倭寇出海劫掠，自然是为了求财而非求死，李朝早期一改对日贸易的限制政策，鼓励日本大名来朝鲜通商。在倭寇逐渐减少的李朝早期，出使朝鲜的日本西部豪族使节络绎不绝。其中派遣通商使节最多的，就是当年倭寇的第一出发基地对马岛，其次是跟李朝建立了良好关系的大内氏，然后就是替代今川了俊成为九州探题的涩川氏。其他西部豪族如肥前松浦党；筑前宗像氏、少贰氏；肥后菊池氏；萨摩岛津氏、伊集院氏、新纳氏等，这些前往李朝的豪族使节被朝鲜方面称为使送倭人、客倭等。但是这些客倭成分复杂，有豪族的家臣、也有金盆洗手的倭寇、又有商人，也有一人兼任几个豪族使节去朝鲜的。
李朝为了尽快平息倭寇，一开始对客倭并未加以限制，然而这些本身含有大量倭寇的客倭并不像平常的商人。特别是对马宗氏、肥前松浦党、少贰氏、菊池氏等本身就是倭寇的指挥者，指望这些人立刻洗心革面，好比让狼一夜之间变成狗一样不现实。太宗十四年（1414年）对马宗氏客倭三十四人、少贰氏三十一人、壹岐二十人、日向二十人，一共一行一百零五人到达朝鲜蔚山，要求朝鲜赐予梵钟。因为朝鲜的回应慢了一些，这帮人直接拔刀动武，试图在蔚山郡杀人。事件发生后，这帮客倭无视李朝法规，不等朝鲜反应，直接开船走人，除了没能杀人，行径与早先倭寇无异。朝鲜在震惊之余，开始限制日本来朝的客倭数量，只允许宗氏、大内氏、少贰氏和九州探题等十个豪族进入朝鲜境内。客倭可以停泊的港口也被限制在庆尚道一道，到了世宗时代，仅允许在富山浦和乃而浦两个港口停靠，后来则增加了盐浦，合称三浦。
大内义弘镇压倭寇的行为受到了李朝的高度赞赏，而大内义弘本人则自称百济圣明王之子琳圣太子之后，跟李朝建立了很好的外交关系。朴惇之在跟随永范等到达日本后，代表李朝给了大内义弘非常丰厚的回赏。在大内义弘积极进攻倭寇基地，并以百济之后请求李朝赐名封赏的时候，李朝甚至已经查验好了族谱，按标准准备赐予大内义弘三百结土地的封地。后因朝臣认为封赏他国官员土地容易引起争端而停止，转而赐予金帛和《大藏经》的印刷雕版。大内义弘得到的丰厚奖赏，引起了试图独占外外贸利润的足利义满的强烈不满。正巧斯波义将告发大内义弘在朴惇之到日本时收取了大量财物，足利义满借着这个的机会夺了大内义弘和泉、纪伊的守护职，并命令大内义弘离开领地去京都。当时传言足利义满打算借着大内义弘去京都的时候杀死他，迫于无奈的大内义弘，在同样不满被无端解职的今川了俊介绍下，与足利满兼互相联合，举起了反叛大旗，“应永之乱”爆发。
攻击对马岛：己亥东征
随着大内义弘的叛乱，倭寇从原来室町幕府的打击对象变成了足利义满的拉拢对象。叛乱后的大内义弘在和泉堺港登陆，并建立了占地十八町（一町约等于109.09米，十八町约为1963.62米）的土木工事，构筑了四十八座大型木制箭塔，和一千多座小型木制箭塔。心怀必死觉悟的大内义弘让和尚给自己提前准备了葬礼，打算在堺港和足利义满决一死战。足利义满率步骑三万余人由陆路包围堺港，又招纳原南朝水军残部四国、淡路海贼众，率船一百多艘，从海上切断了堺港的对外交通。经过近一个月的激战，大内义弘阵亡，余部自尽，堺港城被焚毁。“应永之乱”，使得本已处在灭亡边缘的南朝恶党有了喘息之机。这些倭寇的残余分子，在风声过后的继续侵寇活动，最终导致了朝鲜方面对对马岛的第二次进攻的——己亥东征。
