而且胡宗宪心思缜密，他还设下了一条“连环计”。陈东除了那封招他入城的信，还收到了一封由胡宗宪口述，叶明手书，收款人是陈东的密信。上面的内容是说叶明和陈东要在离开之前，合谋杀死徐海。自然，这封信也随着陈东的被捕而被徐海“发现”了。徐海自然对“救命恩人”胡宗宪感激不尽，于是尽心尽力的帮胡宗宪打击剩余的中小头目，甚至连自己的部属也不放过了。
十九日，徐海将叶明所穿的盔甲献给胡宗宪，胡宗宪回赠金银轿伞，招徐海入城见面，发现只剩孤家寡人的徐海心中恐惧，没有前去。二十四日，发现徐海心有警惕的胡宗宪将计就计，征集一百多条大型运输船，放置海口，与倭寇交换军船。心中忐忑的徐海在观望三天后，看胡宗宪任由倭寇取船东归日本，不敢再待的徐海于二十七日傍晚，将自己抢来的财货转移到二十七条船上，准备也回到日本。结果被换船的其他倭寇发现。大怒之下的诸部倭寇火拼徐海部，两边各死一百多人，眼见无法去日本的徐海只能悻悻而归。
得到这个消息的胡宗宪决定出兵了，二十九日，明军大军云集海口，此时有的倭寇已经离开，有的还没来得及开船，还有些还在海岸屯驻，分成数百个小团伙。一团散沙毫无战意的倭寇，自然不是已经准备许久的明军对手。海口附近的倭寇团伙被明军全部消灭，战船蔽海，炮声震天，惊惧之下的徐海本来已经打算走，眼看这样的情景，只得开船掉头，明军并未阻拦，于是徐海所部回到梁庄驻屯。
八月初一日，徐海入平湖城，宴请赵文华、胡宗宪、阮鹗和赵孔昭四人。当时所约定日期是八月二日，徐海为显示强硬，没有遵守期限，先一日率其部众在城外列阵，自己带着几十个亲兵入城。明军各路官兵立即联兵，直抵各衙门，将兵器排开，任倭寇观看。当宴会开始之时，徐海跪地叩首，大呼：“天星爷！死罪！死罪！”赵文华命人将其扶起。其实到现在，徐海也只与胡宗宪通过书信，并未见到本人。于是徐海问通事那个是胡宗宪。通事指给他看，徐海再次向胡宗宪跪地叩首，大呼死罪。胡宗宪下堂，用手摸着徐海的头说：“不要再作孽了。”徐海再次口称天星爷死罪，于是赵文华、胡宗宪、阮鹗和赵孔昭厚赏徐海，让其出城。
徐海表现得很恭顺，但是他在赴宴时衣服内穿着铠甲，结果被胡宗宪发现了。本来就没想放过徐海的胡宗宪，借着剿灭倭寇残党的名义四处调兵，水陆戒严。发现被逐渐合围的徐海后悔自断羽翼，开始暗暗做战争准备，十五日，平湖守备邀请徐海赏月，徐海没有去。十六日，乍浦使节到达沈家庄，被徐海拘留。十七日胡宗宪的使者到达，徐海杀了来使，准备开战。
八月二十日，明军出兵，进攻徐海所在沈家庄。指挥李昂、王诏，监生谢德行、施良臣，都司李经等，统领永顺、保靖二司官兵先期抵达，擒获倭寇四名，献俘胡宗宪。大军云集沈家庄外，赵文华、胡宗宪、阮鹗三人亲自督战，四面围攻，徐海据险不出。二十三日，永顺宣慰使彭翼南没伏诱贼，擒斩倭级二十一颗。二十四日，明军再次强攻沈家庄，徐海以发熕守路口，炮击明军。炮弹用尽，徐海就用银两做炮弹，打得弹如雨下，明军被迫撤退。
二十五日，胡宗宪取民家狗数百为一群，外裹军装，以引诱徐海炮击，令各该官兵鼓噪齐进，以转移诱徐海方注意力。郎中郭仁令参将唐玉兵、刘进等从南，卿史际家中（人名）兵、段天恩等（人名）、从东职（人名）属下正兵从西，永顺长官汪相、向銮从北，四面放火，焚烧栅栏。从早上十点，打到晚上六点。倭寇大败，明军斩首一千二百余级，眼见大势已去的徐海投河而死，被永保兵捞起，斩下首级。不过这股倭寇韧性的确相当不错，直到第二天，还有几个倭寇从沟壑中突出，与明军战斗中被杀，而出海在外的辛五郎被卢镗用计擒获。徐海死后，剩下的陈东、叶明等五名倭寇头目，在九月初八，被胡宗宪斩首嘉兴北教场。十二月，俞大猷攻破舟山倭寇巢穴，斩首一百四十余级，徐海倭患平息。
招安计擒汪直
自从嘉靖三十二年（1553年），最大的倭寇头目汪直，逃回日本之后，一直没有什么大动作。不过这只是假象罢了，汪直一边看着徐海在中国沿海肆虐，替自己做探路先锋，一边指示手下，把袭扰的目标指向了朝鲜半岛，以准备检验自己的实力。
