1564年—1625年
“ 嘉靖大倭乱”结束，其实仅仅指高密度、高强度的倭寇入侵狂潮的终结。其实从明朝建立到亡国，仅有建文、天顺、弘治、正德和崇祯五个皇帝在位期间没有倭寇入侵，其余时间均有不同程度倭寇作乱，危害中国沿海的安全稳定。以《明实录》的统计结果来说，嘉靖大倭乱结束后的隆庆和万历两朝，倭寇入侵中国的次数也高达五十次，超过明初洪武、永乐两朝倭患之和。不过如果对比嘉靖年高达一百七十九次倭寇入侵来说，也的确可以说大的倭乱已经基本结束。
从日本而来的大股倭寇被荡平之后，被明军打乱建制的残余倭寇，并未回去日本，而是投奔中国沿海的海盗集团，使其成为并非日本出发的“倭寇”。在嘉靖年明代福建诏安县四都梅岭，有一个人名叫吴平，年少时加入倭寇队伍为“别哨”。在其所处的倭寇集团被明军剿灭之后，吴平纠集残余的倭寇，自立为首领，继续在福建、广东沿海活动。嘉靖三十六年（1557年）十二月，倭寇由梧屿间入澄海界，连年蹂躏潮惠濒海各县，每次都是吴平为之引路。同时，吴平吸纳被明军击败的流散倭寇，势力越来越大，最后拥有倭寇约二万人，加之其人短小精悍，甚有智谋，故当时许朝光、林道乾、曾一本等海寇集团都很推崇吴平，在福建、广东沿海的倭寇集团中，俨然有了当年汪直的地位，成为当时闽广海寇集团的总首领。嘉靖四十一年（1562年），倭寇在吴平引导下攻陷诏安悬钟城，杀死千户周华。嘉靖四十三年（1564年），与潮州倭寇互为犄角海盗吴平，在潮州倭寇被明军消灭后，成为了明廷的下一个打击目标。
嘉靖四十三年（1564年），福建总兵俞大猷招降吴平，并命其据守梅岭。未几，吴平复叛，“造战舰数百，聚众万余，筑三城守之，行劫滨海诸郡”。其间，吴平曾攻入梅洲土堡、厚广土堡，劫掠一空。嘉靖四十三年（1564年）六月，吴平带领数千海寇“围攻县城，烧毁木栅及西关外房屋”后又伙同林道乾、曾一本先后在走马溪、泊浦澳登陆，洗劫南村堡和港口村。不久，闻明将戚继光率大军来剿，吴平便“集船百余艘，弃梅岭，浮海窜入南澳，筑寨于深澳之东”。嘉靖四十四年（1565年），明将戚继光、俞大猷、刘显、汤克宽等率兵三万余人，对南澳的吴平集团进行大规模会剿。吴平，凭岛上易守难攻之地形进行顽抗，与明军相持三月之久。最后，俞、戚二将水陆夹击，俘、斩吴平部下一万五千余人。吴平大败，遁逃安南。次年，闽广官兵追击吴平于安南万桥山澳。后又会同安南百宁宣抚司发兵征剿。明军施用火攻，焚烧吴平所剩船只，擒斩吴平部下三百九十八人，吴平投水自尽。
倭寇流窜至东南亚
明军的对沿海的倭寇势力的大力打击，使得武装走私已经不能再向以前一样进行，在明朝沿海呆不下去的倭寇，即不愿投降明廷，也不愿回到日本，于是开始向东南亚转移，其中吴平曾经的部下林道乾，便是其中一位。早在嘉靖四十二年（1563年），林道乾便被俞大猷所追逐，逃至鸡笼（今台湾基隆），后退赤嵌城（今台湾台南）。道乾遂以此为据点，名北海，嘉靖四十五年（1566年）三月，林道乾监督造船五十余只，以南澳为基地，攻福建诏安五都等地，又被闽都督俞大猷所败。林道乾再次逃入台湾，当时台湾并未在明廷管辖之内，于是明军留师澎湖驻守。林道乾在台湾恣意杀戮土著，取人血涂抹船体，再从台南前往占城，之后又返回潮州，继续在沿海抢掠。
隆庆元年（1567年）十二月至翌年三月，林道乾率众两次攻打澄海藩卫溪东寨，第一次攻寨被陈求默击退；第二次攻寨，溪东寨被攻破。经过几次与官军抗衡之后，道乾回到海岛，在岛上修筑工事，打造盔甲兵器，整修战船，派人在海上抢劫粮船。明廷得知林道乾所在地后，派制置使殷正茂前往招降。于是在隆庆四年（1570年）林道乾受朝廷安抚，安置于潮阳下尾村。当时林道乾有侄子叫林茂，在马来西亚彭亨为都夷使，写信约林道乾过去，这个彭亨就是一开始跟葡萄牙人一起，抢掠中国沿海的彭亨。受到刺激的林道乾不愿去彭亨，但是也不想再受朝廷管制，于是将官府公文十七扎原封交还，率部众离去。此后林道乾积极修造战船，悬赏招募亡命之徒，来一人给一金，招募十人得三金，并令其为队长，因此投奔他的人日渐众多，连年进犯惠来，龙溪，海丰，石帆等地。
