清政府对列强的让步使自己陷入两面受敌的困境。在这种情况下，清政府内部各派势力进一步分化，张之洞、刘坤一、盛宣怀等在东南及长江中下游流域经济繁荣地区担负重要责任的封疆大吏出于最务实考量，坚决主张对义和团加紧镇压。直隶总督裕禄虽然继续坚持“剿抚并用”，但鉴于形势急剧变化，他此时对“剿抚”的轻重缓急有了新的考虑，认为再一味主抚恐怕已很难收到实效，必须尽快集中兵力严加惩处。
动荡在加剧
清廷那些具有排外倾向的官僚则主张对义和团运动停止镇压，应该充分利用他们去与国外军队抗衡。5月30日，军机大臣、刑部尚书赵舒翘联合顺天府尹何乃莹上奏清廷，表示义和团到处蔓延，诛不胜诛，不如改用安抚、招安的办法，将他们编入清军序列，统以将帅，因其仇恨基督教之心，用作果敢之气，化私忿而为公义，缓急可恃，似亦因势利导之一法。这一建议据说是端王载漪等人的旨意。
招抚义和团成为清军的助力，势必招致列强的反对，列强会认为清政府是不是准备与各国公开为敌呢？为此，赵舒翘、何乃莹提出两条理由：一、各国练兵，所以自卫，例非他国所能干预；二、将义和团收编后，将有严厉的纪律约束他们，不令滋事，因此对于和局肯定不会有所妨碍。
慈禧太后对义和团固然并没有真正的好感，但她此时更反感的是列强的威胁。她担心列强坚持派兵进京的真实原因不仅仅是为了保护各国使馆，可能还有试图干预中国内部事务，尤其是利用中国内部力量推翻她的统治，重新建立新政府的企图。
因此，当列强要求清政府同意他们向北京派兵时，慈禧太后的最初反应是模棱两可。她一方面期望加强对义和团的镇压来换取列强的宽容，遂于5月29日和30日连下两道谕旨，要求地方文武官员严厉查禁义和团；但另一方面，慈禧太后也反复告诫地方官员在处理义和团事件时要区别对待，分清良莠。
很显然，慈禧太后两面讨好的政策既不能从列强那里讨得欢心，也很难从义和团那里获取支持。义和团在这种政策鼓励下，获得更大发展；而列强对这种状况当然更加不满。
因此使馆卫队进入北京后，各国公使继续向清政府施压，并向中国增调军队。截至6月2日，集中在渤海湾和大沽口外的各国军舰共有24艘，其中英、德、日三国各3艘，美、法、意三国各2艘，俄国有9艘。同日，奥匈帝国的“岑塔”号巡洋舰也由日本佐世保港口向大沽口方向行使。
各国公使调动军队进入北京主要是为了保护公使馆和各国侨民，另外也有帮助中国政府镇压义和团的目的。在最初阶段，使馆卫队的到来对于稳定外国人情绪起到过作用，在以后的一两天里，从城内各个偏远教堂来的教士们说，人们的态度有了显著的改善，而且局势近乎正常。前往使馆避难的妇女儿童开始返回自己的住宅。
更为重要的是，原先纷纷传言端午节将发生重大事件并没有变成事实，人们还算平安地度过了这一天。据在北京居住将近半个世纪的赫德说，一周来他们那里很热闹，有两三次情況紧张，他们都准备行动。海关和同文馆的外国雇员都集中到赫德的住宅里。他们有二十支来复枪，可以保护妇孺。他们好像“笼中之鼠”，日夜担心，不知什么时候会遭遇大难。头一天担心中国军队不反对义和团；第二天又变成另一种恐惧，既怕中国军队和义和团联合起来对付外国人，又怕各国使馆卫队的到来会引发中外敌对行动。
端午节的恐惧消散之后，外国人的心情不那么紧张了。赫德认为，仅就北京而论，危机已经度过，但义和团似乎还在扩展。新的传言又出现了，说中秋节才是在中国的欧洲人真正危险的日子。
但不管怎么说，中秋节还有三个月的时间，目前如果不发生意外，北京的局势应该很快能够趋于稳定。
然而，安全感是短暂的。很快，又传来更加令人震惊的消息：6月1日，在保正路工作的36名欧洲人，鉴于当地局势动荡不已，人身安全无法保证，铁路既已破坏，工作也无法继续，决定乘船由保定前往天津。然而，他们在距保定160里的雄县小龙王村附近遭遇义和团拦截阻击，被驱赶上岸，双方发生直接冲突。这些欧洲人开枪射击，杀出了一条生路，仓皇逃往天津。不幸的是，当他们于6月2日狼狈抵达天津时，却发现已有9人失踪，稍后证实其中4人死亡。这36名欧洲人主要是比利时人。
比利时公使紧急请求俄国公使派遣军队前往协助营救。俄国公使同意派驻防在天津的25名哥萨克骑兵前往救援。6月2日晨，这些哥萨克骑兵从天津出发。到了晚上，当他们还没有迎接到这些欧洲人时停止了行进，因为担心夜间行走可能会不安全。然而不幸的是，他们在独流镇被义和团和村民阻拦并包围。
由于哥萨克骑兵曾经收到不准向中国百姓妄发枪弹的军令，于是只能拔刀格斗，混战中杀死两名中国人。
