残余倭寇趁机突围而出，占据大山，明军攻山，倭寇再次战败，逃往上界岭。上界岭地形险要，犹如一根圆柱，四周陡峭，山顶平坦。倭寇在山顶设营，长枪林立，如蓬麻一般。上界岭只有一条山路，丁邦彦率军先登，吴惟忠领兵据后。一部分倭寇持枪从上而下，突击丁邦彦部，被反击的明军刺落岩下，明军随即登上山顶，山顶残倭六七百人一拥而上，打算将明军赶下山去。但是鸳鸯阵不愧是冷兵器中近乎无解的阵型。倭寇大败，四散而逃，跳山而逃，坠崖者不计其数。没有摔死的倭寇逃往海边，进入白水洋朱家大宅，明军赶到，四面围困。
困兽犹斗的倭寇眼看突围不出，仍负隅顽抗，不肯投降，与明军死战，明军拆掉西面围墙，列阵进逼。倭寇登上屋顶，用石块和用尽火药的鸟铳乱砸，落如雨下。明军顶着乱石抵达房边，点火烧屋。眼见火起，疯狂的倭寇连刀枪都一起投下，明军竖起长枪狼筅，隔开刀枪，围而不动。屋内倭寇全被烧死，残余的几个倭寇用手捧着所抢金银，跪地叩头，请求明军饶命。
但这批倭寇可谓血债累累，因此明军没有接受这些倭寇的投降。在戚继光的命令下，明军用狼筅挑开金银，将这些倭寇一一刺死。战后打扫战场，被消灭的倭寇尸体堆积起来高达一丈，可谓大获全胜。
当全歼敌人的戚继光入城犒劳全军之际，又有约两千倭寇乘船停泊千江。戚继光一面命胡震带领水师埋伏外海，一面命楼楠领军冒雨突击，在洋坑大败倭寇。楼楠冲锋在前，亲斩倭寇头目一人。战败的倭寇乘船夺路而逃，在长吊洋遇到等待已久的胡震水军，截杀而出的明军犁沉倭船五艘，烧残五艘。倭寇残余船只突围而去，结果被戚继光所部水军堵截，击沉五艘，倭寇乘天色昏暗，夺路而逃，被追上的明军再次击沉一艘。当倭寇好不容易借着雨雾，脱离了戚继光水军追击，在三板沙又被胡震水军堵住。此时正是半夜三更时分，冒雨而逃的倭寇被胡震直接当头犁沉领航船后，终于抛弃了走一路被打沉一路的船，登岸爬上悬山据守。
在明军一路层层截击之下的倭寇，上山之时就已经粮尽援绝了。第二天凌晨，一百余名倭寇悄悄下山，凫水偷渡至林头。得到通报的戚继光命楼楠从隘顽所（今台州温岭市岙环镇）出发，在倭寇必经之路布防。刘意部由聂王桥（台州温岭市箬横镇）直接前往堵截，绍兴府通判吾成器率绍兴兵跟进，知县徐钺率乡兵在小藤岭一带埋伏。三路夹击之下，垂死挣扎的倭寇直扑吴成器部绍兴兵，妄图打开一条生路，吴成器亲临一线督战，两军相持。一名倭寇见吴成器骑马在阵前指挥，于是挺枪直冲吴成器，枪尖已经刺到马腹。此时吴成器眼疾手快，张弓一箭正中这名倭寇的额头，明军呐喊齐冲，将这股倭寇全部消灭。
在明军主力离开温岭后，五月十七日，另一股倭寇在长沙（温岭市长沙村）登陆，此时戚继光正在新河（温岭市新河镇）。长沙东靠后湾海面，北接大峻岭，南依蛇头山，西面是隘顽所城和太平县城之间，唯一的陆上交通要道大、小藤岭。此时隘顽所明军主力，在几天前被楼楠带到了新河，此时守军不多，隘顽岌岌可危。在此危急时刻，戚继光命把总李成立单骑赶往松门所（温岭市松门镇），和松门所守将罗继祖一起，乘夜将松门所新兵海运至隘顽所。同时命楼楠、丁邦彦、陈大成等各立军令状，齐心并力，赏罚同行。诸将宣誓之后，于十八日赶到铁场（温岭市铁场村），此时天降暴雨，明军冒雨赶路，与十九日夜到达大藤岭。在大藤岭整队之后，明军兵分三路行至小藤岭。倭寇没有想到明军这么快赶来，前一日又在下暴雨，因此没有在小藤岭留下哨兵。明军越过小藤岭之后，偃旗息鼓，突袭长沙。一直到明军靠近船场码头，倭寇才发现明军已经杀到，猝不及防的倭寇被当场杀死数百人，余者弃械投降。
在这次宁温台大捷中（宁波、台州、温岭），明军前后斩首一千零二十四级，仅上界岭之战中，戚继光所部明军便斩首三百四十四，而损兵不过三人，但是这并不能证明这股倭寇水平很差，相反，这股倭寇非常顽强。一开始，戚继光以一千五百人对倭寇二千人，先是在山区设伏，之后全为攻山、攻坚作战。这股倭寇也相当精锐，最开始的时候，即使没有发现明军埋伏，依旧拉出了前后二十余里的行军队列，以二十里来算，合计三千六百丈，也就是一丈八尺一个人，合5.76米。这种行军队列模式，使得即使倭寇进入伏击圈内，也有足够的反应时间进行应对。而现实也是如此，当明军伏兵突击时，倭寇也立刻分出了三、四百人的迎击队伍，给自己登山据守留下了反应时间，其指挥系统的高效也可见一斑。
