8月14日，联军进攻北京最紧张时，六神无主的慈禧太后连续五次召集军机大臣等议事。外面枪炮声越来越急，各位大臣已无意于议政，更无心抵抗，有大臣建议挂旗投降，有的主张再向各国公使求情，更多大臣主张应该乘联军尚未完全占领北京时赶快出逃。
两宫“西幸”
关于两宫在北京不保的情况下必将出逃的传闻很早以前就流传开来。当清廷不顾一切宣战后，清政府就有一旦西摩联军进京，为避免受辱而外逃暂避的预案。当时，慈禧太后预感形势不妙，她虽然传旨义和团入卫，但清楚知道这一办法并不可靠，她已做好安排，一旦形势逆转，便离京西行。盛宣怀6月22日致张之洞的电报对此已有猜测，23日致袁世凯电甚至明确提及“銮驾西行”的路线。
按照安徽巡抚王之春的说法，慈禧太后自天津失陷时即欲巡幸汴梁，只因荣禄一日三谏当朝大臣同时跪阻，才放弃了这一想法。8月6日，即八国联军向北京开拔第三天，慈禧太后决定实在抵挡不住时，就和光绪帝一起于8月10日离开北京向西“巡狩”。
这一天，慈禧太后派东阁大学士昆冈为留京办事大臣，令军机章京为前站先行，至长辛店待驾。然而当军机章京等西出彰仪门，车悬随扈黄旗前行时，京城内外人心惶惶，市面震动，两宫出巡计划又告中断。8月7日，慈禧太后任命李鸿章为全权大臣，便宜行事，暂住上海，与各国议和。
8月8日两宫西狩的计划一度中止，故从长辛店召回打前站的军机章京。10日，京师局势日趋紧张，西行计划再度提起，责成刑部尚书赵舒翘置办马车。由于先前置办的马车既已转运无存，另行代购两百辆也不是那么容易，到了11日，荣禄转告赵舒翘等人，说马车之事，皇上知一时无从预办，太后曰既无车辆，我们决计不走便了。两宫西狩的计划再度中止。
在此前后几天，清政府加大了向各国求和的力度，但由于联军已在进京途中，他们决不愿意放弃进攻，进行谈判，清军阻止联军进攻的能力越来越弱，因此，也不能不应付可能发生的巨大事变。8月13日午后，前线指挥官宋庆进京面见慈禧太后和光绪帝说：联军包抄而来，彼众我寡，不惶应接，惟有鼓励将士死战而已。
这番警示显然对慈禧太后决定离开北京起到了一定的影响，而宋庆之所以这样说也是为了让慈禧太后对不利结果提前准备。退朝后，宋庆即赴军机处谒见诸王大臣，指责他们信任义和团，酿成巨祸。现在义和团民众已散，我一国势难抵敌联军，恐京师终难保守。除指责诸王大臣外，也提醒他们早做准备。
当晚，在南苑一带负责阻击联军的清军将领马玉昆应召进京，翌日（14日）晨被召见，讨论“护驾出京之计”。之后，慈禧太后又连续五次召见军机王大臣，然仅刚毅、王文韶、赵舒翘三人在值，御前王大臣等均擅自回家去了。慈禧太后十分愤怒，毫不客气地大骂：只剩你们三个人在这里，其余都回家去，置我母子不管。你们三人务须随驾同行。并当面告诉年已七旬的王文韶：你年高，吃此辛苦，我心不安。你可随后赶来。刚毅、赵舒翘素能骑马，必须同行。
15日黎明，枪炮声越来越近，慈禧太后听说联军准备进攻东华门，遂更换民服，御蓝布夏衫，在光绪帝、端王载漪、庆亲王奕劻、庄亲王载勋、辅国公载澜以及军机大臣刚毅、军机大臣兼顺天府尹赵舒翘等数十位王公大臣护送下，由马玉昆部及神机、虎神、八旗兵弁数千人护送，乘辅国公载澜提供的车子，仓皇出西华门，奔德胜门，经颐和园稍事休息，然后经居庸关向太原方向行进。
在两宫出逃后不多时，联军发动了向皇城的进攻，美军从南面进发，俄军和日军从北面进攻，一部分法军则从前门东面为联军提供炮火支援。面对猛烈炮火，清军进行了顽强抵抗，掩护两宫出逃。
帝都在呻吟
联军中有的急于占领皇城，皇宫一旦被一国独占，或被多国共占，势必会引起联军内部混乱。为防止此类事件发生，联军司令官将是否占领紫禁城的问题留待外交团决定，而各国部队在此之前不得擅自行动。
8月16日，各国公使就此进行讨论。他们认为，鉴于目前北京的混乱状况，联军不能绝对地放弃对皇城的占领。因此，各国军队重新回到15日的进攻地点，从四面八方控制着紫禁城。
8月25日，各国公使和联军各国司令官举行会议，讨论如何尽快结束北京的混乱局面。外交团一致认为，混乱局面的形成有着复杂原因，其中最重要的原因是中国政府权力象征的皇宫依然被中国人控制，如果不粉碎据守紫禁城清军的抵抗，北京的无政府状态就要延长，和平的机会势必要减少，甚至可能产生灾难性的后果。
