户、兵两部根据圣祖的指示，提出如下具体意见：
关于可喜把王爵让给长子尚之信承袭问题，就现有各藩王例，“子无移袭之例”，无须再议。《清圣祖实录》，卷41，20页。否决了可喜的要求。
关于如何撤藩的问题，吏、兵两部认为，经查可喜有十五佐领的兵员，可携带两佐领官兵家口迁居辽东。但尚之信统兵留镇，将使父子分离，况且藩下将士早年就与王共甘苦，如今因撤藩，造成他们两地离析，是不合适的，应全迁为便。兵部特别提出：平南王藩下有绿旗官兵共六千名，原驻广州府，今可喜父子迁移，这六千绿旗官兵应留在广州，命广东提督臣统辖，至于一切夫马舟船，等尚藩开列人口、马匹确切实数，在离广东之时，即遣官拨给。《平定三逆方略》，卷1，6页。参见《清圣祖实录》，卷42，2页。
圣祖批准实施。
尚可喜的本意，并非是全撤，他自己要携带部分家口和兵丁撤回关外故乡，而想把王爵传给长子尚之信，让他继续留镇广东。可喜厌恶他，不愿和他在一起生活。可喜有子32人（其中过继一子），之信为长，按封建继承法，又不能不让他承袭。所以，可喜自请回辽东，既可保留王爵传之子孙，而自己急流勇退，获晚年安宁。但朝廷以父亲健在无移爵的先例，予以拒绝。并以不忍其父子分离、藩下家口分离为由，下令全撤。可喜看得很明白，朝廷的意图是彻底撤藩，从根本上解除它的心腹之忧。既然这样，尚可喜自然无话可说。朝廷锐意全撤，虽非可喜本愿，事已至此，他只有俯首听命，服从朝廷的决定了。圣祖派遣钦差持诏书，于同年五月三日送到广州。可喜“拜命之后，即缮书称谢，遂陆续题报启程日期、家口马匹数目”《无功垂范》，卷下，34页。。着手准备迁移事宜。
由尚可喜撤藩引起的一场政治动乱已迫在眉睫。
三、弄假成真
圣祖批准尚可喜撤藩的决定，迅速向朝廷内外包括各省军政官员作了通报。吴三桂、耿精忠两藩得知这个消息，心中惶惶不安。他们根本就没有撤藩的思想准备，一次也不曾提过或表示有撤藩之意，如今朝廷同意尚可喜撤藩，实则也强烈地暗示他们，是考虑自己应否撤藩的时候了。朝廷的举动，又暗示他们，是自请撤好，还是等朝廷下令撤你们好，由你们做出选择。
在朝廷阁臣正讨论尚可喜撤藩时，吴应熊探得朝廷意图，迅速秘密派人驰往昆明，向三桂传话：“朝廷素来就怀疑王，尚藩、耿藩都已提出辞职疏奏（耿藩辞职，是指康熙十年春耿继茂以病辞职事。见《圣祖实录》，卷35，4页），而惟独王从没有提出辞职，朝廷对王的疑忌更深了。要赶快写奏疏，派遣使者送来，还来得及。”《广阳杂记》，卷4，179页。应熊要他父亲也效法尚、耿的做法，然后从中谋划，在“弥缝”中可以把自己留下来。
到这个时候，三桂还是无意撤藩。在这个问题上，他没有尚可喜那样明智、有远见卓识，还在力图保住自己的利禄名位，幻想世守云南。他也明知，朝廷对他不放心，这使他的思想陷入深深的矛盾之中，而尚可喜自请撤藩，又把他置于进退维谷的境地。撤吧，实非本愿；不撤吧，朝廷对自己的疑忌如此之深，如何是好？他徘徊不定，顾虑重重。倘走错一步，会导致无法预料的后果。他召来一班亲信，反复商酌，意见不尽一致。有一部分人主张，不妨先提出申请，看朝廷到底是什么态度再说。最后，他觉得这个主意可取，跟儿子的建议基本一致，决定提出撤藩的申请。
于是，三桂命幕僚刘玄初起草辞职疏。玄初是四川人，原先在蜀王刘文秀府中，充任幕客，颇善谋划。刘文秀失败，三桂将他收留，放在自己身边，不时顾问咨询，很得信任。三桂让他写奏疏，他却持与众不同的看法。他对三桂说：“皇上很久就想把王调离云南，但特难开口。王上疏，一定会朝上而夕调。尚、耿两王愿辞就让他们辞去，王可永镇云南，为什么非要效法他们呢？王不可上疏！”《平滇始末》，1页。
三桂一听此言，大伤他的尊严和自信心，很恼怒，气冲冲地说：“我马上就上疏，皇上一定不敢调我。我上疏，是消释朝廷对我的怀疑。”《广阳杂记》，卷1，179页。
康熙十二年七月三日，三桂给圣祖上了一道自请撤藩的奏疏，他写道：
臣驻镇滇省，臣下官兵家口于康熙元年迁移（指从汉中迁云南），至康熙三年迁完。虽家口到滇九载，而臣身在疆已十六年，念臣世受天恩，捐糜难报，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩！今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。《清圣祖实录》，卷42，19页。
比三桂的奏疏稍晚几天，七月九日，靖南王耿精忠也给朝廷写了一份撤藩的奏疏：