嘉靖三十四年（1555年）五月十一日，七十多条倭寇船到达李朝达梁浦，在观望李朝无力应对后，从梨津浦、达梁浦,分东西两路登陆。这股倭寇吹角放炮，挥枪拔剑，将达梁港四周房屋焚毁，然后包围镇城。加里浦佥使李世麟，立刻飞马驰报于兵使元绩。元绩接报后，与长兴府使韩蕴、灵严郡守李德坚，领兵二百前往救援，抵达达梁后与倭寇交战，倭寇诈为退兵，元绩以为倭寇已退，于是进入达梁城中，然而倭寇重领大军前来，包围达梁。
◎ 日本所立汪直像
这股倭寇，其实就是汪直所部。李朝建国初期，为了抵御倭寇，很是加强了水军装备建设。李朝火炮战船应用时间非常早，国内沿边要塞也备有大量火器。然而这次达梁保卫战，李朝的火器却处于了劣势。李朝水军炮击倭船，炮弹被弹回。双方互相以火器射击，李朝军队也总是被压制。李朝军队火力不如倭寇，达梁自然守不住，五月十三日，倭寇围城六重，守军登高射箭，倭寇插旗与城下，持盾牌攻城。节度使元绩，见城中箭矢用尽，命令军士脱去衣甲，向倭寇乞降。倭寇架梯登城墙而入，达梁陷落。兵使元绩、长兴府使韩蕴被倭寇杀死。灵严郡守李德坚乞降，倭寇命他手持书契，扬言要直攻李朝首都。
达梁被围之时，李朝海南县监边恊、珍岛郡守崔潾、水使金贇、光州牧使李希孙都率军前去救援。但这些援军因兵力稀少，战斗力低下，加之互相不配合，均被倭寇击败。其中，边恊领兵三百人，被杀的只剩他一个人逃回。倭寇乘胜进攻达梁周边城镇，先逼兵营及康津县，李朝守军望风而逃。于是倭寇入城放火，仓库、衙门被毁，军粮、器械，均被倭寇夺取。其后倭寇进攻长兴府，长兴府守军在前几天救援达梁，已经全军覆没，所以长兴府只剩空城一座。倭寇进据长兴府后，四散入乡镇抢掠。每村派遣倭寇少的仅仅只有三、四个人，但是李朝村民没有一个敢抵抗。就这样，长兴府沿海城镇，被倭寇掳掠一空。倭寇将抢来的财物，分载牛马运抵灵严乡校，打算进攻灵严城。
防御使金景锡和全州府尹李润庆留守灵严，倭寇先派先锋持黄旗，前往城下招降守军，同时击剑大喝，声震天地。李润庆请求出战，金景锡见倭寇势大，不敢出城。第二天，倭寇聚集在于灵严东门外，拔剑高呼，威吓灵严守军。李润庆率军出城与倭寇对峙，同时派人抄小路绕道严灵乡校。这时倭寇头目正坐在神殿神位上指挥倭寇。所谓“射人先射马，擒贼先擒王”。趁着倭寇不注意，李朝士兵突起拉弓对准这个倭寇头目齐射，其后顺风放火。齐射中有一支箭射中了该头目左腿。指挥官受伤，指挥部被烧，前方倭寇赶紧回军救援，李润庆趁机从背后掩杀，斩首一百余级。倭寇救回指挥官后，丢下抢掠的财物撤离灵严。
六月二十一日，倭船四十余只，从甫吉岛出发，直抵济州岛一里多的海面，下碇石停留。济州告急，李朝明宗命李世麟率领水军救援济州。二十七日，一千余名倭寇登陆列阵，济州牧使金秀文率军与倭寇列阵交锋。金秀文见倭寇头目戴着一顶头盔，站在阵前与李朝守军对射，于是命令部下神箭手金梦根用片箭偷袭。金梦根熟悉本地地形，于是偷偷绕至倭寇后面，一箭射中该头目后背，倭寇以为李朝前后夹击，随即撤军，金修文趁机追击，斩首五十四级。随着李朝援军赶到，倭寇撤军离去。
这次倭寇入侵，李朝称之为“乙卯倭变”，这新一轮性质的倭寇，以超越李朝正规军的装备，碾压了李朝的沿海边防。李朝为此设立了备边司，但是根本的问题在于，李朝水军装备不如倭寇。船不如倭船大，炮没有倭船凶狠。“倭船之大，大于我国大猛船”，“其船非常高大，因设防牌，难以箭破。虽放铳筒，亦不能破”，“古者倭船以薄板为之，故破之甚易。今则与唐人交通，造船极牢，铳筒终不可破也”，“全罗道仇助岛，相战逃躲之船则建龙大旗,善放铁丸，机械非常，体样异凡，虽遇我国战船,略无惊惧之色，下碇拒战。右水使崔希孝不能措捕，军官、蒿工,亦逢铁丸立死，以致贼船西走大洋。”“贼船高大坚实,虽放天、地字铳筒，未易冲破”。
◎ 嘉靖乙卯铭天字铳筒