一般军队在遭遇伏击的时候通常很难组织起有效防御，而这股倭寇在遇到伏击之后一边出兵迎击，一边占领居高点。当据守小山被明军围攻招降，士气下降，导致小山失守后，再次突围寻找了大山作为支撑点。当大山也守不住的时候，登上了绝崖上界岭。这支倭寇在被明军伏击之后，三战三败依旧不乱，突围而出的残兵依旧自发聚集一起，进入有坚固围墙的大宅死守，期间还曾组织过一次突围，其战术素养和战斗意志，放在任何国家和时代，均可堪称一流水平的精锐军队。
然而就这么一支放在军队里都堪称精锐的倭寇，在和明军对战时，就这么全军覆没了，战场上被斩首三百四十四人，除被生擒若干，其余或被摔死或被烧死，而明军仅仅阵亡三人。其中陈四和陈七十二，死于围攻朱家大宅时放火烧屋，只有王华廾一人死于两阵交锋，而且还是倭寇处于绝对地利的上界岭之战。如此巨大的差异，其原因就在于鸳鸯阵的投入使用，而戚继光也因为此战，和他的鸳鸯阵一起名垂青史，但是他究竟是怎么打的呢？
戚继光为后世留下了一本《纪效新书》，然而作为一本纯军用的兵书，在出版时内容多少都有删减，如大鸳鸯阵戚继光并不曾画图。在鸳鸯阵一开始的编制中，一哨四队，装备大铳三门，戚继光也没有提过究竟是何人，在什么情况下去操作这三门大铳。在传统的中国兵书里，犹抱琵琶半遮面已经成为了传统，看着书中明明白白所记录的是一回事，而实际上用却是另一回事，作为此中老手的戚继光也不例外。明代兵部尚书还曾专门告诫将领，不要生搬硬套戚继光兵法，因为“其精妙之处不言，恐泄其巧也”。
《纪效新书》一共有两个版本，一个是十八卷本，一个是十四卷本。十八卷本是在抗倭之时的编制情况，当时除冷兵器外，一哨配备一队火绳枪兵，火器比例为20％。除了这一部分火器，冷兵器的鸳鸯队还携带大铳三门。不含非战斗人员的火兵在内，一哨冷热合计五十五名战斗人员，其中有十杆火绳枪，三门轻型火炮，这种火力配置在当时的世界军队堪称豪华。而在中国的军事传统中，士兵要求长短兼习，即使用远近两种冷兵器。在鸳鸯队中，刀牌手的刀牌为近战兵器，远战兵器为标枪；狼筅手以狼筅为长兵器，以腰刀为短兵器；长枪手以长枪为短兵器，弓箭为长兵器；镗钯手以镗钯为短兵器，火箭为长兵器。即使不在一线的鸟铳手，也配备了长刀作为近战格斗兵器。作为小队作战指挥者的队长，携带了弓箭、长枪、腰刀三件兵器，同时队中还携带了六副拒马枪、一副布城和四百八十个铁蒺藜。
◎ 铁蒺藜
戚继光的阵型编制中，火绳枪和冷兵器在记录中都非常清晰，唯有每哨大铳三门，没有做出任何交代。书中只有一句“每哨大铳三门，不用木马，止用新制极便合口大铅子，每三门如式送子一根，铁锤一把。”然而他在同一本书中，又提了一种火器，叫赛熕铳：“铳长三小尺，内口约容半斤铅子，药在粗腹不可过，铅子送至腹口方好。即如此，平卧地下，随其远近，加垫头高，并不用木马等类，此器之利者，亦以项长而铅子合口故也。”其配图中对送子的说明为“此用铁作送子，下圆，送铅子不偏”。这两者结合来看，不用木马、合口铅弹，特制送弹杆，大铳和赛熕铳两者标准相同。
“行营之内，鸟铳虽速准而力小，难御大队，难守险阻，难张威武。佛狼机又太重，难於扛随。今以臆创一器，名为赛熕铳，既无下木马延迟之艰，又不坐后其铅子，犹胜佛狼机之大，其声势可比发熕，其速即可比鸟铳。”赛熕铳是在鸟铳火力不足、佛朗机和发熕太过沉重，不方便随军机动的情况下制造的。以戚继光的表述来说，他是将赛熕铳用来弥补鸟铳火力上不足，大铳和赛熕铳的细节一样，同样在一本兵书内，而用途也与鸟铳互补。因此，一开始的每哨大铳三门，实际上是每哨携带三门赛熕铳，作为轻型步兵支援火炮。
