正如中外历史已反复证明了的那样，从来改革都是以人事布局的调整为中心，所有的新政策总是伴随着新人物的产生而产生。戊戌年间的中国之所以发生那么大的变化，除了甲午战败的强烈刺激外，主要原因从上面说，则是光绪帝亲政后面对内外困境欲通过某些改革调整先前的既定政策，由此他必须提拔一批有作为、有担当的新人物，必须罢黜一批无所作为、无所事事的旧人物；从下面说，康有为在中央政府层面尤其是在光绪帝那里获得某些机会和权力后，也面临着艰难选择。作为从下层社会历练上来的政治新锐，要么接受官场规则，与旧人物同流合污，安于职守，耐心地从工部主事这一位置慢慢升迁，如果不出大的意外，也终有一天会出人头地，甚至有可能出将入相，成为政府要员。这条道路来得辛苦，但比较踏实，这是先前及之后无数政治人物的必然选择。康有为没有做这种选择。他利用自己的才能，利用已经获得的机遇，更重要的是利用了当时的中国政治背景与政治环境，在中央政府层面获得了某些优先发言权，这促使他不再安于一般政治新人所走过的道路。他期待异军突起，他期待一鸣惊人。
以改革的名义
内在心情决定着他的行为方式，康有为在1898年初刚刚获得政治上的机会时，就迫不及待地表现出他政治上的行为准则。如果暂且忽略他们在戊戌之后做出的那些价值判断，我们总还记得当荣禄真诚地向康有为请教怎样才能有效地推动政治改革进程时，他毫不犹豫地回答那就杀掉几个二品以上的大臣。这种赤裸、血腥的政治宣示令人毛骨悚然。所以从康有为的思想品格看，幸运的是他并没有如愿出将入相，否则他一定是杀人不眨眼的政治狂人，一定是可与俾斯麦相媲美的东方铁血宰相。
强硬的政治态势决定了他的为人。一方面康有为在传统政治圈很难获得认同，旧的政治人物即便不反对他，也必然对他敬而远之。如果康有为的政治作为侵犯了他们的利益，必群起而攻之，康的政治对立面强大而坚定。另一方面，康面对冷漠的政治圈总有一种孤独感，我们从他不断抱怨守旧势力强大，总在期待光绪帝拿出强硬手段去收拾那些所谓反对改革的势力等迹象看，他明显地感到自己孤立无援，所以在与反对势力进行斗争时，总是设法寻找政治上的靠山和同盟军，试图与某些政治见解相近或利益相关的政治人物、政治集团结盟。而这样做恰恰又是中国传统政治场上最忌讳的，所以康后来的政治处境越来越糟，慈禧太后在政变后对康的指责也是为了一己之私利而结党营私。
康的内在心情如果仅仅是个人心情，并不会给中国政治带来什么麻烦。但毫无疑问的是，这种心情不仅暗合了光绪帝的内在心情，而且在很大程度上助长了光绪帝以新人换旧人的迫切愿望。光绪帝亲政后，虽然经历过甲午战争这样一系列重大事件，但清廷人事布局并没有因此发生重大改变。大清王朝几百年来形成的人才选拔制度尽管有着这样那样的缺点，但这个制度本身依然正常运转。
随着1898年变法维新思潮再度崛起，特别是随着恭亲王奕去世，大清王朝政治体制改革步伐明显加快，新旧人物交替也因此而提速。光绪帝已越来越不满意于“前朝旧臣”，他需要自己的政治班底，需要自己的心腹与左右，所以当他获得慈禧太后授权主导政治改革时，他的这种心情与康有为相碰撞时，就必然促使大清王朝的人事布局发生急剧性变化。
6月11日，光绪帝在明定国是诏中令各省督抚向总理衙门大力推荐那些品学端正、通达时务、不染习气者，以便由总理衙门进行必要的考核后量才录用，充实中国外交队伍。第二天，光绪帝又发布上谕，要求宗人府注意在王公贝勒中考察那些留心时事，志趣向上者，切实保荐，以备选派为出洋考察人员。根据光绪帝的指示，6月13日，徐致靖保荐康有为、张元济、黄遵宪、谭嗣同、梁启超等人。清廷原则接受了这些保荐，光绪帝很快安排召见康有为等人，并分别委以不同的职务。这正是康一直倡导的以“擢用小臣”辅佐改革，事实上排斥旧臣的办法。这种办法以新换旧、先立后破，对政治格局的冲击并不太大。
1898年规模最大、级别最高的一次人事布局调整是6月15日的政府改组。这一天，光绪帝痛下决心将翁同龢开缺回籍，宣布调王文韶回京出任军机大臣；王文韶的遗缺调荣禄暂时署理。
之后，人事布局的后续动作不断进行。16日，刑部尚书崇礼署步兵统领；17日，宣布由徐树铭暂时代理翁同龢遗留下来的户部尚书职务，命昆冈、许应骙等人教习庶吉士；19日，任命孙家鼐出任会典馆总裁、许应骙出任会典馆副总裁，徐会中出任国史馆副总裁。这些文官闲职对于政治格局不具有多大影响，既可以将这些任命看作是政府改组的后续动作，也可以看作是正常的人事变动与任免。