巨袭爵二载，心恋帝阙（他入侍北京多年，故有此说），祇以海氛叵测，未敢遽意罢兵。近见平南王尚可喜乞归一疏，已奉谕旨。伏念臣部下官兵，南征二十余年，仰恳皇仁，撤回安插。《清圣祖实录》，卷42，21~22页。
耿精忠撤藩，也是被迫的。他为消除朝廷疑虑，不得已表示了撤藩的态度。这从吴、耿的辞职疏中已看出，他们原不曾想到撤藩的问题。一个说，要报答世受“天恩”，只想竭尽心力镇守疆，不敢贸然请求“息肩”引退；一个说，东南沿海形势捉摸不定，不敢猝然罢兵而闲居。这些说法，是在向朝廷解释自己为什么没有先提出撤藩，都是为国为民而把个人利害置之度外。吴、耿都说，他们是在见到尚可喜撤藩的奏疏后，才敢提出撤藩的。圣祖和廷臣一看就明白，吴、耿撤藩不是出于自觉自愿，是被形势逼到这个地步的。
圣祖决意撤藩，而尚、吴、耿先后自请要撤，是他求之不得之事。他认为，撤藩由他们先提出来，总比朝廷先提为好。这样，朝廷可以光明正大地表态，问题就会顺利解决。所以，当廷臣分别送上三桂与精忠撤藩的报告时，他毫不迟疑地作了批示。他在三桂的报告上写了如下一段话：
王自归诚以来，克殚忠荩，戮力行间，功绩懋著，镇守疆，宣劳岁久。览奏，请撤安插，恭谨可嘉。今云南已经底定，王下官兵家口，作何搬迁安插，著议政王大臣等，会同户、兵二部，确议具奏。《清圣祖实录》，卷42，19页。
圣祖给精忠的批复是：
王祖父以来，世弹忠荩，戮力行间，功绩懋著，及王封镇守，劳著疆。览奏，请撤安插，恭谨可嘉。今福建已经底定，王下官兵家口作何搬移安插。著议政王大臣等，会同户、兵二部，确议具奏。《清圣祖实录》，卷42，22页。
圣祖做出了原则性的决定，批准吴、耿同撤。剩下具体问题，如何搬迁，安插何地等，交由议政王大臣同户部、兵部共同讨论落实。很快，他们就耿精忠搬迁的问题达成了一致意见：既然靖南王自请撤离福建，应将他本人并下属十五佐领官兵均行迁移。圣祖同意。《清圣祖实录》，卷42，26页。
但是，在讨论吴三桂撤藩时，出现了两种根本不同的意见：户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人主撤，兵部尚书明珠赞成。《清史稿·明珠传》，卷269，9992页。他们认为，应将吴三桂本人和所属官兵家口全部迁移，在山海关外“酌量安插”。云南方面，土司“苗蛮”等族杂处，不得稍微忽视防御，在三桂迁移时，应暂派满洲八旗兵戍守，等戍守官兵到云南时，该藩启程。满洲八旗兵如何派拨，四营绿旗兵如何归并，该藩沿途须用钱粮及人夫等项，应由户部详议。《清圣祖实录》，卷43，2页。多数廷臣持相反意见，其中内弘文院大学士图海、索额图等，主张最力。他们说，吴三桂镇守云南以来，地方安定，总无“乱萌”，现在如将他迁移，不得不遣兵镇守。兵丁往返，加上平西王及属下迁移，沿途地方百姓驿站兵丁苦累，而且戍守云南之兵，都要暂时派遣，骚扰地方，亦未可定。应令吴三桂继续镇守云南。《清圣祖实录》，卷43，2~3页。
圣祖为慎重起见，又指令议政王大臣会同户兵两部及九卿科道诸臣再进行讨论，希望取得一致意见再上奏。会议结果，还是两种意见对立，未能取得一致看法，只好上奏圣祖，请他裁决。《庭闻录》，卷4，14页。在这种情况下，圣祖独断，正式做出撤吴藩的决定：
吴三桂请撤安插，所奏情词恳切，著王率领所属官兵家口，俱行搬移前来。其满洲官兵，不必遣发。如有用满兵之处，该藩于起行时，另行奏请，然后遣发，俟官兵到后，王来亦不至迟误。余依议。《清圣祖实录》，卷43，3页。
根据圣祖的决定，兵部建议：三桂所属绿旗援剿左右前后四镇官兵共一万二千人应留下，分驻武定、曲靖、楚雄等地，令总督提督统辖。《平定三逆方略》，卷1，9~10页。圣祖同意。撤吴藩的大事就这样最后确定下来。
在撤藩这个问题上，尽管圣祖做出了全撤的决定，然而，事实上，却存在着严重的分歧。事情绝非如圣祖想的那么简单，以为一道圣旨就可以解决问题。面对三藩同时要求撤藩，圣祖和阁臣们也明知他们中有自愿有被迫的复杂情况，应当慎重地估量当时的客观形势和撤藩可能产生的后果，多设想几种方案以供选择，防患于未然，是完全必要的。归纳起来，可有五种方案选择：
其一，恪守清太宗以来，世祖、多尔衮和圣祖继位后多次许下的诺言，如“世世子孙，长享福贵，如山河之永也”。三藩“大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟”。“王其巩固封疆，殚抒筹策……功名永重山河。”《八旗通志·耿继茂传》（初集），卷175，4283页。要三藩镇守南疆，“屏藩王室”。这就是说，永不撤藩，子子孙孙世袭王爵，与清朝相始终。这些诺言和盟誓，都写入赐封的金册之中。这在实际中是很难办到的。因为事物的发展变化并不依人们的愿望为转移，当诺言与实际利益相冲突时，信誓旦旦的诺言，写进金册里的盟约，都会被撕得粉碎！
