杨锐的担心甚有道理，不过由于不久就发生了政变，所以冲突并没有如杨锐所担心的那样发生。在他们共同协助光绪帝推行新政的那半个月里，密切合作应该说是主流，也有流传至今的佳话。比如9月8日，湖南举人曾廉上书弹劾康、梁创邪说舞文诬圣，聚众徒假权行教，觊觎非常，大有教皇中国之意[20]。
光绪帝得读此书后深感事关重大，若果真属实，康、梁必遭杀身之祸。为了保护康、梁，光绪帝将此书批转军机大臣裕禄，并示意裕禄转交谭嗣同逐条驳斥。谭见疏后极为愤怒，在谕旨中不仅根本不认同曾廉的揭发，反而建议光绪帝诛杀曾廉，以遏制反对势力对新政的攻击，对新人的陷害。光绪帝没有同意谭的建议，以为甫诏求言，而遽杀人以逞，非所以服天下也[21]。
第二天，谭嗣同再请光绪帝诛杀曾廉，光绪帝“卒格不下”[22]，依然觉得这样不合乎新政精神，继续责成谭嗣同从道理上驳斥曾廉。谭在逐条驳斥曾廉的同时，表示可以担保康、梁对大清王朝和光绪帝忠贞无二，公开表示“臣嗣同以百口保康、梁之忠。若曾廉之言属实，臣嗣同请先坐罪”。与谭嗣同同班轮值的新进军机章京刘光第也毅然在谭嗣同起草的文件上署名，称“臣光第亦请先坐罪”[23]。谭嗣同、刘光第等新进军机章京勇于负责、敢于担当的正义之气深深感动了光绪帝。光绪帝决定此事就此结束，并没有将曾廉的弹劾奏折呈送慈禧太后[24]。
新进军机四章京的任命就本意而言并没有主动挑起所谓新旧冲突，但在客观效果上确实加速了政治层面的人事分化，引起了许多无谓的纠纷，也为后来的政治变故留下了伏笔。后来他们四人被慈禧太后下令予以残酷的杀害，都和他们在那短短的十几天时间里的活动有关。
不过，值得注意的是，光绪帝任命军机四章京并没有结束政府改组后人事变动的后续动作。四章京上任之后的第二天（9月7日），清廷任命裕禄在总理衙门行走并兼任礼部满尚书，任命李端棻为礼部汉尚书。至此，礼部的改组方告完成。而同一天，清廷还免去李鸿章、敬信在总理衙门行走，表明政府改组的后续动作继续进行，黜旧人、擢新人也没有停止。9月14日，光绪帝召见严复。15日，光绪帝接受张英麟的保荐，命广东候补道林合峒等来京预备召见。至少到此时，人事调整并没有停止，这也从一个方面说明后来的政变此时尚未露出任何迹象。
废我军机？
擢新人、黜旧人，是新政改革的需要。一大批被废黜的旧官员当然不会满意，这不是一个简单的政治见解问题，而是关涉每一个官员的实际经济利益和政治地位的问题。那些新获提升的年轻官员虽然具有许多新思想、新见解，也发自内心真诚支持新政改革，但他们的官场经验毕竟不太丰富，政治上也不太成熟，对许多事务的处理过于简单，这样势必加重政治生态的恶化。许多旧官僚即便先前有着无数的矛盾与冲突，他们又在应对新政上重新纠集起来。所以说，黜旧人、擢新人虽然不是戊戌政变的直接原因，但这一系列人事布局的调整实在为后来的政治变动留下了隐患，是政变的远因之一。
与擢新人、黜旧人相近且在某些程度上相重叠的是裁冗署、设新局，这一具有明显的行政体制改革特征的所谓政治体制改革更加深了清廷内部相当一部分人甚至包括慈禧太后对新政的怀疑与忧虑，他们担心如果一味采取支持和迁就的态度，可能会损害大清王朝的根本利益，影响满洲贵族的地位。而这是他们先前之所以支持、同意新政改革的前提与先决条件，一旦这个前提受到影响，他们自然会收回对新政改革的支持，从而阻止改革的进行。这也是后来政治变动的直接原因之一。
按照康有为的设想，中国的一切问题都在于政治上没有办法，中国只有在政治上有办法，其他的经济问题、教育问题、外交问题、军事改革问题等，才可迎刃而解。而政治上的有办法，在康看来就是参照西方近代国家的政治模式，重建中国的政治体制和行政体制。这是他数年的一贯看法，也是恭亲王奕最不放心的地方。
康有为对中国问题的一些判断，确实具有世界眼光。他看到了中国问题的根本症结，而不再像先前的洋务官僚那样一味地坚持发展经济，以为经济发展了，政治上自然有办法。康此时所强调的都是重建中国的政治体制，其核心就是建立西方主流国家行之已久且行之有效的君主立宪体制。所以当他在西花厅被问话的时候，其谈论的主题就是变法，就是改变中国旧有的政治体制，并建议成立制度局作为暂时的立法机关，聘请外国人和康有为自己以及其他通晓当今世界各国法律体制的专家，共同审查已有的法律、规定，重新制定一批合乎国情、能够推动中国进步与发展的新制度与新规则；建议成立新政局作为新的行政中心，改组或重建政府各部门，主导和推动中国的一切变法事宜。
