这份含有最后通牒意味的外交照会在各国公使中间引起极度恐惧，外交官及其眷属皆有丧魂失魄之状，不知怎样答复这个要求。
其实，各国公使不知道通往大沽的铁路已遭威胁，更不了解各国海军当局采取行动的急迫性，因而把杜士兰发给裕禄的最后通牒解释为不必要的刺激，或过早的军事行动。所以对于各国公使来说，总理衙门的最后通牒确实出乎预料。
克林德之死
清政府这十二封同文照会在送达各国公使馆之初秘不示人，然而不久人人皆知。据亲历其事的英国人普特南·威尔在《庚子使馆被围记》中描述：这十二封外交文书不啻十二个炮弹，先爆裂于防御地方之十二处，终则烟气聚结，使所有外国人深感苦闷。现在他们只剩下两条路：要么逃走，要么被杀。事至此，皆由这些公使所致，人人要求设法，群失管束，哄然如癫狂。
情况危急，兼任外交团首席公使的西班牙公使负有重要责任。他连夜召集十一国公使在西班牙公使馆紧急会议。大家皆有忧色，议论甚多，互相指责，所出之谋皆因其太险而不能实行。
英国公使窦纳乐也没有预料到会出现这样的问题，他认为这主要是因为清政府内部一些人深受义和团迷惑。如果中国政府执意挑起全面冲突，那将是发疯。窦纳乐强调，这个最后通牒为中国政府的疯狂提供了一个证据，但还不知道要疯狂到什么程度。在这种情况下，劝导和警告仍可能具有某些影响，因此，窦纳乐设法劝阻中国政府收回成命。
德国公使克林德建议全体公使立即集体前往总理衙门，紧急求见中国大臣，请求他们不要这样匆忙驱逐外交官。
在通讯工具不发达的条件下，这个建议未尝不可。然而，此时北京城里乱哄哄，连夜前往总理衙门求见，有点不太安全。
至晚间七时许，各国公使达成妥协，决定用首席公使的名义对清政府最后通牒予以答复，声明同意尽快出京，但所限24小时太短，不及收拣行装。且北京至天津交通久已断绝，群盗如毛，如此长途旅行很难保证安全。他们要求中国政府延长时间，并要求于次日晨九时前往总理衙门拜会庆亲王奕劻或其他中国大臣，当面表达意见。
此时，公使馆一般外交官以及避难的那些外国人出于对自身命运的担心，聚集在西班牙公使馆前，皆欲打听会议结果。当获知是如此软弱的回复后，各使馆皆起风波。因为外国人已有千数之多，即便中国政府同意延缓数日离开北京，他们也很难安然到达天津而无所失弃。他们先仅喃喃私语，后则人情激愤，昌言愿意与使馆同命运共存亡，宁愿持枪守卫使馆战而死，不愿在前往天津途中成为冤死鬼。他们普遍担心，中国政府如果要断绝与各国外交来往，一定要将他们驱逐出京，那么这上千名白人有车，有马，有步行，参差不齐，而白人之后又随以众多之教民。如此庞大队伍浩浩荡荡行走在京津大路上，谁能保证出伏不定的义和团和那些野蛮的清军不痛下杀手，予以袭击呢？
夏季的北京昼长夜短，然而今晚的使馆区却无人安睡。他们有的在紧张地收拾行李，有的命仆役打听前往天津等地的车票，有的设法雇车。各国使馆一片忙乱，谣言纷飞，人心惶惶。
与此同时，北京城里也是一片混乱，虽在夜间，纷纷出城者有之，无意中传播谣言者有之，打探消息者有之，至于那些可怜的中国教民，由于担心洋人走了之后面临的灾难，更是惊恐不已，恍若处于毁灭前夜。
第二天（6月20日）一大早，整夜未能入睡的外国人在使馆中到处游走，原本相当体面的外国人也多成为污垢之人，不事洗浴，沿街蹲踞，哈欠连天，面色青白，荷枪于肩，不时伸其困乏之身，强打精神等待最后时刻到来。清政府限定的24小时已经过了一半，究竟如何还没有人知道。
各国公使的回复照会在昨天晚上就应该送到总理衙门，同时考虑到那天晚上慈禧太后已经嘱咐相关人员加班，因此清政府应该在当晚就能够获知回复。不过，清政府根本没有给予答复。因此，各国公使于第二天早晨九时重新聚集在西班牙公使馆讨论在这种时候能够做些什么。
据说，十一位公使中多胆怯之辈，仅有二三人竭力鼓舞，以壮其同伴之胆，但无效果。各国公使激烈争辩，但都拿不出什么像样的主意。德国公使克林德继续坚持全体公使集体前往总理衙门，争取面谈。
不过，其他人都认为这是毫无用处的，因为可能没人接待。克林德执意前往，他说先前曾与总理衙门有约，定于今天中午十一时聚会，现在虽然发生了突发事件，但清政府方面并没有通知他取消约会，所以即便出于外交礼仪，他仍然愿意践约而不失信。
根据中方的记录，克林德当天确实与总理衙门有个约定，不过总理衙门也先以局势混乱而未允。只是可能并没有通知克林德，或者说没有通知到，否则就不好理解他为何执意前往。