书中没有写是什么人来使用这些火器的，翻看稍晚的《练兵实纪》和《纪效新书》十四卷本，书中已无赛熕铳。其地位已经被虎蹲炮所取代。《练兵实纪》中“马兵每旗总一名，队总三名，共管虎蹲炮一位。”而此马兵一旗为三队，每队12人，合计36人，也便是36人之中编制有虎蹲炮一门。此炮由队长操作，列于阵前一丈（3.2米），“虎蹲炮安各旗空前，去人一丈”。在《纪效新书》十四卷本中，比较篇内也是三名队长合演虎蹲炮一门。因此，在通常状态下，虎蹲炮编制当为三队一门，即36人冷兵器队列之中，配备虎蹲炮一门，由三名队长来点放火炮。赛熕铳的弹丸重量只有半斤，大约为三百克，约合八十匁，在日本此类火器被称为抱大筒，也是同样作为步兵支援火器，以及破坏轻型土木工事所用，可以单兵操作。而值得注意的是，送子只有一根，也就是说这三门大铳，其实是三人合用，与三名队长合作使用一门虎蹲炮一样。因此，此时的鸳鸯阵中，一哨中的三门大铳，应为前队和左、右两队的队长合作操作。
◎ 赛熕铳复原图及类似思路下李朝仿制的此类步兵轻型火炮唐铳筒（万历丁亥六月唐铳筒十六斤一两匠忠立）
◎ 一哨鸳鸯队变三才阵对敌交锋图（《绩效新书》十八卷本）
◎ 叠阵（总兵力分为前后两层或三层即以上，大阵即称为叠阵，此叠阵中单独小队列为鸳鸯阵）排枪射击复原图，鸟铳手出阵前五步，即8米。（以《绩效新书》、《正气堂集》、《武备要畧》阵图参考复原）
虽然《纪效新书》和《练兵实纪》两书中，鸟铳和虎蹲炮的射靶距离均为一百步（160米），赛熕铳也不应例外。在小队鸳鸯阵以哨为单位的接敌人过程中，前队、左队和右队列阵在前，后队居中策应，展开队形的正面宽度约为二十米左右。以倭刀的横向挥舞安全距离3.5米来说，倭寇最多只能有五、六个人同时与明军交战。当两者相距百步（160米）来说，以正常步行～疾走的速度，双方将会在1.5～2分钟之内相遇。按照标准的作战作战流程，中军喇叭手吹响喇叭，鸟铳齐射一次，随即放起火一支，前层长枪兵持弓，镗钯手持火箭至鸟铳手处，长枪手每人射箭九支，镗钯手放火箭一支。之后中军擂鼓，后层刀牌手和狼筅手前出至长枪手和镗钯手之前，列阵前进至与后队间隔约二三十步（32～48米）时，与敌军相遇交锋。
◎ 叠阵长枪手射箭镗钯手射火箭图（长枪手射箭时长枪插入泥土，泥土中有大量致病细菌病毒，以用于污染枪头）（以《绩效新书》、《正气堂集》、《武备要畧》阵图参考复原）
◎ 大鸳鸯阵，大阵中小队为鸳鸯队，前排火炮为虎蹲炮（《武备要畧》中大鸳鸯阵阵图复原）
其战术本质，是为敌方在前进112～128米时，即大约一分钟左右的时间，在约十五米的横面，承受10名火绳枪兵的一次齐射，12名弓箭手每人九次射击共108支箭，镗钯手的一次齐射共6支火箭，合计进行124次射击，即每米的横向距离，在进入肉搏之前承受8次左右的攻击。换算成倭寇来说，理论上要承受20～24次的投射攻击，才能与明军进行肉搏作战。正面3.5米一个人，看起来很稀疏，倭寇当然不会因为你想要稀疏，他就来配合做稀疏队形，万一对方以长枪列密集阵型来冲锋呢？每哨还有三门赛熕铳，约二十米的宽度，约六米一门赛熕铳，这样倭寇的密集队形就会变得非常危险，甚至还不如稀疏队形安全。
当倭寇顶着枪林弹雨抵达阵前时，还要再挨上六支标枪，才能最终与明军兵刃相交。而在鸳鸯阵中，明军身体正面均被长牌手的盾牌遮蔽。当敌兵持长枪从上而下，刺入鸳鸯阵中时，牌手举起盾牌，将敌方长枪举起，身后长枪手出枪直刺；当敌兵从下刺枪时，牌手下坐盾牌，将敌方长枪压住，身后长枪手出枪直刺。当敌方将长枪从左右两侧刺入阵中时，左右两边狼筅手用狼筅将对方长枪绞拿，长枪手出枪直刺，镗钯手跟长枪手齐出，以保护长枪手。当敌方人数较多，一拥而上之时，狼筅手护在牌手左右，左右方长枪手各跟狼筅手出枪，镗钯手护卫身后，藤牌手以藤牌遮蔽身体，用刀砍敌人下盘。
