是役也，筑高家堰堤60 余里，归仁集堤40 余里，柳浦湾堤东西70 余里，塞崔镇等决口130 余处，筑徐州、睢宁、邳州、宿迁、桃源、清河两岸遥堤56000 余丈，砀山、丰城大坝各一道，徐、邳、丰、砀缕堤140 余里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，淮安、扬州间堤坝无不修筑，费帑金56 万有奇。六十岁1580 年（明神宗万历八年庚辰）2 月，因河工告成，工部开叙效劳诸臣，朝廷降旨加总河潘季驯太子少保、工部尚书兼都查院左副都御史，荫一子入监读书。
4 月23 日，公60 岁生日，王世贞和世懋兄弟等为诗文寿之。
夏5 月，淮河雨涝，洪水直薄泗州城。御史徐用宾给事王道成等请敕河臣治之，公具疏以辩。公任总河，每被谗毁者，多以此故。
6 月，朝廷命凌云翼以兵部尚书兼都查院右副都御史，往同潘季驯经理未尽事宜。不久，改季驯为南京兵部尚书。季驯上疏辞谢，朝廷不准。张居正去信道明其中原委，以示安慰。
10 月，泗州乡官常三省等人联名上揭诬告潘季驯治河不当，威胁泗州及"祖陵"安全。公上《高堰请勘疏》，驳斥常三省等人的浮言。朝廷卒如公议，革常三省职为民，命公继续修筑高家堰石堤以终前功。六十一岁1581年（明神宗万历九年辛已）任南京兵部尚书，参赞机务。公致信王世贞兄弟述近况："弟白下之游，视昔劳逸顿除，而愁楚之怀，较胼胝时更切。酬恩未能，还家未得，优谗畏讥，日坐魔障中，无可为翁道者。"六十二岁1582年（明神宗万历十年王午）任官南京兵部尚书。南京悍卒久习公名，无哗者。
会京口告变，公不为动，人情恃公而安。
公之子潘大复中学。
6 月，内阁首辅张居正去世。万历七年潘季驯第三次治河成功，与张居正的支持有直接关系，"季驯之再起也，以张居正援。"张居正一死，他所导演的改革活动也就宣告中断。
冬12 月，张居正在内宫的得力助手太监冯保以罪谪奉御，被安置南京。
张居正在朝中的支持者也纷纷被动得罪去。"于是弹击居正者纷起矣。"六十三岁1583 年（明神宗万历十一年癸未）
正月，潘季驯改官为刑部尚书，加太子少保。公具疏辞免，上不许。
2 月，公入京陛见。他曾亲自记录了这次陛见的感受："不佞于此月12日入城，偶值廷试诸事。今方得觐天颜。入籍34 年，始见朝仪。窃以为荣矣。"召为刑部尚书后，仍不安现状，锐意改革，"公谓法例参错，吏得以意轻重。乃折衷划一，琐科条以请。遂著令颁行之。"随旨天寿山，上赐麒麟服。
10 月，上以漕河工完，赐公及凌云翼等，赏赍有差。公虽已身离河工，但心仍时时牵挂之。同年某月，他写信给吏部尚书，恳请尽快拔擢河官张誉。
他说："仆以此河相为命，故虽去任，而犹寝食此于河也。"六十四岁1584年（明神宗万历十二年甲申）仍官刑部尚书。
3 月，公倾其囊资为家乡人民设计兴建的潘公桥正式动工。桥长140 尺，宽20 尺，为五孔涵洞。共耗银2500 余两，历时五年后才建成。
5 月，已故首辅张居正家被抄，其家属尽被禁锢，其长子敬修亦自缢死。
事闻，申时行等与六卿大臣合疏请少缓之。刑部尚书潘季驯复持疏言："居正母年逾八旬，旦暮莫必其命。"语尤激楚。于是神宗诏留空宅一所，田10顷，瞻其母，而尽削居正官，夺玺书诏命，以罪状示天下。
先是，御吏李植、江东之辈与大臣申时行、杨巍相讦，季驯力右时行、杨巍，痛诋言者，言者文怒，遂劾季驯党庇居正，落职为民。
7 月17 日，神宗命黜刑部尚书潘季驯职为民，夺其诏命，从江西道御史李植劾也。从此，潘季驯在家闲居四年。
