设散员以缓解裁撤衙门的压力，说实话也是远水解不了近渴。鉴于这种情况，清政府最高层适时调整了政策。9月8日，清政府以光绪帝的名义发布上谕，强调现在裁撤各衙门业经分别归并，所有各该衙门裁缺各官未便听其闲散。现当振兴庶务，规划久远，应于铁路矿务总局、农工商务总局酌设大小官员额缺，以备将来量才任使，并要求总理衙门王大臣会同吏部就这一方案详加讨论，提出可行性的具体办法a。显然，这份上谕较8月30日的裁撤上谕已有很大缓和，不再强调对那些冗署“下岗官员”不予安置，而是认为这些官员也是大清王朝的财富，应该适时将他们转到新政开始后一些新设的衙门如铁路矿务总局、农工商务总局中去，以此减轻被裁撤人员的压力，缓解京城骚动不安的气氛。
风乍起
对于这一新决定，总理衙门章京张元济9月18日呈递奏折表示反对，以为设立矿路农工商总局为各省表率，是专业性非常强的新机构，创设伊始，任务艰难，所有工作人员非训练有素、才识卓著者，断难胜任。而现在各衙门裁减下来的人员，虽然也有比较优秀的人才，但大都衰庸猥烂，部胥市侩杂出其间，能通晓中国旧学者尚难得一，若令他们从事新政，岂不贻误国是，腾笑远人？因此万不可将这些被裁撤下来的人员不加分别派充新政机关[1]。
张元济的担心或许是多余的。事实上光绪帝虽然对裁撤冗署、冗员的政策略做调整，但并不意味着就此放弃行政体制改革的企图。恰恰相反，光绪帝在调整政策的同时并没有放慢改革的步伐。9月10日，光绪帝再发谕旨，要求总理衙门王大臣会同六部尚书及各省督抚等就中央各衙门多余人员何者应裁，何者应并，详加讨论，提出方案。对于京外已裁实缺、候补各员应如何分别录用及饬令回籍候缺，也一并提出处理建议。至于外省道员及同通、佐贰等官及候补、分发、捐纳、劳绩等项人员裁撤，光绪帝的决心似乎并没有改变，他依然要求各省督抚从严掌握，认真裁并，并严加甄别沙汰，其各局所冗员一律裁并净尽[2]。
光绪帝在行政改革方面之所以逐步坚定，可能有很多原因。旧有体制运转不灵，效率低下，尤其是他个人实在有点指挥不动可能是原因之一；另一方面，反对意见由于各种原因并没有及时上达天聪，而中下级年轻官僚却一而再、再而三向他呈递必须裁撤冗署、冗员的理由和方案。9月5日，新任总理各国事务衙门章京、刑部主事张元济提出一份更为详尽也更为激烈的改革方案。
张指出，新政之所以受到一些重臣阻挠，进展缓慢，其实是这些旧有官僚有漠视朝廷之心，以为旧法终不能废，新政终不能行，任我皇上一人忧劳于上，久将必倦，倦则旧法复、新政废。这样，他们阻挠新政的目的就可以轻易实现。而旧有官僚之所以这样，实因他们年老力衰，但求敷衍数年，实际上是对国家未来不负责任。为变法正本清源，顺利推行新政，张建议设议政局以总变法之事、融满汉之见、通上下之情、定用人之格、善理财之策。
在“定用人之格”这一原则下，张元济建议解散内阁，裁撤翰林院、国子监，废除一切于新政无益的衙门；对各衙门的编制重新核定，主官只设一正一副，副职及以下属员均由正职主官选拔推荐，请旨擢用，如此方能减少摩擦，提高行政效率，建设高效政府；禁止兼差兼职；注意官员专业化，不要将官员随意进行跨行业调配，今日兵刑，明日钱谷，似乎万能，其实什么也不懂[3]。
张元济的建议相当激烈，并没有得到光绪帝的直接回应。不过值得注意的是，光绪帝在此后几天所发布的上谕明显加大改革力度，或许与此有关。官场人心惶惶，无心办事，政府行政体制几乎陷于瘫痪。为了扭转这种局面，廖寿恒再次出面诚恳劝说康有为利用自己比较特殊的政治身份建议光绪帝不要在行政体制改革上大动干戈，更不要一意孤行地坚持大规模裁减京内外各官，对于已裁撤冗署中的人员应该设法予以合理的安置，以免引起政局剧烈震荡。
廖寿恒的请求引起了康的兴趣，但他并没有按照廖的意思去劝阻光绪帝。恰恰相反，康于9月14日代山东道监察御史杨深秀呈递了一份奏折，建议不要轻易安置那些被裁撤的官员，即便其中确有真才实学及作为者，也应该严加甄别之后录用；但对那些碌碌无为、老朽不中用的旧官僚，根本不必考虑他们的去处[4]。
这份建议没有来得及被采纳，但这个建议以及光绪帝不顾后果“于变政勇决已甚”的政治姿态[5]，显然对于已经恐慌的人心起到了更大的负面影响。尤有甚者，在这份奏折呈递的同一天（9月14日），内阁候补中书王景沂也上了一份奏折，以为新政之所以举步迟缓，步履维艰，关键在于身居高位的大臣们不负责任，以部院堂官之罪居其二三，督抚之罪居其七八。部院堂官的责任之所以少些，并不是他们的作为优于督抚，而是他们的位置比较特殊，毕竟他们身在京城，处于皇帝及政府的严密监控之下，诏令所及，不得不疾首蹙额以奉行之，然且以因循为欺罔，以变乱为阻挠，惟希冀朝廷虑所不及以售其把持缘饰之术。至于外省督抚，其恣睢拗戾，又百倍于部院堂官，他们上对中央政策置若罔闻，下对百姓痛苦视而不见，司道守令相与望风承旨，恶新学若仇寇，藉守旧为护符。
