之前，上海在当时编户已有六百余户，殷实人家大多在内，钱粮四十余万，银布之类数船可载，兼之富商大贾四方辐辏，县治所在居积货物非常多，对倭寇有很大的吸引力。上海地处长江出海口，县治内很多豪商，其实是由通番走私而富裕起来，对曾经做过同行的倭寇警惕性不高。加之通番走私者本身就有一定武装，所以在倭乱开始之时，上海自持与倭寇曾经有商贸往来，加上居民多自备武装，民风悍勇，因此对城防完全没有在意，仅仅围了一圈栅栏了事。
但是由于县门之外不到一里就是黄浦江，倭寇可以利用迅急的江潮，顺流而至，对此很难防御。没有城墙而又在倭寇攻击第一线，再加上格外富裕，的倭寇也显然不会放过曾经的合作者，毕竟上海有钱而又毫无防备。因此屡被倭寇劫烧，地方乡官商人居民受害的不下百余家，这显然是因无城可守，而使倭寇入侵如探囊取物的缘故。
但士绅在嘉靖倭乱期间对沿海防御的破坏，并不仅限于城防和情报。当地士绅以一己之私，出于过度恐惧或纸上谈兵的臆想，往往肆意攻讦领兵将领。如俞大猷任职金山卫期间，士绅强行要求当时仅有三百人的俞大猷，出城进攻当时人员已近万的倭寇。在遭到俞大猷拒绝后联合官员上书朝廷，诬告俞大猷放纵倭寇劫掠，导致俞大猷被贬职。此后又有一次，俞大猷因未以四千人进攻近万倭寇屯驻的要塞，士绅便诬告其纵兵抢劫地方。最后，俞大猷因为屡次在江浙抵制士绅对军事上的荒唐干预，最终净被迫离开江浙抗倭第一线。这些夸大其词的攻讦在整个倭乱期间屡见不鲜，甚至还有直接造谣诬告领军将领之事。刘显在兴化府失陷之时，因兵力不足，在拒绝当地士绅以六百明军攻击六千倭寇的无理要求后，遭到当地士绅的造谣，说其与倭寇合流抢劫民女。
虽然东南沿海士绅集团依然劣习不改，但当倭寇的刀锋所向，使得地方士绅也受到了切身之痛之后，被执拗已久的江南城防系统才迅速完善起来。
明军加强防御
明代中期之时，明朝政府的财力还是相当雄厚的。因此当明朝政府意识到自己在沿海地区城防的薄弱和落后之后，立刻出台了众多加强防御的措施。
比如，杭州府城在嘉靖年间面临倭寇劫掠危险后，为弥补防御工事的缺失，在嘉靖三十四年（1555年）至三十六年（1557年）间建筑十一座敌楼，以强化杭州府城防。这些敌楼大都兴筑于城门、城墙上，或在城外成为一个独立的防御工事，因此其建筑基础承重性普遍很好，是的此类敌楼能够不再使用容易被焚毁的木头，而是使用砖石结构。嘉靖三十四年二月，提学副使阮鹗增高钱塘门月城堞，胡宗宪则在北关门外登云桥，修筑的东西两座敌楼，高六丈，阔四丈，周二十二丈，上有堞，下为门二。十二月，在清波城南上筑带湖楼，东南筑定南楼，鳯山城西上筑襟江楼，高二丈八尺，周一十二丈。胡宗宪修筑的敌楼是“仿北边制，于要地请各建敌楼，募勇健戍守瞭望其中，令牵制贼不敢专逼城邑”。让杭州城的东、西、南、北方都有敌楼，可以和杭州城本身的防守，形成掎角之势，牵制倭寇的行动。
这种坚固的大型塔楼即使周边失守，也可以在敌区之后，出兵突击，夜里袭营，让倭寇不敢全力攻城。胡宗宪在往后修筑敌楼，用意就是如此。对于倭寇来说，如果放任敌楼不管，对于攻城时，敌楼的守军会与城上的守军联合成掎角之势，让倭寇前后受敌。但是杭州城池规模巨大，区区四座塔楼起不到太大作用，因此到了嘉靖三十五年（1556年）三月，浙江巡抚阮鹗在西城外的兵马司、月塘寺修筑二座敌楼，高五丈，阔三丈，周一十六丈，让原本胡宗宪在西城清波门外修筑的带湖楼外，又增筑二座敌楼，使杭州城西边的防御更加坚固。在嘉靖三十六年（1557年）十一月王直被胡宗宪诱捕后，为防止毛海峰等人的报复，于是在杭州城外东方的东新关、沈唐湾、沈婆桥、陆家桥各筑敌楼。其尺寸如登云桥敌楼，再次强化杭州城外东边的防御系统，以防倭寇的攻击，至此杭州府城外的防御系统已建构完成。
◎ 高六丈、周二十二丈敌台复原图
如果仔细观察这些独立在城外的敌楼的建筑规制，“高六丈，阔四丈，周二十二丈，上有堞，下为门二”，“高五丈，阔三丈，周一十六丈”。按明朝北方要塞标准，这些敌楼之外必然还有一圈一丈高的羊马墙，墙外围绕壕沟。这些名为敌楼的建筑，其实与冷兵器时代的敌楼已经完全不同，已经不再是木构的楼阁箭塔，而是砖石拱券结构的大型炮楼。这些大型炮楼尺寸巨大，可以屯驻较大数额的兵员，并可装备重型火炮。参考现存北方明代炮楼式建筑大同镇宁楼，其青砖墙壁厚达两米，可以有效抵御当时的火炮袭击。这种大型炮楼围绕杭州城一圈，其装载的大型火炮射程，已经可以遮拦整个杭州府城外围。这些外围炮楼的修筑，使得杭州城城防大为加强，而倭寇在摧毁这些炮楼之前，已经不在可能靠近城墙。