万历元年（1573）三月，朝廷派总兵张元勋围攻道乾，林道乾装死遁逃，率众抵东南亚甘浦寨，拿出五百金，帛五十贿赂，被当地政府委任为“把水使”。后明制置使得知林道乾所在，遂下令暹罗、安南两国抓捕林道乾，林道乾随即偷渡回潮州。回潮州后发掘以前埋的金银财宝，又招募亡命徒，携财带人直奔暹罗，经过暹罗港附近的大昆仑山（Pulo Condore）时，林道乾见山高林广，于是率领舟师登山筑寨。但该地多台风，海船难以停泊，林道乾于是改为前往马来半岛，之后攻占北大年。后林道乾助暹罗王进攻安南，暹罗王以女嘉奖林道乾为妻，从此在暹罗定居。林道乾曾任暹罗冶工首领多年。在北大年曾建立一所规模宏大的枪炮厂，铸造火炮。之后林道乾改信伊斯兰教，做了北大年的湾港的行政长官，港的行政长官，迄今北大年还留有林道乾所铸造的火炮。
◎ 北大年青铜炮
◎ 拓林破海寇（曾一本）图（《三省备边图记》）
另一个从中国逃亡东南亚的倭寇集团是林凤，林凤又名林阿凤，西班牙人称之为Limahong，广东饶平人，从属吴平倭寇集团中的曾一本部。曾一本在吴平灭亡之后，在隆庆元年（1567年）二月，向汤克宽请降。但到十月曾一本就又开始反叛，还抓走了澄海知县，并焚杀潮郡百姓。此后，曾一本开始进入广州、东莞等地活动。隆庆二年（1568年），曾一本突攻雷州，击败参将魏宗翰，致东莞守备李茂才阵亡。之后，曾一本突犯广州，大肆掠杀百姓。林凤也在此时率领一部分倭寇攻陷潮州神泉镇。隆庆三年（1569年）六月初三日，曾一本为李锡与俞大猷合击所败，但趁天黑逃脱成功。二十六日在郭成进剿时，被王诏生擒。曾一本被捕之后不久病死，死后被枭首示众。
曾一本被杀同年九月，林凤率曾一本残部入犯琼州清栏港，指挥崔世承兵溃被杀。隆庆四年（1570年）正月，当时福建广东都御史刘焘，曾建议招抚一本残党许瑞，及林凤于潮阳白土，但是知县黄一宠拒绝曾一本残党入住。于是林凤等曾一本残党继续肆虐广东沿海。隆庆五年（1571年）九月，林凤再次攻陷陷惠来神泉司，但为官兵追赶至碣石入海。甲子澳在碣石卫，也是隆庆五年明军赶林凤入海的地方。而到隆庆六年（1572年），林凤已经西退至惠州的白沙湖（今汕尾市东之白沙湾），此时其活动范围尚局限于广东。在明军的连续打击下，此时的林凤下已经不成气候，隆庆六年（1574年）八月，反对招抚林凤的巡按广东御史杨一桂，提到了此时林凤的窘境：“今又有议招海贼林凤于惠州者，凤党不过五六百人，非有大声势难以扑灭”。
据《万历武功录》，李茂在琼州受招抚，其部共三百九十二人，有船八十艘。而李茂是林凤的同党，两人此时同为林道乾部众。当时林凤则在惠州，其部属“不过五六百人”，有船四十余艘。杨一桂认为林凤在惠州的兵力不过五六百人，“非有大声势难以扑灭”者，故极力反对招降林凤，而时任两广总督的殷正茂也是反对招抚，力主对林凤征剿者。从人员和船只数量可以看到，林凤已经极为窘迫，一船不过十余人，人少船小，明军连招降的兴趣都没有。从隆庆六年年底至万历元年五月，两广总督殷正茂督率大军对盘踞在惠、潮地区的海寇山贼发动了大规模的进剿。到万历五月时，林道乾集团早被平定，林道乾本人逃至东南亚。殷正茂在平定林道乾后，遂集结大军，又对当时尚在惠、潮两地的林凤及诸（朱）良宝集团发动进攻。于是在广东呆不下去的林凤北上福建，但是不敢与福建沿海活动，而是逃去了澎湖。
林道乾逃亡东南亚，其大部分部众被仍在中国沿海活动的林凤和诸良宝二人收编。万历元年（1573年）八月到十月，林凤的势力如吹气球一般膨胀，从五六百人，变成四千余人。势力大涨的林凤离开澎湖，直接屯驻潮州河渡门。林凤此时抵达潮州，口头上是来投降的，但其实是为了躲避明军大军剿灭，借着投降来躲避明军兵锋。所以林凤的投降只是诈降，在投降的同时依旧没有停止小规模的劫掠活动。最后，在投降后的第二个月，林凤就开始进攻澄海县城，以试探明军的反应。当时两广总督殷正茂、福建巡抚刘尧诲，督领广东总兵张元勋调集军队火器，准备会剿林凤。但是由于当时诸良宝据险死守山寨，拒绝出战，明军在进攻诸良宝寨时损失较大，兵力不足，因此决定在消灭了诸良宝之后，再集中兵力剿灭林凤。于是殷正茂让地方官员接收，自己对林凤投降不批准不表态以暂缓林凤。明军的计划是先集中兵力消灭诸良宝，同时对林凤集团调兵防备，并禁止民众与林凤接触。
广东总兵张元勋，在万历二年（1574年）三月间平定诸良宝，准备与福建总兵胡守仁联合会剿林凤。因为林凤归降本非诚意，故还在明军尚未彻底消灭诸良宝之前，即在万历三年二月间“叛招”逃跑。林凤从潮州逃出，四月二日至潮州马耳澳，四日又往甲子所，又抵白沙寨，五月入清栏港。清栏港，即琼州府清栏所下的港口，今海南省文昌县的东南。在明军追击下，林凤又从清栏港逃至大星海，然后又逃至香山、大金海及北津，又进入电白县的莲头澳及吴川县的碙洲岛，再逃至琼州海峡，追至新英洋、昌化洋及临高外海，又从长沙港至白沙湖，再逃至崖州。后林凤又从大塘开洋，行至调懒外海，又逃至广海卫之柳渡门，接着林凤藏匿于老万山边。明军穷追不舍，林凤于是乘风东行直达碣石、甲子海洋，然后进入广澳，再向东北走，进入福建海域，再次到达澎湖。
