当跟葡萄牙人建立起密切关系后，这些中国海上走私商人，开始有了大规模高技术兵器武装化的可能。中国历代都严格管控制造冷兵器、火器的优质铜铁，以及制造火药的硝。在海禁没有被严格执行的年代，这些制造武器的原材料有批量落入走私商人中的可能。但是有原料并不代表就能变成武器，从原料到成品之间，还有一个制造过程，那就是工场和工匠。走私商人及海盗的漂泊性，也意味着其不可能保有一个长期稳定的场所来维持武器生产。然而当葡萄牙人到来之后，走私犯们有了一个稳定、可靠而且技术上足以和官府抗衡的兵器制造商。葡萄牙人，也可以借着同中国商人的结合，进一步动摇由中国建立起来的整个东太平洋地区和平稳定的环境。
西方殖民者对倭寇的武装
最先发现情况不对的是李氏朝鲜。嘉靖二十三年（1544年）朝鲜向辽东都司送还漂流到朝鲜的中国走私商李王乞等三十九人，以及他们的走私船上。让朝鲜大为惊恐的是，这些开往日本的船只上面载有火炮。
朝鲜的担忧并非没有道理，日本和朝鲜两国因东征和倭寇问题，而在军事技术上极为敏感。中国对日本因早期倭寇的问题，也是长期持警惕态度。我们之前提过，明朝立国不久，明太祖就向朝鲜输送火药和火器来加强军备，而对日本则一直是技术封锁。“铁炮”这个词，现在往往被认为是指战国时代的火绳枪。然而一开始，铁炮在日本是指元军东征日本时携带的爆炸型火器。日本长期只是知道有火药武器，而不知道究竟是什么。如《荫凉轩日录》所记录，1466年7月28日，琉球使节向室町幕府礼毕退出时，以“铁放”作为礼炮发射，震惊当时在场的日本人。这类铁放，当是琉球由中国所传入的手把铳。而日本人的震惊，也可见当时的日本基本不存在火器，中国的技术封锁无疑是非常成功的。
虽然日本在应仁之乱中出现了“飞炮火枪”，但是这个说法至今未能有明确证据证明是火药武器。日本第一次明确地出现管型金属火器，是在正德五年（1510年），而此时的海禁已经开始瓦解。当日本第一次试制成功铜制手把铳的时候，已经是嘉靖七年（1528年）的事情了，此时的海禁已经等同一纸空文。中国的火器制造在遭遇葡萄牙人之前，均为铸造模式制造。中国古代一枝独秀的铸造技术，被大规模地应用在火器制作中。同时代的其他文明，并不具备中国那样拥有大型金属铸件的能力。欧洲的火器在很长一段时间，都是用一根根铁条锻接后封住后面，然后再在外面用铁条箍成圆环，一锤一锤敲出来的。
以铸造的方式制作火器难度其实比一般人想象的要困难得多。李朝在世宗时代曾经仿制从对马岛获得的中国铁质碗口铳，但是因为技术难度太大，做出来的铸铁火炮全部炸裂。朝鲜人在新罗时代就能铸造巨型金属佛像，但是却不能铸造一件小小的合格铸铁碗口铳。一直到壬辰倭乱，朝鲜的火器一直都是用铜来制造的。日本则比朝鲜的金属铸造技术低劣的多，甚至连琉球都不如。以神国自居的日本，其实连一枚铜钱都铸造不好。所以中国的早期走私商向日本传入铸造式小型火器制造技术的时候，更多只是象征意义而无实际应用价值。
◎ Pumhart von Steyr巨炮，15世纪初制成，重约8吨，长超过2.5米，口径800mm，弹重690kg。可以看到极其明显的铁条拼接后，在外箍铁圈的制造方式。
但是！现在葡萄牙人来了。犹如打开了魔盒的潘多拉，把中国维持已久的秩序破坏得千疮百孔。葡萄牙人在双屿的时间不长，但是其犹如杠杆一般，以双屿为支点，搅浑了整个东亚沿海。
嘉靖二十三年（1544年）七月十四日，李朝实录有了这样的记载：“今见全罗右道水使闵应瑞启本：唐船依泊于罗州飞弥岛，即发兵船，围截其船。见其形貌，则或着黑衣，而其数九十余名。语音不能相通，故大书何地何人，缘何事，漂流来此以示。则皆相视不应，即发火炮，以射我船。二人中炮而死，二人中炮而伤。故虽有生擒有旨，而势不得已，应以火炮弓箭。而唐人外设防牌，隐匿舟中，促橹向东。故适因风雨，难得穷追捕获云。”这是一艘中国走私商人的武装商船，碰到李朝正规水军之后的情况。这个短暂冲突的结果是李朝军舰被中国走私船炮击，伤亡四人而让其从容离去。一个月前，李朝也碰到了为获取白银而去日本，因为风暴而漂流到朝鲜的三只中国走私船。
前往日本的武装走私船，频繁漂流至朝鲜的。引起了李朝的重视，原因很简单，李朝水军根本对付不了。嘉靖二十三（1544年）年九月八日，李朝八十六岁的老臣判中樞府事宋欽上疏：“闻边将，屡见挫于唐船，果如臣之所料。……彼称唐船者，虽曰漂流失路，而要皆有心于寇劫者也。若无心于寇劫，则何以多备火炮，而动辄伤人乎？若眞漂流之人，则何以无乞怜之意，而有恐动之言乎？且闻其船坚致异常，四面皆以板为屋，又其中宽阔，可容百余人，其他器械，无一不整，故所向无敌？战则必胜。我国则异于是，沿边要害之地，别无战舰之备，虽多有公私船只，而率皆狭隘，四面皆虚，无有蔽障。且火炮年久，药力无效，视彼唐人之炮，真儿戏耳。”