杭州府辖区有钱塘县、仁和县、海宁县、富阳县、余杭县、临安县、于潜县、新城县、昌化县九个县。其中杭州府城包括仁和、钱塘两个县，从杭州城北方的北新关，沿着长安镇一百里，到到达府城诸县唯一滨海的海宁县，杭州府九个县，只有海宁县在杭州城东边临海，其他诸县在杭州城西边，所以在面临沿海倭寇劫掠时，海宁县首当其冲。在杭州府属县的编里数如下：钱塘县有编里一百六十一、仁和县有编里三百七十三、富阳县有编里七十五、海宁县有编里四百八十四、余杭县有编里七十一、临安县有编里四十六有半、于潜县有编里九有半、新城县编里有十二、昌化县有编里九。其中海宁县，其人口数较其他县多，甚至是仁和县的1.3倍，而因为位置临海，故其在嘉靖倭乱时，成为杭州府诸县首先受到倭寇劫掠的县城。
◎ 陕西省府谷县围有短墙（羊马墙）的独立墩台
◎ 围有短墙（羊马墙）的独立墩台之间互为犄角
再加上海宁县附近就有倭寇占据石塾山寨为巢穴。因此，该县早在嘉靖二十多年就修“筑土城御倭”。海宁县邻近的海盐县，在嘉靖三十二年（1553年）五月和嘉靖三十三年（1554年）四月，有两次倭寇围城的详细记载，可以对于倭寇攻击县城的模式有更清楚的了解。在嘉靖三十二年（1553年）五月，有数千余人的倭寇，利用人海战术，将海盐县围起来，层层包围，“自午攻城，至申益急，势若破城。……是夕，犹有贼蚁附北城二、三处，俱及垛，将入，推堕城下而死。”该县要不是参将汤克寛的严密防守，城必定为倭寇攻破。到了嘉靖三十三年（1554）夏四月六日，又有另一批倭寇想偷袭海盐县城，情况如下：“先数人泅水登岸，余皆蹑其后，各衣青白，执弓矢利器，合五百余徒。直趋东门，箭之入也，电飞雨骤，军民莫敢俯视。乃张佛狼机一条鞭鏖击，贼稍引退。因自焚其舟，并小东关及居民二十余家，遂沿塘而南渡兴福桥、叶家桥以至西门，委蛇曲折，若熟路然。”
五百余人的倭寇偷袭东门受挫，立即改行小路，直攻西门，十分熟悉海盐县地理路线。《靖海紀略》中对此战有颇为详细的描述：贼大至，自毁其舟，势张甚勇。男女耄倪几千人，襁负争避。趋城，诸卫官恇怯慑贼，素请公疾闭城拒弗内便。公慷慨应曰：“皆吾赤子也，何忍弃之饱刃，吾自任之，母恐。”乃戒令掩东、南、北三门，独启西门。危坐悉纵诸避贼者入，入且尽。门者请，公曰：“可已。”甫扁钥毕，而贼至西门，见我有备，气沮佯引去。公曰：“是未可幸也。”简丁壮登陴，每堞军一、民二，编籍为定，比屋更番，即势家无所狥。贼至则守，去则休，人争效死，戒严月余。
上文中的公，指的是郑茂。当时情况倭寇在后追击，有数千名居民想入城避难，海盐县城不像杭州城有月城设计，万一倭寇攻入，无任何缓冲地区，直接攻进城内，郑茂仍坚持开启西门，让城外居民入内避难。在城外居民已经安全入城后，郑茂仍要全城军民戒严一个月，直到倭寇撤退，才停止戒严。而倭寇这次没有攻城，仅看明军有所戒备即便离去，其原因是之前郑茂加强了海盐县城城防“阅城瑕隙，葺使加坚，俾无虞雨浥。又浚壕加深，而以其淤增筑女墙为外卫。又仿北边制，于要地请各建敌楼，募勇健戍守瞭望其中，令牵制贼不敢专逼城邑，人心恃以安。邑有仓，故在郭西，以储漕粟……，徙仓廨入城。”其做法类似后来的杭州城防模式，在城外修筑大型炮楼，以火炮封锁城墙外围周边，使倭寇不能轻易靠近城墙。
海宁县城在嘉靖三十四年（1555年）县令蔡完“加高城砖五尺，增添女墙及巡警铺四十五所，敌台二十四座，又浚城河加深五尺。”因为倭寇在嘉靖三十二年（1553年）四月入侵杭州府赭山，总督与巡抚要求“凡杭邑未城者，檄使城之。”全面开始修筑城墙以保护军民。但是这项政策执行的并不顺利。如临安县在嘉靖三十四年（1555年）六月时，倭寇在劫掠杭州北城武林门外的塘栖镇，西行到达临安县境内，县令魏希吉收到倭寇即将来袭的警报，此时临安县城还依旧没有城墙。于是紧急“先筑土垣，以资捍御”，其“周五里，高一丈，壕环如城”。在倭寇退兵后，居民“各随业修葺，岁以为常”，让这土墙发挥保卫城内军民的功能。但是这个墙只能算羊马墙，只是单纯的士兵和火器发射掩体，而非正式的城墙。
余杭县、富阳县和新城县三个县在嘉靖三十五年（1556年）开始改筑更坚固的砖石城墙。余杭县因为倭寇劫掠，在嘉靖三十五年（1556年）九月重修城墙，甃以砖石。由当时的知县吴应征主持，“自西迤北至东五百丈，高一丈八尺，自东迤南至西二百三十丈，高三丈二尺，周广一丈六尺，雉堞一千三百四十三堵，为门四，……，无濠，南临溪，有水门。”在钱塘江旁的富阳县，在“吴越时以县逼江隅，筑城甃以砖石。”嘉靖二十五年（1546年）知县桂輙在古城东南方另筑新城，其周“广六里，延袤一千丈有奇，厚二寻（一丈六尺），内外俱甃以石，城门楼四，雉堞一千二百堵。”到了嘉靖三十二年（1553年）后，倭寇开始袭扰杭州府地区，举人桂轨在嘉靖三十四年（1555年）担任富阳县令，在嘉靖三十五年（1556年）十一月重新修筑砖石城墙，“周四里有奇”，将城墙周长缩短二里，以减少防御面积。