康有为后来认为这两个建议至关重要，如果清政府按照去做，先从体制、法律入手，然后再推行全面的改革，可能就不会发生后来的政变，中国的改革可能会在一条比较平稳的道路上前进。可惜的是，光绪帝过于急躁，在道路铺平之前就急于推进各项改革[25]，结果导致一系列无法控制的后果。
根据光绪帝的指示，康有为于1898年1月29日完成《上清帝第六书》，建议清政府鉴于先前几十年洋务运动的教训，从制度等根本环节改变中国的现状，并将先前建议设立制度局和新政局的方案更加具体化。
关于制度局，康建议设于宫中，广征天下通才参与其事，在皇帝的亲自主导下，将一切政事、制度重新商定，某政宜改，某事宜增，斟酌其宜，折衷一是，草定章程，然后推行。
关于新政局，康有为建议以此作为推行新政和处理帝国内政、外交等全部事务的行政中心，新政局下辖十二个新政分局，包揽政治、经济、教育、文化、外交、军事、内政等各个方面。
这两个建议实际上是西方近代国家三权分立立宪政体在中国的演变。按照康的设想，制度局主要的职能是议政和制定规则，具有西方近代国家的议会功能；新政局是行政权力中心，是办事机构，凡制度局已经议定的新政事务，皆交给新政局负责具体执行。推测康的本意，他似乎不愿意先破后立，而是反其道而行之，先立后破，用新的议政机构和行政机构推行改革，以便减少阻力。康的设想或许没有问题，但仔细分析，则不难看到这一方案是对旧的政治、行政体制的严重侵犯。说得不客气点，先立后破远比先破后立的阻力大得多。因为从议政的功能看，大清帝国虽然从来没有设立议会、国会之类的机构，但政治体制从传统中国演化而来，议政与行政的分离并不是没有。早在清太祖努尔哈赤筹备建立后金政权时，就曾设置过议政五大臣协助处理国事，每五日召集一次会议，与宗室王公等一起讨论重大事务。清政府建政中原以后，更参照传统的政权组织方式组建议政王大臣会议制度，于内廷设置议政处，全面管理帝国的日常事务。六部有交议之事，议政处便揆度事情，抉择可否，行之邦国，施之民人。到了雍正年间成立军机处，议政王大臣会议制度失去其应有的功能，遂逐步废除。所谓军机处实际上就是帝国最高的议政机构，所有事务实际上都要通过军机处讨论；六部交议之事，皆有内外臣工随时条奏，帝国内部的一切大政大疑，均由军机大臣讨论裁决，皇帝通过军机处对全国的控制远比康有为设计的皇帝对制度局的控制要严密得多。
至于行政机构，清朝建政中原以后沿袭明朝旧例，也没有设立内阁，由六部直接向皇帝负责。后来因洋务的需要，在六部之外设立总理各国事务衙门，总理衙门遂演变成实际上的行政权力中心，六部只是行政事务的执行机关。帝国的大小事务实际上都被肢解为六部的事务，皇帝正是通过对军机处、总理衙门及六部的高度控制而掌控着整个帝国的全部议政及行政体制。
当然，总理衙门这种体制的弊病在当时也相当明显。刑部郎中沈瑞琳9月13日上书建议遵循各国惯例，将总理衙门改为外部，定设专官，以重交涉而策富强。他详细列举了总理衙门体制的弊病，概括起来就是虽有衙门而无专官，名为总理实则兼理[26]，这样自然难以应付日益繁多的外交事务及内政发展、经济建设的需要。
同月，顺天府大兴县生员高世芬也对军机处、总理衙门乃至六部的兼职体制提出批评，建议优化、裁撤过多兼职人员，各部院尚书、左右侍郎，无论满汉各撤一员，即以尚书为总理；同时规定他们不再兼管其他事务，只以本部为责成。军机大臣与总理衙门大臣，也不必继续兼任各部院事务，以便他们专心研究中外实在情形[27]。
大清王朝的行政体制或许确如批评者所说的那样存在许多问题，但康有为立足于先立后破的议政与行政分离的建议，不仅是对旧体制的全面否定，而且其叠床架屋的权力设计势必导致旧有机构中所有官僚的反对。何况，将他的这种设计还原为中国旧体制，也没有看到多少新意。
避开军机处另设议政的制度局，避开总理衙门和六部另设所谓新政局及十二新政分局，康有为这一构想的另一出发点或许是感到旧有的议政及行政中心过于陈旧和老化，很难依靠它们推动新政。而如果将具有新思想的新人物介入原有的议政机构和行政机构，要么新人物被旧人物所同化，要么发生不必要的冲突。所以，康有为试图通过另行设立新的机构总揽帝国的行政大权，以不触动旧的官僚体制为代价，换取他们对新政的支持。他的愿望不可谓不善良，但其“攫取”帝国权力的野心在那些老道的政治家眼里却显得过于幼稚和明显。恭亲王奕在弥留之际对慈禧太后、光绪帝的告诫，就是让他们不要上康有为、翁同龢等人的当，以设立什么制度局、新政局的花样“废我军机”，达到将整个帝国脱离满洲贵族控制的政治目的。