“（我国）火炮……视彼唐人之炮，真儿戏耳”，李朝自产火器得到了本国重臣“儿戏”等级的评价。那么李朝的火器是否真的很差呢？答案是否定的，因为李朝的火器技术直接照搬中国。除了材质和大小略有不同外，其他根本没有差别。永乐十三年（1415年）七月，李朝军器监报告了国内的火器数额约有一万余件，然而因为城池、战船众多，一万余件火器根本不够用。于是再准备原料二万余斤制作火器。以二万斤来算，制造四箭铳筒，可以铸造约一万四千二百八十五件，如果是八箭铳筒，当可铸造九千多件。也就是说当年李朝已经拥有至少二万件火器，而他当时的军队数量不过十万人左右。由此可见，李氏朝鲜至少在15世纪初，使用火器的人已经占全军的20％左右。这在当年是一个惊人的比例，足以证明李朝对火器的重视程度。
然而一百年后，李朝的火炮，还是跟走私犯的火炮比就成了儿戏。如前文所描述，走私商人不可能建立长期稳定的铸炮厂来给自己提供火炮，也更加不可能是明朝军队提供。因此，这些唐人之炮，只可能是葡萄牙人造的。而李朝的担忧早在他报告前就已经成为了现实。在飞弥岛唐船炮击李朝军舰的前一年，未来的倭寇之王汪直，带着两个葡萄牙人，到了日本种子岛。这就是著名的“种子岛铁炮传来”，由此可见，日本装备火绳枪要远晚于明军。
鹿儿岛大龙寺禅僧南浦文之所著的《南浦文集·铁炮记》中对当时的情形作了详细的记载：“隅州之南有一岛，去州一十八里，名曰种子。……天文癸卯秋八月二十五丁酉，我西村小浦有一大船，不知自何国来，船客百余人，其形不类，其语不通，见者以为奇怪矣。其中有大明儒生一人，名五峰者，今不详其姓氏。时西村主宰有织部丞者，颜解文字，偶遇五峰，以杖书干沙上云：“船中之客，不知何国人也，何其形之异哉？”五峰即书云：“此是南蛮种卖胡也”……贾胡之长有二人，一曰牟良叔舍，一曰喜利志多侘孟太，手携一物，长二三尺，其为体也，中通外直，而以重为质。其中虽常通，其底要密塞，其傍有一穴，通火之路也。形象无物可比伦也，其为用也，入妙药于其中，添以小团铅，先置一小白于岸畔，亲手一物修其身，眇其目，而自一穴放火，则莫不立中矣。其发也，如掣电之光，其鸣也，如惊雷之轰，闻者莫不掩其耳矣。……时尧不言其价之高而难及，而求蛮种之二铁炮以为家珍矣。其妙药之捣筛和合之法，令小臣篠川小四郎学之，……时尧把玩之余，使铁匠数人熟视其形象，月锻季炼，新欲制之，其形制虽颇似之，不知之底之所以塞之。其翌年，蛮种贾胡复来于我岛熊野一浦，……贾胡中幸有一人铁匠，时尧以为天之所授，即使金兵卫尉清定者学其底之所塞，渐经时月，知其卷而藏之，于是岁余而新制数十之铁炮，然后制造其台之形制，与其饰之如键轮者……”
关于火绳枪传入日本的文献还有两条记载，一个是葡萄牙驻摩鹿加殖民地总督安东尼奥·加尔文所著《诸国新旧发现记》，一个是葡萄牙耶稣会传教士罗德里格斯的《日本教会史》，《诸国新旧发现记》中的描述为“1542年，Diogode Freitas船长滞留暹罗国Dodora时，手下三名葡萄牙人乘坐一艘junco船（可能是中国式戎克船）逃往中国。三人的名字分别为Antonio da Mota、Francisco Zeimoto、Antonio Peixoto。他们朝着位于北方三十多度（北纬30°）的Liampo（宁波）航去。由于途中突遇暴风雨，致使船只偏离预定航道，迷失于海上。三人只好继续向东航行，在北纬32°的地方发现了一个小岛”。《日本教会史》的描述是“1542年，即马丁·阿方索·德·索萨被任命为总督之时，Antonio da Mota、Francisco Yeimoto（Zeimoto）和Antonio Peixoto三人乘坐一艘戎克船从暹罗驶向中国，但在途中遭遇台风袭击。在航行一天之后，失去所有船上用具，获救无望，陷入绝境。其后经过几天时间，漂流到位于泰西的闻所未闻的日本诸岛。他们认为，这是一次使日本民众改变信仰的机会，……该船进入萨摩附近海域的一个叫做种子岛的地方，葡萄牙人在那里教会当地人使用铁炮的方法，不久以后就传遍整个日本。种子岛现在还流传着传授铁炮制法的葡萄牙人姓名”。
◎ 15世纪中后期锻造后装炮（佛朗机船舰载炮），注意其制造方式为捲管外套铁圈锻造
◎ 日式火绳枪捲管锻造方式，与葡萄牙舰载炮的制作方式几乎完全一样