哥萨克骑兵的行径激怒了中国人。这些中国人额束铜箍，腰系红带，口中喃喃不绝，策马与哥萨克骑兵交手。哥萨克骑兵怀疑这些人就是所谓的义和团祖师，于是挥刀杀之。血肉之躯自然抵挡不住哥萨克骑兵的马刀，二三十名中国人转眼间变成刀下鬼，其他村民见状一哄而散，哥萨克骑兵仓皇逃回天津。
慌乱中，一名哥萨克军官从马上跌了下来，被愤怒的中国民众连刺六枪；一名试图去营救的哥萨克士兵被割掉了鼻子。在这场冲突中，据说有14名中国人被杀死。
5月底开始，中国人与外国人之间的仇杀越来越严重。义和团民众为了阻止各国军队继续进犯北京，又一次掀起破坏京津铁路的大规模活动：
5月28日，高碑店以北的桥梁、站道、车辆被焚毁殆尽；高碑店以南铁路并保定府的料场岌岌可危；
30日，义和团烧毀定兴火车站，焚烧长辛店洋房；
31日，保定以南方顺桥车站及附近桥梁、铁道均被烧毁；同一天，高碑店附近铁道被拆毀一段；自涿州至卢沟桥全线被毁，枕木、钉板一概无存，铁轨弃置道旁；
6月1日，直隶安肃县南及方顺桥附近车站、铁道、桥梁及房屋等再次被焚；芦保、津芦铁路均受到威胁，西路电线已断；因为收到北京传来“不准开仗”的指示，驻守在涞水一带的清军弃守两难，近于“解体”，义和团乘势攻占涿州城，城门启闭，概有义和团掌控。官府办公之人不得入城，城内文武官员具文而已。稍后，涿州义和团甚至将武卫前军马队左营管带聂汝康及马兵等17名全行扣住。保定省城内亦有大量义和团在活动；
2日，高碑店以北的铁道、车站、电线杆等均被拆毁，自保定至长辛店铁路沿途均由义和团控制，京师周边的交通已受到了严重限制；
3日，天津至卢沟桥铁路受到威胁；
4日，黄村火车站及附近桥梁、电线杆等均被焚毁，义和团与前往镇压的聂士成军左路后营管带张继良部发生激烈冲突，清军伤亡八十余名。
义和团的发展势头非常迅猛，他们在与清军冲突后，已开始有计划、大规模向京津方向挺进。义和团首领张德成在直隶静海成立“天下第一团”，随后率团进入天津，促成天津义和团迅猛发展，京津局势更加严峻。
在破坏铁路、阻断交通及电讯通信设备的同时，义和团民众对于外国人尤其是传教士几乎达到见了必杀的程度：
6月1日，直隶顺天府永清县数百名义和团民众于清晨攻入县城，公然焚毁教堂，杀死英国教会传教士一名，带走一名，将之囚禁在邻近一个村庄里，并于第二天将其杀死；直隶雄县的义和团也于同一天围攻八方村教堂，威胁传教士及教民安全；也在这一天，直隶蠡县高家庄教堂被义和团焚毁，损失惨重；
6月2日，京师义和团放火焚烧麦加利银行，天津义和团在这一天放火烧毁苏家桥教堂；直隶晋州彭家村义和团在这一天放火烧毁该村及吕家村教民房屋数间；
6月4日，保定以南之清苑县义和团与该县教会武装发生大规模军事冲突，当地义和团民迅速集结外来团民约两千人与教会武装相对峙。对于前往镇压的官军，义和团毫不客气地予以打击，聂士成部属多次在与义和团冲突中受到伤亡。
迅猛发展的义和团运动不仅成为清廷有识之士的心头之患，更使各国公使食无味，寝难安。
过去以为义和团大规模破坏铁路、电线等近代设备，是因为对近代文明的仇视。其实，这与当时洋人的不法行为尤其是工程中所使用的来自福建的翻译人员有关。据时在芦汉路任职的张美翊分析，他1899年秋在保定一带公干时就听到一些议论，指责工程办工员役倚洋欺民，甚至聚众强奸良家妇女，调戏不遂，栽赃诬陷。至于那些福建翻译员，年轻学浅，与洋人言则洋语不够，与北人言则北语不够。言语不通，情意遂致隔阂。至于其是否渔利舞弊，无从佐验，不敢随便乱说，但总使人不可避免有某些怀疑。张美翊建议督办铁路事务大臣盛宣怀将长辛店铁路先逃之司事、翻译及平日在工声名恶劣之人，从重惩罚一二人，以励其余，以谢居民，以杜言者之口。
至于长辛店一带一再发生民教冲突，在张美翊看来是用人体制发生偏离所致。他认为，工程中翻译员多为洋人所用，不归中国总办节制，这是一再发生用人失误的根本原因。
这些分析表明，义和团之所以在长辛店一带大肆破坏铁路、电线，甚至迫害洋人工程师，有铁路管理方面的原因在。然而由于时间紧迫，这些建议来不及获得高层的注意。
联军在集结
面对日趋恶化的京津局势，各国公使惶恐不安，他们担心如果义和团运动继续扩展，那么北京将可能沦为孤岛，他们都很有可能被长时期围困在这个孤岛上。为此，他们几乎是不间断地召集会议，商讨对策。