另外二个城昌化县、于潜县没有嘉靖三十四年（1555年）至嘉靖三十五年（1556年）的筑城史料。但是在万历修纂的《浙江杭州府志》中，“时当道以寇起，海上凡杭邑未城者，檄使城之”，和嘉靖四十一年（1562年）出版《筹海图编》的〈杭州府境图〉中，昌化县和于潜县均画有城墙，杭州府其他县皆在嘉靖三十四年（1555年）和嘉靖三十五年（1556年）修筑砖墙或土垣，因此这两座县城修筑城墙时间应该也不会超过嘉靖三十五年（1556年）。
那我们再来看看苏州。苏州并不像杭州城一样处于倭寇攻击的第一线，因此在嘉靖倭乱爆发时，苏州没有在城池巩固上作出较大的行动。但是随着倭寇，也类似在杭州城一样，在城外要地修筑大型敌楼建筑。如枫桥敌楼，位于枫桥堍下，方广周十三丈，高三丈六尺，下面以石为基，四面是砖筑；中分三层，上覆以瓦，四周置有很多炮口，可以发射矢石铳炮。木渎敌楼，在木渎镇白塔桥南堍下，规制如枫桥。两者都在嘉靖三十六年由巡按御史尚维持、知府温景葵、知县安谦负责修建。这两座敌楼位于苏州府城处延的两条水路干道上，枫桥在府城的寒山寺西北，木渎在城外西南近太湖地带，地理位置都很重要，其中木渎敌楼在木渎镇，在封锁苏州城外要地的同时，也保护了苏州城外的乡镇。
◎ 嘉峪关老照片上围绕关城的短墙（羊马墙）
嘉靖三十二年（1553年），松江府城也由知府方廉主持了筑浚工作。嘉靖三十六年（1557年），同知罗拱宸又在城门四处加筑敌楼三楹，并沿城垣增加敌台二十座，提高了城墙侧射火力密度。城濠也设了土墙，使得城墙变成内外两处，使得倭寇难以越壕而入。另外松江府城又在三处特别要害的地方专置了高台层楼。总体上，松江府及其附郭华亭县城在嘉靖年间的重修工作，共完成敌台二十座，窝铺二十六个，雉堞三千三百八十九垛。整个府城广袤共九里一百七十三步，高二丈四尺；池濠广十丈，深七尺；城门四座，水门各附其旁。四门之上都有楼，楼外还置有月城。在府城的西门外还有一个西仓城，周二里，高一丈八尺；陆门四；濠广六丈，深三尺多。这也是在嘉靖年间修筑的，目的在于保护漕粮，并同时与府城互为掎角之势。增设敌台之后，每个敌台只需遮蔽八十四个城垛，敌台和敌台之间可以互相掩护，大为提高了城墙防御能力。而加高后的城墙，使得倭寇不可能站在城下，手持长枪直刺守城人员。护城河的加宽和加深，加之沿河内岸羊马墙的修筑，即使城外没有大型炮楼的存在，倭寇也不能轻易靠近城墙。城墙和羊马墙互相配合，形成两层打击火力，让城墙的防御火力投射密度，提高了一倍有余。
◎ 嘉峪关短墙（羊马墙）与城墙之间的高度差和距离
◎ 嘉峪关鸟瞰图，从图中可以看出短墙和城墙之间的厚度差异，海宁县城墙当类似嘉峪关外围短墙（羊马墙）
嘉兴府城在嘉靖三十三年（1554年）因倭寇突然入侵，知府刘悫亲自主持缮修城隍，筑了四个水门。由于府城包括了附郭嘉兴、秀水二县县治，刘悫根据里人窦卿修城防倭的请求，下令嘉、秀二县各筑一半，每县分二十四段，委派义民分别监督。城防工作不到一年就完成了。当倭寇来临时，刘悫下令：如果倭寇聚集东门，则开西门接纳难民入城；如果倭寇在南门，那么就开北门接受难民，刘氏的灵活应变措施为地方居民提供了更多的安全保障。嘉靖三十八年（1559年），侍郎周际严奉命巡按全浙，周际严特别指出“城弗修，犹亡城也”，下令知府侯东莱再次修筑城防。次年完成了增筑工作，修城周达一千九百多丈，增高城垣一丈二尺，使城墙高度达到二丈四尺的标准，帮岸三尺；改建了四座城楼，重建敌楼二十八座。
