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当然，初期的拜上帝教在某些方面逾出了《劝世良言》。
其一，洪秀全试图把基督教在上帝面前的"人人平等"，延伸扩展到现实社会生活中，衍化为政治经济平等的观念。这一点在《原道醒世训》中表现得非常明显。但这种观念只是他一种善良的愿望和美好的向往。此时，洪秀全还没有要在现实生活中实现这种平等的强烈要求。
其二，初期拜上帝教既憧憬来世的超度，又向往现世的幸福。《原道救世歌》讲灵魂的超拔；《百正歌》宣传行正，反对不正，正可升天堂，不正入地狱。这都是身前死后的事。同时，还指出不正对社会、个人造成的现实灾难，警告世人崇正克邪。《原道醒世训》则透露了这样的讯息：希望把"乖漓浇薄"、"陵夺斗杀"之世，变为"公平正直"之世、"大同"之世，带有入世的色彩。这是《劝世良言》和基督教所不曾有的。但洪秀全还未找到实现这一美好愿望的奋斗途径。
联系到洪秀全的思想演变过程，1843 年第四次科考落第，反清思想再度滋长，遂导致拜上帝教创立，但在两广传教受挫，反清思想又趋退潮，转入宗教救世。因而，他撰写了早期的拜上帝教系列著述。《劝世良言》也是鼓吹宗教救世的作品，与洪秀全当时的思想状况正相吻合。因而，它被大量慑取，写入洪秀全此时的著述之中。然而，洪秀全怀着强烈的救世救民的抱负，
治国平天下的责任感和使命感并未消弭，他渴望消除现实社会的剥削、压迫和苦难，建设美好的公平社会，而不只是期待遥远的身后世界。这正是拜上帝教对《劝世良言》教义加以吸取和变异的思想症结。
2.浓烈的儒学成份
洪秀全在传教活动中，面临三个必须解决的问题：
l）拜上帝教不以儒学经典为道统，而重建新的宗教理论和教义，在统治者和士大夫看来，显然是"异端邪说"、"妖言惑众"，被目为邪教。
2）主张崇拜上帝，废弃一切偶像，包括对祖先的崇拜，背离了中国人的传统信仰和崇拜观念；而上帝是西方基督教的崇拜对象，因此被社会指斥为"从番"。而且，当时正值鸦片战争之后，中国受到列强侵略欺凌，爱国情绪正炽，宣扬基督教更引起中国人的误会和忌恨。
3）洪秀全对基督教并不熟悉，《劝世良言》并没有高深的宗教理论体系，而且不合中国国情。因此，初创时的拜上帝教理论贫乏，不能说服民众，尤其是知识分子。洪秀全熟悉儒学，而且深刻感受和理解中国传统文化、习惯的巨大影响力。因而，他采取了合理选择，把基督教与传统的儒家学说结合起来，使皇上帝中国化。这样，不但能使皇上帝在中国人的信仰中较容易地取代旧的偶像，而且还能使他的传教活动获得合法的存在空间，并且可以弥补拜上帝教理论肤浅和贫乏的弱点。因此，洪秀全大量地从儒家学说中吸取思想资料。在他早期著作中，保存了大量的、浓厚的儒家思想及其学说，而且儒学成分多于基督教成分，显示初期拜上帝教带有明显的儒学色彩。
3.教义存在严重的矛盾与局限
洪秀全以《劝世良言》为拜上帝教义的经典。此书是梁发所编译。梁发为一印刷工人，文化程度有限。《劝世良言》选自圣经若干片段，"虽其译文甚为忠实，然因多译自外国方言，又无序言及注解"，难以读懂。洪秀全只得"自行揣摩，又常多错解"①。因此，当有人偶尔问起《劝世良言》书中代词究是何人。洪秀全只有"默然不答"，或者干脆曲解为指自己本人。因此，一年多传教活动的失败与洪秀全宗教知识的贫乏颇有关联。可见，《劝世良言》作为教义经典，显然妨碍洪秀全的传教活动的展开。一次，洪秀全往访一温姓秀才，对他宣传《劝世良言》"所载之真道"。温秀才不信其言，并要洪秀全把原书给他看，他要"为秀全改正其言，纠正秀全的错谬。"洪秀全不能说服他，只得一怒之下，不顾温秀才杀鸡招待，拂袖而去。
