14世纪初到15世纪初
在 南宋灭亡前夕，蒙元使节几次到达日本，但是均未能和日本建立外交关系。随着两次蒙古东征和南宋的灭亡，本来相当繁茂的中国和日本的海上贸易也变得沉寂起来。蒙古东征失败后，元朝采取了防御日本海寇和武装商人的政策。管理海上贸易事务的市舶司制度开始发生变化，贸易统治日见严厉。私人出海贸易被禁止，出入的内外船舶必须持有朝廷发给的公凭（许可证）。持有这种渡海证明书的人才被允许进行海上贸易，并对船只载货内容核查，按数量进行课税。这些规定对日本船执行的尤为严厉。一开始禁止日本船进入中国，随着忽必烈死去后的对日政策改变，元英宗至治二年（1322年），庆元（宋代明州、现宁波市）市舶司重新开放后，才有日本船抵达中国。而明代的勘合贸易制度，便是在元朝的公凭制度下发展而来的。
在这样的情况下，日本与元朝的贸易是打着修建佛寺的名义来进行的，因此这些船又被统称为寺社造营料唐船，并按寺庙名称命名。如泰定二年（1325年）开往元朝，次年归国，以建造建长寺为名的建长寺船；泰定五年（1328年）以建造关东大佛为名派遣的关东大佛船；至顺三年（1332年）以建造住吉神社为名义的住吉神社船，至正元年（1341年）以建造天龙寺船为名的天龙寺船。还有一些其他名义的如朱元璋吴元年（1367年），以营造医生但马入道道仙的疗病院而派遣的疗病院船等等。这些受镰仓或室町幕府许可而派遣，打着各色各样名义的遣唐（中国）船，实际的本质内容都是贸易船。如前文所述由镰仓幕府北条氏派遣，堆积了巨量瓷器、铜币和香料的韩国新安冲沉船。在镰仓灭亡后，继任的室町幕府也执行了这项利润巨大的官营海贸活动。其中至正元年（1341年）天龙寺船，便是室町幕府将军足利尊氏的弟弟足利直义许可的。但是这些船并不就是只有一条船，像天龙寺船便是天龙寺梦窗疏石派遣的两条商船。出发前为保证盈利，梦窗疏石向足利直义推荐了至本为纲司（船长），而至本则保证归航后无论船队盈利与否，都向天龙寺缴纳铜钱五千贯。室町幕府甚至派遣军队，担任航行中的警备任务，防止海盗船掠夺，这些也是要收取费用的。做生意的当然不会为了亏本而冒着生命危险远航，所以这两条天龙寺船的利润当远超五千贯。
中日贸易当时是以佛教文化交流的名义进行，很多日本著名僧侣跟着这些寺社造营料唐船来到中国。而日本当时引领文化风潮的，正是这些学识僧。当这些和尚回国后，带回中国大陆先进的文化、技术、物品，将本来已经在宋朝—日本贸易中，风靡日本上层的唐风进一步普及开来，造成了日本舶来品的泛滥。
早期倭寇因为技术条件的限制，远航中国远比去朝鲜困难。大型远洋船只日本还无法建造，如寺社造营料唐船按出土文物分析，是由中国而非日本建造的。因此，早期倭寇对中国大陆的袭击，并不如朝鲜半岛那样疯狂和残暴。再加上由于元代史料的散失，所以在元末活动的倭寇记录并不多，而且成分上有很大的不同。但是参考明初的记录来推测的话，元代的倭寇，也应当颇为活跃。
以元史所记，元世祖至元二十九年（1292年）日本商船航行至四明港要求贸易，因搜查中发现船中藏有武器。当时元朝和日本还未结束战争状态，距离第二次蒙古东征也仅仅十一年。为防备日本可能袭扰中国沿海，元朝设立了都元帅府，以增强海防。这是元代最早的为防备日本武装船只的记录。随后元成宗大德八年（1304年），元朝以防备倭船的名义，在定海路设立了千户所。武宗至大元年（1308年），在庆元进行贸易的日本商船，因为元朝官员的态度不好，于是在庆元进行了抢掠。为此，元朝加强了庆元、台州等地的沿海军备。
这些记录中的备倭措施和倭船活动，与朝鲜“庚寅以来倭寇”有着明显的不同。首先，在时间上，这些倭寇的活动与高丽忠定王二年（1350年）开始的倭寇活动，相差了接近五十年。其次，这些倭寇的活动场所仅限于有市舶司的庆元等港口城市。因此这些所谓的倭寇并非“庚寅以来倭寇”的早期活动那样，是以政府发出命令，由军队去执行的军事行为。而是个人、商团在通商并不顺利的时候，使用武力来多少达到目的的个人冲突。其目标也是针对元朝的官员，而并非粮仓和平民。但是这种“如果不能和平解决，我便拔刀砍人”的半商人半海盗的行为，可以说是跟朝鲜半岛上“庚寅以来倭寇”，并没有本质区别。
