魏忠贤看天启帝这时候心烦，说不定就要拿谁撒气，于是就安排好，让近侍装啥也不知道，给皇上念万燝的这份奏疏。
天启帝一听，怎么又是弹劾魏忠贤？头痛啊，这万郎中难道是从火星上来的？
近侍刚念完，王体乾和客氏就故作大讲小怪，说这都什么时候了，怎么还拿这些烂事儿来打扰皇上？皇上有旨，他不知道？知道了还在皇上忧伤时来说这些，不是明摆着捣乱吗？这样的人，不狠治怎么行？
几个人，神态都很天真，义愤也都很真诚——领导啊，我们实在是担心您的身体！
天启帝心里的火果然被撩拨起来，大发雷霆。王体乾当即建议：廷杖万燝，以儆效尤。
天启帝昏头昏脑，估计也没大听清，就说：行行，你们赶快拟旨。
六月十七，有旨下，曰：
陵工费工浩繁，内府废铜能几（能有多少），局中何人见知？万燝轻信奏请，前旨已明。今又僭言渎扰，陷朕不孝，且皇子薨逝（皇子死亡），便来激聒，好生狂悖无礼。着锦衣卫拿来午门前，着实杖一百棍，革职为民，永不叙用。
圣旨一下，廷臣大惊：怎么会责罚得如此厉害？叶向高等人估计：这一打，要出人命，便慌忙上疏营救。工部尚书陈长祚不忍心看着自己的属下受酷刑，也写了奏本论救。天启帝均不理睬。
第二天一早，数十位年轻武阉蜂拥而来，冲入万燝的寓所，给万燝戴上刑具，押往午门。
从公寓到午门大约有三四里路。一路上，这些明朝的红卫兵们，有的揪头发，有的扯衣服，对万燝横拖竖拽，拳脚相加。万燝本来身体就弱，及至午门，早被打得奄奄一息。
王体乾亲临午门监刑，他摩拳擦掌，喝令一声：“重打！”
这杖刑是明代的刑罚艺术，由锦衣卫执行。朱元璋老皇帝创立这个制度的时候，杖刑时受刑官员要以重毡包头，同时允许在官袍里面衬上棉里子，以防重伤。除个别情况外，责打一顿，也不过是示辱之意，并非真用重刑。
直至大太监刘瑾专权，因恨外廷大臣不合作，才矫旨令廷杖时需扒下官服，杜绝厚棉衬里，自此便有当廷杖死大臣之事。
打棍子的时候，主事者有“打”和“重打”不同的口令，轻重程度很不一样。每五棍就要换一人执棍，就怕行刑者打得不够用力。
一百棍打完，万燝早已血肉模糊，昏死过去。小宦官们毫不怜悯，为了表示对反魏分子的仇恨，他们拖着万燝的脚，在午门外方砖地上倒转了三圈，而后拖出长安门外（交给家属用门板抬走）。
刚拖了没几步路，又跑出来一帮小太监，人人手拿利锥，往万燝身上一顿乱扎。
我叫你攻击我们魏爷爷！
万燝身上霎时千孔血流如注。好个万燝，虽是养尊处优惯了的高干子弟，但骨气硬，就是咬牙不叫一声！
抬回寓所后，万燝一息残存。苦撑了四日，终于含愤而死，留有一诗传于后世：
自古忠臣冷铁肠，寒生六月可飞霜。漫言沥胆多台谏，自许批鳞一部郎。欲为朝堂扶日月，先从君侧逐豺狼。愿将一缕苌弘血，直上天门诉玉皇。
这首诗里说的“批鳞”，是说龙的喉咙下有倒生的鳞片，也就是“逆鳞”。“批逆鳞”，古代是比喻忠言直谏，触犯真龙天子。
“苌弘血”也是一个典故。苌弘是东周景王和敬王时大臣刘文公的所属大夫，因遭受谮言，被放归蜀地。后来想不通，自己剖肠而死。蜀人感念他，用盒子盛了他的血，三年而化为碧玉。
“碧血”一词，就来源于此。这是说：为正义蒙冤，死亦有精诚不灭！
万燝之死，激起了士林义愤。
想靠杀人来维持邪恶政治，也就是魏忠贤这样的低能政治家才有的水平。他们不知道，既然有所谓“豺狼当道”，也就有所谓“义薄云天”！愿死心塌地做奴才的人，在人数上从来不会过万！
不服的人，你总不可能都杀完。
面对邪恶，东林党人没有坐视，立刻有一批人一跃而起。李应升、黄遵素、刘廷佐、周洪谟、杨栋朝等南北两京科道官员纷纷上疏，交章抨击魏忠贤，为万燝之死鸣不平。
其中李应升的奏疏尤为催人泪下。他说，万燝死得太冤，“未报国恩，先填沟壑，六尺之孤绕膝，八旬之母倚闾，旅梓无归，游魂恋阙”！
义士之忠魂，点燃的是人心，这就是将来历史复仇的星星之火。