明永乐十六年、日本应永二十五年（1418年），跟李朝保持良好关系的对马守护宗贞茂死亡，其幼子宗贞盛继任对马守护。对马藩的实权落入原倭寇首领早田左卫门大郎等人手中。次年，对马、壹岐发生饥荒，缺粮的对马又把注意打到了领国头上。两岛上的原倭寇头子们干脆兵分两路，一路去了明朝辽东，一路到了高丽。世宗元年（1419年）五月初五拂晓，三十二条倭寇船趁拂晓晨雾昏暗不明，偷袭庇仁县都豆音串。守备万户金成吉当时醉酒无备，猝不及防的李朝水军七条军舰被倭寇焚毁，阵亡三百余人。丢下酒杯的金成吉也力战而亡。倭寇围攻庇仁县城不克，将周围民家掳掠一空，鸡犬不留。十一日，黄海道助战节制使李思俭与万户李德生，乘军舰五艘，在海州延平串守备交通要道。倭寇三十八条船趁天昏雾暗，突袭逼围了李思俭所部，以武力威胁，要求李思俭提供粮食。李思俭迫于倭寇势大，派遣小吏给了倭寇五斛米，十瓶酒。倭寇嫌少，扣下小吏不肯放他走，李思俭只得再派镇抚二人和船军一人，送米四十斛，倭寇放回了镇抚和小吏，但是又扣留了船军，与李思俭在海上对峙后离去。此次对峙中，有一名倭寇上岸取水，被李朝擒获，其招供是这伙人是对马岛人。十四日，李朝开始扣押滞留在朝鲜的客倭，征调各道军舰，准备进攻对马岛。十八日，倭寇在白翎岛被尹德洪、平道全（前文降倭）所击败，逃离朝鲜沿海。
世宗元年五月二十九日，三军都察使李从茂派遣使节到达对马，问责此次倭寇进攻李朝，希望宗贞盛交出倭寇，押送朝鲜审判。实权在倭寇头子手上的对马自然交不出来。六月十七日，李从茂率船队从巨济岛出发，进攻对马。这只庞大的船队有大小军舰二百二十七艘，其中京畿道船十艘，忠清道船三十二艘，全罗道船五十九艘，庆尚道船一百二十六艘，士兵人数达一万七千二百八十五人。这一年是己亥年，于是朝鲜称这次东征对马为“己亥东征”。
次日，朝鲜船队先锋十余条先到对马岛尾崎浦，对马倭寇还以为是本岛劫掠归来的船只，在岸上准备酒菜打算犒劳出海劫掠的同伙们。李朝军队趁机登陆，斩杀抵抗的五十余人后，其他倭寇四散而逃。李朝军队随后占领浅草湾，在土寄崎停泊。之后，李朝大军赶到。因派遣降倭向宗贞盛传达出兵原因而没有得到回应，李朝军队开始在对马岛上搜捕倭寇。李朝军队共缴获大小船只一百二十九艘，在留下较大的二十只船后，李朝军队将剩下的烧毁。李朝军队同时拔除田中农作物，捣毁沿海房屋一千九百三十九户，前后斩杀倭寇一百一十四人，俘虏了二十一人，救出被倭寇掳掠至对马岛的中国平民一百三十一人。李朝军队还从被俘的中国人口中得知了对马此时的现状：富者储粮不过一二斗。倭寇已无久战之力。于是李朝军队在船越修筑营地，切断对马岛陆路交通，准备在对马长期驻留。随后李从茂部下再次分兵搜索对马岛，又发现六十八间房屋和十五只船，在斩杀了九名遇到的倭寇后，李朝军队焚毁了这些船只和房屋，救出了被困的八名朝鲜人和十五名中国人。
搜索数次无果的李朝军队再次深入浅茅湾，在仁位郡登陆，分兵三路搜索。左军节制使朴实与倭寇相遇，倭寇占据据险要位置，在两旁设伏。朴实亲率军士，冲上高地进攻据守的倭寇，结果一头扎进了包围圈。李朝军队因为战死及坠崖而死的有一百八十人，褊将朴弘信、朴茂阳、金该、金熹等战死，朴实突围回到船上。右军节制使李顺蒙、兵马使金孝诚等也遇到了倭寇，在力战之后将其击退。而中路军此时还没能登陆。对马倭寇在此次反击行动中，也阵亡了一百二十三人。借着这次小小的胜利，生怕李朝军队在对马久住的对宗贞盛趁机请降，并转告李朝七月对马气候异常，尽快撤军对李朝军队来说比较安全。对马已经投降了，现在回去也好交代了。鉴于元朝的第二次东征便是在七月遭遇到风暴，对东征风暴怀有阴影的李从茂于七月三日带着三百俘虏，领军回航巨济岛。
◎ 宗氏降服