◎ 拓林破海寇（曾一本）图（《三省备边图记》）
林凤的逃跑很是奇特，在广东海上长达两个月时间。值得注意是，林凤出逃躲避官军的地点主要在高、雷、廉、琼等州，特别是琼州府海南岛，林凤几乎是围着海南岛跑了一个圈。其原因在于林凤打算收编诸良宝的余党，以扩大自己的势力。林凤在万历二年二月至五月间的西逃东遁中，不断遭受明军打击，大星海之战，白翰纪、胡震败林凤集团，“斩首二百有五级，俘获七十五人，夺船三十四艘，焚二十余艘，溺死者无算”；黄屯角之战，胡震破林凤集团，斩首捕虏五十三级，俘获十三人；新英洋之战，姚冗恭等人追击林凤，斩首七十一级，俘获三十六人，夺船十余艘；鸡心洋之战，陈忠等将破林凤，斩首二级，俘获十六人。据广东总兵官张元勋称，明军追击林凤，“所获功首数多，又冲沉贼船于大塘，老万山等处，计其原船百余，而见仅半耳。”
然而绕完这个圈，林凤兵力不减反增，从四千余人膨胀到万余人，船只也换成了大舰。等万历二年五月二十八日，林凤进入广澳之时，已有巨舰一百二十艘。不过在明军的穷追不舍之下，林凤离开广东到达福建，第二次入驻澎湖，但是这个入驻时间并不长，从万历二年五月三十日进入，至六月初八离开，时间不过八九天。在福建总兵胡守仁率领福建全省水陆军兵，及广东总兵张元勋率领的广东水师的围追堵截下，林凤集团不得不从澎湖逃离而直奔东番魍港。魍港在清代又称蚊港，现为台湾台南市东部的一个小港。林凤集团到达魍港的时间是六月十日，进入魍港的船只是“六七十号”。林凤集团船只不仅到了魍港，而且驾船深入台岛四十里的“新港劫取米粮”，并且在新港登岸“栅营而处”。
新港在在今台湾台南市南。由于林凤集团登岸后便开始抢掠，遭到了台湾番社土著的武装抵抗，在新港与当地番社土著战斗了三天，彼此均有伤亡。由于林凤集团拥有鸟铳和火炮，在武器上较新港番社占有优势，故新港番人难以取胜。福建方面遂派“通晓番语”的鸟屿澳渔民刘以道为通事，赴新港“往谕番人谋为内应”，即《实录》所言：“因招渔民刘以道谕东番”，并运去一批布货给赏番人，同时又命哨官蔡复春率精悍水兵一百五十名驾民船五艘同行。七月十日，蔡复春所率明军及通事刘以道在新港秘密登岸，并与番人会见。新港社番见明廷援军到来，欢喜雀跃，坚决不接受明廷赏赐的布货，只要求共同消灭林凤集团。双方约定出兵日期。七月十四日，蔡复春哨船从新港出海，遇三艘林凤船，蔡复春兵船发火器攻击，三船人船俱烬，并生擒陈五等四人。林凤又派十艘船进入新港，遭明军与番兵三百人的围攻。林凤见明军与岛上番人已经联合行动，形势对己不利，遂匆忙驾船东逃至澎湖，连所劫取的粮米都来不及带走。
万历二年（1574年）七月十四日，林凤从台湾退出后，又再次开船去澎湖。林凤到澎湖后，将部众进行整编，将他在各地掳掠的男女人口全部留在澎湖，而这些留在澎湖的人口由于无粮食供给，全部饿死。据后来上岛的明军所见：“澎湖枕尸遍野，不下千余”。明朝大部队应是在七月二十四日抵达新港，这时林凤已经离新港至澎湖十天了，明军撤离新港的时间是八月九日。在明军撤走后，林凤集团十一月再次进入新港，并从新港出发，打劫稍北面麻豆番社，但遭到了栖林和麻豆等番社的夹击，损失了五百余人，才率部众离开台湾向南逃遁，最终到达了吕宋，也就是菲律宾。
林凤集团万历二年十一月七日，从台湾新港开船南去吕宋。根据林凤的军师林逢春等人招供，林凤当时进入台湾的目的，是为了抢夺粮食，然后再次进攻广东。但是由于广东和福建两省水师，已经形成了联合围剿林凤的形式，林凤不敢在此时前往中国沿海送死。同时林凤在从台湾退避澎湖之时，拦截到了经过澎湖从马尼拉返航的两条商船。船中带有大批黄金和墨西哥铸造的银币，以及其他货物。从船主口中得知当时西班牙人在马尼拉不足七十人，没有防御力量。加上其部将颜祐谦熟知吕宋情况，于是林凤打算乘马尼拉兵力空虚之际，去西班牙人那里抢掠财物。据西班牙人的资料，林凤赴吕宋的部队，拥有大小船只六十二艘，陆上部队二千余人，水手二千余人，妇女一千五百人，共五千五百余人，其中还包括林凤掳掠的各种工匠、农人及其他技术人员。与明方的五、六十艘船的记载相吻合，可见明军在台湾澎湖地区的围剿，使得林凤损失了大约一半的人员船只。
林凤的余波