在6月4日各国公使会议上，俄国公使就派兵营救比利时工程人员的行动做了解释，以为在当时背景下，这只是特例，各国不要认为这一事件是俄国深入内地进行武装征讨的借口。
法国公使认为，京津之间火车已停驶，电报联系不久也可能中断。他建议那些在天津海面停泊有舰队的各国公使应该立即请求各自政府，北京一旦沦为孤岛，各国舰队司令官就应该自行采取必要援救措施。这个建议被各国公使普遍接受。
6月4日下午，英国驻华公使窦纳乐按照约定前往总理衙门，严厉质问清政府打算采取什么措施以惩罚早先在永清杀害英国传教士的凶手，并使被劫持的另一名传教士尽快获释。中国大臣答复说：直隶总督对此负责，总理衙门已电告总督派军队前往肇事地点。
据窦纳乐回忆，中国大臣对于传教士被杀和被劫持的恶性事故并没有表示惋惜之意，或急于设法营救被囚禁传教士的愿望，他们的态度极为冷淡，甚至有一位大臣在译员口译窦纳乐谈话时竟睡着了。
这终于惹恼了窦纳乐，他以极为强硬的态度当面表示：英国政府必须使清政府对这种漠不关心的态度承担责任，这造成了目前可耻的情况。他坚持要求同庆亲王举行直接会晤，因为他觉得同这些大臣们讨论问题毫无用处。会晤约定在第二天举行。
窦纳乐很快获悉，那位被劫持的传教士已被残忍杀害，他迅速将这一消息告知英国驻天津领事贾礼士。贾礼士迅即电报英国政府，并向英国驻华舰队司令官发出紧急请求，要求速派强大援军驶往北京，并建议使用一切积极的对抗措施。
第二天下午，窦纳乐如约与庆亲王奕劻举行会晤。庆亲王代表中国政府对传教士遇害表示极为遗憾和诚挚道歉，其语气、态度都使窦纳乐感到满意。
在谈到如何镇压义和团时，窦纳乐指出，没有丝毫迹象表明清政府企图严肃处理义和团骚乱。这导致京城几英里以内人们生命不安全，而且就在京城内也有发生骚乱的严重危险。他告诉庆亲王，就他的判断而言，不镇压义和团会直接导致外国军事干涉，无论各友好国家对这一行动感到多么遗憾。
庆亲王重申自己对各位公使人身安全的保证，但据窦纳乐感觉，庆亲王采用了较过去更为敷衍的态度。庆亲王说，朝廷已经征调聂士成提督率领6000名士兵保护京津铁路安全。
窦纳乐表示怀疑，根据他所掌握的情报，有足够理由相信聂士成的部队或许是去保护铁路，但他奉有枢廷密令，绝不允许向义和团开火。
听到这里，庆亲王立即显现出“某些戏剧性的惊讶表情”。庆亲王说，义和团运动那样深入人心，而民意又是这样的激进，因此政府决不能漠然视之。这个运动首先是由于中国基督教徒及其教士们的行动而引起，是民教冲突的一种表现，民教之间的矛盾是根深蒂固的；虽然教徒们受到严重损失，政府财产遭到破坏，但直到目前为止，普通的中国老百姓绝没有受到骚扰。如果由于义和团表达了人民的普遍情绪而不分青红皂白地予以惩罚，那么中国老百姓将认为那是最不公平的。庆亲王承认，清政府确实不愿意严厉惩处义和团民众。
会晤快要结束时，另一位总理衙门大臣许景澄走了过来，他向窦纳乐介绍了义和团在清军中的发展情况，根据他的预测，不要多久，清军都将成为义和团。
窦纳乐显然没有获得他最想得到的东西，即中国政府能够迅速而坚定地镇压义和团运动，相反，庆亲王奕劻的游移不定足以表明清政府在事态继续恶化的情况下无能为力。在劝告朝廷的事情上，庆亲王承认自己已完全失败。窦纳乐相信，作为清政府的一个杠杆，总理衙门正在彻底瓦解。
回到使馆，窦纳乐仔细回味刚才的谈话，越来越感觉形势只会继续恶化。他立即致电英国驻华舰队司令官，询问他是否能够再调拨75名士兵以加强英国驻华使馆的安全。至于在中国各地的教会，窦纳乐倾向于在形势继续恶化时予以放弃，他当然也意识到一旦放弃这些教会，各地教堂将必然发生不可遏止的火灾。
在此后几天时间里，窦纳乐与各国公使密集协商。他们一致认为，如果慈禧太后的态度不能发生根本改变，局势将更加危险。各国公使一致决定继续向北京增派军队，并照会清政府负起保护京津铁路和电报线安全的责任。为了直接抗议清政府对各国使馆及列强在华利益保护不力，公使们准备要求集体觐见慈禧太后和光绪皇帝。
6月6日中午，常常作为庆亲王使者与窦纳乐进行联系的中国译员联芳前来拜会窦纳乐。窦纳乐谈起集体觐见两宫的想法，并称是为了支持庆亲王和总理衙门镇压义和团的想法。
不久，联芳匆忙赶回来告诉窦纳乐，这个想法使总理衙门大臣极为不安。他奉命通知窦纳乐，聂士成提督已接到最严厉的命令镇压义和团叛乱，而且聂军实际上已在铁路沿线与义和团发生冲突，京津铁路交通将在三天内恢复。
