5月5日致信陈毅、谭震林、李先念、余秋里、谷牧并李富春，提醒他们注意，不要因“五一团结”（指“五一”天安门焰火晚会）而造成错觉，“否认二月逆流”，否则，“那就又要来一个新的反复”。
△约陈毅、谭震林、李先念、李富春等几位副总理及余秋里、谷牧谈话。
5月8日就西藏自治区成立军事管制委员会事批示：同意西藏立即实行军管，目前还不忙邀各革命造反派来京会商，昨夜已在四川会上与张国华同志谈定。
△就交通部机关造反派提出要派人去监督即将举行的中国交通部和阿尔巴尼亚轮船股份公司会谈事批：对外谈判，按中央方针办，不要进行监督。因为在外事系统中，还没有开这个先例。
5月9日主持中央专委会会议，检查氢弹空爆试验的准备工作。要求对试验的各个环节进行反复检查，确保安全，保证试验成功。还要求切实做好烟云经过地区的卫生防护工作。
5月10日召集扩大的中央政治局常委碰头会，讨论通过北京军区关于对河北省及石家庄、唐山、张家口、承德、衡水等五个专区实行军管的请示报告和中共中央、中央军委《关于甘肃问题的几点意见》。次日，将这两个文件送毛泽东批阅，并注明：河北问题已谈过几次，大家都认为在目前需要实行军管，作为过渡。河北是大省，以郑维山兼这个军管会主任为好。对河北省委领导同志和刘子厚、阎达开、李颉伯、林铁，现在都不忙作结论。在目前，甘肃以实行军管为好。
5月11日晚至次日凌晨，连续接见外事口各造反派组织代表，劝说不要开大会揪斗陈毅。15日凌晨，接见北京外国语学院红卫兵代表，严厉批评他们为揪陈毅冲入外交部的行径。
5月11日、12日就呼和浩特市数千名群众冲入内蒙古自治区党委机关大楼并发生武斗事，连续召集杨成武、萧华、郑维山、吴法宪和内蒙古军区负责人滕海清等开会解决。
5月12日就红卫兵占驻江西日报社事致电“江西省大中学校红卫兵司令部”并江西省军区党委，要求红卫兵立即撤出，以便报纸启封出版。
5月16日陪毛泽东接见刚果（布）政府保安代表团。
△得知对外经委造反派要揪方毅后，指示将方毅从医院接回国务院。十八日，在接见对外经委造反派代表时说：方毅同志出国是中央批准的。
5月17日指示联络员办公室将杨超（时任四川省副省长）接到中直招待所去住。
5月18日江青将南开大学造反派送来的解放前国民党报纸上伪造的所谓“伍豪等脱离共产党启事”材料送林彪、周恩来、康生，并附信说：“他们查到一个反共启事，为首的是伍豪（周××），要求同我面谈。”十九日，周恩来在江青的信上批道：“伍豪等脱离共产党启事，纯属敌人伪造”,“我当时已在中央苏区，在上海的康生、陈云同志均知为敌人所为，故采取了措施”。同日，为此写信给毛泽东，将一九三一年至一九三二年的有关事件编为《大事记》，一并送毛泽东阅。毛泽东阅后批：“交文革小组各同志阅，存。”
5月19日就专案组工作指示：要谨慎，要有证据，要有人证物证。
5月21日同内蒙古自治区党委和军区负责人谈话后，参加中央军委常委扩大会。会议作出中央军委关于解决内蒙古问题的五条决定。二十二日，内蒙军区据此颁发五条命令。周恩来将这五条命令和中央军委的批语审阅后送毛泽东批阅。毛泽东批：照办。
5月24日、27日约国务院外办、外交部和港澳工委有关负责人谈香港问题，强调在香港问题上同港英当局的斗争要严格遵循中央规定的方针政策，坚持有理、有利、有节。批评有关部门在香港问题上提出的过“左”的口号和做法。6月上旬，又两次约有关负责人谈这一问题。
5月25日接见日本记者同盟代表团时说：我们很想通过东方通讯社多得到些有关中日两国人民共同利益的消息。日本统治阶级对中国情况的了解比中国对日本情况的了解多。这是我们的一个弱点。请你们帮助弥补这个弱点。这方面工作可由新华社、记协向日本记者同盟特约一些特定方面的采访报道，作长期的、全面的、系统的调查。
△到毛泽东处报告内蒙问题。次日，约徐向前、聂荣臻、叶剑英、杨成武、粟裕等商谈解决内蒙问题。
5月26日接见“中国科学院夺权委员会”和部分干部代表时说：“三结合’，要把郭沫若结合进去。
△接见内蒙古呼和浩特群众组织代表，宣布中央军委关于内蒙问题的五条决定，并说：不能因为观点不同，互相吵架不做工作，这不允许。批判乌兰夫，不忙马上抓回去，现在还没有到时机，还有一个民族问题。