虽然三份文献在时间和细节上有些许差别，但是最根本的核心没有变化：中国人的船带着葡萄牙人到达日本，然后教会了日本人制造火绳枪。这里有一个问题，为什么日本人学会制造火绳枪，而没有学会使用中国的手把铳，单纯只是火绳枪比火门铳先进？答案是否定的，日本长期无缘火器时代，一是因为铸造不过关，无法复制中国系的铸造法火器制造。二是火药的原料硝不会制作，三是日本低下的金属冶炼加工水平无法提供足够的原材料。
第一条比较明显，日本极其缺少火炮，略微大一些的铸造火炮均为进口。在19世纪前，日本自产的大型火炮一贯目（弹丸重一贯3.75kg）芝辻砲是用锻造的方式制造的。同时期铸造的石火矢则为短身管的佛朗机型后装炮，弹丸也只有区区500目，约合明斤三斤，属于四磅级别的轻型炮。第二条的火药原料就更加明显，无论中国人还是欧洲人，都把硝在日本高价出售，日本的朱印船也远至东南亚购入硝石。第三条可能很多人就会觉得不对了，日本刀不是很出名么？为什么会说日本的金属冶炼加工水平低下呢？日本刀的具体情况，我们到后面来讲，这里说的主要是原材料。日本的铁产量不够其战争和日常消耗。以日本出土的战国时期（1467-1615）刀剑金相分析，唐铁（含铜铁，中国北方铁矿特征）占数量的三成多，南蛮铁（含磷铁，中国广东、福建铁矿特征）占数量的四成多，日本本土出产的铁的只有二成多。造刀剑都不够用更何况造火器？加上“倭铁性燥，可为刀不可为铳也”，所以实际上原材料这块也不过关的。
管型火器，最核心的部件其实是承受火药燃气的压力，给弹丸一个向前推力的枪管。其余的发射方式又或者瞄准之类其实都是旁枝末节。没有能承受发射压力的枪管，制造出来的火器只能作为展示的工艺品。但长期无法突破技术瓶颈的日本人从葡萄牙人手里得到了启示，用锻造的方式用铁皮捲出枪管。锻造日本人当然会，能做刀剑的文明都会，于是制约日本人进入火器时代的最大障碍就这样去除了。随着中国走私商人和葡萄牙人的努力，日本人长期匮乏的火药原料和枪管原料乃至造弹丸用的铅，都被庞大的走私船队解决了。
不过这件事朝鲜人并不知道。嘉靖二十六年（1547年）自以为未雨绸缪的李朝政府向宗主国，通告了中国人走私火炮、硝石、硫磺、福建铁等等去日本的消息，并送还福建前往日本的中国走私商人三百四十一人。这并非全部是数量，在朝鲜给明朝的上奏中提到：“搜捕缉拿冯淑等前后千余人”。朝鲜人认为，这些交通日本的中国船中携带着违禁的火器、硝石。以前日本没有火炮，近来大量拥有，一定是这些人把火器向日本输出，（朝鲜）担心会引起战争，牵连到中日两国。“既给兵器，又教火炮，此上国（中国）与我国皆是不利之事也”。
当然很不利，光朝鲜就抓了因为迷航而漂流过去的上千走私贩子，没迷航的岂非上万？然而更不利的还在这方面，从嘉靖十九年（1540年）双屿迎来葡萄牙人长驻开始，短短的两年时间里，双屿的基督徒数量暴涨到三千人，其中葡萄牙人为一千二百人。葡萄牙人已经在双屿建造房屋达一千余所，其中有些价值三四千克鲁扎多（cruzado，葡萄牙金币）。葡萄牙人在双屿的年贸易总额则高达三百万克鲁扎多以上，几乎垄断了来自日本的白银贸易。这个中国境内。如此辉煌的贸易口岸是由中国人主导的么？很遗憾，不是，这是葡萄牙的殖民地。因此，虽然20世纪初的日本学者藤田丰八称双屿为“16世纪之上海”，但其实双屿更接近后来的香港。
双屿攻灭战
当时，葡萄牙人费尔南·门德斯·平托的《远游记》中这样描绘双屿：这个城镇中除了来来往往的船上人员外，有城防司令，王室大法官，法官，市政议员，死者及孤儿总管，度量衡及市场物价监察官，书记官，巡夜官，收税官及我们国中有的各种各样的手艺人，四个公证官和六个法官。每个这样的职务需要花三千克鲁扎多购买，有些价格更高。这里有300人同葡萄牙妇女或混血女人结婚。有两所医院，一座仁慈室。它们每年的费用高达3万克鲁扎多。市政府的岁入为6000克鲁扎多。一般通行的说法是，双屿比印度任何一个葡萄牙人的居留地都更加壮观富裕。在整个亚洲其规模也是最大的。所以，当书记员或者秘书草拟公文之时，他们总是写下这样的话：“吾王陛下的辉煌伟大、忠诚不谕的双屿镇”。葡萄牙人曾到岛上去收货。他们带着从主人手里借来的五六十个奴隶去收挂在树上晾晒的丝绸。此外，在两所大房子中，在很干燥的环境中储藏着许多丝料。如前所述，总值达白银十万两，有一百多人的股份。一些股东在双屿，另外一些在满刺加。当时那批货物就是准备运到满刺加去的。这两批收回的货物价值也在十万克鲁扎多以上。而后来他们清点货物，除了给葡萄牙人的那部分以外，“还有价值十三万日本纹银的货物，品种繁多，锦缎，丝绸，丝线，塔夫绸，康香，细瓷”。