这样鸳鸯阵一共十名战斗人员，正面只有两个身位宽度（一个身位横向六尺），每一个试图攻入的敌人，都要在越过一面盾牌之后，被一支狼筅控制格架兵器，然后被两支长枪直刺，而直刺的长枪手身边还有一名镗钯手保护，以防止长枪脱出狼筅的控制。这样无论敌方从那个方向、怎样进攻，都要面对至少三、四件兵器，等于一个人打四个人。两只手自然不可能打不过八只手，在阵型、火力上全面落后的倭寇，越是顽强的作战意志只能带来愈加惨重的伤亡，在最后导致三人和斩首一千这样极高的交换比，也就不足为奇了。
万里杀倭，戚老虎
宁温台大捷后，浙江倭寇被一扫而空，浙江浙江倭患就此平息，然而倭寇并没有罢休，而是转向福建劫掠。嘉靖四十一年（1562年）倭寇进攻怀安县，当时提督都御史游震得总督明军会剿。当时坐营指挥王毫，统帅三卫军前往御敌。而福州府通判彭登瀛，率领乡兵先跟倭寇交战，战败后把责任推给了王毫。游震没有具体调查，直接抓了王毫与三卫军前捆打，并斩杀了四名队长。这件事导致三卫军上下心中怨恨乡兵，当副使汪道昆在教场阅兵，三卫军持兵器鼓噪，杀死了彭登瀛所部数名乡兵，并请求汪道昆杀福州府通判彭登瀛，汪道昆拒绝了三卫军的要求，于是三卫军驻屯在福州城南，与城内守军对峙。导致当时倭寇抵达福建，登岸大肆劫掠的时候，明军前线兵力不足，士气也颇为低下。七月，胡宗宪命戚继光率本部正兵6000人，另以督府中军都司戴冲霄率部1600人协助，往援福建。戚家军进福建后，与倭寇连续作战，四战四捷。
横屿是倭寇在福建境内经营多年的老巢，位于宁德县城东北二十余里处，是海中的一个小岛，与大陆之间有长达十里的浅滩。这片浅滩，潮来成海，潮退泥洼。加之福建属于潮差较大的地区，涨潮落潮之间，水深误差通常在五米以上。在这样的环境下，用陆兵攻打难于在淤泥里涉渡，时间一长，潮水上涨，进攻的步兵就会被潮水淹没。而用水师进攻，时间一久，潮水落下，则船只容易搁浅，使得无论水陆两军，攻打横屿都非常困难。倭寇凭借这种自然条件，在岛上经营多年，筑城建垒，经常驾小船出外抢掠，在横屿久屯。
同年八月上旬，明军开抵宁德，研究敌情和地形之后，首先下招抚令，免胁从之罪，以分化敌人，孤立横屿之倭。横屿周围的百姓见戚继光以诚相待，深受感动，甘愿为明军效劳。短短数天，数千胁从人员离倭来归，横屿之倭更加孤立。当时围攻横屿的为戚继光、俞大猷、刘显三路明军。戚继光所部居中，摆成鸳鸯阵，每人背负一捆草，填泥而进，近敌后发起猛攻。俞大猷和刘显两路明军迂回敌后截击。倭寇溃败而逃，半路被俞大猷和刘显截杀，几近全军覆没。此战斩首三百四十八级，俘敌二十九人，烧死和溺死的倭寇难以统计，还解救出被俘的百姓八百余人。戚家军仅阵亡十三人。战斗自始至终，不过三个时辰，赶在涨潮之前，将盘踞多年的倭寇一扫而尽，一举收复横屿。
福清是倭寇在福建盘踞的另一个囤聚基地。在横屿收复后，八月二十八、二十九日抵达福清。当时倭寇设营牛田（今龙田），分别驻扎杞店、上薛、西林、目岭、葛塘、新塘、闻读等处，势若长蛇，长达三十多里。戚继光先将队伍驻扎在安民、苍霞、锦屏山一带。当戚继光一到福清，就亲自登上大乌岭视察倭寇结营情况，发现倭寇各营垒沟渠纵横，地势复杂，决定以进攻牛田中心据点为目标作了部署：一路在都司戴冲霄率领下由苍霞进剿；一路在戚继光亲自带领下由锦屏山进剿；部将施明赐、童子明带领队伍，分别到西林、目岭附近山上埋伏，并从中选出骁勇三百多人伏在山口，防备敌人偷袭；参将侯熙、黎鹏举，游击倪路带队守在田原岭、渔溪、上迳一带，以阻击可能遁逃的敌人。戚继光拟定剿倭大计后，大摆酒席，宴请地方绅士，不少遭受倭患之苦的百姓哭请戚家军立即剿敌。戚继光理解百姓的急切心情，但考虑到众人中难免混有奸细，便故意说：“我兵远来，须养锐待时而动，非朝暮可计也。”倭寇听到这个消息，果然放松了警惕。