当14世纪中叶朝鲜倭乱爆发之后，在山东活动的倭寇跟与14世纪初期的武装倭商已经有了明显不同，其行为模式则明显与朝鲜“庚寅以来倭寇”保持高度一致。据元史所载，自从元顺帝十八年以来，倭人已经连年入侵沿海城镇。元顺帝二十三年（1363年），倭人进攻蓬州，被守将刘暹击退，沿海才稍微平息。从时间和地点来看，把元末山东的倭寇，看作在朝鲜半岛活动的倭寇范围扩大化的产物，是没有什么问题的。
明帝国重建朝贡与海防体系
蓬州倭寇入侵事件后的1368年，明太祖朱元璋在南京登基，改国号为大明，年号洪武。以“驱除鞑虏，恢复中华”为使命的明太祖朱元璋，一心重新建立中华帝国的天下共主地位，确立四夷臣属华夏的朝贡体系。即建立东亚、中亚、东南亚等地区的，以中国为中心的国际秩序。而对海外诸国的交通来说，倭寇活动成了困扰这个国际秩序建立的绊脚石。
查阅《明实录》，明太祖朱元璋在位的三十一年中，几乎每年都与倭寇活动的记录。对比朝鲜的“庚寅以来倭寇”，可以发现这样一个情况，当朝鲜受倭寇袭击的次数多时，明朝受到的袭击就少；当明朝受到袭击多的时候，朝鲜受到的袭击就少。而倭寇在中国的活动范围主要集中在接近朝鲜的山东半岛沿海地区，其次为江苏、浙江，最远到达广东。这些倭寇的行为和在朝鲜半岛一样，主要登陆袭击沿海居民和掠夺粮草。
不过，洪武年的海上入寇行为，并非以日本人为主，多为元末战争中的残军。张士诚和方国珍在与明太祖争夺天下失败后，其部分余部，则在明朝建立后为躲避明军打击而逃窜沿海。部分日本南朝恶党也参与进来，这些残兵败将合而为一，在中国沿海劫掠人口、粮食，以期可以继续苟延残喘。“张士诚、方国珍余党导倭寇出没海上，焚民居，掠货财，北自辽海、山东，南抵闽、浙、东粤，滨海之区无岁不被其害。”“国初，既降张士诚，灭方国珍，其余烬亡入海者，每诱岛倭入掠。”
如《明太祖实录》吴元年（1367年）四月，上海人钱鹤皋，勾结张士诚故元帅府副使韩复春、施仁济，聚众至三万人，攻打沿海州县，剽掠财物。洪武六年，张汝厚、林福等人在海上自称元帅，聚众反明。这帮人在转战沿海千里，一度给明朝带来了很大的损失。当其被赶到越南而全军覆没后，占城军队仅苏木就缴获了七万斤。
虽然海寇和倭寇互相勾结，在中国沿海袭扰不断，但是因为洪武年间，北元在蒙古高原仍对中国虎视眈眈，明朝的战略重心仍在北方陆地边境，加之国内长年战乱，百废待兴，社会秩序未定，而元朝两次东征失败，也使得明太祖对主动进攻日本持谨慎态度。因此，与北方主动出击相比，对倭寇的应对则以防御为主。明太祖朱元璋为防张士诚、方国珍等余党，开始逐渐实施海禁。洪武三年（1370年），明政府罢太仓黄渡市舶司。洪武七年（1374年），下令撤销自唐朝以来就存在的负责海外贸易的福建泉州、浙江明州（今宁波）、广东广州三个市舶司，只允许周边国家到中国进行朝贡贸易。洪武十四年（1381年），明太祖以倭寇仍不收敛，又下令禁止濒海居民私通海外诸国。洪武二十三年（1390年），明太祖再次发布禁外藩交通令。洪武二十七年（1394年），为彻底取缔海外贸易，又一律禁止民间使用及买卖舶来的番香、番货等。洪武三十年（1397年），再次发布命令，禁止中国人下海通番。
海禁政策的颁布，主要是严禁沿海居民擅自下海与“外番”私自贸易，以维护国家安全。明朝对于外国来华贸易的船只，为方便管理，以及防止海盗和走私船趁机混入，又制定了朝贡贸易制度，即勘合贸易。在海禁政策下，一般的沿海居民被限制下海与外界来往，使得由海上而来的中国的贸易的外国船只，必须遵循由中国建立的朝贡体系下的勘合贸易制度，才有和中国做生意的机会。对于海禁政策来说，朝贡贸易制度将潜在的不安定因素，掌握在中国严密的控制之下，成为明朝对外政策的一个有机组成部分。就明朝自开国以来，海盗与倭寇对中国沿海不断进攻的严峻形势，明太祖的海禁政策，本身是明初国防建设中无可指摘的一部分。
明太祖在即位初期，在军事打击倭寇的同时，也曾试图使用外交手段来解决元末以来的倭寇问题。明朝建立后，即向周边国家通告王朝建立，要求周边已知国家对中国进行朝贡，其中包括了日本。虽然现在对朝贡多有抨击，但是在近现代欧洲制定的国际外交秩序普及之前，朝贡是亚洲国际外交关系之中，各国表示对中国制定的外交秩序的承认和服从，同时也是中国对其他国家开放国际贸易的许可。