这是看起来美好的一个港口，但这是欧洲人的殖民地，而且是非常危险的殖民地。随着双屿—日本—东南亚—印度洋—欧洲这条贸易航线的建立，琉球不可避免的衰落了。《铁炮记》中的种子岛便是曾经琉球对日本直接贸易的港口，但是那里现在有了葡萄牙人。武装起来的中国走私船可以直接对李朝水军炮击后扬长而去。震惊之余的琉球王国也开始武装自己的港口。在葡萄牙人到达双屿后不久，琉球人在那霸港入口的大海里填出两条石头堤坝，修建了三重城炮台，并在对面修建了屋良座森城炮台，在两个炮台之间拉起了拦海铁锁。
威胁大到朝贡国中恭顺近藩朝鲜和琉球都开始顶不住的双屿港，已经不可能再瞒过明朝中央政府的眼睛。嘉靖二十六年（1547年）朱纨任右副都御史，巡抚浙江兼管福建海道，提督军务，掌管浙江、福建两省军务。朱纨到任后，仔细走访沿海各地，首先从海上贸易的交通工具入手。下令各寨、澳、巡司，民船以载重量三百石、长四丈、宽一丈二尺、吃水深度六尺为限，过限民船必须在半个月之内到官府注册。对违规大船（包括所有民间双桅以上大船），朱纨下令酌情付给官银，全部“承买编号在官”，且所编字号要大书，深刻桅下横木，以防调换，以备点检。已在官府注册的民船，仍令原主驾驶看守，但由官府统一管制调用。在此限以内的民船，则仍令其在海上往来谋生，但不许其假借乡官旗号出人，官府亦不予编号。
其次，朱纨又从人员的管理入手，强化了保甲制度。海上走私商人不能在海上和小岛上获取足够的粮食，水手船员船只也需要在一定时间后登岸放松休整，于是他命令沿海官兵严加防范，让远洋走私船不能进入港口停泊登岸。与之勾结的岸上居民，在大船被登记后使用小船，也无法携带大量物资在远洋接济。这样违法犯禁的大船在远海时间一长，自然陷入困境，当等到这些依旧停留外洋海岛的走私贩们陷入困境之后，再出兵剿灭，就可以大获全胜。保甲制度推行不久就收到了显著的成效，短短一个月的时间，像月港、云霄、诏安、梅岭等长期不服管的地方居民，都开始老老实实的安静下来了。
导致朱纨直接出兵攻打双屿的诱因有两个说法，一个是中国走私商人和葡萄牙人冲突后劫掠沿海；另一个是葡萄牙人登岸进攻中国村庄。第一个是在双屿港的走私商许二、许四兄弟，因为许一、许三的海难事故拖欠了葡萄牙人的货物没有归还。许二、许四兄弟就到苏州和松江府等地，诱骗当地居民，收买货物到达双屿港。然后许二、许四在背后教唆葡萄牙人用武力抢夺货物，再表面上宽慰受害者，说是自己的责任带他们来的，现在出了事，货款就由我来给吧。受害者不知道是许二、许四捣鬼，不肯让这么“讲义气”的哥们赔钱，只是怨自己倒霉碰到葡萄牙人强抢。是自己本钱采办货物的人不要本钱回去，借钱采办的无法偿还，只能跟着许四去日本贸易。归来之后被害人向双屿葡萄牙殖民政府长官告状。葡萄牙在当地的行政长官，就以损害葡萄牙贸易规定的名义，审判并杀死了参与抢劫的葡萄牙人，然后将被害者送回中国。许四因为一开始欠了葡萄牙人的货物，又害死了这个葡萄牙人。惧怕报复的许四就没有再回双屿，跟沈门、林剪、许獠等海盗合流，抢劫沿海居民。而许二因为兄弟许一、许三遇难，许四跑了，欠下的债务不能抵偿，于是跟朱獠、李光头等联合葡萄牙人，劫掠福建、浙江。到了第二年，胡霖等人又勾结了日本人到达双屿，而林剪去彭亨国，纠集了一批海盗，与许二、许四兄弟合为一股，在福建、浙江沿海劫掠，引起骚动。巡按浙江监察御史杨九泽上奏后，嘉靖命令都御史朱纨剿灭许二、许四等人。
葡萄牙人的记录，则是因为利马港的名门望族兰沙罗特·佩雷伊拉，因为将几千克鲁扎多借给几个不可信赖的中国人。这几个中国人自食其言，赖账不还后失踪了。为了补偿自己的损失，这个葡萄牙人纠集了十五到二十个最恶劣的葡萄牙亡命徒，在夜幕中袭击了距离宁波府两里路的村庄。他们劫掠了十到二十家农户，杀死了十三个中国人，并强暴了他们的妻子女儿。葡萄牙人的暴行引起了居民的恐慌，这些人向官府请愿要求惩罚葡萄牙人，因此巡抚下令海道采取行动。这件事大概说的是谢氏与葡萄牙商人的贸易纠纷。谢氏是余姚望族，出过阁老谢迁等大官，是宁波典型的参与走私贸易的贵官之家。谢氏进了外国货物，不断压低价格，且拖欠货款，葡萄牙商人不断上门催讨。谢氏凭借自己的权势，采用恐吓手段，声称要将他们告到官府。嘉靖二十六年（1547）六月的一个半夜里，愤怒的双屿港走私分子及葡萄牙商人等，袭击了谢氏，烧了谢氏房子，杀了一些人，抢了东西后扬长而去。