5月27日主持中央常委碰头会，讨论通过中共中央、国务院、中央军委、中央文革《关于对国务院××部（委）实行军事管制的决定（试行草案）》。次日，将该决定送毛泽东、林彪审阅，并附信说：“国务院各部（委）经过今年领导革命，监督业务的夺权斗争后，现在大多数单位的革命造反派均已分成两派，互相斗争，影响生产和业务甚大，是非实行军管不可。”同日，经毛泽东批准，此决定由中共中央发出。
5月28日接见卫生系统代表，批评他们随意揪走卫生部几位负责人的行为。30日，嘱秘书告卫生系统联络员，说已同北京中医学院“红旗”派谈妥，要他们今日将卫生部几个部长从医科大学放回来，先到国务院，等总理接见后再回家。指示新华社：《参考消息》报喜不报忧。敌人骂我们的话还是要登一些，不登一些骂我们的东西，群众就不知道多方面的情况。不要“怕”字当头。
5月29日毛泽东在王海容、唐闻生反映最近社会上有一股攻击周恩来之风的来信上批示：林彪、恩来同志，文革各同志：此件请阅。极左派的观点是错误的，请文革同志向他们做说服工作。
5月31日接国务院联络员办公室关于京广、津浦、陇海、浙赣等四条主要铁路干线均处于瘫痪状态报告后，当即批示同意济南军区六十八军党委常委关于要求对徐州铁路分局和火车站实行军管的急电。中午，到毛泽东处，说明铁路轮船关系到全国的交通命脉，一旦中断，国民经济局势不可收拾，对铁路、交通实行军管的问题不可再拖。毛泽东表示同意。下午，周恩来召集李富春、李先念、叶剑英、萧华、杨成武、谷牧、余秋里开会，商定军管具体对策。
本月除参加各种会议外，仅据工作台历统计，与中央、地方、军队负责人谈话三十余次，接见各群众组织代表二十八次。
6月1日与李富春、李先念谈卫生部问题后，接见卫生部各派代表。说：这几天，我和富春抓卫生部运动。今后卫生系统要约法三章，不要随便抓人。
6月3日晚十时至次日凌晨四时，接见国防工业系统群众组织代表和军管会代表，批评七机部“九一六”在国防部门口搞大喇叭“万炮齐轰聂荣臻”是极左倾向。
6月6日同参加亚非作协会议的工作人员谈话，指出：对严肃的国际会议，不能强加于人。要允许人家有不同意见，不能搞千篇一律。九日，陪毛泽东接见亚非作协会议代表。
6月8日到毛泽东处开会。
6月9日同中央有关负责人及中央文革小组成员听取温玉成汇报广州地区“文化大革命”情况时说：在报纸上公开点名批判陶铸，要请示主席。
6月11日与李先念、卢绪章同外贸部广州交易会协助小组及两派代表谈广州交易会问题，严厉批评两派打派仗、随意揪走并扣留领导干部的行为，说：非要刹住这股风不可。
6月11日、13日接见农口造反派，针对造反派提出要揪出谭震林，说：你们写的谭震林的材料，我看过了，还要核实，结论不能作这么早。又说，我身体不好，一天工作这么长时间，哪能受得了啊！我就是没躺倒，我希望不要躺倒。
6月12日参加蒋光鼐追悼会。
△主持中央专委会会议，听取氢弹试验全部准备工作的汇报并作具体指示。十七日，中国第一颗氢弹爆炸成功。6月14日同宋任穷谈话后，与李富春、陈锡联谈鞍山问题。此前，李富春曾遵周恩来指示，四次与鞍山钢铁厂代表座谈。
△就国际列车在广西柳州被截事，找在京广西两派代表谈话，责令他们赶快打电话回去，保证列车正常运行。次日上午，列车从柳州站开出。
△致信毛泽东，请他召集一次会议，听取当前国民经济情况和一九六七年计划安排的报告。并提议到会者范围可否扩大到碰头会人数二十二、三人。次日，到毛泽东处开会。6月16日凌晨一时，接见外贸部、财政部、商业部、粮食部等财贸系统单位造反派，对他们不听劝阻，在十三日执意召开打倒李先念的大会，并把李打成叛徒的行为提出严厉批评。6月17日约见外交部“联络站”核心小组和部业务监督小组成员谈印度砸中国驻印使馆问题。
6月18日到毛泽东处开会。
6月21日——2S日接待并同来访的赞比亚总统卡翁达会谈。二十四日，陪毛泽东会见卡翁达。二十五日陪卡翁达及其夫人到上海参观。同日在会谈中提出中国派援外专家的三条原则：（一）不干涉驻在国内政，全心全意为人民服务；（二）教会驻在国的人后尽快回国；（三）工资待遇和驻在国同等技术人员完全相同，不能有任何特权，不得有大国沙文主义。
6月24日就即将召开的全国订货会议接见中央有关各部各派代表和出席订货会议的代表，要求各派无论如何都不能冲击订货会议，保证会议顺利进行，并要各派当场立下“保证书”。