各国将领根据外交团的意见决定占领紫禁城，然而就在占领前，驻守在紫禁城的军队出人意料地自动撤出，这无疑使各国将领和外交团感到困惑不解。几经磋商，他们认为，派兵占领皇宫仍然是可取的，否则中国人根据他们穿凿附会的巨大能力，将会认为是某种超自然的力量进行了干预，或是联军由于害怕侵入神圣地区的后果而受到了影响。各国公使和联军指挥官决定派兵整队穿过皇宫，然后关闭各门，使它不受骚扰。第二天，公使团致函清政府留京办事大臣昆冈等，含蓄表示各国统兵将领及公使等有意进入大内“瞻仰”，以资保护。
昆冈设法阻拦，但公使团坚持认为，现在京城暂归各国保护，此系各国使臣及各国将领的意思，很难阻止。昆冈等外廷人员遂将事情原委如实转告尚留在宫中的内务府大臣世续、文廉等人，希望他们照知内廷各处值班人员略做准备，以免各国公使及联军到来时受到惊扰。
8月28日上午七时许，联军在昆冈、敬信、世续等人带领下列队入大清门，进内左门，出神武门。先行者为俄兵800人，继则日兵800人，英军300人，美军300人，法军二队，德军一队，意大利军队一队，奥地利军一队。
接着，日、法两军各鸣炮21响庆贺胜利。俄国军队担负入城式的责任，联军将领中军衔最高的俄军司令官利涅维奇检阅了除英国分队外的各个分队。各分队一面前进，一面欢呼。在他们的心目中，似乎占领了皇宫就意味着征服了中国。
入城仪式后，各国将领、使臣、秘书及高级官员们在宫中各处随意参观，可能除了少数的小小纪念品外，他们对于各处的物品都很谨慎地予以“尊重”。宫中官员心情复杂，但依然略备茶点，并没有发生什么不愉快。
显然，联军的这一举动既有战胜清王朝的象征意义，又为将要进行的议和谈判留有足够的余地。按照昆冈等人的报告，列强毕竟先行联系了，没有擅自闯入，意在顾全邦交，留有余地。
在联军占领北京的最初几天，联军司令官纵兵三日，爱杀就杀，爱抢就抢。实际上纵兵八日，使千年古都蒙受空前耻辱。
在报复义和团的名义下，联军对设过拳坛的庄王府、端王府等地方付之一炬，俄军获悉已遭到日俄军队两次抢劫后的户部也曾设过拳坛后，引火焚之。至于翰林院、弘仁寺、仁寿寺、大光明殿、天元阁等著名建筑物，也被联军纵火焚毀。不便运走的文物、档案、珍贵图书悉数化为灰烬。
联军士兵借捕拿义和团的名义，三五成群，身挎洋枪，手持利刃，在各街各巷挨家挨户进行搜索，踹门而入，卧房密室，无处不至；翻箱倒柜，无处不搜，凡银钱、钟表、细软等值钱之物，劫掠一空。稍有阻拦，即被戕害，此往彼来，一日数起。竟有洋兵带着大车数辆，在各胡同挨户装运，不独细软之物，即衣服、床帐、米面、木器等，无所不掳。凡稍有积蓄或中产之家，大都蒙受空前灾难。上自天府，下及富室，无不被其蹂躏。昔日美轮美奂、灿烂辉煌的北京城呈现出残破、萧条与荒凉。触目所见，断砖焦土，一片瓦砾。
出于变态的报复心理，联军对中国平民特别是那些所谓义和团民众进行疯狂而残忍的屠杀，但闻枪炮轰击声，妇稚呼救声，街上尸骸遍陈，死者无算。甚至过了很久，一些空房子因蛆从里出，仍有尸体发现。仅在庄王府一处就一次性杀害一千七百多人。联军当局真是宁可错杀一千，不使一人漏网。
经过疯狂野蛮屠杀，昔日人声鼎沸的京城成了真正的坟场，沉寂凄凉，死尸遍地，无人掩埋，听凭野狗嘶啃；哀鸿遍野，弃物塞途，繁华京城一夜间成为荒无人烟的废墟。
至于那些先前与义和团略有来往，或曾赞成、支持过义和团的人，由于担心联军报复，被迫走上了自殒绝路。有闭门自焚者，有举家自殉者，有被逐无处投靠自尽者，有被侮辱羞愤捐生者，各街巷哭嚎之声不绝于耳，遍处皆同。
体仁阁大学士徐桐是当时最有名的排外主义者，也是最有名的义和团运动策动者、支持者，他家住东交民巷英国使馆附近，所以他经常自诩“与鬼为邻”。在整个义和团运动期间，他家是清军特别是义和团民众围困、骚扰和攻击使馆的一个重要基地。联军进京后，徐桐自知联军决不会放过他，他又无法像其他大臣那样轻装出走，更无法隐姓埋名，人间蒸发，整日焦躁不安，忧虑重重，不知如何应付。
徐桐之子徐承煜，以乃父荫庇，以户部小京官晋迁郎中，累官刑部左侍郎。他也是典型的排外主义者，且不知自保和收敛，为尚书徐用仪、侍郎许景澄、太常卿袁昶行刑时的监斩官。徐用仪已年老，就戮时，昏不知人。许景澄惨默无声，惟袁昶义气慷慨，将赴市曹时，跪听诏旨毕，起立受缚。
行刑前，袁昶忽慨然曰：死亦好，省得看见洋人打进京城，国破家亡。徐承煜闻而呵曰：你还想着洋人打进京城吗？袁昶大怒，目光如炬，骂曰：你们徐家父子俩可把中国害苦了，狗一样东西，你还敢骂我。徐承煜恼羞成怒，怒骂道：快些拉出去宰了他。袁昶冷静答道：哼，我死得很痛快，只是你们将来死得连一只老鼠都不如。