其二，将吴、耿、尚三王调到北京，以觐见为名，叙君臣之乐，借机把兵权收回。此法颇类“杯酒释兵权”。宋朝开国皇帝太祖赵匡胤，有鉴于前代（唐）藩镇之祸，采取释其兵权之法，于宴会上将握重兵的将帅之兵权收归己有，和平地解决了问题，逐除前代之祸，君臣相安无事。此即“杯酒释兵权”，成为千古美谈。诚然，历史不能照搬，但它所提供的历史经验足以作为借鉴；
其三，区别对待，分期撤藩，以分其势，逐个解决，如兵法上说的，各个击破；
其四，三藩同撤，一次性解决；
其五，不急于撤藩，即使尚可喜主动要求，亦可缓机图之，例如，等待尚可喜、吴三桂及其属下老一辈去世，留至第二代掌权时，可趁他们年轻，威望不重，再解决也不迟。
解决问题的途径是多种多样的，各有其可行性。圣祖采取了第四方案，即三藩同撤，一次性解决。而多数阁臣主张区别对待，即第三方案，分期撤藩。比较而言，实行这一方案较为得策。因为尚可喜主动提出撤藩，确是出于诚意，吴、耿要求撤藩实非己愿。针对这种情况，需要冷静、慎重地制定一项稳妥的政策。圣祖急于撤藩，欲毕其功于一役，根本没考虑到吴、耿在被迫的情况下撤藩将会产生什么后果，而大多数廷臣对撤吴藩已表示出顾虑重重。他们为什么坚持不同意撤吴藩？正如他们已向圣祖所表示的见解，他们考虑到云南虽然平定，但那里的情况复杂，潜伏着一定危险，如吴藩一撤，局势不稳，担心会出现反复。要说三桂图谋不轨，还没有抓到谋反的证据，朝廷无法说出口，以他对清朝的特殊功绩，贸然撤藩，未必令人心服。三桂早已交通朝中诸臣，关系密切，他们是同情他的。在他们心中还有一层隐忧：“三桂专制滇中十有四年，位尊权重”《庭闻录》，卷4，12页。，处理不当，后果不堪设想。
不管人们出于何种动机，提出吴藩留镇的意见是值得重视的。第一，它把吴藩同耿、尚相区别，分期撤藩，有利大局稳定。从三藩的情况看，尚、耿本身力量不足，威望都在三桂之下，可喜降清早，与朝廷的关系密切，一向恭谨，忠心耿耿。而耿精忠已属耿藩的第三代，他本人是皇室的额驸，年轻功少，没有号召力，即使他被迫撤藩，他也没有胆量敢首先发难。因此，先撤尚、耿二藩，不大可能引起骚动。第二，三藩中最主要的危险是吴三桂，他的实力、威望与权势并重，他的动向具有举足轻重的影响，要设法稳住他，使他不敢轻举妄动。第三，撤去尚、耿两藩，等于剪去吴藩羽翼，并及时向福建、广东速派满洲八旗精锐镇守，吴氏便被孤立，即使他发动叛乱，亦失两藩之助，平叛也易。恰恰在这个命运攸关的重要问题上，圣祖没有认真对待大多数人的意见，坚持说：“吴、尚等蓄彼凶谋已久，今若不早除之，使其养疤成患，何以善后？况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之可也。”昭梿：《啸亭杂录》，“论三逆”，卷1，3页；参见《清史稿·明珠传》，卷269，9992页。他不加区分地把吴、尚（当然也包括耿）都看成是敌人，都施之以“先发制人”，未免失于鲁莽。例如，说尚可喜也蓄“凶谋”，是毫无根据的。后来，当叛乱发生，尚可喜至死未叛，矢志忠于朝廷，这对圣祖的不实之词是一个有力的反驳。再说吴三桂，说他早有异志，也缺乏充分的根据。圣祖同阁臣们的秘密谈话，表明一个有见识的满族统治者对拥有实力的汉族异姓王的畏惧心理，已到了惶惶不安的程度！他用“撤亦反，不撤亦反”的三藩“必反论”来吓唬反对撤藩的廷臣，并为自己的撤藩主张制造根据。因此，他终于采取了三藩同撤的政策。
吴三桂估计朝廷一定会挽留他，同尚、耿两藩有所区别。这个估计没有大错，因为事实上正如三桂所预料的那样，多数廷臣是不同意撤吴藩的，他们的意见能够左右圣祖，不致做出违背他的愿望的事。但是，他却低估了年轻的圣祖判断问题的能力、不受任何人摆布的自行其是的特殊性格。他以假意求撤，而圣祖真撤，结果弄假成真，木已成舟，已经无法挽回！
四、撤藩逼反