倭船其实就是唐船，汪直在日本造船，以期进攻中国。因此倭寇巨大的船只颠覆了以往李朝的认知。在李朝的应对模式中，几十年前的三浦倭乱，倭寇不过二三十人一条船。现在的倭寇船只，大到可容数百人，而李朝水军现役最大的大猛船，乘员只有区区五十余人，最多不过八十人。天字铳筒是李朝当时最大的火炮炮种。1978年12月07日，在韩国出土了一门嘉靖乙卯年的天字铳筒。该铳筒全长1.31米，口径12.8cm，管径比约为1：10，是一门传统的中式火炮。铭文为“嘉靖乙卯十月天四百九十三斤十两匠梁内了同”，参考倭寇活动在五月到七月，这门火炮应当是李朝专门为应对倭寇入侵而铸造的。根据朝鲜的兵书《戎垣必备》，天字铳筒所使用的火炮弹丸，为内铁外铅的炮弹水铁铅衣丸，重达十三斤，而地字铳丸，则重八斤。
◎ 水铁铅衣丸（内铁外铅炮弹）（《戎垣必备》）
以这样的弹丸重量，对付倭寇的战船依旧不容易，地字以下的的火炮真就只能目视。“倭贼败北于鹿岛之时，无天字、地字铳筒，故不能破其贼船，致令遁去，极为痛愤”，鉴于李朝一直以来面对的敌人，装备均比李朝落后，因此一直以来李朝军队所使用的，多为中小型火器，大型火炮不多。倭寇的来去自如给了李朝明宗极大的刺激，在汪直派倭寇入侵朝鲜半岛之后，明宗下令全国缴铜十万斤，次年再缴十万斤，用以赶铸火炮。这批铜数量不少，如铸造天字铳筒，可造四百门。再制造传统火炮的同时，李朝也在学习倭寇的造船技术和火炮技术，龟船的前身板屋船，和葡萄牙人的佛朗机炮，便是此时李朝为抵御汪直入侵，进而引入朝鲜水军序列的。
◎ 1557年4月李氏朝鲜所造地字铳筒，全长89cm，口径10.5cm
朝鲜虽然很好打，但是毕竟国小民贫，不如中国的东南沿海地区富庶。因此当徐海被剿灭后，汪直所部倭寇，开始进攻江浙地区。嘉靖三十六年（1557年）三月，有倭寇驾驶七艘倭船，自江苏金沙登岸，进攻如皋，然后到泰州，转掠扬州、山东，最后到达徐州。明军野战失利，倭寇穿过徐州境内到达新水、关矢以及城中地区，然后进攻天长。都司沃田、把总丘君宠分别领军与其交战，均全军覆没，倭寇乘胜攻入天长县城，大肆劫掠。之后该股再从石梁前往盱眙，攻入县城，抢掠之后进攻泗州，泗洲城防坚固，倭寇未能攻下。为躲避明军反击，这股倭寇四下分兵到达清河，攻入县城，纵火焚掠而去之后到达淮安，转入安东县境内劫掠。
徐海部倭寇之前主要在浙江省活动，江苏在一开始并不是倭寇的主攻目标，因此此时明军东南沿海主力部队，正在浙江省境内。所以倭寇这次教科书一般标准的乘虚而入，打了明军一个措手不及。当倭寇抵达扬州城附近的湾头镇时，疲于奔命的明军主力还没有赶到。倭寇在湾头镇休整了几天，没有攻打戒备森严的扬州城，而是掉头进入高邮境内，攻入宝应县城，住了一晚后离城而去，进入淮安境内。这帮倭寇在淮安抢了四十多条民船之后，再次回到宝应县，放火烧毁官府衙门和仓库，并掘开宝应县北部上河堤坝，乘水势驾船东归，由盐城至庙湾入海。
倭寇攻掠扬州、高邮，四处流窜到天长、六合等地，这些府县距离南京都非常近。而且淮扬是京杭大运河上的要冲，倭寇在淮扬地区活动，将严重影响漕运的安全。而且南京附近的紫金山上，还有明太祖朱元璋的陵墓。于是嘉靖严令江南明军围剿这股倭寇。闰六月，淮扬兵备副使于德昌等督兵击倭贼于东乡。德昌督水陆兵参将刘显，率明军向倭寇发起进攻，刘显亲自冲锋在前，斩杀倭寇首领，倭寇随即崩溃，登船欲逃。明军击鼓列阵前行，水陆夹击，斩首一百余级，顺风防火烧船。倭寇大乱，很多人被烧死淹死。残部突围而出，停泊在云梯关。乘明军追兵未到，走去刀门港，从南京逃离。
九月二十五日，倭寇之王汪直，即汪五峰，率其部精锐数千人，停船于长江口。不过汪直这次不是来打仗的，而是被胡宗宪引诱过来投诚的。早在嘉靖三十四年（1555年），总督杨宜便派遣郑舜功作为使节，前往日本要求严禁倭寇。郑舜功从广东出发，抵达日本丰后，被大友义镇所阻，没能抵达京都。嘉靖三十四年（1556年），胡宗宪也派遣其部下蒋洲和陈可愿抵达日本，在向日本宣谕的同时，侦查日本国内的情况，并游说汪直投降。汪直的母亲此时因为汪直为寇，被牵连关进了牢房内。胡宗宪将其放出，告诉汪直的母亲，只要汪直肯回国投降，就赦免他的罪名，从而得到了汪直母亲亲笔书写的劝降信。蒋洲和陈可愿带着这封信，于嘉靖三十四年九月出发，十一月抵达肥前的五岛，这里正是汪直的大本营。蒋洲在这里碰到了汪直的义子毛海峰，通过毛海峰，最终见到到了汪直。