1574年11月23日，林凤船队驶至吕宋岛伊禄古近海时，与一艘西班牙船相遇，该船载有二十二名西班牙士兵，并装载一门青铜炮。在林凤部众的围攻下，这艘木船被焚毁，船上的西班牙人亦被消灭，青铜炮则成为林凤远征马尼拉的第一件战利品。当时驻守在伊禄古地方的西班牙军官撒示度（juan de Salcedo）获悉此事后，立即派人前往马尼拉向菲督拉维撒里（Guido de Lavezares）报告。11月29日夜，林凤船队抵达马尼拉湾口之科雷希多岛（Corregido），林凤命部将日本人庄公（Sioco）率领四百名精锐士兵登上小舟准备进攻马尼拉。三十日清晨八时，林凤部众弃舟登陆，以二百名名火枪手在前，二百名精兵随后。在向导的指引下，首先进攻位于马尼拉地峡西北端的炮台，和西班牙驻菲律宾总督官邸。第一个被杀的是西班牙军队守将戈蒂（Martin de Goyti），林凤军过于轻敌，此时已经开始纵火和欢呼胜利。在他们尚未进城前，马尼拉市民已知道了林军来袭的消息。队长维尔克斯（Velasquez）和查昆（Chacon）急速召集驻守士兵赶至海岸，以火绳枪向林军射击。尽管当时林军数量多于西军，但由于西班牙人的顽强抵抗，迫使林军上船撤退。这一仗，西班牙人死亡十四人，而林凤部则多达八十余人。
林军撤退以后，菲督拉维撒里接受在马尼拉居住的华人Sinsay（当即“先生”之译音）的劝告，下令动员所有西班牙人连夜修建防御栅栏和工事，又在炮台上架起四门大炮，准备迎战再来之林凤。十二月二日，林凤亲自指挥全部船队来到马尼拉港，约有一千到一千五百名士兵，分为三队，从三个方向攻城。有大约八十名林凤的士兵冲入城中，但在西兵的还击下，这八十名林军全部被击毙。最后，林凤军队在西班牙士兵的顽强抵抗下，不得不撤退。林凤第二次进攻马尼拉的战役亦告失败。这一仗，西班牙战死十三人，而林凤损失则达二百余人，其主要将领日本人庄公，亦在这一战役中阵亡。
◎ 菲律宾马尼拉西班牙王城（护城河已被填平） ◎ 圣地亚哥城堡
从这些记录可以看出，林凤这两次战斗的指挥者都是日本人，也就是正经的倭国海寇。其作战模式是火绳枪兵加肉搏兵，与缺乏火炮的日本战国时代的战术模式一样，林凤本人船队中的火炮，未曾见过运用到作战当中。而在日本裔将领庄公死后，林凤就直接放弃进攻马尼拉，率部众撤退驶向距马尼拉四十里格的傍佳施栏（Pangasina）河口，于距河口四里格的上游之地设置基地，并建筑要塞在当地称王。林凤退据傍佳施栏港的消息传到马尼拉后，菲律宾拉维撒里认为，林凤将为菲律宾之心腹大患，决心铲除。于是调集人马船只，准备北上。据西文资料，1575年3月23日，菲督命撒示度为司令官，统率西班牙人二百五十名、土著番兵二千五百人，分乘五十九艘船从马尼拉出发，于3月30日清晨抵达傍佳施栏河口。
西班牙人在河口侦明情况后，即派七十名西班牙人，分乘九艘小船沿河上溯，捕拿林军船只以作封锁河口之用，同时又命人率二十八名西班牙人和土著番兵，陆路佯攻林凤要塞。西班牙人的船队在河上与三十五艘林凤船只相遇，林军船上的人当时弃船而去，船只全部被西班牙人焚毁。上午十时，西军对林凤据地展开了进攻，杀死林凤部百余人，捕获妇幼七十余人。战斗持续了一整天，西班牙人也被打死五人，还有三十名参战土著被杀。但是这次明显是因为林凤没有防备。于是林凤趁西班牙人撤退时，修整了城堡，增强了军力，且在城寨内增架了三门大炮和大量轻型火炮。因此当第二天，西班牙人再一次向林军要塞发起全面进攻时，遭到了林凤部的炮火射击，西班牙人的火枪显然无法和林凤的火炮相抗，因此很快撤退，在附近扎寨驻守，打算将林军困死在港内。
就在西班牙人对林凤全面围困期间，西班牙人的一艘运粮船于仁牙因（Lingayen）湾麻里恶（Buliano）港与一艘中国军舰相遇。该船西班牙指挥官路亚尔加（Miguel）经随船马尼拉华裔林必秀（Sinasay）翻译，知道这是一艘中国的官船，船上的中国军官名为王望高（Omocon）。翻译林必秀又带领王望高来到傍佳施栏港，并面见司令官撒示度。王望高向撒示度表示，林凤是个凶恶巨盗，为中国官兵追剿对象。如果西班牙人能够予以活捉或杀死，中国政府将赐以重赏，并可在京城建一牌坊以表彰其功。接着王望高又与林必秀一起前往马尼拉，获拉维撒里总督接见，并商议讨灭林凤事宜，两者曾达成协议，拉维撒里答应如能生擒林凤，将之引渡中国政府。在王望高到达吕宋之前，明朝政府已经得知林凤在吕宋称王的消息，为防止林凤再度回到中国广东、福建沿海为害，因此特意选派“素有胆略，谙识夷情”的哨官王望高先赴吕宋，一面打探林凤在吕宋之现况，一面“许以便宜行事行间”。明朝政府还颁发军令牌面给予札付，授予这位统兵不过几十人的下级武官，能够在海外行使特权。