在李从茂回军的同一时期，原先袭击朝鲜沿海去到中国的倭寇船只，在回航途中劫掠了黄海道小青岛，全罗道安兴梁，抢劫了漕运途中的九艘运粮船开往对马。未能全歼倭寇的李朝心有不甘，七月六日，左议政朴訔又再次提出再征对马岛的建议。次日，李朝下令组建两路合计一百九十五艘军舰的船队，再次进攻对马岛的命令也被下达。七月九日，右议政李原上书反对在刚刚回军后，又冒着秋风渐起的风险再次进攻对马。李原提议不如再次发文谴责以示朝鲜的好生之德，如若不听，等风浪平息以后，再征讨也不迟。第二次己亥东征就此平息。七月十七日，兵曹判书赵末生起草的致对马岛岛主都都熊瓦（宗贞盛）国书抵达对马。李朝严厉的警告了对马，告诉他们如果这种情况再继续下去，对马岛民只有坐等灭亡而已，要求宗贞盛率对马岛岛众内迁，归附李朝。九月二十日，对马岛以都伊端都老为使节，向李朝称臣，求赐印信，并商讨对马岛居民迁移至珍岛、南海等地的事宜。
早在五月十四日李朝开始下令扣留客倭，动员军队后不久，日本国内京都就开始收到传闻，元寇袭来的阴影再次喧嚣尘上。伏见宫贞成亲王所著《看闻御记》记录了当时京都内的各种稀奇古怪的传闻，这是一段如犹癔症般的集体催眠和自我催眠记述：
五月二十三日，从高丽传来情报，大唐、南蛮、高丽将来进攻日本，朝廷接到消息很是吃惊。我们日本乃是神国，不会发生什么事情吧？
六月二十五日有情报说大唐发生了叛乱；出云大社有血流出；西宫荒戎宫震动；有骑兵数十自广田神社出奔向东方，其中为首大将为女性骑马者，神社人员见到后发狂；若宫八幡神社大门无风而倒，将军正在斋戒祈祷中，箍八木桥破碎；
二十九日，北野御灵向西飞去，御殿门户自开。
除了这些神鬼怪异的传说外，伏见宫贞成亲王还记录了京都各寺院受命祈祷，以及九州过来的军事传闻：
六月二十九日，大内氏年轻侍从从海上出击，神灵在军中展现祥瑞。
七月二十日，传闻唐人已到萨摩地方，同当地领主交战，双方互有死伤，唐人中有勇武之人貌似鬼神，无法用人力继续抵抗。同时，传回大内氏浮海而来的外国船有八万余艘的报告。
八月六日九州探题的得胜战报送往京都，天下大庆。
接着伏见宫贞成亲王在八月十一日记录了来自九州的报告：
六月二十六日，唐人入侵对马，少贰、大友、菊池各氏在对马迎击，大败唐人，生擒唐人大将二人；之后神风突起，唐船破碎沉于大海者约二万五千艘，现俘虏的唐人大将带至兵库。
八月十三日，伏见宫贞成亲王抄写了八月六日被送至京都的战报。战报写于七月十五日，内容如下：
“诚惶诚恐报告，六月二十日，蒙古、高丽联军向对马蜂拥而来，并占领了该岛。少贰氏军队虽不失时机的日夜奋战，但敌我双方战死者都很多，双方僵持不下。于是督九国军队前往抗敌，斩杀外国军兵三千七百余人。敌人的军舰虽有一千三百余艘，但神明庇佑，情况发生神奇的变化。雷声隆隆，天降冰雹，敌兵冷的双手冻僵，被淹死的人不可数计。有一个像是女人的大将力气很大，冲上蒙古船后，把船上的三百多人丢入海中，我军大获全胜，大将以下皆被斩杀，剩余七人押送京都。七月二日，敌船全部撤退，真乃神明之威力。”
这些明显抄袭元寇袭来的神鬼显灵、神风、女性将领（天照大神、神功皇后）乃至九州探题近乎神话小说一般的战报，跟实际上的李朝军队行动可谓谬之千里。不过就算这样荒谬的传闻，也被日本人深信不疑。可以看出日本上下，对于大陆而来的外国军队入侵行为，仍然笼罩在元寇袭来的恐怖后遗症之中。“唯有神佑日本，而非人力所能抗衡”成为当日本人的“救命稻草”。
十一月，在“神佑之国再次战胜外敌”的喜悦和外敌入侵的恐惧双重影响下，忐忑不安的室町将军，以无涯亮倪为正使，陈外郎之子平方吉为副使，出使李朝。朝鲜在“己亥东征”之时，为意图真正占领对马，以彻底解决倭寇问题。于是将对马俘获的倭寇留置，而九州出身的日本人则送回日本。九州探题涩川满赖对此感到忧虑，于是派遣博多禅僧宗金前往京都，探听室町幕府的意向。此时少贰氏的报告也抵达京都。为弄清李氏朝鲜的真正意图，此次出使也有九州探题的涩川满赖的使者同行。这批人带着倭寇进攻庇仁县事件和己亥东征中被俘获的朝鲜士兵，以要求《大藏经》七千卷的名义到达李朝，以探查此次战争的具体经过。