根据王景沂的分析，现在舆论所称许的大臣们真能公忠体国的为数甚少，督抚不过数人，其余模棱两可之乡愿可善可恶者，已在不可必得之数。在这种情况下，而欲外患可消，内患可弭，主忧可释，民困可苏，是南辕而欲北游。王景沂建议在行政体制改革的同时，应该加大奖勤罚懒的力度，除了黜其尤庸劣者数人外，应严旨训饬，规定大小官员在要求的时间内对于不足与问题进行检讨并予以改正，如有锢蔽执拗者，必当威以重典，一定要改变大清王朝对高级官员只有奖赏而无刑罚的成规，促使这些高级官员成为推动新政的重要力量[6]。王景沂以高级官员作为重建吏治的基础，认为这是清政府建立高效廉洁行政效率的前提，但这个建议实在超出了光绪帝主导的行政体制改革及裁减冗署、冗员的范围，所以并没有获得及时回应。
在王景沂上书的第二天（9月15日），兵部候补郎中李钟豫也向清廷呈递了一份奏折，建议清政府如欲进行行政体制改革，裁撤官员，就应该自高官厚禄始，这样就可以事半功倍，效果显著。他的理由是，候补人员自备资斧，听鼓当差，与国家财政收入与支出关系不大，此类人员不应该被界定为冗员。而那些享有高爵厚禄的大臣们以及那些坐享廉俸的实缺各官，不能称其职守，他们才是真正意义上的冗员。现在内外文武满汉大臣，其真能公忠体国、昕夕宣勤者，也不过数人而已。李钟豫建议对内外大员加强考核，奖勤罚懒，果如此，贤士盈廷，庸劣者也就不敢公然恋栈[7]。
李的建议确乎为建立一个廉洁高效政府提供了新的思路，但是如果按照这个建议去实行，很难立即看到成效，更不可能在短时间里裁撤冗署和冗员。所以这个建议除了引起那些守旧大臣们的反感外，似乎并没有产生怎样的政治影响。
廖寿恒的忧虑没有引起清廷政治高层的警觉与重视，以光绪帝为主导的以裁减冗署及冗员为主要内容的行政体制改革如脱缰的野马继续奔腾，稳定的政治局面实际上已不复存在，已下岗的官员和即将下岗的官员都成为政治体制改革的牺牲品，无论他们有多么高的政治觉悟，都无法继续与光绪帝、康有为等维新领袖保持一致，分化已属必然，只是在等待时机而已。从这个意义上说，光绪帝主导的行政体制改革即便不是戊戌政变的直接原因，也在很大程度上影响了后来政治局面的发展，至少为光绪帝退居二线，慈禧太后重新出山垂帘听政提供了契机。时任顺天府尹的陈夔龙在多年之后依然能够生动地描述当时一般官员的切身感受，这为理解后来的政治变动提供了直接和形象的证据。陈夔龙说，戊戌政变的关键，首先在于裁减各衙门的官员。据不完全统计，当时被裁撤或裁减的衙门不下十余处，因之失业者将达万余人，朝野震惊，颇有民不聊生之戚。
陈夔龙还具体描述了他所负责接收的太仆寺情形，由此也可见各衙门状况之一斑。他说，按照规定，太仆寺的所有业务及档案、文件、资产等，一并归入继续保留的兵部，隶属于兵部车驾司。兵部尚书刚毅以兵部承办司员办事不力的理由，特请陈夔龙专办此事。陈力辞不获，又不愿因此结怨同僚，遂会同兵部车驾司的相关人员公同办理各项移交手续。然而当前往太仆寺查看情形时，却大吃一惊。原来太仆寺在接到裁撤命令后，群僚如鸟兽散，衙门内几乎空无一人，非特太仆寺的印信、文件一无所有，即便是门窗等也已被拆毁无存，接收工作无从下手。后来他们考虑到太仆寺管理马政，与兵部时有公文往来，兵部与太仆寺的书吏消息时时相通，估计这些下层办事人员或许还有联系，于是请兵部平时与太仆寺下层官员时有业务往来的下层官员出面，终于找到太仆寺的一些下层官员，善言晓谕，以安其心，告诉他们太仆寺作为一个衙门虽然被裁撤，但其中所有官员、职员并不因此而全部裁撤，太仆寺此时遵旨归并兵部，不过于兵部另设一科，仍将责成原太仆寺的官员、职员等旧人负责办理相关业务。劝告这些下级官员回明堂上，速将太仆寺的印信、文件交出，以便尽快完成交接工作，也必将有助于在兵部迅速设立相应部门，尽快将原太仆寺的人员纳入兵部，不致流离失所。这些下层官员告诉陈夔龙等人说，当太仆寺收到朝廷裁撤命令后，堂司等官一哄而散，信印、文卷无人过问，已由他们暂时收存，今日特携带到兵部静候处理。陈夔龙等人闻言大喜过望，一面回奏刚毅等兵部堂官，一面于兵部车驾司五科之外特设马政一科，以便安置原太仆寺的人员[8]。