王望高于三月十二日抵达吕宋后，在吕宋土著的支持下，调集了五千名番兵、二百艘战船，于三月十八日至二十八日连续向据守在玳瑁港内的林凤军队发动几次袭击和进攻。几场战斗下来，“贼人死者过半”，林凤所剩兵力已不足千人，林凤部下主要将领林逢春、颜祐谦、许应美及吴大成等均已投降王望高。林凤集团在王望高指挥的番兵打击下，已到了“战则无兵，守则无食，逃则无船”只等束手就擒的困境。当时明朝在传统朝贡范围内拥有极大的影响力，在条件允许下，一名哨官这种下级武官，便可手持印信，在朝贡国家中调集军队。如同台湾番社调集土著士兵一样，王望高在吕宋也征召了五千名士兵。这也是十六世纪后，明朝官方力量第一次抵达东南亚国家，行使宗主国征召、指挥藩属国军队的权力。这样的结果导致了占据马尼拉的西班牙人不满，于是西班牙人将王望高从前线请回马尼拉，向王望高保证会消灭林凤，怂恿王望高乘季风提前返回。
王望高在击败林凤主力后，林凤率残部退守玳瑁城，王望高认为林凤“今以战则无兵，以守则无食，以逃则无船”，已成瓮中之鳖，擒获或击杀林凤应是十拿九稳。因此，在西班牙人的再三保证下，他决定暂时将林凤围困，自己想先趁五月份的南汛返回福建向上司报功。菲律宾总督自然巴不得这个能随意征召几千土著的中国人赶紧离开，于是向王望高提供全部返航必需品，并派遣使节与王望高一同回国。由林凤问题而促使西班牙海外殖民地“吕宋国主”正式向大明国派遣使臣，是中欧关系史上的一件大事，西班牙成为大航海以来继正德年间第一个欧洲国家葡萄牙之后向中国派遣使臣的第二个欧洲国家。这一次西班牙出使的目的主要有二：一是要求中国政府允许传教士在华自由传教；二是请求划定福建的一个港供西班牙人作贸易之用，一如葡萄牙人在澳门。
这一次西班牙使华之起由是因林凤之事而引起的。由于林凤此时尚被围困，而并没有真正被擒获或击毙，尽管西班牙使节表示一定会擒获林凤，“及译审番僧马力陈等，亦自认决能擒贼以报效朝廷”。王望高则认为：“计此时当为周英等所得，特风汛不便不能回报耳”。就是说此时留在吕宋的周英，应该已经将林凤擒获，只是因为“风汛不便”而无法回来报告。但是就在王望高等人来到福州不久，福建海面就发生了海盗掠夺事件，故巡抚福建佥都御史刘尧诲，立即对林凤事件的真相起了疑心。因此，刘尧诲决定先将使臣遣回吕宋，待到擒获或击杀林凤的证据到手之后再作决定。至于西班牙使节提出的要求，刘尧诲答复是必须上报朝廷，获得皇帝的批准。因此，刘尧诲第二次派王望高率船队再赴吕宋，一是护送西班牙使团返回，二是与西班牙人共同擒捕林凤。
但是出人意料的是，就在西班牙使团还未抵达福州时，被人认为已成瓮中之鳖的林凤居然逃脱出洋而不知去向。由于西班牙人只是封锁了附近地区，并不是直接在要塞附近设围。于是林凤派人到外面去砍伐木材，不久便在堡垒中建好了三十三艘船。在堡垒被围四个多月后，林凤在八月二日晚从河道进入大海，回到中国沿海，进入澎湖进行休整和补养。林凤在澎湖停留时间不长，约一月左右，于九月初再次去了台湾。在台湾停留了两个月之后，林凤于九月二十四日，率其部众从台湾新港开洋，直奔潮州，向明军乞降。兵部与福建方面对待林凤的态度是，根本不要谈“招抚”之事，下定决心要将为患闽广多年的林凤集团一举歼灭。这一仗是闽粤两省军队同林凤集团的最后一仗。十月一日，福建水师在浯屿誓师；三日出发；七日，闽师抵达潮州海门所，对刚到潮海的林凤集团发动攻击；九日，追林凤至碣石卫田尾澳；十二日，又追林凤部至淡水外洋。这几场战斗，均大败林凤，击沉林凤船二十三艘，擒获斩首共二百余人。经此一役，林凤虽被击垮，但仍然在沿海继续活动，在此时，潮州参政金淛出面力主招抚林凤，得到了首辅张居正的同意，于是林凤部属叛离林凤。孤家寡人的林凤投奔海南原自己的部属李茂部，后李茂被明军剿灭，林凤再次脱逃，流亡东南亚。但是东南亚各国惧怕明朝问罪，拒绝接纳林凤，因此林凤在各地流浪后，最后不知所终。
倭寇的最后狂想
