必要向太后报告。于是他们借口皇上最近在一些问题上似乎也太大胆，有意将矛头引向皇上的师傅翁同龢的身上。对于这几个人的用意慈禧太后很清楚，她指责这几位皇族出身的大臣为什么不负起自己应该负的责任，为什么不在一些最为要紧的地方上设法阻止？奕劻等人同声回答道，皇上天性，无人敢拦。而刚毅做得更过分，伏地痛哭，声称奴才曾经向皇上委婉地表达过类似的意见，但从不被接受，反而屡遭斥责。慈禧太后沉思良久，又问道，皇上之所以敢如此，难道是他一个人在进行吗？皇上应该和你们商量才是啊。荣禄、刚毅闻听此言立即奏道，要说是皇上不和我们商量是事实，但说是他一个人的主意则未必，这些事情几乎都是他的师傅翁同龢在出主意，一切只有翁能承皇上的意旨。刚毅又凭借自己特殊的身份向太后哭闹，希望太后能够出面劝阻皇上的一些做法。太后答道，现在时机尚不成熟，到时候，我自有办法[53]。
慈禧太后的办法是什么？很简单，就是坚决将翁同龢剔除出去。她在寻找一切可以利用的机会。6月10日，经过连日来的秘密协商，光绪帝与慈禧太后已经就将要进行的改革和人事布局达成一致。这一天，光绪帝做出两项重要决策。一是宣布补授荣禄为大学士，并负责管理户部。补授荣禄为大学士，是将他的地位提拔到与翁同龢一样高；负责管理户部，便在实际上剥夺了户部尚书翁同龢的权力。同时调补刚毅为协办大学士，任兵部尚书；补授崇礼为刑部尚书。所有这些举措实际上都是一个指向，即在张之洞暂时无法入京的情况下，退而求其次，让荣禄、刚毅、崇礼等皇族成员暂时加入政府，接管权力，这已经很明显地预示着政府正在改组，只是不希望震动太大，故而先任命荣禄接管翁同龢的权力，然后再寻找机会免去翁的职务。这种权力交接的运作模式在政治实践中屡见不鲜。二是为了稳住翁同龢，不至于在权力交接的过程中出现意外，光绪帝命令翁同龢草拟《明定国是诏》。一切都在风平浪静中进行着。
6月11日一大早，光绪帝辞别慈禧太后返回皇宫，他宣读了翁同龢代为草拟的《明定国是诏》，标志着维新变法运动正式开始。
荣禄以大学士的身份兼管户部，只是处置翁同龢过程中的紧急措施，至于由谁来接替恭亲王奕及翁同龢两人留下的内阁职务，清廷最高决策者仍在考虑。有一种建议是由庆亲王奕劻和荣禄主持内阁事务，前者弥补恭亲王逝世后遗留的空缺，后者代替张之洞取代翁同龢。对于这个方案，首先的反对似乎来自荣禄本人。他认为按照大清王朝两百年来的成例，在政府高层及中央各部中，满汉官员从来都是取平衡的态势，庆亲王接替恭亲王已经成为事实，而接替翁同龢的，最好还是循惯例找一个汉人官员更为合适。
在能够替代翁同龢的汉族官员中，李鸿章有能力、有名望，但最近实在有点不合时宜，很难让他立即走上前台；张之洞本来也是主持内阁的最佳人选，但在翁同龢的阻止下未能及时来京陛见，而棘手的沙市教案似乎也只有张之洞继续留在湖广总督任上方可放心。除此之外，汉族出身的高官可供选择入主内阁的人选委实不多，剩下的只有时任直隶总督的王文韶。于是，清廷最高层经过周密的协商，决定调王文韶加入内阁，取代翁同龢；调荣禄接替王文韶，出任负责拱卫京师、权力甚重的直隶总督。清廷新的权力布局至此终于完成，只待宣布。权重位尊的翁同龢终于在一场“闪电”中被击倒[54]。