湖州府城附郭是乌程、归安二县。嘉靖三十二年（1553年），倭寇侵犯南直隶地方，湖州府城垣不但低矮，而且毁坏地方很多。乌程知县张冕急忙下令增修，修筑了西清源门的瓮门。此举得到了以唐一庵等乡绅义民的赞同，各助银米以济工程，乌程县城防从而得以加固。不久知府徐洛莅任湖州，将湖州府所有城垣及归安县城重加修葺，所有的楼橹、雉堞都得以修护一新。嘉靖三十三年（1554年），倭寇入攻乌程的乌镇、德清的新市，兵逼归安之菱湖。三十四年（1555年）正月，倭寇又入侵至湖州府境，地方居民依靠城防而未罹害。但是嘉靖三十二年的城防工作仍然是很简单的，在嘉靖经历了三十四年的倭乱后，明政府意识到由于倭寇拥有了大型火炮，因此湖州必须充分加强城防建设。所以在嘉靖三十五年（1556年），新任知府李敏德又增修了湖州府城防，设立大敌台七座，敌台四十一座。南北水关原来常受余不苕溪冲蚀，只设有三个门，单薄颓圮。此次增修就加厚城面一丈六尺，基加厚一丈八尺，城身加高五尺，两旁还各设敌台。这次城防工作仍由乌程、归安两县知县分界督造，地方士绅与殷户也出了不少力。增修工作到三十七年八月份才告一段落。常州府城也在嘉靖三十四年（1555年），由知府金豪领导增修，筑合了德安、广化两座瓮城，增设了敌楼和窝铺。
苏州府地方由巡抚欧阳铎、巡按陈蕙、苏州知府王仪主持尚无城防的沿海州县城池的修建工作。他首先考虑的是昆山县城，从嘉靖十七年（1538年）始，用了一年的时间就顺利完成修筑砖城的工作。到嘉靖三十三年（1554年），知县祝乾寿重新增固城防。再以嘉定县为例，嘉靖十五年（1536年）知县李资坤增开北水门后，嘉靖十九年（1540年）知县马麟又主持增筑城上土墙，以备海寇。到嘉靖三十二年（1553年），知县万思谦改筑砖堞；后知县杨旦重筑东南隅，增东门月城，四座城门各建城楼，并置敌台、守铺。江南的许多县城最初也都在嘉靖倭乱时期建成。如嘉善县城，于宣德五年分县后一直没有完善的城防。嘉靖三十二年（1553年），倭寇内侵，因知府刘悫的倡议，奏请筑城，由嘉兴府通判邓迁主持，嘉靖三十三年（1554年）十月兴工，次年三月竣事，水门、陆门、城壕、月城、箭台、敌台、望楼、窝铺等设施毕具。其他如平湖、崇德、桐乡、青浦、上海、崇明等县城，也在此时建成。
府州县 城建及用材情况 城池规模及配套设施
苏州府 昆山县 嘉靖十七年因旧基以砖石 周12里，长2387丈，高2丈8尺；池深5尺，广6尺。嘉靖八年，于东门外置水关，上有门楼。旱门6，水门5；雉堞4587。三十三年，增筑6门、月城及敌台26座、窝铺25座，又于东南北三隅增建敌楼3所。
常熟县 元至正十六年，张士诚据吴，为砖城 周1666丈，高2丈4尺；内外皆有濠，外濠之广倍于内。嘉靖三十二年，重筑；门7，水关5。
吴江县 旧城高2丈8尺，厚1丈5尺，周5里27步；嘉靖时增高至3丈2尺，厚1丈8尺。嘉靖三十三年，增筑。三十六年，覆以砖，门4月城，长1084丈5尺，雉堞2222，敌台26，窝铺40。
太仓州 元末移常熟支塘城改筑 旧城高2丈，广3丈，周14里50步；濠周回15里170步，深1丈5尺，广8丈6尺。水门3，陆门7，门楼4；巡警铺66，敌台28。
嘉定县 元末明初筑以砖石 旧城周9里，计1694丈，高1丈5尺；濠广13丈，深1丈；堑广2丈，深5尺。嘉靖十五年增开北门；十九年增筑城上土墙；三十二年改筑砖堞，周2266丈6尺，高2丈6尺，基5丈，面广3丈。后重筑东南隅，置堞2369，加高4尺，增东门月城；4门各建城楼，置敌台16座，守铺36。
崇明县 嘉靖三十四年始筑砖城 砖城周围1295丈2尺，高1丈，8尺阔；池深1丈，阔10余丈。嘉靖二十九年，规城基7里3分；三十二年筑土城；三十四年筑砖城，门4。
松江府 上海县 周围9里，高2丈4尺；濠广6丈，深1丈7尺。嘉靖三十二年始筑城区，敌楼1，平台2，堞3600垛，穿廊78。门6，水门3。三十六年，增敌楼3，箭台20，环濠筑土墙，高台层楼3。
青浦县 嘉靖十九年始建 周围共8里，高2丈3尺；濠广3丈，深1丈。箭垛1715，敌台7，窝铺48；门楼6，旱门5，水关3，月城3。
嘉兴府 嘉善县 嘉靖三十三年兴筑 城垣周1502丈，高3丈，广2丈，壕阔6丈；周围方9里；濠周于城，阔6丈。水门5，陆门4，各因其坊旧名。城楼如之。垛2664，月城144丈，望楼4座，水门旁台5座，墩台12座，窝铺36间。
海盐县 旧城周围6里35步，高2丈5尺。新筑外墉高1丈3尺，阔6尺。旧城陆门4，上下相对，各设兵马司；水门3。嘉靖三十二年沿城增筑土城为外墉，四关外为门，门有栅，栅置守卒。三十三年增子城4，敌楼18，敌台2。
平湖县 嘉靖三十二年兴筑 城凡9里，高2丈5尺，阔2丈，周1609丈；城濠周围阔5丈。嘉靖三十五年建东、北二瓮城。四十一年增女墙，加高雉堞，并高5尺；增置窝铺112；陆门5，水门5。
崇德县 嘉靖三十四年始筑 城周7里30步，高2丈7尺，阔1丈5尺。嘉靖三十九年增筑，水、旱门各5；南北城门各1座，箭台30，窝铺24。