随着日本国内战国时代的进入尾声，耗资巨大而收获微小的倭寇远征变得不合时宜。越来越多的豪强大名，把精力投入到其所谓的争霸天下中去。日本国内的海贼众（水军）们，在此时也逐渐丧失了自己的独立性。随着织田信长在石山本愿寺战役中，第二次木津川口之战（1578年）的胜利，濑户内海地区的海贼众开始瓦解，织田信长也在此战中，奠定了自己的天下人地位。然而随着本能寺之变，织田信长身亡，其继任者丰臣秀吉成为了天下人。而织田和丰臣二人的水军主力，就是有海贼大名之称的九鬼嘉隆所率领的九鬼水军。九鬼嘉隆在投靠织田信长之后，在其充足的财力支持下，将日本国内水面舰船进行火器化和大型化，出现了所谓“铁甲船”和舰载火炮。其后日本水军开始大量装备火绳枪，并与十八卷本《绩效新书》中，一杆鸟铳备弹五百三十发，在战术上颇有相似之处。
为控制日本国内的水面作战力量，丰臣秀吉的统一天下之后，于天正十六年（1588年）颁布了海贼停止令。海贼停止令的第一个目的，是为配合同年颁布的刀狩令，将海贼中战斗力低下的半渔民半海贼遣散，把专业的水战人员收编入其家臣团。第二个目的是为了控制日本国内的沿海水上交通，把船只集中在自己的手中，为不久后的文禄·庆长之役，做战争准备。随着日本倭寇由分散的独立和半独立，变成国家统一掌控之后，倭寇的作战目的发生了第一次革命性的变化。由零散和半自发性质、以劫掠财物为主；变成了国家统一集中调配，以消灭他国正规水军、掌控制海权为主。也就是说，倭寇由私人变成了变成官方，半非法变成合法，也就是成为了国营倭寇。
为什么被收编了，这帮人还是倭寇？那是因为正常国家镇压海寇，是为了保证本国沿海平民安宁，以维护本国沿海和平稳定做出发点。而丰臣秀吉的海贼停止令不同，其目的是为了把海寇集中在自己手中，然后以更大规模的海上进攻，来侵略他国。所以这依旧还是倭寇，而且是日本十六世纪以来最为强大的倭寇集团。参考日本侵略朝鲜的水军指挥官，胁坂安治、加藤嘉明和九鬼嘉隆三人。九鬼嘉隆本身就是海贼出身。胁坂安治在天正十三年（1585年）受封淡路国洲本藩，成为洲本藩藩主。加藤嘉明则在天正十四年（1586年）受封淡路志知。淡路是日本海贼的核心活动区域之一，制造安宅船的安宅冬康，其率领的海贼众，就是淡路水军。这些足以表明，丰臣秀吉入侵朝鲜时的所谓日本水军，其实就是一帮整编后的倭寇，而其抵达朝鲜半岛后残酷的烧杀抢掠，也的确不负倭寇之名。
除直接受丰臣秀吉控制的海贼众之外，还有沿海大名所收编的水军，在第一次侵略朝鲜的文禄之战役，也就是壬辰倭乱之时，最初的水军编制为九鬼嘉隆一千五百人，藤堂高虎二千人，胁坂安治一千五百人，加藤嘉明七百五十人，来岛通之、来岛通总七百人，菅达长二百五十人，桑山一晴一千人，掘内氏善八百五十人，杉若氏宗六百五十人，合计九千二百人。这些水军是专门用于与朝鲜水军争夺制海权，保证日本和朝鲜间粮食军械运输所用。然而由于李舜臣所率领的朝鲜水军，屡次击败日本海贼众，因此丰臣秀吉在之后加派来岛和四国长宗我部元亲的水军。来岛众是日本著名海贼众村上水军中的一部分，而四国长宗我部元亲水军也不弱。其在响应丰臣秀吉征召，参与小田园城攻城战中所乘坐的大黑丸，有桨手二百人，武备有火炮两门，十匁（37.5g）中筒二百挺，弓一百张，长枪二百杆，长刀六十把，熊手（勾兵）和纵火物若干。
由于当时日本的大型军舰安宅船，和李朝水军主力板屋船一样，都是仿造倭寇当时使用的明中期水军大型战船。所以李朝当时把日本水军的安宅船，也称为板屋船。两者技术水平相当，而李朝此时没有获得火绳枪的制造技术，除舰炮数量和质量，要好于铸造极为落后的日本外，在轻型火力投射上，要弱于日本的火绳枪兵。所以当日本军舰浮海而来之时，李朝的水军一开始颇为被动。如果没有李舜臣的横空出世，日本水军当时应已经消灭了李朝水军。而李朝名将李舜臣和他的龟船一起，在与日本国营倭寇的交战中，名垂世界海军史。
◎ 龟船结构图
李朝当时没有火绳枪，但是李朝的火炮技术水平远超日本，为对抗数量繁多的日本战船，李舜臣在板屋船的基础上，改装了一种新型火炮战船龟船。龟船与板屋船在结构上没有任何不同之处，唯一不同的是龟船在板屋船开敞的船楼上，加装了一个倒扣下来的盖子。这样保护了板屋船顶层作战平台上的人员，同时整个船体完全封闭，使得接舷作战变得极为困难。而日本极度缺乏大型火炮的劣势，使得当时的日本水军无法破坏龟船的掩体，只能被动挨打，而不能还手。李舜臣借着李朝的火炮技术优势，在龟船上安放了大量火炮，不同型号的龟船搭载了二十四至三十六门火炮。龟船在四面八方都有炮口，使其可以向任何方位射击。然而其过多的火炮数量，使得当时财力有限的李朝无法建造太多，因此在倭乱期间，李朝的水军主力依旧是板屋船。