行刑者闻言，面无人色，盖以前犯官皆俯首受戮，未闻有作如许激烈言语者。然而，袁昶对徐承煜的判词还就是不幸而言中。
联军将入京，徐桐早已仓皇失措，徐承煜倡议全家集体自杀殉国。徐桐不肯，徐承煜劝曰：父亲乃当朝大臣中支持、庇护义和团最有名的人物，联军至，肯定追究你的责任。你是当朝大臣，世受国恩，不在这时留名千古，还待何时？假如你落入联军手中，受尽屈辱，还是一死，且失大臣体面。何如你老人家主动殉国，还能为自己留下一世英名。
不得已，徐桐勉强同意，经商量，全家人以为投井最为便捷，也较少痛苦。徐承煜乃促家人实行，徐承煜的母亲、妻子、儿女辈先后投井自杀，轮到徐桐时，不料这年过八旬的老人如此贪生怕死，浑身颤抖，只好由徐承煜扶持着往井中跳下去。
想不到的是，水井水浅人多，徐桐跳下去后，踩在人的头上，水不能浸。徐承煜只好将他拉了上来，另做计划。
几经商量，徐桐同意全家一起上吊死，免得联军来了受侮辱，他的本意或许是想坐观全家上吊而已。不料徐承煜却说：我如果与你一起吊死，那么谁为你收尸呢？于是遂代父结绳，促其先悬。
徐桐临悬时犹豫战栗，无法将脖颈投入环中。徐承煜乃极尽人子之劳，连拉带提，用力把徐桐的脖子伸入绳套，遂急撤脚下板凳，算是送父归天了。
此时只有徐承煜了，他忽然觉得自己可以不死，留“有用之身”赶上两宫，再干一场，方不辜负全家生命的代价。于是他抛下全家人的尸体，拔腿逃出京城“保驾”去了。
然而不幸的是，徐承煜并没有逃脱，他很快被日军逮捕，拘押于顺天府尹署中，后与启秀等人一同被列为动乱祸首，处以极刑。命下，日军官置酒为二人饯行，酒到中席，传诏旨，徐承煜脸色大变，大呼冤枉，痛诋洋人不已。
军机大臣兼礼部尚书启秀显然比徐承煜有种。年过半百的启秀没有随老佛爷西逃，而是藏在日军控制的地界里。9月22日，启秀被日军拘捕时，从其身上搜出给慈禧太后的两封信，其一极言联军占领北京后百姓困苦已极。幸冬令不久即至，联军退出北京者应该很多。因此建议朝廷应该利用这个机会召集各处散兵，静候机会，以冀收复京城。由此可见，启秀至少还比较关心老百姓的疾苦，只是立场稍有问题。
启秀被捕不久，其母突然去世。李鸿章为之说情，日军同意放假十日，以便为母治丧。不过，日军也担心启秀在这十天之间逃逸，遂以绳子系其一手，使人牵之偕行，受尽羞辱。
治丧结束后，启秀求见议和全权大臣庆亲王，庆亲王讽以微词，表示你既然先前那么有种闹事，现在为什么又那么怕死？庆亲王当然不愿救他出去，启秀后遂与徐承煜一起被处以极刑。命下，徐承煜大呼冤枉，哭闹不止，启秀还算冷静，他知道大喊大叫也没有用，既然当年风光过，现在也只好认栽。第二天，备车送至菜市口，启秀从容就戮，而徐承煜辗转不肯受刀，就地作十数滚，真如袁昶所说的那样，死得连一只老鼠都不如。
徐家的自杀及徐承煜受戮在庚子辛丑年间具有典型性，不少大臣、高官选择了这条道路，家破人亡，昔日显赫的大家族一夜间灰飞烟灭。
户部尚书崇绮则是另外一种情形。崇绮为满洲镶黄旗人，满族重臣、大学士赛尚阿之子，是清朝唯一的一位蒙古族状元。一妹一女同为同治帝后妃，妹即恭肃皇贵妃，女即孝哲毅皇后，可知崇绮在清廷的地位。
戊戌后，崇绮与徐桐等人共同反对新政，支持慈禧太后垂帘听政，甚得太后欢心，重新出山与徐桐一起任大阿哥的师傅，相信义和团，妄想用义和团的神功抵挡列强洋枪洋炮，成为清廷中有名的义和团运动的支持者。
联军将入京，慈禧太后任命崇绮为留京办事大臣，在组织义和团民众抵挡一段时间后，终因实力不济，遂跟着荣禄一起败逃保定。其家眷也在其妻率领下不甘受辱，逃至保定合家自毙。崇绮闻之，遂留下“圣驾西幸，未敢即死，恢复无力，以身殉之”的遗书上吊身亡。
北京破城后自裁的王公大臣还有很多，迄今尚无系统整理与研究。至于中国在庚子国变中死亡总数，更一直没有完整统计。
烧杀抢掠之后是奸淫。联军当局在占领北京后听凭士兵公开奸淫妇女，大街小巷，妇女的惨叫声、呼救声和洋兵的淫笑声，日夜不绝于耳。尤有甚者，联军竟有组织地将其所获妇女不分良贱老少，尽驱诸一个地方集中看管，作为“官妓”，听凭联军官兵入内游玩，随意奸宿。
至于洋兵沿街随意强奸妇女，更是造成了黑色恐怖，东直门一带的妇女，对外国官兵有了条件反射，深恐受洋兵侮辱，遇见洋兵尤其是英军中印度兵，越发恐惧。风传印度兵见了妇女就像疯子一样，所以许多妇女一闻枪声，就投井而死。有时在一口井中竟能捞出五六具妇女尸体。