康有为、翁同龢的心理当然并不是恭亲王奕所推测的那样阴暗与恶毒，但康执意在旧有的政权架构之外另起炉灶，事实上也有废弃旧有权力架构的用意。根据他的说法，之所以建议设置制度局，就是要废弃已有的军机处。他觉得军机处经过数十年的发展演变，已失去先前应有的活力，对于无例可援、前无古人的新政事业，军机处无法发挥应有的功能。至于在总理衙门和六部之外另组行政中心，在康看来也是不得已而为之，六部本为行政之官，掌守例而不任出议，而总理衙门困于外交，总理大臣也多为兼职，簿书期会，刻无暇晷，根本无法担当推动变法的责任。基于这种判断，康认为不变法则已，要变法，要维新，就必须另行组织制度局和新政局。
从权力制衡的角度看，他的建议固然有其可取之处。但不可回避的问题在于，这种新的权力架构并没有回答恭亲王奕的疑虑。一旦建立，原有的军机处、总理衙门及六部的功能何在？在这些机构中任职的官员还有什么事情可做？所以说，旧的机构不是不可以废除，新的机构不是不可以设立，问题在于怎样协调新旧之间的关系。
康有为的提议不论有多少道理，但他无法回答这一问题，所以他的建议在上报清廷之后并没有获得如期的回应。在这种情况下，他的正确选择是应该检讨自己的建议是否有某种不足，应该从哪些方面予以完善。然而康并没有这样做，相反，他的自信使他听不得任何不同意见，他觉得只要坚持不懈地进行鼓吹，一定能够获得政治高层的善意回应。于是他在年轻一代知识分子和官僚阶层中积极活动，将自己的成文建议进行传播。久而久之，也真有一些年轻的官僚听信康的建议，康转而又以这些人的名义向清廷呈递类似的奏折，以期从舆论上迫使清廷政治高层接纳他的建议。
皇天不负有心人。经过不懈努力，设立制度局的建议终于获得了回应。3月11日，在光绪帝的不断催问下，总理衙门终于将扣压一个多月的《上清帝第六书》转呈光绪帝，光绪帝阅读了这份建议后即批转总理衙门妥议具奏。6月16日，光绪帝在宣布明定国是之后不几天如约召见康有为，康又借机当面表达了设立制度局而变法律的建议[28]。
对于康的建议，光绪帝表示认同，但对于开设的具体步骤，光绪帝并没有表示意见。
光绪帝的认同极大激励了康有为，召见的第二天（6月17日），春风得意的康有为采用既往的成功经验，又代御史宋伯鲁拟就《变法先后有序乞速奋乾断以救时艰折》，以西方近代国家三权分立的理论为依据，提出于内廷设立法院，选天下通才入院办事。皇上每日亲临，王大臣派为参议，相与商榷，一意维新，草定章程，酌定宪法[29]。这就将有关制度局的设想更加具体化，但对新旧机构之间的关系如何协调，这份奏折一样没有提出可行性方案。
又过了两天（6月19日），康有为趁热打铁，又以自己的名义递交题为《为推行新政请御门誓众开制度局以统筹大局革旧图新以救时艰》的奏折，重申开制度局为变法维新之关键，强调皇上不欲变法自强则已，若欲变法而求下手之端，非开制度局不可。光绪帝对康的建议颇为心动，他对于总署的拖延迟缓越来越不满意，日日催之，继之以怒。
光绪帝的催促使庆亲王奕劻颇感为难，他既无法向光绪帝重申恭亲王奕的遗训，公开反对康的建议，更深知如果同意这个建议可能带来的后果。无奈之中，奕劻只好暗中将康奏折中“改官换人诸大端”摘要报告慈禧太后，以征询意见。
慈禧太后虽然期待通过改革重建辉煌，但她对所有改革尤其是涉及政治体制方面的改革极为敏感，有着明确的政策底线。她既没有忘记恭亲王奕临终前的告诫，也不愿意丧失满洲贵族的整体利益，甚至由此断送大清王朝的江山。所以，当她收到摘要报告后态度极其明白，她直率地告诉奕劻，既然康这个另起炉灶的建议不可行而光绪帝又同意，那就由总署依据自己的职责与权限对皇上的意见予以“奏驳”[30]。
有了慈禧太后的态度，总理衙门的大臣们便于7月2日向光绪帝呈递了“妥议具奏”，对康等人的建议予以全面驳斥，彻底否定了设立制度局及新政局。
总理衙门以为如果按照康氏所请进行行政体制的改革，势必给国家带来极大的危害，严重削弱政府的行政效率。驳议告诫光绪帝称：为政之道不在多言，墨守成规固无以协经权，轻改旧章亦易滋纷扰。劝告光绪帝不要听信那些政治小人的胡说八道，在政治体制改革方面应该固守住那些最基本的政策底线[31]。
奕劻等人的驳议虽然具有相当充分的理由，但并没有真正说服光绪帝。另外一个值得注意的动态是，康有为等人坚守支持光绪帝一人的既定立场，不惜通过各种合法、非法的渠道向光绪帝施加压力。合法的渠道是不断地向皇上呈递奏折，不断地影响光绪帝；非法的渠道是通过各种私人关系特别是通过皇帝身边的太监向皇帝传递信息，施加影响。据协办大学士、军机大臣李鸿藻收藏的一份密札称，康有为因太监王姓者以进，有所建白，通过这名王姓太监皆能直达御前。“每日旨从中出，盖康笔也”[32]。这一记载未必属实，但通过各种手段实现自己的目的，则是康一贯的做法。
