中共是认真对待参加政府问题的。周恩来再次打电报给中共中央，提出参加政府问题。二月六日，中央政治局开会根据周恩来的电报研究参加政府问题并提出由毛泽东、林伯渠、董必武、吴玉章、周恩来、刘少奇、范明枢、张闻天参加国府委员会。这个名单和上次名单不同的是没有朱德，而增加了范明枢。范明枢是解放区山东省临时参议会议长，不在延安。中共中央打电报征求他的意见，并准备他如果不愿出任，则改由彭真担任。同时决定周恩来、林伯渠、董必武、王若飞参加行政院，周恩来任副院长，林伯渠、董必武、王若飞则担任部长或不管部的政务委员。
改组政府，本应在政协闭幕后即着手进行。但蒋介石无意放权，迟迟不见行动。而在国民党二中全会上，通过了反对政协的决议，蒋介石还公然声称：政协“关于改组政府的协议案，在本质上不能代替约法”，“决不能承认”。而决议案中20名各党派和无党派人士的分配，他们又大作手脚，坚持八、四、四、四方案，即共产党八名，民盟四名、青年党四名，无党派人士四名。
共产党和民盟12名，加上无党派人士由中共推荐一名，一共只有13名，民主力量达不到三分之一，不能行使否决权，国民党仍可垄断一切，中共参加政府就没有实际意义了。二、三月间，东北局势紧张，国民党又到处寻衅，蒋介石的四项诺言没有实现，在这种气氛下，国民党要求中共交出参加政府名单，周恩来自然不能交出。四月十五日，蒋介石约见政协综合小组各代表举行茶话会，商谈国大和政府改组问题。周恩来严正指出：这两个问题要与停战、整军及政协各项决议的实施同时解决。而国民党没有这种诚意，改组政府的工作搁浅了。
国民大会问题争端也很多，首先是代表问题。政协期间其他代表包括青年党在内，都认为旧代表几乎是清一色的国民党人，不少是上豪劣绅，甚至有投敌的汉奸，那次选举应属无效。国民党坚持这批代表有效。各方顾全大局做了让步，经过协商决定，增选台湾省和东北几省的代表一百五十名，各党派和无党派人士代表七百名，连同旧代表共二千零五十名。当时商定，由中共指派和解放区选出的代表为三百九十名。中共中央做了研究，决定其中30名由中央直接分配，其他由南方局、各解放区分配和选举产生。我方坚持一点，国大必须有四分之三的代表赞成，才能通过宪法，也就是中共和民盟代表必须占四分之一，才能做到不让国民党随意修改宪法。
政协闭幕后，国民党又提出要增加代表名额，而且片面决定在五月五日召开国大。这两项都是我们所反对的。四月十五日，蒋介石要求各党派在四月二十日前提出国大代表名单。周恩来指出五月五日召开国大事实上不可能。蒋介石无法辩驳，不得不同意指定张群、张厉生、邵力子为代表，雷震协助，与各方面商讨全面解决问题的办法。在谈判中，各党派和许多无党派人士都提出许多重大问题，没有取得一致意见，大会准备工作也没有完成，国民党不得不宣布国大延期召开。
关于宪法草案问题，国民党二中全会提出要修改宪法草案的原则，也就是取消它的民主精神，遭到中共和民盟的反对。四月中旬政协综合小组举行会议，决定成立宪法草案修改小组，周恩来参加了这次会议。但从十六日以后，由于国民党的阻挠，宪草审议工作从此停顿了。
由于国民党设置重重障碍，执行政协决议的前途一片黯淡。
五十一、坚持实施政协决议
停战协定生效后，关内是停战了，东北的局势却日益紧张。造成这种局势的根源，是蒋介石迷信他可以用武力解决东北问题。
实际上，直到抗日战争胜利的时候，国民党军队从来没有进入东北。“九一八”以后，蒋介石要张学良的东北军不得抵抗撤入关内；日军占领期间，东北义勇军和抗日民主联军活跃在白山黑水之间，而国民党军队没有在东北打过一回仗；抗战胜利后我们派大批干部和军队进入东北，最初是在热河、冀东的李运昌部五千人，随后去的有万毅、萧华、黄克诚部数万人。当时大城市由苏军驻扎，我们解放许多中小城市和广大农村。我们曾提出东北实行地方自治，国民党坚决不同意。他们海、陆、空三路并进，调去大量军队。