△接见参加全国生产供销会议的各省、市、自治区军管会代表团负责人时说：我们无论如何要坚持军管有效，不管哪一派，都要遵守军管规定。不能允许派别组织的权力比军管会的还大。
6月25日在上海送卡翁达总统回国后，同上海市干部、群众代表座谈。说：我在上海睡不着觉，江西、广西、河南、湖南、浙江等六个省的问题要回去解决，马上要走。26日，返回北京。6月29日就北京建工学院学生轮班等在中南海西门要求揪斗刘少奇事，批示：由汪东兴劝学生们回去。如劝后仍不走，请戚本禹出面处理。
△得知成都一万多学生和工人离开成都来京请愿的情况后，致电绵阳县委转“红卫兵成都部队赴京请愿”全体人员并四川省革委会筹备小组、成都军区，告这么多人来京，阻碍交通，影响生产，希望接电后立即停在绵阳，推出十名代表乘车来京商谈，其他人员返回成都。七月一日，再次致电在绵阳的张国华转赴京请愿全体人员，对他们要动员五万余人来京告状进行劝阻。
分三次同江西省军区、江西赴京两派代表谈江西问题。接见两派代表时严厉批评所谓“摆在无产阶级革命造反派面前最当前、最迫切的任务就是解决枪杆子的问题，夺权、夺枪”等论调，责令两派立即打电话回去，立即停止夺权、夺枪的错误，退出军事机关，将枪支弹药退还军区，听候中央派人去处理。
△第四次接见广西两派赴京代表，要求两派先“冷静”下来，就保证执行中央六月二十四日通知达成一致协议。七月四日，广西在京两派代表达成了十条协议。次日，周恩来批示：立即印发给广西来京全体代表，并请两派和军区以明电和电话打回去转告全省照办。
上半年在国务院一些部长遭揪斗时，为保护他们的人身安全，周恩来、李富春、李先念轮流把他们接到中南海居住，少则几天，一般住二三个星期，还有的住一两年或更长时间。据不完全统计，到中南海“避过难”的有：余秋里、谷牧、王震、陈正人、廖承志、方毅、姚依林、康世恩、刘宁一、周荣鑫、段君毅、吕东、王诤、刘澜波、钱之光、邱创成、江一真、王磊、孙正、钱信忠、钱正英、周子键、肖望东、林乎加、刘建章、王子纲、徐今强、李人俊、江学斌、饶兴、刘秉彦等。
△在各大区、各省、市、自治区领导机关遭冲击期间，周恩来分别把处境十分困难的一些大区、省市委负责人接到北京安置在京西宾馆、中直招待所等地方加以保护，派专人负责他们的安全和生活。据不完全统计，受到这种保护的有：李井泉、宋任穷、张体学、张平化、叶飞、江华、谭启龙、江渭清、杨尚奎、刘俊秀、欧阳钦、黄火青、黄欧东、曾希圣、廖志高、霍士廉、王鹤寿、杨超、高克林等。
7月2日晚九时三十分至次日凌晨，就河南安阳铁路运输中断事接见河南“二七公社”、“革命造反总指挥部”等群众组织代表，要求他们立即派人回去和中央代表一道查清事故原因。随后，找铁道部军管、生产小组人员谈话，解决安阳运输中断问题。
7月3日致信毛泽东、林彪，汇报江西情况。提请批准调山东二十六军一个师进驻江西支左和加强军管会及未来的革命委员会或筹备小组。
7月3日——8日同率罗马尼亚政府代表团访华的毛雷尔进行多次会谈。
7月4日接见河南各派代表，说：在防汛问题上，不管哪派观点，防汛要共同防。不许抢劫任何防汛器材。对抢劫防汛器材、殴打防汛工作人员的首犯要抓起来处罚。这一点非严格不可，这是千万人的生命问题。
7月6日、7日、9日连续到毛泽东处开会。会上，毛泽东提出要到南方走一走，去武汉横渡长江。十日，周恩来电话告武汉军区：武汉群众组织代表不要来北京了，就在武汉解决问题。7月10日在听取黄永胜汇报广东问题时说：香港不同于澳门，在香港动武不符合我们现在的方针。香港斗争是长期的，我们不能急，搞急了，对我们不利。
7月14日晨二时半，离开北京飞武汉。抵武汉后，先后同武汉军区和武汉空军负责人谈话。晚九时，到毛泽东处。
7月15日——18日召集武汉军区、湖北省军区和武汉空军负责人会议，听取工作汇报。十八日下午，在会上作总结发言，肯定军区抓革命、促生产的成绩，建议陈再道，钟汉华主动承认支左犯了方向路线错误。说：文化大革命是史无前例的，没有经验，因此犯了错误。要你们承认错误，写检讨，是为了保护你们。
7月17日到毛泽东处开会，听谢富治、王力汇报云南、贵州、四川三省问题和武汉问题。会上，毛泽东要周恩来十八日回北京，解决湖南问题。毛泽东还说：五月十六日的通知，我同总理临时决定的，发得那么快，引起了很多猜测，整到总理头上。