公罢官后，友人王世懋等纷纷来信慰问之，称："海内旁观人自有公论"，"我翁但静观终有天定之日。"为他抱不平。六十五岁1585 年（明神宗万历十三年乙酉）公家居。同年，御史蔡系周、李栋、董子行等纷纷上疏为季驯鸣不平。称："陛下欲雪枉，而刑部尚书之枉先不得雪"。"功臣被逐，外议不平，恳乞洞察，以昭公论，以快人心事。"上诏俱夺其俸。其后论荐者仍不已。六十六岁1586 年（明神宗万历十四年丙戌）公家居。其子潘大复登进士弟。六十七岁1587 年（明神宗万历十五年丁亥）公家居。其子潘大复出任溧阳县令。
同年，戚继光卒。海瑞卒。六十八岁1588 年（明神宗万历十六年戊子）
4 月庚午，工科给事中梅国楼举荐原任刑部尚书潘季驯堪总河之用。时季驯已镌职为民，而科臣谓其向在河上有筑浚功，会李栋、董子行、蔡系周、常居敬等亦先后荐之，故部复起潘季驯都察院右都御史总督河道兼理军务。
5 月11 日，明神宗敕谕，第四次任命潘季驯总理治河。自吴桂芳后，河漕皆总理，至是复设专官。
5 月16 日接到部咨，17 日接到首辅申时行的书牍，20 日即收拾行装，告别家人，昼夜兼程，赶赴上任。
6 月1 日抵淮安，次日便到任受事，并随即将高（邮）宝（应）柳湾请（江）浦及邳（县）徐（州）一带湖河诸堤，各处闸坝，逐一查阅。随后赴济宁总河衙门。
7 月，公巡视"两河"工程。在给申时行的信中写道："奔走弥月，南北2000 里间河堤闸坝，种种在目，兴废举坠，俱有条理。"9 月9 日.神宗皇帝驾幸大峪山临阅寿宫，并观永定浑河水情，问治黄情况。潘季驯闻讯后奏上《恭诵纶音疏》，力陈"治河之法，惟有慎守河堤，严防冲决。"10 月，奏上《申明修守事宜疏》，陈述"河工人事"：一久任部臣；一责成长令；一禁调官夫；一预定工料；一立法增筑；一加帮真土；一接筑旧堤；一添设堤官。上命依拟行。
10 月丙午，公请罢开复黄河故道、及凿支渠、合泌、卫诸议，一意修筑堤防。上报可，违者听总河参治。
12 月，公奏上《申明河南修守疏》，再次指出：河南黄河上流因非运道所经，往往忽视，以为无虞，而不知上源既决，运道未有不阻者。故修守之法，在河南尤属紧要。
同月，公上疏请求停寝皆家营支河工程。这是一项分洪工程。六十九岁1589 年（明神宗万庆十六年已丑）4 月，部分河工告竣。
6 月，黄水暴涨，汹涌异常，决开数处堤防，冲入夏镇运河，浸坏田庐，溺死居民，造成很大的损失。潘季驯闻讯马上赶赴灾区组织抗洪抢险。6 月18 日，闻夫人去世消息，不胜伤悼。但仍茹痛奔驰于治河工地。
7 月，泗州城护堤竣工。
10 月，黄河决口尽塞，河工告竣。工部叙治河各官，潘季驯等受到嘉奖不等。
11 月，潘季驯奏劾嘉兴府部运通判刘应台于济宁启闸，福建进表都司邢坦于汶上县启闸，走泄水利，搁浅粮船，乞并究治，以肃漕规。上允之。七十岁1590 年（明神宗万历十八年庚寅）
正月15 日，巡视邳睢间河工。
2 月，遵例请求致仕，上不允。
4 月23 日，公70 岁生日。诸名公来信祝贺之。
夏，黄河水大溢。洪水漫过徐州城堤，徐州城内积水者逾年。众议迁城改河，潘季驯则据理反对，并请开魁山支河以泄城中积水。
8 月16 日，因病发，回济宁调理。
9 月，泗州城堤工竣。
10 月11 日，公疾病再次发作，上疏请求退休养病，奉旨仍不准辞。
11 月10 日，再次上疏乞休，仍未获得批准。同月，公之密友王世贞卒。
12 月壬申，原任工部尚书朱衡治河有功，土人立祠。至是，都御史潘季驯请加修茸，改为敕建祠宇。上从之。
该年底，在潘季驯的亲自主持下，治河专著《河防一览》辑成。
该年内，共计筑成单口、幸安、双沟、马家浅、洋山、峰山请格堤。潘季驯认为，缕堤即不可恃，万一决缕而入横流，遇俗而止，可免泛滥；水退，本格之水仍复归槽，淤留地高，最为便益，永无分流夺河之患。实际上就是淤滩固堤之策。七十一岁1591 年（明神宗万历十九年辛卯）2 月，潘季驯再次上疏乞休，两经票拟，俱不批发。大学士申时行等以漕运将行，河防甚急，本官既已告病，恐循误事，为患匪轻，具题请旨。