很巧的是胡宗宪正好是汪直的同乡。蒋洲从小生于市井，能说善辩，先从同乡入手，然后告诉汪直，你的母亲和儿子因为你被关进了监狱，而总督大人胡宗宪，知道你对朝廷忠心耿耿，只是被奸人所害，被迫为寇。所以总督大人将她放了出来，给了很好的优待。蒋洲拿出汪直母亲的亲笔信，告诉汪直，只要你回国投降，一切罪名既往不咎，朝廷也会开放海禁，允许中日互市贸易。信以为真的汪直大喜过望，于是决定接受胡宗宪的要求。先让毛海峰与陈可愿先一步回国，探听胡宗宪所言是否属实。
蒋洲作为正使仍留在日本，希望与日本国王，也就是室町幕府将军接触。汪直也相当配合，与蒋洲一起出发经过博多，在嘉靖三十五年（1557年）四月到达丰厚，会见了大友义镇。同时派遣和尚向山口大内义长，传达了明朝宣谕日本的禁倭内容。蒋洲本来打算前往京都面见足利将军，但是根据汪直的情报和在日本的观察，认为即使跟足利将军接触也不会起到什么作用，毕竟将军已经连堪合和金印都保不住。蒋洲认为与其在足利身上浪费时间，不如说服大友氏、大内氏、松浦党、萨摩岛津氏、对马宗氏等倭寇的幕后主使，在禁倭上面要更为有效。同时朝鲜也从对马宗氏手上，得到了明朝宣谕日本禁倭的消息。宗主国亲自出手，让正在全力备战的朝鲜人松了一口气。
嘉靖三十六年（1558年）四月，汪直和蒋洲，与大友义镇的使节德阳、妙善和尚一起离开松浦，乘船前往中国。蒋洲与德阳的船在七月到达明朝，但是汪直和妙善的船被飓风吹飘至朝鲜，待九月底才抵达中国。但是这里出了一个很大的问题，大友氏手上没有堪合，更没有明朝颁发的日本国王印章。这些东西都在大内义长手中，而大内手上也有明朝的正式使节郑舜功。跟宁波争贡的情况一样，大内也派遣了使节，贡品堪合表文齐全，而且送还了一批被倭寇掳去日本的中国人。不过丰后大友义镇的使节，是蒋洲带来的，也有献上贡品奉表请罪，请求明朝颁发勘合，重开朝贡贸易。现在大友无印信勘合，大内虽然有金印、回文，但是他本人又不算国王。蒋洲把两国外交想的太过简单，旧的问题没有解决，反而带来了新的问题，一个处理不好，真就又是一场宁波争贡扩大版。感觉受到欺骗的胡宗宪，把蒋洲投入了监狱，郑舜功则被流放四川。
◎ 大友义镇/大友宗麟像（京都国立博物馆藏）
当汪直到达长江口时，发现情况不对，于是派遣养子毛海峰前往定海关，探听明廷动向。汪直自认协同明军作战，擒拿海贼有功，没有什么大的罪过，洋洋洒洒的写了一封长信。要求胡宗宪兑换承诺，开放海禁，互市通商。其全文如下：
带罪犯人王直，即汪五峰，直隶徽州府歙县民，奏为陈悃报国，以靖边疆，以弭群凶事。窃臣直觅利商海，卖货浙福，与人同利，为国捍边，绝无勾引党贼侵扰事情，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反擢籍没家产，举家竟坐无辜，臣心实有不甘。
前此嘉靖二十九年，海贼首卢七抢掳战船，直犯杭州。江头西兴坝堰，劫掠妇女财货，复出马迹山港停泊，臣即擒拿贼船一十三只，杀贼千余，生擒贼党七名，被掳妇女二口，解送定海卫掌印指挥李寿，送巡按衙门。三十年，大夥贼首陈四在海，官兵不能拒敌，海道衙门委宁波府唐通判、张把总托臣剿获，得陈四等一百六十四名，被掳妇女一十二口，烧毁大船七只，小船二十只，解丁海道。三十一年，倭贼攻围舟山所城，军民告急，李海道差把总指挥张四维会臣救解，杀追倭船二只，此皆赤心补报，诸司俱许录功申奏，何反诬引罪逆，及于一家？不惟湮没臣功，亦昧微忠多矣。
连年倭贼犯边，为浙直等处患，皆贼众所掳奸民，反为向导，劫掠满载，致使来贼闻风仿效沓来，遂成中国大患。旧年四月，贼船大小千余，盟誓复行深入，分途抢掳。幸我朝福德格天，海神默祐，反风阻滞，久泊食尽，遂劫本国五岛地方，纵烧庐舍，自相吞噬。但其间先得渡海者，已至中国地方，余党乘风顺流海上，南侵琉球，北掠高丽，后归聚本国萨摩州者尚众。此臣拊心刻骨，欲插翅上达愚衷。请为游客游说诸国，自相禁治。适督察军务侍郎赵、巡抚浙福都御史胡，差官蒋洲前来，赍文日本各谕，偶遇臣松浦，备道天恩至意，臣不胜感激，愿得涓埃补报，即欲归国效劳，暴白心事。