太仆寺的移交有惊无险，结果还算顺利和满意，而其他被裁撤的衙门，其情况应该与此相差无几。由此可知，突然而至的行政体制改革命令确实在各个衙门中引起高度恐慌，几乎所有人对未来都没有绝对的把握，他们确乎有树倒猢狲散的毁灭感觉，于是这些将失去饭碗的行政人员不能不将矛头对准以康、梁为代表的所谓维新派，不能不向由他们主导的新政发难。改归知县庶吉士缪润绂9月22日的一份奏折虽然是在政变发生之后呈递的，但其中所表现的恐慌以及对康、梁的怨恨还是比较深刻地反映了历史实情。缪指出，自皇上宣布变法以来，朝授一官，暮下一令，四民读邸抄者皇皇无主，虑及失业，则人人自危，愁叹之声不绝于路，新政未行先受变法之害，街谈巷议遂谓举朝无正人，百官无忠谠，群阴构难，大盗生心，祸机之萌近在眉睫[9]。
缪润绂上这个奏折时，尚不知已经发生了政变，由此可见因裁撤冗署、冗员而引起的官场混乱是非常严重的。在这种情况下，清政府若不采取特别措施，其后果是非常可怕的。
一个值得琢磨的细节
因裁撤冗署、冗员将引起高度恐慌的情形并不是没有人预见，那时也确实有一些比较负责任的官员建议政府在裁撤人员方面从缓进行，因为这毕竟关涉每个人的切身利益。康有为以徐致靖的名义上书建议设散员以容纳被裁减的有用人员，李鸿章更建议裁并官职虽为今日之要务，但第一不应影响各项工作的正常进行，第二不能使大量官员失业，所以他建议在正式裁并之初对各衙门的职能及合并后的情形进行慎密的研究，更要注意保存被裁撤各衙门的案卷、文档，以便政府各项政策保持连续性。凡此种种建议，都没有引起政府高层的警觉与重视，清政府行政体制改革在光绪帝匆忙决策中仓皇进行。
与裁减冗署、冗员并行的另一条主线是添设新机构。其实，裁减衙门及冗员之所以发生在很大程度上也是康有为提议设立制度局、新政局而不被批准所引发的一个结果。按照康的最初设想，新政改革并不涉及对旧衙门的清理，只要允许在已有政治架构中设置新的政治机构，这些旧衙门可以在相当长时间里继续存在，只是其职能必然因新设机构的出现而削弱。然而，康的建议几乎遭到清政府政治高层一致反对，制度局、新政局的设立也就无从说起。
当这个建议基本无望时，康等人曾经提出仿国朝旧例在内廷设立懋勤殿，作为制度局的替代机构，其功能依然是为皇帝备顾问，直接参与新政的规划与执行。这个建议也曾得到光绪帝的赏识，并批转由庆亲王奕劻、总理大臣孙家鼐会同军机大臣切实复议具奏。7月28日，奕劻与孙家鼐分别奏复，对这个设想并没有提出反对意见，但对于人选标准却提出了人品与心术的问题，这又使懋勤殿的设想有重蹈制度局覆辙的可能。
进入8月，随着政治改革不断深入，特别是随着裁撤詹事府等衙门引起的风波越来越大，康有为等人觉得时机又到，于是重提设立新的政治机构以容纳政治新锐并化解裁减冗员的压力。
8月19日，康有为代内阁学士阔普通武拟就并呈递了一份仿照西方近代国家设立议院的奏折，以期上下一心，变法自强[10]。这就比先前提出的设立制度局、懋勤殿走得更远。康有为似乎已明白中国在政治上进两步退一步的规律，因此在方案提出之初将标的悬得极高，以便与政治对手讨价还价，以清廷根本无法同意的议院体制去换取设立懋勤殿的目的[11]。
在此前后，镶白旗蒙古生员诚勤也上书清廷，建议仿行西方近代国家设立议院，并详细列举了设立议院的各种好处，以为对中国有百利而无一害，并不影响皇权的威信：盖事虽定于上，下议院仍奏其君裁夺。君曰可，即签名准行；君曰否，则发下再议。其立法之善，思虑之密，要皆由于上下相权，轻重得平而已。欧洲之强，实基于此[12]。
甚至到了9月19日，仍有候选郎中陈时政上书要求清政府设立上下议院，建议参照现有的组织架构，将军机处改为上议院，所有人员一仍其旧，于朝中特派一骨鲠白首、耆艾魁垒之士主持其事；若下议院，即从现在所撤去之衙门中择其一所开办。他乐观预言：上院既定，下院既立，以之议政，何政不行？以之言事，何事不成？[13]
如果仅仅从政治学的原则说，康有为、阔普通武、诚勤、陈时政等人的这些说法自然成立，对于清廷政治高层也应该具有极强的诱惑力。这对于仿行近代西方的政治体制实行君主立宪，对于设立上下议院，特别是对于在内廷开设懋勤殿的设想无疑都具有相当的舆论效果。
在徐致靖呈请置散卿以广登进的同一天（9月5日），张元济也向清廷呈递了一份进行政治体制改革的建议书，以为近代西方国家差不多都将行政与议政判为两事，应该说这是中国目前应该向西方学习的一个最为重要的方面。中国从来不分行政与议政的区别，以行政之人操议政之权，今日我议之，明日即我行之，岂能不预留地步以为自便之计？所以中国旧有的行政体制凡为行政之官所惯行者必不废，废则无以抑制新进之辈；政为彼之所未行者必不兴，兴则显其前事之非。张元济认为，不欲变法则罢，如欲变法，不妨仿懋勤殿旧制于内廷设议政局，由皇上亲握其纲领，对将行各项新政预先制定办法及详细章程[14]。