慑于联军官兵的淫威，滞留京城的妇女甚至有相约集体自杀者，也有一家数口中有妇女决心自杀，所余家人不忍见其独死，遂全家集体自杀。联军进入北京的最初日子里，这竟然成为一种不得已的风气。究竟有多少中国妇女被侮辱，被奸淫，被委屈致死，恐怕永远都难以算得清了。
联军在占领北京之初各自为政，互不统领，他们纷纷抢占地盘，为此不时发生火并。鉴于这种混乱，各国将军于8月15日、16日连续开会，最后决定由日、俄、英、美、法五国共管，将皇城、内城和外城划分为五个区，由五国部队分区管制，维持秩序。
数日后，德国和意大利等国的部队赶到，联军当局又对分区进行了调整，初步形成七国共管分治的局面。清廷旧官僚恽毓鼎、曾广銮、瑞澂等，甘为殖民统治者的鹰犬，参与组织殖民统治机构，在美国占领区设立所谓“协巡公所”，在日本占领区设立所谓“安民公所”，在英国占领区设立所谓“保卫公所”，在德国占领区设立所谓“华捕局”，帮助殖民统治者恢复秩序。
艰难的议和
慈禧太后仓皇出逃确实有点狼狈，只是这在有清二百余年历史上也不是第一次，她对这一结局早有预感，当战争尚未完全开始时，她就对善后议和做了相当部署。6月16日，电召李鸿章立即进京，负责与列强交涉。
李鸿章表示将尽快北上，但实际上并没有立即离开广州。他需要以南方督抚的身份弄清列强的真实态度，因为他一旦成为清政府的议和代表，与列强就处在对等状态，再想弄清情况就不是那么容易了。李鸿章此时比较关心的问题是：和谈结束后，列强是否准备瓜分中国，是否准备更换统治者？也就是说，慈禧太后的地位会不会动摇，他个人是否应该遵旨尽快北上？
对此，英国人的答复很干脆：英国政府无意于采取任何步骤影响北京现存的政治格局，其唯一目的就是要恢复秩序及保障在华欧洲人的生命财产安全。至于慈禧太后的地位，英国人暗示：中国镇压义和团骚乱越早，她就越不用担心。
日本政府明确表示支持李鸿章北上主持朝政，以及“先清内匪再退外兵”的方针。德国政府则怀疑李鸿章能否北上，表示在目前的情况下，中国政府很难与各国达成立即停战的协议。与李鸿章个人关系格外密切的俄国，早就设法策动慈禧太后征调李鸿章回京戡乱，自然非常高兴。
李鸿章很清楚地意识到，列强出于利益最大化考虑，战后肯定更愿意与早已了解的慈禧太后打交道，一个稳定的中国更合乎他们的利益。
7月8日，清政府加授李鸿章为直隶总督兼北洋大臣。7月17日，李鸿章按照计划启程离开广州，经香港，21日抵达上海。可能是因为天气太热，也可能是年事太高，毕竟已到望八之龄，他刚到上海就患有感冒并腹泻，元气大伤，眠食俱废，两腿软弱，竟难寸步，不得已他只好告假二十日，待身体稍愈再启程北上。
年迈的李鸿章吃不消长途跋涉不必怀疑，但其中更深层原因是他虽然奉命“入内平乱”，但“无路可入”[1]，京津地区的混乱及中外之间的冲突达到高峰：天津失守，直隶总督裕禄逃走，败退溃散的清军和那些被打散的义和团民众沿途抢劫，难民如蚁。杀红了眼的义和团民众不仅仇视一切洋人，对那些与洋人有密切往来的中国人也充满着仇恨，他们扬言只要李鸿章胆敢北上，就有办法刺杀他。在这种情况下，李鸿章只好在上海静待北方局势略有好转。
另外，还有一个原因，就是德国人不愿承认他的全权议和大臣身份，甚至扬言李鸿章胆敢北上，他们就会将他逮捕。李鸿章当然并不怕死，只是如果真的发生，那不仅是他个人，也是国家民族的耻辱。
在各国外交斡旋下，德国态度开始软化。8月29日，德国新任驻华公使穆默抵达上海，张之洞得知后立即请德国驻汉口领事转告穆默，应及早与李鸿章“开议”。
9月1日晨，李鸿章在上海与穆默及美国新任驻华公使柔克义举行了会谈，终于为将要开始的善后谈判开了一个头。
又经过一番交涉，李鸿章于9月16日离开上海，20日午后乘坐英国招商轮“安平”号抵达大沽口，俄国方面派员来接。10月5日，李鸿章在俄国军队严密护送下，自天津乘船北上，第二天抵达北京，继续寓居他在京城的故地贤良寺。
抵京后，李鸿章很快与庆亲王奕劻会合，并设法拜访各国公使，请求尽早议和，但是遭到了普遍的粗暴拒绝。在各国公使看来，中国既然一败涂地至此，还有什么资格谈议和，剩下的就是严格遵循各国意见行事而已。所谓“弱国无外交”，在这次议和谈判中体现得最真切。所谓谈判，实际上只是列强之间讨价还价，李鸿章、庆亲王不过是在清政府与各国公使之间传话而已。
在这场中外冲突中，列强特别是德国实在有点得理不让人，一再向中国施加压力。