但日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长，往年山口主君强力霸服诸夷，凡事犹得专主。旧年四月，内与邻国争夺境界，堕计自刎。以沿海九州十有二岛俱用遍历晓谕，方得杜绝诸夷，使臣到日至今，已行五岛；松浦及马肥前岛、博多等处十禁三四。今年夷船殆少至矣。仍恐萨摩未散之贼，复返浙直，急令养子毛海峰船送副使陈可愿回国通报，使得预防，其马迹志山前港兵船，更番巡哨截来，今春不容省懈也。臣同正使蒋洲抚谕各国事毕方回。我浙直尚有余贼，臣抚谕归岛，必不敢仍前故犯。万一不从，即当征兵剿灭，以夷攻夷，此臣之素志，事犹反掌也。
如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳驱驰，浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税；又使不失贡期，宣谕诸岛，其主各为禁制，倭奴不得复为跋扈，所谓不战而屈人之兵者也。敢不捐躯报效，赎万死之罪。
汪直文笔不错，通篇傲骨铮铮，尽显“倭寇之王”风范。除第一句自称罪人外，其余全部自称为臣，上来就是我没错，我有对朝廷有功，一直是朝廷对不起我。把当年攻伐异已，统一走私商团的火并行为，当作是对朝廷有功。绝口不提其早先与明军交战的事实。汪直还把双屿勾连葡萄牙人和日本人，进而导致江浙地区被其部下徐海倭寇袭击的事，也推的一干二净。而且汪直还威胁明朝政府，你们去日本搞外交是没用的，日本现在诸侯割据，谁都不听谁的。只有用驱倭夷犹如反掌一般容易的我汪直，才能招抚倭寇，使其不敢再犯。只要皇上赦免我的罪，在浙江开个港给我，我可以保证倭寇不会再来。
这篇措辞强硬，与其说是认罪书，不如说是警告信多一点的上书递了上去。给胡宗宪带来了很大被动。而汪直本人只是让自己的养子跟明军打交道，根本不去见胡宗宪。迫于无奈，胡宗宪释放了早先俘获的倭寇头目，让其给汪直传达消息，但是汪直依旧拒绝登岸见面。明军有一千户姓王，素来智勇多能，胡宗宪命令他想办法招汪直与他见面。王千户于是冒充卖蔬菜的人，向汪直的船队卖青菜。碰到了汪直，汪直在跟他交谈中，见王千户谈吐非常，知道他不是买菜的，于是厚礼待之，打算招揽王千户。于是王千户就借机跟汪直日日相见，饮酒作乐。有一次傍晚，汪直到王千户的船上喝酒，喝到兴头的汪直放松了警惕。于是王千户夜里偷偷开船，顺流而到岸，胡宗宪这才见到汪直，待汪直如贵宾，交谈之后放了汪直回去。
胡宗宪的本意是招揽汪直之后，倭寇便可在其任内平息。但是由于倭寇肆掠江南，杀戮过惨，江南等地平民对倭寇极为愤恨。当胡宗宪上书请求赦免汪直时，江南等地谣言四起，说胡宗宪收入汪直、善妙等人金银数十万的贿赂，才为汪直等人说好话。这可是一条死罪，胡宗宪在保自己还是保汪直之间，果断的选择了自己。胡宗宪派人快马加鞭，追回了自己的第一份奏折，而第二份奏折与第一份完全不同：“直等实海氛祸首，罪在不赦，今幸自来送死，实藉玄庇，臣等当督率兵将，殄灭余党，直等惟庙堂处分之。”
朝廷的旨意下来了，要杀汪直。胡宗宪得旨之后，秘而不宣，为避开众人耳目，夜里前往宁波前线。密调卢镗、俞大猷等将潜伏水陆要害，准备捉拿汪直。然而日本使节妙善还未乘船离开，见到卢镗等人正在调集军队船只，于是派人转告汪直。得到消息的汪直于是不再上岸，胡宗宪派遣使节前往邀请汪直，“汝欲保全家属，开市求官，可不降而得之乎？带甲陈兵，而称降，又谁信汝？汝有大兵于此，即往见军门，敢留汝耶？况死生有命，当死，战亦死，降亦死；战死不若降死，且万一有生焉。今朝廷用人之际，不论功罪，或留汝防倭讨贼，乃汝转祸为福之秋也。”