桐乡县 嘉靖三十二年筑，上砖下石 周围5里，计1200丈，外高3丈1尺，内高1丈4尺，面阔1丈8尺，脚阔2丈2尺；壕周城，广6丈，深2丈5尺。陆门4，水门4；垛凡1012，城楼4座，月城4，敌台13，敌楼8。
湖州府 长兴县 明筑砖城 城周929丈；高3丈，阔2丈8尺5寸。城门6，各有瓮城，水门2。嘉靖三十五年增筑，建楼于6门之上，置窝铺30座。
武康县 无城，惟累土为缭垣
德清县 明初存土郛；嘉靖二十五年于要路四门各围以石；三十二年筑城 城周773丈5尺，高2丈3尺，阔2丈。四门上筑望楼；上下各水门5，又西水门1，陆门5；垛1540，敌台70座，月城10丈，敌台3，铺25。
孝丰县 原为土垣 周围610丈，广679丈，高2丈，厚半之；城濠自西跨北，广3丈。土城，门4，城楼4，窝铺8，水洞3
安吉州 原安吉县城，为土城。嘉靖三十三年城内土岸以石 旧土城6里，高2丈，广1丈；引溪水为濠，凿濠为池，仅通舟筏。门4。嘉靖三十一年重修，增建城楼、更铺。三十三年，又增高3尺。
常州府 无锡县 嘉靖三十三年筑以砖石 周18里，计1713丈，高2丈1尺；池深2丈，阔1丈7尺。嘉靖三十三年修筑；陆门4，水门3。
宜兴县 周回1里90步。嘉靖三十四年增建敌台5座；四十三年，增建东西关楼。
江阴县 嘉靖二十二年，叠石培址，以砖为面，完成几达三分之一。三十六年筑成砖城 周回13里；池深7尺，阔4丈2尺。嘉靖十二年增建城楼八座。嘉靖三十六年，月城、门楼、窝铺尽撤而新之，又于西北城添设铺舍，城之临江者增置栏马墙。
靖江县 嘉靖三十二年，改砖石 周回7里40步；池广6丈5尺，深1丈8尺。嘉靖三十二年增设敌台门楼女墙，改筑水关于东门之南。三十四年，复浚濠堑，加瓮城，增高旧城。四十三年，以城中民稠地窄，欲扩城西，未果。
除府城县城之外，明初以来颓废的卫所等军事城镇城防也得到了重新加强，常州府杨舍堡。因嘉靖间倭警不断，至嘉靖三十七年（1558年）由巡按尚维持负责筹建，城周六百多丈，高二丈三尺，门四，水关一。苏州府西北角濒长江南岸的常熟县福山城，地接常州府江阴县。嘉靖三十四年（1555年），知县冯舜渔与江阴县主簿曹廷慧共同负责修筑，城市规模为周围四里。在万历间还得到重修，工程由知县杨涟负责。加强福山的城防，目的明显是为了“设兵防江”，福山自然也就成了常熟境内的一个重镇。
吴淞江所（清代所设宝山县城之前身），嘉靖十六年（1537年）兵备副使王仪更筑土城于旧城西南一里。嘉靖十九年（1540年），倭寇入寇，军民移栖新城，以旧城为教场。三十二年（1553年）夏四月倭寇围逼旧城，城遭毁坏。次年巡按尚维持以土城难守，檄嘉定知县杨旦筑新城，周七百三十丈，高二丈四尺；濠广二丈四尺，深一丈，堑广二丈，深八尺；增辟西北水门一座，陆门有四座；雉堞一千一百九十个，敌台九座，窝铺四十间。
嘉兴府海盐县的澉浦城，在县城西南三十六里。洪武十九年（1386）明朝政府命安庆侯、荥阳侯委海宁千户费进度地筑土为城，周围八里十七步，高二丈四尺五寸。永乐十六年（1418年）都指挥谷祥以砖石包砌；正统八年（1443年）侍郎焦宏、参政俞士悦勘议，令杭、嘉、湖三府备料重加包葺。嘉靖三十三年（1554年），知县郑茂增筑，并建敌台十六座，陆门四，西水门一；池周九里三步，阔五丈，深一丈一尺。
乍浦城，在平湖县东南27里。洪武十九年（1386年）信国公汤和置乍浦守御千户所，累土筑城，城形正方。永乐十二年（1414年）都指挥谷祥始用石砌。正统八年（1443年）久雨倾颓，侍郎焦宏、参政俞士悦奏令杭嘉湖三府葺治。景泰二年（1451年），都指挥使王谦添设城楼四，后废。嘉靖三十三年（1554年），知县刘存义增筑并建敌楼十座，城周九里十三步，高二丈，广一丈五尺，窝铺二十七座，陆门四座，北水门1座；壕周一千六百三十丈，深八尺，阔十丈，吊桥四座。
松江府的金山卫、青村、南汇嘴三城都是在洪武十九年（1386年）由安远侯主持修筑的。永乐十五年（1417年），都指挥使谷祥增筑。后由指挥侯端等重修浚治金山城池，弘治初指挥使翁熊重修。金山卫是后来金山县城的前身，其地在松江府城南七十二里，西连乍浦，东接青村，周十二里三百步，高二丈八尺。濠周于城，深一丈八尺，面广十二丈。陆门八，水门一，门楼四，角楼四，腰楼八，敌台八，间以箭楼四十八座，雉堞三千六百七十八垛。青村城，后来奉贤县城的前身，在金山城东一百里。周围六里，高二丈五尺，濠广二十四丈，深七尺多，城门四，上各有楼，外各有月城，角楼四，敌台十一，箭楼二十八。南汇嘴城，在青村北五十里，周围九里一百三十步，高二丈二尺，濠周于城，深七尺多，广二十四丈，陆门四，水门四，门楼、角楼各四，敌台四，箭楼四十。