洪武元年（1368年）十一月，明太祖向日本派遣了第一次使节。但是使者在日本五岛附近被倭寇所杀，通告日本明朝建立的诏书被投入水中。随即明太祖再次派出杨载一行出使日本。对日的此次诏书通告主要有三点内容：第一，通告日本明朝建立，要求日本朝贡。第二，通告日本倭寇为害中国，要求日本国王奉表入贡，如果不肯臣属，则自行警备国土，镇压倭寇。第三，如果日本继续放任倭寇为害中国，则明朝将出兵讨伐日本。杨载一行在九州登陆，向当时在大宰府的南朝征西将军怀良亲王呈递了诏书。不过怀良亲王在收到诏书后杀死了使节团七人中的五人，并囚禁张载等人达三月之久才放回中国。
洪武三年（1370年），明太祖第三次派遣使节，使节是山东莱州府同知赵秩。诏书内容跟前一次大同小异，不过提及了高丽、安南、占城、爪哇、西洋琐里等国，已经顺应天命，称臣入贡。因为在第二次张载出使时，南朝辩称倭寇并非其指示后，因此此次诏书对南朝的指责略有缓和，并送还了明朝擒获的十五名僧侣。加上南朝也需要明朝的承认来维持其对国内的正统性，因此征西将军府回应了明朝的传诏、日本南朝于洪武四年（1371年），派遣僧侣祖来等九人前往明朝贡送马匹和土特产，同时送还被倭寇掳掠至九州的七十余名中国人。
赵秩归国后，明太祖急于了解日本的现况。当时有日本留学僧椿庭海夀在南京天界寺挂锡，明太祖特招其至奉天殿，询问有关日本的情况。此时明朝才了解到，怀良亲王并非日本国王，日本处于南北朝分裂内战期，除怀良亲王外，在京都尚有持明天皇。因此，明太祖想改为同北朝交涉，所以命令祖阐、克勤等八名和尚送日本祖来和尚归国，希望能够借助日本国内极其崇拜佛教的国情，通过僧侣之间的互动，来达到与北朝交通的目的。
当祖阐等人携带册封诏书、大统历和文绮纱罗，与洪武五年（1372年）五月出发时，日本的政局发生了重大变化。南朝征西府所在地大宰府被今川了俊攻陷，等祖阐等到达博多时，该地已为北朝所有。先前作为对明交涉对象的怀良亲王与菊池武光一起，固守高良山去了。祖阐等人被扣留在博多圣福寺一百多天，之后于次年的六月，抵达北朝控制下的京都，与室町幕府接触，并在京都逗留了两个月。足利义满遣宣闻溪、净业、喜春等人与明使同行至明朝，向明太祖进贡马匹方物。但对日本国内局势已有了解的明太祖，认为足利义满一非国王，二无表文，三以臣下身份擅使国家权力与中国外交，拒绝接受足利义满的进贡。鉴于北朝持明天皇已经被足利义满架空，因此明太祖视仍有一定权力的怀良亲王为日本正统，不再与北朝继续交涉。
在经过屡次的接触之后，明朝了解到日本南朝利用倭寇来对付北朝，并为其掠夺财富，以作为其军费的主要来源。日本南朝对于倭寇袭扰中国沿海的问题，并不肯在实际行动中加以禁绝。因此明太祖也恢复了最初的严厉口气，诏书中警告怀良亲王，中国至日本，顺风扬帆仅用五天。于是，双方的交涉在洪武九年（1376年）之后达到了低谷。之后，日本以怀良亲王的名义于洪武十二年（1379年）五月和洪武十三年（1380年）五月两次入贡，但这两次入贡均无表文。怀良亲王本人也已于1374年在隈部城将征西将军职位让给了良成亲王。而1379年和1380年，今川仲秋正忙于进攻征西府隈部城所在肥后地区，以及进行菊池十八外城包围战，因此这两次入贡绝非怀良亲王所派遣。在明太祖拒绝了日本的两次所谓贡使之后，洪武十四年（1381年）所谓日本国王怀良的使节，第三次来到南京进贡。明太祖第三次拒绝了这次入贡，并倭寇继续入侵中国沿海为由，表达了准备讨伐日本的决议。
这次的警告引发了中日交往史上赫赫有名的《日本国王怀良回书》，全文如下：“臣闻三皇立极，五帝禅宗，惟中华之有主，岂夷狄而无君。乾坤浩荡，非一主之独权，宇宙宽洪，作诸邦以分守。盖天下者，乃天下之天下，非一人之天下也。臣居远弱之倭，褊小之国，城池不满六十，封疆不足三千，尚存知足之心。陛下作中华之主，为万乘之君，城池数千余，封疆百万里，犹有不足之心，常起灭绝之意。夫天发杀机，移星换宿。地发杀机，龙蛇走陆。人发杀机，天地反复。昔尧、舜有德，四海来宾。汤、武施仁，八方奉贡。臣闻天朝有兴战之策，小邦亦有御敌之图。论文有孔孟道德之文章，论武有孙吴韬略之兵法。又闻陛下选股肱之将，起精锐之师，来侵臣境。水泽之地，山海之洲，自有其备，岂肯跪途而奉之乎？顺之未必其生，逆之未必其死。相逢贺兰山前，聊以博戏，臣何惧哉。倘君胜臣负，且满上国之意。设臣胜君负，反作小邦之差。自古讲和为上，罢战为强，免生灵之涂炭，拯黎庶之艰辛。特遣使臣，敬叩丹陛，惟上国图之。”