集体觐见慈禧太后和光绪帝的要求不过是从外交上向清政府施加压力，当外交压力因种种原因无法实现时，各国公使就要做好动用武力的准备。
其实，早在6月4日，窦纳乐就电请英国政府命令停泊在大沽口的英国舰队司令与各国舰队司令官会商，为营救在北京的外国人而尽快采取措施。其他各国公使也先后催促各自政府立即派遣强大援军。
6月6日，英国驻大沽口舰队司令西摩中将在“百人长号”军舰上与法、德、意、俄、奥、美、日等国高级海军军官举行会议，会议最终达成了谅解，同意在必要时一致行动。
在会议上，西摩通报说，京津地区的局势变得更加严重，好几名欧洲人已被杀害；中国人对一切外国东西强烈反感；中国政府未能做任何事情制止骚乱。西摩还向海军部通报了他已采取的几个应急措施，包括命令英国军舰“曙光号”及“凤凰号”从威海卫开往大沽口海面，命令“汉伯尔号”驶往山海关。
西摩的建议很快获得英国海军部的批准，授权西摩有权处置在华英军的行动，可以和其他国家司令官一起，采取大家认为适当可行的措施。
英国外交大臣索尔兹伯理也在6月7日批准窦纳乐6日要求授予全权的请求，表示窦纳乐公使酌情处理事务的自由必须完全不受约束。
与此同时，各国公使及舰队司令官也先后接到本国政府指令，都被授予“极广泛的全权”，可以视局势发展自由而不受任何束缚地决定采取措施。
各国公使将军队不断向天津集结，至6月初，在天津租界的联军已达两千余人。他们计划先用武力夺取天津，然后再由天津乘火车前往北京。
主抚派暂占上风
列强的气焰进一步激怒了义和团。为了阻止联军向北京进犯，义和团再次拆除京津铁路部分铁轨。6月8日，天津方面传来消息，说义和团已到达杨村，正在焚毁该处铁路桥梁，被派去保护铁路的聂士成军并没有阻止义和团的破坏行动，反而开始撤回他们在天津以东的芦台营地。
在各国公使看来，聂士成撤回芦台，就意味着总理衙门声言可以信赖的唯一部队已放弃保护北京的企图，也粉碎了他们寻求恢复京津铁路的一切希望。各国公使认为，刻下惟有各国合谋保护传教士、侨民以及那些教民的身家产业，并迅速采取行动，果断占管铁路，争取主动。
各国公使不再相信清政府镇压义和团的承诺，依然继续派兵进入北京。在这种情况下，要想单纯依靠武力将义和团镇压下去几乎是不可能的。更为严重的是，当清廷决定向义和团大开杀戒时，个别官僚认为，这样不仅无法有效平息骚乱，反而使那些无辜民众深感委屈。因此当列强不断向大沽口外集结军队时，慈禧太后试图对义和团进行缓和性瓦解。
慈禧太后的这一转变引起了强烈反响。6月4日晚，据闻慈禧太后密召军机大臣入宫议事，庆亲王奕劻、端王载漪、军机大臣刚毅、军机大臣赵舒翘、体仁阁大学士即大阿哥的师傅徐桐等都认为义和团民众忠于大清王朝，如果能够配备适当的装备，那么义和团民众就可以在一定程度上帮助大清王朝与列强对抗。
对此，荣禄及首席军机大臣、礼亲王世铎等人很不以为然，而汉军机大臣王文韶则继续奉行多年屡试不爽的圆滑政策，不点头不摇头，什么都不负责。
当时的形势是，京津一带义和团民众遍地皆是，每日新增数量庞大，成分复杂，既有汉族士大夫，也有许多满族人。凡此都为慈禧太后的最终决定制造了相当复杂的障碍。
慈禧太后依然在主抚还是主剿中徘徊游移。面对危局，驻外疆臣忧心如焚，两江总督刘坤一、直隶总督裕禄、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章、闽浙总督许应骙、山东巡抚袁世凯等皆主坚决讨伐。
6月6日，裕禄致电总理衙门，力陈义和团断非仅恃劝导所能解散，政府的选择只有一条，那就是自行剿办，尽早平息骚乱，否则一旦联军动手，势必酿成大患。
深悉洋务的会办商务大臣盛宣怀也曾在6月3日起草一份建议书，建议清政府要趁义和团还没有结成更大势力的时候予以剿灭。
清政府没有采纳他们的建议，也没有立即做出最后决断。太后的犹豫使清政府的权力系统一分为二，主抚、主剿双方都利用自己的权力系统发号施令。此后不久，清廷权力系统不断传出相互矛盾的声音，发布相互矛盾的命令。
6月5日，清廷派军机大臣赵舒翘会同先一日被任命为都察院左副都御史的何乃莹前往涿州等地向义和团民众喊话，希望他们能够和平解散，否则，一经大兵剿捕，势必父母妻子离散，家败身亡。第二天，清政府又加派协办大学士刚毅前往涿州一带“察看”并“劝散”义和团，“名为宣旨解散，实隐察其情势”，“意在以劝导为要”[1]。这实际上引发了义和团大批进入京师。