这些卫所城市基本上环状分布于江南的沿海地带，属于海陆交接的重要据点，从整个海防形势上看，更体现了跨政区的联合，构成了一个滨海城防网络，城市防护群的特征较为明显。除此之外，还有一些更小的堡垒，如独山巡检司城，在平湖县东南40里，在独山南。洪武十四年，改名乍浦镇巡检司，移驻乍浦。十九年，乍浦设千户，巡检张观音奴建城于独山，城周一百二十丈，高一丈五尺，濠深二丈，阔一丈五尺。白沙湾，在平湖县治东南五十三里，距乍浦二十里。城周围一里二十丈，濠池深五尺，阔二丈。洪武十九年巡检辛得名所修筑，用于扼贩卖盗窃要冲必经之地。其他还有徐家带、钱家带、广陈、新仓、新带、旧带（即陆家带）等小城堡。
地不利、天不时、人不和
从府城、县城、卫所城的规制对比来看，在“嘉靖大倭乱”之时，除苏州、杭州这两座大型府城之外，其他较小的府城和县城城防设施均相当差，城防的象征意义要大于实际意义。有些县城干脆没有城防。因此在早期城防建设这块，江南地区的防御重点，主要是集中在沿海要地的卫所城上。但由于明初海防体也系逐渐败坏，从而导致明朝的沿海防御体系上，出现了较大的漏洞，使得乘虚而入的倭寇进入了基本不设防的防线内侧，从而导致倭乱初期的明朝的巨大损失。但是，这种乘虚而入跟江南特殊的地理环境是分不开的，那就是水。因为，城市防御的建筑除了城墙和其附属建筑，还有一向重要的防御设施，通常被人们所忽视了，那就是护城河。从上面所列的城市构建来看，大部分城市都拥有就水门和护城河，这些护城河和北方不同，要宽阔的多。由于江南地区河流众多，这些护城河动辄十几米乃至三、四十米宽，在起到防御作用的同时，还用于城市内外交通。水面交通当然是用船来作为交通工具的，但是倭寇也是海寇，他们也是乘船而来的，所以宽广的护城河对倭寇来说根本不是障碍，而是坦途。倭寇浮海而来，直接进入河道后，可以沿着水路进入护城河，从而直抵城墙，而未经整修的城墙，通常都很低矮。倭寇甚至可以直接从船的跳到城墙之上。
◎ 日本西部地区所发掘出的中国人聚集地
◎ 日本中世纪国际国内航线图，即倭寇入侵航线图
另外，根据明代人对倭寇入侵中国沿海地域的一般认识，倭寇的内侵与当时的气候条件有着密切的关系，内侵的路线与地点选择往往随气候变化而有不同。无论如何提及倭寇的人员成分比例，倭寇也都是从日本本土出发来华的，以萨摩、肥后、长门三州地方居多，其次是大隅、筑后、博多、日光、摄津、纪伊、种子岛。由于倭寇入侵多从海上，舟船行程与入侵能力便与风候有相当的关联。明人早已指出，倭寇悬度大海，经以旬月，“非风候不行”。根据风向变换，其入侵方位也有所不同，而入侵路程的远近则以风力强弱为定。如果东北风较猛，就可以从萨摩或五岛抵达大小琉球，再按风向的变化，如果北风多，就南犯广东；如果东风多，就西侵福建；如果东北风多，就依托沿海岛屿分成几支船队，入侵温州，或者通过舟山南侵定海，依次可至象山、奉化、昌国、台州等地；如果正东风多，则可通过洋山之南侵入到临观和钱塘地区，或由洋山而北攻青村、南汇以及太仓，甚至直入长江。这是明代人对倭寇入侵中国沿海地域的一般认识。
◎ 中国东部沿海水深分布图，从图上可以看到江浙地区有大面积的浅水区域
◎ 中国东部沿海地质稳定性分布图，从图上可以看到东南沿海地区地质结构并不稳定
而江浙地区还有一项非常不利沿海防御的自然因素，浙江靠海，而海水是有潮汐现象的。潮汐现象是指海水在天体（主要是月球和太阳）引潮力作用下所产生的周期性运动，习惯上把海面垂直方向涨落称为潮汐。海水在潮汐作用下的涨落，之间会有一个很大的水位差异，这个差异叫做潮差。而著名的钱塘江大潮，就是这种潮差现象的壮观体现之一。当然，江浙地区也不是处处都如同钱塘江一般，潮差达到8米左右。浙江省的潮差平均值是4.29米，换算明代度量衡的话，大约为一丈三尺。这种落差可以让在涨潮时航行无碍的大型船只，如大福船之类的战舰，在落潮的时候直接连船底都露出水面。如果单纯只是潮差，影响也不算很大，但是浙江处于长江出海口，滚滚长江携带大量泥沙入海，在江浙地区沿海地区，制造了大面积的浅滩。大面积的浅滩，如果再加上潮差，在没有现代疏浚航道技术条件下，对于古代大型海船的沿海活动，造成了很大的不利因素。例如俞大猷当时从福建乘坐福船，来到浙江西部沿海之时，在其《论浙西海势》中就提到，因为福船吃水太深，他当时要离岸四十余里才能安全泊碇。
◎ 西太平洋地区最大可能潮差图，从图上可以看到长江三角洲地区最大可能潮差在五到六米，结合水深分布图来看，江浙地区沿海十分不利于大型船舶活动。