这封不知道那里来的信可以说是对明太祖朱元璋的一次严重挑衅。不过，这个挑衅显然不是日本国王怀良所发。洪武十四年的时候，征西府隈部城已经被日本北朝军队攻陷。时任征西将军、即日本国王职位问良成亲王已经逃进了金峰山，当然不可能接到明太祖的诏书。当时最有可能收到明太祖诏书的是当时的九州探题今川了俊，其次是曾于1374年派遣伪使冒充日本国王怀良的岛津氏。这两方如果以日本国王怀良名义写信，即使写的再嚣张，事后也不会找到他们头上。所以所谓扬日本国威的国书，其实是一封连自己真名都不敢留的匿名信，其目的也是为了栽赃别人。而收到回执的明太祖虽然极其不满，但是鉴于蒙元两次东征的失败，仍未远征日本。
一开始的外交努力失败后，明太祖开始转而加强沿海防御。在罢太仓黄渡市舶司的洪武三年（1370年），明朝正式成立了水军。以水军二十四卫，每卫船五十艘，军士三百五十人来看，拥有一千二百条船只规模的水军应该军容盛大。但是平均下来，一条船仅有七人维持，可见这时的明水军船只并不大。这样的船在河川上或许会有作用，但是用于海防，能起到的作用颇令人怀疑。同年六月，倭寇进攻福建沿海郡县，福州卫出军捕获倭船十三艘，俘获倭寇三百余人。以平均数来算，每条船上有二十余名倭寇，这个数量跟朝鲜方面的记录吻合。可见乘员仅七人的明朝沿海水军战船，在防御倭寇方面，显得极为吃力。
朱元璋在洪武四年（1371年）颁布禁海令之后，考虑到明朝水军的船只少而小，在倭寇袭扰中往往不能追敌，于是在次年（1372年）下诏浙江、福建九个沿海卫所建造海船六百六十艘，同时将原有船只改造成多橹快船，以防备倭寇。洪武六年（1373年），德庆侯廖永忠上书，建议多造多橹快船，平常在沿海巡逻，以备不测。倘若倭寇袭击，则用大船冲击，快船追敌。明太祖对这个建议也非赞赏，同年三月，下诏广洋卫指挥使和横海为指挥使为正副总兵官，出海巡逻，防备倭寇。这种出海巡逻，御敌海上的政策，开始逐渐在地方上推广开来，而明代海防体系，也借此有了大致雏形。但是这个雏形因为明太祖寄希望于外交，而仅仅只是一个雏形。当洪武十六年（1383年），与日本的交涉正式宣告失败，屡次要求日本禁倭反倒被日本推诿羞辱之后，明太祖意识到，只是靠言语让倭寇不再为寇是不现实的，要打到倭寇不敢为寇，才是解决问题的办法。于是明太祖把倭寇防御政策重心由外交向海防建设倾斜。明帝国的海防架构，才真正快速构建起来。
洪武十七年（1384年），明太祖命令汤和巡视东南沿海，筹划建设海防，汤和则向明太祖推荐了原方国珍的儿子方鸣谦。在回答明太祖的御倭政策中，方鸣谦回答：“倭海上来，则海上御之耳，请量地远近置卫所，陆聚兵，水具战舰，错置其间，俾倭不得入，入亦不得传岸，则可制矣。”在明太祖与方鸣谦的问答中，有明一代的海防建设的规划被正式确定下来。即沿海可登陆地点修筑堡垒要塞，使一切可以大规模登陆的地点均有士兵驻守。同时，用战舰在沿海守备据点之间巡逻交错，使得倭寇不能轻易从海上靠近陆地。即便靠近陆地，也被堡垒和驻军所阻，不能再构成危害。
汤和按照方鸣谦的建议，在浙江西部沿海修筑城池五十九座，设立备倭行都指挥使司。从当地每户有四个男丁的居民家庭中，抽一名青壮年为兵，一共抽兵五万八千七百人，分驻沿海各地。到了洪武二十年（1387年），汤和完成浙江西部沿海防务后，又以浙西海防建设为例，派遣江夏侯周德兴前往福建，重新规划沿海卫所防御。福建共新修城池一十六座，增设巡检司四十五个，水寨五座，募兵一万五千余人，构成了严密的水、陆防御体系。广东则在洪武十七年开始，新增沿海卫所并修筑烽火台，以防备倭寇。至洪武二十三年，明太祖下诏沿海卫所和巡检司，每百户办置战舰两艘，在海上巡捕盗贼。至此，东南沿海的防御设施基本构建完成。
以上的防御架构，组成了海上和陆地两道防线。海上由明朝水军驾驶军舰在海上来往巡逻，遇到倭寇入侵，则歼敌与海上，使其不能靠近岸边。如有遗漏，当倭寇近岸之时，由沿海烽火台探知，举火报警，一层层传达至巡检司及卫所，再由卫所规划防御，灭倭于登岸之时。这样，从巡逻船队—水寨—烽火台—巡检司—卫所，构成了一个严密的纵深防御体系。明代的海防建设，在洪武末年大致完成。这个防御体制相当成功，以后有明一代的海上入侵抵御政策，也都大致以洪武末年的规划标准进行。
◎ 足利义满画像（京都金阁寺藏）