克林德说，如果公使团给他适当授权，那么他在谈完自己的事情后，也可与总理衙门大臣就使馆及外国人撤出北京的事情交换意见。
对于克林德的一意孤行，其他各国公使觉得有相当大的风险。克林德答复说，德国公使馆的中文秘书柯达士在两天前曾去过总理衙门，并没有遭遇任何明显的敌意。一位公使接话说，那就应该派他前去打探一下中国方面的意思，然后再决定行止。克林德似乎表示赞同，所以当他离开会议室时，与会的所有公使都肯定地认为他已放弃亲自前往总理衙门的想法。
但他们都错了。克林德不久即坐其绿红呢官轿践行他与总理衙门的约定去了。为了表示自己的勇敢，或者是因为当时的局面已相当紧张，克林德不愿大队人马护卫引起恐慌。克林德仅携秘书柯达士乘坐两乘小轿，另有少数几名德国陆战队士兵随行。
克林德一行出东交民巷，有负责保卫使馆的中国士兵前来引导，经克林德同意，遂将德国陆战队士兵遣回，仅有两名德国士兵骑马相随。克林德的安全问题由此也就交给了中国方面。
坐在轿子中的克林德口含烟卷，容态悠闲，如赴宴一般。然而15分钟之后，当行至东单牌楼附近一个小小警卫哨所时，忽见一队武装清军在那里巡逻，大约有二三十人，后来知道那个巡逻队领队的是恩海。
据民国时期掌故专家许指严在《十叶野闻》说，恩海似乎又名安海，为清军神机营霆字队枪八队章京。当北京局势危机日趋严重时，他和他的神机营确曾接到上级的命令，遇到外国人即杀之。所以当恩海见有洋人乘轿而出，遂命轿子立即停下，并取枪对准轿子，似乎是要求检查。
轿中的克林德看到中国士兵举枪对准轿子时，遂拔出手枪首先开枪。很显然，克林德以为自己遇到了劫匪，于是首先开枪争取主动。可惜这一次他真的错了。
恩海等中国官兵让过克林德的一阵乱弹后，即发一枪。枪声响处，轿夫弃轿而逃。而这一枪又恰好射中克林德的头部，当即毙命。
柯达士乘坐的另一乘轿子的轿夫听到枪声，也四处逃散，轿子立即摔倒，惊慌无措的柯达士迅速跳出小轿，由此救了自己，因为清军第二枪肯定是瞄准柯达士的头部，结果只打中了他的下半身，虽使柯达士身负重伤，然不至于伤及性命。柯达士设法逃跑，而恩海等清军官兵因为已经枪杀了克林德这个洋人而完成了任务，也就不再计较了。
不知为什么，在克林德被枪击的同时，两位骑马的卫兵并没有及时还击，他们迅速策马返回德国公使馆报告情况。大约一刻钟后，德国使馆卫队遂出兵向台基厂方向前进，据目击者称，观此条顿人面色之严厉，可知其有拼命之意，至少希望将克林德完整的尸体抢回来。
不料，待各国士兵赶到克林德遇害之地，但见地上有血迹，灰土飞扬，轿子、轿夫及杀害克林德的中国官兵均已不见。周围一带因形势恐慌，人人皆深居简出，大门紧闭，荒凉至极。
德国士兵无人可问，只好返回使馆。待到联军后来占领北京后，方找回克林德的尸体，并由此引起一场复杂交涉，中国政府承担了克林德之死的全部责任。不过，那都是后话。
克林德被枪杀事实真相究竟如何，由于缺少直接材料，迄无定论。有的说克林德系端王载漪派人“伺于路”，令所部虎神营开枪打死[1]；或传言是克林德在前往总理衙门途中中了清军“埋伏”[2]；或称是克林德在轿子中先开一枪，端王载漪所部神机营霆字枪队章京恩海“让过敌弹，即发一枪”，击中公使[3]；有的说克林德在东单牌楼附近误触手枪机栝，以致惊动附近比利时公使馆卫兵，公使馆卫兵闻声回击，适有清军在途，疑其击己，即还击轰射，枪弹横飞之际，轿中人已中其一，盖即德国公使克林德[4]。
这个意外事故引发了后来一系列重大变故，清政府与各国驻华公使之间的沟通越来越困难，以致公使馆关闭了与清政府进行沟通的大门。
时间差带来的误会
从近代以来通行的国际惯例看，两国交战自然意味着断交，在所驻国的外交代表应该撤旗回国。各国公使应该也是这样理解的。他们为了自身安全起见，并不愿像克林德那样冒险。
克林德被杀后，这些公使更是龟缩在公使馆不愿出来，更不愿意接受中国政府的建议迁往天津。他们认为这个建议可能蕴含着一个重大阴谋，或许是为了将他们在行进途中予以歼灭。如果真的是那样，他们不仅死无葬身之地，而且可能还不会被人所发现。假如是由义和团动手的话，情况可能更糟糕。基于这样一种不信任，外交团与清政府对话的大门逐渐关闭，公使馆终于成为“一片孤岛”。