为此，洪秀全自广西返回花县后，致力于宗教著述，把儒学大量引进拜上帝教，以弥补教义的贫乏。而且，此时洪秀全正值反清思想退潮，转入宗教救世阶段，因而，儒学中的不少消极成份被纳入他的早期著述。随着1847年后，洪秀全反清思想再次升级，决心用暴力推翻清廷时，不少教义和理论就难以适应形势和洪秀全思想的变化，不能成为洪秀全反清革命的武器。如忍耐、顺从现实命运安排，作为人死后灵魂归宿的天堂地狱说，三位一体说，行善戒恶救世说等等，都与洪秀全的反清革命行动相悖。因而，洪秀全不得不修正或抛弃，创造新的教义，并对原来的教义加以改造使之适合起义需要。
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① 《太平天国起义记》，《太平天国》（六），页848。
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（二）1847-1853：革命化时期
1847 年，洪秀全到了广州研读圣经，学习有关基督教的仪式、规范，眼界大为开阔，宗教知识也较前丰富。之后，他第二次赴桂，在紫荆山基地受
到教众的拥戴，反清思想再次回升，决定与冯云山一道在广西传教，展拓基地，拜上帝教众日益增多。而且，地主团练与清朝官府迫害教众，引发反迫害斗争。同时，天地会起义导入高潮，广西局势动荡不安，教众革命化军事化势头猛烈，一场反清起义的风暴正在准备和酝酿。显而易见，初期宗教救世的拜上帝教义已不能适应新的形势和斗争需要。洪秀全遂审势度势，利用在广州学到的新的基督教知识，对以前的教义进行了取舍、加工和规范，大大强化了拜上帝教的政治内容，对初期拜上帝教作了一番重大改造，不少教义突破了基督教的传统教条，使拜上帝教成为发动革命的有力武器。革命化成为这一时期拜上帝教的最大特色。这个时期，拜上帝教形成一套较为完整的教义，基本型态得以奠定。
首先，宗教神话得到充实与更新。洪秀全在《原道觉世训》中，对上帝创世说作了进一步发挥，他说："皇上帝当初六日造成天地、山海、人物"，"一切日月星辰雷雨风云莫非皇上帝之灵妙"，"一切山原川泽飞潜动植莫非皇上帝之功能"。加强宣扬皇上帝是功能无比、功德无量的独一真神。洪秀全由此延伸，指出，有全能天父的指引，击灭阎罗妖的反清运动必然无往而不胜。以此鼓舞教众斗志和胜利信念。并且，洪秀全发展了基督教关于上帝三次大怒的故事，把他在1837 年升天受命、下凡诛妖、作主救人说成是第四次大怒。在《太平天日》中，他对自己升天受命的神话进一步修改和发挥，更加突出了王 权上帝授的政治内容，为武装起义、诛灭妖朝制造神学依据。其次，按照基督教的教条或原则，制定拜上帝教的礼仪规范。初创时期，拜上帝教只有简单的洗礼和崇拜仪式，并无严格的宗教礼仪制度和言行规范。此时，洪秀全以"摩西十诫为蓝本"，制定了十款天条，作为教众的首要纪律规范和生活准则，战时则成为严格的军事纪律。团营前后，又创建圣库制度，以适应战争需要。这种做法来自圣经的记载。据称：公元一世纪初期，基督徒曾实行共同生活的方式，他们变卖田产家业，凡物公用，"照各人所需""分给各人"①。后来的《天朝田亩制度》规定，"分田照人口，不论男女"的办法，在《旧约》中有关以色列分田章节中也有记载②。起义后，太平天国规定的杀妖取城所得财物尽缴归天朝圣库，严禁私藏私带金银财宝，严禁好邪淫乱，违者斩首示众等严格军纪。这在圣经中也有根据。《约书亚记》第6、7 章记载：以色列入规定作战所得金银铜铁器皿都要归耶和华圣库，有人私藏金银衣服，结果被处死。《旧约·利未记》第20 章也有"好夫淫妇，都必治死"的记载。另外，拜上帝教经常举行的讲道理活动，也是由基督教传教士街头布道活动演变而来，被洪秀全定为制度，广泛运用于政治动员和思想教育。
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