“昔汉高谢羽鸿门，当王者不死；纵胡公诱我，其奈我何！”这是汪直的回答，不过有一个条件，先放他的养子毛海峰回来统兵。胡宗宪听到后对部下说，倭寇中只有汪直才能统领各部，其余互相不服，用毛海峰换汪直，如同用狗换老虎。于是放毛海峰回去，但是汪直还是不肯登陆，让胡宗宪派遣一名高官作为人质。指挥夏正自荐而去，汪直待夏正来后，与叶宗满、王清溪三人登岸，向胡宗宪投降，时间已经是十一月份了。得到朝廷旨意的明朝官员准备将汪直捆拿，胡宗宪害怕汪直余党激变，于是用厚礼相待，羁留汪直。除了不允许出城，汪直每次出门，都是乘着最高规格的轿子，汪直不以为意，洋洋自得，日日出入青楼纵欲，日费百金。
胡宗宪此时仍有一丝希望打算招揽汪直，想嘉靖报告已经抓到汪直，请求处罚方法。于是嘉靖再次给胡宗宪下旨：汪直是倭寇的元凶，罪无可赦，斩首弃市。按察使接旨之后，唯恐汪直逃走，于是直接向胡宗宪要求抓捕汪直。嘉靖三十七年（1558年）正月二十五日，商定计策之后，胡宗宪招汪直进见。胡宗宪告诉汪直：“我跟你已经是亲密无间，自然不会害你。但孟廉使很不喜欢你，如果你想投诚成功，不能不去拜见他。”汪直不得已，前去见按察使。当汪直进门刚一低头拜见，按察使就说：“朝廷有旨，拿你下狱”左右伏兵俱出，将汪直拿住。汪直硬撑不肯地头伏罪，大喊：“我何罪！我何罪！死我一人，恐苦两浙百姓。”汪直虽然被关进监狱，但是胡宗宪仍颇为照顾，衣食卧具待遇犹如在职官员。汪直凡要求玩好之物，歌咏之类，胡宗宪均一一满足，汪直身体稍有不适，便派医生看病调养。
汪直被抓之后，其部众人人自危，毛海峰率倭寇盘踞舟山岑港，声言要为汪直报仇，声势浩大。一部倭寇从岑港出发，登陆潮州，进攻蓬州千户所，佥事万仲分领兵抵御，命东西哨兵夹击，然而哨兵战斗力过于低下，临敌即溃，丢下将领逃走，领哨千户魏岳、高洪陷入敌阵，战死，倭寇乘胜进攻福州。浙江的倭寇跑到了福建，事出突然，巡抚阮鹗此时手上无兵可用，只能取出数万两库银及丝绸数百匹贿赂倭寇，并送新造大船六艘，任其满载而去。
二月，胡宗宪命把总任锦、指挥甘述等进泊江口之南，都指挥李泾、张天杰等泊江口之北，总兵俞大猷率福船、叭剌唬船、鸟船等在海上来往策应，指挥周官、土官彭志显带大刺土兵由中路小河岭入，指挥杨伯乔带麻寮兵由左路碇齿入，而指挥杨永昌、卢琦等在陆上分道策应，由参政王询、刘焘，副使陈元珂监督，约期水路并进，直捣寇巢。倭寇见明军势大，于是用土石绝塞诸道，止留一条小路，险隘难行。约定期进攻之日，指挥戴冲霄先用火攻，鱼贯而入。将要走到尽头之时，港侧炮声大震，倭寇从背后包抄而来，戴冲霄所部大溃，死者过半。
四月，倭寇数千人，乘坐二十四艘船，劫掠临海县三石镇，总督胡宗宪领兵讨伐。倭寇退走，转攻惠安，知县林咸率城内壮丁乘城死守，倭寇围攻县城五昼夜，没有攻克，守城壮丁战死数百人，连攻五日的倭寇损失也非常大，于是解围而去，进攻福清县。福清知县叶宗文战败被俘，城中居民被杀一千余人。倭寇攻入县城，烧毁官府兵营，洗劫官仓，打开监狱放出囚犯，举人陈见、训导邬中涵率家僮与倭寇巷战，寡不敌众，力竭被俘。陈见、邬中涵虽然被俘虏，但仍旧大骂倭寇，被倭寇所杀。
五月，福建倭寇北上，打算跟浙江倭寇联合。参将尹凤派人探得倭寇路线之后，命武举杨承业等人，率领水军在半路埋伏。倭寇经过之时，明军伏兵突出，用大船犁沉七艘倭寇船只，斩首六十八级，生擒七人，倭寇败逃。尹凤率领水军追至东洛外洋，及七礁、白大棕、衣大洋等处，连战连胜，这股倭寇全军覆没，除被炮击沉的船只外，此战前后斩首一百余级，生擒十六人，福建倭患略微平息。
六月，倭寇再次南下福建进攻惠安，惠安知县林咸，率兵出城迎击，在县境内鸭山这个地方遭遇倭寇，林咸携前次守城之勇，大败倭寇。然而在乘胜追击之时，被倭寇伏兵突袭，领兵在前的林咸被杀，余兵逃归惠安城。林咸战死之后，周围已无敢战之兵，于是倭寇分兵四下劫掠同安、长乐、漳泉等地。福清知县黄文宗、南安知县涂光裕弃城而逃，于是倭寇攻入福清、南安二县，大掠而去。
