在这第二次模拟进攻中，一切顺利。入侵者没有遇见空中或水面的侦察，蓝军迅速地取得了完全的制空权。当南云的轰炸机扑向港内的红军舰队时，他做到了他所希望的最大的出敌不备。估计敌人遭到的损失计有：3艘战列舰被击沉，一艘战列舰被重创，航空母舰“列克星敦”号和“约克城”号被击沉，航空母舰“萨拉托加”号被重创，3艘巡洋舰被击沉，另3艘损失掉一半的战斗力。瓦胡岛的红军空中力量实际上陷于瘫痪，
50架战斗机被击落，80架被摧毁在地面上。
蓝军受到轻微损失并逃脱了。红军的飞机最后发现了南云的舰队，炸沉了一艘航空母舰，使另一艘失掉一半的战斗力。作为回报，蓝军又击落了50架红军的飞机。然后，日本舰队逃回了日本本土。日本舰队还得到了老天的帮助，在舰队即将离开夏威夷水域时刮起了海上风暴，没有给舰队造成严重的伤害。
在这次演习中，攻击后迅速撤离构成了南云战略的基本点。在“秘密房间”中，没有讨论重复攻击珍珠港的题目。虽然源田和佐佐木在这次演习前曾多次谈论这种可能性，但许多人都主张应迅速安全地撤回日本宝贵的航空母舰。
这次夏威夷作战的预演，只进行了一天——9月16日。第二天上午，参加者们又回到“秘密房间”，对蓝军战术进行分析，听取各种报告，会议一直进行到下午。在17日的讨论会之后，参加者们共进晚餐，结束了夏威夷作战的模拟演习。
演习结束后，南云的心情毫不轻松。实际上，在“秘密房间”里进行的第二次模拟攻击的成功，加重了而不是减轻了他的担心。这次图上演习使迄今为止一直作为抽象概念存在的珍珠港作战直观地表现了出来，从而使南云更加清楚地认识到了这次作战的全部影响和极大冒险性。南云感到作战计划成功的可能性不大，在需要通过的无数关口中，哪怕是有一个关口出现问题，就可能断送整个计划。南云可以用很多普通浅显的道理，来支持他的对珍珠港计划的悲观看法。
南云特别反对走北线。“在图上演习中没有海上风暴，所以我们能走北线。但当我们真的去夏威夷时，情况就不同了。”他言辞激烈地争论道。在演习中，他不只一次地向山本表示：哪怕有一件事出了差错，就会在作战中出现可怕的损失和极其严重的后果。当他有一次这样说时，山本用手友好地搂着他的宽肩说：“别担心，我会负全责的。”
南云并不是胆小怕死。如果命令他去执行这次冒险的话，他将不遗余力地去干，但他坦白地对别人说，他被演习所展现的前景吓住了。对山本来说，在地图上指挥作战并声称由自己担负所有责任当然没问题，因为他并不亲自带领舰队出战，而是待在本土水域的“长门”号军舰上。但南云却不同了，他要率领帝国舰队扎进老鹰的巢里去，如果作战失利，山本不可能把沉舰浮起来，也不可能恢复被毁的飞机和使死人复活，所有的困难都要由在现场指挥的南云去克服。南云的悲观情绪溢于言表，以至有人和他逗笑说：“如果您死在这次战斗中，将为纪念您建一个专门的神社。”
军令部的小川尽管一直对攻击珍珠港很感兴趣，但他对这一作战行动的可行性同样有很大的怀疑。小川从情报的角度提出了许多令人不安的问题，所有关于美国港口布置、防御设施和舰队调动的必要的情报，都能有效地收集、估价和分发吗？诚然，海军情报部门在夏威夷有一个庞大的间谍情报网，但谁又能保证美国人不会追踪这个情报网，堵住情报源头？即便日本的专门间谍能够不受阻碍地工作，海军军令部能够在攻击当天得到关于珍珠港的完整的情报吗？它能及时地把这情报转发给在北太平洋某处的南云，使这个情报起作用吗？
对于这些问题，没有一个人能够回答。也没有一个人敢保证说：这份偷袭珍珠港的计划在最后一分钟之前不会落入美国间谍之手。几乎所有人都知道，若此次作战不能保守秘密，则必败无疑。