在康不断鼓动下，光绪帝的态度确有转变。当他收到总理衙门大臣的驳议后极为不满，指示总理衙门另行妥议具奏，并特意召见具有改革倾向并与康关系较好的总理衙门大臣张荫桓，“且责之，谓汝等尽驳康某之奏，汝等欲一事不办乎？”[33]再次将球踢给了总理衙门，并试图动用皇帝的行政资源迫使总理衙门的大臣们议准。
军机大臣找到了应对办法
与总理衙门那些老资格政治家相比，康有为乃至光绪帝无疑都过于幼稚。康等人不断向光绪帝施加影响的同时，也不断在同志中煽惑这一关涉大清王朝根本制度的改革的相关情况。这些传言在不断地复制过程中已严重变形，康有为先立后破，甚至立而不破的政治体制改革方案，终于被传成先破后立，甚至直接威胁到某些具体衙门或官员的实际利益。
根据康的原折，只是建议清政府另行组建制度局、新政局及十二分局，专司推行新政，并没有提及裁冗员、撤衙门。而这些传言在不断流布过程当中，物议沸腾，肆意矜张，且因新党中少年毫无避讳到处议论某官可裁，某人宜去，并吹嘘现已如何奏请皇上，而皇上如何发下谕旨等。
办大事者慎言语、慎用人，凡事不密则害成。京城官场到处流传六部九卿已裁撤，而设立鬼子衙门，用鬼子办事等谣言；竟有老迈昏庸之堂官、懵懂无知之司官对这些谣言信以为真，焦急欲死，但却无能为力，惟有诅谤皇上，痛骂康有为而已[34]。这无形中增加了改革的阻力，将那些并不一定反对改革的人统统推到了保守阵营。即便当事人康有为后来在回顾这一事件时也不能不承认：我康有为只是请于京师开十二局，外省开民政局。于是流言纷纭，都说我康有为的建议是尽废内阁六部及督抚、藩臬司道，甚至将张元济、岑春煊等人废督察院、翰林院等建议皆归之于我康有为。于是京朝震动，外省怵惊，谣谤不可听闻[35]。
信息的不对称导致了秩序的混乱，而最了解事情真相的一些大臣们却期待着这种混乱，以便加重反对康改革方案的砝码。7月13日，总理衙门拖了差不多十天的时间方才对光绪帝再次重议的指示做出回答，这次回奏由于是在光绪帝再次要求后做出的，因此不可能继续以强硬的姿态直接否定康的方案，而是采取了更加迂回的办法，声称康的方案事涉重大，牵涉国家行政体制的根本变革，且更多的不属于总理衙门分管的外交及通商事宜，均系变易内政，故而建议皇上特旨委派王公大臣会同总理衙门一起讨论，寻找出一条可行性更强的办法。
变更国家固有行政体制确实不是总理衙门的权力和责任。按照清朝已有的权力架构，事涉重大的体制变更，必须通过具有议政功能的军机处。所以光绪帝只好采纳总理衙门的建议，指示由军机大臣会同总理衙门王大臣们切实筹议具奏，毋得空言搪塞[36]。
军机大臣们太清楚设立制度局、新政局及改革省以下行政机构的必然后果，那就是制度局立，军机处废，出于维护自己利益的本能，他们只能是坚决反对，有的军机大臣甚至公开宣称：开制度局，是废我军机也，我宁忤旨而已，必不可开。
如果军机大臣们真的采用这种极端手段，那么历史极有可能改写。因为果真如此，按照光绪帝的性格及当时的行事风格，他极有可能干脆地废除军机处，至少也要对军机处、总理衙门的构成进行一番大的改组。礼部六堂官的集体免职证明光绪帝具有这样的魄力。
然而，军机处的大臣们毕竟是大清帝国最为老道、最富有经验的政治家，他们可以背着皇帝发发牢骚，但决不会态度鲜明地直接对抗。新任汉军机大臣王文韶分析道，皇上的倾向性已很明显，他受康的蛊惑，已下定决心对整个帝国的行政体制进行全面改革。皇上既然让我们切实筹议具奏，那是给我们一次发言的机会，如果不利用这次机会充分表达我们的不同意见，尽量说服皇上回心转意，而是像总理衙门先前那样全面否定和驳斥，那么结果可能是皇上明发上谕，宣布成立制度局、新政局，并对帝国的整个体制进行全面改革。
王文韶的一番分析使大家茅塞顿开，经过一番周密准备，军机处于8月2日向光绪帝呈递了并没有“空言搪塞”的奏议。这份奏议虽然在目的上与总理衙门的两次驳议一样，是要彻底否定康的方案，但道理说得更清楚，论证也更周密。奏议说，根据皇上的指示，军机大臣会同总理衙门大臣对康的方案进行了讨论，认为康的许多看法是有价值的。大清王朝在最近若干年所面临的外交困难，确乎如康所分析的那样有着很深的背景与原因，要克服这些困难，确乎应该及时发奋，革旧图新，于中外局势、各国环伺中国的情形，了如指掌，知己知彼。像康所上的《俄大彼得变政记》《日本变政考》等，也确实有许多振聋发聩的精辟见解，他的许多建议切中要害，具有相当参考价值。