6月6日，清廷再发上谕，有意改变先前一意剿灭义和团的既定政策，宣称义和团兴起主要是由于法律诉讼案件中偏袒传教士和中国教民所引起的。拳民和教民一样，都很值得同情，但是不论拳民，还是教民，只要涉及刑事犯罪，涉及毁坏教堂及铁路等财产，都是法律所不能容忍的。上谕表示，只要义和团立即交出那些破坏铁路等财产的首恶分子，一般拳民可以获得宽大处理，否则将遭到彻底镇压。
清廷显然希望缓和与义和团之间的关系，并借此收服义和团民众。
不管清廷出于怎样的考虑而发布这份上谕，实际上都意味着对义和团采取的强力镇压措施在根本没有实行的情况下又被废弃了。各国公使、在北京的外国观察家表示深深失望。
窦纳乐的第一反应是，这份冗长的上谕歪曲了义和团骚乱发生的原因，只字不提传教士被杀是令人难以容忍的。该上谕也许表明朝廷中存在两种极端立场的相互妥协，但总的语气是令人极不满意的，在精神上是对5月29日和30日两份上谕的继承。这三份上谕在谴责不良分子利用义和团运动制造骚乱行为的同时，还贯穿着一种极为宽大的精神，尤其是6月6日的上谕。
在窦纳乐看来，这份上谕着重强调传教士干预基督教徒和非基督教徒之间的诉讼所激起的恶感。这个说法可能有道理，但是，当基督教徒到处遭到屠杀时，在一道声言要缓和激愤情绪的上谕中，无论如何不应该把这个问题摆在中心位置。
窦纳乐指出，这道上谕的主要问题，是因为它对过去几个月的野蛮行动绝不含有丝毫谴责。与此相反，义和团被说成是中国良民，其中混杂着不良分子，而且它明白地说明朝廷对义和团民和基督教徒一视同仁。实际结果是，无论义和团如何公开宣传以及招募新成员，地方当局都没有合法权利去触及他们，而到了活动爆发，制止他们的实际力量已经不存在了。
在北京的外国人普遍认为，6月6日的上谕没有将义和团焚毁铁路、伤害传教士的事实如实叙述。他们本来就怀疑赵舒翘等人仇视欧洲人、暗助义和团，现在在赵舒翘等人影响下所发布的上谕果然都是敷衍之语。因此各国正可利用自己的力量代为剿灭义和团，不必继续观望。换言之，这份上谕为列强直接出兵剿灭义和团提供了难得的口实。
6月7日，奉命保护铁路、恢复交通的聂士成部在赶赴丰台火车站途经廊坊时，遭到了义和团有组织的截击。义和团主动与清军交手，这在过去不曾有过。这显然意味着义和团与清政府的关系也在发生变化。聂军被迫折回落垡，又与正在拆毀铁路的义和团发生激烈冲突，各有伤亡。同一天凌晨三时许，聂军邢长春部获悉义和团焚毁北河大桥，乃密率马队前往阻止，不料遭到上千名义和团民众的攻击，清官军被迫开枪。不久，定兴大东沟数千人闻讯赶来协助义和团与官军作战。
也正是这一天，京城周边各州县义和团民众三五成群，头包红布，手持刀械，开始络绎不绝进入京师，形迹可疑及结党持械、造谣生事之人随处可见。这些遍布京师的义和团民众于城厢内外遍张揭帖，略谓必须焚毁教堂，杀尽教民，劝中国人万不可皈依基督教、天主教。
6月8日，京津地区形势急剧恶化。在北京的义和团在与教民的冲突中残忍杀死教民数人，并焚烧不少房屋，京师城门被迫关闭半天。在通州，一群前来避难的美国传教士遭到了义和团的攻击，传教士们把他们的房屋交给清军看管后，其房屋竟然也遭到了焚烧和抢劫。
在天津，由义和团首领杨寿臣率领的数百名义和团民自安次县进入天津，于三义庙建立总坛，树立旗帜，大量无业游民纷纷往投。自此，天津城厢内外相率立坛，仅两天时间，城厢内外据不完全统计就立坛三四十处，每处数百人或数十人不等。
同一天，京津地区的义和团民依然继续破坏京津之间的铁路，廊坊、落垡一带的铁轨已被拆毁，并逐步向靠近天津的杨村逼近，负责保护京津铁路的聂士成部被迫后撤，京津之间的铁路联系实际上已经中断，总理衙门所许诺的迅速恢复铁路交通的计划被彻底粉碎。
随着局势急剧恶化，荣禄深感痛心，前往颐和园求见老佛爷，力请太后迅速回宫，召集御前会议，研究并决定应对方针。6月9日晨，慈禧太后携光绪帝匆忙赶往宫中，召集满汉大臣讨论局势。
6月9日，北京及天津地区骚乱的消息不时传来，引起各方面恐慌。那天早晨，北京以西大约三英里的地方，一伙义和团民众突然从附近庙宇中冲了出来，放火焚毀那里的跑马场大看台。这个跑马场是在外国侨民常去的娱乐场所。大看台被焚毀，一个中国基督教徒被活活烧成灰烬。这个消息使各国公使极度震惊。
当天晚些时候，英国驻华使馆一群学员在城外骑马，遭到了几十名用刀矛武装起来的义和团民众的袭击，学员们开枪还击，才幸免于难。