7月18日晚，同陈再道、钟汉华等到毛泽东处后，于晚十一时半飞返北京。
7月19日晚至次日凌晨，同湖南省负责人谈话后，接见湖南两派代表，解决长沙铁路问题。
7月20日接“七·二〇”事件的报告后，到林彪处开会。下午飞赴武汉。吴法宪谎称陈再道派部队包围了王家教机场要劫总理，把周恩来的飞机调至离武汉六十多公里的山坡机场。周恩来飞抵王家墩机场后把秘书和两个中队的普卫部队留在机场，仅带两名卫士，乘吉普车赶往市区，找武汉军区干部谈话，稳定局势。
7月21日安排毛泽东凌晨离开武汉前往上海。
7月22日在武汉王家墩机场召集叶明、孔庆德、李作鹅、刘丰等开会，要孔庆德暂时主持武汉军区工作。指明武汉空军仍是双重领导，要听武汉军区指挥，不能随意表态。并嘱转告陈再道、钟汉华要迅速表态，争取主动。下午，飞回北京。
△参加林彪主持的中央文革小组全体会议。会上，林彪把“七·二○”事件定为“反革命暴乱”。
△代中央起草给武汉军区电报稿。电报说：中央考虑到“百万雄师”派代表来京事，一时不易谈成，而武汉局面又急需安定，拟先约陈再道、钟汉华、傅传作、刘丰、牛怀尤等十二位同志来京一商。
7月23日、24日到林彪处开会。
7月24日安排抵京的陈再道等十二人住京西宾馆，并嘱注意保密。得知中央文革小组怂恿的造反派包围、冲击京西宾馆，欲将陈再道等揪出批斗后，要傅崇碧等立即赶往现场，保护陈再道等人。
△听取从武汉回到北京的杨成武汇报。
△接见鞍钢两派代表，严厉批评两派为派别之争而影响生产，要求他们联合起来，立即回去恢复生产。说：我就不相信鞍钢问题解决不了。我实在分不开身，如果能抽出时间，我一定去看看。
7月26日在京西宾馆主持召开扩大的中央政治局常委碰头会。到会的有中央政治局委员，中央文革成员，各总部、各军兵种负责人和各大军区、各省军区在京负责人。会上，谢富治、吴法宪指责武汉军区陈再道等是“七·二○”“反革命暴乱”的“罪魁祸首”，并攻击徐向前。吴法宪还对陈再道等进行武斗，受到周恩来严肃批评。
7月29日嘱秘书告北京卫戍区：向韩爱晶要回北航“红旗”揪走的张体学、叶飞、张平化。
△得知清华大学造反派抄徐向前的家，抢走大批机密文件后指示：所有进到徐向前同志家的人员全部撤走；保证徐向前同志及其家属子女和工作人员的安全；徐向前同志家的东西一律不准拿走，已抢走的文件柜和材料责成北京卫戍区到清华大学全部追回。
7月30日、8月1日两次接见湖南省军区负责人和湖南两派代表。指出：湖南的形势如果不控制很危险，军区、军分区的同志要负起责任，立即制止乱发枪、乱抢枪的局面。
7月31日就林彪、江青等反对徐向前、聂荣臻、叶剑英出席纪念“八一”建军节招待会事请示在外地的毛泽东。毛泽东表示：朱德、徐向前及其他受冲击的老帅都要出席。下午，周恩来与刘宁一、杨成武、王新亭等商谈出席招待会名单，并亲自通知徐向前，布置有关部门选定从徐向前住处到人民大会堂的行车路线，以防意外。
8月2日同杨得志、程世清、刘培善等谈江西问题。三日、五日，接见江西来京全体代表，重申：军分区、人武部不能再随便乱发枪，发了的应该收回。
8月5日到天安门参加纪念毛泽东《炮打司令部——我的一张大字报》发表一周年大会。会上，针对蒯大富等说的“现在是第三次大申连的阶段，北京的学生要到全国去申连”，指出：这种形势的估计是错误的，中央没有这样的估计。现在是大批判、大联合的形势。
8月6日接见外交部联络站和北京外国语学院代表，就外事口召开批判陈毅会议问题同造反派“约法三章”：批判会要以小会为主；会上不许喊“打倒”口号，挂“打倒”标语；不许有任何侮辱人格的举动，如搞变相武斗、揪人等。次日，到外交部小礼堂参加外事口批判陈毅会议。当得知会场内挂有“打倒三反分子陈毅”的大标语后，坚持要“造反派”取下标语才人会场。此后几天里，为保护陈毅，连续出席外事口“批陈”会议。
8月8日看到王力“八七”讲话（指王力八月七日煽动夺外交部权的讲话）的传单后，批给康生、王力，提议三人一谈。但康、王未到。
△要全军文革小组支左办公室将南京、广州、沈阳三个军区受冲击的详细情况立即报来。同日，约广州、沈阳军区和驻京三军负责人谈话。
△批准浙江省军区司令部、政治部、后勤部机关关门开展“四大”。十六日，亲自打电话告陈励耘、南萍，强调：“省军区所属部队不能乱”。浙江是前线，敌情第一。部队是一个战斗组织，不能成立战斗小组。