舟山倭寇于舟山山阜处屯田，意图长期抵抗。与汪直同来的朝贡的和尚德阳，从北京回到宁波，胡宗宪放其直抵舟山，同时派间谍撒放朝贡人员信票数百张，以离间解散汪直残党，有信票就算朝贡人员，明军任其离去，自相残杀之后的舟山倭寇愈发死守不出。倭寇之所以死守，因为春汛已尽，海浪持平，新寇易于驰援。在岑港以东，港湾必有倭船藏匿。于是胡宗宪命众将分往各地搜查，果有倭船泊普陀小道头，参将张四维、推官查光述等且战且逐，到乌沙门外洋，敌遂溃败，被斩四十余，剩寇弃舟，遁入朱家尖。
张四维料得倭寇欲与岑港所困会合，陆路必经碇齿，水路必经响礁门，于是上报胡宗宪。胡宗宪亲自挂帅，分遣将领，着福船守岑港南口，广船守岑港北口，宣抚田世爵、都指挥何本源由马岙经寺岭至涨齿，陈元珂、张四维则往来策应监督，又伏奇兵于天童泾。倭寇从沈家门，西向岑港推进，遭到官兵伏击。于是背山临水，列栅自卫，以火器之利，伤亡官军数十。胡宗宪乃令用车轮战，更迭出击，耗其火力，事先安插在敌营的番僧又用离间计，使倭寇互相猜疑，拔刀互砍，阵脚大乱。官军乘机毁栅而入，杀寇百余。
十月，余下残寇窜逃至柯梅岭，胡宗宪督兵追击。围攻数次未能攻下，于是改用火攻，倭寇抵挡不住，逃出浦口。张四维和指挥朱尚礼追至俞山外洋，见倭船连艘而行，遂将兵船潜伏山下，用小艇作饵，诱敌深入。寇本逐利而生，见有艇可赚，大喜不疑，齐来抢夺。于是伏兵四起，杀声震天，寇皆被诛，倭船被大舰犁沉。十一月，舟山贼留屯久，没有能救出汪直，德阳和尚不愿再继续与明军交战。于是毁弃营栅，抢掠船只，转移辎重，回归日本，半路被飓风所覆没。
嘉靖三十八年（1559年）正月，胡宗宪以春汛将至，倭寇将要大至，募山东民兵三千，驻苏州、松江、常州、镇江防守。二月广东原屯黄冈倭寇，在海阳、饶平、潮阳、惠来等处流窜洗劫村镇。之后突袭福建，诏安驻军与之交战，倭寇见不能登陆，于是与海盗勾结，转攻漳浦。三月，倭寇进攻浙江，自象山河家、金井等处，烧船登岸。海道副使谭纶引兵与贼战于马岗，斩首七十七级。
眼见浙江防御严密，倭寇随即转攻江苏。四月，倭寇登陆通州，总兵邓成命张荣领兵出击，明军大败。指挥张容被杀，倭进据白浦镇。此时的明军已不像上一年，早有准备的江北兵备刘景韶，命游击丘升等人率兵反击，于倭寇在丁堰、如皋、海安三地大战，三战三胜。倭寇逃入通州境内，准备前往扬州。刘景韶命丘升抄袭后路，火攻白浦镇倭寇营垒，斩首八十级，烧死一百七十九人。退路断绝的倭寇进入潘家庄，刘景韶召集精锐，围攻潘家庄，斩首一百二十八级，全歼登岸倭寇。
倭寇大举登陆庙湾，合众进攻淮安，参将曹克新率精锐应战。在姚家荡与倭寇列阵对攻，从早上九点打到下午五点，倭寇大败，明军斩首四百七十八级。倭寇逃入姚庄，占据民居据守，曹克新击鼓而进，纵火焚庄，倭寇被烧死者达二百七十余人。残倭突围而出，往陈庄方向逃窜，明军追击，斩首七十四级。剩下的退入庙湾拒守。庙湾倭寇兵力众多，于是刘景韶率军开始拔除庙湾周围的倭寇据点。先攻邱庄倭寇，斩首四十五级，倭寇往西逃窜。次日，明军追至新州，斩首七十八级。倭寇渡过新河口，藏入民庄内，明军包围民庄，四面纵火，忍受不住的倭寇四散逃出，被明军各个击破，斩首二百六十级，残余倭寇悉烧死，没有一个能跑掉。自此，长江以北倭寇，除了庙湾大股倭寇，据险固守不出之外，其余全被明军消灭。
五月江苏明军水陆并进，围攻庙湾倭寇。明军攻入庙湾，斩首四千余级。明军死伤也近四千，士气已衰，被迫退出庙湾，继续围困。倭寇在庙湾防守极为严密，巡抚李遂以明军交战已久，兵困马乏，而倭寇人马众多，庙湾贮粮有限，时间一长，倭寇自败，因此建议明军断其水陆行道，改攻为围，可以大获全胜。通政唐顺之以为李遂玩寇自重，亲自披甲持矛，领兵进攻庙湾。唐顺之到达庙湾，向倭寇挑战，倭寇闭门不出。唐顺之领兵越壕而入，倭寇不能抵御，退入庙湾内。眼看情况不妙的倭寇，派出精锐左右夹击唐顺之，被半包围的唐顺之毫不畏惧，兵分三路，与倭寇对攻。双方均伤亡惨重，而倭寇越来越多，李遂不满唐顺之说他玩寇，拒绝派遣援军，唐顺之只能被迫撤出庙湾。此时胡宗宪派人来请，于是唐顺之南下，与卢镗一起进攻三川沙。