具有新旧冲突意味的事情发生在6月20日。这一天，康有为代山东道监察御史宋伯鲁、杨深秀草拟一封弹劾“守旧礼臣”的告状信，点名指责礼部尚书许应骙守旧迂谬，阻挠新政，建议将其革职查办[1]。光绪帝将这份弹劾奏折批转给许应骙，责成许“明白回奏”。
光绪帝的态度至少透露出这样两个重要信息：一是清政府最高决策层至少是光绪帝已在很大程度上认同了许应骙的回奏，相信许被康有为等人弹劾是一个冤案。相应的结论则是康有为等人确乎如许应骙等人所认识到的那样，或许是一个无事生非的政治小人、政治无赖。二是光绪帝对许所揭露的康等人的劣迹置于不再讨论的境地，既不让他们有明白回奏、说清楚的机会，也不再安排进行调查，予以澄清，这在很大程度上认可了许的指控，在光绪帝心目中对康等人留下了并不太好的印象。在此后岁月中，光绪帝再也无缘与康相见，从这里或许能够得到一些解释和说明。
康有为等人挑起的这次新旧党争以自己的惨败而结束，清政府人事布局与调整继续进行。在许应骙“明白回奏”的同一天（6月22日），深获慈禧太后及光绪帝信任的皇室重臣荣禄被委任为文渊阁大学士，第二天（6月23日），实授荣禄为直隶总督兼北洋大臣。
同一天（6月23日），吏部尚书孙家鼐被委任为协办大学士，原直隶总督兼北洋大臣王文韶在代理了几天户部尚书的职务后也被正式任命为户部尚书，并被委任为在军机大臣上行走，同时被委任为在总理各国事务衙门上行走。仅就政治地位而言，王文韶实际上已获得了翁同龢先前的地位，满汉官僚在政府高层的构成基本上处于平衡状态。这一天，16日由刑部尚书转任代理步兵统领的崇礼也由代理转为实授；一度空缺的吉林将军则由延茂暂时补授。崇礼的调任可能与政府改组的动作有着直接的关联，而延茂的调动则应看作是清政府比较正常的人事调整。
6月24日，那彦图补授阅兵大臣，怀塔布被委任管理圆明园八旗官兵、包衣三旗官兵并鸟枪营事务；刚毅被委任管理健锐营事务；25日，任命凯泰为正白旗汉军都统，任命载勋为正蓝旗蒙古都统。这一系列皇族出身的官僚获得新的任命并不足以说明清廷内部发生了重大分歧，更不足以证明是慈禧太后、荣禄等守旧势力利用自己所掌控的权力部署对改良派的围剿。因为这一系列人事变动并不是慈禧太后单独做出，因为在那几天里，光绪帝一直在颐和园陪同慈禧太后，所以从情理上说不可能是光绪帝背着慈禧太后的单独决策。
至此，政府改组基本结束，高层政治权力结构重组已达到新的平衡，剩下的事情就是这些大臣们怎样和衷共济，共同推动新政的进行。在此后相当长的一段时间里，清廷并没有进行大规模的人事调动，而是新政诏书联翩而下，人们对新政的期待达到前所未有的高度。6月23日，光绪帝发布上谕，宣布自下科为始，乡会试及生童岁科各试一律改试策论。数年来争论不已的八股考试制度至此基本废除，新政改革终于迈出了艰难的一步。
结党攻讦，各立门户
八股考试制度的改革确乎如康有为所认识到的那样关涉中国的前途与命运，更关涉数百万青年学子的前途与机会，这一重大改革不可能不产生重大影响，更不可能没有反对的声音。诚如康借宋伯鲁之口所指出的那样：“臣闻（改革八股考试的）诏书既下，而守旧之徒相顾失色，有窃窃然议阻此举者。”[2]在一个理想的民主社会，赞成某项改革是人们的权利，而反对某项改革也是人们的自由。康有为等人当然不明白民主社会的真谛，他们总是以救世主的姿态进行改革，总是将某些改革置于不容讨论的地位。这种“民主-独裁”的思维方式不仅是戊戌新政失败的根源，实际上对后来一百多年的中国历史进程也产生了相当的负面影响。
反对者从来也不会因这种政治高压而消失殆尽，他们总是以某种方式进行抗争。获有许多豁免权的御史们在清政府宣布对八股考试制度进行改革后，责任心驱使他们代表另外一种势力（甚至可以说是“弱势群体”）提出不同的意见，希望清政府在推行这一改革时能够比较全面地注意各个阶层的利益。
御史文悌、黄桂鋆等人利用自己特殊的身份进行串联，策划以联名上书的方式表达这一看法。而清廷高层内部对于已发布的八股考试制度的诏书也有不同看法。这在一个良性运转社会中是正常现象，但在当时则自然被视为守旧与落后，于是康有为先发制人，于6月28日代御史杨深秀拟折，请求清政府饬刑部制定特别法律，规定“凡有复言更易国是，规复八股者，科以诱言乱政之罪”[3]，试图将一切反对言论遏制在萌芽状态。
6月30日，康有为再借御史宋伯鲁之口上书清廷，重申守旧之徒阻挠新政、反对八股考试制度改革，是因为他们的利益受到了侵害，守旧之徒舍此无所为学，一旦改革，失所凭借，必有起而力争者。任何改革都是利益分配的重新调整，总是要以某些人或某些利益集团的损失为代价，所以康有为郑重建议光绪帝申下谕旨，如有奏请复用八股试士者，必系自私误国之流，重则斥革降调，轻亦严旨申饬，庶几旧焰消沮，人心大定[4]，期待以政治高压消灭一切反对派。