8月10日嘱秘书电告黄永胜和驻湖南的四十七军军长黎原：湖南衡阳的二七二厂，一定要派军队保护，已被抢去的武器要交还军队。要下死命令，不准抢夺国防工厂的武器。二十一日，就湘潭二八二兵工厂被造反派“接管”事电告黎原：务必要求该组织撤出。国防仓库的武器绝对不准动。同日，还嘱找军队有关负责人谈如何制止抢夺国防仓库武器问题。
△中共中央、国务院、中央军委、中央文革发出由周恩来拟定，经毛泽东批准的《关于派国防军维护铁路交通的命令》。8月12日凌晨，接见江西两派代表和江西省军区负责人，说：不能把拥军联络站设到军区里去，要马上撤出。中央没有号召第三次大串连，“第三次大串连”的说法不对。
△就中国援助马里共和国贷款事致信林彪、陈伯达、康生、李富春、江青，提出：“决不能以我方援助，填补马（里）法（国）贸易差额，把马里重新推人殖民地经济而不能自拔。”
8月12日一16日连续同湖南“工联”、“湘江风雷”等各派代表和湖南党、政、军负责人谈话，解决湖南问题。
8月15日接见财贸口代表。十七日，到人民大会堂参加李先念检讨大会。
8月17、18日接见农口代表，十九日，到人民大会堂参加批谭震林大会。
8月18日接见安徽赴京代表团负责人，批评不听劝告，印制、张贴有关打、砸、抢的材料和图片的行为，说：把这种东西在北京贴出来，对外国记者是最好的材料。文化大革命搞得这个样子，这对我们国家没什么好处。
8月19日就西安“工矿企业联合会”等六个造反派组织要求揪彭德怀到西安批斗事批示“中央文革小组讨论过，现在暂不让彭德怀到外地去斗。”
8月21日接见工交、财贸、农林口各部群众组织代表和驻各部军代表、抓业务的负责人及有关院校学生代表，说：冲击军管会是不许可的。铁路交通与煤炭是摆在我们面前最急迫的问题。现在很多地方煤送不到，工业用煤、工业用电，甚至连生活用电都要停止了。
△得悉厦门群众组织要抢夺驻军某部炮舰武器，致使炮舰不敢靠岸，立即告中央文革办事组：“请伯达同志以中央文革或周恩来、陈伯达等人的名义宣布，不准夺炮舰的武器，在敌人面前夺野战军的武器是错误的。如劝告不听，继续再夺，即宣布为反革命。”
8月22日凌晨，接见广州两派赴京代表，批评造反派抢夺解放军武器装备和援越军用物资。还说，“不要再提‘军内一小撮’。‘军内一小撮’是在七月二十日事件后宣传机关提错了的”。毛主席批评了这个事。“提出夺军权，这是错误的”。8月23日凌晨，得悉二十二日晚北京红卫兵和造反派火烧英国驻华代办处后，接见外事口各造反派组织代表，对此事及夺外交部大权提出严厉批评。本日，还连续同外交部“联络站”、北京外语学院代表和国务院外办、外交部负责人谈话。
8月24日凌晨，接见广西赴京两派代表，严厉批评抢夺援越军用物资和派性武斗；呼吁各派立即停止“内战”，封存并上交武器，保证铁路畅通。说：你们看一看，内战打成什么样子！一段一段的铁路比过去军阀内战还搞得凶。攻铁路、夺野战军的枪，完全不是搞文化大革命嘛！
△找今日由上海回北京的杨成武单独谈话，讲了各省情况、王力八月七日讲话煽动造反派夺外交部的权、火烧英国代办处、围困中南海揪刘少奇等事，说：“这样下去怎么得了，我担心的是连锁反映。现在，一个是中央的领导不能动摇，一个是解放军的威信不能动摇！”要杨成武即去上海向毛泽东汇报，并将王力的八七讲话交给杨转送毛泽东。二十五日，杨成武飞上海见毛泽东。
8月26日毛泽东二十五日听取杨成武汇报后，今日对杨说：“王、关、戚是破坏文化大革命的，不是好人，你只向总理一人报告，把他们抓起来，你回去请总理办”。并对王力八月七日讲话批：“大、大、大毒草”。中午，杨成武回到北京，单独向周恩来汇报了毛泽东的决定。晚，周恩来主持召开中央小碰头会，传达了毛泽东的指示。随后便将王力、关锋隔离审查。翌年一月，戚本禹也被隔离审查。
8月27日晨五时，接见外事口造反派。就一些造反派在“批判”陈毅问题上继续无理纠缠怒斥说：你们完全是在向我施加压力，是在整我了！从昨天中午到现在，整整十八个钟头，我没有休息一分钟。我的身体不能再忍受了。造反派置之不理，致使周恩来心脏病发作。
8月29日就造反派抢夺云南某兵工厂武器事批复昆明军区副司令员陈康：中央和中央文革同意昆明军区派部队保护和进行劝说。如劝说无效，即抓其头头。