圣祖批准撤藩的命令，传到了云南，吴三桂顿时愕然，不知所措。他热切期待朝廷命他世守云南的希望，转瞬之间，已化为泡影！他只觉得当头一棒，昏昏然；又仿佛被浇了一盆冷水，精神沮丧，真是一落千丈！早知如此，何必自请撤藩，弄巧成拙？后悔何及！君命是无法抗违的，他必须接受这一事实。他同家属和官兵全部撤离云南，重新回到他锦绣前程和人生的起点——山海关外的锦州，到了那里，他将失去一切权利，除了保留平西王爵位，不再参与国家政务，无所事事，只能掌管自己的庄田，安闲度日，从此，他将由一个权势显赫的王爷，威震一方的大将军，变成一个无权无威的“富家翁”。他感到自己被抛弃了，好像置身于荒漠无际、人迹难至的空旷之区，孤独、寂寞将伴随着他了此残生。他眼巴巴地看着自己从权势的顶峰上跌落下来，而他用鲜血和无数将士的生命换来的荣华富贵，苦心经营的宫阙，还有那云贵的广大土地，都将轻而易举地被朝廷一手拿去。一种无限的失落感，使他惆怅难抑，渐渐地，又转为悔恨交加，一股脑儿地袭上了心头！他该怎么办？抗拒吗？要落得个叛逆的罪名，他不愿意轻易自毁数十年血战挣得的荣誉；服从吗？他将失去已得的一切，他苦心为子孙准备的一切，也将化为乌有，他还有什么呢？只剩下一个空头王爷的头衔！他想得很多很多，可是，他又感到自己无力去改变即将成为事实的现实。他意识到自己面临着他一生中又一次重大选择。正像三十年前他在山海关上，面对李自成农民军与清军，做出命运攸关的选择一样，而此次选择，远比那一次更复杂更困难！话又说回来，如果他很乐意引退，如果他在名利场上已感厌倦，情愿“息肩”，退居水边林下，纵情于大自然的乐趣之中，那么，他就会接受和执行圣祖的撤藩决定，这一切问题自然都不会产生，烦恼也无从而来，历史就会朝着和谐、“善”的方面发展。然而，强烈的权势欲驱使他无法安静下来，他不能忍受寂寞，不甘心失去已得到的东西。最使他思想受到震动的是，他感到清朝欺骗了他，撕毁了所有的承诺，把已给他的东西一股脑儿都收了回去，这怎能使他心甘情愿！一种自卫的本能不时地鼓励他抗拒朝廷背信弃义的撤藩决定。可是，他怎样才能自卫，保住自己的既得利益呢？在撤与不撤之间，他徘徊不定，犹豫不决；在他与朝廷之间的这杆历史的天平上，失去了平衡，激烈地摇摆起来，他力图控制住自己，却不时地出现失控。他无可奈何……
且不说撤藩引起吴三桂如何震惊，陷入深深的痛苦之中，就说他的属下，当撤藩令一下到云南，同样深深地撞击着三桂集团中每个人的心。他们起初是震惊，继而“愤愤不平”，不禁同声愤慨：“王功高，今又夺滇！”《庭闻录》，卷4，14页。他们在为三桂鸣不平，同时，也为他们个人将失去已得到的和将要得到的权益痛心疾首。他们跟随三桂多年，早把自己的命运同三桂的利益紧紧地联系在一起，所谓一荣皆荣，一损皆损。这批人，都与三桂有着血缘的或虽非血缘、彼此却有着特殊的利害关系，构成了以吴三桂为核心的政治军事集团。其主要成员有：
吴三枚，三桂的从弟，在昆明城，很有势力，“探凡胠箧之徒”，都投靠在他的门下。
吴应期，三桂的侄儿，骁勇善战，官至都统，是三桂的得力战将。
三桂有四个女婿：胡国柱、夏相国、郭壮图、卫朴。他们颇具才干，或文，或武，或文武兼备。如胡国柱，字擎天（一说汝弼），号怡斋，善诗文，有大志，顺治甲午年（1654年）中举。《庭闻录》，卷6，5页。参见《滇粹》，“旅滇闻见随笔”。
吴国贵，三桂的大将，早在关外时，便追随三桂，军功颇多，官至都统，治军严，敢争战，很受三桂重用。
方光琛，字献廷，原明礼部尚书方一藻之子。此人善谋略。
刘茂遐，字玄初，是三桂的重要谋士。
马宝，字城璧，山西人，为人反复无常，号“两张皮”，狡黠善战，以勇著称。
在吴氏集团中，除了上述所提到的三桂弟侄，还有三桂的一批子弟，这些人都不见经传，但都在吴氏集团中占有一定地位，形成一股势力。在外省，也有三桂的心腹，如固原提督王辅臣等，也应包括在这个集团之内。
这批人中，除了个别的岁数稍大，绝大部分都在二十至四十岁之间，他们雄心勃勃，都希图借助三桂的权势飞黄腾达。三桂也凭借自己的地位和权力给予他们特殊的利益，个个华屋美食，享受着种种特权。如果撤藩，回到关外，不过经营田庄罢了，他们中很多人的仕途即告终止。失去政治上的靠山和特权，其子孙的发展将受到限制和阻碍。值得注意的是，这个集团的某些人还抱有复明反清之志。如胡国柱“时以恢复宗国（指明）相磨砺”，阴结马宝，张国柱、李本琛、复国相、方光琛，互为羽翼，从思想上逐渐向三桂渗透，影响他，以备有朝一日起兵。《旅滇闻见录》，见《滇粹》。而圣祖撤藩，触犯了他们的根本利益，激发了他们反清的思想，他们不会心甘情愿地接受朝廷对自己的剥夺。