为了扭转这种被动局面，俄国政府没少给中国政府出主意。8月15日，俄国政府建议中国政府应该争取外交主动，不要老是被列强拖着走，有些事情既然将来也必须办，不如主动办。其中最主要就是惩罚那些所谓“肇乱大臣”，以此换取列强在更多方面的让步。这实际上也是暗示中国政府尽快寻找替罪羊，使慈禧太后和光绪帝从这场尴尬的冲突中解脱出来。
在俄国政府提出这一动议前后，法国政府也表明类似立场。法国政府认为，推动中外善后议和的前提有四：一是务必确保各位公使的行动自由与安全；二是应先行将端王载漪等肇祸大臣革职，听候惩办；三是应下令各处官兵撤回，不得再与外国军队接战；四是务必彻底剿灭义和团。
其实，惩处肇乱大臣的想法李鸿章很早就想到了，只是碍于许多人都是皇亲国戚，所以始终没有向慈禧太后提出。文献表明，至少在7月中旬，李鸿章就已意识到惩处那些煽动排外的愚昧大臣可能是缓解中外冲突的一个重要步骤。他在7月17日与南海知县裴景福的谈话中就明确表示，此次北上议和，将面临三大问题：一是必须动手平息义和团运动，二是必须自行惩办肇祸大臣以平息列强胸中怒火，三是必须考虑战争赔款。
李鸿章不敢贸然弹劾那些宫中实权派大臣，但对于那些不在宫中的肇乱大臣，李鸿章一点也不客气。9月2日，他与刘坤一、张之洞联名上奏，请求清政府将署黑龙江将军寿山、署奉天副都统晋昌二人先行罢斥治罪。慈禧太后等几经权衡，最终接受了这个建议，期望以此让步换取列强的宽容。
如此让步显然是不够的，东三省的清军将领被惩处只是满足了俄国人的愿望，西方国家心目中的肇乱大臣根本不是这几个人，而是端王载漪等人。但是，要惩处皇亲国戚谈何容易？
不论清政府是否愿意，惩处肇祸大臣已经成为中外议和的关键，尤其是受到直接伤害的德国人处处表现出日耳曼民族的高度傲慢。新任驻华公使穆默原本在上海与李鸿章见过面，可是到了北方竟然不愿再见李鸿章。至于将要出任联军统帅的瓦德西更是傲慢得可怕，他对李鸿章的求见一味拒绝，没有丝毫通融余地。德国人认为自己是受害最多的，特别是克林德被害，使得德国人空前愤怒，他们必欲借此机会获取更多的利益。
弱势中国只能被动等待列强裁决。9月5日，德国外交副大臣李福芬男爵终于提出了对华议和条件，其中第一条就是“中国政府必须严惩一切有罪的人，主要是属于高级社会的罪魁祸首，并没收其财产”。足见其对所谓惩凶的重视程度[2]。
这仅仅是初步要求，他们还明确表示，德国将根据各国政府所提出的要求随时增加内容。
德国的要求相当苛刻，但它毕竟提出了要求，这就有了谈判的可能，中国政府与各国的议和善后的进展也因此向前推进了一步。
9月6日，俄国政府也提出四点想法，其中最重要的一条，就是要惩办所谓叛乱首犯。首犯名单有端王、董福祥、刚毅、李秉衡、毓贤等。俄国政府认为将这些罪犯完全罢斥是中国国内持久秩序的另一保证。
此后一段时间，如何惩办这些所谓“叛乱首犯”以及这些“叛乱首犯”究竟应该包括哪些人一度成为交涉焦点。
9月14日，法国政府对俄国政府9月6日的提议做出积极回应，完全同意俄国政府四点建议，并主张为了中国政府将来不再发生类似的排外事件，还应该在设立经常性的守卫部队保卫公使馆、撤出大沽口的军事工事以及占领自北京至海边通路的两三个据点。
列强关于惩罚战争罪犯的要求不能不引起李鸿章的重视，为了促使议和的早日进行，他只好将这些压力转为动力。9月15日，李鸿章联络刘坤一、张之洞及袁世凯一起上奏清政府[3]，希望能够将端王载漪等先行分别革职，听候惩办，以换取列强同意开议。李鸿章的理由是，俄国政府已经同意与各国协商从北京撤军的事情，但条件是两宫回銮。德国新任公使致电张之洞，提出开议的条件是中国政府必须先行惩办那些支持义和团活动的大臣。而李鸿章认为，据他上海期间与德国公使、荷兰公使及副总税务司裴式楷、各国总领事等人的直接接触，他们皆普遍持这种观点。由此可知各国公愤所在，中国政府断难继续袒护他们。若迁延不办，恐各国变其宗旨，愈久愈不可收拾。接着，李鸿章发挥光绪皇帝9月8日上谕中“罪在朕躬，悔何可及”的精神，强调此次国变，“实在罪在臣下，无可掩饰。欲求救急了事之法，惟有仰恳圣明立断”，先行将统帅过义和团的庄亲王载勋、协办大学士刚毅、左翼总兵英年及庇纵义和团的端王载漪、查办不实之刑部尚书赵舒翘等分别革职，听候惩办。明降谕旨，归罪于该王大臣等，以谢天下，以昭圣德。清政府如果能够做到这一点，李鸿章认为各国肯定会同意克期开议[4]。李鸿章终于做出决断，显然除了外国压力，他也做好了最坏准备，因为这些大臣到目前为止依然受到慈禧太后的高度信任。