3 月，潘季驯题称河防吃紧，伏秋为严，而臣三疏乞休，病已阽危。故请求着各司道河官画地分管，分段巡行。如有疏虞，照地参究。上从之，仍着潘季驯在任调治，用心经理督察。
闰3 月初3，涂州魁山支河竣工，这是一项排泄城市积水的工程。历时一月，费仅数百，却可省迁城改河之累。公上疏归功于司道诸官。
同月，大学士申时行寄书慰问。公亦致书大学士许国，述衰病之状，并论继任人选。
9 月，泗州水患异常。公暑、州治水淹三尺。其城内原有水关，后因淮水高于城壕，故筑塞水关以防淮水内灌，以至城内积水不泄，居民大部淹没。
10 月，潘季驯带病亲赴泗州勘视河工，赈济灾民，商量对策，主张移泗州于盱眙县，而反对掘开高家堰导淮人江。
11 月，上《河防未尽事直疏》，正式把淤滩固堤作为一个基本的治河方法提出来，主张"放水于平地内以图坚久"。认为沙随水入，地随沙高，庶消患而费可省。
12 月初9，公二品职九年考满，诏复原官，为太子少保，工部尚书，兼右都御史，阶资德大夫，勋正治上卿，予三代诰。潘季驯仍具疏乞休，凡四上。上难其代，固留之，不准辞。七十二岁1592 年（明神宗万历二十年壬辰）
正月，因上《议处泗州积水疏》与诸臣意见不合，上书大学士，自请罢黜。
南京河南道监寡御史聂应科弹劾潘季驯衰老无裨，疲驾负乘。潘季驯上疏辩护，并请求罢免自己的总河职务。工科都给事中杨其修也上疏认为潘季驯勋茂劳久，呕血骨立、被言请告，当允其归。
4 月，总督河道尚书潘季驯被罢归乡。将去，条上《并勘河情疏》，对自己治河的具体经验进行了全面阐述，重申："臣领河事凡四任矣，壮老于斯，朝暮于斯，耳闻目击，稽往验来。总之，水性不可拂，河防不可弛，地形不可强，治理不可凿。人欲弃旧以更新，而臣谓故道必不可失也；人欲分支以杀势，而臣谓浊流必不可分也。"潘季驯四任治河，前后27 年，习知地形水势，以借水冲沙，筑堤束水，为河漕兼利之策。下至木石桩埽，综理纤悉。以劳疾，累疏乞休，不允。至是，泗州大水，与抚按议浚治不合，得请归。而分黄导淮之议起矣。七十三岁1593 年（明神宗万历二十一年癸已）公家居，得风痹病，半身不遂。七十五岁1595 年（明神宗万历二十三年乙未）阴历四月十二日，潘季驯病逝于家，葬于三墩（在乌程县北二十五里）潘季驯别号印川居上。娶施氏，封夫人。
有四个儿子。长子潘大复，万历十四年进士，为溧水、东明二县令；次皆以文学世其家。
参考书目
传主本人著作
《潘司空奏疏》六卷［清］《四库全书》本
《两河经略》四卷［清］《四库全书》本
《河防一览》十四卷［清］《四库全书》本
《河防一览》十四卷民国二十五年水利珍本丛书
《总理河漕奏疏》（四任）十四卷北京图书馆善本室万历刻本
《宸断大工录》四卷《明经世文编》影印本
《留余堂尺牍》六卷北京图书馆善本室万历刻本
《督抚江西奏疏》四卷北京图书馆善本室万历刻本
《刑部奏疏》二卷北京图书馆善本室万历刻本
《两河管见》三卷《四库全书总目·存目》卷七五有录
《留余堂集》四卷《四库全书总目·存目》卷一七八有录
《潘司空奏疏》二十四卷《湖籍经籍考》中有录
《留余堂名公尺牍》八卷《湖籍经籍考》中有录
其他主要古籍书目
《明实录》中华书局影印本
《明通鉴》［清］夏燮编中华书局本
《明文海》［清］黄宗羲编中华书局影印本
《明会典》（影印本）万有书库本
《明经世文编》［明］陈子龙编中华书局影印本
《明儒学案》［清］黄宗羲著中华书局校点本
《续文献通考》［明］王沂编中华书局影印本
《明史》中华书局本
《明人传记资料索引》中华书局本
《四库全书总目》中华书局影印本
《史记·河渠书》［汉］司马迁著中华书局本