洪武十九年（1386年）“林贤通倭案”爆发。虽说这件案子明显是针对林贤的冤假错案，但是日本僧人如瑤和武装人员毕竟确实参与了其中。本身对倭寇入侵极为关注的明太祖将僧人如瑤流放到云南，并与日本断绝了外交关系。其实在明太祖在位期间，一直奉行比较强硬的对倭政策。
早在洪武五年，明太祖在当时了解清楚日本国情之后，明白北朝室町幕府征夷大将军足利义满，不过是持明天皇的陪臣。在以君臣大义名分为基准下的政治外交中，足利义满想以天皇陪臣身份的对明外交，自然会被明太祖一直拒绝。随着明太祖朱元璋的病逝，建文帝皇帝在削藩过程中和他的四叔朱棣爆发了战争，即靖难之役。在皇位争夺战中的双方，在外交上都需要外国的承认来证明自己顺应天命。足利义满则抓住这个良机，与建文三年，向明朝派遣使节。
建文三年足利义满致明朝的国书，是由公家东坊城秀长起草，世尊寺行眷写的。国书以日本国准三后道义名义，遵循古法，上书大明皇帝陛下。使节为祖阿、肥富通好等人。贡品为黄金一千两，马十匹，薄样千贴，扇百本，屏风三双，铠一领、筒丸一领，剑十腰，刀一柄，砚箱一合，文台一个，并带上了一批所谓飘寄海岛的中国人，将其送回中国。
鉴于早期对明派遣使节的失败原因，足利义满很用心的避开了可能引起拒绝的一切不利因素。此时足利义满已经将征夷大将军的职位让给了自己的儿子足利义持，辞去了律令官制中最高官位的太政大臣，出家为僧，法号道义，这就是其国书中自称准三后道义中道义的由来。而准三后也不是什么官职，而是指按照三宫即太皇太后宫、皇太后宫、皇后宫享受优待，准三后道义的含义就是受皇室待遇的道义和尚。足利义满用这样的称号，完全撇开了天皇臣下的身份，而遵循古法，则是表达其已经是能够代表日本国行使外交权力。正副使祖阿、肥富，则是，做僧侣打扮的同朋众（服侍将军左右，担任艺术、茶道、杂物等工作）。这次出使的发起者足利义满和使节团成员，在当时的身份即非公家，也非武家，完全避开了以前洪武时期拒绝足利入贡的理由。所谓的飘寄海岛的中国人，实际上也就是在倭寇袭扰中被掳掠的中国人。送还被掳中国人，也是明显讨好中国的行为。这样使得日本使节终于可以正式的面见明朝皇帝，而非以往的连见都不准见。
次年八月，明朝使节随祖阿一行前往日本宣诏。足利义满特地到兵库迎接明使，并于北山第与明使接洽。当时书写诏书的是建文皇帝，诏书中封足利义满为日本国王，并颁发明代历法大统历，以示日本成为中国臣属。在明使停留日本期间，明成祖即位的消息流传到了日本。永乐元年（1403年），足利义满以天龙寺坚中圭密为正使，与回国的明使同行，至明朝朝贡。为以防万一，足利义满准备了两份表文，一份是给建文帝的，一份是给永乐帝的。这样到时候不论谁当皇帝，都可以立马呈上表文。这次的准备可谓充分，给永乐的表文开头就是“日本国王臣源表”，恭祝永乐皇帝朱棣即位。
◎ 明成祖朱棣像（北京故宫博物院馆藏）
日本的称臣纳贡，代表着长期以来游离中国势力范围外的日本，正式承认了中国制定的外交准则，进入了以中国为中心的亚洲朝贡体系内。而通过战争夺得皇位的明成祖，迫切需要外国的臣属来在政治上证明自己的合法性。足利义满的入贡和恭贺即位让朱棣很是舒服，永乐帝在热烈的款待了称臣纳贡的日本使节后，派遣赵居任与坚中圭密同行去日本。明使在永乐二年抵达日本，带去了侍奉丰厚的封赏。据说明成祖赐给足利义满的“日本国王之印”的金印，重到两手都拿不起来。当然基本上是夸张的说法，但是仍可见永乐的赏赐之丰厚。
◎ 因战乱金印丢失后，大内氏“日本国王之印”模造木制伪印（毛利博物馆藏）
确立了朝贡关系，也就意味着官方的勘合贸易可以正式进行了。勘合贸易中，除开必要的使节外，其他成员均为贸易商人。室町幕府将军掌握着遣明船的许可证，也就是称臣纳贡后由中国发给的到港许可堪合。由将军向下发放堪合，即将对明贸易的经营权下放到幕府对外的经营主体。这个经营主体在第一次到第八次遣明船时期，是由幕府直接经营的船只，堪合由幕府直接发放给船主。从第九次遣明船开始，地方势力强大的守护大名和寺社，也参与朝贡贸易来跟室町幕府将军分一杯羹。此后堪合就不再由幕府直接发放给船主，而是发给守护大名和寺社，由幕府、守护大名、寺社三方共同参与。但是有时幕府并未派船，而是大名和寺社来组织。其中在第十三次朝贡贸易时，堺港商人也从以往的搭乘幕府、大名和寺社的船只中独立，成为新的经营主体而承包了整条遣明船。