军机大臣们的这番陈词确实比先前总理衙门的驳议要好得多，至少他们没有再一味否定康的价值，而是在高度抽象的意义上充分肯定了康变法维新思想的意义，这就在很大程度上迎合了光绪帝的认识。
奏折接着说，至于听政纳言，设官分职，自我大清王朝定鼎中原以来，集中国历代百王之成法，在列祖列宗的主导下，已经建立一套比较完备的政治体制。当然，正如所有事物一样，积习相沿，法久则弊生，甚至弊存而法亡。所以，不断革新，与时俱进，是为政者时刻应该坚守的原则。不过，任何弃旧图新都是对旧有体制的修正和修补，而不必尽变其初立之法，从根本上否定旧体制的价值。军机大臣们表示，根据这一原则，他们故不敢任意纷更旧有政治体制，亦不敢执守成见，墨守旧规，他们通过对康这些建议的讨论，既获得一些有益启示，也觉得有些看法还可以进一步讨论。大体上说，康的建议有应行变通者，有已经举办者，有尚须推广者，有应请缓办者，有不便施行者。这种评价有肯定，有否定，从“接受学”的角度去观察，这种做法与评判，在光绪帝那里当然比较容易获得理解，因为他们并没有完全否定康建议的价值与意义，而是做了相应的分类处理。
抽象的肯定，具体的否定，这是军机大臣们的应对策略。根据这一策略，他们对康的建议逐条做了讨论。关于大誓群臣、开制度局、设待诏所三问题，军机大臣们并没有直接反对，而是提出了三个变通的建议。他们认为，皇上在宣布明定国是时已强调国是不定，则号令不行，中外大小臣工各宜发愤为雄，以成通经济变之才。这实际上就是康所说的大誓群臣，宣布天下维新更始的意思，也是新政的正式开始。因此，皇上似乎没有必要再次大誓群臣，宣布天下。
至于制度局，军机大臣们提出的变通办法是建议皇上在接见廷臣时于部院司员中注意观察和选拔那些具有真才实学且深信其忠诚者，对于这样的政治新锐，皇上可以随时召对，借以观察其人之学识气度，参酌大政，以备任使。果如此，就没有必要设立叠床架屋的所谓制度局。
至于所谓待诏所，军机大臣们以为我大清王朝言路宏开，体制完善，各部院司员条陈事件，准由各堂官代奏；一般士民上书言事，准赴都察院呈递。现在需要加强的只是应该进一步要求各衙门堂官遇有属吏具疏呈请，应随时代奏，毋得拘牵忌讳，稍有阻格。各司员士民言事见诸施行而确有实效者，朝廷应该加以奖励，量才录用。果如此，所谓待诏所的功能在原有体制下一样可以发挥。
如果根据军机大臣们的办法，这些建议虽然具有新意，但不必付诸实践，因为经过适当变通，大清王朝固有政治体制完全可以容纳这些内容，这就是军机大臣高明于总理衙门大臣的地方。
根据这一既定原则，军机大臣们对于设立新政局及其十二分局的建议，一样不客气地予以拒绝。军机大臣们称，关于十二分局，在过去一段时间里，迭经出使大臣伍廷芳等人建议，皇上也有相关的批示，许多已经提上议事日程或正在办理之中，如关于教案方面的法律，关于印花税的设立和征收，关于设立农商局统一全国的农商政策，关于造币局的设立，关于继续派遣学生、官员出洋游历等。至于铁路、矿务，确为新政最要之关键，现在各省办法未能统一，甚或牵涉洋商，动多窒碍，拟请在京专设一矿务铁路总局，附属于总理衙门，仿同文馆之例，特派该衙门堂官二人总理其事，无论何省开矿筑路，俱归其统辖以一事权。至于工务，前经户部议复并由总理衙门奏请将制造各局招商承办，已令行各省斟酌办理，迄今尚无成议。不久前有上谕奖励士民制造新器、新艺，准给专利。凡此，都是应该进一步推广的政策。由此看，康设立矿务铁路等专门机构的建议并不具有前瞻性，其实政府已有规划，只需继续推广而已。
对于康那些“前瞻性”的建议，军机大臣们也有办法予以拒绝。如康在十二分局规划中有设立社会局的建议，其功能就是劝令人民设立各种新式学会，将会例、人名报局考察、备案。鼓励人民创办学会，聚众讲学，是康、梁在戊戌年间的一个重要思想，其创设社会局也有助于推动民间组织的完善与发展，应该说是有价值和意义的。军机大臣们对于这一建议，并没有采取绝对的拒斥态度，他们在肯定这一建议价值的同时，却提出目前条件并不成熟，应该缓办。
通过军机大臣们的技术性分析，康有为十二分局的建议，或者已经举办，或者应该继续推广，或者只能缓办。这样一来，他们虽然没有完全否定康的建议，但实质上已将其消解在大清王朝旧有体制之中，即便这些机构已经设立或将要设立，其结果已与康原来的设想南辕北辙。而且，军机大臣们认为，所谓新政十二局在固有政治体制中亦并非向来所无，大抵分隶于各部及总理各国事务衙门，或散见于各项局所。