专职议政机构的设立对于皇权专制形态的大清帝国来说或许过于恐惧，所以张的建议并没有及时获得回应。不过，清廷已经启动的政治体制改革走到了这一步，设置议政机构也成为政治改革的应有之义，只是其机构的名称、形态及职能如何而已。所以张的建议虽然没有进入政治实践，但在当时肯定产生了一定程度的影响，至少在舆论上有助于类似机构的成立。9月11日，裁缺左中允黄思永上书建议利用裁撤行政机构的机会设立集贤院，荟萃天下之人才而甄别之，砥砺之，以务得其真为度。然后将其学其志其才其事一一胪陈，听候皇上召试甄录，必能有助于大清王朝政治之发展[15]。
不论是集贤院，还是议政局、懋勤殿，其本质都是想在现有的行政执行系统之外另外成立一个专门的议政机构，说到底也只是为皇帝备顾问咨询而已。所以对此最有兴趣的莫过于光绪帝本人，以及那几位新进的军机章京。因此，在外有康有为等人的鼓吹，内有新进军机章京的鼓动，原本就曾与翁同龢商量过设立制度局以统筹全局的光绪帝不能不对这种舆论表示关切。9月13日，光绪帝终于下定决心于内廷设置懋勤殿，选集通国英才数十人，并延聘东西洋各国政治专家共议制度，统筹全局，将一切应举、应革之事全盘筹定，定一详细规则，然后施行。是日晨，光绪帝召见与张之洞关系密切的湖北补用知府钱恂，试图了解张氏对设立议政局的看法，并向钱允诺“议政局必设”[16]。
为了郑重其事，也为了应对慈禧太后的不同意见，光绪帝于同一天（9月13日）特派遣内侍持《历朝圣训》等书送给谭嗣同，命谭氏查考雍正、乾隆、嘉庆三朝设置懋勤殿的故事并拟一上谕，以便其持此赴颐和园面见慈禧太后，待讨论并经太后批准后见诸实施。
重设懋勤殿以议新政在光绪帝那里当然是出于对大清王朝未来命运的考虑，但在另外一些推动者那里则未必不包含有其他目的。偏激的谭嗣同对于新政改革怀有至诚之心，但守旧势力的庞大使他对新政的前途越来越灰心。为了冲决守旧势力的束缚，他是四位新进军机章京中最“亟亟欲举新政”者[17]，也是他利用与光绪帝近距离接触的特殊条件“日言议政院”，成为最终说服光绪帝的重要人物之一[18]。所以，当他接到光绪帝代拟上谕的指示后，很快便完成了任务。
代拟谕旨原本是谭嗣同的职责，但此次对于谭来说却引起了极大的心灵震撼，他由此感到帝后之间的关系可能确如康有为等人一直所认知的那样并不协调，而光绪帝的权力也非至高无上，真实的情况可能是大权依然掌握在慈禧太后的手里，光绪帝不过是一个政治傀儡而已，“今而知皇上之真无权矣”[19]。退朝之后的谭嗣同将这种感觉告诉了康等人，并似乎透露了其代拟谕旨的部分内容。
谭嗣同的不祥感觉并没有迅速传染给康有为，更没有影响他的情绪，甚至与谭的感觉相反，康觉得光绪帝既然已下令谭嗣同代拟上谕，并将这份上谕向慈禧太后提出，那么可见光绪帝已下定了决心，帝后之间的最终摊牌即将到来，权力再分配肯定将因此而进行。于是康有为于同一天代宋伯鲁草拟《请选通才以备顾问折》，建议清政府于内廷开设懋勤殿，由皇上亲自选聘天下通才十人入值，作为皇帝的高级顾问，并在此折中推荐黄遵宪、梁启超二人。
谁知我心
康有为在京城政治场大肆活动，致使京城官场人人咸知光绪帝已决定设置懋勤殿，以为今日谕旨将下而卒不下，于是益知慈禧太后与光绪帝之不相容。原本因大规模裁撤冗署、冗员而高度恐慌的京城官场更加动荡不安，谣言四起。
康有为代宋伯鲁拟就推荐奏折之后仍不放心，他于是日（9月13日）午后，面有喜色的找到王照与徐致靖，将他从谭嗣同处获知的消息大体转告，并信誓旦旦地声称谭已请光绪帝开懋勤殿，用顾问官十人，业已商定，但须由外廷推荐，并将此十人名单出示，要求王照、徐致靖二人立即草拟奏折，推荐此十人。
王照表示他二人正起草一份重要的奏折，恐怕今天来不及写。康有为闻言哄骗二人道：“皇上业已说定，欲今夜见荐折。此折最要紧，汝另折暂搁一日，明日再上何妨？”
不得已，他们只好放下手头的事情，分别缮写奏折。王照参照康有为的名单推荐了康广仁、徐致靖、宋伯鲁等六人；而徐致靖则参照康的名单推荐了康有为等四人。是日夜，这两份奏折分别呈递清廷。