不过无论因为什么原因而直接采取的军事行动，并不意味着双屿港的本质有什么改变。无论东西方的资料，双屿走私贸易港的最高的行政官员都是葡萄牙人，中国走私商人、日本人共同参与了其中，最后，这些人完全没有遵守中国的，又或者葡萄牙的法律，出现贸易纠纷后倾向使用武力解决。一个外国人领导的武装暴力团伙，在他国境内占领一块地方，做“劫掠该国”的生意。任何一个正常的政府都不会坐视不理。于是经过充分准备的朱纨动手了，打算把这个“16世纪的香港”扫进历史的垃圾堆。
嘉靖二十七年(1548年)二月初一，朱纨命海道副使柯乔选调军队，由都指挥卢镗统帅，开始调集军队船只。朱纨知道浙江地方军队多少跟违禁走私船只有所牵连，为避免走漏消息，故而调用了福建军队，来对付走私商人。嘉靖二十七年（1548）三月二十六日，都指挥、福建都司卢镗率福清兵1000余人，浙江巡视海道副使沈翰指挥从丽水等地抽调的浙江乡兵1000余人，由海门卫（今黄岩东北）下海，直指走私贸易港口——双屿港。
双屿的海寇虽然在嘉靖十九年之后，过的是风生水起，极为嚣张。就在朱纨到任之后仍然丝毫没有收敛。葡萄牙的走私船，在售完完货物之后直接停靠在中国港口维修，犹如自家后花园一般。但是这是建立在明朝地方官员的不作为之上的。当朱纨派出的正规水军舰队到达双屿港之外时，双屿港内的葡萄牙人、中国海盗商人、日本人联合起来，意图对抗明朝军队。李光头自持勇悍，率领着船队与明军在双屿外海交战。然而这次的明军不是以前睁只眼闭只眼的宁波守军，而是朱纨专门针对葡萄牙人的火力水平，并为之准备经年的精锐之师，士兵是精兵悍卒，将是宿将名帅，武器是轻重火炮加上火绳枪。大海盗李光头自然不是对手，他自己被明军俘虏不说，跟随其出战的日本倭寇连旗舰都明军被缴获。其他敢于出港作战的双屿各国海盗或死或擒，命大的逃回双屿港内，缩头不出。
龟缩在双屿港内的海盗们人心惶惶，打是打不过的，中国海盗商人中最能打的李光头被明军抓了俘虏。日本倭寇更是丧胆夺魄，因为出战即被缴获的倭寇旗舰，是当时日本最新锐的战船。这条船长达九丈（28.8米），阔二丈四尺（7.68米），高深一丈七尺（5.44米），尺寸在东亚已经相当不错，堪比明中期常备军舰中的最大船只尺寸，在日本国内可以堪称国宝。后世织田信长命海贼大名九鬼嘉隆造的所谓“铁甲舰”也不过这个尺度。现在双屿葡、中、日三大势力中被打废了两家，独木难支的葡萄牙人跟剩下的各国海盗一商量，妄图将明军军舰引诱进来，借着双屿的口袋地形与明军周旋。
◎ 徐州镇抚司遗迹出土明代鸟铳
◎ 中式火绳枪铳管制造方式（《武备志》）
初六早上己时，也就是九点到十一点的这个时间段，朱纨亲自到达一线督战。明军兵分南北两路，堵在双屿港的航道上，封锁双屿港的出入口。双屿方面则派出了一大一小两艘船，出港引诱明军战船。明军不为所动，这帮人立在船头挑衅，被明军将士李光守用鸟铳，也就是火绳枪，远距离狙击，一枪击毙船头挑战者，由此可见明军火器的精锐。在明军狙击战术的压迫下，这两只海盗船，头都没掉，直接倒着桨，退回了双屿。明军几次叫骂，葡萄牙殖民者和中日两国的亡命徒都不敢露头。
打是打不过的，守也不是长久之计，双屿毕竟不是产粮之地，而明军在港口航道外虎视眈眈。虽然一般来说用船在海上长期围岛是很困难的，或者说在古代简直是不可能的。变化无常的天气和洋流，随时可以把木制帆船送进海底。但是双屿港不同，双屿只有南北两个狭窄的通道，虽然双屿港内和外海水深高达几十米，但是通道附近很浅，最浅的地方只有九米深。明军只要能沉下几条船，双屿港就会变成双屿湖，湖里面的船就不用想着能出去了。
正在海盗们一筹莫展之时，当晚宁波海域刮风下雨，天色昏暗。明军战船船只能避开多暗礁激流的双屿南北港口附近，退至外海，使得的封锁线变得不是那么紧密。凌晨三四点的时候，双屿港内各国船只一起涌出双屿港，四散逃命。海盗们的战术很简单，只要能跑得比同伙快，还是有一线生机的。而明军兵力本就不算太多，朱纨也只能一面命令指挥张汉，县丞廖日恒等率领一部分军队追击，命令着剩下士兵随的定海卫千户王守元等人进港，搜寻可能的双屿残党。
朱纨留下的记录里，进入双屿港明军士兵见到一个天妃宫十余间、寮屋二十余间的建筑群。港内有走私商人们遗弃的二十七只船，还有两个大型船坞。船坞中还有两艘未完工的走私船，一条长十丈（32米）、阔二丈七尺（8.64米），高深二丈二尺（7.04米）；另一只略小，长七丈（22.4米）、阔一丈三尺（4.16米），高深二丈一尺（6.72米）。看起来这些房屋船只，似乎没有《远游记》中提到的那么多？十余间天妃宫？这个其实是很有问题的，一座城市一般只有一个天妃宫，十几个天妃宫明显不可能。天妃宫，听名字就知道是高大上的建筑，不然不足以称宫。天妃是中国古代沿海居民出海必拜的神明，身为在拎着脑袋在海上搏命而又非常有钱的走私商人来说，天妃宫的建筑规格肯定不会差到哪去。寮屋也叫廖房，是简陋的屋子的称呼，而跟天妃宫这样的建筑放一起对比，而成为寮屋的建筑，这个简陋也只可能是跟天妃宫比，而并非一般意义上的简陋棚子。