现实的困境、历史的教训、经费的困难，所有这些都摆在光绪帝的面前，如果皇上执意要接受康的建议设立什么新政局及其十二分局，那不是真的有点脑筋不正常了吗？
至于康提出的省以下行政体制改革，军机大臣们更明白地表示反对，以为这项改革根本不便施行。其理由是，康对省以下官吏队伍的判断根本不对，即便有个别官员不合格，但不能从总体上说尽属冗员，与民无关。如果接受康的建议，将省以下行政官员改官为差，安见官则必不得人，差则必得其人？此其一。
第二，康提出将厘金抵作各地所谓新政局的经费，更是不可行，即不免任意开销，造成新的浪费。况且各州县并不一定都有厘金，其有厘金的州县，亦多寡不等，岂能一概笼统，漫无限制？窒碍既多，更非政体，这项改革建议根本就没有多少参考价值。
军机大臣们的“切实筹议”有理有节，有张有弛，既没有完全否定康建议的抽象价值，且将个别有新意的建议容纳至清朝固有的政治体制之中。这样一来，即便光绪帝有心继续采纳康的建议以分解军机处和总理衙门的权力，他也无法继续从这个方面予以突破。所以康关于制度局、新政局及省以下行政体制的改革方案除了被提出来争论一番，徒添纷扰外，并不具有政治实践的价值，仅仅具有思想史的意义。
这个设想，就康本身来说，虽然期望能够获得清政府尤其是光绪帝的批准，但似乎并没有足够的信心，尤其是在政治高层不断传出反对的声音之后。但是，正如许多研究者指出的那样，康提出的改革中央政府组织结构的构想，固然有重建大清王朝政治体制的宏大理想，不过从私的方面说，也是因为他和他的那些年轻同志都觉察到，如果不变革旧有的权力组合模式，仅仅凭借他们的学识与影响很难挤进现有的高层权力场。从这个方面说，他们需要权力结构的重新组合，期待发生奇迹。所以，他虽然预感到那些建议可能依然会被驳回，但不仅没有放弃努力，反而加大了力度。7月24日，当康的建议被光绪帝批转军机处会同总理衙门再次慎重讨论而尚没有结果的时候，康指使其弟子梁启超以李端棻的名义上了一份奏折，提出循大清王朝先前已有的例子，在内廷开设懋勤殿，以期通过这种特殊的机构设置以最便捷的办法进入光绪帝身边，参与议政。
对于这个建议，光绪帝并没有表示倾向性的意见，他一如惯例将李的奏折批转总理衙门大臣奕劻及孙家鼐会同军机大臣“切实复议具奏”。根据光绪帝的指示，奕劻与孙家鼐于7月28日分别向光绪帝呈递了处理意见。
奕劻对设立懋勤殿的主张未置可否，但倾向于皇上选择博通时务的俊杰作为身边的顾问，并建议由各部院择优保荐，由皇上亲自考察其人品、学识，从中选择一些作为身边顾问，朝夕侍从，讲求治理，这应该是一件好事。不过，奕劻也忠告光绪帝，现在一些年轻官僚和知识分子品类不齐，必须从严选择，慎之又慎，否则以康熙爷的圣明，当年都被高士奇那样的政治小人所蒙蔽。至于比较本分的外来传教士如汤若望、南怀仁等，都是比较专业的知识分子，康熙爷虽然也把他们作为顾问，但实际上只是偶尔召见，并非朝夕相处。从奕劻的平实叙述中不难觉察，他虽然没有明确反对，但其实质无疑并不太同意另行设置什么懋勤殿。
孙家鼐的处理意见与奕劻的很相似，他也原则上同意皇上选拔一些人才在身边以备顾问，同时也像奕劻一样告诫皇上不能以才华作为选取的标准，更要注意其人品、其心术，并建议采用公举的办法，尤其要注意公众舆论的认知度。对于那些心术不正、人品低劣的人，不论其才华如何出众，都必须坚决剔除[37]。很显然，作为老一代官僚，他和奕劻等人一样，在内心深处很瞧不起那些新派人物的人品与心术。这种明显的倾向性，对光绪帝很有影响。收到他们的奏折后，光绪帝很长一段时间没有再提及设立懋勤殿的问题。
设制度局、新政局以及懋勤殿的主张均在总理衙门大臣和军机大臣们软硬兼施的反对下不了了之，康有为先立而后破的行政改革思路明显受挫。但是不论那些老资格政治家怎样为大清王朝旧有行政体制进行辩护，一个不容怀疑的事实是清朝的行政体制也确实存在一些问题，行政效率的低下也是当时有识之士一致的看法。按照康原来的想法，他之所以要另起炉灶，除了想通过这种便捷的办法直接进入权力中心外，主要是为了减少改革的压力。他并不希望因为改革而导致大批旧官僚的失业，更不希望因此而引起政治场上的巨大风暴。他期待以和平的改革先立而后破，待到新体制运行一段时间，尽量容纳旧有官僚阶层之后再去处理旧有的行政体制。这就是他后来概括的“选通才以任新政，存冗官以容旧人”的改革策略[38]。
不仅仅是一个饭碗问题
康有为的善良愿望不得实现，而行政体制改革在光绪帝看来也刻不容缓，于是这一改革便无法沿着康所设计的平和改革路线前进，而是走上了剧烈冲突一途——从裁撤旧衙门开始，由此引发晚清政坛的一场大地震，新政改革失败的原因在此也可获得某些启示。