圣祖撤藩也使吴藩属下的广大基层吏民感到不安，多抱抵触情绪。据吴三桂报，他属下家口多达数万人。如按地域分，主要由三部分人构成；一是辽东人，他们是跟随吴三桂降清的原班人马，经三十年的转战流徙，病死、战死、伤残，或间有逃亡，已损耗甚众，即使健在的，也已年迈。当初离辽东时，他们中有些还是几岁或十几岁的孩子，现在已长大成人，辽东在他们的心目中，只留下故土的模糊概念，他们已适应了南方的生活。所以，真正怀念故土的为数不多。二是黄河以北的人，如山西、陕西、河南、河北等省，当年都曾是三桂战斗过或驻防过的地方，曾收编了大批农民军余部，这些人对辽东没有故土之念，要他们迁到山海关外，他们不抱热情。三是四川、云贵等省的人，他们或是张献忠的余部，或是南明统治下的土著人，他们对辽远而寒冷的辽东抱有畏惧心理。在他们的心目中，辽东曾是发遣罪犯的地方，如今要把他们迁到那里，简直被看成是被贬谪戍！这部分人最不愿到辽东。
从康熙元年，三桂藩下家口开始迁往昆明和云南边镇要塞，三年迁完，都已在云南生活了九至十二年，房产、地产无不丰饶，家道正隆，而战争已结束，开始过上安定舒适的生活。他们以为，能跟吴三桂永镇云南，并把它作为自己的安身立命之所，对搬迁辽东毫无思想准备。他们长期转战，四处为家，热切生活安定下来，不希望再东搬西迁。他们从切身的经历中，已体验到每搬迁一次，都使刚刚建立起来的家园受到一次破坏，遭到损失。他们在云南所置家产要比他们以往住过的任何地方都丰饶，因而损失也更大。所谓人心“安土重迁”，他们对搬迁早已感到厌倦，可以设想，圣祖的撤藩怎能得到他们的拥护呢！在他们看来，撤藩不是皇恩浩荡，恰是降临一场灾难！“藩下数十万家口无不愁苦”孙旭：《平吴录》，5页。，虽系夸大的流言，在一定程度上也反映了三桂所属将吏家口的普遍心理。他们“愁苦”，思想深处不无怨恨的情绪，这也都在情理之中。
撤藩令，如一道冲击波，袭击着吴三桂和他的数万将士及家属的心，激起了一阵阵思想动荡……
当云南正为撤藩的事惶惑不安时，北京城中，清统治集团也为加速撤藩而忙碌着。康熙十二年，从八月九日到十八日，圣祖连连向兵部、吏部、户部发出撤藩的具体指令。他指示兵部：
兹因地方底定，平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠，各具疏请撤安插，已允所请，令其搬移前来。地方应行事务，及兵马机宜，必筹划周详，乃为善后之策。应各遣大臣一员，前往会同该藩，及总督、巡抚、提督商榷，作何布置官兵防守地方，并照管该藩等起行。应差官员职名，开列具奏。《清圣祖实录》，卷43，3~4页。
指示吏部：
云南地属远疆，今该藩官兵既撤，控制需人，应专设云南总督一员，添设提督一员，责成专管料理，尔部速议。《清圣祖实录》，卷43，5~6页。
在指示吏部的同一天，圣祖向户部下达新指示：
平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠等请撤安插，已允搬移。该藩及各官兵家口安插地方，所需房屋田地等项，应予为料理，务令（三藩）到日，即有宁居，以副朕体卹迁移至意。《清圣祖实录》，卷43，6页。
圣祖给吏、兵、户部指示内容，主要有三点。第一，由兵部派遣大臣各一员，分别去云南、福建、广东，他们的主要任务是，会同该藩与本省总督、巡抚、提督协商，在各藩撤走后，如何重新布置兵力，防御地方；同时，照管该藩动身启程事宜。所派大臣名单上报，由圣祖亲批。第二，吴藩撤走，要专设云南总督一员，增设提督一员，由吏部推选。第三，指定户部在三藩新迁到的地方，安排所需住宅、田地，使三藩官兵迁来之日，即有住处，生活不致发生困难，务使他们感到朝廷的关怀和体贴。
待诸事部署完毕，八月十五日，圣祖迅即选派礼部右侍郎折尔肯、翰林院学士兼礼部侍郎傅达礼为钦差，专程前往云南；派户部尚书梁清标往广东、吏部右侍郎陈一炳往福建，经办各藩撤兵启程事宜。《平定三逆方略》，卷1，12页。圣祖特别重视吴藩，于八月二十四日，折尔肯等赴云南前，特赐给他们自己所佩刀各一口，良马各两匹，以重事权。圣祖亲笔给三桂写下一道手诏，也交给他们携带，向三桂宣布。手诏写道：
自古帝王平定天下，式赖师武臣力；及海宇宁谧，必振旅班师，休息士卒，俾封疆重臣，优游颐养，赏延奕世，宠固海山，甚盛典也。王夙笃忠贞，克摅猷略，宣劳戮力，镇守疆，释朕南顾之忧，厥功懋焉。但念王年齿已高，师徒暴露，久驻遐荒，眷怀良切。近以地方底定，故允王所请，搬移安插。兹特遣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼前往宣谕朕意，王其率所属官兵趣装北来，慰朕眷注，庶几旦夕觏止，君臣偕乐，永保无疆之休。至一应安插事宜，已敕所司饬庀周详，王到日，即有宁宇，无以为念。钦哉！《清圣祖实录》，卷43，6~7页。