那么这个古代的一间屋，是否是我们现在的一间屋？我们来看看一般的寮屋能住几个人。即便结合船坞里的两只大型船只来说，如果寮房是单间或者小屋棚，连造船的人都不会够，也就是说，这个廖房的间应该是一间房屋而非一个房间，这样才比较合理。再看清史稿里有一次提到广东总督在校椅湾等地捣毁了寮房三十二处，里面一共有一百六十二户不服从清廷管理的贫民。一百六十户，寮房三十二处，也就是一处寮房平均五户人。二十多处，那么按清史稿的贫民标准，最起码也在一百户人以上。所以结合起来看，双屿港的建筑群，应该这样来理解，十余处像天妃宫一样华丽的建筑，还有次于类似天妃宫的建筑二十余处。
◎ 种子岛火绳枪
双屿港上三四十处的建筑群，以及残留的二十七只船被明军一焚而尽。虽然有一些海盗逃脱了，但那些目标又大，船速慢的海盗们，就被穷追不舍的明军撵上了。指挥张四维等人的军舰追着一支有着大小八只船的海盗船队到了一个叫海闸门的地方。在其糊泥头外洋和横大洋水面，明军两次舰炮齐射，把前面逃跑船队中最大的那两条海盗船打了一身的窟窿，连船带人沉进了海里。眼看跑不下去的剩余海盗船掉头准备鱼死网破，一条中型船和两条更小的船直扑明军帅船。乘着同伙直扑明军主帅牵制住了其他明朝水军，另外三只船趁机扔下友军，自己溜了。结果三条船上的海寇们或死或降。
双屿是被攻破了，但是还时间上稍微晚了点。明军抓了一大帮各国海盗，有日本人、琉球人，还有印度尼西亚人、马来人、非洲人等等。鉴于明初和朝贡时期，在一言不合就大打出手这方面，表现得尤为突出的是日本人。所以朱纨在审问东亚及东南亚俘虏时，特别审问了日本人。但这一审却吓了朱纨一跳。日本人稽天、新四郎两人交代，是双屿港的人去日本见到日本国王（应该是日本西部大名大内氏），表示双屿港位置优越，没有官府管，西边连着大明，南边通着番（东南亚各国及葡萄牙人）。而“日本国王”只要能给双屿港的人好处，双屿港的人就想当日本人的“马前卒”，引其入寇中国。这两个日本人属于最先到的那批日本人，后面还有大队没来。
而被明军缴获的那艘日本战船就是双屿港的人帮日本人建造的。那位日本大名只花了五百两银子，一条大船就出来了！上面有两门葡萄牙的佛朗机炮，东南亚或东北亚的弓箭，日本的刀，中国的藤牌和长枪，还有一堆标枪。
也就是说，从日本人刚学会做火绳枪这短短的四、五年的时间里，在双屿海盗的帮助下，在日本人南下的船上都开始载炮了。虽然火炮数量不多，但是那时室町幕府的将军还拿種子岛的火绳枪当件稀罕物品。日本倭寇却已经由枪换炮了。
而且双屿港的人帮日本人建造的倭寇船不止一艘，日本后面那几百人所乘坐的船只都是这个武备标准。武备如此精良，一般的明军巡逻船碰到都死路一条，自然不是区区“自卫”俩字可以解释的清楚。
不过那两个日本人倒是死撑着说是来贸易的，但是架不住同伙的马来人跟印尼人交代了。马来人跟印尼人承认是来做走私生意的。他们这伙人计划先来往于日本、宁波、漳州之间，倒卖些胡椒、白银、彩布、绸缎什么的，然后“乘机在海打劫”。
然而这帮人其实还是没老老实实的交代清楚。副使魏一恭在战斗中还抓获了一个叫陈瑞的海贼。这人的供词里说自己在初二的时候上过这条日本船，上面的火炮并非只有二门佛朗机炮，光他看见到的就有四、五门。可见这次日本人，为了来中国沿海趁机打劫，着实下了血本。不过，当时朱纨所不知道的是，那批大队日本人其实已经到了，而是这帮人打着朝贡使节团的名义来的，而且是第二次来的。
嘉靖二年“宁波争贡”之后，日本人失去了朝贡的资格，之后明朝修改了日本朝贡的规模和人数以及载货内容。第一是十年才能来一次，第二是人数一百人以内，船三只以内，而且禁止携带武器。使节团在别的国家内拔刀砍人，关系自然很僵，再派一般人去就不太合适。按宋、元、明延续下来的一贯手法，日本人又找上了和尚。但是日本的和尚都非常世俗，不光不吃素，还可以娶妻生子，甚至拥有大量私人武装。这重开的第一次使节团是大内义隆在嘉靖十七年（1538年）派遣的，可这个和尚无视了嘉靖的规定，开来了四条船，载着六百三十七名成员，带着二万四千八百六十二把太刀到了宁波港。