在克林德被杀的同一天（6月20日），慈禧太后撇开光绪帝，独自召集枢臣会议。荣禄在此次会议上还想就战和问题做最后一次努力，劝说慈禧太后不要下令攻打各国驻华使馆，以免各国联合一气，誓死报仇，并反复强调以一国而敌多国，不独胜负攸关，实中国存亡之攸关。只是慈禧太后决心已定，无论如何不能咽下列强要求她退位归政的怨气，根本听不进任何人的意见。随后，慈禧太后发布一道紧急上谕，向各省督抚说明目前中国所处形势，强调列强军队已麇集津沽，中外矛盾已无法调和，战争不可避免。要求各省督抚同心合力，共挽危局。于是在南方有东南督抚联手互保格局的出现，在北京，由董福祥所率甘军及武卫中军联合义和团开始围困东交民巷使馆区，各国驻华公使及其数千眷属和那些避难于使馆的中国教民开始了长达五十余天的煎熬。
克林德被杀后，中外之间的交涉也曾出现某些转机，只是当事双方囿于视野不曾见及，错过了机会。事实上，当6月19日晚间各国公使回复总理衙门送来的最后通牒后，清廷最高统治层很快就获知。据亲历这一过程的恽毓鼎在日记中记载，翌日晨七时许（辰刻），各国公使的复照送达，有旨请庆亲王奕劻、端王载漪二王往议，讨论的结果，这样回复各国公使：有话但持函来，二王不能前往。
从这个记载可以看出，清廷确曾收到了十一国公使对最后通牒的回复，而这个回复是请求庆亲王奕劻和端王载漪能够尽快到使馆与各国公使当面谈谈，而清政府方面觉得各国使臣有什么话尽可持函来谈。或许清廷内部出于安全考虑，担心二王被扣为人质。
恽毓鼎或许是亲眼所见、亲耳所闻，不过据当事人窦纳乐记载，情況则是另外一种样子：清政府在收到各国公使对最后通牒的回复照会后，经过比较慎重的研究，也觉得在24小时内率领那么庞大的随员、眷属及教徒离开北京有点强人所难，不仅无法实现，而且势必造成中国政府不通情理的恶劣影响。因此总理衙门回复了一件公函，赞成各国公使对形势的分析，不反对各国公使要求延长准备和出发的期限。
然而，这封公函是在克林德被杀之后才送达，又恰恰没有提及克林德之死。这样便引起了各国公使的怀疑，他们认为总理衙门之所以软弱地同意各国公使的要求，主要是因为克林德之死使中国政府感到震惊和恐慌，并使其政策转向和平。而且，各国公使久已不认为总理衙门还能够代表中国政府，所以他们认为这封公函充其量只不过表明温和派或主和派的态度而已。因此，各国公使对于这封公函没有再做处理，中外双方从此只能按照自己的判断行事。
从各国公使的立场和当时所处环境看，他们的判断也在情理之中，只是过于恶意估计清政府的态度。其实，这封公函之所以没有提及克林德被杀事件，是因为当总理衙门的大臣们起草这封公函时，克林德还没有被杀；当这封信送达使馆时，克林德已经被杀。正是这微妙的时间差导致了清政府与各国公使之间的严重隔阂，双方只能按照自己的判断静候事件的发展。
孤岛囚徒
由此，各国公使开始为保卫使馆进行认真准备。
6月20日以前，在穿过海关大院和奥国使馆之间的街道上由使馆卫队修筑了一些工事，但不是很坚固。这些工事主要是将大车翻倒过来，仅仅具有路障功能，以便抵挡来自东面的进攻。在使馆区的西面，公使馆为了抵抗沿街而来的清军或义和团，在俄国和美国使馆大门之间修筑了一处工事。英国海军陆战队有一个哨所据守北御河桥，其他国家的特遣部队各自在使馆附近街道上巡逻，并在各据点派驻岗哨。
德国和美国的使馆靠近内城城墙，使馆与城墙之间只有一条很狭窄的街道将它们分开。由于北京局势日趋危机，德国特遣部队在他们的使馆与内城城墙之间的街道上，朝着东面修筑一处工事；美国特遣部队在他们的使馆后面朝着西面修筑了一处工事。这大概是使馆区被围困之前的防御情形。
现在，由于形势突然变坏，所有工事都予以加固，距离太远的岗哨被撤回来，所有妇女儿童奉命迁入英国使馆。
当天下午，有一百多名妇女和儿童搬进英国公使馆。这不包括大约六七百名中国基督教徒、仆人、改变宗教信仰的人等，其中有一半以上是妇女和儿童。翻译实习生放弃了他们的宿舍，住在那些很小的阁楼或公共接待厅里；大部分职员也放弃了他们的住宅。英国公使馆二等秘书德林的住宅交给了俄国使馆和银行，英国使馆会计的住宅交给了法国使馆的成员及其夫人和眷属。美国使馆的妇女占用了医生的住处，实习生的一排房子交给了海关人员，15名妇女留住在公使的住宅的舞厅内，另有12名住在吸烟室里，有两家占用了弹球房，而许多传教士则住在走廊里。比利时、日本、意大利等国公使及其家属同克林德的遗孀一起也都居住在英国公使的住宅里。据窦纳乐说，他的这所房子通常只住12个人，而现在总共有78名欧洲人一起住在那里。而英国公使馆的院子里，住有将近900人，而平时的人数大约为60人。
在被围困的第一天，所有人都忙于向使馆里搬运和储存粮食，并为防务做进一步的安排。下午4时整，清军从北面和东面向使馆开火，主要是对着奥地利和意大利公使馆的防御工事。长达八周被围困的日子从6月20日下午正式开始。