国民党根据和苏联签订的《中苏友好条约》的规定，要求苏军撤退后，由国民党军队占领苏军所到的地方。美国站在国民党方面，就这个问题向苏联进行外交斗争。苏军不得不把中国长春铁路沿线的某些大城市交给国民党军队。苏军驻扎的地方，只要有国民党军队，我们就不能去。十一月下旬，虽然我军已发展到20万人，但受这个约束，不能解放更多的地方。这时中共中央作出决定：东北我军撤出大城市，只控制中小城市和乡村。为了和平解决东北问题，周恩来、王若飞和张群、王世杰、邵力子谈判，希望东北成为民主的实验区，实行地方自治，取消行营，建立地方联合政府。国民党不同意。
十二月，蒋介石决定再派军队到东北，政协开幕前后，国民党运兵不断，由于停战协定刚刚签字，而且规定国民党进兵东北不受限制，我方竭力避免冲突。
我们退让，蒋介石则步步进逼，又派精锐部队新一军、新六军进入东北，抢占中长路以外我军活动的地区和城市，一月中政协开会期间，营口就发生了严重冲突。周恩来同马歇尔谈了这件事，当时马歇尔尚能主持公允，建议由军事三人小组指示军调部立即派遣一个执行小组前往营口，并提出将来东北发生此类战争，军调部应立即采取同样行动。张群于一月二十八日通知马歇尔的总部说，蒋介石担心执行小组内出现一个美国人，可能引起与苏联的麻烦，不同意向营口派执行小组。实际上这是一种借口。由于事态继续发展，二月十四日，周恩来接到营口方面又发生冲突的报告后，再次向马歇尔提出这个问题。马歇尔找了蒋介石，蒋仍拒绝派执行小组去营口。这时马歇尔醒悟了，他得出结论：蒋介石不愿派执行小组的原因，是他要避免承认东北有共产党的军队，而是把他们当“土匪”，这样东北就不存在停战的问题。东北战云密布，大规模的内战一触即发。二月二十四日，周恩来电请中共中央注意：东北问题将成为战争的焦点，对蒋介石的挑衅与进攻请予防范和准备。
二月二十八日起，军事三人小组先后到华北和华中巡视，了解停战协定执行情况和整编军队中的问题。张治中、周恩来、马歇尔及部分工作人员离开重庆，我也作为周恩来的随员和他们同行。这次乘马歇尔专机先到北平军事调处执行部了解情况后，郑介民、叶剑英、罗伯逊也同行。三人小组到过张家口、集宁、北平、济南、徐州、新乡、太原、归绥，于三月四日到达延安，在机场受到毛泽东、朱德、刘少奇、彭德怀、林伯渠等和几千群众的欢迎。
毛泽东和马歇尔谈话时说，停战令应适用于东北，军调部应派去执行小组。
当天晚上在杨家岭中央大礼堂举行了欢迎会，朱德、张治中、马歇尔先后致词。朱德说：中共对停战协定及政协决议已在忠实执行，整军方案也一定切实执行，务使其彻底实施。张治中说：政府签订的几个协定，是促成国内和平、民主、团结、统一的几个伟大文件，政府当不折不扣的百分之百的付诸实施，贯彻到底。他在结束讲演时还说：我刚才和毛主席说过，将来你们写历史的时候，不要忘记写上一句：“张治中曾三到延安”。博得了热烈的掌声。马歇尔也表示，愿为中国的和平复员努力，他将进一步帮助整编全中国的军队。三月五日，三人小组离开延安飞抵汉口，六日飞回重庆。
张治中的讲话，中共方面相信他是真诚的。他以三次到延安（即一九四五年八月二十七日陪美国大使赫尔利飞延安，二十八日接毛主席到重庆谈判，十月十一日他陪送毛主席回延安，这次是三到延安）引为骄傲，并要求中共把这件事写到历史上，也是应该的。但是他的讲话，并不能阻止蒋介石为首的国民党反动派破坏停战协定和政协决议的行动。“张治中三到延安”，只能成为国共关系中的一段佳话被人传颂。