8月31日同陈毅谈话后，接见外文部造反派代表和部党组成员，重申外交大权属中央，并严厉批评那个在外交部“夺权”后代理“外交部长”一职的造反派头头，说：现在，国内的极左思潮和极左行动，已经影响到我们的外交工作，损害了我们的国际信誉。
8月在一次讲话中说：武汉出了陈再道，就到处要抓“陈再道”，这个不对。不能用去年初期到处抓一小撮走资派的方式，用那个方式我们要犯大错误。
△得知住中直招待所的李井泉等几位大区和省市负责人被造反派抓走游斗后，指示傅崇碧等派部队保护他们的安全；还指示把王任重、江渭清等二十多位大区和省市自治区负责人送到卫戍区部队一安全住所，并嘱要严格保密。江青等连续两天在会上当着周恩来面向傅崇碧逼问这些人的下落。毛泽东得知后说：总理做得好。
△本月，除参加各种会议外，据台历统计，同中央、地方、军队负责人谈话四十五次，接见全国各地群众组织代表五十余次。
9月1日在北京市革命委员会扩大的会议上说：“制止武斗是当前的一个主要任务”。派性斗争和武斗一直影响生产。“生产是检验我们的最好成绩。”还说：我知道有些人专门对我进行研究，把我多少年前的东西找出来。现在我说明，对你们的帮助我是欢迎的，只要是善意的。但是，拿这个要挟，煽阴风，点鬼火来搞阴谋，那我是反对的。
△由于中国驻外人员干涉柬埔寨内政，西哈努克宣布解散柬中友协。事后，周恩来对中国驻柬人员提出批评。十一日，西哈努克又宣布封闭五家华侨报纸。十三日，西哈努克宣布撤回驻华使馆人员，但不断交。十四日，周恩来接见柬驻华大使张岗，表示遗憾，也进行劝说和挽留。十八日，西哈努克撤销其撤回使馆人员的决定。
9月2日凌晨，接见财贸口造反派代表，批评造反派要打倒李先念，呼吁财贸口各派停止武斗，联合起来。指出：外交部那个“夺权”是错误的，我希望你们就此打住，不要学外交部。夺解放军的枪，是非法的，当场就要逮捕，这是中央的决定。如果夺金库，解放军有权开枪，不能永远被“四不”捆住。现在就欺侮人民解放军的“四不”。
9月3日召集中央文革碰头会，讨论通过《关于不准抢夺人民解放军武器、装备和各种军用物资的命令》。会后，又连夜召集在京大军区、省军区和三军两总部负责人会议，对命令作了增改。次日，将命令送毛泽东批发。
9月6日接见联络员、中央文革驻各地记者站记者，针对有地方提出现在正是“反动资本主义复辟逆流在全国反扑的前夕”，要“武装夺取政权、战争解决问题”的提法，指出：这种对形势的估计完全是错误的，是极左倾向。“揪军内一小撮”是极左倾向。是怀疑一切，打倒一切的无政府主义倾向。
9月7日就清华“井岗山”等造反派组织要求《光明日报》停刊事批告陈伯达、康生、江青、姚文元：《光明日报》究竟应如何处理，我不甚了了。但由各院校造反派去实行停刊，不妥。
9月9日凌晨，接见辽宁赴京代表，要求各派去掉派性，联合起来，达成停止武斗，封存武器、恢复生产、保证铁路交通畅通的协议，并保证坚决执行。下午，接见中央赴辽宁调查组。
9月10日凌晨，接见国防工业各部军管代表和群众组织代表，对各部在中央九月五日命令颁发之后仍继续武斗提出批评，要求各部军管会召集各派代表就停止武斗和串连，抓革命、促生产等达成协议。
9月11日就印度军队向中国边防武装挑衅事提出部署方案：这次冲突，如敌不再射击，我可不再还击。
9月12日接见中央文革驻各地记者和信访工作人员，要求总结经验，进一步向中央提供一些既客观、又要解决问题的报道，使中央能够看到一些问题的症结在哪里。
9月13日打电话给杨成武转报在外地的毛泽东：天津塘沽港因两派武斗完全陷于停顿，现有四十多艘外国轮船停在该港。为解决该港问题，找了两派代表到北京谈判，已达成停止武斗、保证八小时工作的协议。由此，准备对塘沽港实行军管，协助该港的装卸工作。毛泽东表示同意。
9月16日、17日和中央文革小组陈伯达、江青等分别接见北京市大专院校红代会“天派”、“地派”代表，警告蒯大富等继续宣传“揪军内一小摄”、“跟解放军对立”的作法是错误的，“是一种极左思潮”。
9月17日外交部未经中央批准，对巴基斯坦非官方报纸刊登台湾消息和勃列日涅夫反华言论事提出抗议。本日，周思来接见巴基斯坦驻华大使后，就此事对外交部有关负责人进行严肃批评。次日，同外交部党委成员和业务监督小组成员谈话。