也是在这一天，天津南乡一带义和团民众大规模集结，据说已达数万人。在通州的义和团民众继续焚烧教堂，在落垡的义和团民众更是不顾一切地与聂士成部展开决战态势。各国公使普遍相信，不是中国政府有意识纵容义和团，就是统治能力已经丧失。他们无法继续容忍形势恶化，决定以自己的力量去解决问题。
事实上，京津地区局势进一步恶化远远出于慈禧太后的估计。9日凌晨她匆匆忙忙从颐和园赶回宫中，足以显示她将就如何平息骚乱、恢复秩序、稳定人心，做出新的决定。她已经给了主抚派一个机会，但他们的表现实在令人失望，现在她必然的逻辑就是起用主剿派。
然而在9日的御前会议上太后仍然没有做出主剿决定，大概因为参加人员中主剿大臣太少。朝中只有荣禄及礼亲王世铎等人主剿，而主抚派大臣占绝对多数，特别是新立的大阿哥的父亲端王载漪仗势欺人，且制造种种谣言。他们为了掩饰招抚政策的失败，继续假借御侮的旗号，鼓吹义和团的忠诚神勇，继续昌言招抚义和团共御外侮。他们将无法平息骚乱的原因归结于洋人的压迫，甚至谎报军情称洋人的目的是为了推翻太后的统治，重建一个他们所希望的政府。
担心被洋人所推翻，是太后一直以来心中的疙瘩，她原本准备起用主剿派的设想在这最忌讳的言论刺激下又化为泡影。结果，会议的决定与原先的期待刚好相反，太后拍板不再对义和团进行剿灭，命令董福祥的甘军从南苑进驻北京城里，并任命端王载漪为总理衙门新任首席大臣，另外一些主抚派骨干如礼部尚书启秀、工部右侍郎溥兴、内阁学士那桐等在总理衙门上行走。这个结果意味着主抚派暂时胜利，清政府与列强不可避免地走上对抗。
无能的西摩
端王载漪出任首席大臣的消息，引起了各国公使的普遍不安。他们认为，所有情报都表明端王是宫廷内设立义和团神坛的主要支持者。端王和其他几位获得任命的官员先前并没有主持过外交事务，他们在任职后既没有对各国使馆进行例行拜访，而各国公使受那些传闻的影响，也不愿意主动与他们进行接触，于是中外之间的沟通越来越困难。
各国公使普遍认为，由端王载漪出任首席大臣将意味着在北京的外国人的处境更加危险，总理衙门极可能变成一个执行清廷排外政策的工具。因此美国公使康格甚至提议各国公使不应当承认这一人事变动。
各国公使像热锅上的蚂蚁一样，利用一切可以利用的渠道获取资讯。6月9日，英国公使窦纳乐为了证实那些满天飞的传闻的真实性，想办法见到了与其关系比较密切的总理衙门译员联芳。
窦纳乐向联芳转述了那些传闻，其中最重要的是说慈禧太后在端王载漪等顾问影响下，已决定消灭所有在北京的外国人。还有传闻说甘军首领董福祥提督已经表示，只要朝廷一声令下，他的军队就能够很快将在北京的所有外国人逐出中国，或者将他们抛到太平洋里去。
联芳对这些传闻未置可否，但他欲言又止故弄玄虚的姿态使窦纳乐相信这些传闻并不是空穴来风。
谈话一结束，窦纳乐顾不上参加原先约定的公使团会议，匆忙致电英国驻华舰队司令官西摩，通报北京局势极为严重，要求立即派遣增援部队进军北京，否则就可能太迟了。
随后，窦纳乐前往参加公使团会议通报了中午与联芳的谈话。窦纳乐认为，现在的局势是极端危机的，公使团必须向中国政府正式提出集体觐见慈禧太后和光绪帝的要求。
窦纳乐对局势的悲观估计并没有获得公使团的认同，公使团会议根据法国公使的建议不再采取军事行动。他们认为，清政府过去几天里在镇压义和团的问题上应该说是严肃的、认真的，京津地区的危机应该能够在很短时间里予以化解。
窦纳乐受此影响，遂在会后致电西摩，通知他暂时与各国军事力量保持一致，静待事态发展。
然而到了当天晚上八时许，窦纳乐突然从“至今认为可靠的中国方面”获得消息，称慈禧太后在召见大臣时已公开表示希望把外国人逐出京城，同时董福祥的部队只等待发动总攻的命令。董福祥的甘军不仅体格上超过一般中国人，而且其军事装备在当时也是最好的，并且有很充足的军火供应。这支部队在1896年镇压回民起义获胜以来，素以勇敢和残忍而著称。
这个所谓可靠的情报使窦纳乐不再相信各国公使在下午会议上对形势的判断，而是以为危险逼近，不容许任何拖延。他于当天晚上八时半第三次紧急致电英国驻天津领事贾礼士及西摩，告诉他们必须派部队登陆，并且为立即进军北京做出一切必要安排。
由于各国公使无法从正常的外交渠道获取信息，满天飞的谣言深深困扰着他们。宁可信其有，不可信其无。为预防万一，各国公使都往最坏的方面准备，即便是一直与清政府保持良好互动的俄国公使也有点沉不住气了，他在同一天也向本国政府发出了类似内容的电报，预感各国公使在北京的作用或许将要结束，未完事宜应该移交给各国海军将领。格尔思也开始认为，只有联军的及时到来能够挽救在北京的外国人。