三人小组回到重庆以后，蒋介石还是固执己见，不同意往东北派停战执行小组。由于马歇尔即将返美述职，他向蒋介石施加压力。蒋介石正在争取美援，不敢得罪马歇尔，不得不答应了。三月十日，三人小组讨论具体方案，周恩来提出政治问题应与军事问题同时解决，国民党不同意。蒋介石提出五项具体条件，最主要的是执行小组只管军事不管政治；国民党军队可以占领一切地方，而中共军队必须撤出。周恩来指出蒋介石真是蛮横无理。马歇尔急于回国，不愿多谈这个问题，对周恩来说，这个问题以后再协商。第二天，马歇尔回美国去了，由吉伦中将代表他参加三人小组，执行这个任务。
三月十三日，苏军从沈阳撤退，国民党即进入沈阳，随后又进占铁岭、辽阳。三月下旬，苏军决定四月底全部撤离东北。中共代表团判断国民党军队将从沈阳向北推进，和我们争夺长春和哈尔滨。周恩来即与张治中和吉伦举行三人小组会议，商谈东北问题。会上一致同意派遣执行小组去东北。三月二十七日，三人小组在重庆桂园张治中公馆签订了《调处东北停战的协议》，决定于二十九日派四个小组去东北执行停战调处工作。
国民党不顾信义，协议刚刚签字，即派兵向营口、本溪、四平街大举进攻。四月一日，蒋介石在国民参政会上发表演说，强词夺理他说什么“军事冲突的调处，只能在不影响行使国家行政权力的前提之下进行”。也就是他对调处根本不予理睬。虽然蒋介石燃起东北的战火，我们仍然派出人员参加执行小组。四月二日，耿飚、张经武、许光达等40余人由北平飞抵沈阳，国民党沈阳警备司令部竟借口他们未带军调部护照，在机场非法留难三个小时。同一天，国民党军队进占海城、鞍山，东北内战日益扩大。四月九日，蒋介石接见美国记者公然表示，他已决心消灭共产党，现在只看美国的态度如何？东北的局势使全国人民忧心忡忡。民盟出面进行斡旋。四月十日，张澜、沈钧儒在鲜英的特园宴请国共双方代表，我方出席的有周恩来、陆定一、吴玉章、邓颖超。张治中已出任西北行营主任，由陈诚接替他的职务。民盟提出三点建议：一、国民党军队进入长春，共产党不要阻碍；二、国民党军队停止前进五天，以便共产党军队撤离铁路沿线据点，避免冲突，在这五天中，双方协商解决政治问题；三、双方依据政协决议，和平解决东北问题。对于民盟的热忱周恩来很是感激，这个建议也是可行的，当时即表示可以接受。
他还说，停战不是暂时的，应是全面的、永久的。陈诚重弹“接收主权”的老调，断然予以拒绝，他摆着一副胜利者的姿态，咄咄逼人地透露国民党军队不仅准备接收长春，还要进军哈尔滨甚至齐齐哈尔。
面对国民党准备在东北大打，我们只好采取相应的对策。
周恩来看透国民党的企图，四月五日打电报给中共中央转东北局和北平的叶剑英、罗瑞卿（时任军调部中共方面参谋长），说明东北情况在张治中走后国民党一直拖延谈判，东北应准备大打，不要幻想国民党能让步。中共中央复电指出：“情况估计及应付方针甚为正确，望坚决执行。在目前国际国内反动逆流下我党必须有通盘计划以粉碎反动派的进攻。”中央决定，只有大打才能刹一刹国民党的威风。
激烈的战争在四平街爆发。这场保卫战我军打得很出色，大出国民党的意料之外。战争引起了全国人民的关注，也进一步暴露了国民党的顽固态度。
四月十一日，周恩来致电中共中央转东北局，指出由于四平的战争，国民党不能在苏军撤退时进入长春，我们应在两天内派兵进入长春。十二日，中共中央电告东北局：“按周电办”。我军遂于四月十九日占领长春。四月下旬占领哈尔滨、齐齐哈尔。尽管国民党军队受挫，他们仍寄望于增兵以后，可以挫败中共军队而不停战。