这两份代拟奏折虽然没有明言守旧、阻挠新政者为谁，但鉴于此前与许应骙等人的政治冲突，许应骙、文悌等自然知道康有为所指为谁。于是，同样具有政治豁免权的御史文悌反攻为守，于7月8日上折严参康有为、宋伯鲁及杨深秀等人“以言官结党”，触犯国朝之大禁，建议清政府重新考虑康有为是否可用，应如何办理？至于宋伯鲁、杨深秀等言官的行为，在文悌看来也违反了言官行事准则，建议清廷重新考虑他们二人是否堪胜御史之责。由此开启戊戌年间规模颇大的另一次新旧党争，并由此深深影响了后来的政治进程。
据文悌陈述，他与康有为早有交往，在京师保国会成立不久，他就担心康等人居心不良。据他了解，保国会之会规设议员，立总办，收捐款，竟与会匪无异。清政府如果对这类政治组织不予取缔，其结果必然是四民解体，大盗生心，藉此以集聚匪徒，招诱党羽，犯上作乱，必然给大清王朝政治稳定带来极大危害。文悌强调，保国会“名为保国，势必乱国而后已”。他建议清政府对这类政治组织严加取缔，对康等人绳之以法。
文悌还以亲身经历向光绪帝陈述了他与康交往的全部过程，并以比较平实且不带感情色彩的语言描述康卑劣的人格与政治阴谋。他声称，在他弹劾康有为和保国会时，并没有放弃与康的交往。他曾于保国会成立后，当面建议康修改宗旨，令其将忠君、爱国合为一事，幸勿图欲保中国四万万人而置我大清国于度外。对于文悌的建议，据说康也有某些回应，亦似悔之。所以，此后很长一段时间，文悌虽然不太与康等人往来，但对他们也没有更多不好的看法，总觉得康的政治热情与政治活动虽然有时稍嫌太过，然仍谓其心或无他，止不过不知轻重，尚未深恶其人，二人的交往尚属正常。
据文悌自称，他真正对康等人感到厌恶并感到其政治人格可能有很大问题，是在保国会被许应骙等人阻止不得在广东会馆开会后。那时，康到处辞行，亦曾到文悌处两次，声称将脱离政治，返回乡里奉养老母。文悌深受感动，曾作诗送行，讽以归隐，并有劝其切勿走胡、走越之言。不意这只是康逃避言官弹劾的托辞，而其暗中不仅没有多少收敛，反而变本加厉进行政治活动，甚至到处请托保荐以邀登进。至此，文悌始觉其诈伪多端，断乎非忠诚之士。此后，基本上断绝往来，即便是康被皇上召见后，文悌也没有向康传递过任何信息。
对于文悌的冷漠与不高兴，康有为心知肚明。5月26日，康使其弟康广仁至文悌处求见，文悌不欲见，康广仁遂留下一纸条，称康在寓患病，并奉旨进书。当时，宋伯鲁、杨深秀受康指使，已上书弹劾许应骙，许也已明白回奏，只是文悌并没有见到宋、杨的奏折，不知道他们为什么指责许，更不知道指责内容。在看到纸条后，文悌又想知道其进书之意何在，且仍欲劝说康不要再惹事生非，制造混乱，再生事端。于是文悌第二天来到康有为寓所，康的家人因文悌是来看望正在生病的康有为，遂未经通报即引其步入卧室。据文悌说，康卧室的案头上有洋字书信多件不暇收拾，康形色张皇，忽坐忽立。康欲引文悌至别室，而康广仁也指责其家人不经通报就将文悌引入卧室。看此情形，文悌似乎别有所悟，匆匆起身，并引《中庸》之语正言告诫康氏兄弟：万物并育而不相害，道并行而不相悖。万不可分门别户，致成党祸，置国事于不问。
康氏兄弟闻此同言：即今在朝诸人，又何尝以国事为问乎？
文悌仍劝说康既蒙皇恩出任官职，当谨慎趋公以图报效。
康表示他现在只不过奉旨进书，一旦完成，仍将返回乡里，归隐田园。康的言不由衷不难被文悌觉察，他心中略有不快，匆匆告辞。
5月28日，文悌看到了许“明白回奏”中对康的揭露，再结合自己与康等人的交往与感受，他向光绪帝表示，许的揭发应该属实，更深信康不过一轻浮巧滑之徒。文悌以御史的身份建议光绪帝接受许应骙的建议，将康有为罢斥驱逐，将严重违反言官行事准则的宋伯鲁、杨深秀严肃查处[5]。
按照康有为的说法，宋伯鲁、杨深秀的许多奏折确为他或其弟子所代拟，宋、杨作为享有政治豁免权的言官，确乎有失言官的行事准则，这都是不容辩解的事实。问题在于，以宋、杨的名义弹劾许应骙的奏折以及许的“明白回奏”已经光绪帝的批准，清廷已经相信许的解释，不仅没有追究他所谓阻挠新政的责任，而且事实上默认了许的揭露。现在文悌以御史的身份旧事重提，但并没有提供多少有说服力的证据。所以，当文悌的奏折呈递到军机处之后，对康有为等人素来不满的大臣们一度非常高兴，他们以为康的政治前途大概也就走到头了。因此，他们迅速将这份弹劾奏折呈递给光绪帝，希望光绪帝能够罢斥驱逐康，并追究宋、杨等人的责任。