三十日凌晨，倭寇还以为戚军刚到福清，需要休整，就出动队伍700多人，向戚军驻地偷袭，这就正好中计。亲临阵地指挥的戚继光，一听到铳声，即命令各路伏兵擂鼓呐喊，紧密配合，出敌不备，发起反击。敌人猝不及防，乱成一团。此时，倭寇有一先锋骑着战马，身上挂着贮满金钱的红袋，边退却边向地上散金，企图阻滞戚军。受过严格军纪训练的戚继光所部将士没有一个上当，迅即追上前去，刺其胸部，敌将坠马毙命。明军四面截杀，敌人招架不住，狼狈逃窜。为了不让敌人有喘息的机会，戚继光决定不停顿地连续打击倭寇。九月一日夜二更，戚继光率领队伍，悄悄地向倭寇大本营牛田前哨的据点杞店急驰。当时，倭寇不知戚继光在抵达后未休整，当天便开始进攻，因此没有防备。戚继光指挥军队暗暗围住杞店倭寨，并派把总王如龙用肩托着勇士朱珏、金科，让两人爬进倭巢，把寨门打开。后面士兵一拥而入，杀声遍野，火光冲天，倭寇来不及反抗，顷刻就歼。戚继光又令部将王加龙为先锋，吴维忠、刘大凌两部为左右翼，再破闻读、上薛等处敌营。时苍下的官兵赶到增援，和戚军一道两面夹攻，把敌兵逼赶到新塘等处。杞店外围十几个据点的一百多命倭寇被全部消灭。战斗结束后，戚继光连夜将队伍带至锦屏山安营住宿，并派三百名善弓箭、火器的士兵埋伏在外侧，击溃前来驻地偷袭的倭寇七百余人。
从杞店等地溃败下来的倭寇，都集结到牛田海边，倭寇掘堑断路，引潮水入壕沟，负隅扼守大本营，妄图以此阻止明军进击。戚继光下令，以横屿为例，队伍每人背草一大束，当夜急驰到堑沟边，投草填平壕堑，列成“鸳鸯阵”进击。消灭外围警戒的倭寇十余人后，迅速进到倭寨墙下。矿工出身的朱珏、金科攀登上垒墙，打开营门，大军一齐冲入。牛田倭寇企图列阵顽抗，然而大胜之下的明军气势如虹，乘势将牛田倭寇全部歼灭。此战斩杀倭寇六百八十八人，收降胁从数千，生擒倭寇十人，夺获武器三百六十九件，仓皇而逃的倭寇落入海中而死者数以百计，救出被掳男女群众九百五十四人。盘踞西林、目岭的倭寇，见牛田倭寇溃败，望风丧胆，不敢迎战，会同残寇往上迳桥方向逃窜，这是福建剿倭以来最大的一次胜利。
屯据在其他据点的倭寇，见牛田大营溃败，逃至莆田县南20里的林墩扎营据守。林墩四面临河，直通海港，既易守，又便逃。戚继光率所部明军追击，在江口安营，同时又为麻痹敌人，于十三日将部队开进莆田县城。表面上戚继光在莆田犒赏士兵，而实际上却在暗中做准备工作，当夜快速整队，向林墩进发。但是没有想到带路的向导与倭寇交通，向导将戚家军带入一条泥泞的小路。等明军接近林墩时，天已大亮，被敌人发觉了。倭寇砍断小桥，留下只有单人才能通过的石板，而倭寇则集中精锐固守桥头。地形的失利，使戚继光无法展开兵力，一次次的进攻都被打退了。就在这时，预先埋伏宁海桥的明军一部，听到战鼓声，赶来会战，从背后袭击倭寇。前后夹击之下，明军终于冲过河去。双方短兵相接，倭寇大败。这一仗，斩首九百六十级，生擒倭寇二十六人，还有数千倭寇被赶入河中。此战救出被俘百姓达二千一百二十人，而明军因一开始地形失利，阵亡哨官周能等六十九名士兵。
林墩战斗结束后，戚继光领兵班师，十月三日，戚继光班师，兵抵福清。戚继光因连日积劳，再加上涉水着凉而患病。五日，倭寇三百多人从东营澳登陆后窜至葛塘。县丞恳请戚继光派兵出击，戚继光不顾身体疾患，立即应允。六日黎明，戚继光派部将陈大成、陈子銮据守上迳桥，并在渔溪设伏。自己督率吴维忠、童子明等部将士，从正面前往葛塘。这时又有三百名倭寇从牛田港登陆。戚继光遂改变策略，分兵对付：一部在葛塘阻击，自己带一路赶往牛田。从牛田港登陆的倭寇在港内安营扎寨，结队列阵，持枪扬剑，耀兵与两军阵前。戚继光抱病临阵督战，明军列阵前行，杀入敌阵。其他三路人马也四周合击，倭寇大败，全部被歼灭于港中，尸骸堆积数尺，所立营寨也被纵火焚毁。