对于义和团凭借所谓神力发动的进攻，各国公使从未感到害怕，但是对于清军的进攻，确实感到难以对付。如果进行全面反击，必将带来灾难性后果，不仅没有一个使馆在那时已经进入全面的防御状态，而且正如慈禧太后后来所说的那样，她还算是一个有主见的人，并没有一味容忍那些好战分子任意胡闹，处处都留有余地，她若是真的允许甘军尽情地闹，难道一个使馆都打不下来？！
很显然，清政府之所以围而不攻，完全受制于整个形势尤其是天津的形势变化。英国驻天津领事贾礼士当时就看到了这一点，他并不认为清军与义和团包围使馆真的构成了威胁。如果慈禧太后真的下令毀灭使馆，那么城墙上的清军大炮就可以轻松做到。
被围困的第一天，与使馆区比邻的肃王府也被迫收容了一些基督教难民。义和团运动爆发时的肃亲王善耆对于外国人并不反感，但是他对突然而至的中外冲突感到深深的苦恼。他通过避难于肃王府的京师大学堂外籍教授秀耀春告诉窦纳乐：如果各国公使能够带给中国政府一项关于各国无意瓜分中国的保证，他便有可能劝说中国政府下令停止对使馆区的包围。窦纳乐回信说：所有各国驻北京使节的任务是要维护同中国政府的友好关系，英国以及其他国家对中华帝国的完整都不怀有任何图谋。
肃亲王拿到信后立即进宫上奏，但并没有获得他所期许的结果。而帮助送信的秀耀春却在返回英国公使馆途中被中国士兵开枪击中，当场死去。
6月21日，清廷颁布上谕，号召普天臣庶，各怀忠义之心，与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。这份上谕既未宣布对哪国开战，也没有说通过什么样的外交渠道将宣战诏书送达何国政府，以至几天后盛京将军增祺专门询问清廷，此次中外开衅，究竟是与哪个国家失和？
同时，清政府还颁布了一道正式招抚义和团的上谕。命令各省督抚尽快将原先松散的义和团组织起来，抵御“外侮”。
清廷令力主招抚义和团的辅国公载澜署右翼总兵，会同都察院左都御史英年、军机大臣刚毅统帅京师和天津一带义和团。并命令各省督抚、将军将那些库存枪炮子弹、大刀长矛等赶紧清理出来，以备义和团民众使用。对于直隶一带先前被捕关押的义和团民众，命直隶总督裕禄将其一律释放，要求各地政府在物质上给予义和团必要援助。清政府真的要利用义和团与列强大干一场了。
当义和团民得知招抚的消息时，确实一度被打动。北京、天津、东北、华北各地的义和团人数急剧增加，他们普遍竖起了“奉旨义和团”的旗帜，向清政府登记挂号，接受招抚。从此，义和团由先前的“不法团体”变为合法组织，成为清政府依靠的对象。
西方各国意识到，战争或许不会很快结束，有必要继续增兵。英国政府在命令其殖民地印度政府迅速派遣一支部队前往中国的同时，于6月22日通过外交途径鼓励日本政府利用其有利的地理位置向中国派遣更多军队，并建议美国政府从其外海军事基地菲律宾马尼拉派遣部队前往北京。
最为恐慌的当然还是各国使馆。他们在经历了第一个被围困的白天后，又度过了一个极度惊慌的夜晚。第二天（6月21日），他们继续修筑工事。在这一天，奥国公使馆遭到猛烈的炮火攻击，一名法国陆战队队员阵亡，一名奥国人负伤。奥国人随后撤退到法国公使馆，因而大部分海关大楼的整个东面暴露出来。不久，浓烟腾空而起，奥地利、荷兰使馆以及大部分海关房屋和中国通商银行均被焚毁。
据说这是义和团所为，因为同一天传来消息说，庆亲王领导的部队在哈德门附近对义和团猛烈开火，而董福祥的甘军则忙于从北面和西面对各国使馆进行攻击。这一天，没有实际参与抵抗的使馆卫队忙于帮助组织英国使馆的防务，他们任命了一个公共事务委员会，其成员有各国使馆、海关和各教会团体的代表，下分若干小组，如防御工事小组、食物供应小组、用水小组、中国劳力小组等，这些小组对于各国公使及那些避难于此的人们能够坚持到最后起到了很大作用。
6月22日下午，由于一道错误命令，各国使馆卫队都向英国使馆撤退。当对这一命令进行纠正时，两名德国海军陆战队队员在返回自己使馆的时候不幸被中国军队开枪打死。为了防止类似混乱再度发生，各国公使推举英国公使窦纳乐担任使馆区防务总司令，授权他统一协调各使馆的兵力与防务。窦纳乐出生于陆军军官家庭，而且自20岁起就在英国陆军中服役，具有一定的战争经验。
这一天，意大利使馆受到了清军炮火的猛烈攻击，当意大利卫队反击回来时，发现使馆已陷入一片火海之中。窦纳乐遂命令意大利和日本特遣部队迅速抢占肃王府，以此作为使馆区主要防御工事之一。