他们高兴得太早了。光绪帝7月8日看了奏折后十分恼怒，因为这份奏折明显受到了许的指使，如果按照奏折的建议进行处理，除了引起不必要的新旧党争外，于新政的推行并无益处。于是光绪帝借用文悌原折中“整肃台规”的理由，不是罢斥驱逐康有为，而是将文悌革去御史职务，命其回担任御史前的原衙门行走[6]。
这个处理决定出乎所有人的意料，戊戌年间一场规模巨大的新旧党争终于因这一机智的上谕而化解。康等人在光绪帝的支持下暂时化解了危机，而许应骙、文悌以及他们背后的靠山如刚毅等人心中自然不满，各种政治势力之间的冲突因这份上谕的发布而暂时中止，但新仇旧恨的叠加只能使未来的冲突更加激烈与残酷。
冲突虽然结束，但公平地说，文悌确实有点委屈。文悌的同事、京畿道监察御史胡孚宸在政变后最先站出来为文悌鸣冤，要求清政府为其恢复名誉及原职。胡孚宸的说法很值得注意，也在一定程度上说明人际冲突在1898年政治发展中的巨大作用。胡孚宸说：前见御史文悌奏参宋伯鲁、杨深秀党庇康有为，朝廷恐起攻击之风，略予薄惩，令回原衙门行走。朝廷的做法或许出于杜渐防微，立意至为深远。然而如果仔细阅读文悌原奏，盖确见康有为有植党营私之实迹，文悌不可谓无先见之明[7]。
胡孚宸为文悌鸣冤叫屈已是后话。光绪帝当时指责文悌对康有为、宋伯鲁、杨深秀等人的弹劾是受人指使，是台谏结党攻讦，最为恶习，似乎也是不必为之辩护的事实。问题的关键在于，即便真的如此，也是先有康“勾结”御史宋伯鲁、杨深秀等台谏结党攻讦，挑起所谓新旧冲突，指责许应骙等人思想守旧，阻挠新政。所以，光绪帝只处分文悌而不处分康、宋、杨诸人固然机智，但并没有从事理上真正将反对派说服（假如真有一个新政反对派的话）。
另外值得注意的是，康指责许应骙思想守旧且反对新政、阻挠新政的推行，许进行了逐一辩解，并用事实表明他从来就不是一个守旧主义者，恰好相反，他对新政以及一切有利于大清王朝长治久安的改革举措从来都是积极的参与者。光绪帝认同了许的辩解，那么在事实上也就是承认康有为、宋伯鲁、杨深秀等人是在诬告。只是鉴于当时的特殊情况，光绪帝采取了以取消问题来解决问题的手段，使此事不了了之。殊不料文悌路见不平，拔刀相助，以御史的身份为许应骙鸣不平。在文悌的奏折中，除了揭露康等人结党攻讦外，文悌也认同许的辩解，以为他从来就不是一个守旧主义者，更没有以讲究旧学而闻名，立身行事自有本末[8]。
如此说来，戊戌年间这次较大规模的所谓新旧冲突，就其本质而言并不是新与旧的冲突，而是各个政治派系之间“结党攻讦、各立门户”而已。
这种分歧并不影响他们在总体上都是改革的拥护派。从政策分歧的观点看，许应骙、文悌等人显然不太同意康有为等人的激进改革主张，即便在八股考试制度改革上，他们也没有完全隐藏自己的看法，他们总觉得已运行近千年的八股考试制度即便有某些缺点与问题，也不能因此而彻底废弃，这将有可能导致不必要的社会动荡。这大概是他们以为康“无端生事”的根本原因之所在。
光绪帝的处理暂时弥合了内部分歧，各项改革在光绪帝的主导下正在有序的进一步展开。擢新人、黜旧人的人事调整继续进行，一些无法理解改革深意的旧人物逐步被主张激进改革的新人物所替代。不过，这些并不都是政府改组的后续动作，更多只是正常的人事升迁与贬职而已，并不具有更多的深意。
礼部六堂官“集体下岗”
具有突破意义的人事冲突发生在9月初。
8月2日，光绪帝发布一道上谕，鼓励大小臣工就当前的改革与新政各抒谠论，以备采择，同时规定中央各部院司员有条陈事件者，可由各堂官代奏；一般百姓（士民）有上书言事者，可赴都察院呈递。上谕要求中央各部院堂官不得碍于旧制拘牵忌讳，稍有阻格，以符朝廷“迩言必察”之至意[9]，开放言论广泛征集各方面的意见。
此举措受到各方面的欢迎，事实上具有极强爱国心与政治参与意识的青年一代知识分子早在之前就已通过不同方式将意见向最高层传递，只是没有形成制度而已。这道上谕从制度层面规定了中央各部院司员及一般民众的政治权利，同时也规定了中央各部院堂官及都察院再也不能像过去那样随意拒绝下级官员和一般民众上书言事。
这份上谕赢得了下层官吏的欢迎，原本对现实政治高度关注的年轻一代官僚自然会充分利用这一条件上书言事。礼部主事王照在上谕发布后写了一份极具内容的建议书，提出自己对一些重大问题的看法。
按照王照后来的回忆，他之所以在这份上谕发布后上书言事，主要是因为实在看不惯权臣张荫桓弄权与对皇帝的误导：是时光绪帝最亲信之臣，以张荫桓为第一。其人最奸贪，曾经独吞洋债回扣，是年春慈禧太后命抄其家产，懿旨已出，张荫桓求庆王奕劻急进奉十五万，得以收回查抄之命，故张荫桓与太后势不两立。