9月18日，流亡到太原的清廷接到李鸿章等人参劾端王等人的密折。第二天，慈禧太后与光绪帝览奏颇为动容，立即召集军机大臣等商讨对策。端王载漪、庄王载勋以及王文韶、刚毅、赵舒翘等均侍立，太后面斥端王称：“这一年来的大祸皆由你引起的，你但能惹事而不能止乱，一味糊涂，我知道指望你也拿不出什么好的办法。现今京津皆被洋兵占据，国事糜烂至此，皆由你和你的那几个同党所播弄，我等一路辛苦，逼居这等破烂地方，宁不伤感！”言迄，愤愤不止，诸大臣见圣怒不可测，俱屏息无言。稍待平息，慈禧太后指着王文韶说：“现在国事一塌糊涂，只能仰赖你来主持，如何办法，你可提出方案。”言毕入内，满廷重臣一时咸懔懔不止，惶恐万状[5]。
慈禧太后丢卒保车，用最轻松的办法解除了端王载漪等人的权力，她只是任命王文韶主持国事，而并没有宣布惩处端王等人，所以他们还抱有幻想，不敢带头闹事。
慈禧太后的政治手腕当然比较老辣，她一方面给这些皇亲国戚留有余地；另一方面，也在算计着用哪些人充当替罪羊。太后的底牌是，只要列强不追究她和光绪帝的战争责任，牺牲几个大臣其实是无所谓的。所以，在此后一段时间里，不是清廷愿不愿意惩处肇事大臣，而是处置哪些大臣。这为中外议和谈判打开了方便之门。10月4日，法国政府向各国提交一份备忘录，希望以此作为谈判的基础：
一、惩罚主要“罪犯”，这些罪犯应由各国驻北京使节指定。
二、继续禁止军火入口。
三、对各国、团体及个人作出公正的赔偿。
四、在北京建立一支永久性的使馆卫队。
五、拆毁大沽炮台；对天津至大沽途中的两三个地方进行军事占领，以便万一在各国使馆希望到达沿海或各国部队企图自沿海前往北京的时候，道路可因此始终保持畅通。[6]
法国政府的备忘录引起各国政府的重视和讨论，又经过漫长的修改、补充和润色，至1900年12月24日，参与1900年中外战争的十一国公使终于向中国政府提交了一份议和大纲。这份文件不仅决定了此后相当一个时期中国政治的走向，而且是站在列强的立场上回顾、评定1900年事件，因而值得重视。其最后定本的译文如次：
在今年5、6、7、8等月间，中国北部各省爆发了严重骚乱，并且在特别恶劣的情况下犯下了人类历史上前所未有的罪行，即违反国际法、违反人道原则、违反文明等罪行。这些罪行的要点如下：
一、6月20日，德国公使克林德男爵在前往总理衙门执行他的职务时，被正规军的士兵所杀害，这些士兵是遵照他们首领的命令行动的。
二、同一天，各国使馆遭到攻击和围困。直到8月14日为止，攻击继续不断，各国军队于该日到达后才使攻击结束。这种攻击是正规军联合义和团一起发动的，他们服从自皇宫发出的朝廷的命令。与此同时，中国政府通过它的驻外使节正式宣布，它保证各国使馆的安全。
三、6月11日，日本使馆书记生杉山彬先生在执行一项正式任务时，在城门外被正规军杀死。在北京和好几个省份中，外国人受到义和拳和正规军的杀害、折磨或攻击；仅仅由于他们进行了坚决的抵抗，他们才获得安全。他们的产业遭到抢劫和破坏。
四、各国公墓，特别是在北京的公墓，遭到了污渎，坟墓被挖掘，遗骸四散。
这些事件促使各国为了保护他们的使节和臣民的生命及恢复秩序起见，派遣军队前来中国。在进军北京途中，联军遭遇到中国军队的抵抗，不得不用武力击败它。中国既然已经承认它的责任，表现懊悔之意，并表示希望设法制止所说的那些骚乱造成的局势，所以各国决定在下面列举的那些不能撤回的条件下同意它的要求。各国认为，那些条件是赎清他们所犯罪行并防止其重新发生所不可缺少的。
第一款 （一）派遣一个以亲王为首的特别使团前往柏林，表示中国皇帝陛下和中国政府对已故德国公使克林德男爵被害一事的惋惜。
（二）在被害地方建立一座适合于死者职位的纪念碑，碑文用拉丁文、德文及汉文写成，表示中国皇帝对被害一事的惋惜。
第二款 （一）对1900年9月25日上谕中所指名的人物及各国使节以后将指名的那些人，按照他们所犯罪行予以最严厉的惩罚。
（二）在外国人被害或遭受虐待的所有城镇，五年内停止一切正式考试。
第三款 中国政府对日本使馆书记生杉山彬先生被害一事应给予日本政府以体面的赔偿。
第四款 凡各国或国际公墓遭到污渎而且坟墓被毁坏的每个地方，由中国政府建立一座赎罪碑。