马歇尔于十八日回到重庆，周恩来曾到机场迎接。这时东北战事正激烈进行，马歇尔知道蒋介石不愿停战，因而也不急于同周恩来会谈。直到二十二日，周恩来才又见到马歇尔，对他说，我们是愿意实行三月二十七日协议的，而国民党不愿意，反用武力占领我们七个城市。他们既然不遵守条款，我们便被迫采取自卫行动。周恩来还向马歇尔分析国民党不愿在东北停止冲突的根本原因，是不愿意承认中共在东北的部队，甚至诬为“土匪”加以讨伐。他列举“九一八”事变以来中共领导的军队在东北奋勇抗战的历史和战后东北局势演变的事实，来驳斥蒋介石的诬蔑。指出在这种情况下，他们进攻，我们便要抵抗。但我们仍然愿意停战。
四月二十七日，周恩来又同马歇尔会谈，向他指出苏军已经撤完，东北不存在着什么主权问题，应该无条件停战。马歇尔转告蒋介石的意见，中共军队退出长春，然后停战进行谈判。周恩来表示，先停战然后进行谈判。双方都坚持己见。二天后，马歇尔说他对调停已感到无能为力。
几个月的接触，马歇尔非常赏识周恩来的才干。在这次谈话以后，马歇尔对张君劢和罗隆基说：周恩来是他未遇过的外交对手（另有一说，马歇尔说周恩来是他遇到的最出色的交涉家）。
另一个问题是中原告急。
我新四军五师李先念、郑位三部在抗战期中一直活跃在鄂豫皖边境大别山区周围，并发展到平汉路以西。抗战胜利后，从广东北返的王震、王首道率领的八路军三五九旅南下支队和从河南中部南下的王树声等率领的嵩岳军区部队，三支部队汇合组成了中原军区。国民党对这支抗战有功的部队视为眼中钉，非得把它拔除而后快。由于国民党军队的包围，中原军区非常困难，缺乏粮食、药品，缺少军费。重庆谈判期间，周恩来曾谴责国民党这个错误行径，并提出我中原部队可以北撤。当时国民党当局也表示同意，但并未履行诺言。停战协定生效的第二天，即一月十四日，国民党军队即进占豫鄂交界的光山县城，有可能引起一场内战。周恩来向刚刚成立的军调部指出事态的严重性。军调部派了一个执行小组到汉口负责制止中原战争。国民党代表宋瑞坷、陈鼎勋，我方代表王震，美方代表福尔德，在河南罗山举行会议。在这次会议上，我方多方忍让，委曲求全，并未要求国民党军队退出停战协定生效后占领的地方，只约定双方维持一月二十三日的位置。三方达成协议。但国民党军队一直没有停止进攻。对平汉路以西的中共部队也不断地进行袭击。
周恩来对中原局势非常关切，他一再在三人小组会议上提出，我中原部队北撤是双方达成的协议，而且要执行整军方案也非北撤不可，国民党军队不应包围、袭击。他还提出具体的方案：四万武装部队转移到苏北或华北整编，二万人就地复员。为了先了解中原军区情况，周恩来派我乘美军运输机到汉口，把中原军区驻武汉办事处处长郑绍文接到重庆向代表团作详细报告。准备派董必武和郑绍文由重庆飞武汉，代表中共中央慰问中原部队，视察当地情况，帮助解决停止冲突和粮食困难等问题。国民党蓄意要置我中原部队于死地，既提不出反对我方建议的理由，又不让我们执行北撤的计划，一味拖延敷衍，董必武、郑绍文等一行于三月二十四日由重庆飞汉口。因中原军区供应困难，董必武一面向国民党当局交涉，准予中原军区在汉口采运粮食、药品等；一面向爱国民主人士周苍柏、杨显东等进行工作，请他们尽量予以协助。三十日董老一行从武汉乘车到中原军区司令部所在地宣化店，和军区领导人商谈对策。四月七日，董老一行离宣化店返回武汉，国民党军队竟无理留难，阻拦和非法检查达六小时之久。他们所带的地图、报纸、照相机都被扣留。董老提出抗议，才被放行。董老回武汉后，通过在行政院善后救济总署湖北分署任正副署长的周苍柏、杨显东争取了美国人沙克诺夫给中原解放区运送了几批粮食、医药、被服等救济物资，解决了一些困难。四月十八日，董老返抵重庆，中原战争已至一触即发之势。