根据王照的说法，张荫桓还利用光绪帝的信任，肆意挑拨两宫之间的关系，致使帝党与后党之间不自觉成为他利用的工具。康有为对张荫桓也信任有加，偏信张的一些看法与建议，俨然以帝党利益的代表者自居，肆无忌惮地与所谓后党进行斗争，发生一些无谓的冲突。而王照认为，本不存在什么帝党与后党，慈禧太后与光绪帝即便在某些问题上有分歧，那也只不过是帝王家庭中的内部纠纷。作为臣子，应该有忠君报国的政治信念，但是无论如何都不应该去挑拨最高政治权力中心的关系，更何况在改革这一重大问题上，慈禧太后从来都是坚定的支持者，如果没有她的支持，一切都无从谈起。至于慈禧太后，王照认为只是对名分看得太重，为了大清王朝的长治久安，她不愿意放弃权力，更不愿意不在她的主导下进行什么改革。所以在王照看来，作为臣子，应该利用与光绪帝的亲近关系，劝说他时时处处尊重慈禧太后的意见，多请示多汇报，时刻告诫他不要让那些别有用心的权臣、奸臣利用两宫之间的关系做文章。基于此，王照也曾利用与康有为的亲近关系竭力劝说他：慈禧太后本好名之人，若皇上竭力尊奉，善则归亲，家庭间虽有小小嫌隙，何至不可感化？
而自负的康有为根本听不进王照的劝诫，他很不高兴地回敬王照：“小航兄，你对于令弟感化之术何如？乃欲责皇上耶？”[10]
康有为的傲慢堵住了王照通过他向皇上转达自己看法的渠道，而光绪帝开放言论的上谕却为他带来了新的机会。王照在奏稿中强调，自皇上明定国是后，在国内外都获得了极好的反响，国内有识之士觉得天相中国，牏启圣聪，四万万臣民福命未绝；而国外普遍认为皇上一系列新政诏书如此英明，为目前各国元首所少有。不过居安思危，王照认为两个月来也有一些问题值得检讨，最主要的一点就是有些大臣迁就弥缝，阴怙旧习，对于新政只是应付，甚者对新政举措怀有仇视。
基于这种忧心与认识，王照向光绪帝提出三点建议：
一是请皇上和政府向国人宣布中国的危机并没有因甲午战争结束而结束，更不能为眼前暂时的和平假象所迷惑。
二是请皇上奉皇太后圣驾巡幸中外。这是王照建议书最核心的部分。他还建议，皇上奉太后游历邻邦可以从日本始，因为中日两国国情大致相同，礼教一致，政治架构及权力组合极为相似，具有很强的可比性。
王照还建议皇上改变在国内政治活动中的一些做法，参照西方近代国家的政治经验，想尽一切办法拉近君民之间的关系，不要在巡视各地时完全听从地方官的摆布，先期饬令御辂所经城市村镇修葺完美，以壮观瞻。结果都无法达到预想目的，民间的疾苦，老百姓的真实想法都被过滤而无法上达，君民隔膜依然如故。
在第二条建议中，王照的根本用意在于建议光绪帝主动尊奉慈禧太后为中国最高实际统治者，借助皇太后的政治资源、政治智慧与政治权威，以天子身份挟太后以令诸侯，如此既可轻易镇服那些权臣与各地督抚，又可使“好名”的皇太后心满意足，全力支持皇上改革，维护皇权中心统一。应该说，王照的建议虽然具有相当大的权谋意味，但也确实是针对当时特殊的政治构架而能选择的最佳途径，这远比康有为等人试图以光绪帝的力量去收拾慈禧太后，清除所谓守旧势力，然后从容改革的主张要高明得多。
王照的第三条建议是请专设教部，以重教部而祛纠纷。此条建议的关键是于学部之外专设教部，专门负责管理宗教尤其是儒教方面的事务。这条建议实际上是对康有为等人重建孔教论的回应，并不具有迫切意义。
现在看来很明白，王照三条建议的核心是第二条。他从自己的切身感受尤其是与康、梁、张荫桓等人直接接触中深切感到并不真的存在一个反对改革的阵营。正如后来他所揭示的那样，戊戌年间的新政及政变，十之六七皆争利争权之事，假政见以济之[11]，所以他告诫光绪帝不要上那些政治小人的当。可惜，光绪帝乃至慈禧太后等人都没有听进王照的忠言，后来的变故却刚好沿着王照的预言而发展。
王照的奏折本是响应光绪帝开放言论的上谕而作，不料礼部满汉两尚书怀塔布、许应骙拒绝接受和代呈，王照如鲠在喉、不吐不快的忠言有可能因此而泥牛入海，其内心的不满可想而知。王照据理力争，坚请由礼部代呈，表示自己的建议是否被采纳应该由皇上决定，不应该由他们代为拒绝，以遮蔽皇上的见闻[12]。他的态度相当坚决，言语也相当决绝，许应骙后来向光绪帝描述为“咆哮署堂，借端挟制”恐怕稍有夸大[13]，但双方的冲突一定相当激烈。
怀塔布、许应骙拒绝代奏王照的上书，显然违反了光绪帝上谕的规定。从制度层面来说，他们当然不能这样做。而其之所以置皇帝上谕于不顾，据其后来的说法是为了维护帝国的整体利益。因为他们看到王照建议皇帝奉太后圣驾游历邻邦日本，以为这个建议过于荒唐，是置皇上、皇太后安危于不顾，谁都知道日本素多刺客，过去俄皇太子出游及李鸿章奉使马关皆遭毒手。王照建议两宫游历日本，其用心不轨显而有征。