第五款 根据各国之间所决定的条件，继续禁止输入武器，对专供制造武器弹药之用的物质，也是如此。
第六款 （一）对各国政府、公司、个人，以及在最近骚乱期间由于为外国人服务而遭受生命或财产损失的那些中国人，给予一笔公正的赔款。
（二）中国政府为了保证偿付该赔款及借款利息，应采取列强可以接受的财政措施。
第七款 每个国家有权为它的使馆留驻一支永久性的卫队，并将使馆区置于防御状态。中国人无权在该区域内居住。
第八款 大沽及其他炮台可妨碍北京至沿海之间的自由联系，应予拆除。
第九款 为了维持首都至沿海之间的联系，各国有权协商决定对某些地方进行军事占领。
第十款 （一）中国政府应于两年之内在所有各州县张贴一道上谕，其中包含：
永远禁止加入排外结社，违者处死。
列举对犯罪人所应施加的刑罚，包括在外国人被杀或遭受虐待的城镇停止一切考试在内。
（二）应发布一道上谕，并在全国各处张贴，使所有总督、巡抚及各级地方官员对他们管辖地区内的秩序负责；同时，无论什么时候在该地区内发生排外骚乱或任何其他违反条约事件，如果那些事件没有立即被镇压，而且有关罪犯没有受到惩罚，这些官员应马上被撤职，不得担任新的职务或接受新的恩典。
第十一款 中国政府应允对通商行船各条约内各国认为应行修改之处及有关贸易关系的其他事项，进行谈判，以期促进这种贸易关系的发展。
第十二款 中国政府应允改革外交机构，并且按照各国所指出的方式订正朝廷关于接待各国使节的礼仪。
在中国政府接受上述条件，使列强感到满意之前，下列签字人关于联军结束对北京和北直隶省的占领一事，不能寄予任何希望。[7]
紧接着是十一国公使的签字。由于这份文件总计十二款，因此有时也被统称为“十二款议和大纲”等。
与此同时，列强也向清政府抛出了诱饵，表示如果能够爽快答应，他们将尽快撤兵。反之，肯定会延长留驻京津一带的时间，甚至还有可能会扩大范围。
俄国公使格尔思在议和大纲提出之后密访李鸿章，以“相当友善的姿态”表示，“议和大纲十二条”极为平和，清政府应该从速批准，若不从速允从，或仍与磋磨，各国必谓清廷非真心修好，和局必至决裂。机会稍纵即逝，格尔思请李鸿章转告清政府，“条款如蒙圣明从速核准，以后详目甚多，可从容计议。仍盼两宫早日定期回銮，庶可催各国撤兵，交还京师。宗社安危，在此一举。”[8]
格尔思的软性劝告与列强的强硬态度交相配合，对说服奕劻与李鸿章起到了相当大的作用。他们二人一再电告西安行在，请求清政府从速批准，表示稍一置词，势必决裂，存亡之机，间不容发。
慈禧太后对议和谈判极为关注，她最担心的是列强会将她列为肇事“祸首”，所以当她看到“祸首”名单中并没有她的名字，已大喜过望，觉得这些条件可以接受。
12月27日，清政府发布上谕，原则同意以这个议和大纲十二条作为谈判的基础，也希望奕劻、李鸿章能够尽量婉求各国体谅中国的难处，尽量维护中国的利益，争得一分算一分。
庆亲王、李鸿章收到这份上谕后迅即于第二天分送各国公使，请求他们以“议和大纲”为基础，早日与中国方面正式开议。
对于清政府的要求，各国公使进行了讨论。1901年1月3日晨，各国公使会议要求中国全权大臣签署一份正式议定书，其中引述各国使节提出的照会及中国全权大臣被授权接受该照会的条款；同时要求中国政府向各国公使提供一份12月27日发布的上谕，并要求在每份上谕上均盖有御宝。各国公使表示，当他们收到这些文件之后，将确定与中国全权大臣举行会议的日期。如果中国方面请求对任何条款进行说明，各国公使要求中国政府必须在举行会议之前用书面形式提出。
根据各国公使的要求，中国政府于1月17日将正式签字的议定书及盖有御宝的若干份12月27日的那道上谕交给各国公使，并附送一份详细的备忘录，表明中国政府全权议和大臣对十二条议和大纲中若干问题有待商榷的看法。
以和议大纲和中国政府的修正意见为基础，中国议和全权代表与十一国公使进行了艰难而又漫长的细节谈判，至1901年9月7日正式签字画押。是日上午，十一国公使与清政府全权大臣庆亲王、李鸿章以及他们的随员、翻译等聚集在外交团首席公使、西班牙驻中国公使葛络干的官邸，顺利地在法、中两种文字写成的议定书上签字。首席公使葛络干代表十一国公使发表讲话，庆亲王代表清政府致答词，他们均感到如释重负，“各方面亲切友好地庆贺结束了过去十个月中拖延已久的会谈工作”[9]。困扰清政府的噩梦终于暂时结束。