6月23日，被围困的人员依然慌乱不堪。中午时分，与英国公使馆比邻的翰林院被甘军点燃，许多煤油被泼洒在翰林院中的一棵棵大树上，甘军的目的很明确，就是要烧毁英国公使馆。在没有其他进攻性武器的条件下，只有大火可以获得出其不意的效果。以翰林院为代价换取英国公使馆的毁灭，进而蔓延整个使馆区，就可以兵不刃血地逼迫躲避在使馆区的外国人特别是那些中国教民逃出来，然后聚而歼之。
风助火势，火借风威，熊熊火焰越来越逼近英国使馆。公使馆的数百名各国警卫人员由窦纳乐统一指挥，在阻断大火向英国公使馆蔓延的同时，尽量到翰林院去抢夺藏书。
翰林院藏有卷帙浩繁的各类孤本、善本。尤其是罕见壮观的《永乐大典》和《四库全书》的底本也珍藏于此，以金黄色丝绸装订而成的万卷册的《永乐大典》，是明代由两千名学者参与编修的大型综合性类书，经明末文渊阁大火，仅存副本；到了清代，这些副本已散佚两千余卷，其余都收藏于翰林院内；而《四库全书》是乾隆年间由纪昀、陆锡熊与众多学者合编的七万九千卷的世界上最大丛书，典藏在翰林院的各类底本则是清政府花费很大精力、财力从全国各地征集、搜聚来的。翰林院的建筑也是中国建筑艺术的精华，华美的木雕屋檐，壮丽的楼台亭阁，在在引来人们的赞叹，真不知甘军将领们怎舍得下手。
傍晚，大火虽被扑灭，但翰林院辉煌建筑的三分之二、贡院考场尤其是那些极为珍贵的藏书除了被窦纳乐命令使馆卫队火中取栗式抢走一些外，其余的则永远消失了。
下午三时许，俄国使馆也传来着火的消息，而紧邻美国使馆的华俄道胜银行也在这场大火中焚毁。窦纳乐认为，甘军就是要把使馆中的守军和那些避难者逼出，但他们硬是坚持到最后。
围而不攻终究不是解决问题的办法。6月24日清晨，清军偕同一些义和团民众对美国和俄国使馆及已被使馆警卫人员占据的肃王府发动了一次攻击，并一度占领了紧靠着美国使馆的内城城墙。由于使馆内的武装力量进行坚决反击，这支队伍只好悻悻逃走。
与此同时，英国使馆也受到了一次猛烈进攻，英国使馆卫队进行坚决反击，双方均有伤亡，不过中方损失最惨重。德国和法国使馆在这一天也遇到了相当猛烈的攻击，两国使馆被迫打起了防守反击战。
战斗在6月25日继续进行，中方和使馆卫队都有伤亡。下午四时许，清军方面有一群人携带一块牌子出现在北御河桥上，牌子上写着一道上谕，说他们是奉命来保护使馆的中国部队，希望使馆方面停止开火，他们还带来一封清政府致各国公使的信。然而当使馆方面派人前去取信时，却遭到不知什么地方发射的枪击，使馆人员仓皇逃回，中国政府自使馆被困后第一次与各国公使进行的联系不幸中断。有人说枪击来自驻守在肃王府中的使馆卫队，而窦纳乐事后查明开枪的是董福祥的甘军。窦纳乐的说法或许更为可靠，因为董福祥确实不太希望清政府与各国公使继续沟通。
当天晚上8时许，对使馆的攻击停止。最前线的士兵甚至有机会进行友好交谈，中国士兵告诉使馆卫队的士兵说，他们确实已经接到军机大臣荣禄的停火令，并说荣禄确有一信送给各国公使。各国公使对此没有回应，反而加紧修筑和巩固防御工事。
当天夜间，中方又对使馆进行了一次前所未有的攻击，几乎持续了一整夜，子弹像冰雹一样击到各建筑物的屋顶之后又蹦了出去。不过，由于是夜间，使馆方面被动防守，也没有什么人员伤亡。
6月26日晨，激战一夜之后的使馆区格外平静。9时许，在防御工事周围开始出现断断续续的冷枪。在窦纳乐的组织下，各公使馆人员组成预备队，并在钟楼张贴了一道命令，称如果发生猛烈的炮火，携带各种类型枪炮的所有士兵，当时若无特殊任务，应立即在钟楼集合，并在该处等待。当天傍晚，法国使馆遭受一次严重攻击，不过并没有造成人员损失。
27日凌晨2时许，使馆区周围的炮火突然十分猛烈，8时许趋于缓和。对肃王府却有一次十分厉害的进攻。下午2时半，美国使馆告急，英国使馆立即派卫队前去增援。4时许，整个使馆区受到来自四面八方猛烈的排枪射击，肃王府再一次受到重大威胁，该府东北角被打开了一个洞，围攻者由此进入，肃王府被清军和义和团夺回。
晚8时许，有报告说二百多名义和团民众在清军逼迫下向使馆发动进攻。至10时，使馆当局约定的“总攻击”钟声敲响，预备队迅速出动，人数可观，不过至11时，进攻的炮声骤然停止，使馆区陷入可怕的沉寂。
6月28日，从使馆的方向看，清军在肃王府内修筑炮台，似乎要近距离攻击使馆北面的围墙和不远处的北京饭店。下午6时半，使馆区“总攻击”的钟声再次敲响，使馆卫队与中方发生了一次激烈的枪战和炮战。