这只是后来可以说得出口的理由。事实上，曾与康有为冲突过两次的许应骙当然知道王照的思想趋向及其与康等人关系。他与怀塔布拒绝代递上书，显然是有意遏制康的势力。
就思想倾向而言，王照虽然对康有为的某些政治主张和政治行为持批评态度，但就其所属阵营来说，他无疑与康、梁等人同道。康等人对他寄予大的期待，上书受挫的消息自然也为康等人所关注。康有为没有安抚王照，相反，他和他的朋友们认为这又是与那些所谓守旧势力进行斗争的绝佳机会。康广仁鼓动王照说：“皇上明目达聪，广开言路，岂容大臣阻蔽不达？”[14]他建议王照继续上书，公开弹劾怀塔布、许应骙。王照本属年轻气盛的少壮派，原本就对他们阻止他上书有很多不满，于是再次上书，具折弹劾礼部尚书怀塔布、许应骙阻挠新政。
奏折很快呈递到礼部，礼部在堂轮值侍郎看到奏折内容，根本不敢收下。王照称，如果坚持不收不转，那我就只好直接交给都察院，全部后果将由你们承担。两难情况下，礼部在堂轮值侍郎权衡利弊，只好将奏折收下。
怀塔布、许应骙收到奏折后，经过慎密研究，觉得如果再一味阻止，可能会造成政治上的被动，于是将王照的第一份奏折及弹劾奏折等一并附在他们起草的一份奏折中呈递给光绪帝。他们表示先前之所以扣押王照的上书，主要是考虑王的建议过于荒唐，并不具有可操作性。后在王照一再无理取闹的情况下，不得已只好将这份奏折呈递皇上御览，一切由皇上定夺。
如果从怀塔布、许应骙的立场上看，其解释也能够自圆其说。但是他们不知道光绪帝本人对出游邻邦乃至周游世界都有相当的兴趣，国内舆论至少在这一年的春天就曾建议皇上应该到国外开阔眼界，实地考察那些发达国家。
9月1日，光绪帝做出批示，称怀塔布等奏司员呈递条陈请旨办理一折，据称礼部主事王照条陈时务藉端挟制等语。朝廷广开言路，本期明目达聪，迩言必察。前经降旨部院司员有条陈事件者，可由各堂官代奏，不得碍于旧制拘牵忌讳，稍有阻格。至于是非得失，朕心自有权衡，无烦该堂官等鳃鳃过滤。若如该尚书等所奏，辄以语多偏僻，抑不上闻，即系狃于积习，致成壅蔽之一端，岂于前奉谕旨毫无体会耶？[15]至于对怀塔布、许应骙等人究竟应该如何处理，光绪帝批给吏部按照相关规定议处。
9月2日，光绪帝再发上谕，重申8月2日开放言论的主张，规定嗣后都察院凡接有条陈事件，如系封口呈请代奏，即著将原封呈进，毋庸拆阅；其具呈到院者即将原呈封进，不必另行抄录。均著随到随递，不准稽压。倘有阻格，即以违旨惩处[16]。显然，该上谕因王照事件做出更明确的规定，以便能够使下情顺利上达。
9月4日，吏部参照谕旨及大清王朝的成例，就礼部尚书怀塔布、许应骙等人阻格司员上书的责任向光绪帝提出处理建议：查律载，应奏而不奏者杖八十，系私罪降三级调用。吏部建议根据这一成例进行处理，将怀塔布、许应骙以及与此案相关的礼部左侍郎堃岫、署左侍郎徐会澧、右侍郎宗室溥颋、署右侍郎都察院左副都御史曾广汉等六人均参照“应奏而不奏降三级调用”的规定予以处理。
吏部的处理意见是根据清廷几百年来成例以及大清律中的相关规定，应该说是一种比较标准也比较稳妥的处理，只是这显然不合乎光绪帝新政时期的精神与要求，不能达到杀一儆百的目的。光绪帝对处理意见极为不满，以为怀塔布等礼部官员竟敢抗旨，一再阻止该部主事王照条陈言事，这显然是不把朕的谕旨当作一回事。若不予以严惩，无以儆戒将来。故光绪帝下令将怀塔布等礼部六堂官即行革职，并对王照不畏强御的精神给予表彰，赏给三品顶戴，以四品京堂候补[17]。
超常升迁的军机四章京
光绪帝将礼部六堂官一并即行革职的决绝处分以及对王照的奖赏震动了朝野，积极的反应是此后各部院主管对于臣民的上书再也不敢无故拒绝，行政效率有所提高；而一般士民特别是青年一代知识分子和年轻官僚，更加关心国政，勇于上书言事，就重大问题提出建设性的意见。在此后半个多月中，各衙门收到的建议书越来越多，政治的开放度也越来越大，光绪新政获得越来越多的认同。
不过从消极的方面说，光绪帝的处理方案也加剧了高层政治圈的分裂，那些原本并不反对新政的臣僚们或因稳健或因不同看法而被推到了反对面。从这个意义上说，黜旧人、擢新人既有助于新政的展开，也加剧了政治层面的分裂，为后来的政变提供了许多复杂的因素[18]。
9月5日，人事变动继续演化，清廷委任裕禄、李端棻代理礼部尚书，任命王锡蕃、徐致靖等人代理礼部侍郎。礼部的改组至此基本完成。
同一天，擢新人的工作也有很大的进展。清廷以光绪帝的名义任命内阁候补侍读杨锐、刑部候补主事刘光第、内阁候补中书林旭、江苏候补知府谭嗣同四人赏加四品卿衔，在军机章京上行走，参与新政事宜。