这份条约，西人称为《北京议定书》。在中国，因为1901年为辛丑年，中国文献称为《辛丑条约》。这份条约的最后文本分成两大部分，即“正约”十二款和十九个“附件”。正约十二款的次序与《议和大纲》大致相同：
第一款为德国公使克林德被害一事的善后，规定清政府派专使赴德致歉，并于遇害处所建立牌坊。这实际上是对中国竭尽羞辱之能事。
第二款为惩办“首祸”诸臣。按条约规定，对附和过义和团的官员，中央从王公大臣以下，地方从巡抚、藩臬以下被监禁、流放、处死的共一百多人。
第三款为日本使馆书记生杉山彬被害事，规定清政府派专使赴日致歉。
第四款为“于诸国被污渎及挖掘各坟茔，建立涤垢雪侮之碑”。
第五款为禁止向中国运入军火。
第六款规定中国向各国赔款银4.5亿两，分三十九年还清，年息四厘。列强终于如愿以偿，赢得了这场“最够本的战争”[10]。从此，清朝统治者在帝国主义卵翼下苟且偷生，奴颜婢膝；中国人民的生活则在这种沉重的战争赔款压力下更加困难；中华民族的灾难因《辛丑条约》的签订日益深重，社会经济日趋凋敝，国家更加衰弱。
第七款为订定东交民巷使馆区境界，规定使馆区由外交团管理，界内不准中国人居住，各国有权常留兵队保护使馆。
第八款规定将大沽炮台及有碍京师至海通道之各炮台一律削平。
第九款规定各国酌定数处留兵驻守，以保京师至海通道无断绝之虞。按照规定，北京到山海关铁路沿线十二处驻扎外国军队。驻军地点为：黄村（意大利）、廊坊、杨村（德国）、军粮城、塘沽（法国）、芦台、唐山（英国）、滦州、昌黎（日本）、山海关、秦皇岛、天津（国际军）。上述各处及北京使馆区驻军总数为六千人。列强从此取得了在中国的驻兵权，不仅加强了对清政府的控制，而且为以后留下了巨大的隐患。
第十款规定中国政府必须在全境张贴永远禁止设立仇洋之会、停止科举考试、保护洋人等历次谕旨。宣布永远禁止中国人民成立或者加入具有反帝性质的各种组织，违者一律处死；对一切反帝活动，各级地方官员应负责弹压，镇压不力者应予以革职。这样，清政府实际上成了替列强维持秩序的工具。发生反抗斗争的城镇，停止文武各等考试。列强借此夸耀自己的威风，企图磨灭中国人民的斗志。
第十一款约定商改通商行船各约。清政府在条约中表示同意按照列强的要求，订立新的通商行船条约，这当然有助于列强扩大对中国的经济侵略。
第十二款规定改总理衙门为外务部，班列六部之首，由清朝近支王公主管，另设尚书二人，其中一人为军机大臣。列强提高外务部的地位主观理由是为了提高中国外交衙门的办事效率，与国际通行惯例一致，在客观上无疑培植了更便于执行卖国媚外政策的职业官僚。
很显然，《辛丑条约》是近代中国历史上空前屈辱的奴役性条约。根据这个条约，列强进一步获取了中国政治、军事、经济、文化等方面的更多权益，给中国社会带来了极其严重的危害：
一是巨额的战后赔款严重摧残了中国社会经济，加深了中国人民的苦难。这笔被称作“庚子赔款”的战争赔款是近代以来列强在中国所获取的最大一笔款项，本息合计多达九万八千二百二十三万余两。这不仅使清政府的财政日趋枯竭，而且使中国的主权诸如海关、常关及盐税等均被列强所控制。
除《辛丑条约》规定的庚子赔款外，还有各省府州县分别与当地外国教会签订承担地方教案的赔款。这笔款项各地均有，只是数目多寡不同，多者二三百万，少者数十万，即便那些未曾闹过教案的省份，也或多或少地被摊派直隶教案中二三十万至十数万不等的赔款。据研究者不完全统计，地方教案赔款总额多达两千两百七十万两[11]。
除此之外，由于稍后国际银价的持续下跌，列强强行要求清政府以金代银进行支付。昏庸的清政府被迫屈服，于1905年确认庚子赔款为金付款，并且同意以800万两抵付1905年以前支付给各国的所谓亏损。仅此一项，中国实际上支付给列强的赔款远远大于《辛丑条约》上规定的数额。
二是武装使馆区的划定特别是列强在北京至山海关的军事控制，使中国的行政权力受到了极大削弱，中国的领土主权和国防能力受到了严重损害，而且由于列强在京津地区驻军，使中国的大门洞开，北京几乎成为不设防的城市，中国政治更容易受到列强的干扰与控制。
三是禁止发生义和团运动的地区五年内进行科举考试，以及派员赴德国、日本为被杀者道歉，为诸国于义和团运动期间被污渎及挖掘各坟茔建碑涤垢雪侮等规定，不仅羞辱了中国人民和清政府，消弭了中国人民反抗列强侵略的斗志和意志，而且将镇压人民反抗外来压迫的斗争作为清政府的“条约义务”。这显然是近代条约体制建立之后增加的新内容，严重侵犯了中国人民的自由与权力。