遣明船耗资巨大，幕府在发放堪合时，要收取三百贯的堪合礼钱，实际上就是把明朝发给的堪合，以三百贯一枚的价格卖给前往中国的各方势力。船只费用可以参考《大乘院寺社杂事记》的资金募集情况。在1434年，遣明船渡海时，船主楠叶西忍的费用列表如下：船只往返一次的租金为三百贯；船只修理、船上用具制作购买费用为三百贯；船员四十人，往返工资一共为四百贯；粮食、饮水、常备药品费用为五百贯，合计一千五百贯。大乘院寺社根本无力单独支付这份数额巨大的支出，实际由十三个社共同负担的，每个社出资约一百二十贯。大乘院为筹集这次遣明船的费用，在寺社所属庄园征收“渡唐反钱”，甚至引发了农民暴动。
“渡唐反钱”是为筹办遣明船而向农民强迫摊派的临时税，以“反”（一反约为992平方米）为面积单位进行征收。而大乘院和一乘院所属寺领，仅在大和地区就有庄园三百余所，土地面积一千七百七十七町，合一万七千七百七十反。按三百来算，每一个庄园大约有六十反。虽然不知道具体的收费数额，但是有四十八所庄园因为“渡唐反钱”而引发暴动，可见当时遣明船的支出费用对于日本来说是相当巨大的。因此除开向农民摊派外，还向搭乘遣明船的商人收取乘船费用和货物运费。成化四年的《戊子入明记》中，幕府方的一号公方船上搭乘了二十六名商人，每一名商人由幕府收取二十贯的乘船费，搭乘的货物一驮（一驮三十六贯，合135kg）收取十二贯作为货运费。
在如此高额的成本下仍要进行朝贡贸易，必然意味着更加高额的收益。曾经以逼反农民为代价仍要派出遣唐船的大乘院，在后来的明弘治九年、明应五年（1496年）四月二十八日，记录遣明船归航的盛况：遣明船三艘今年回到日本，归国时船上的中国商品如果在日本售出，可以得到三到四倍的利润，三艘船的全部货品可以获得四万贯以上的收益。这样换算下来，此次遣明船的单船收益在一万贯以上。综合天龙寺造营料唐船的五千贯抽分钱，和永正年度遣唐船堺港商人四千贯的抽分和堪合礼钱等数据进行考量。15世纪末期到16世纪初期，每一条遣唐船的利润是其成本的大约2.5倍，约为二万五千贯。而15世纪初期即便少于二万五千，单船利润也当超过一万贯。
◎ 堪合料纸印记（妙智院藏）
对大乘院“渡唐反钱”而引发的暴动，我们可以细算一下遣明船当时的利润在日本是何种概念。遣明船本身的费用和堪合礼钱，合计为一千八百贯，假设这个费用全部由大乘院出资，而且只收取引起暴动的四十八所庄园里，那么每座庄园的收取费用为37.5贯。以平均一座庄园约六十反的面积来说，一反收取0.625贯的费用。这个费用相比遣唐船的利润来说，微不足道，然而已经逼得农民冒着被杀的危险发起了暴动。可见这个费用的购买力在当时的日本已经相当可观。而以一万贯的利润来算0.625贯一反，那么就是一万六千反，合计约为二百六十六座庄园。可见遣明船对当时日本社会来说，根本是一座浮在海面上的金山。
但是这座金山在一开始，只有对中国称臣的日本国王足利义满一家才有资格享用。而当时的日本社会状态，这个日本国王根本无法掌控地方豪强。眼红朝贡贸易巨额利润的大名，只能换一种方法来获得中国商品，那就是在南北朝时代就已经玩得很熟练的海寇行为。因此在永乐年间，倭寇的入侵规模和方式，较洪武年间发生了变化。如果换个说法，那就是永乐在外交上的胜利，反而刺激了倭寇的规模扩大化和劫掠对象的变化。
望海堝大捷
永乐二年，倭寇劫掠浙江穿山千户所，又于“大谢、桃渚、赤坎寨、胡家港诸处海寇登岸，杀掠军民”。
永乐四年，“倭寇威海卫。指挥扈宁力守三日，都督统兵来援，始退”
永乐六年，“倭寇成山卫，掠白峰头、罗山寨，登大嵩卫之草岛嘴，又犯鳌山卫之羊山寨、于家庄寨，杀百户王辅、李茂。不逾月，寇桃花兰寨，杀百户周盘。郡城、沙门岛一带抄掠殆尽”。
永乐七年正月，“倭寇犯东海千户所，退依鹰游山”。
永乐八年，“倭寇攻破大金、定海二千户所，福州罗源等县，杀伤军民，劫掠人口及军器粮储……遂乘势攻围平海卫城池。指挥王儁督战，百户缪真等战死。自辰至戌，贼始退散”
永乐十一年正月，“倭贼三千余人寇昌国卫爵溪千户所，攻城。城上矢石击之，贼死伤者众，遂退走至楚门千户所。备倭指挥佥事周荣率兵追之，贼被杀及溺死者无算”。
永乐十三年七月初四，“倭贼入旅顺口，尽收天妃娘娘殿宝物，杀伤二万余人，掳掠一百五十余人，尽焚登州战舰而归”。
永乐十四年五月，直隶金山卫奏：“有倭船三十余艘，倭寇约三千余在海往来。”六月，登州卫奏：“有贼船三十三艘泊靖海卫杨村岛。”