无涯亮倪一行人与十二月十七日，向朝鲜国王递交了足利义持的文书。但是文书并不是以日本国王的名义写的。足利义持弃用明朝册封的日本国王，而是用日本国源义持自称。这引起了李朝的疑惑，为搞清楚日本现在究竟是什么情况，在无涯亮倪归国，朝鲜派出回礼使仁宁府少尹宋希璟同行。携带《大藏经》一部、马鞍一套缘具齐全、麻布、苎布、緜紬各一十匹、松子五百斤、人参、五味子各五十觔、蜂蜜十五斗、豹皮五领、杂彩花席一十张、满花方席一十张、斜皮一十张，前往日本。
次年（1419年）二月，宋希璟抵达对马岛，了解到当时对马给李朝的回文根本是一纸空文，年幼的岛主宗贞盛只是个被架空的傀儡，实权依旧在倭寇首领早田左卫门大郎手中。宋希璟在对马受到了冷遇。早田氏直接推翻前几次的对马使节文书，拒不承认，并拉出少贰氏，如李朝意图占据对马，少贰氏将对李朝宣战。而且还警告宋希璟，如果归还被俘虏的对马藤次郎、三未三甫罗，则永享太平。言下之意，如不归还被俘倭寇，对马还将继续入寇朝鲜半岛。李朝在得知对马态度之后，在巨济岛集结军舰，并将此次军事威慑行动告知日本九州。
宋希璟于四月到达日本京都附近后，笼罩在元寇袭来阴影下的日本人，愈加色厉内荏。日本人用对待囚犯的态度来接待了朝鲜国使节，宋希璟在距离京都三十里的深修庵被关了起来。随后日本人以朝鲜使用中国年号，而非日本年号为由，拒绝让朝鲜使节进入京都。日本人的理由是：我们是神国人，自有神明庇佑，做什么都是合理的！不过在通事魏天（中国人）和博多禅僧宗金等人的努力下，宋希璟于十月回到朝鲜。
通过朝鲜使节在日本的活动，朝鲜首先知道了当时室町幕府认为明朝和朝鲜将联军进攻日本，然后得知日本国情与东亚大陆其他国家不一样。“日本国王”（足利义持）没有体面的居所，整个国家没有政府仓储，有事则命令富人出资。国王的政令只能在首都附近地区通行，其他土地则被强藩瓜分。国王是否能够行事，只在于这些人也就听与不听而已。同时也得知了日本西部各大名对朝鲜的态度：九州探题对朝鲜态度真诚友好；筑前州和壹岐岛均对朝鲜有怨言；少贰氏则威胁报复朝鲜，威胁请命领兵船二三百艘，攻破朝鲜沿海郡县；对马则要求尽快放回被俘对马岛人。
鉴于使节的报告，朝鲜改变了对日传统外交方针，不再继续把室町将军作为主要外交对象，而把外交中心转移到日本西部大名。朝鲜发现，与政令不出京都的所谓“日本国王”进行外交，不但要忍受其自大的歧视政策，而且对禁倭并无多少正面因素。还不如跟倭寇出发地的日本西部大名打好关系。
十年后去日本的通信使朴瑞生，对此也有相同的意见：“跟御所（室町将军）保持良好关系，一般来说是跟邻国的外交要素，但是对于日本来说，这样做对禁倭效果不大。今后朝鲜除非不得已的提交国书之外，没有必要再去跟名不副实的日本国王见面了。交好大内氏、宗氏等能掌控地方的大名，对禁止倭寇比去找国王更加有效”。
随着李朝改变外交对象后，与李朝交好的大名在对朝贸易中获得了高额的利。为了高额的利润，如宗氏等还主动搜捕继续活跃的倭寇送至朝鲜，以交好朝鲜来维持贸易关系。在李朝数十年的软硬兼施之下，朝鲜半岛在元末持续至明初的早期倭寇，终于得到了平息。此后直到16世纪中期，朝鲜仅有倭寇零星记录，再无大规模倭寇活动记录。
不过我们之前曾提到，对马倭寇中有一支去袭扰中国辽东半岛的船队。其实再次之前，日本倭寇对于中华帝国的试探也早就开始了。只不过不常被提及罢了。