军机四章京的提拔是戊戌年政治生活中的一件大事，他们都主张中国应该进行改革，都具有新思想和相当强的行政能力，但他们在当时政治格局中所从属的阵营并不一致。
杨锐字叔峤，祖籍四川绵竹，1857年生，时年三十九岁。杨锐1885年中举，为张之洞登堂入室第一亲厚之弟子，曾在张身边工作多年。1898年离开张之洞供职京师，成为张在中央政府的一个重要耳目。在政治倾向上，杨锐比较认同康有为的政治改革主张，是蜀学会的首要人物。但对康过于激进以及树敌太多也甚为不满，所以他与康梁系的关系若即若离。他心目中最有能力主导中国全面改革理想人物当然还是他的恩师张之洞。
与杨锐的情况相类似，刘光第生于1859年，比杨锐小两岁，时年三十七。刘光第字裴村，四川富顺人，1883年中举，曾任刑部主事十余年。也是张之洞的亲信与心腹，对于康、梁学术思想与政治见解很不以为然，似乎也不愿与康有过多接触。他被任命为军机章京上行走，与杨锐一样，都是陈宝箴接受张之洞的示意而保荐。
林旭的情况与杨锐、刘光第稍有不同。杨、刘为四川人，与曾任四川学政的张之洞关系密切，而林旭为福建侯官人，字暾谷，号晚翠，生于1875年，时年仅二十三岁。林旭少负才名，1893年十八岁中举，为晚清重臣沈葆桢的孙女婿，与康有为关系比较密切，自认为康门弟子，对于康的学术思想与政治主张也比较佩服，为维新运动中重要组织闽学会的会长。但是他的升迁与康有为并没有多大的关系，相反却是康有为的政治对手荣禄的幕中人物。
至于谭嗣同，他的出身与他们都不同，他的父亲谭继洵官至湖北巡抚。他不仅拥有很好的行政资源，而且见多识广，博学多闻，青年时代就由于家庭原因远走新疆数年，后周游各省，历时十载，遍识天下英才，与康、梁的关系也比较密切。1897年，当湖南维新运动蓬勃发展起来之后，谭嗣同应邀返回故里，协助湖南巡抚陈宝箴举办新政，参与时务学堂、南学会、《湘学新报》的创建与活动，是湖南维新运动中的重要人物。他在南学会的一系列演讲，慷慨激昂，声情并茂，对于唤醒湖南人的觉醒，对于湖南局部维新风气的形成起到过重要的作用。他与湖南巡抚陈宝箴、按察使黄遵宪、学政徐仁铸以及维新派的重要人物梁启超、唐才常等都建立起比较密切的关系。
在政治倾向上，谭嗣同不仅高度认同康的变法维新主张，而且在很大程度上比他走得更远。他甚至认为一个新的中国就不应该重建君主立宪的政治体制，而是要废除君主专制体制。因为君主以天下为个人的私有财产，是一切罪恶的根源。他发誓要冲决网罗，荡涤旧俗，重建一新的理想社会形态。
光绪帝宣布明定国是的第三天，徐致靖在其子徐仁铸的建议下，上书保荐谭嗣同、张元济、黄遵宪以及康有为、梁启超等维新志士，为推行变法，备皇帝垂询。不过，也有资料说，这一保荐奏折的真正作者可能还是康、梁。由此细节，也可知谭嗣同与康、梁的关系非同一般。在后来的政治活动中，谭坚定地站在康、梁一边。
军机四章京的保荐时间不一，陈宝箴保荐杨锐、刘光第为8月5日，王锡蕃保荐林旭为8月29日，徐致靖保荐谭嗣同则远在6月13日，四人的合并任命则为9月5日。所以从很多迹象上看，这个任命与礼部六堂官的革职有着重要的因果关系，是光绪帝感觉到原先的旧人已经很难适应新形势的需要，严重影响了新政的进程，因此有必要用一批政治新锐去替换他们，以推动新政的健康发展。光绪帝的这种心迹在9月5日之前一系列上谕中都有所表现，从中不难体察。
光绪帝并没有挑起新旧势力冲突的意思，作为当时清政府名义上的最高领导人，他虽然在权力的运转上受制约，但并不是具有明显独裁倾向的强势人物，所以黜旧人、擢新人可能在客观后果上引起了所谓新旧势力的剧烈冲突，但在光绪帝的本意则是为了大清王朝的整体利益，为了新政能够顺利推行。
军机四章京获得任命的第二天，光绪帝特别交代他们要尽心尽力，且要与军机大臣们搞好团结，并在程序上规定他们的建议不存在绕开原先体制进行运转的可能，而是一如先前，由军机大臣们呈递，候他裁夺，万不准稍有顾忌欺饰。
显然，光绪帝的本意是期待这些年轻的官员能给暮气沉沉的官场带来新的气象，并与原有的官员和睦相处。从这个角度去观察，可以看到，军机四章京的任命并没有在政治高层引起什么不良反应，慈禧太后即便真的不知道有这回事，也不能因此而构成她与光绪帝的很大冲突。