当战斗断断续续进行时，清政府无法与各国公使进行直接沟通，但也没有完全停止外交努力。6月29日，清政府向中国驻外使节发出一份关于北京现状的详细说明，指示他们按照这个说明的原则与所驻国进行交涉，向各国政府详细说明事件的来龙去脉，以及清政府“万不得已”的苦衷，请求各国“深谅”。指示各使节继续留在自己的岗位上，要求他们尽力向各国政府说明各国使馆将继续得到清政府的保护，德国公使克林德被杀是由于义和团所为，决非政府指使。这场骚乱主要是由于各国对大沽炮台“不适当的”索要以及后来所发生的武力抢占所致，同时表示义和团必将相机自行惩办，一定争取尽快恢复社会秩序。清政府又转为要镇压义和团了。
清政府的态度变化并没有立即被各国公使所获知。6月29日，使馆卫队在窦纳乐的指挥下安排了两次主动性的出击，目的是希望能够缴获两门克虏伯大炮以巩固使馆的防御。然而由于清军的布防有了变化，使馆卫队并没有达到目的，只是放火焚烧了一些房屋以泄愤。下午，清军开始发动新的攻击，导致使馆内多人伤亡。
据窦纳乐事后回忆，对于防务来说，6月29日是一个不吉利的日子，每一个国家都不得不哀悼某些成员的牺牲；法国人和日本人在经过艰苦战斗后丧失了阵地，只好转移到英国使馆。晚上10时许，开始下大雨，使馆方面估计这场大雨应该带来安宁的夜晚。然而情况却相反，清军持续不断地向使馆射击，攻击强度远远超过了以前，直至黎明从未间断。据窦纳乐估计，清军在这一夜发射了20万发子弹。不过，由于大雨如注，使馆方面没有组织反击，只是使馆区的树木和屋顶被打得七零八落，使馆的实际损失几乎等于零。
6月30日上午9时，都保持着平静。9时后，清军大量出现在德国哨所的对面，双方很快发生了异常激烈的冲突，三名德国海军陆战队队员阵亡，两名负伤，前来援助的英国海军陆战队两人负伤，其中一人很快死去。
7月1日晨，使馆区格外平静。9时后清军开始行动，出其不意地袭击德国和美国的使馆卫队，后在俄国、英国援军帮助下，双方展开拉锯战，但德国军队在城墙上的工事却被清军牢牢地控制，直到围困结束时。
与此同时，法国人展开了猛烈反击，夺回了使馆。下午3时许，使馆卫队指挥官认为被清军占领的肃王府有机可乘，遂派遣一支队伍偷袭，希望抢回那门整天对着使馆开火的克虏伯大炮，至少也要设法将之摧毁。然而这次偷袭受到了清军无情的阻击，损失惨重。
7月2日，清廷以慈禧太后的名义向各驻外公使发出一份电报，说明各国驻北京公使馆仍然无恙，而且她正在对各国使馆提供保护。由于北京实际上已处于无政府状态，这份电报是通过保定府发出的，且送达各国的时间也比较晚，俄国政府获知这一电报的内容已是7月中旬，待到英国外交大臣索尔兹伯理获知时已经是7月17日。不过，这封电报对于化解各国的敌意还是起到了相当积极的作用。
稍后，清政府又以光绪帝的名义致电日本天皇，表示正在想尽一切办法尽快平息这场骚乱，期待中日两国友谊不要因为各国使馆被侵犯和杉山彬被杀而有所变化。这封通过济南府发来的电报直至7月13日日本政府方才收到。清政府显然是希望与各国和解，然而日本政府却不愿意。日本政府严肃地告诉中国驻日公使说：任何国家对国际法最严重的侵犯，就是攻击各国外交使节。所以，在义和团骚乱被彻底镇压前，不可能存在友好谈判的问题。日本政府随即将这一情况及其态度通知了德国，而德国外交官很快也向英国政府做了转述，以协调各国立场。
在使馆区，根本感觉不到和解的迹象。7月2日上午10时许，清军与使馆卫队围绕着肃王府进行激烈的拉锯战，后退的清军用克虏伯大炮对准肃王府开火，偶尔也有炮弹落在使馆区防御工事上。清军的工事不断向前推进，翰林院大门前一处规模颇大的清军工事距使馆区北面的防御工事只有五十多米。
晚9时，美国公使发现中国军队在坑道和石墙的掩护下已成功越过城墙上俄美两国的工事，在距使馆工事不到10米的地方修筑堡垒和工事。美国公使馆随即派出数十名卫队士兵猛烈出击，与清军短兵相接，至拂晓终于夺回阵地。清军伤亡数十人，使馆卫队三人阵亡，数人负伤。
经过差不多一夜的战斗，使馆卫队于7月3日夺回前沿阵地。清军当然不甘就此放手，清军的大炮对准肃王府内使馆防御工事猛烈开火，加上几乎长达24小时断断续续地下雨，使馆防御工事受到严重破坏。晚九时许，清军对俄国使馆展开一轮猛烈射击，造成使馆方面一些新的伤亡。