倭寇的作战目的是为了劫掠，而非与明廷争夺制海权。所以其虽然有不少大中型船只，但是在抵达中国沿海后，通常都会抢夺渔民船只而换乘中小船只。“倭船若我小仓船”这里所说的仓船，指的是明军战船序列中的四号战船海沧船，吃水只有大福船的一半，乘员通常在五十到六十人之间，如果加载，可以达到百人左右。这样的船比明初载员不过二三十人的倭船要大得多，十来条船就可以投送千人左右登岸。而且这种船有风可以疾驶，无风用桨也能操作，七尺深吃水也可以直接开入护城河而毫无阻碍。而浙江的海况不允许明军大量使用大型战舰，所以双方的船只规格在江浙近海地区其实已经持平，因此明军此时已经不能依靠同类型的船只，来对倭寇的船只构成技术上的优势。既然技术上不存在优势，那么只能依靠数量，而如果对比数量，动辄几十上百，乃至上千的船只数量，也不可能是明军一个地区的战船数量能够比拟的。所以当倭寇浮海而来，明军虽然一直努力在海上拦截倭寇，但仍然会有不少倭寇登岸。
因此虽然反应过来的明朝政府做出了努力，但是浙江沿海积弊已深，再加上地利不便。纵使虽然俞大猷、汤克宽等人多有斩获，但是这些人更像救火队员，那里火起那里跑。而处于卫所瓦解时期的当地驻军，根本无法抵御人员战力均占优势的倭寇。
比如之前那股于嘉靖三十二年（1553年）四月攻破上海的倭寇，不久后就以上海为基地，分兵四处进攻。吴淞所和南汇所首当其冲，倭寇攻陷之后屠掉了吴淞所和南汇所。随后进攻江阴、江北不克，转掠海州，杀死了城外二百多名平民。还有有一股五百多人的倭寇攻破了浙江临山卫，同时福宁州桊屿所也遭到了洗劫，浙江这股倭寇在攻占临山卫之后乘胜进攻松阳县城，被知县罗拱辰领兵击退，随即乘船退走，被及时赶到的俞大猷在海上歼灭。
从这年四月份的战报可以看的很明显，明朝沿海薄弱的守备力量，基本无法抵御在海上机动灵活调配兵力，登陆之后快进快出的倭寇。王忬是以俞大猷和汤克宽二人为机动部队，一旦倭寇在攻城掠地时稍有延迟，便会被俞大猷和汤克宽所率领的机动部队歼灭或击溃。因此到了五月，倭寇侦查到汤克宽此时驻扎在盐城之后，直接集结了四千余人包围盐城，准备消灭汤克宽。倭寇接连攻城三日，汤克宽在兵力劣势的情况下死守盐城，战况异常激烈。但是汤克宽指挥有道，身先士卒，在城墙坍塌的情况下仍岿然不动。倭寇见势不可无，纵火焚烧了城楼和民房数百间离去。
未能拿下汤克宽的倭寇再次调头攻打上海。之前已经说过，上海县在嘉靖初年并无城墙，仅仅是一圈木栅栏，加之上一个月刚被攻破不久，工事和兵力都很薄弱。知县俞显科眼见倭寇势大，逃匿无踪。指挥武尚文与县丞宋鳖与倭寇在街市巷战，不敌战死，上海沦陷。倭寇在上海停留了七天，到处烧杀抢掠，未来的“东方明珠”在倭寇离去之后，已被夷为平地。随后倭寇沿着南下路线继续深入，攻占乍浦所。在四月战争中表现良好的松阳知县罗拱辰领兵前来支援，倭寇不敌，浮海南下进入象山湾，登陆后以流寇战术洗劫奉化、宁海两地，被赶到的汤克宽率军包围在奉化独山民居中，汤克宽以牙还牙的复制了盐城之战时倭寇纵火焚城的模式，火攻焚毁了倭寇赖以抵御的民居，一半倭寇都被烧死在包围圈内，剩下的逃到海边，乘船离去。之后倭患暂且平息。
可以说，明朝在嘉靖三十二年（1553年）的倭寇入侵中暴露了很多问题，比如沿海防御兵力不足，长期未经战事的士兵战斗力和战斗意志低下，不少生长在和平年代的将领没有能力应对战争。然而，此时天时也不在明朝一边，导致明朝此时无力在东南投入多少精力。其原因跟当年高丽的情况一样，此时北方边境上蒙古人的军事入侵。自明孝宗弘治皇帝废除开中法（明代鼓励商人输运粮食到边塞换取盐引﹐给予贩盐专利的制度），盐商不再需要从北方边境用军粮换取盐引，导致边境军粮储备政策名存实亡。自此明朝北方边境粮价暴涨，粮价普遍是开中法废除之前的两倍以上，因此明朝北方卫所制度直接开始解体。虽然其子正德皇帝用亲征的方式试图挽救，但是他也不能凭空变出粮食。加上他父亲孝宗皇帝为了体恤亲民，废除了一贯以来的定期出兵搜索河套的政策，使得河套成为了蒙古人的乐园。
◎ 蒙古土默特部首领孛儿只斤（包尔之金）·格根，明人称之为俺答汗，自称阿拉坦汗，曾封西藏喇嘛索南嘉措为“圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛”。即“达赖喇嘛”封号由俺答汗所首封，其用意为在草原传播喇嘛教，以对抗传播至草原的汉文化。