这个和尚是日本历史上很有名的策彦周良，是日本京都嵯峨天龙寺塔头妙智院第三世和尚。自幼剃度，具足戒，师从心翁（宋代临安无准大师七世孙），得心翁真授，通儒佛二教。周良中国文学深厚，文思滂沛，有威仪文学，能诗善书，诗文高妙，堪称日本五山文学后期之代表，号称日本第一学僧。明嘉靖状元、翰林院侍读学士、国史馆总裁、慈溪人姚来唯东称：“读其文，有班马之余风也；诵其诗，有二唐之遗响也”。“班马”指汉代班固、司马迁，“二唐”即唐朝韩愈、柳宗元。中国的状元称这位日本和尚的诗文传承了汉唐著名文学家之风格，可见他对汉文学研究造诣之深。按理说这位中国通不可能不知道明政府的规定，但是这个日本和尚就是干净利落的将其无视掉了。
不过鉴于日本很多年没有朝贡团过来，明朝政府还是让策彦周良带的人上了岸，住进了宁波的嘉宾馆。鉴于日本使团动不动拔刀砍人，和一贯无视他国法令的传统风俗，明朝政府搜缴了日本使团携带的任何金属刀具，刀剑之类自然不例外，连生活用品中的剃刀跟小刀都搜缴了去。在晾了日本人半年后，明朝政府才允许五十名日本人分乘几艘船，由明政府军沿着大运河送至北京会同馆。但是策彦周良这个中国通还真是个典型的日本人，到了北京还跟大明天子讲条件，要求归还当年宁波争贡时间中被没收的日本货物和发放新堪合。这么狂妄的要求，嘉靖自然没有理会，只是按中国传统外交方面的一贯规格，接待了这批日本人，待其朝贡完之后，送回日本。
宁波之后的第一次朝贡就没按要求，第二次自然是无视的。双屿被抓的日本人稽天、新四郎两人供称是嘉靖二十五年过来的。后面确有个几百人的船队，也那就是策彦周良的第二次朝贡船团。该船团于嘉靖二十六年的二月三日从山口出发，五月二十日奈留出帆，六月进入入浙江境内。但是一个因为贡期没到，第二个依旧是各种人员武器船只远远超标，超标到了什么程度呢？“二十七年六月初五，日本贡使周良等六百人，驾海舟百余艘入浙江，求请诸阙朝贡”，既然是一百多条船来朝贡，那么上报给明政府所谓六百人的船员数字明显是假的。因此这个使节团被宁波当地守臣拒绝入港，于是策彦周良就一直在海上飘着，然后一直飘到了朱纨调集军队攻打双屿的前几天。
因此朱纨在给嘉靖的上书中直截了当地说“日本倭夷，一面遣使入贡，一面纵贼入寇绍兴宁波，连年苦于杀虏”。说起来，不过也亏得中国一直遵守两国就算交兵，也不斩来使的泱泱大国风范，换成日本那种一贯做法，这种使节团就是被当即处死的命，当然最大可能是因为策彦周良这个中国通太了解中国，因而有恃无恐。
虽然被日本人的野心吓了一跳，但是双屿港究竟还是被拿下了。除了没抓到多少船型细长、桨手众多的葡萄牙人，但其余的海盗势力都被朱纨所部狠狠打击了一番。海寇头目李光头还被朝廷生擒了，虽然未能全胜，但是多少也算大捷。
双屿是四月初七被明军攻占的，朱纨在五月十七日进入港口视察填塞港口情况，在岛上住了三天。他在岛上登山瞭望，看到岛上的道路平整宽阔，在当时春夏雨水较多的季节，以及被攻破后的四十多天，无人行走的情况下竟然还是寸草不生。可见当时各国武装走私团伙在双屿经营的时间之长，入货数额之多。这么好的地方，只要卡住了口，就能守住。
再加上朱纨考虑到双屿港地理位置优良。违禁商人、海寇等以此为基地勾结葡萄牙、日本、东南亚各国，并且能获得葡萄牙人带来的，足以对抗明朝正规军的武器装备，中国沿海毕竟惨遭荼毒。
因此朱纨打算就此驻军不走。但是在岛上呆了一段时间的守军回报，双屿没法守，只能塞港。现在的一些研究认为是福建兵不肯在浙江守岛，但是其实最主要的原因根本不在这里。
双屿孤悬海外，四面孤立无援，适合作为走私港而不适合在当时的技术条件下作为军港。走私商人来去自如，而守军不同，要长期警戒、驻扎、乃至生活。情况不对贼是可以跑的，而官军有守土之责，是不能跑的。
明军在占据双屿港之后的五月和六月，浙江沿海瞭望哨看到在双屿港外附近洋面，活动的船只高达一千二百九十余艘。只要有一股大宗海贼重新集结后打回来，学明军进攻双屿时的两头一堵，岛上守军只有死或降这两条路，逃跑都艰难。朱纨执行填塞港口命令时，以拔掘为难而标准，也不过填了三天就废掉了双屿港。所以双屿在当时的技术条件下，相对于了解港口地质、水文情况的人来说，是很难守御的。
在双屿待了那么久的各路海盗的确是不甘心的。双屿被明军攻占之后，海贼团伙三次自发攻打双屿明军守军。其中在第一次夜袭中有三四百人登岸。当双屿填塞后，六月十一日，逃窜至福建的大小十八只葡萄牙船，进攻福宁州的七都沙头澳，被当地守军击退。随即这帮人转到同安县大担外屿，两次进攻当地守军，依旧被击退。这些船上的人主要是东南亚的棕色人种，有一千多人，中国称其为黑番。非洲黑人在当时则被称为极黑番，极黑番在东南亚的葡萄牙部队中人数较少。这些黑番多数是被葡萄牙人买卖的奴隶。双屿俘获的三名黑番中有一人自称是十岁被葡萄牙人买去，一人称自幼买被葡萄牙人买去。这也是明人笔记中葡萄牙人喜食小孩的另一种源头。葡萄牙人进行奴隶贸易，从儿童时期就开始培养这些东南亚人，使得一名葡萄牙人平均都有十名以上的武装奴隶，大为缓解了葡萄牙人在远东地区的人力不足问题。而自幼购买来的儿童，从小到大都被灌输忠诚的观念，以及教授战斗和驾驶船只的技巧。远东的葡萄牙人使用这些东南亚武装奴隶，成为一种传统，这样远比从国内调兵或者使用雇佣兵要好得多。