窦纳乐的急电请求引起了英国驻华舰队司令官西摩及英国驻天津领事贾礼士的高度关切，在贾礼士的安排下，各国驻天津领事和海军司令官立即举行紧急会议，讨论窦纳乐所提出的要求。日、意、奥、美等国领事和司令官同意和英国军队一起派遣所有可能使用的士兵充任增援部队，保护正在修复铁路的筑路人员，并为救援各国使馆逐步向前推进。
法国人和俄国人反对立即派遣增援部队。俄国人反对的原因很简单，因为俄国军队约4000人正在从旅顺口向大沽口调防的途中，如果各国即刻增援，俄国在兵力上显然不占优势，无法成为联军主力。
俄国驻天津军事负责人沃加克上校的真实想法是等待俄国军队到来，由这支军队充当联军进犯北京的主力。因此他试探着向与会者建议，俄国在旅顺口驻扎有1.2万人，北京的局势如果真的像窦纳乐所描述的那样严重，就应当向旅顺口要求派兵。
沃加克的建议仅仅获得法国驻天津领事的赞同，其他与会者表示反对。
法国及俄国的不合作态度无法阻止联军的组成。与会者普遍认为，北京的形势确实危机，不能等待香港或旅顺口的军队集结到天津后再出发。他们决定迅速组建一支联军，主要来源为驻扎在大沽口附近的各国舰队的水兵和海军陆战队。
根据各国驻天津领事及各国军事将领联席会议的精神，英国海军司令西摩中将即刻致电英国海军部，要求海军部授权他率领可供使用的全部士兵立即登陆，并希望与各国军官密切合作。
会后大约两个小时，由西摩率领的300名英国士兵、100名美国士兵、60名奥地利士兵及40名意大利士兵组成的联军连夜由塘沽乘船向天津集结，其他国家的军队也连夜由大沽口外海面上的军舰换乘炮艇或鱼雷驱逐舰向塘沽转移。10日凌晨三四时在塘沽先后登陆，然后换乘火车向天津集结。
根据约定，这支临时组建的联军由英国中将西摩担任统帅，美国上校麦卡加拉任副统帅。为了均衡，各国在参加联军兵力上达成谅解，原则上所派陆战队数量大致相等。
在西摩联军向天津集结的同时，各国驻天津领事与直隶总督裕禄进行紧张交涉，他们要求总督尽快提供一列专用火车，并下令中国军队及铁路管理部门尽快修复被毁坏的铁路。各国领事扬言，如果裕禄不答应，他们将采取必要手段自行解决，或者夺取一列火车。
裕禄表示，在未得到朝廷许可前，无论如何无法同意外国军队乘火车进入北京。有了裕禄的态度，铁路管理部门当然不肯为联军调度火车。
这些手段根本无法阻止联军，英国人和德国人跑进车库，抢夺机车，并派上自己的司机。上午9时30分，西摩率领英、美、奥、意等国500名全副武装的士兵乘坐第一列火车向北京进发。这列车除一节车厢装有速射炮、野炮等重武器外，许多车厢装有准备修复铁路的材料和工具。联军还带有几名英国工程师、司机，并强迫七十多名中国劳工随行。如果遇到被毁坏的铁路，他们就边修复边行进。
上午11时，由英、德、日、法、俄等国六百余人组成的第二批联军也乘专列向北京方向驶去。这一天，联军共从天津开出三列火车，运送联军两千余人。在此后的两三天内，向北京运送的联军与武器不断增加。
西摩联军出发时准备并不充分，他们自信凭借优良装备及优良交通工具应该很快冲进北京，甚至打算赶到北京公使馆吃晚餐。因此，各国海军陆战队在匆忙中只准备了两三天的粮食，每名士兵也只发给两百多发子弹。至于途中可能遇到的困难，联军将领不仅没有合适的预案，甚至也没有与各国军官进行必要的协商沟通。他们不相信乌合之众般的义和团民众能够与他们对阵，认为清军已被他们的公使、领事所说服，愿意与联军联手对付共同的敌人。后来的事实不仅证明他们太低估义和团和清军的反应力、战斗力，而且错误估计了中国人的态度。
西摩联军自天津强行出动的消息传开后，很快激起义和团和部分清军的强烈愤怒。义和团在京津铁路沿线立即行动起来，拆毀铁轨，搬走枕木，迫使联军边修路，边行进。西摩联军在第一天虽然没有遇到强有力的反抗或袭击，但行进极为缓慢。到晚上，第一列火车也只行进到距天津五十公里处的落垡车站。
在北京，联军出动的消息首先在清军内部发生震动。原先奉命在杨村一带保护京津铁路和镇压义和团的聂士成于10日紧急致电荣禄、裕禄，请求率部返回芦台，放弃镇压义和团，以便集中兵力反击联军的进攻。刚刚调进北京的董福祥甘军得知联军出动的消息后，迅速控制北京火车站，准备迎头痛击联军。
6月11日，传言联军先头部队即将抵达北京，日本驻华公使馆书记生杉山彬奉命出城迎接。当他来到南城永定门要求出城时，驻守在那里的甘军不仅没有放他出城，反而将其扣押起来。