龟船的作战特点很明确，凭借当时日本水军轻型火力无法击毁的装甲，冲入敌阵之中，使用其数量众多的舰载火炮，击毁日本水军战船的射击平台矢仓。同时打乱日本水军的阵型，给配合其作战的板屋船主力舰队创造机会，战术和当年倭寇精锐剑手滚入长枪阵，打乱长枪兵的作阵列类似。然而其弱点也很明显，其防护能力仅能抵御当时缺乏火炮的日本水军；巨大而沉重的上层建筑和平底船型，也使其不能远洋作战；而覆盖严密的掩体，对视野构成了极大的不便，无法像板屋船一样作为指挥舰，只能用于冲阵。李舜臣在露梁海战时，就是在板屋船上指挥，而被流弹击中而阵亡的。虽然李舜臣在抗倭的最后一战中战死，没能亲眼见到倭寇被逐出朝鲜半岛，但是朝鲜的宗主国明朝，替他的祖国完成了遗愿，将倭寇赶回了日本。
◎ 板屋船作战图
◎ 龟船作战图
◎ 那霸港图
虽然龟船有其局限性，但是在和板屋船等水军主力相互配合、加上名将李舜臣的指挥之下，对缺乏有效对抗手段的日本水军构成了极大的损害。日本当时的水军或者说海贼众，只是建立在嘉靖倭乱以来基础上的弱势武装，长期处于陆军士兵登船作战级别，缺乏正规水军所拥有的火力和攻坚作战能力。这个弱势不单单只表现在丰臣秀吉入侵朝鲜和李朝水军作战，在1609年岛津氏出兵进攻琉球王国之时，岛津进攻那霸港的船队一靠近港口，便被琉球在那霸港口修筑的三重城和屋良座森城两座炮台，当场击沉了七艘军舰。而岛津船队却毫无办法，只能靠从冲绳岛北部不设防的今归仁登陆，纵向穿越大半个冲绳岛的陆军，才最终迫降琉球王国。
随着丰臣秀吉的死亡，日本人那被宗教和利益下冲昏的头脑，终于开始冷静下来。因为日本在十六世纪中后期，对外的持续入侵中，已经损失高达数十万人。于是，日本不再试图用军事手段，直接挑战当时东亚的秩序制定者中国，而开始走表面一套，私下一套的做法。当萨摩入侵琉球之后，江户幕府试图通过琉球称臣和朝鲜来朝，在东亚地区构建一种与明王朝对抗的，以日本为中心的新国际秩序。也就是以神国日本为中心，日本为华，他国为夷的神国-秽土模式下的“日本型华夷秩序”。因此，这种“日本型华夷秩序”与建立在封贡体制下，重视礼仪，不干涉内政的传统的“华夷秩序”有着本质上的区别。“日本型华夷秩序”是建立在极端民族主义基础上的，宣扬殖民扩张，干涉内政，变他国为日本的被保护国，是带有殖民性质强权政治的产物。
◎ 三重城和屋良座森城两座炮台平面图，右侧彩照为三重城
日本的这行为模式，带有强烈的神国之民对秽土非人歧视性，对他国的外交使节充满赤裸裸的军事恐吓和羞辱。以被军事征服琉球为例，日本对所谓朝贡国琉球，制定了极为苛刻的掟十五僇条，直接干涉琉球王国内政，中包括对琉球王国对外贸易和航海自由的限制；对琉球王国人事权的限制；对琉球王国年贡税收的规定；以及对琉球王国社会治安管理的规定；以及要求琉球王国君臣发誓永远效忠萨摩藩，并割让奄美诸岛等苛刻条件，而且每年必须向萨摩藩进贡大米十二万三千七百石。之后对为加强对琉球的控制，日本向琉球派驻官员，1629年，萨摩藩在宫古列岛首先设置了“宫古岛在番奉行”；1631年，在冲绳岛设置了“琉球在番奉行”；1632年，又在八重山列岛设置了“八重山岛在番奉行”。这样一来，萨摩藩对琉球王国的统治，由早期的间接统治变化为直接统治。
1614年，江户幕府令萨摩藩起草一封书信，让琉球王国的进贡使以德川家康的名义转交给明王朝派驻福建的军政当局。由于琉球王国违背贡期的规定擅自入贡，进贡使被拒绝入境，这封书信因而未能送达。但是，书信中所表达的内容对于研究江户幕府的对外政策很有帮助。书信中谈到日本与中国的交流历史很长，因万历朝鲜战争而中断了联系，但德川家康夺得政权后，“抚育诸岛，左右文武，经纬纲常，遵往古之遗法，鉴旧时之烱戒，邦富民殷，尔积九年之蓄，风移俗易，而追三代之迹，其化之所及，朝鲜入贡，琉球称臣，安南、交趾、占城、暹罗、吕宋、西洋、柬埔寨等蛮夷之君长酋帅，各无不上书输宾。由是益慕中华，尔求和平之意无忘于怀”此外，信中还表达了江户幕府准备与明王朝恢复贸易往来，“欲修遣使之交”，希望明王朝不废“中华以大事小之意”，以博爱之心善待海东的黎民百姓之意。
这封书信虽是写给明王朝驻福建的军政当局，但是书信完全采用外交文书的格式和汉语文体，足以说明江户幕府是按照当时东亚地区的外交礼节行事，江户幕府认为这封书信必然会转呈给明朝皇帝，所以书信末尾盖上了江户幕府最高统治者德川家康的朱印。但是，书信中未使用明王朝的年号，说明发信者并没有表现出对明朝皇帝应有的尊敬，表明日本并未把自己置入明朝的朝贡体系之内。书信中关于“朝鲜入贡，琉球称臣，安南、交趾、占城、暹逻、吕宋、西洋、柬埔寨等蛮夷之君长酋帅，各无不上书输宾”的表述，无疑是江户幕府公开向明王朝表明日本在外交上与明王朝的地位平等。日本这种模仿中华帝国创建的“华夷秩序”，表明其仍然试图建立以日本为中心的新的东亚地区国际秩序，欲与明王朝在东亚地区的地缘政治格局中分庭抗争的态度。