王照、徐致靖的两份奏折虽然呈递上去了，但由此却暴露了康设置懋勤殿的建议在很大程度上具有相当大的私心。这样明目张胆地要求别人保荐自己，即便过程再保密，也不免引起各方面的猜疑。新任军机章京杨锐对康有为的这些做法可能早都不以为然，对于康等人开懋勤殿的建议总以为是他们的私心在作祟，并预感如此猖狂的做法势必引起更加激烈的反弹，于大局极为不利。
康欲于体制之外另行成立由其控制的议政中心的目的被清廷中的政治大佬看得一清二楚，他们出于自身利益及大清王朝总体利益的考量，无论如何也不会让这一计划得逞。这些反对的意见肯定也影响了光绪帝，所以当他于第二天前往颐和园的时候，也只是将这两份保荐奏折交军机处“记名”，并不准备与慈禧太后具体讨论懋勤殿的人选问题[20]。
从光绪帝方面来说，9月14日这一天和往常一样，在按先前的计划在乾清宫召见北洋水师学堂总办候补道严复及办理其他事务后，至颐和园乐寿堂向慈禧太后请安，并准备就懋勤殿等事务当面请示。而这一天对慈禧太后来说却不同寻常。几天来被革职的礼部尚书怀塔布夫妇利用与总管内务府太监李莲英的特殊关系不停地哭诉委屈，并离间太后与光绪帝的关系，称“皇上为左右荧惑，变乱朝政，求老佛爷做主”。而那些被怀塔布收买的大小太监们也可能因为新政的改革最终将侵害他们的利益，于是也随着怀塔布在慈禧太后面前肆意诋毁新政改革。
怀塔布，叶赫那拉氏，满洲正蓝旗人，1896年调任礼部尚书，也算是老资格的满族政治家，所以当光绪帝主导的新政开始之后，怀塔布先后几次故意刁难，出面反对。9月4日，光绪帝借礼部主管无故扣压王照的上书为由，将怀塔布等礼部六堂官一并革职。被革职后的怀塔布并没有心服，第二天就赶赴天津，向时任直隶总督兼北洋大臣，也可以说是当时满洲贵族掌门人的荣禄哭诉，希望他能够利用与慈禧太后的特殊关系予以关照。而怀塔布的妻子也与慈禧太后有着比较密切的关系，所以当怀塔布被革职后，他们求助于荣禄与慈禧太后，也在情理之中。
光绪帝将怀塔布等礼部六堂官一并革职，并由此提升年轻的汉人四军机章京，确乎应了古人所说“小不忍则乱大谋”的训诫。礼部六堂官的一并革职将这些原本并非真心或坚定反对改革的政客一律推到了对立面，而年轻的汉人政治新锐的提升也势必在满洲贵族中引起激烈的震荡。怀塔布的妻子的哭诉，就比较注意满汉冲突的细节，她不断向太后陈说的也是担心光绪帝如果这样一味地听信汉人进行政治改革，其最终后果必然是“尽除满人”[21]。
慈禧太后在恭亲王奕去世之后之所以很快同意光绪帝的新政计划，除拯救大清王朝于危亡之中的考量外，主要还是为了维护其统治集团即满洲贵族的利益，这一政策底线她在新政开始之初曾三番五次地向光绪帝交代过，光绪帝也就此向慈禧太后明确表过态。他们共同默认遵守的游戏规则就是在不危害满洲贵族利益的前提下，实现富国强兵的计划，重建大清王朝的辉煌。因此当新政开始一段时间以来，慈禧太后在颐和园颐养天年，似乎并不愿意为国事继续劳神。然而当光绪帝大刀阔斧地进行人事变动尤其是急不可待地进行所谓政治体制改革的时候，慈禧太后日趋感到这不仅侵害了她的权力与威严，而且也势必有损于满洲贵族乃至整个大清王朝的利益。所以当怀塔布等失意的满洲贵族不断向她求救和哭诉时，慈禧太后便自然感到局势越来越失控，光绪帝主导的改革可能确实像这些人所描述的那样，是受了那些年轻的汉人的蛊惑。正是在这个意义上，9月14日这一天对光绪帝来说或许和往常一样平常，但慈禧太后却期待着年轻皇帝按照计划如期到来，她似乎有许多话要向年轻的皇帝交代与告诫。
勤奋的光绪帝在9月14日的前半段时间里一如既往地处理公事，从他们那天上午的对谈中丝毫感觉不到清廷内部发生了什么问题。他要求严复将他几个月前发表的《拟上皇帝万言书》缮写一份呈上御览，微叹“中国就是守旧的人多”。可以肯定的是，他此时依然想着怎样继续推动艰难的变法，怎样改变中国人的守旧观念，根本没有考虑到后来将要发生的变故。
之后，光绪帝即至慈禧太后处请安。一般性的寒暄之后，应该是慈禧太后先谈到礼部六堂官尤其是怀塔布革职所产生的后果，尽管慈禧太后也承认怀塔布之类的满洲贵族政客确为“老谬昏庸之大臣”，但出于政治层面的考量，她似乎也有意劝告光绪帝在人事处理上不可操之过急，不要轻易罢黜他们，不要将那些年轻的汉人政治新锐提拔到政治高层，更不能改变大清王朝的既成体制，由这些所谓“通达英勇之人”去议政。慈禧太后担心，如果一味在人事布局上进行变动，那么极有可能因此而失去人心，特别是失去满洲贵族的信任。果如此，满洲贵族所组成的“寡头政治集团”就不可能对现有的皇权中心继续支持。