不过，这四位具有特殊身份的军机章京与他们的旧有同僚不可避免地发生冲突，则是实际利益使然。按照当时的行政体制，军机处是辅助皇帝处理日常事务的重要政务部门，当时的六名军机大臣每日都有机会面见光绪帝，就一些重大的国际国内问题提出对策，用面奉谕旨的名义向各部门、各地方的官员发布指示。军机大臣的属僚称军机章京，或称小军机，其地位与作用颇类似于现在的秘书，负责缮写谕旨，记载档案，查核奏议，以及接受皇帝或军机大臣的委托，就某些重大问题进行调研并提出方案。军机章京一般在中央各部院司员中选拔，经过专门的考试后依次递补，属于职业技术官僚。由于这些军机章京较一般大臣有更多的机会与皇帝和军机大臣们相处，地位实际上相当特殊，很受各部院主管及地方督抚们的重视。现在突然由光绪帝直接任命四位年轻的军机章京，而他们又确实具有相当才气和影响，可称为政治新锐，因此，不能不引起原有章京的恐惧和不安。即便出于最简单的嫉妒心理，他们也不可能和平相处。
同时也应该承认，由于四军机章京相对年轻，官场经验不够老道，以为有了皇帝的特别委任，就可以不顾先前一直延续下来的规矩。按照惯例，新任章京在正式上任之前必须先到军机王大臣的私邸谒见，之后方可正式到任。而他们自恃有光绪帝的特谕，根本不愿沿袭旧例，而是在任命的第二天直接到军机处上班。这种行为倒是体现了新政的新气象，但在习惯势力浓厚的官场上必然受到排斥。军机王大臣对四章京礼节上的不满影响了原有章京的态度，原有章京在他们上任之初处处刁难。据记载，谭嗣同与林旭上班的第一天来到被称作“南屋”的章京办公室，狭窄的一间办公室满汉章京分列，而设置的办公桌也很少，谭嗣同、林旭等欲使用汉章京的办公桌，而旧有的汉章京则不客气地对谭、林说：“我辈系办旧政者，请他往。”谭、林诣满案，而满章京则称：“我辈满股，君何为掺杂？”谭嗣同、林旭闻言怒甚，立回。后经王大臣的调停，为他们重新设置了办公桌，原有章京对此更加不满，双方的敌视情绪很难化解。
按照光绪帝的设想，新任四章京与原有章京并不构成冲突。他们的工作职责主要是参与新政，原有章京还继续已有的文秘工作，而四章京也是这样做的。问题在于，这一特殊分工使他们介于军机大臣与章京之间，他们虽然没有军机大臣的名分和地位，但其功能却与之相仿佛；他们虽然也被称为章京，但实际政治地位却又比原有章京高得多。所以，在实际工作过程中，他们不仅与原有章京发生冲突，与那些军机大臣们也很难真正和睦相处。再加上光绪帝确实对那些暮气沉沉的军机大臣们推行新政不力严重不满，许多事直接交代给四章京，有意或无意忽略了军机大臣们的存在，这自然恶化了他们之间的关系；而四章京年轻气盛，自恃有皇帝的特谕，对于皇帝交代的事务自然尽心尽力，但却很少或根本不与军机大臣们沟通，他们与光绪帝一样忘记了自己在最初交代的规则，并不是要另设一新的行政中心，许多重要文件依然应该通过军机大臣们呈递。这样一来，四章京与军机大臣们也成为对立的态势，这都为后来的政治变动留下了空间。
新进军机四章京的政治品格无可挑剔，也基本认同以光绪帝为主导的新政改革，受命于光绪帝，效忠于光绪帝，这是他们一致的地方。但是，由于年龄、性格、出身以及各自复杂的人际关系的影响，他们还是有着比较大的差异。相对说来，谭嗣同在政治上坚定与坚持，自然也就比较偏激与激进，受康、梁的影响也比较大；由于张之洞的影响，杨锐比较稳重与老成，在政治上倾向于稳健的改革，主张用新人而不弃旧人，举凡涉及人事的变动，强调以稳妥为主，不要人为地制造改革的对立面；刘光第属于另外一种类型，他本性淳朴，富有正义感和事业心，但由于久居京师，熟悉官场，所以他在政治上和杨锐一样，不主张采取激进的变革措施，更没有康、梁式的凡事必须分出新旧的思维逻辑，而是强调任何改革都应该尽量团结所有的人，所有的改革措施都应该循序渐进，以社会的承受力为衡量改革力度的尺度。四军机章京中相对年轻，也比较盛气凌人、恃才自傲的是林旭，光绪帝的赏识，荣禄的提拔，康有为的看重，都使他有一种舍我其谁的自负，这势必在有意无意中恶化四军机章京与各方面势力乃至他们内部的关系。据杨锐在家书中自述，根据分工，他与林旭同在一班轮值，谭嗣同与刘光第在另一班。每天的工作十分繁忙，对于所有发下来的条陈都必须仔细阅读，签署意见，分别是否可行，然后决定是否进呈御览。这些工作很繁重，他们四人与其他章京的关系也已相当紧张，但他们之间也并不能够很容易获得一致，而每每发生不必要的分歧。据他的看法，谭嗣同与康、梁的关系最好，处处按照他们的意思去办，不过谭为人尚算正直，在轮值的时候“尚称安静”，按照规矩办事；而林旭“则随事都欲取巧”，对于所批阅的文件、条陈似乎并不太上心，签署的意见“有甚不妥者”，对此，杨锐必须三番五次地“强令”林旭修改，有时甚至修改三四次方能通过，他担心这样下去与林旭的关系很难处[19]。