裁撤旧衙门是太仆少卿岑春煊8月23日提出来的。岑春煊是康有为的朋友，具有很强的维新思想倾向，这份奏折是否受到康的指使，目前的资料尚看不出来。这份题为《敬陈管见伏冀采择折》中提出的改革思路虽然在个别方面与康的明显不同，但在大的方面则基本一致。他提出的十点建议是：一、严赏罚以饬吏治；二、停捐纳以清仕途；三、裁冗员以节糜费；四、厚廪禄以养官廉；五、行采访以杜中饱；六、汰吏胥以除积蠹；七、颁档案以重交涉；八、收旧部以储将才；九、办团练以清内匪；十、免厘金以恤商困。总之，是通过一系列行政体制方面的改革，重建高效廉洁的政府体制。在这一点上，岑春煊与康的目标是一致的，所以当这份奏折提出后，许多不明真相的人都将这些见解归之于康，就连仔细阅读过这份奏折的光绪帝也以为这些见解与康的主张高度一致。
但其实，岑春煊的十点建议在细节上并不是康有为的主张，比如其中对当时政治影响最大的第三点即裁冗员以节糜费就与康素来的主张完全相反。
根据岑春煊的建议，大清王朝行政体制多因袭明朝体制，但时移势异，现在情况已发生很大变化，往往有官名仍其旧而职责已完全改变。前此已有一些条陈建议裁减一些衙门和官员，但他们提出的只是有针对性的裁减一二员，并不能从根本上解决问题。要想从根本上解决问题，必须不论大小，无论内外，分别裁并。以中央机构论，詹事府过去有着明确的职责，而现在国朝无立储体制，所以詹事府根本没有存在的必要；至于宗人府、大理寺、通政司、太常寺、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺等机构都有类似情况，其职掌或已消失，或大幅度减少，因此或裁或减，或并入其他机构，都有讨论的空间。至于另外一些机构如内务府，其职掌固然不少，诚不宜概从简陋，然内务府现在的编制太多，至少可以裁减一半。
至于京外之官，在岑春煊看来可裁者更多。诸如现行体制中总督、巡抚，其职能就有很多重叠，建议同城之督抚可裁其一。至于设立河道总督，原本是统一协调黄河治理，现在看来已没有多少实际作用，亦属可裁之列。河工之在山东境内，山东巡抚可以兼理，之在河南境内者，可由河南巡抚兼理。至于漕运、盐政等，都有类似情况[39]。在岑春煊看来，从建立高效廉洁的政府着眼，不论京员，还是外官，可裁撤的绝对不在少数。
岑的建议在清政府高层引起了强烈反响，有人赞成，有人反对。但这些建议在很大程度上迎合了光绪帝进行行政体制改革的想法，尽管存在着强烈的反对意见，光绪帝仍有意于采纳这些建议进行大刀阔斧的改革，他甚至引证康有为的观点，以为康也是赞成这些改革的。但如前所述，康一开始就反对大刀阔斧的改革，他主张“选通才以任新政，存冗官以容旧人”。所以，当岑的奏议在政治高层引起强烈反弹，且被光绪帝认为合乎康有为的素来主张，由此又引起更多人对康产生误会时，康觉得有必要为自己辩解，他似乎在某些场合明确表示岑的建议并不合乎他的想法，他的设想与岑氏的建议完全是两码事[40]。
康的这些说法引起了军机大臣廖寿恒的注意，廖觉得行政体制确实要改革，但不能因此引起无谓的混乱，否则欲速则不达，过于激进的改革势必引起激烈的反弹。于是他建议康将这些想法写出来，供光绪帝和政府高层参考，以阻止岑春煊那些过于激进的改革变成现实。
在廖寿恒的督促下，康有为于8月29日向清政府呈递了《厘定官制请分别官差以行新政以高秩优耆旧以差使任才能折》，对岑春煊的建议进行了全面批评，请求光绪帝在裁撤衙门、裁减官员问题上要高度慎重，统筹全局，从长计议，不要因这一局部改革而影响整个改革大业。现在最重要的问题是尽快制定出成文宪法，斟酌修订已有的典章制度，全面考虑新政的方方面面，然后待条件成熟时一一推行，方为有益。若贸然行事，即便裁减一些衙门和官员，也无助于新政的推行，甚者走向反面。所以说，统筹全局，改定官制，事体重大，决不能很快进行。
根据这一原则，康有为重申区分官、差的界线，建议在改革之初，专论差使，不问本官，实行官差分离、官爵分离，“以高爵待耆旧，以差使任才能”。这样那些老资格的政治家各得其所，获得较高的政治地位和政治待遇，以官终身；而年轻一代政治家也可以比较自由地获得施展，以差获任。
应该承认，康的建议如获采纳，可以在很大程度上缓解既有官僚队伍对新政的敌视与反对。但是从纯技术层面说，康的建议比岑的方案更难操作，既有的官僚不可能同意放弃权力，只去当什么名义上享有崇高地位而实际上无权的傀儡。他们更明白，官差分离的新体制依然是要从他们手里分享权力，一旦大批新“行走”掌握了各个衙门的实际权力，他们能否继续享有那崇高的政治地位与政治待遇，也是一个未知数。所以说，康的建议虽然迎合了枢臣反对岑春煊激进的行政体制改革的想法，但他们同样不能支持康氏的方案，因为结果都一样。