在江户幕府的构图中，日本要取代明王朝成为新的天下共主，琉球、朝鲜、虾夷（北海道）成为其中的一员。萨摩藩入侵琉球，正是日本为构建东亚地区新的国际秩序所迈出的第一步。萨摩藩征服琉球王国后，强迫琉球王国纳贡称臣，确立了萨摩藩与琉球王国之间的主从关系。江户幕府之所以允许琉球王国保留形式上的王权体制，就是想利用琉球王国的来朝提高江户幕府的地位。随着万历朝鲜战争后朝日关系的缓和，朝鲜王国经常派遣通信使与日本交流，朝鲜通信使带来的礼品，也被江户幕府当作贡品加以夸大。而且将军在接待朝鲜使节时，还刻意对朝鲜使节进行羞辱，其目的是对外宣传日本至上的“日本型华夷秩序”的确立。同一时期江户幕府开始向虾夷扩张，并且对当时处于荷兰占领下的台湾表达了领土要求。以贸易为幌子的朱印船主，在船上藏有大量火炮，意图偷袭热兰遮。事泄后，还以谈判为幌子，绑架了热兰遮总督，将其捆去日本。这些完全践踏任何一种外交礼节的行为，都是日本人神国至上观的集中体现。从上述种种迹象中不难看出，江户初期的日本，试图强行在东亚构建“日本型华夷秩序”。
然而明朝北方建州女真的崛起，使明朝此时没有太多的精力去关注日本人的小动作。日本在万历朝鲜战争中的失败，也使得日本人意识到以日本的实力，还不足以撼动明王朝在东亚大陆传统的盟主地位，因而没有将这些小动作扩大化。随着明清战争的愈演愈烈，双方的战争规模越发庞大，动辄数千门火炮对轰的战况，震惊了当时在海外活动的日本人。而东亚海上贸易的扩大化和荷兰人的东来，更加强大的武装商船和战舰，开始在中国沿海频繁出现，数十、上百条大型炮舰对轰的海战模式，日本当时连参与的资格都没有。被残酷的现实打破妄想，终究完全冷静下来的日本，终于认识到自己与中国国力上的巨大差异，开始一改战国至江户初期咄咄逼人的对外政策。天启五年（1625年）三月二十二，浙江水师在洋面犁沉一艘，烧毁两艘海寇船只，斩首一十二级，生擒三十八人缴获火器倭刀盔甲等一百多件。该船使用宽永（原为宽和，应为宽永）年号，宽永是1624年至1644年特别所使用的年号，这应该是明军最后一次与真正的倭寇交战。此后不久，日本于1633年，开始宣布闭关锁国，经过十余年的努力，在江户幕府三代将军德川家光手上最终完成。
然而一开始德川时代早期的扩张政策并非完全没有成果，萨摩藩通过对琉球王国的控制，获得了巨大的政治和经济利益，使得萨摩藩的实力大增，通过对琉球的压榨，萨摩藩的财力增至九十万石，成为日本国内仅次于加贺藩的第二大藩。1868年“明治维新”的成功极大地推动了日本的现代化进程，财力雄厚的萨摩藩，在明治维新运动中发挥了巨大作用。西乡隆盛、大久保利通等萨摩藩出身的政治家，成为倒幕维新的核心。直到第一次世界大战结束前，被称为“萨摩阀”的政治势力在日本的国家政治中举足轻重，一直占据着政府和军队的领导地位，并主导了后来的“琉球处分”、甲午战争、“日韩并合”等对东亚地区地缘政治格局变化产生过重要影响的历史进程。对日本在东亚地区的崛起，所产生的重要影响不可低估。如果说一个国家的崛起表现在该国家在政治、军事、经济、文化等领域的对外扩张对原有国际秩序的挑战，那么，从这个意义上说，倭寇的老巢之一萨摩藩，对琉球王国的军事征服，正是日本对中国主导下的东亚地区国际秩序的一次成功挑战，而明朝此时因为北方战争无暇他顾，并在明清战争和流寇叛乱中最终灭亡。
◎ 倭寇入侵范围图
自葡萄牙人抵达东方，东方海域上的宁静被上帝的子民打破。如同多米诺骨牌一样，这些欧洲人轻轻的一推，战火从朝鲜半岛，一路蔓延到了东南亚各国。整个十六世纪中期，数十万倭寇如飞蛾扑火般，在和平已久的东方海面点燃了狼烟，几千万沿海各国各族人民深受其苦。上百万人遇难。而倭寇的损失也高达数十万。最后玩火者必自焚，掌控不了如此庞大力量的葡萄牙人，反被倭寇所制，被逐渐排挤出了东亚贸易核心。日本最后杀死了葡萄牙人使节，驱逐了葡萄牙商人和天主教徒，将葡萄牙完全排除在贸易对象之外。而后来的西班牙人吞并了葡萄牙本土，荷兰人夺取了葡萄牙的香料群岛。不愿意效忠西班牙的葡萄牙人，最后只能躲在中国的羽翼之下，替中国看守珠江门户，躲在澳门苟延残喘。多行不义必自毙，殖民者和倭寇这两个毒瘤，在明代中国军民的奋战之下，在东方最终销声匿迹。