7月4日，被围困的许多人期待天津的援军今天到达，结果却令人失望。自从被围困以来，使馆方面与外界的所有联系都已中断，传递消息或打探消息的人或受制于严密的封锁线无功而返，或一去无回。今天，一名14岁的山东少年主动请求为窦纳乐前往天津送信。这封信是前几次信件的抄件，主要是向天津领事通报使馆伤亡及使馆特遣部队据守阵地的防务情况。窦纳乐告诉英国领事说，穿过内城城墙的水闸或水门是进入使馆区的最佳路线，也比较容易实现。后来八国联军果然是通过这条路线进入使馆区的。
这个少年打扮成乞丐溜出了北京城，历经艰辛于7月19日抵达天津。又经过两天徘徊，于21日方才遇到能说中国话的欧洲人，并被立即带到英国领事那里。他向英国领事递交了窦纳乐7月4日的信。第二天，这位少年动身返回北京，又经过六天磨难，于7月28日回到英国使馆。不过这已是后话。
7月4日，使馆方面的损失依然惨重，包括平民在内共有46人阵亡，负重伤者大约多一倍。
7月5日，战斗断断续续地进行，双方均有伤亡。7月6日早晨，清军用猛烈的炮火攻击肃王府，使馆特遣部队试图夺取克虏伯大炮而没有获得成功。俄国和法国使馆在这一天主要受到来自前门的猛烈炮火，炮火击中了美国和俄国国旗，然而不久，这些国旗又在其他地方升起。在整个围困期间，各国公使馆的国旗被数度击中，但它们也被数度升起，始终飘扬在使馆区的建筑物上。
7月6日最值得强调的是俄国公使馆的一名学生，由于在围困中精神过度紧张，他突然离开公使馆街中的法国工事，徒手走向中国工事，在离中国工事不到10米的地方被清军开枪打死。随后，清军与使馆卫队对这位俄国青年学生的尸体展开了不惜代价的争夺。至晚间，方才被清军挪走。据窦纳乐说，这是自围困以来，第三个也是最后一个落入中国人手中的欧洲人尸体。
7月7日的早晨一度平静，九时十五分，清军对肃王府的防御工事展开一次猛烈的炮轰，但被击退。9时半，法国使馆受到肃王府北面大炮的轰击，而且还有来自哈达门的大炮轰击。不过，从北京城南和西南方向，已经能够听到传来的重炮声，被围困在使馆的人们感到振奋，他们相信这是援军快要到来的迹象。傍晚，从外城传来很大的叫喊声和炮火声，使馆方面判断是义和团与清军或者说是清军中的某部分军队发生了纠纷和冲突，使馆方面设在城墙上的哨兵报告说看到一些义和团民众被清军打死。所有这些，毫无疑问都为被围困的人们带来了希望。
7月8日凌晨二时许，清军又向使馆区进行了持续十五分钟的猛烈射击，以致使馆方面不得不再次敲响“总攻击”的警钟，预备兵持枪待命。然而15分钟后，使馆区又陷入沉寂。上午十时许，肃王府北面和东面传来猛烈的枪炮声，攻击使馆的战斗再次打响。由于使馆卫队修复了一门旧炮，反击也显得很有力量，双方依然相持不下。
7月9日，整个上午很平静。下午二时许，清军进攻肃王府的攻击又开始，使馆特遣部队坚强防守，清军依然无法攻下。
7月11日，使馆当局试图派遣一名中国教徒前往天津送信，但遭到了清军方面的阻击。进入7月以来，北京持续高温，加上死人和牲畜尸体发出的恶臭，苍蝇十分猖獗，被围困在使馆的外国人难以忍受。7月12日，包围使馆的清军没有主动进攻，但清军在使馆外面修筑新的工事无疑激怒了使馆卫队，他们几次发起冲击，并从清军阵地上夺来中国军旗。据此判断，现在负责围困使馆的为马玉昆率领的武卫左军，归军机大臣荣禄指挥。
7月13日，驻英国公使罗丰禄将清政府6月29日请求各国“深谅”的上谕送给索尔兹伯理，他看过这份上谕后告诉罗丰禄，英国以及其他国家采取军事行动只是为了保护各国公使以及被拘禁的其他外国人，并且使经过正式委派和接待的外国使馆所具有神圣不可侵犯的性质获得承认。他还“顺便”询问罗丰禄，英国政府困惑不解的是，为什么罗丰禄可以收到清政府的直接信件，而清政府却不允许各国驻北京的公使把信件直接寄给各国政府呢？
7月13日，黎明后，肃王府就受到猛烈的炮火攻击，使馆特遣部队被迫撤退到倒数第二道防线。下午4时许，清军的进攻更加猛烈，使馆内再次敲响“总攻击”的钟声，所有人力几乎全部动员出来。肃王府、俄国公使馆、德国公使馆、法国公使馆等不断传来告急的消息，使馆特遣部队疲于应付，结果丧失了法国使馆及肃王府内两处阵地，特遣部队的防御工事被迫后撤。
7月13日夜里下了一场大雨，清军对使馆的枪击没有停止。7月14日上午，使馆区再度陷入沉寂。下午，清军对俄国使馆发动了一次猛烈的炮击，并击中了公使的住宅。使馆防务为了防止清军用地下坑道的方式进攻使馆，也开始在使馆区挖掘一条反坑道。
不过也正是在7月14日，与清政府中断的联系终于恢复。