《汉书·沟洫志》［汉］班固奢中华书局本
《宋史·河渠志》中华书局本
《元史·河渠记》中华书局本
《清史稿·河渠志》中华书局本
《天工开物》［明］宋应星著中华书局标点本
《吴兴备志》［明］董斯张著《四库全书》（影印本）
《召对录》［明］申时行著《丛书集成初编》第三六九五册
《国朝献徵录》［明］焦竑著台湾学生书局影印本
《万历野获编》［明］沈德符著中华书局铅印本
《治水筌蹄》［明］万恭著水利电力出版社影印本
《张太岳集》［明］张居正奢中华书局影印本
《涌幢小品》［明］朱国桢著中华书局铅印本
《见闻杂记》［明］李乐著上海古籍出版社影印本
《弇山堂别集》［明］王世贞《四库全书》影印本
《弇州山人四部稿》［明］王世贞著《四库全书》影印本
《弇州山人续稿》［明］王世贞著《四库全书》影印本
《广东通志》［清］《四库全书》影印本
《江西通志》［清］《四库全书》影印本
《浙江通志》［清］《调四库全书》影印本
《湖州府志》［清］《四库全书》影印本
《乌程县志》
《行水全鉴》［清］傅泽洪编水利珍本丛书
《河渠纪闻》［清］康基田编中国水利工程学会影印本近现代主要著作
《潘季驯车谱》韩仲文编民国国立北平华北编译馆馆刊（1942 年）v.1NO.1-3
《中国河渠水利工程书目》茅乃文著民国二十五年铅印本
《李仪祉水利论著选集》李仪祉著水利电力出版社出版
《治河论丛》张含英著商务印书馆民国二十五年
《历代治河方略述要》张含英著商务印书馆出版
《明清治河概论》张含英著水利电力出版社出版
《黄河问题讨论集》沈怡著台湾商务印书馆1971 年版
《中国水利史纲要》姚汉源著水利电力出版社出版
《中日水利史稿》（上、中、下册）水利电力出版社出版
《梁方仲经济史论文集》梁方仲著中华书局本1989 年版
《中国历史上的基本经济区与水利事业的发展》冀朝鼎著中国社会科学出版社1981 年版
《明代江南市民经济试探》傅衣凌著上海人民出版社1957 年版
《明清社会经济形态的研究》上海人民出版社1957 年版
《明清社会经济史论稿》秦佩珩著中州古籍出版社1984 年版
《明代社会经济史料选编》谢国祯主编福建人民出版社1981 年版
《万历十五年》［美］黄仁宇著中华书局本1982 年版
《张居正大传》朱东润著湖北人民出版社1957 年版
《潘季驯》郭涛著水利电力出版社1985 年版
《戚继光》谢承仁著上海人民出版社1978 年版
《海瑞》蒋星煜著上海人民出版社1979 年版
《黄河变迁史》岑仲勉著人民出版社1957 年版
《黄系年表》沈怡编国民政府资源委员会印行1935 年版
《淮系年表》武同举编台湾文海出版社1971 年版
《黄河的治理与开发》黄委治黄研究组编上海教育出版社1984 年版
《黄河水利史述要》黄河水利委员会编水利电力出版社1984 年版
《中国历史纪年表》方诗铭编上海辞书出版社1982 年版
《明清进士题名碑录索引》上海古籍出版社1980 年版
《近世中西史日对照表》郑鹤声编中华书局本
《中国历史地图集》谭其骧主编中华地图学社1975 年版
《中国文化地理》陈正祥三联书店1983 年版
《中国地理学史》王成组商务印书馆1982 年版
《河流泥沙工程学》武汉水利电力学院泥沙工程教研室编水利电力出版社1981 年版
《科学逻辑》张巨青等著吉林人民出版社1984 年版
《科学研究论文集》水电部水电科学院编水利电力出版社1982 年及1985 年版
《中国运河变迁的基本特点》马正林著陕西师范大学学报1978 年第2 期
《河工史上的固堤放淤》姚汉源著水利学报1984 年第12 期
《中国近代水利史论文集》河海大学出版社1992 年版
《京杭运河治理与开发》邹宝山等著水利电力出版社1990 年版