虽然有着忠心耿耿外加军事技能娴熟的武装奴隶，但是数量毕竟还是太少。这些人能搞定东南亚的商业城邦，但当像中国这种国家一旦把注意力放过来，这帮葡萄牙人和他们的武装奴隶，并不能单独跟做好准备的明军抗衡。但是葡萄牙人那些自认的上帝选民们，并不甘心自己的殖民地被中国的异教徒打的连还手余地都没有。于是葡萄牙人跟当年双屿海寇开始狼狈为奸。两帮被朱纨赶出浙江的中外强盗，就这样开始了正式的军事联合，一起去攻打福建沿海。一来躲避坐镇浙江的朱纨，二来报复双屿港这个葡萄牙最富裕的殖民地，和兼职走私的海寇之家的被毁。
六月，从双屿逃出的胜兴、许栋等人南下到福建漳州，勾结曾经一同盘踞于双屿的李老贼等三百余名海盗，乘明军主力不在，登岸劫掠福宁州。清湾巡检司只有几十名弓兵民兵，他们虽然和当地农民一起奋勇抵抗海盗登陆，但是人数相差太过悬殊，没能抵挡住海盗的攻打。当地王德瑜等二十余家民居被抢，五名巡检司弓兵和七名农夫被杀。然后这伙人流窜到平阳县海面停泊，但在二十一日早上，当地起了风暴，船只损坏严重，同行的四十多名东南亚人被淹死。
七月初三，许栋等人先到福建福宁州黄崎等澳的海寇登岸抢劫财物，烧毁民居。柯乔在漳州闻报，调委指挥等官张文昊、常江、吴大器、周应晨等兵船，与小埕等寨指挥王麟等官兵一起夹击海寇。第二天早上9点到11点，二十六只海盗船和佛狼机船合流，共四十多只船泊岸。一千多名中国海盗和由葡萄牙人、东南亚武装奴隶组成的欧洲海盗，持火绳枪、枪、刀等兵器，敲锣擂鼓，大喊而上，直扑明军阵地，两军爆发激战。在海上，欧洲人还能借着船大炮猛来跟明军正面冲突，陆战对决就差太远了。各国海盗们被明军打了个落花流水，四散逃亡。明军仅闵溶一人，就俘获了十九名海盗。登陆的海盗死的死，跳海的跳海，见势不妙的海盗船们调头逃跑了，明军大获全胜。但让明军大吃一惊的是，俘虏中有三名外国妇女。古代海上远航是不允许有女性上船的，中国人和欧洲人都是这样。在远洋船上携带妇女，是东南亚马来等地人的特色。因此这些袭扰中国沿海的葡萄牙人，除了自己的海盗船，也应该勾结了部分东南亚的海盗，不然船上是不会有女性的。
战败后的部分海盗，溜到了福建和浙江交界。葡萄牙人则沿着福建沿海进行海盗活动，并两次攻打漳州大担屿，但是都被柯乔所击败。不过因为船只高大，明军水师没有能够全歼葡萄牙人。八月初三，福州左卫指挥使陈言率领马宗、唐弘臣等，带领福建军队和浙江梁都司南北夹击，进攻在福建和浙江交界大门分哨地区的许栋海盗势力。明水军用撞击战术犁沉了一条海盗船，将海盗的小船夺获。生擒了八名马来或印度尼西亚海盗，三名泰国海盗，五名中国海盗，许栋眼见不敌，突围逃走。击败了这股海盗联军后，陈言率军南下，曾想进攻滞留在大担屿的葡萄牙人，但是却扑了空。
嘉靖二十八年（1549年）正月二十六日，葡萄牙人联合双屿残党大举出动。不甘心放弃巨额利益的葡萄牙人这次把目标定在了福建，打算学双屿一样，重开一个殖民地。二月十一日，集结完毕的葡萄牙人率领船队在漳州诏安县，洪淡巡检司所属灵宫澳下湾停泊（现东山岛西南部走马溪），准备长期占据。接到战报的庐镗、柯乔等人，命令中军福州左卫指挥使陈言，率领福清兵和海沧兵，浯屿水寨把总指挥佥事李希贤领浯屿水兵，铜山西门澳水寨把总指挥同知侯熙领铜山水兵，守备玄钟澳指挥同知张文昊领玄钟军等围攻海盗。庐镗示以千金重赏，招揽海盗，以离间海盗联军。柯乔亲自走访当地梅岭的通番大户田、傅两姓，逼迫他们参战埋伏在第一线，以示立场。
◎ 东南亚叭剌唬船（《东南亚的贸易时代1450-1680年》下册41页）
二月二十日，明军军舰兵围走马溪。次日，海寇各持鸟铳（火绳枪）上山，准备登高拒守，被早已埋伏好的梅岭伏兵乱石击下。发现被围的海寇团伙仓皇登船，准备逃离东山岛。庐镗见此情景，亲自擂鼓督阵，将两条葡萄牙大型战舰，一条葡萄牙小型战舰，和四只叭喇唬船（东南亚桨帆船）围住。明军奋勇向前，海寇们抵挡不住，被围的这帮人全军覆灭。此役共俘虏欧洲人一十六人，东南亚黑人四十六人，李光头残部等一百一十二名。一千三百余斤重的佛狼机铜炮两门，二百斤重铜炮和铁炮十一门，更小的有十二门，锁子甲两幅，板甲三幅，布面甲一副，头盔四顶，刀、枪、弓箭、盾牌一百六十四件。