再从光绪帝方面说，他不可能没有看到康氏渐进改革方案的好处，但现实使他深切地感到不彻底废弃旧有的行政体制，不进行大胆的改革，那么他曾经向国内外郑重宣示的所谓新政只是一篇空话，因为几个月来的政治现实已经使他深切地感受到了旧有体制的束缚和旧有官僚的怠慢。8月26日，光绪帝在上谕中批评各省官员积习相沿，因循玩愒，对朝廷一系列新政政策执行不力，犹复意存观望，并点名批评两江总督刘坤一、两广总督谭钟麟等对于中央政府几个月来的新政策并无一字复奏，迨经电旨催问，刘坤一辩称尚没有收到正式的文件，而谭钟麟竟然连催问的电旨都不予以回复。从中不难感受到光绪帝内心的苦闷与焦灼。在第二天的一份上谕中，光绪帝表达了同样的抱怨，并要求各地督抚以后奉谕交办之事必须依照限期赶快办理，克日奏闻，不得任意延缓，致繁降旨严催。凡此都不难觉察光绪帝之所以执意采纳岑春煊建议的苦衷。所以光绪帝宁愿冒点风险也不愿意选择康有为的折衷方案，而是倾向于采纳岑春煊的大规模裁撤衙门和精减官员的建议。
8月30日，光绪帝发布上谕，宣布裁撤詹事府、通政司、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺、大理寺等衙门，其相关业务分别并入内阁及礼部、兵部或刑部等衙门。京外所有督抚同城之湖北、广东、云南三省均裁撤巡抚，由总督兼管巡抚事。裁撤河工总督，山东境内由山东巡抚管理，河南境内由河南巡抚管理。至于各省无运可办之粮道、无场销盐之盐道，亦均裁撤。上谕还宣布，除应裁之京外各官本日已降谕旨暨裁缺之巡抚、河督、京卿等员听候另行录用外，其余京外尚有应裁文武各缺及一切裁减归并各事宜，著大学士、六部及各直省督抚分别详议筹办，并将筹议情形迅速具奏。上谕要求各督抚参照先前上谕精神，将现有各局所中冗员一律裁撤净尽，并将候补、分发、捐纳、劳绩等项人员一律严加甄别沙汰，限期一个月全部办理完毕并向中央复奏。
就事实而言，光绪帝宣布裁撤的詹事府等中央衙门多年来确实已沦为无事可办之冗署；京外督抚同城也如许多批评者所指出的那样，职权重叠，甚者不断发生冲突。至于河工总督、漕运、盐政等，久已失去其存在的意义，所以说裁撤这些机构，遣散这些冗员就事实而言确乎如英国驻华公使窦纳乐所说的那样，“在中国政界引起‘革命’性震动”[41]，至少表明清政府在各方面力量的推动下已经迈出了第一步，理所当然地受到各方面的欢迎。
不过就情理而言，这样大规模地裁撤冗署，裁减冗员，且宣布除极少数高官由政府另行安排工作外，其他一般官员由此沦为失业者，他们在一夜之间从政府官员变得什么都不是，不要说他们心理上会产生严重的失调，实际上也是不公正的。因为这并不是他们个人的过错，而是政府的决策错误，或者说是时代变化导致这些机构失去存在的价值，而他们作为个人，不管怎么说也是通过层层选拔走到今天的位置，甚至有的已在这些岗位上兢兢业业工作了一辈子，不说他们是大清王朝的宝贵财富，至少也为这个政府做出过自己的贡献。他们所处的衙门突然变成被裁撤的冗署，这不是他们的主观选择，就这样不明不白地将他们赶走，岂能心甘？凡此，似乎年轻的光绪帝在做出这一重大决定时并没有予以足够的重视。所以，这个重大决定委实过于草率。
再者，不论京卿，还是京外官员，他们多年来的唯一职业就是从政。除此之外，他们不可能另有谋生手段。如果是一个廉洁的官员，仅靠薪俸维持生计，一旦失去自己的职业，让他们怎样继续生存？在上谕发布的第二天，曾有友人劝叶昌炽不必以一官为恋，趁早另谋生计。叶氏对此似乎也有点心动，但转念一想又觉得不太现实，他在日记里写道：“然寸铁不持，安能白战？家无长物，惟破书烂帖耳。平生所收，皆在牝牡骊黄之外，故聚之则成邾莒一小国，弃之则皆瓦砾也。倾筐倒箧，至多不逾二千，未可为孤注也。万一失算，将如之何？”[42]叶氏的内心自白大体反映了当时这批“下岗官员”中比较老实忠厚者的一般心态。
光绪帝的果断决策不仅面临执行上的实际困难，而且使京城内外官场中早些天就已流传的所谓皇上批准康有为的建议裁撤六部九卿的谣言逐步得到证实。已被宣布裁撤的衙门中的官员自然焦虑不安，而尚未被宣布裁撤的衙门实际上也陷入一片混乱之中。这对后来恳请慈禧太后回宫重新主持朝廷的日常事务，即后来所说的所谓政变发生了直接的作用。
