上世纪三十年代，光绪帝的崇陵被盗，据说被拽到宝床底下的尸身是光绪皇帝的遗体。八十年代清理这座陵墓时检验了那具尸体的骨骼，通过对其发辫的化验，并未发现中毒成分，这使得光绪死于谋害之说失去了最确凿的实证。
珍妃就是被推入这口井的 还有一种说法是，光绪属于正常病死，一些研究者根据档案馆所藏的清宫医案，包括当年宫内御医为光绪帝诊病用药的档案、光绪本人向御医诉述的病史等得出了这样的结论。
光绪帝自幼体弱多病，有长期遗精史，身体一直很差，后来越发严重，维新失败被幽囚瀛台、珍妃惨死、精神和肉体上的虐待、凌辱更加重了他的疾病。他亲笔书写的《病源说略》就承认自己疾病缠身。据所记载的脉案，从现代医学去分析，他患有严重的神经官能症、关节炎、骨结核、肝脏、心脏及风湿等长期慢性、消耗性疾病，导致抵抗力下降，心肺功能慢性衰竭，引起其他系统多发性急性感染，以当时的医术，根本无计可施。光绪三十四年三月初九，光绪“肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损”，病势到了无药可用的严重程度；五月初十，虽经御医“调理多时，全无寸效”；到了九月病状更加复杂多变，脏腑功能已全部失调；进入十月，光绪的病已露险象，十月十七日，出现了肺炎症及心肺衰竭的临床症状，已进入危急阶段，御医会诊后私下还对朝臣说：“此病不出四日，必有危险。”十月十九日，光绪呈现“中气虚损，不能承领上下，以致上而逆满喘咳，下而大便不行，清气不升，浊气不降，通体困乏”的症状。十月二十日晚，光绪开始进入弥留状态，神志昏迷。十月二十一日中午，光绪脉搏似有似无，“喘逆气短，口不能语，肾元不纳，上迫于肺”，傍晚，终于“龙驭上宾”死去。
由此可见，光绪并不是猝死，他的症状呈现进行性的加重，一步步恶化，直至药力不达死去的，于是有人据之得出光绪之死是正常死亡的结论。而据《清史稿·后妃传》载：“光绪三十四年十月，太后有疾，上疾益增剧。”说光绪病重，而慈禧仅是有疾。因此，光绪死在慈禧之前也是合乎情理的。慈禧的病情起先虽无凶险症状，后来却引发老年性的多种病症，导致心力交瘁，衰竭而亡。因此，光绪与慈禧虽前后不到二十四小时相继而亡，似乎并没有必然的联系。不过，由于慈禧一贯凌辱和迫害光绪，使他身心受尽折磨，从这一点上来说，民间传说光绪被慈禧害死也并非全无道理。