圣祖在这份亲笔手诏中，高度评价三桂的劳绩，温语有加，关怀周详，丝毫看不出朝廷对他的怀疑。但他明确暗示，一经撤藩，可使君臣两相无猜，三桂得保荣誉，延及子孙，与朝廷共享太平之福。圣祖对三桂迁居后的生活做了保证，一切安排都务使他满意。圣祖的这番话，着重解释了朝廷撤藩的意图和政策，充满了对三桂的热情，目的是安抚他，消除他的疑虑，以期撤藩不致发生麻烦，得以顺利进行。圣祖自以为这是一项很好的解决办法，三桂会欣然同意的。可借，三桂和他的将士、乃至家属所想的，跟朝廷的意图距离太远，这就使撤藩伊始，就陷入了两种不同的利益难以统一的矛盾之中！
折尔肯一行还没动身赴云南，圣祖紧急指令户部侍郎达都前往陪都盛京（沈阳），会同盛京户部侍郎，奉天府尹察看划拨给三桂的土地、住宅是否合适。他指出，凡贫民劳苦开荒的土地和他们的房屋，不得察看和占用。再有当地驻守官兵分内的土地与房屋，也不许察看。除此以外，有开垦田地、皇庄、马场、王与大臣、侍卫等人的庄田房屋，以及空闲之地，务要尽行查看，如这些庄田、房屋数不足，可就近酌量查看。他提示，山海关九门边墙外，也不必考虑。如还不够安排，可在别处边墙外，酌量查看，将所查结果，向他报告。《清圣祖实录》，卷43，9页。
总计三藩撤离人口不下六七万，所需土地和住房的数量是相当庞大的。把他们都迁到辽东，如何安排好，也不是件容易事。圣祖还是想尽力把他们都安置适宜，使之各得其所，安居乐业。他感到也算尽了心了。
派出折尔肯一行前往云南后，圣祖再派户部郎中席兰泰、兵部郎中党务礼、户部员外郎萨穆哈、兵部主事辛珠往贵州，负责办理吴藩搬迁时所需夫役、船只和人马、粮草。圣祖告诫他们，不得骚扰地方驿站夫役，要慎重从事，吴藩人马行经水路，要代为备办船只，不可迟误。《清圣祖实录》，卷43，11~12页。
折尔肯等钦差出发后，圣祖很快确定了云贵督抚提督人选。九月一日，调宁夏总兵官桑额出任云南提督。四日，下令调陕西总督鄂善为云南总督。《清圣祖实录》，卷43，11页载：“调陕西提督桑峨为云南提督”；《平定三逆方略》，卷1，13页载：“宁夏总兵官桑额提督云南军务”。两书所记，略有不同。今从《实录》。此为善后之策，弥补吴藩撤后的空缺，避免造成已稳定的局势重新动荡。后因三桂起兵，鄂善与桑额均未到任。另外，圣祖特批三藩官兵启程前，每人预发六个月俸饷，以示关怀。《平定三逆方略》，卷1，16页。
圣祖对三藩同撤问题，已作了方方面面的指示，考虑得颇周密，措施也无不当。各部衙门和有关官员都奉明旨积极照办。可是，圣祖和廷臣们却没料到三桂和他的谋士正加紧策划起兵抗拒撤藩……
圣祖撤藩，触动并损害了三藩的根本利益，其中，三桂受到损害最大，圣祖为维护国家利益，保持爱新觉罗氏的一统天下，不能不牺牲三藩的利益而在所不惜。三桂的利益受到触动，他是很不甘心的。他的属下抵触情绪是很大的。所以，撤藩令一下，“全藩震动”，人心沸扬，《四王合传·吴三桂传》。三桂“反谋益急”。开始，三桂对朝廷抱有不满的情绪，顾影自怜，自感年迈，无所作为，还没有决心起兵抗拒。但他周围的一群核心人物，无论如何也不能心甘情愿地俯首听命，而且撤藩触发了民族感情，本来已渐泯没的反满思想由此而死灰复燃了。他们感到满族统治者不可信，撤藩是对汉族士大夫阶层的一次打击。一种民族的压抑感，自然地勾起人们对故明的怀恋，对清朝厌恶甚至痛恨，因而对撤藩问题持强硬立场。三桂的侄儿、女婿纷纷向他进言：“王威望，兵势举世第一，戎衣一举，天下震动！只要把世子（指吴应熊）世孙（指吴世霖）想法从北京弄回来，可与清朝划地讲和。这就是汉高祖（刘邦）‘分羹之计’也。如果就迁于辽东，他日朝廷吹毛求疵，我们只能引颈受戮！不如举兵，父子可保全！”《平滇始末》，1页。
三桂闻听此言，心中疑惑不决。他反复权衡利害，想不出万全之策。既要做忠臣，又要保住在云南的权势，已属不可能。如果撤到辽东，失去兵权，真像他的侄、婿说的那样，有朝一日，朝廷会以任何借口把他斩草除根，那时手无缚鸡之力，岂不是白白送死！他一想到这里，不由得全身不寒而栗！他发觉自己的思想正向与朝廷武力对抗的可怕道路上急速滑去。他感到除了走这条路，再无他路可走。
这时，还有一事使他不能立即下决心，这就是他的长子吴应熊和长孙吴世霖尚在北京，掌握在朝廷手中。他如起兵，他们将有杀身之祸，吴氏岂不是断了根！三桂的夫人张氏为此劝阻他不要谋反。三桂不由得老泪纵横，向胡国柱哭诉说：“只恨应熊还在北京，怎么办？”胡国柱建议，秘派人至京，把长子与长孙一并搬取来云南。三桂说，等他们回到云南后再议。