就在周恩来为东北问题、中原问题日夜焦思的时候，四月八日，王若飞、秦邦宪、叶挺（夫人李秀文、女儿扬眉、小儿子阿九和保姆同机）和邓发等同志13人，乘坐一架美国飞机从重庆回延安时，因遇到恶劣气候，不能下降，改变航向后，在山西兴县黑茶山坠毁，我方人员和美军机组人员全部遇难。
消息传到重庆，办事处同志如五雷轰顶，周恩来更是悲痛万分。这几位都是他多年的战友。王若飞是他和国民党谈判的得力助手；秦邦宪（博古）原来不是政协代表，是后到重庆谈判修改宪法草案问题的；叶挺早在北伐时候，他们就已共事了，在组建新四军时候，他们配合得很好，这次叶挺是带着家属回延安；邓发是出席世界工联代表大会回国后，经重庆回延安的。被称为“四·八烈士的牺牲，是我党的重大损失。四月十九日，重庆各界举行追悼会，周恩来在会上报告了烈士生平事迹时，痛哭失声。他又在《新华日报》上发表文章，悲愤他说：烈士们“意外的牺牲，使我们更加感觉到这真是无可补偿的损失！”“如果没有反动派破坏政协决议的阴谋活动，也就没有你们这次冒着恶劣天气飞回延安的必要。”“烈士们，同志们，你们的责任已尽。
我敢向你们保证，有中国人民在，有中国共产党在，有中国一切民主党派和力量在，我们决不让反动派破坏政协、破坏停战、破坏整军的阴谋活动成功”。
“你们坚持的方针，是全中国人民的方针。和平、民主终必会在全中国实现。”延安也举行了隆重的追悼大会，会后，将烈士骨灰安葬在清凉山下，并建立了四八烈士墓。
由于国民党还都南京，以后继续谈判将在南京进行了。周恩来和中共代表团、南方局人员，也都要离开重庆到南京去。
周恩来在离开重庆前，对今后西南的工作作出布置。首先要公开成立中共四川省委。四月十四日，南方局致电中共中央，呈报四川省委的名单和分工，由吴玉章任书记，王维舟往副书记。委员为傅钟、于江震、魏传统、梁国林、杨超、郑怕克、廖志高；候补委员：周文、何其芳、赵世兰。四月十九日，中央复电说，除廖志高不能达到外，其他均同意，并调程子健参加省委民运工作。二十二日，中共四川省委正式成立，并召开第一次会议。董必武代表南方局出席会议，宣布了这个名单。国民党方面认为王维舟是搞军事的，对他耿耿于怀，也由于其他原因，后来副书记一职改由张友渔担任。这是六、七月间的事。
四月下旬，中共代表团、南方局和办事处迁移南京的准备工作基本就绪。
二十八日，周恩来在曾家岩50号举行向重庆文化界话别茶话会，应邀出席的有二三百人。由于东北战人越来越烈，谈判处于僵持中，大家对此非常关心。
周恩来报告了东北的情况，也谈了和国民党谈判的经过与我党坚持实施政协决议，主张全盘解决问题的意图。会上，周恩来无限感慨地谈了和国民党谈判的困难。他说，差不多十年了，我一直为团结商谈奔走渝延之间，谈判耗去了我现有生命的五分之一，我已经谈老了！多少为民主事业努力的朋友，在这样长的谈判中，走向监狱，走向死亡。民主事业的进程是多么艰难啊！我虽然近五十之年了，但不敢自馁，我们一定要走完这最后而又艰苦的一段路。这是周恩来发自肺腑的一席谈话，反映了谈判的前途并不乐观，但我方决心尽最大的努力，争取和平的成功。
四月三十日，中共代表团举行在审庆的最后一次记者招待会，向重庆新闻界告别。周恩来表示希望在南京的继续谈判能取得结果，并把吴玉章、王维舟、傅钟、周文等同志向新闻界介绍，示意中共代表团离开重庆后，四川及西南地区的工作，将由四川省委领导。
许多未解决的问题，都将由重庆带到南京。
五月三日，周恩来、邓颖超、陆定一等十余人，乘飞机离开重庆赴南京，继续为党为人民进行更为艰苦的斗争。