此次战斗，计擒斩倭寇一百五十多人，夺获兵器二百九十七件。其中著名的寇首双剑谭和杨松泉均在此役中被歼。此二人勇悍善战，多年横行海上，在倭寇中素负盛名。这次双剑潭和杨松泉是应原来屯据福清之倭的邀请，率精锐作为前锋来攻打福州的，没想到被戚继光所击败了。在葛塘的倭寇，听到牛田炮声，径往上迳桥奔逃，被戚家军伏兵斩杀十二人，被挤跌桥下淹死不少，残倭乘夜逃窜海上。继双剑潭而来的倭寇听说福清之倭已被戚家军尽歼，又听说双剑潭部也被剿杀无遗，大惊失色，都胆怯地说：“戚虎兵亦至此耶!”“我等不敢犯浙矣，何又来万里外杀我也!”从此，戚继光在倭寇中得了个“戚老虎”的绰号。浙江兵盛夏入闽，战至深秋，这时天气渐寒，寒衣未备，加上水土不服，军中疫病流行，生病者已达一半，十一月，戚继光班师回到浙江。
明嘉靖四十一年（1562年）十月，倭寇乘戚继光北上回浙江，聚集大股兵力，进攻邵武，杀死领兵抵抗的明军指挥齐天祥，随后转掠罗源、连江等县，游击倪禄率所部明军与倭寇交战，战败被杀。倭寇乘胜攻破玄钟所城和宁德县城，兵锋直抵兴化府，在攻城失利后，几股倭寇合流，围攻兴化府城一月之久。
十一月，都督刘显率兵救援兴化。一开始，刘显所部主力在江西剿匪，当时他所带到福建的士兵不足七百人，而且久战疲惫。倭寇新到，连战连胜，兵力众多，正是锐气十足的时候。刘显自知此时打不赢倭寇，于是在离兴化府城三十里的，隔江扎营，按兵不动。但是按兵不动，就成了逗留之罪，于是刘显派遣五名士兵，携带文书和兴化府守军相约，准备率兵进城御敌。不料这五名士兵在半路被倭寇截获，被倭寇斩杀，从明军尸体上搜到了刘显的文书。于是倭寇用其职衔和印章，假装刘显与守军约在某日夜某时分，率兵潜入城中应援，要守军切莫举火作声，以免让倭寇发觉。然后倭寇选了五名奸细，假扮为刘显部士兵，进入兴化府城中。当时兴化府守军将领为参将毕高、参政翁时器，拿到书信之后相信了奸细所说。到了约定的夜晚，倭寇假冒刘显部明军入城，当时没有一个人怀疑是倭寇假扮的。倭寇上城之后，突袭兴化守军，约六千倭寇越墙而入，城中大乱。毕高、翁时器，及卫掌印指挥徐将等，仓皇失措，从城墙上吊绳索缒下，弃城而逃，同知吴世亮领兵和倭寇巷战，然而大势已去，被倭寇杀死，兴化府城沦陷。
◎ 刘显像
倭寇攻陷兴化府城后，屠城烧屋，惨不忍睹。朝廷闻报后十分震惊，当即任命谭纶为福建巡抚，统一指挥俞大猷、戚继光两部入闽作战。在两军未到之时，十二月十日，刘显领兵攻入兴化府，与倭寇在教场激战，因兵力不足，战败退出城外。嘉靖四十二（1563年）年正月，刘显屯兵染店，指挥欧阳深率兵二千屯驻林口，巡按御史陈志亦领兵一千余人来援。正月十二日，倭寇出城南攻欧阳深所部明军营垒，明军反击，射死三十二人。二十二日，倭寇北攻刘显部，刘显诈败设伏，左右夹击，斩首九十级。倭寇见明军战力强悍，以为戚继光兵至，彷徨无措，相顾而视说“戚虎何时来也”。二十七日，忐忑不安的倭寇弃城而逃，半夜出城，至黎明已经离城二十五里。
刘显当时屯兵宁海桥，待天明发现城中倭寇不见，遂即率兵追赶。倭寇在巷口以逸待劳，击退刘显，第二天逃至岐头堡。岐头堡是为防倭而修筑的民防要塞，乡民登城据守，因人员相差过于悬殊，而最近的一支明军就是刘显部，此时距离岐头还有八十里。岐头堡守城乡民，在顽强抵抗后终究不支，堡垒失守沦陷，倭寇在屠堡泄愤后占据岐头。二月二十七日，又有六百倭寇从同安登陆，直至岐头堡，得到新一轮援军的倭寇士气大振，于二十九日进攻平海城。城中兵少援绝，倭寇破城而入，署印指挥叶焕然被杀，平海沦陷。三月十八日，刘显与欧阳深两部明军，移军至平海六十里外的岭头和树下两地设营。二十三日，倭寇突袭树下，欧阳深领兵拒战，见倭寇来袭兵少，随领兵出营与敌交战。倭寇且战且走，将欧阳深引入埋伏圈中。当明军深入之后，倭寇两翼伏兵大起，明军寡不敌众，欧阳深当场战死，士兵阵亡四百余人，余部溃散。刘显不及救援，只能率军退至度滨。
四月初，总兵俞大猷领漳州泉州兵四千人来援，明军再次低进平海城四十里扎营。十一日，四百余名倭寇从上径行至佘埔，试图与平海倭寇回合，刘显率兵截击，未能成功击退。刘显判断这帮倭寇肯定要从自己防区穿过，于是在度滨设伏。十三日，倭寇果然从度滨经过，刘显伏兵四起，倭寇被斩一百七十余级，残部逃回平海城。眼见明军大军云集，平海城中倭寇企图乘船归国，于十六日乘船出海，被巡视平海卫外洋许朝光部拦截，斩首四十九级，只能退回平海城。