9月19日与陈锡联等谈话后，接见辽宁赴京代表，责令旅大、抚顺、丹东、阜新、锦州、本溪等地的各群众组织一律在本月二十五日前达成协议，上交封存全部武器，停止武斗，联合起来，抓革命、促生产、促业务，迎接国庆。
9月24日近来健康状况日差，仍通宵工作。今日对邓颖超说：我一到早晨八时左右，精神就不行了，手发抖。二十七日，应要求为国庆节两次试写“热烈庆祝伟大的中华人民共和国国庆十八周年”，因手发抖均未成功。嘱秘书告有关负责人准备用仿宋体。
△到毛泽东处开会。谈到召开九大问题时，毛泽东说：接班人当然是林彪。又说：刘、邓要有区别。
9月26日接见在北京集训的湖北、河南等省的军队负责人时说：当前风起云涌的大联合是一件好事，要善于推动，善于领导，善于促进。又说，不能无原则地联合，不要急躁，不要草率，不要掩盖一些应该指出的矛盾。
9月28日接见东北三省群众组织代表，责问：你们现在为什么还要“揪军内一小摄”？这是错误的。工厂停产你们心里安不安？文化大革命已经进行了十五个月，再搞十五个月行吗？还要“放假闹革命”,“第三次大串连”，大错特错嘛！
△到毛泽东处开会，谈召开九大问题。
9月30日陪毛泽东接见以谢胡为首的阿尔巴尼亚党政代表团。
△起草各省、市、自治区报道国庆庆祝大会的几项决定。其中要求各地除将参加庆祝大会的革委会、军管会，或革委会筹备小组的负责人名单报道外，也应报道当地未参加军管会的大军区、省军区主要负责人名单。
10月2日凌晨，得悉福建厦门海关和港务局因均分两派，无人检查，致使英国商船无法靠岸等情况后，亲拟给厦门军管会并转两派群众组织的电话稿，指出：“这种违犯国法、影响祖国信誉的行动，是极端错误的，是绝对不能容忍的。”并命令军管会“采取必要措施，保护海港检查、靠岸装卸。哪一派破坏这一行动，军管会应按《六六通令》惩处该派的主使人和肇事头头”。同日，英商船靠岸，开始装卸。
10月3日致信毛泽东，建议讨论：（一）文化大革命运动形势和有关学生、红卫兵的一些具体问题；（二）工农业生产和明年计划问题；（三）国际问题。7日，到毛泽东处开会。
△陪同毛泽东先后接见新闻和广播部长夏哈布丁率领的巴基斯坦政府友好代表团、刚果（布）总理努马扎莱率领的政府代表团。毛泽东对努马扎莱说：有些红卫兵乱打一气，他们要打倒外交部长陈毅，打倒周恩来，打倒李先念，这不对。
10月4日、6日两次看望许世友。
10月8日飞抵武汉，陪同谢胡率领的阿尔巴尼亚党政代表团参加武汉“乱而后治”情况座谈会。在武汉，还分别同武汉军区负责人及各群众组织代表谈话。十日下午，飞返北京。
10月11日在军委政治部报送的关于部队干部职务任免报告上批告叶剑英、杨成武并报林彪：军委有关日常行政、部队调遣、干部任免、部队编组、武器装备等非属三支两军和国防外交范围的请示报告和批件，应由军委和总参直报林副主席请批．不需经我手转报。此事请军委常委一议，报林副主席转报主席批准。否则，压在我处文件太多，无时处理，而且超越权限，贻误大事。
10月13日、14日到毛泽东处开会，谈九大政治报告、代表选举等问题。
10月20日一22日同前来中国访问的毛里塔尼亚伊斯兰共和国总统达达赫举行会谈，阐述对国际形势的看法和中国按照和平共处五项原则解决国际问题的立场。二十三日，陪毛泽东接见达达赫。二十三日，在送前往朝鲜访问的达达赫去机场的路上，请达达赫给金日成及西哈努克亲王、纳赛尔总统捎转三点口信。二十七日，在首都机场迎送由朝鲜赴柬埔寨途经北京的达达赫总统。达达赫向周恩来转达了金日成首相的四点口信。
10月26日接见柬埔寨驻华大使张岗，就柬方对中国一些政策和工作的误会进行解释。并请张岗转告西哈努克亲王，把意见保留起来，不做公开争论，不让敌人利用。
10月28日接见全国粮食工作会议和铁路工作会议代表，逐一询问上海、山西、内蒙、黑龙江等全国二十一个省、市、自治区的粮食生产和收购情况，并作三点指示：（一）立足国内，搞好生产，不吃进口粮。（二）逐步做到南粮不北调。（三）不要多征购，要藏粮于民，藏富于民。
10月29日凌晨，再次接见全国铁路工作会议代表，说：如何把铁路运输搞上去，这个问题太重要了，粮食生产、工业生产，回过头来还是铁路运输问题。今年运输指标如再上不去，对明年的发展会有影响。空喊革命，不抓业务，革命就是空的。目前铁路运输应首先要抓货运。
△到毛泽东处开会，讨论学校开学和如何办大学等问题。10月国庆节后，得知贺龙高烧、呕吐，瞩送三○一医院。遭江青反对后，又嘱送二六七医院治疗，并派杨德中前去转达问候。