永乐十五年六月，下西洋宦官张谦等一百六十余名官兵在浙江金乡卫沿海猝遇倭寇，“贼可四千，鏖战二十余合，大败贼徒，杀死无算，余众遁去”。
永乐十六年五月，金山卫奏称“有倭舡百艘，贼七千余人，攻城劫掠”，“敕海道捕倭都指挥谷祥、张翥，令以兵策应。又令各卫所固守城池，贼至勿轻出战，有机可乘，亦不可失。务出万全”。
从上述例子可以看出，永乐朝的倭寇与元末以及洪武时期的倭寇相比，有三个明显的变化。一是规模明显增加。记载有来袭倭寇的数量都在千人以上，少则三千，多则七千余。永乐四年那次虽然没有记载倭寇数量，但从威海卫下辖三个千户所，且有坚固城池的情况下，倭寇仍然连攻三天可以推测，来袭倭寇的数量必然不会少。二是来袭倭寇改变了以往游击式的袭扰方式。有不少例子都是倭寇正面进攻沿海卫所，而且都给沿海明军造成较大伤亡，其中大金、定海等千户所更是直接被攻破。这说明倭寇具有较为严密的组织，是可以发动大规模攻坚战役的武装集团，从朱棣下令沿海“各卫所固守城池，贼至勿轻出战”从洪武年要求主动出击，到永乐不要轻易出城来看，明朝对永乐以来倭寇的战斗力有较高评价。这些明显不可能是已经灭亡的日本南朝残兵可以发起的。三是袭扰对象开始南移，元末明初，倭寇扰华主要发生在山东、辽东等北方沿海，而在永乐朝，倭寇袭扰地区较多出现在浙江等东南沿海。而江浙地区在明代是经济最为发达的地区，本身粮食要依靠外省转运。这代表永乐时代的倭寇，已经从元末以来的求粮为主而变为求财为主。
永乐十四年，朝鲜内部就客倭所携带的商品产地问题，展开了一次讨论，“倭使所进，若非其国所产，勿受。谓是必盗窃上国之物也”，“启日本客人及兴利倭人所卖中国物色勿许贸易”，“倭使本以中国盗物卖诸我国以资衣食。曾降教旨，令倭使所盗中国之物不得卖诸中外。今倭使发怒，势将生变。”这几条史料非常明显的指出，当时前往日本的客倭和倭使，携带了大量的中国货物。那么这些人是那些人呢？看前文就知道，此时活跃在朝鲜的客倭主要是对马党、大内氏、涩川氏、肥前松浦党、筑前宗像氏、少贰氏、肥后菊池氏、萨摩岛津氏、伊集院氏、新纳氏等。说白了，就是眼红朝贡贸易利润的西部大名，不满企图独占对中贸易巨额利润的室町幕府，以自己的方式单干了。
虎口夺食一般的行为自然引起了足利义满的不满，为讨好永乐，足利义满在永乐五年（1407年），将倭寇当贡品献给明朝，从而得到了明朝的巨额封赏。然而随着永乐六年（1408年）五月六日足利义满死去，二十二岁的足利义持完全掌握了将军实权。被“神国日本说”催眠得不知天高地厚的足利义持，认为对明称臣是日本的耻辱。在幕府重臣斯波义将死后，足利义持将对明政策改为敌对，于永乐九年（1411年）和明朝断绝了外交关系。
而自斯波义将死后，日本的国内局势就开始相当不稳。足利义持此人心胸非常狭隘，他为报复其父长期把持朝政，在父母死后拆毁了其住所。在支持其继任的斯波义将死后，足利义持立刻恩将仇报地清洗了斯波氏。足利义持低劣的政治才能导致各地不断爆发战乱，室町幕府也因他分裂。一直到他卸任，反室町的叛乱就未成停息。在足利义持与明断绝外交之时，就自称“本国开辟以来，百事皆听诸神”、“灵神托人谓曰：我国自古不向外国称臣”，并一改其父的打击倭寇政策，对倭寇行为置之不理。暴怒之下的明成祖甚至把对日讨伐计划提上了日程。然而这位足利义持将军对当时的外交完全没有常识，在拒绝对明称臣纳贡的情况下，还于永乐十五年（1417年）派遣使节，可笑地要求明朝开放对日贸易，来获取高额利润。
默许倭寇抢劫，声称“日本是神国，地位至高”，结果还要求被抢劫的对象打开大门跟他贸易，让他好舒舒服服赚钱。这种奇葩到堪称天下一绝的思维模式，自然不是正常人能接受的。明成祖直接警告将进行对日本发动战争，将足利义持的使节赶回了日本。
在中日断交后愈演愈烈的倭寇袭扰中，明成祖也在洪武末年的基础上继续不断加强沿海战备。辽东半岛是重点建设地区之一。永乐十四年（1416年）十二月，辽东总兵官刘江于旅顺口、望海埚、左眼、右眼、西沙洲、三手山、山头等地修建烽台七座，以加强警戒。
随后的永乐十七年（1419年）六月，爆发了著名的望海堝之战。