◎ 排枪轮番前进射击复原图，从左到右，第一轮由第五排由右侧前进至阵前五步（8米），射击完后立定装枪，第四排前进，以此类推。如原地轮番射击，则射击完后由左侧退回原地（《正气堂集》）
◎ 安海平倭寇图（《三省备边图记》）
◎（福建）练兵平倭寇图（《三省备边图记》）
走投无路的倭寇仿效项羽破釜沉舟，将船全部烧掉，以示不留退路，和明军决一死战。四月十九日，新任总理军务巡抚都御史谭纶抵达省城，二十日在浙江义乌招募了新兵的戚继光入闽，与俞、刘二部会师。谭纶在渚林召集戚、俞、刘商讨进剿方略。大家一致认为，倭寇虽少，但占据险地，能以一当十，明军必须速战速决。谭纶当即决定以戚继光为中军，担任正面攻击；以俞大猷为右军，刘显为左军，担任两翼包围，以重兵临战，务求全歼倭寇。二十一日夜，在福建巡抚谭纶的指挥下，戚继光为中军，刘显、俞大猷为左、右军，兵分三路向平海卫进攻。中军戚继光率先登城，遭遇二千倭寇的阻击，戚继光令部队以火器轰击，倭寇阵型大乱，被迫退守平海卫附近的许家村。戚继光乘胜追击，俞、刘二部紧随奋进，在许家村乘风放火，许家村顿时火光冲天，火借风势，倭寇死伤不计其数，次日又追剿倭寇一百七十余名。此战前后斩首二千二百五十级，救回被俘平民男女二千三百八十人，缴获刀枪剑铳三千九百六十一件，取得了平海卫大捷。
平海卫奏捷之后，戚继光又率部先后在连江马鼻岭和宁海肖石岭歼灭倭寇各一部，福建倭寇暂告平息。然而倭寇来袭数量庞大，福建沿海兵力远远不足，为加强福建水陆防务，以为长治久安之策，谭纶与戚继光等人议定御倭方案，上报朝廷，准备加强福建沿海守备兵力。然而倭寇不甘心失败，又于十月间聚合二万七千余人，再次大举入侵福建，计划先以一万五千人劫掠仙游，来年春天进攻省城福州。
十月上旬，倭寇舰船先后入侵台山、福宁三沙和闾间澳、万安连盘澳、平海卫后潘澳等地。戚继光调拨各路明军围追堵截，十二战十二捷，歼敌三千余人，但未能从根本上阻止倭寇对福建的进犯，而在分路堵截中，戚继光手中的机动兵力越来越少，被分散在福建沿海各个告警地点。为加强对抗倭的军事领导，十一月，嘉靖任命戚继光为总兵官，领导福建全省并浙江金、温二府，负责水陆军务。十一月初一，倭寇乘船十六艘进犯兴化府青山巡检司石城澳，然后继续南下。三日，又有五艘倭船于连江东岱澳登陆。六日，倭寇一万余人登陆仙游，分屯仙游县城四门外城，将仙游团团包围。当时，仙游城内驻兵只有二百余人，另有民兵二百五十人。而戚继光当时在闽兵力集中起来，也仅为六千多人，只是倭寇兵力的一半，而且分散在福建沿海各地。
戚继光根据敌情，调整部署，以一部随监军副使汪道昆往福州，以防倭寇袭击省城；一部防守闽江、兴化，以防倭寇深入福建内地；又命把总傅应嘉统三千名水兵驻守漳州、泉州，控制沿海要地；戚继光本人亲率六千名士兵增援仙游。此时倭寇已经在仙游城外环城立营筑垒，对仙游城发动进攻。戚继光以兵力悬殊，决定以仙游城为支撑，抑留敌人，等明军主力集中后，再设法歼敌。于是戚继光派亲兵二百人乘夜入城，以加强仙游城内防守力量；命守备胡守仁领兵驻扎铁山，据险为垒，牵制倭寇；从各营挑选精锐五百人，组成敢死队，不时袭击敌营；同时将大本营移至离倭寇较近的石马，四面布置疑兵，既遏制倭寇分兵四处剽劫，又让其不能一心一意集中兵力攻城。
陈大有等率领守城军民，在城外明军的配合下，拼死抗击倭寇。倭寇几次强攻难以得手，于是企图进行诱降陈大有。陈大有一面同敌谈判周旋，拖延和争取时间；一面借着谈判的，修补破损的城防工事，并加筑了一道土城，同时改进和制造防御器械，以加强防御。倭寇打打停停，一直到十二月初六。倭寇看陈大有没有投降的心思，加之粮草不足，无力进行长期围困。倭寇乘着明援军未到，而且城内明军官兵伤亡甚重，防守力量大减，遂展开了大规模的攻城行动，拥兵直抵西北水关，砍倒栅栏，挖开土城，竖起云梯登城。在此危急关头，城外游兵李以仁冲进敌阵，烧毁攻城云梯。戚继光闻报，令部队发炮呐喊助阵。倭寇误以为援军赶到，为防被内外夹击，于是停止攻城。