三桂派心腹李恕、张镳赴京召还吴应熊。关于派人回京召应熊事，《平吴录》说派去的人叫鲁虾，《庭闻录》则说李恕、张镳二人，今从之。
吴应熊的志趣和想法正好与父亲相反，他想“终守臣节，保全禄位”，反对父亲起兵。平时，他曾不止一次地规劝父亲谨守臣节，不可妄为，以免引起朝廷疑忌。康熙十一年，三桂六十寿辰，有一个姓黄的赴昆明祝寿。应熊怕他游说父亲蓄逆谋，特派人前去阻拦。行至镇远，遇到了他，告诉他不要去昆明。三桂闻听此事，也不让他来，这位姓黄的只好回去了。显见三桂还是听信儿子的劝告的。但事到如今，他不能再听从儿子的话了。应熊知道父亲下决心以武力抗拒撤藩，已无可挽回，自己是否去云南，徘徊不定。他舍不得丢掉禄位，不忍心背着妻子去云南，只是天天暗暗哭泣。李恕与张镳见应熊无意南下，时间紧迫，不允许他久等下去，便密带了应熊的庶子吴世璠匆匆奔回云南。据《平滇始末》记：吴世璠是被“设谋隐匿，顾乳媪窃载至滇”。
吴世璠安然回到昆明，三桂稍得安慰，开始考虑起兵。他估量了全国的形势，对比了双方力量，以为自己的才武天下无二，他所据有的云南，“地险财富”，他的亲军和各镇的将卒都是“百战之锐”，一向得到他们的拼死搏战，在外省还有他培植的党羽，如起兵，他们会“无不从命”。自开国以来，三十年间，朝中诸宿将多半去世，健在的人为数很少，没有一个敢和他相匹敌的，而且圣祖还是一个乳臭未干的少年，不足担当大事。客观条件对他有利，他自感胸有成算。《庭闻录》，卷4，14页。三桂的侄、婿建议他再跟老谋深算的方光琛筹划。平时，三桂待他甚厚，每有余暇，他们就在一起校射、评论世务，很是融洽。三桂第一次找他时，没有明说起兵；第二次谈话，才说出自己的意见。方仍然沉静地没露自己的看法。至第三次，天刚亮，方还没起床，三桂又登门征求大计。方见三桂反意已决，这才起来，慷慨陈述，指出福建、广东、湖北、河北、山西、四川等省，可传檄而定，其余战胜攻取，易如反掌！三桂细听他对形势的分析，顿时兴奋异常，欢欣鼓舞，密任命他为学士中书给事，将他安排在自己跟前，赞划大计。《平滇始末》，2页。三桂决计起兵。
九月七日，折尔肯一行抵达昆明东的归化寺。庄民们请命，要求留三桂于云南。折尔肯大怒：“吴王自请移家，你们谁敢说保留！”他命有司逮捕为首的人。《庭闻录》，卷4，15页。这些庄民是否受三桂指使，给朝廷施加压力，不得而知。但他们的请愿，至少说，是符合三桂的愿望的。三桂恐藩下将士思想准备不足，不敢仓促行事，不得不容忍钦差大臣发号施令。于是，他明面上恭恭敬敬地拜受朝廷的撤藩诏令，但暗中加紧策划。
吴三桂跟夏国相、胡国柱、吴应期等曾设计两种起兵的方案。一是在云南就地起事；一是在搬迁途中，“至中原，据腹心，以制指臂，长驱北向，可以逞志”《四王合传·吴三桂传》。。前一方案，以云南为根本，可进，可守；不足的是，从云南往北进攻，至北京，尚待时日，肯定要经历一个漫长的艰苦作战，才能达到目的。如北方起兵响应，可补其不足。后一个方案，行至中原起兵，占据腹心，一举可至北京，较易成功。但将云南交出，失去根本，倘事有不测，进退失据，将陷入危险境地。还有，家属随带，途中不易安置，一经起兵，就要打仗，家属就成为很大的负担。比较之下，以前一方案较为稳妥。《四王合传》载，三桂率部北迁，行数日后，始举兵叛清。考《庭闻录》、《平滇始末》、《平吴录》及清官方史书，如《清圣祖实录》等书，皆记其起兵是在云南，即未出昆明，较为准确。事实上，欲行至中途起兵，实为三桂之一策，但没能实行。
大计已定，三桂的主要将领已得到等待起兵的命令，还要激励下属将士与他同叛。一天，他设大宴，大会诸将。酒过三巡，三桂起身讲话，先叹了一口气，说：“老夫与诸君共事垂三十年，今四海升平，我辈已无所用了。我们将远行，不知圣意如何打算，今天与各位尽欢，叙故旧之情，不知异日能否再相见？……”说到这里，三桂说不下去了，却引动诸将的感情突变，都忍不住哭了起来，顷刻宴会上弥漫着一种悲凉的气氛。三桂的话，引起了诸将的共鸣，他们感到自己的命运同三桂已紧紧联系在一起了，表示一切惟三桂之命是从！