望海堝之战并非一个孤立的战斗，而要跟同年五月在朝鲜半岛庇仁县等地爆发的倭寇入侵事件结合在一起看。一支七、八十只船所组成的倭寇劫掠船队，在朝鲜沿海分成两股分头行动，一股在朝鲜沿海劫掠，一股袭击中国辽东。永乐十六年（1418年）八月，刘江巡视金州卫抵达望海堝。望海埚地处金州腹地，位于金州城东北三公里金顶山上，地势平缓高旷，背有小黑山，西南有大和尚山。登上金顶山，沿海诸岛，尽收眼底，所以被称为望海埚。望海埚山下是古时沿海通内地的必由之路，旁有青云河，耕地肥沃，村落密集富庶，是明代金州经济最繁荣的地区之一。因此，“凡有寇至，必先经此”。于是刘江上书在望海堝增修石堡烽火台。于是当第二年倭寇到来之时，望海堝已经成为以一个方形石堡为中心，周围十八处墩台的堡垒群，而非以前孤零零的一座烽火台。
永乐十七年（1419年）六月十四日傍晚，望海堝下属墩台斥候发现东南王家山岛上有火光，上报辽东总兵官刘江。当时，金州卫有骑兵七百六十四名，步军一千七百五十六名，屯田军二千余名，主力主要集中在金州城和红嘴堡。望海埚仅设一名守堡官和百余名兵士。6月中旬的辽东半岛，正值夏季白昼最长的时期。因此当斥候观察到王家山岛有火光，当在晚9点之后。金州距离望海堝的距离约为六十里，刘江在收到消息后，必须在要连夜赶路。夜间行军是难度较高的战术行动，无论古今都是要有一定战斗力的部队才能进行。而主要屯兵点之一的红嘴堡，则距离金州约一百四十里，距离望海堝约八十里。在没有现代化通讯工具的古代，要求红嘴堡守军一夜之间收到出兵命令，并在凌晨赶到望海堝根本不现实。从明军通常的战斗行军标准一日行军四、五十里来判断，当时刘江能调动的士兵，只可能从留守金州步、骑兵中的精锐。扣掉必须要留下的防守兵力，刘江当时能调动的最大兵力不会超过一千五百名，实际应当在一千人左右。在刘江赶到望海堝后，将兵力分作三部：一部守城，步兵主力埋伏于望海埚山下，马队则绕到敌后隐蔽待命，又令百户姜隆率精锐潜入倭寇登岸处焚烧敌船。
次日拂晓，倭寇一千五百余人，分乘三十一艘船，闯入青云河口常江澳，船泊马雄岛，弃舟登岸。倭寇头目率领部众，成一字形，鱼贯而行，直扑望海埚城堡而来。当倭寇进入堡中，发现堡中并无守军，怀疑中了埋伏，正准备退出望海堝城堡。此时天已大亮。刘江披发仗剑，举旗鸣炮，明军伏兵四起。猝不及防的倭寇尸横遍野，残军且战且退，进入望海埚下樱桃园空堡中。刘江指挥部队将空堡团团包围。明军为减少己方伤亡，采取“围三缺一”的战术，只攻三面，留下西面不打，逼迫倭寇往西面海边撤离。倭寇败退中自然很难保证队形完整，明军骑兵趁机在中途围追堵截。登岸倭寇几乎全灭，少量率先出逃的倭寇退至青云河口，也被等待已久的姜隆擒获。至此望海堝战斗结束，此战杀死倭寇七百四十二名，生擒八百五十七名，合计一千五百九十九人。
望海堝之战的胜利，永乐皇帝的战争恐吓，加上李朝己亥东征的影响，使得足利义持，开始真的害怕明朝和朝鲜来东征日本了。在“元寇再次袭来”的阴影下，足利义持派遣使节前来明朝。这回的足利义持已经没有了“我国自古不向外国称臣”的狂妄，国书上老老实实的为自己署名日本国源义持，早期倭寇自此平息。
然而足利义持的无智行为，使得幕府失去了独占朝贡贸易巨额利润。当中日朝贡贸易再开的时候，幕府已经成为朝贡贸易中很少的一部分，如宣德七年（1432年）第九次遣明船队是由五艘船组成，一号是幕府的公方船、二号为相国寺船、三号为山名氏船、四号为十三家联合船、五号是三十三间堂船。其中四号船是由三宝院、圣护院、大乘院、善法寺、三条家、青莲院、石清水社、斯波氏、满家、细川满久、细川持之、一色、赤松等十三家。而景泰二年（1451年）的第十次遣明船则由十家组成，所谓使节团更高达一千二百人。待第十三次遣明船后，堺港的富商也参与进来，使得日本的朝贡船队成分愈加复杂。当“应仁文明之乱”爆发后，室町幕府的架构开始瓦解，幕府连堪合都无法掌控。大内义长甚至拿木印冒充日本国王代替足利氏与中国贸易。这样复杂的人员组成不断引起中日争端，从而爆发了“宁波争贡”事件。日本细川氏和大内氏势力各派遣对明朝贸易使团来华贸易，两团在抵达浙江宁波后因为勘合真伪之辩而引发冲突，在浙江宁波爆发了武力杀戮事件。大内氏代表宗设沿路烧杀抢掳，对当地居民造成很大损害。之后中日再次断交，中日海上官方贸易断绝。
就在日本相关势力在为无法继续进行朝贡贸易而头疼时候，一股新势力的涌入，让局势发生了重大变化。偏居东亚之隅的日本，又一次等到了有人来挑战中国所建立的东亚传统政治局。于是，东亚、甚至东南亚的海上安全开始向最坏的方向发展了。