对于慈禧太后的指责与劝戒，光绪帝有些能够接受，有些则不免要解释与辩白。但他并不知道这中间的背后故事，因此不仅不能说服太后，反而激起了太后的愤怒。于是慈禧太后毫不客气地批评道：“小子为左右荧惑，使祖宗之法自汝坏之，如祖宗何？”
太后的愤怒终于勾起了光绪帝的满腹委屈，他边哭边向太后说：“时事至此，敌骄民困，不可不更张以救，祖宗在亦必自变法。臣宁变祖宗之法，不忍弃祖宗之民、失祖宗之地，为天下后人笑，而负祖宗及太后之付托也。”[22]
光绪帝的哭诉与辩解自有其道理，但在慈禧太后看来无疑有点不听话，心中的懊恼可想而知。光绪帝循往例礼节性地在颐和园乐寿堂“侍膳”之后，二人不欢而散。光绪帝根本无时间也无心情向太后提及与讨论于内廷开懋勤殿的计划，极其郁闷地返回自己的住所玉澜堂。
“康不得去，祸不得息”
慈禧太后与光绪帝9月14日的冲突仅仅在政策层面，不会因此而影响他们母子之间的感情。光绪帝虽然当面对太后有所辩解，但事实上他回到寓所之后也有所反省。光绪帝想了很多，也想得很苦。他虽然对太后的误解感到委屈，但依然认为太后是大清王朝的靠山，是中国政治的最后把握者。他期待有重臣能够从中斡旋，期待太后在明了真相后的谅解。他曾设想请满洲贵族中最有权势与威望的重臣出面协调，向太后解释他之所以如此不顾后果地推动新政的苦衷，可惜的是，恭亲王奕已经去世，庆亲王奕劻已与太后疏远，端王载漪兄弟及各王公大臣对于新政多有不同的看法，指望他们到太后面前进行解释只能是越描越黑。
至上的光绪帝真的成了孤家寡人，无奈中他只好去求助于颇通世故人情的新任军机章京杨锐，希望能为他出个主意。不料却因此引发后来一系列大变故。主意未成，却把自己给绕了进去。
光绪帝之所以看重杨锐，主要是因为他在新任四军机章京中最为持重与稳健，而且具有张之洞的政治背景，是张的重要亲信之一。而张又是当时清廷政治格局中慈禧太后最为信赖和最为倚重的汉人重臣。所以，当光绪帝考虑寻找重臣出面协调与太后的关系而无法实现时，他想到找杨锐谈谈，这其中也许有请求张之洞出面协调的深层意义。
不料，第二天光绪帝将自己的意思告诉杨锐，并请求杨出出主意的时候，却遭到他的拒绝。杨锐告诉光绪帝：“此陛下家事，当与大臣谋之。臣人微言轻，徒取罪戾，无益也。”
持重的杨锐当然知道大清王朝的历来规矩，他不愿因此而介入清廷最高统治层的内部纠纷。他觉得凭借光绪帝的努力，按照大清王朝的成例，由大臣们尤其是满洲贵族内部的协调，应该不难化解光绪帝与太后的矛盾。
杨锐的拒绝应该是基于对清廷旧有体制的恐惧，清廷严格禁止官员议论、介入皇族内部的纠纷，特别是汉大臣更无权干预皇族的内部事务。这是体制使然。或许是为了克服杨锐的这一恐惧，光绪帝特别向杨下达了一份密诏，以便他将来因此而获罪时能够得到一定程度的解脱。这应该是光绪帝9月15日给杨锐密诏的背景，否则既然当面谈过，何须密诏呢？
这份密诏当时很少有人知道，甚至可以肯定地说，林旭、康有为、梁启超等人都没有看到过原件。政变后康、梁等人转述的这份密诏文字之所以不同，并不是他们有意篡改，而是确实没有看到过，只是听杨锐转述而已。这份密诏只是留给杨锐或杨家的一个凭据，但在当时通过不同渠道进行转述与解读过程中又发生了理解方面的误差，深刻影响了后来的政治发展，故而有必要将学者们公认的文本引录在此。诏曰：
近来仰窥皇太后圣意，不愿将法尽变，并不欲将此辈老谬昏庸之大臣罢黜，而登用英勇通达之人，令其议政，以为恐失人心。虽经朕累次降旨整饬，而并且有随时几谏之事，但圣意坚定，终恐无济于事。即如十九日朱谕，皇太后已以为过重，故不得不徐图之，此近来之实在为难情形也。朕亦岂不知中国积弱不振至于阽危，皆由此辈所误。但必欲朕一早【旦】痛切降旨，将旧法尽变而尽黜此辈昏庸之人，则朕之权力，实有未足。果使如此，则朕位且不能保，何况其他？今朕问汝，可有何良策，俾旧法可以渐变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进英勇通达之人，令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致有拂圣意？尔等与林旭、谭嗣同、刘光第及诸同志等妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递，候朕熟思审处，再行办理。朕实不胜紧急翘盼之至。特谕。[23]
从这份密诏看，可以得出几点启示：