△在江青指使下，北京“天派”学生组织前往西山搜查老帅们的住所。周恩来指示傅崇碧派两个团去警卫、劝阻。还在深夜亲自带领北京卫戍区负责人到老帅们的住处视察警卫工作，作具体指示。
11月2日——5日连日约谈陕西、广东、广西、黑龙江等省的问题，计划在月初把分管负责的七个省的事情处理完。
11月5日到毛泽东处参加中央文革小组小碰头会，谈九大和整党问题。
11月7日就祝贺俄国十月革命胜利五十周年事致信毛泽东，建议以人大常委会和国务院名义致电苏联最高苏维埃主席团和部长会议，向苏维埃人民祝贺。毛泽东批准照办。
11月8日晚，接见广州地区各派在京代表，批评有些群众组织到军管会办的毛泽东思想学习班去抓干部，说：要马上打电话回去放人。凡是参加学习班的干部，由军管会派人保护。不要以为是造反派就什么事都可以胡来。
11月13日晚至次日凌晨，就保证开好广州秋季商品交易会找广州、湛江各派代表谈话，要他们联合起来，写一封《告广州市人民书》，呼吁各群众组织、工农兵学商、党政机关、服务行业团结一致，全力以赴搞好这次交易会的工作，不应在这个时候打“内战”。
11月16日接见以邓尘施为首的越南南方民族解放阵线代表团和以阮维祯为首的越南党政代表团部分成员。谈到越南把干部子女都送到中国桂林来上学时说：作为干部子弟学校不合适。工农子女在那里遭损失，单把干部子女搞来，会造成干部子女特殊化。过去我们对干部子女特殊化，在文化大革命中，暴露出不少问题。
11月17日审阅中共中央即将转发的北京针织总厂革委会向毛主席报喜的信和驻该厂解放军八三四一部队支工情况的报告。把报告中点刘少奇、彭真名的文字倒去，只写“中国党内最大的一小撮走资本主义道路当权派”。
11月20日得悉厦门市“促联”派大量抢夺军分区和野战军武器弹药并打伤解放军战士多人的情况后，和陈伯达联名致电“促联”派并告厦门市军管会、福州军区，指出：“这是违反‘九五命令’的错误行为。厦门是国防最前线，夺取前线部队的武器，更是绝对不能允许的。希望你们立即停止夺取部队武器，并将已夺走的武器全部送还原单位。”
△主持中央文革小组扩大碰头会，讨论和修改中共中央《关于对征询召开九大意见的通报》。次日，将《通报》报送毛泽东。
11月24日、25日分别接见黑龙江“炮轰派”和“山上派”代表，批评黑龙江几派至今达不成协议，联合不起来。警告造反派头头：不要把广大群众引到错误方面，不要热衷于打内战，热衷于出风头。群众是不会跟你们走的。要求两派在一个星期内达成联合协议，尽早回黑龙江去抓革命、促生产。
11月25日得悉因派性武斗，郑州火车站交通中断，滞留车皮三千多节后，当即指示派飞机把郑州两派接到北京谈话，责令他们搞好大联合，保证铁路运输畅通。
11月28日——12月1日每日约刘建勋、王新等河南省负责人和郑州铁路局各派代表谈话，解决郑州铁路问题，说服铁路局两派达成《关于实现郑州铁路局河南境内革命大联合的协议》等七个协议。受此影响，西安铁路局也主动达成了大联合协议。为推动全国其他铁路局的大联合，周恩来为中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组拟写批语，向全国转发郑州和西安两个铁路局实现大联合的协议。十二月五日，周恩来将协议书和中央批语报送毛泽东批准。
11月28日接驻合肥市的十二军军长李德生报告：一群人大闹军管会半个多月，冲砸军部，打伤军首长，部队反复劝说无效。对此批示：“以电话告李军长，先进行政治工作，不听，宣布‘九五’命令，进行分化，要他们交出祸首凶手；再不听，待其直接行凶，当场将凶手逮捕。对协从者晓以大义，宣布一律不究，但如再犯，仍将当场逮捕凶手祸首凶手。”
11月29日接见以空军司令努尔·汗为团长的巴基斯坦空军代表团，谈到“文化大革命”的原因时说：我们这样的大国，这么多人口，领导机关和群众隔了许多层，很容易脱离群众。如果不搞思想革命化，很容易养成官僚主义、修正主义。但是我们不向别国介绍我们这个经验，也不能叫别的国家都这样做。
12月2日同陈伯达、康生、江青等接见天津代表。指出：无产阶级的政治活动是光明磊落、实事求是的。不能乱栽赃、乱造谣。如果对这个事情有怀疑，可以摆出来公开面对面谈清楚，不要背后搞鬼。