甘军士兵根本没有弄清楚杉山彬的真实身份。在混乱嘈杂的局势中，甘军士兵毫不客气地把杉山彬的头颅割了下来，并残忍地将其肢解。
杉山彬被害的消息很快传遍公使馆。日本公使馆迅即表达强烈抗议，并要求中国政府尽快将杉山彬的尸体送回公使馆。中国政府清楚地知道杉山彬的尸体被甘军遗弃在距离永定门不远的城外，但不知什么原因，却拒绝了这一请求。
享有外交豁免权的公使馆人员竟然被中国的正规军在光天化日下杀害，中国政府竟然根本不理睬日本公使馆寻找遇害者尸体的人道主义请求。这些极端不利的负面消息在外交团中急剧地传播着，不仅造成外交人员的高度恐慌，而且使仇恨越结越深，极大增加了各国公使对中国政府的不信任。各国公使想尽办法催促联军加快北上的步伐，并向中国政府提出接二连三的外交抗议，在得不到积极回应后，各国公使只能自行组织起来，加强使馆防卫。
其实，当西摩联军刚刚出发不久，义和团就毫不客气地将北京与天津之间的电报线路切断，这样一来，所有联系也就自然中断，陷入孤岛中的各国公使、西摩联军及天津领事团对局势更加忧心忡忡。
西摩联军向北京进发引起清政府的高度恐慌。慈禧太后以为这可能会极大地动摇她的统治地位，因而坚决反对。6月11日下午，清政府委派总理衙门大臣许景澄、太常寺卿袁昶前往各国使馆，劝说各国公使命令联军停止前进。
各国公使根本不愿听从劝阻，他们一方面抗议清政府不努力保护铁路；另一方面，继续请求舰队司令要毫不犹豫地抽调在华全部兵力飞速进军北京。窦纳乐含蓄地威胁许景澄和袁昶：交通中断将增强各国公使对安全的忧虑，以致联军采取的措施可能超过局势的实际需要。他建议清政府如欲促使各国尽早撤兵，就必须尽一切努力保护铁路线，并尽快恢复交通，以便联军早日抵达北京，恢复秩序。
许景澄、袁昶的努力并没有收到预想的效果，西摩联军依然在进京的路上艰难跋涉，京城中的恐慌情绪继续蔓延。12日，总署大臣启秀传达太后懿旨，命许景澄、袁昶、敬信、那桐、赵舒翘等先后两次赴各国公使馆进行慰问，继续劝说各国公使命令联军停止向北京进发。
代表清政府发言的是总署大臣敬信，他以自负及油腔滑调的语气告诉各位公使：义和团骚乱已告结束，各国不必再大动干戈地向北京调集什么使馆卫队。敬信的发言及神态虽然有失外交风范，不过在一定程度上使公使相信，清政府对于在北京的外国人安危绝对不会不提供保证。
不过，这也没有换来各国公使停止向北京进发的承诺。鉴于这种情况，敬信等大臣只好将底牌告诉各国公使，即如果不停止向北京进发，那么清政府将放弃对联军前来使馆的反对意见。意思是：现在局势正在好转，联军不必来京，如果联军执意继续，清政府也不再反对，你们自己看着办吧。
总理衙门的劝阻不起作用，但来自义和团的阻挠却使联军的行进越来越困难。西摩在出发后第三天向英国海军部抱怨说，联军进展极为迟缓，因为京津间的铁路基本上被破坏，联军在过去24小时内仅前进3英里。
其实，在过去几天里，义和团与联军的正面冲突并不多，仅在联军从天津出发后的第二天下午，当联军正在西摩的指挥下抢修廊坊附近的铁路时，突然一队头扎红布、手持大刀、长矛和木棍的义和团向联军猛扑过来。联军措手不及，只好向廊坊车站仓皇逃去，义和团跟踪追击。然而正当义和团奋力追击时，突然从后面赶来一队美军，架起大炮向义和团猛烈轰击，三十余人当场死亡。
面对死亡，义和团越战越勇，他们面对来复枪和机关枪秋风扫落叶似的射击，还是勇猛冲锋，根本看不出丝毫恐惧。义和团转身冲向美军，一个身穿白袍、腰系红带的团民，甚至勇敢地逼近联军副统帅麦卡加拉身旁，用长矛向麦狠狠地刺去。不幸的是，他尚未把长矛刺向麦卡加拉，自己就牺牲在麦的手枪之下。
义和团民众与美军展开了生死搏斗，很快吸引了附近村庄更多的义和团。他们将美军和已逃往廊坊车站的联军紧紧围困在车站一带。他们时而突然袭击，时而后撤拆毀铁路，连续两天，战斗不断。
公使们的恐惧
京津铁路上的战斗持续不断，义和团的阻击使得联军无法继续前进。或许是受到这种事实的鼓励，慈禧太后在派大臣“善意”劝说列强无效后，竟于6月13日给裕禄发布一道谕旨，以为各国先后到京之兵已有千余，列强如继续向北京派兵，后患将无穷，指示裕禄迅速将正在前线镇压义和团的聂士成部全数调回天津，驻守京津铁路附近，以便有效阻拦各国兵队继续强行北上；并令大沽口炮台守将罗荣光提督一体戒严，死守严防。慈禧太后似乎真的有了与列强一决雌雄的决心。