一、光绪帝与慈禧太后9月14日的交谈并无根本的利害冲突，其实质只是那些被罢黜的“老谬昏庸”大臣在太后面前的哭诉引起了表面上从来以慈善面貌示人的慈禧太后的同情。太后希望光绪帝在今后处理人事方面更加谨慎，不要动辄罢黜这些大臣，以免人心惶惶。具体事例就是礼部六堂官的罢黜，明显操之过急且过重。
二、在提拔汉族出身的政治新锐方面，慈禧太后建议光绪帝要谨慎，防止那些政治小人乘此机会步入政治高层，以免贻祸将来。
三、对于一、二两点，光绪帝也曾与太后进行过沟通，但太后以为这是政策底线，不容讨论，而光绪帝却觉得如果不能在这两个方面有所突破，未来的改革便很难进行。他目前的苦闷，也即需要杨锐等人所思考的问题是，怎样既能在这两个方面有所突破，而又不至于因此有拂太后的意思。
由此可见，9月14日的帝后冲突可能因为后来的政治发展而被无限扩大，其真实情况可能并没有那么严重。
杨锐似乎也没有意识到这一点，更没有预见到这份密诏会在后来起到那样的重要作用。所以，当他与光绪帝当面检讨新政以来所有举措得失的时候，似乎也觉得太后的某些指责有道理，光绪帝采取的一系列重大政治举措诸如罢黜守旧大臣、提升政治新锐等已经超出了当时的极限，基于这种判断与考虑，他也向光绪帝做了三点建议：
第一，建议重建皇权中心的权威与秩序，由慈禧太后郑重其事地举行一次授权仪式，亲挈天下以授之皇上，而皇上也应该确认太后在王朝政治决策中的至上地位，即同意太后拥有最终否决权，应宜遇事将顺，行不去处，不宜固执己意；
第二，鉴于新政推行以来的秩序混乱，建议光绪帝要对所有将要进行的改革方案通盘考虑，宜有先后，宜有次第，不能再如过去那样，新政诏书联翩而下，臣民目不暇接，虽然获得一些舆论的表面支持，而实际效果却极差；
第三，杨锐认为人事变动至关重要，在新政推行期间进退大臣不宜太骤，以免引起不必要的纠纷与反弹。
杨锐相信，如果能够在这三个方面有所改善，帝后之间的关系并不难协调，新政推行中的困难也不难克服。
鉴于光绪帝这一系列失误或者说被慈禧太后看作是失误的主要原因都是因为偏听偏信了康有为误导的事实，杨锐建议光绪帝一定要尽快与康脱离关系，不要因康而贻误大清王朝的前途和光绪帝本人的地位，杨锐的原话是：“康不得去，祸不得息也。”[24]
康有为过于激进的政治主张深刻影响了光绪帝的一系列决策，这在当时的清政府政治高层已是公开的秘密。而康的个人人格与急于介入政治高层的政治野心也几乎没有任何的掩饰，这也引起了相当大的震动，相信这些议论也会多少传到慈禧太后的耳朵里。慈禧太后之所以当面劝诫光绪帝不要急于提拔那些政治新锐参与新政，在很大程度上实际是为康所发。当时和后来的许多传闻都表明慈禧太后确认康“毒化了”光绪帝的思想，挑拨了帝后之间的矛盾，紊乱朝政，非君谤上，建议光绪帝应该对康采取决断措施。
这一系列的外在影响已经使光绪帝对康有为有所警觉，此次一经杨锐点破，更促使光绪帝猛醒。谈话的第二天，即9月16日光绪帝依然驻跸颐和园，相信他在与太后这一天中会谈到一些政治问题，甚至有可能谈及很具体的问题诸如如何处置康有为等[25]。
康有为是推动新政的有功人士，新政开始之后他的一些活动曾引起政治高层的反感，也引起了光绪帝的疑虑，但是毕竟此时尚没有抓住康有为的大把柄。为了不动声色地平息因康而引起的高层不安，经过两天的郑重考虑及与相关决策者比如慈禧太后的协商，光绪帝于9月17日即召见杨锐之后的第三天明降谕旨，命康迅速出京，前往上海督办官报，毋得迁延观望[26]。
这份明诏已经给康有为留下足够的面子，可惜在不同的解读者那里却引起了不同的回应。康在多年之后的回忆中依然以为这份明诏表明政变即将发生。他认为，皇上明诏敦促我出京，于是国人骇悚，预感可能要发生什么大事。因为按照惯例，没有大事就不明降谕旨，一般事务不过由军机大臣面传谕旨而已。他推测，如果不是那些保守官僚步步紧逼，断不至由皇上明降谕旨促我离开京师前往上海之理。何况我不过是不入流的微官末臣，将要创办的《时务官报》也不是什么大不了的军国大计，何必由日理万机的皇上明发上谕？再者说，上谕既严责诧异，便当革职，为什么又说皇上欲得通达时务之人与商治法，说什么康有为素日讲求，应该给予奖励呢？再，皇上召见臣工，无烦自明，此明发上谕乃声明召见一次，亦大清王朝从来未有之事。这到底都是为什么呢？[27]
康的疑惑是有道理的，这些理由也都成立。但他不知道这一不同寻常的重要决策之内幕，即便他知道慈禧太后对他的反感以及光绪帝对他的爱护，偏见也使他不能正视这一反常的“明降谕旨”，不能做出正确判断，反而促使他采取更加极端的措施。