折尔肯、傅达礼到云南后，同三桂商量全藩启程日期。三桂有意拖延，不做撤藩的准备事宜。折尔肯已几次催促行期，他仍不谈搬迁日期，以各种借口敷衍，以便选择时机动手。十一月四日，他给朝廷写了一份很恭顺的奏疏：“臣部下官兵家口，三十年来，蒙恩豢养，生齿日众，恳将赐拨安插地方，较世祖章皇帝时所拨关外至锦州一带区处更加增廓。庶臣部下官兵均霑浩荡之恩矣。”圣祖对他提出增拨土地。立即批示满足其要求：“王所属官兵家口，迁移远来，自应安插得所，俾有宁居以副朕怀，此所请增赏地方，著速议具奏。”《清圣祖实录》，卷44，2页。圣祖的目的，是为了顺利撤藩，凡三桂和其他两藩的要求，都在最大可能的范围内予以满足。三桂偏偏在此时又提出增拨土地的要求，是在放烟幕，迷惑朝廷，稳住来使，放松对他的注意和警惕，要在他们毫无准备的情况下，给以突然的一击！
三桂给圣祖上奏疏后，假意向折尔肯、傅达礼表示，预定十一月二十四日全藩启程北迁。云南知府高显辰马上去交水，为夫役马匹预备途中粮草。暗中，三桂加速起兵的准备。高显辰走后，他先密遣骑兵追到交水，把他逮捕。《庭闻录》，卷4，15页。又密令云贵各要塞的心腹守将，严守关口，封锁内外消息，不管什么人，只许进，不许出。同时，他召集谋士，密议起兵之名。刘茂遐（玄初）首先表示看法，说：“明亡未久，人心思旧，宜立明朝后人，奉以东征，老臣宿将无不愿为前驱。”方光琛却持不同看法，他认为，“当年出关乞师，是自己力量不足，这是可以解释清楚的。但当永历窜逃到缅甸，必欲擒获而杀死，这就无法向天下人解释，现在，以王的兵力，恢复明朝甚易，但不知成功后，果能立明的后人吗？时势所迫，不能始终守臣节。篦子坡之事，做一次犹可，能再做第二次吗”？（意思是说，已经杀了永历，待此次成功后，能再杀新立的朱氏皇帝吗？）三桂一听，不禁胆寒，便听信了方光琛的意见，决定自立名号：“天下都招讨兵马大元帅。”秘寻工匠，将此名号铸成印，备起兵之后用。
三桂铸印的事，被云南同知刘昆侦知，先报告了云南按察使李兴元，又秘报云南巡抚朱国治。刘昆认为：“情况很紧急，应同折尔肯商量，你们联名上疏，请延期搬迁，以缓和气氛，稳住吴三桂，同时请派重兵，迅速扼守川西、镇远、常德等处，把他挤到山中，使他不得出来，即便有不测，也易制服。”《庭闻录》，卷4，14~15页。李兴元也催他快向朝廷报告。过了数日，朱国治才与奏疏报朝廷，竟被三桂的巡逻兵所得。三桂得此信，知道事将败落，加快了起兵的准备。《清史稿·李兴元传》，卷253，9734页。
十一月十五日，折尔肯、傅达礼等钦差，会同朱国治，前去王府，谒见三桂，催促行期的问题。三桂很客气地留他们吃饭，他虽然口头上答应搬迁，而且也定了动身的日期，但看不出有搬家的意思，眼看行期逼近，折尔肯等钦使和朱国治不免着急。国治忍不住就说：“三位大人候久，王若无意搬迁，三大人自回京师复命。”
三桂勃然变色，脸涨得通红，手指朱国治，大骂：“咄咄朱国治，我把天下给了别人，只此云南是我用血汗挣来的，如今你这贪污小奴不容我安身吗？”
国治一听，骂他贪污，心中不服，争辩说：“我贪在何处？”
三桂厉声呵斥：“你还强嘴！你前索大理知府冯苏三千两白银，是从我这里借的。至于你历年贪赃，多出我家，现有日历记载为据！”
折尔肯见势不好，连忙出面调解，说：“王请息怒，搬迁事与巡抚（朱国治）无关。”
劝解后，便起身告辞。国治与折尔肯会同司、道官员计议，说：“朝廷封疆，与百万生灵关系不小。应速上疏，请暂缓搬家。”
折尔肯说：“我等奉旨而来，现在就此而回，怎么向皇上交代呢？”议论了一会儿，决定傅达礼先回京，折尔肯等先留下。傅达礼行不出百里，为守官所阻，只好回城。朱国治犹豫，不敢上疏报告。《平吴录》，6页。
三桂一向厌恶朱国治。他原任江苏巡抚，有贪污的行为。顺治时，他谋私，兴大狱，屠杀儒士，著名文人金圣叹即死于他手。遭到当地百姓士绅的反对，后谋至云南任巡抚。刚来时，卑躬屈节，见三桂都行大礼，以图结欢于三桂，得到重贿。三桂鄙视，所求不应。朱国治很是恼怒，每与贵州总督监视三桂的行事，秘报朝廷。有一次，贵州总督巡边，至云南，三桂宴请总督及朱国治，借机说：“本藩竞竞守藩，不敢开罪于人。不意竟大有人中伤，向朝廷诽谤我！”督、抚不禁一怔，忙说：“谁敢？此必无之事。”三桂冷笑一声：“你们不信吗？”说着，便取出他的儿子吴应熊从京师抄来的两人参劾奏疏，将姓名隐去，拿到他俩面前，说：“还不信吗？”
朱国治两人默视，无言以对。三桂也不深究，不过是震唬一下。从此，双方嫌隙日深。《平滇始末》，2页。如今眼见朱国治欺他即将撤离云南，催他搬迁，怎能不怒火中烧，心中愤恨不已。
继上次宴请大小将领后，三桂又亲临校场，约集他们训话。他说：“行期已经逼近，朝廷严谴，我们是不能逃脱责任的。如使臣这样驱策、催逼，老夫不意至此。诸君走吧，不要白白受使臣之辱。”