庙湾倭寇死守不出，也未见缺粮的情况，副使刘景韶命士卒填平壕堑，逼垒列阵，依然不见倭寇的影子。于是刘景韶令水兵纵火焚烧倭寇船只，水陆并进，进入庙湾。倭寇乘明军进入庙湾，偷偷绕路而逃，乘船离去。明军进入庙湾，发现不见一人，于是追倭寇到虾子港，倭寇战败，明军颇有斩获，残倭乘风开洋而去，江苏倭患平息。十二月二十五日，诏斩汪直于省城宫港口。妻与子没籍为奴，王汝贤、叶宗满等发配充军。
汪直的死其实可以用咎由自取来形容。胡宗宪尚且想留他一命，中国沿海民众却早已对其恨之入骨。至于这股仇恨如何而来？明代人采九德以亲历事变所著的《倭变事略》可能能解答这个疑问。
贼深入内地，杀掠甚惨，数百里内，人皆窜亡，困苦极矣。
自是遇人即砍杀，死者无算。
吾盐被寇者四，死者约三千七百有奇
入姜家，杀伯侄五人。一侄孩提宿床上，杀之，取血清酒饮之。
所掠蚕茧，令妇女在寺缲丝，裸形戏辱之状，惨不可言。妇人昼则缲茧，夜则聚而淫之。
庙湾周氏有二庠生，执之，令负担，不胜，钉手足于树，杀之。
贼回垒不得志，杀男妇千余以泄怒，见者悲痛。
此党贼留居吾士，凡四旬有三日，杀害数千人，荡民产数万家。
初三日，有避寇村妇数百，襁负幼小，齐渡西浦桥，值天雨桥滑，皆弃儿匍匐以渡。河畔积孩尸甚多，悲号震野。
二十八日寇省城；犯湖州市，大肆毁掠。东自江口至西兴坝，西自楼下至北新关，一望赭然，杀人无算，城边流血数十里。
在这本篇幅不长的《倭变事略》中，记满了倭寇的累累暴行，以及中国沿海居民遭受的巨大苦难。
明代著作《筹海图编》则一针见血地指出了汪直倭乱中所起到的作用。
“但为计狡谲，每残破处，必诡云某岛夷所为也。故东南虽知汪直之叛，而不知受祸之惨皆由直者。”
因此汪直作为“嘉靖大倭乱”的幕后组织者、策划者和参与者，“乙卯倭变”的指挥者，虽百死也不足以补偿中国、朝鲜人民所遭受的痛苦。
其实明朝政府决定判处汪直死刑时的批语，倒是适合定义汪直这个人。
“汪直始以射利之心，违明禁而下海，继忘中华之义，入番国以为奸。勾引倭寇，比年攻劫，海宇震动，东南绎骚。上有干乎国策，下遗毒于生灵。恶贯滔天，神人共怒。”
至于，他自称能够抚平倭寇，以夷以夷，则更为可笑了。日本国内上至幕府将军，下至各大名都不敢说自己能统御和控制所有倭寇。而汪直之前也不过中国走私商名义上的“老大”，之后只不过一个依附平户领主松浦隆信，讨得栖身之地的叛国者，如何能统御和控制当时高达十多万乃至数十万，派系林立的所有倭寇？
此外，虽然倭寇名义上的首领是徐海、汪直这样的中国人，但这些中国人不过是日本大名的代理人和“带路党”。因为徐海、汪直熟悉中国国内情况，那些日本大名才赋予他们一些权力，让他们帮忙引导着日本职业军队，执本杀掠中国人民，劫掠中国财富，并最终输送到日本的战略目标。本质上，徐海、汪直只是日本倭寇的“马前卒”和“服务者”，至多是个“合作者”，而根本不是日本倭寇的首领。这就跟鸦片战争后，那些外国殖民公司设立的“中国买办”很类似。买办本人再是华裔或华人，他们的真正股东和受益者依然是那些外国殖民公司。那些买办不过是其经理人罢了。谁也不会因为买办是华人而说那些公司是中国的。
因此绝对不能仅仅因为倭寇名义上的首领是中国人，就认为是倭寇是中国人“打工的”，甚至一厢情愿地认为，倭乱是中国人自己内部的事情。其实“倭寇是中国人自己杀自己，日本人没有太多责任”与所谓“崖山后无中国”的思想根源，都来自于上世纪初日本文化界的“元清输血论”以及“宋代近世说”、“中日文化同一体”、“文化中心移动说”。而这些理论的提出都是为消除中国人民的民族意识，鼓吹“中华正统在日本”，以服务于日本帝国主义侵华为目的。因此这种思潮以及衍生物都带有极大欺骗性和险恶用心，必须要格外警惕和防备。
不过也有人认为，明朝政府处死汪直也导致了倭寇的疯狂报复，从而使得倭寇再次大兴。但实际情况是，倭寇之所以能够酿成“嘉靖大倭乱”，就是建立中国走私商与日本倭寇相互紧密勾结基础上的。就如,明朝兵部尚书杨博如所评价的:“倭奴非内逆无以逞其贪狼之志,内逆非倭奴无以遂鼠窃之谋”因此随着徐海、汪直的相继伏法，失去“内逆”助力，倭寇的凶焰也大为减弱。
而且以徐海、汪直伏法为标志，明帝国的反击也正式全面展开了。