7月初，各国公使委派一名罗马天主教徒金四喜赶往天津报告公使馆的处境，然而在途中金四喜却被义和团捕获，信件也被义和团没收。由于当时清政府对义和团政策的转变，所以金四喜就被义和团交给了官方，并终被引至荣禄的面前。
荣禄获知金四喜为各国公使所派，遂良好款待，说服金四喜往返使馆传递信息。
7月14日，在另外一名中国人的陪同下，金四喜携带总理衙门的照会从水门进入公使馆，当面交给了英国公使窦纳乐。
总理衙门在这封照会中表示了对各国公使的关怀，表示极愿保护各国使馆及侨民之安全。并邀请各国公使将使馆中的人员、教民、武装人员一并移至总理衙门，只是携带枪支的使馆卫队可能有些不方便。
然而由于各国公使多日来并没有得到天津方面的任何消息，而照会中格外强调万不可带持枪洋兵一人，又说这是各国公使获得安全的唯一机会，所有这些不能不引起各国公使的怀疑。他们认为这封照会是清政府的一个阴谋。
不过，他们也担心，如果坚决拒绝，那么刚刚恢复的联系是否又会因此而中断？讨论的结果是，他们决定拒绝离开使馆前往总署，不过，要向中国政府表明文明世界将怎样看待中国人的行为，并且警告说：如果各国公使被害，将导致对所有在北京担任官职的人进行人身报复。各国公使希望高层官员能够将他们将要遭受危险的消息透露给下级官员，这有助于减少下级官员进攻使馆的热情。
7月15日中午，金四喜及时把信送到了总理衙门大臣手里。大臣们显然有些失望，但事已至此，也很难迅速让各国公使相信中国政府的诚意。
7月15日下午，使馆区一带零星的枪击声始终不断，英国驻华使馆的一位实习翻译就在肃王府内公使馆修筑的工事里被冷枪打伤，当晚去世。俄国人发动了一次出击，获得了胜利，拆毁了他们防御工事外面的一些房屋，因为这些房屋被认为能够给清军作掩护。
7月16日早晨7时许，英国海军陆战队轻骑兵分队指挥官史特劳茨上尉由《泰晤士报》记者莫里循陪同部署换岗，当他们在肃王府内的意大利哨所附近，枪弹像下雨般地飞过工事，史特劳茨上尉中弹身亡，莫里循也受了重伤。
7月16日傍晚，当英国公使馆的成员刚刚掩埋了实习翻译华伦和史特劳茨上尉的尸体后，金四喜又受总理衙门的委派举着白旗从北御河桥沿着河边走到英国公使馆，他带来了一封信。这封信是对窦纳乐7月15日致总理衙门那封信的回复。总理衙门对各国公使不能接受总理衙门的安排表示理解与遗憾，对于公使的怀疑也做了必要的解释。清政府在很大程度上接受了各国公使的要求，而且确实从此开始，极大限度地减少了对使馆的袭击。在一定意义上说，已从原来的围困转变为保护，整个使馆区实际上开始了休战状态。这种状态一直延续到援军到达前十天或十二天。与此同时，在荣禄的授意下，围攻西什库教堂的军队与团民也从这一天停止了进攻。
炮打西什库
据说在清军和义和团围困使馆区的时候，北京流传着这样一首童谣：“吃面不搁醋，炮打西什库；吃面不搁酱，炮打交民巷。”
1900年，西什库教堂的大主教就是那位赫赫有名的法国神甫樊国梁。樊国梁于1862年25岁时来中国，至此在中国传教近40年，对中国历史文化、民风民俗有很深理解，能说一口地道的京腔，经常身穿一身中国式长衫，留有辫子，与总税务司英国人赫德一样为在华外国人中的元老级人物，自诩为中国通，又自诩为北京教皇，因为他似乎有资格直接与梵蒂冈教皇对话。
樊国梁在中国天主教徒中享有崇高威信，他曾代表教皇向慈禧太后上书和赠送礼品，也曾像先前传教士南怀仁等那样受到同治、光绪两朝帝王的尊重，郑重接受过慈禧太后赏赐的三品顶戴。
如果不是义和团运动和八国联军占领北京，相信樊国梁将像他的先驱利玛窦、南怀仁等那样成为中西文化交流史上的重要人物。然而1900年春夏之交的骚乱将樊国梁几十年的英名毁于一旦。是他听信外地神甫夸大其词，竭力渲染教民冲突特别是教会的悲惨处境，最先向外交团请求向北京派兵，最先要求外国军队守护教堂。
在樊国梁的一再要求下，公使团向各国在华军事指挥官提出向北京派兵的请求，以便加强对使馆和教堂的保护。1900年5月31日晚，由英、俄、美、法、日、意六国共356名官兵组成的使馆卫队先遣队自天津抵达北京，随即由两名军官率41名士兵入住西什库天主堂北堂，成为教堂卫队。6月1日和2日，又有法、奥两国援兵80余人被派遣到西什库。至此，担任保卫北堂的有法国海军陆战队精兵31人，意大利兵10人，这41名教堂卫队由年轻的意大利海军中尉奥利维利指挥。另有法国年轻教士保禄勃尔负责组建的教堂内法国男教士若干人，也配备了若干武器，协助正规卫队固守教堂。