现在可以肯定的是，让康有为迅速离开北京是杨锐9月15日的建议。杨锐比较认同张之洞稳健的改革方案，他早就对康等人的激进主义表示过反感。对于光绪帝将礼部六堂官集体革职他当时就觉得处理太过，并向高层表示过自己的看法；对于帝后之间的关系，杨锐不愿偏袒任何一方，他以为说到底是母子之间的家务事，作为臣子，应该为皇权中心的权威及大清王朝的重振贡献心智，决不能借助任何不正当的手段去挑拨或利用帝后之间的矛盾。正是基于这些考量，杨锐在与光绪帝讨论了相关问题退朝后，立即于当日黄昏时分急邀林旭至自己设在绳匠胡同的寓所，交换看法，对于林旭也过于听信康的偏激主张且误导光绪帝的做法提出了批评。可以相信，正是在这一过程中，杨锐曾将密诏给林旭过目，使他能够引起足够的重视，以便在适当的场合劝告康有为。
对于杨锐的批评与指责，林旭默然无声，表示接受。按照计划林旭将于9月17日被光绪帝召见，杨锐似乎是劝告林旭不要再给光绪帝出那些激进的主意，而且最好与康、梁等人保持一定的距离。这可能也是杨锐急于找到林旭通报情况的原因之一。
林旭获知情况的当天，已经没有时间再向康等人通报，而且他们可能也认为时局虽然正在发生变化，但并不是没有办法转危为安。他们的一致看法是，只要康迅速离开北京，脱离政治漩涡，大局就将好转。这可能是杨锐找林旭通报情况的另一个目的，即希望林旭在被召见时，设法坚定光绪帝让康迅速出京的决心。
9月17日上午，光绪帝按计划在颐和园召见林旭。关于这次召见的详细情况史料缺载，我们已经无法复原。但这次召见为后来康有为等人的行动提供了一个明显的助动力，那就是由林旭传出的光绪帝的第二份密诏，此即康有为后来所说的所谓“衣带诏”。而真实的情況是，由于杨锐已将相关情况向林旭做了通报，也由于密诏中曾经提及请杨锐等四位新任军机章京协商怎样既能有效地推动新政的改革，而又不拂慈禧太后的圣意，而且还因为杨锐已经劝说光绪帝下令让康有为迅速离开北京，而光绪帝可能还就此与慈禧太后有过一定程度的沟通，达成了某些共识。所以，光绪帝召见林旭时，两人直入主题，很快达成共识，那就是为了克服已经出现的政治危机，必须尽快摆脱康有为。于是在召见之后很快由光绪帝极端反常地“明降谕旨”，责成康迅速出京，不得迁延观望。
明降谕旨毕竟只是官样文章，光绪帝与林旭似乎都意识到仅仅凭借这个，还不足以促使康迅速出京。因为委派康督办官报的谕旨早于7月26日就已经下达，可是固执的他却找到种种理由借故继续留在京师，介入新政。为了促使康这次必须尽快出京，他们自然想到由林旭在退朝后火速面见康，甚至设想以夸大危机的冒险办法促使他必须如此。由此情理而推断，光绪帝在召见林旭时，可能并无成文的密诏交给他，即便从保护林的角度也不再需要颁给如杨锐那样的密诏了。否则，经过百年沉淀后，这份密诏也应该如那份密诏一样由林旭家人或朋友传布出来。
关于光绪帝给林旭密诏的真伪与有无，学术界几十年来争论不已。即便承认有此密诏者，也以为必经过康的改篡，以为康在道德上不诚实。其实，平心静气考虑康的心情与处境，他没有必要冒如此大的道德风险去伪造或改篡这么一份重要的文件。更何况经历此事过程的人并没有全部被杀。所以，不必先以道德的偏见遮蔽了眼睛，我们相信这些当事人所言都是事实，只是他们都有自己的视野局限，而无法重建历史的全部真相而已。
林旭当天退朝之后曾经去找过康有为，但由于康不在寓所，林旭也就没有继续等待，只是留有一个字条，称来而不遇，嘱康明日勿出，有要事相告。由此细节也可反证林旭手中没有谕旨，否则他当天无论如何也必须找到康有为宣旨。而且还可证明，光绪帝及林旭虽然觉得康必须迅速出京，但也没有急迫到必须当天执行的程度。
最近，京城中各种谣言满天飞，康有为或许已经预感到局势正在出现某种危机，但对这两天所发生的事情，他肯定不知道，否则就不会外出不归，而会在寓所等待消息。据康自己说，那天晚上他在宋伯鲁家喝酒，同席还有他的同道李端棻、徐致靖，唱昆曲极乐，而声带变徵，曲终哀动，谈事变之急，相与忧叹[28]。由于不知道发生了什么，他们也只能在寻欢作乐之余发发感慨而已。至深夜，返回寓所，一是看到敦促他迅速出京的那份明降的谕旨，他对此似乎久有心理准备，故而也没有太在意；二是看到林旭留下的字条，由于没有说什么具体事情，他似乎也没有怎样介意，遂于醉醺醺中安然入睡。
第二天（9月18日，八月初三日）一大早，林旭如约前来拜见康有为，他先向康转述了9月15日密诏的大致内容，劝说康遵旨尽快离京，前往上海督办官报。对于林旭的劝说及其转述，康半信半疑。在这种情况下，林旭向他通报了自己昨天面见光绪帝的情况，并概括口述光绪帝的口谕如下：
