图上演习按照未来将要进行的“南进”作战的过程进行。舰队司令官、各舰队的组成和规模、出发地点、集合区域、战略目标和登陆滩头，都和实际完全一样。“南进”作战指挥的将军们和海军大学的成员们，围着大桌子弯着腰，专心致志地看着高桥伊望海军中将的第3舰队模拟分配的进攻菲律宾、婆罗洲和塞里伯斯岛的任务。
在日本海军的计划的这一盘雄心勃勃的棋局中，其他日本部队将驶往吉尔伯特群岛、关岛和威克岛。井上成美海军中将的第4舰队占领后两个岛，将把美国军队阻挡在日本水域之外，并在日本固有的基地之外又增加了几艘不沉的航空母舰。最重要的是，这样做可以使日本联合舰队在进行舰队决战中处于极有利的地位。
山本看完了“南进”作战在预演中顺利进行并得到合乎逻辑的结果之后，便很快将精力集中到他的珍珠港计划上来。
在模拟珍珠港作战时，蓝军司令由南云中一担任，红军司令由军令部情报部的“美国通”小川贯玺上校担任。
30多名精选出来的军官，专心注视着摆在房间中央长条桌子上的太平洋及夏威夷地图。这些允许进入秘密房间的军官都是山本亲自挑选的，他只挑那些最终将会进入他的珍珠港作战的人。这些人或是帮助策划这次神秘的作战，或是直接去执行作战任务。
南云带来了他的第1航空舰队的大部分参谋人员。从第2航空战队来了性格粗暴的司令官山口和包括铃木在内的几位参谋。三川中一海军中将也来到了“秘密房间”，在珍珠港作战中，他将率领由第3战列舰战队和第8巡洋舰战队组成的珍珠港支援部队。第1水雷战队司令海军少将大森仙太郎也在场。三川和大森两人都是在这次图上演习中才第一次听说山本的这个计划的。出席的还有第6舰队的主官清水光美中将、他的参谋长三户。
海军军令部派来的代表有作战部长福留少将、作战课长富冈及其助手三代，后者是珍珠港作战演习的主裁判。专门负责有关与美作战的内田、情报部部长前田及其负责美国事务的助手小川也来了。永野和伊藤虽然被邀请了，但他们一直没在“秘密房间”中露面。
并不是所有参加演习的军官都赞成这个珍珠港冒险计划的。海军军令部的代表们仍然高度怀疑山本的计划，他们出席珍珠港演习的身分不是参加者，而是观察者。山本像是做生意的，他像推销员一样努力向他的上级机关推销自己的产品。
但是，山本有许多强有力的支持者。所有山本的参谋们都非常忠于他，崇拜他，并渴望执行他的计划。
时至图上演习之前，珍珠港计划仍有一系列问题迫切需要研究解决。这次图上演习，在诸多问题中，只重点研究两个。一、此次作战在技术上是可行的吗？二、在特遣舰队进行作战准备期间，特遣舰队开进乃至实施突然攻击之前能做到严格保密吗？当然，在地图室里的演习不可能把这些问题解决到无可挑剔的地步，图上演习的参加者们只能希望估计一下可能性。
在模拟攻击开始之前，必须首先解决一个问题：特遣舰队应选择哪条路线机动？这个问题引发了“秘密房间”里的第一次热烈辩论。南云坚持走南线，山口、佐佐木和源田坚持认为走北线将是去目的地的较短且较安全的路线。最后，南云不情愿地放弃了自己的意见。南云对走北线唠唠叨叨的抱怨，是整个图上演习大合奏中的不和谐的音符。
围绕空中侦察问题，出现了另一个意见上的分歧。山口认为，为了应付每一个可以想像得到的意外情况，应在去夏威夷的途中有一个全方位的大范围的空中巡逻系统，用来搜索敌舰、敌机以及外国商船，以便在被发现前就能得到事前警告，使舰队有必要的准备，及时改变航向。
但是，山口的这个建议立即遭到源田的激烈反对。“那样太危险，”源田说，“坏天气可以使巡逻机失去和母舰的联系。当他们耗尽油料时，可能会导致海上失事，敌人可能会看到残骸。或者某个惊惶失措的飞行员会打破无线电静默，从而暴露特遣舰队的存在。敌人可能会在距航空母舰上百海里处发现巡逻的飞机。空中侦察，将在一开始就给这次使命带来最严重的损害。”