十二月下旬，浙江援军约六千人赶到福建，抵达仙游以东的沙园。戚继光得到援军，于是开始着手歼灭仙游城外的倭寇。仙游城外围城倭寇一万余人，明军即使援军赶到，也不过一万一千多人，在兵力对比上并不占优势，甚至还略有不如，难以向倭寇发起全面攻势。但倭寇在仙游城外四面合围，四个城门外面分别修筑了四个堡垒，而四垒之间有一定距离，可以集中优势兵力，采取各个击破的战术，先攻破一座，然后就可以在兵力上占据优势。于是戚继光命王如龙率兵一部作为中左路，胡守仁率兵一部作为中右路，金科督军一部为大营正兵专备策应，主力部队合力攻取南垒；陈濠等部为右翼奇兵，攻取倭寇东垒；李超督兵一部为左翼奇兵，攻取倭寇西垒；吕崇周等率标兵一部同郭成苗兵四百人设疑兵于铁山，牵制倭寇北垒之兵；傅应嘉领兵一支取道西岭，绕至倭寇西垒之后，配合李超部行动；命中军吴京押运火器，随军接济。二十五日，明军各部开始行动。左路王如龙部、左翼李超部先后进至新岭扎营，中右路胡守仁部进至天光岭扎营，右翼陈濠部进至水沟扎营。
当晚天降大雨，到了次日上午，大雾弥漫，明军各部乘雾隐秘向敌营逼近，快到城下，才被倭寇发觉。当时倭寇正推着八辆吕公车攻城，车高过城墙一丈多，离城头仅有二尺，数百名倭寇藏身车内，正准备登城。恰逢明军赶来，中右路明军直冲倭寇南垒，倭寇攻城部队只好放弃攻城，掉头结阵对付戚军。明军中左路协同中右路奋力拼杀，倭寇大败，退入南垒。明军立即包围倭垒，拔除木栅，纵火焚烧。倭寇当即被烧死数百人，残倭逃奔东垒。中右路乘胜追击，与明军右翼军夹击东垒倭寇。与此同时，中左路戚军与左翼戚军一齐扑向倭寇西垒。东、西二垒在猛烈攻击下，先后被明军攻破，倭寇被烧杀一千余人。东、西二垒残倭逃奔北垒，戚继光亲督金科等部进攻北垒，倭寇不能支持，弃垒而去，至此仙游之围解除。
倭寇余众见明军连拔四垒，进入仙游城内，遂后退数里，脱离与明军接触，两军相持数天，眼见明军戒备森严，于是倭寇在三十日向同安方向离去。戚继光领兵追击，在王仓泙再次击败倭寇，斩首数百，坠崖者不计其数。尚有残倭数千逃至漳浦县蔡丕岭，据崖设寨而守。戚继光命部下分为五哨，各持短兵攀岩而上，当明军登上崖顶之时，倭寇伏兵四起。狭路相逢勇者胜，戚继光下令明军不得后退一步，擂鼓突击，杀入重围。倭寇伏兵大败，被杀数百人，仙游之战，戚继光前后杀敌近万，倭寇不敢继续在福建逗留，残倭南下逃进广东，抢劫渔船出海。
嘉靖四十三年（1564年），潮州倭寇纠集两万多人，与海盗吴平互为犄角，俞大猷也从江西调往了广东，负责广东防倭事宜，而此时，少数民族首领蓝松三、伍端、温七、叶丹楼、程绍录、梁道辉等聚众五万余人，正在省内作乱。惠州参将谢敕与伍端等交战，打不赢，就说“俞家军”来了，俞大猷之前有招降这些少数民族部落的经验，而后又多次歼灭倭寇，在广东很有威名，伍端等首领赶忙逃回山寨。于是俞大猷抵达广东后，单枪匹马去招降程绍录，又让程绍录劝梁道辉归降。不久，来到惠州，将温七擒获。伍端见温七被擒，于是负荆请罪来俞大猷军中，请求攻打倭寇开弥补自己的过失。俞大猷于是以伍端为先锋，从造反的矿工中挑选了二千余名精装，在邹塘作为先锋，进攻倭寇，明军主力随后。一日之内攻破倭寇营垒三座，焚杀倭寇四百多人。倭寇全部逃到崎沙、甲子等处，抢夺渔民船只向大海方向逃去。倭寇船只在海中多遇风沉没。侥幸脱险的二千多人，退守海丰金锡都。俞大猷率军将其包围两个月。倭寇粮食断绝，打算从火埔寮逃走，却被副将汤克宽设伏兵击败，手刃倭寇首领三人，参将王诏等人随后赶到，斩首一千二百余级，残倭仅剩千余，建制被打乱，只得分散入山林中逃避明军追捕，俞大猷命明军化整为零，追入深山老林，直至将倭寇全灭，从此浙江、福建、广东大股倭寇均告平息，“嘉靖大倭乱”基本结束。