河套的蒙古人，当年被称为“套虏”。那些定居河套地区的蒙古人，在掳掠的汉人农民和工匠的技术支撑下越发强大。加之明军军制瓦解，大量没有饭吃的士兵投奔蒙古。使得明朝在军事技术上都已经不再存在优势。在明嘉靖年间，是蒙古俺答汗在位期间，蒙古在其手上达到了自元朝之后的鼎盛。俺答清楚地知道蒙古和中原王朝之间的技术差距，重金招揽汉族工匠、逃兵、文人，乃至强抢。俺答甚至在自己居住的大帐上写上“举人诸生幸临者，我厚遇之，与富等，于是边民黠知书者，诈称举人诸生，日诣虏帐，趾相错”。这些投奔蒙古的人，稍有才能便可以分的部众，即便什么都不会，也会分给土地耕种。“套虏”从而获取了明朝的军事部署、兵力虚实，而在武器装备制造也达到了与明军等同的水平。嘉靖二十三年（1544年）时，蒙古的间谍甚至都进入北京兵仗局学习铸造佛狼机铳。
因此嘉靖年间，每隔几年蒙古便会大举入侵一次，动辄五万、十万、乃至十几万人。嘉靖二十九年（1550年），俺答攻破古北口，一直打到北京，在京畿大掠三月而去。嘉靖三十年（1551年），白莲教教主吕鹤等在山西扯旗造反，失败后上万教徒投奔河套。蒙古势力再次膨胀，草原上出现了一连串的板升（蒙古语有城、屋、堡子之意的意思）。汪直在嘉靖三十一年（1552年）开始登岸劫掠，多少也有乘明朝政府忙于北部边防，无暇南顾的意思。
◎ 日本长崎所立倭寇雕像
因此，当王忬请求派朝廷调拨他省军队，以加强浙江地区防御的时候，明朝算来算去，都算不到能调用的兵。山东兵不习水战，福建兵悍勇惯习水战，但是福建本身就在倭寇的入侵范围内，也抽不出什么兵。迫于无奈，明朝政府只能从浙江省内陆地区挤挤，从处州（浙江丽水）那边，调拨了一两千处州兵。汤克宽因为此战杀倭有功，被升任海防副总兵，驻守长江口的金山卫。明廷虽然重新加强了长江的防御，但是由于堪战兵力不足，只能说聊胜于无。
汤克宽到达金山卫任职的时候，发现六月的倭寇有一支因为船被风吹坏，躲藏在崇明南沙，就是现在长江口的崇明岛，当年还是沙洲。由于这里是长江口出海口，倭寇聚集在此，如沿长江北上，将会威胁南京。于是汤克宽和佥事任环，率军包围了这股倭寇。困兽犹斗，逃不出去的倭寇在南沙拼死抵抗，加之沙地滩涂，登陆困难。明军战败，士兵阵亡四百余人。强攻不行，只能改为围困。明军在海口以船列阵，围了几圈，但是汤克宽只是个副总兵，配合作战的诸如南京工部尚书应天巡抚等人，他根本指挥不动，只能靠围困。围困的明军在水上飘了五个月，军中疫病流行。明军觉得就这么围下去不是办法，倭寇还没消灭，自己就要完蛋了。明军只能打开包围圈的一角，让这股倭寇离去。
震怒之下的嘉靖，派锦衣卫将将南京工部尚书应天巡抚拘捕到北京，一撸到底，削职为民。海防副总兵汤克宽和备倭都指挥梁凤，因攻敌不克，坐视倭寇流窜，被嘉靖降职，勒令待罪立功。嘉靖并命令通泰参将解仁替代汤克宽，福建备倭都指挥使卢镗，替代梁凤。嘉靖三十三年（1554年）二月，在日本与汪直分道扬镳的徐惟学、徐海部倭寇开始自行进攻中国沿海。
徐海是徐惟学的侄子，徐惟学在双屿之时就是著名的走私商之一。徐海原本年青时在杭州虎跑寺出家当和尚，后来看自己叔叔因走私通番而富可敌国，山珍海味绫罗绸缎左拥右抱的，自己在和尚庙里青灯古佛粗茶淡饭，于是按捺不住投奔叔叔犯禁发财去了。徐惟学穷困的时候，甚至还拿自己的这位亲侄子当抵押，在大隅找人借过几万两银子。徐海在日本期间，依靠日本人对中国文化的敬仰，加上自己年轻时在虎跑寺的佛学底子，很是在崇佛的日本拉了一群崇拜者，被日本人尊称明山和尚。而日本人本身对跟着和尚去抢劫也并不排斥。双屿之战明军就俘虏过十多个参与抢劫的日本和尚。
◎ 日本所绘倭寇暴行图
徐惟学、徐海二人所部倭寇，在二月聚集两千余人再次抵达南沙，进攻苏州和松江府。汤克宽领兵突袭倭寇登陆地点采淘港，斩首一百八十级。倭寇登船北上，进攻参将解仁已经离开的通泰县，将周围盐场掳掠一空。还有部分倭寇登陆青州徐州，山东辽东沿海开始戒严。俞大猷进攻宁波外海普陀山倭寇，结果就遭到了之前提过的那次惨败。俞大猷的水兵在登陆之际被倭寇突袭，海陆夹击，明军阵亡三百余人。
另一路倭寇在浙江杭州湾登陆，沿着盐城北上进攻嘉兴府，卢镗率兵与倭寇交战，倭寇不敌，退兵而去，在孟宗堰设伏。第二天再来明军面前挑战，诈败逃至埋伏圈内，明军不知有诈，追至孟宗堰，倭寇伏兵大起，明军当场阵亡四百余人，淹死五百余人，都司周应桢、指挥李元律等人阵亡。经此一败，明军在嘉兴附近再也没有能抵御倭寇的野战力量，倭寇乘胜攻入石敦山，分兵四掠，攻陷嘉善县，将沿河漕运船只一焚而尽后，进攻嘉兴府城。看到这里，明军基本处于被动应对节节败退的境地。
